Browsing by Subject "1182 Biokemia, solu- ja molekyylibiologia"
Now showing items 1-10 of 10
-
(2015)Employment of PhDs from the biological fields appears to be facing challenges outside academia. This interview study was conducted to analyze the experiences of PhD graduates from the fields of molecular biosciences on how the research education prepared them to the working life outside academia, and how well the studies did match with the expectations and demands in the working life. In this interview study the working life skills were categorized as 1) research skills, 2) generic skills and 3) application of biological world view. In general, the research training gave good background to work as a well respected experts in different fields. However, the lack of direct match between the fields of research training and the job description had demanded additional training from each PhD who had moved outside the academia.
-
(2020)Kateenkorva on primaarinen immunologinen elin, jossa kehittyvät T-solut, hankinnaisen immuunijärjestelmän keskeiset toimijat ja säätelijät. Kateenkorvan tärkeyttä heijastaa se, että kateenkorvan synnynnäinen puuttuminen ilmenee kehittyneistä hoidoista huolimatta usein kuolemaan johtavana vaikeana immuunipuutoksena. Tästä huolimatta tietämyksemme ihmisen kateenkorvan toiminnasta on rajoittunutta ja pohjautuu pääosin hiirimalleihin. Kateenkorvan hankinnaiset sairaudet ovat harvinaisia, ja niiden kliininen fenotyyppi on hyvin vaihteleva. Näistä tavallisin on kateenkorvan neoplasia eli tymooma ja siihen paraneoplastisena ilmiönä liittyvät erilaiset autoimmuuni-ilmentymät.
-
(2020)Viime vuosina on julkaistu uusia havaintoja mitokondrioiden toimintahäiriöistä yhtenä osana lihavuuden ja sen liitännäissairauksien patofysiologista profiilia. Mitokondrioiden määrän, toiminnan ja rakenteen muutokset liittyvät sairaustilojen syntymiseen, ja mitokondriot todennäköisesti myötävaikuttavat aineenvaihdunnan häiriöiden kehittymisessä. Koe-eläimillä näitä muutoksia on onnistuttu ehkäisemään aktivoimalla solunsisäisiä sirtuiinientsyymejä (SIRT1 - 7), jotka säätelevät solussa laajasti mitokondrioiden toimintaa, tulehdusprosesseja ja antioksidanttipuolustusta muokkaamalla proteiinien aktiivisuutta ja geenien luentaa. B3-vitamiinien on havaittu lisäävän sirtuiinien substraattina toimivan nikotiiniamidiadeniinidinukleotidin (NAD+) pitoisuutta solun sisällä, mikä on sirtuiinien aktiivisuutta lisäämällä parantanut terveyttä lihavuuden, diabeteksen sekä muiden kroonisten aineenvaihduntasairauksien eläinmalleissa. B3-vitamiinien vaikutuksia näihin sairauksiin arvioidaan myös käynnissä olevissa kliinisissä tutkimuksissa. Ensimmäisten kliinisten kokeiden perusteella B3-vitamiinien vaikutukset ihmisillä ovat lupaavia mutta kokonaisvaikutukset ovat vielä epäselvät.
-
(2023)As in other mammalian tissues, the extracellular matrix (ECM) of skin functions as mechanical support and regulative environment that guides the behavior of the cells. ECM is a gel-like structure that is primarily composed of structural and nonstructural proteins. While the content of structural proteins is stable, the level of nonstructural ECM proteins, such as thrombospondin-4 (THBS4), is dynamically regulated. In a previous work we demonstrated that THBS4 stimulated cutaneous wound healing. In this work we discovered that in addition to proliferation, THBS4 stimulated the migration of primary keratinocytes in 3D. By using a proteotransciptomic approach we found that stimulation of keratinocytes with THBS4 regulated the activity of signaling pathways linked to proliferation, migration, inflammation and differentiation. Interestingly, some of the regulated genes (eg IL37, TSLP) have been associated with the pathogenesis of atopic dermatitis (AD). We concluded that THBS4 is a promising candidate for novel wound healing therapies and suggest that there is a potential convergence of pathways that stimulate cutaneous wound healing with those active in the pathogenesis of inflammatory skin diseases.(c) 2022 Published by Elsevier Inc.
-
(2019)
-
(Gaudeamus, 2018)
-
TCRconv : predicting recognition between T cell receptors and epitopes using contextualized motifs (2023)Motivation: T cells use T cell receptors (TCRs) to recognize small parts of antigens, called epitopes, presented by major histocompatibility complexes. Once an epitope is recognized, an immune response is initiated and T cell activation and proliferation by clonal expansion begin. Clonal populations of T cells with identical TCRs can remain in the body for years, thus forming immunological memory and potentially mappable immunological signatures, which could have implications in clinical applications including infectious diseases, autoimmunity and tumor immunology.Results: We introduce TCRconv, a deep learning model for predicting recognition between TCRs and epitopes. TCRconv uses a deep protein language model and convolutions to extract contextualized motifs and provides state-of-the-art TCR-epitope prediction accuracy. Using TCR repertoires from COVID-19 patients, we demonstrate that TCRconv can provide insight into T cell dynamics and phenotypes during the disease.
-
(2016)
-
(2019)
