Browsing by Subject "Campylobacter"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-18 of 18
  • Wysok, Beata; Wojtacka, Joanna; Hänninen, Marja-Liisa; Kivistö, Rauni (2020)
    Campylobacteriosis is one of the most common causes of bacterial gastroenteritis. However, the clinical course of the illness varies in symptoms and severity. The aim of this study was to characterizeCampylobacter jejuni(34 isolates) andC. coli(9 isolates) from persons with diarrheal and non-diarrheal stools at the time of examination and fecal sampling, in Poland by using whole-genome sequencing (WGS). Multilocus sequence typing (MLST) analysis revealed a high diversity with a total of 20 sequence types (STs) among 26Campylobacterisolates from diarrheic and 13 STs among 17 isolates from non-diarrheic persons. ST-50 and ST-257 were most common in both groups. The phenotypic resistance rate was 74.4% for ciprofloxacin, 67.4% for sulfamethoxazole/trimethoprim, 58.1% for amoxicillin, 48.8% for tetracycline, and 46.5% for ceftriaxone. Only single isolates were resistant to erythromycin, gentamicin, and amoxicillin/clavulanic acid. Overall genotypic resistance toward amoxicillin, fluoroquinolones, tetracyclines, and aminoglycosides was predicted to occur in 93.1, 67.4, 48.8, and 11.6% of the isolates, respectively. None of the isolates showed the presence of theerm(B) gene or mutation in 23S rRNA. Neither was variation found in the important target region in L4 and L22 ribosomal proteins. In regard to the CmeABC efflux pump, a set of variable mutations affecting the regulatory region was noted. AllCampylobacterisolates possessed genes associated with adhesion (cadF,jlpA,porA, andpebA) and invasion (ciaB,pldA, andflaC). The type IV secretion system (T4SS) was found in isolates from both diarrheic (15.4%, CI 95%: 6.1-33.5%) and non-diarrheic (23.5%, CI 95%: 9.6-47.3%) persons. The rates of the presence of cytolethal distending toxincdtABCgene cluster and type VI secretion system (T6SS) were higher inCampylobacterisolates obtained from persons with diarrhea (96.2%, CI 95%: 81.7-99.3% and 26.9%, CI 95%: 13.7-46.1%) compared to isolates from non-diarrheic persons (76.5%, CI 95%: 52.7-90.4% and 11.8%, CI 95%: 3.3-34.3%). The lack of statistically significant differences between two groups in tested virulence factors suggests that individual susceptibility of the host might play more determining role in the disease outcome than characteristics of the infecting strain.
  • Ylänen, Meeri (Helsingin yliopisto, 2020)
    Kampylobakteerit ovat gramnegatiivisia, pääosin mikroaerobisia bakteereja, joita esiintyy monien eläinten suolistossa. Ihmisille kampylobakteerit ovat erityisesti suoliston taudinaiheuttajia ja kampylobakteerit ovatkin yleisimpiä bakteeriperäisiä ihmisten suolistotulehduksen aiheuttajia kehittyneissä maissa, myös Suomessa. Suolistotulehduksen lisäksi kampylobakteerit voivat aiheuttaa ihmisille esimerkiksi Guillain-Barré -hermostosairautta ja pitkäkestoisiakin niveloireita aiheuttavaa reaktiivista niveltulehdusta. Ihmisen tyypillisimmät taudinaiheuttajat kampylobakteereista ovat Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli. Näistä kahdesta selvästi yleisempi taudinaiheuttaja on C. jejuni. Sekä C. jejuni että C. coli ovat termofiilisiä kampylobakteereja. Kampylobakteeritartunta on yleensä ulosteperäinen ja erityisesti ulosteella saastunut broilerinliha on tärkeä kampylobakterioosin lähde. Maatilojen ympäristössä olevien jyrsijöiden on todettu olevan yksi kampylobakterioosin riskitekijöistä ja kampylobakteereja on havaittu jyrsijälajeilla, esimerkiksi metsähiirillä ja vesimyyrillä. Suomessa jyrsijöiden kantamia kampylobakteereja ei ollut tutkittu ennen tämän tutkielman aloittamista. Päästäisiä koskevia tutkimuksia kampylobakteerien osalta on maailmanlaajuisestikin hyvin vähän. Tutkimusosiossa tutkittiin termofiilisten kampylobakteerien yleisyyttä suomalaisissa pienjyrsijöissä ja päästäisissä. Tutkimuksen hypoteesina oli, että suomalaisista piennisäkkäistä löytyy kampylobakteereja. Tutkimuksessa tutkittiin yhteensä 372 eläintä 12:sta eri lajista, jotka oli pyydystetty 24:ltä paikalta eri puolilta Suomea. Tutkituista eläimistä 342 oli jyrsijöitä ja 40 päästäisiä. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää isäntälajien välisiä eroja kampylobakteerien yleisyyden suhteen sekä esimerkiksi kampylobakteerien yleisyyttä eri puolilla Suomea. 76 metsämyyrää oli pyydetty keväällä ja kesällä vuonna 2017, kun taas vuodelta 2015 oli 82 metsämyyrää. Näitä kahta vuotta verrattiin toisiinsa mahdollisten vuosittaisten kampylobakteerierojen havaitsemiseksi metsämyyrissä. Tutkimus suoritettiin viljelemällä eläinten ulostetta selektiivisille kasvatusmaljoille, joita inkuboitiin termofiilisille kampylobakteereille otollisissa olosuhteissa. Bakteerikasvustoa viljeltiin tämän jälkeen epäselektiivisille maljoille puhdasviljelmiksi, joista tehtiin DNA-eristys. DNA:ta monistettiin PCR-menetelmän avulla ja PCR-tuotteet tutkittiin geelielektroforeesin avulla bakteerilajien tunnistamiseksi. Tulokset olivat hypoteesin mukaiset. Tutkimuksessa todettiin C. jejunia 17,7 %:lla tutkituista eläimistä. Kampylobakteereja havaittiin neljällä jyrsijälajilla: metsähiirillä, punamyyrillä, metsämyyrillä ja peltomyyrillä. Suurinta esiintyvyys oli punamyyrillä, joista 63,6 % oli kampylobakteeripositiivisia. Kaikki tutkitut päästäisnäytteet olivat kampylobakteerinegatiivisia. Metsämyyrillä ja metsähiirillä todettiin paikkakunnan vaikuttavan kampylobakteerien yleisyyteen. Metsämyyrillä oli kampylobakteereja merkittävästi enemmän vuonna 2017 kuin 2015, mikä voi liittyä metsämyyrien vuosittaisiin kannanvaihteluihin. Tutkimustulosten perusteella jyrsijät voivat mahdollisesti toimia kampylobakteerien reservuaarina ja mahdollisesti myös ihmisten kampylobakterioosin lähteenä. Jyrsijät voivat mahdollisesti esimerkiksi tartuttaa ihmisiä tai maatilan eläimiä tai saastuttaa toimintatiloja tai vesilähteitä. Jatkotutkimuksia kuitenkin tarvitaan esimerkiksi selvittämään sitä, ovatko suomalaisten jyrsijöiden kantamat kampylobakteerit ihmiselle patogeenisiä kantoja. Campylobacters are gram negative, mostly microaerobic bacteria that live in the intestines of many animal species. Campylobacters are the most common cause of human bacterial enteritis in developed countries, including Finland. The most common human pathogens of Campylobacter spp. are Campylobacter jejuni and Campylobacter coli. Campylobacter infection happens usually via fecal contamination. Especially contaminated, undercooked broiler meat is an important source of campylobacteriosis. Rodents near farms are noted as a risk factor for campylobacteriosis, and Campylobacter spp. have been detected in some rodent species. Studies regarding campylobacters in shrews are minimal worldwide. In this thesis, the Campylobacter occurrence in Finnish small rodents and shrews was studied. The hypothesis was that Finnish small mammals do carry Campylobacter spp. 342 rodents and 40 shrews from 12 species trapped from 24 locations throughout Finland were studied. The purpose of the study was to detect differences in Campylobacter occurrence between host species and for example to compare the occurrence in different parts of Finland. Possible annual differences in bank voles were studied with 76 animals from 2017 and 82 animals from 2015. The study was performed by cultivating fecal samples to selective agars that were incubated in conditions suitable for thermophilic Campylobacter spp. Bacterial growth was cultivated to non-selective agars for pure growth and DNA isolation was performed. DNA was multiplied using PCR and gel electrophoresis was used to determine the Campylobacter species. The results were consistent with the hypothesis. Four rodent species were Campylobacter positive: yellow-necked mouse, northern red-backed vole, bank vole and field vole. The occurrence was highest in northern red-backed voles, where 63,6 % of the animals were Campylobacter positive. Al thel studied shrews were Campylobacter negative. Bank voles had campylobacters significantly more in 2017 than in 2015, which may relate to the annual population chances in bank voles. According to the results it is possible that rodents could act as Campylobacter reservoir and source of human campylobacteriosis. Rodents could possibly infect humans or farm animals or contaminate estates or water sources. Further studies are needed to determine for example if the campylobacters in Finnish rodents’ strains are pathogenic for humans.
  • Skarp, C. P. A.; Hanninen, M-L; Rautelin, Hilpi I (2016)
    The incidence of human infections caused by Campylobacter jejuni and Campylobacter coil, the main bacterial agents of gastrointestinal disease, has been increasing worldwide. Here, we review the role of poultry as a source and reservoir for Campylobacter. Contamination and subsequent colonization of broiler flocks at the farm level often lead to transmission of Campylobacter along the poultry production chain and contamination of poultry meat at retail. Yet Cainpylobacter prevalence in poultry, as well as the contamination level of poultry products, vary greatly between different countries so there are differences in the intervention strategies that need to be applied. Temporal patterns in poultry do not always coincide with those found in human infections. Studies in rural and urban areas have revealed differences in Campylobacter infections attributed to poultry, as poultry seems to be the predominant reservoir in urban, but not necessarily in rural, settings. Furthermore, foreign travel is considered a major risk factor in acquiring the disease, especially for individuals living in the northern European countries. Intervention strategies aimed at reducing Campylobacter colonization in poultry and focused at the farm level have been successful in reducing the number of Campylobacter cases in several countries. Increasing farm biosecurity and education of consumers are likely to limit the risk of infection. Overall, poultry is an important reservoir and source of human campylobacteriosis, although the contribution of other sources, reservoirs and transmission warrants more research. Clinical Microbiology and Infection (C) 2015 The Authors. Published by Elsevier Ltd on behalf of European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases.
  • Miller, W.G.; Yee, E.; Revez, J.; Bono, J.L.; Rossi, M. (2017)
    Campylobacter cuniculorum is a thermotolerant species isolated from farmed rabbits (Oryctolagus cuniculus). Although C. cuniculorum is highly prevalent in rabbits farmed for human consumption, the pathogenicity of this organism in humans is still unknown. This study describes the whole-genome sequence of the C. cuniculorum type strain LMG 24588 (=CCUG 56289T). © 2017 Miller et al.
  • Miller, W.G.; Chapman, M.H.; Yee, E.; Revez, J.; Bono, J.L.; Rossi, M. (2017)
    Campylobacter avium is a thermotolerant Campylobacter species that has been isolated from poultry. C. avium was also the second hippuricase-positive species to be identified within Campylobacter. Here, we present the genome sequence of the C. avium type strain LMG 24591 (= CCUG 56292T), isolated in 2006 from a broiler chicken in Italy. © 2017 Miller et al.
  • Kampmann, C.; Dicksved, J.; Engstrand, L.; Rautelin, H. (2016)
    In mice, specific species composition of gut microbiota enhances susceptibility to Campylobacter jejuni but little is known about the specific composition of the human gut microbiota in providing protection from infections caused by enteropathogens. Healthy adult individuals, who travelled in groups from Sweden to destinations with an estimated high risk for acquisition of Campylobacter infection, were enrolled. Faecal samples, collected before travelling and after returning home, were cultured for bacterial enteropathogens, and analysed for Campylobacter by PCR and for the species composition of the microbiota by 16S amplicon massive parallel sequencing. The microbiota compositions were compared between persons who became infected during their travel and those who did not. A total of 63 participants completed the study; 14 became infected with Campylobacter, two with Salmonella and 47 remained negative for the enteropathogens tested. After exclusion of samples taken after antimicrobial treatment, 49 individuals were included in the final analyses. Intra-individual stability of the microbiota was demonstrated for samples taken before travelling. The original diversity of the faecal microbiota was significantly lower among individuals who later became infected compared with those who remained uninfected. The relative abundances of bacteria belonging to the family Lachnospiraceae, and more specifically its two genera Dorea and Coprococcus, were significantly higher among those who remained uninfected. The travel-related infection did not significantly modify the faecal microbiota composition. Species composition of human gut microbiota is important for colonization resistance to Campylobacter infection. Especially individuals with a lower diversity are more susceptible to Campylobacter infection. (C) 2015 The Authors. Published by Elsevier Ltd on behalf of European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases.
  • Sheppard, Samuel K.; Cheng, Lu; Meric, Guillaume; De Haan, Caroline P. A.; Llarena, Ann-Katrin; Marttinen, Pekka; Vidal, Ana; Ridley, Anne; Clifton-Hadley, Felicity; Connor, Thomas R.; Strachan, Norval J. C.; Forbes, Ken; Colles, Frances M.; Jolley, Keith A.; Bentley, Stephen D.; Maiden, Martin C. J.; Hänninen, Marja-Liisa; Parkhill, Julian; Hanage, William P.; Corander, Jukka (2014)
  • Nilsson, Anna; Tervahartiala, Taina; Lennebratt, David; Lannergård, Anders; Sorsa, Timo; Rautelin, Hilpi (2018)
    Campylobacters are major enteropathogens worldwide with a substantial financial burden. Matrix metalloproteinases (MMPs) are proteolytic metalloendopeptidases with ability to modify immune response and shown to be upregulated in patients with several tissue destructive diseases, including infections. We measured here serum concentrations of MMP-8 and MMP-9 together with their regulators myeloperoxidase (MPO), human neutrophil elastase (HNE), and tissue inhibitor of metalloproteinases (TIMP)-1 in 80 Campylobacter and 25 Salmonella patients as well as in 27 healthy controls. Paired serum samples were available for 73 and 23 patients, respectively. When the initial serum samples were compared to those from controls, both Campylobacter and Salmonella patients showed elevated concentrations of all biomarkers tested (p 0.037). In the follow-up samples, collected about 25 days afterwards, MMP-8 levels of Campylobacter patients had already turned to normal but all the other biomarkers still showed elevated, although from the initial levels significantly dropped, levels. For the follow-up samples of Salmonella patients, only MMP-9 and MPO levels were at a significantly higher level than in controls. It remains to be studied if the systematically enhanced neutrophil-derived proteolytic and oxidative stress, induced by Campylobacter infection as shown here and persisting for several weeks, is important for the development of late sequelae.
  • Fraktman, Leea (Helsingfors universitet, 2016)
    Työn tarkoituksena on kuvata fasaanien kasvatusta, metsästystä ja käyttöä erityisesti Suomessa ja esittää olemassa olevaa tutkimustietoa zoonoottisten bakteerien esiintymistä fasaaneissa eri puolilla maailmaa. Työn kokeellisessa osuudessa selvitetään laboratorioanalyysein zoonoottisten bakteerien esiintymistä suomalaisissa tarhassa kasvatetuissa fasaaneissa. Tutkimus tuo esille uutta tietoa, koska Suomessa tapahtuvasta fasaanien kasvatuksesta ja lintujen tai kasvatustilojen lukumäärästä ei ole julkaistua ajantasaista tietoa saatavilla. Fasaanien kasvatukseen ja tarhaukseen ei myöskään ole virallista ohjetta. Patogeenisten bakteerien esiintyvyydestä ssuomalaisten fasaanien suolistossa ei ole aiempaa tutkimustietoa saatavilla. Zoonoottisten bakteerien kantajina fasaanit voivat aiheuttaa potentiaalisen riskin ympäristön kontaminoitumiselle ja ihmisten tautitartunnoille. Kokeet tehtiin fasaanien ulostenäytteistä, jotka otettiin 100 luonnosta metsästetyn tarhakasvatetun fasaanin suolistosta. Näytteistä tutkittiin yleisimpien elintarvikevälitteisten patogeenisten bakteerien esiintymistä. Tutkimuksen kohteena olivat shigatoksiinigeeniä (stx) kantava eli stx-positiivinen Escherichia coli -bakteeri (STEC), Salmonella spp. -bakteerit, Listeria spp. -bakteerit, Campylobacter spp. -bakteerit ja Yersinia spp. -bakteerit. Fasaanien ulostenäytteistä Salmonella- ja Yersinia-bakteerit osoitettiin sekä viljely- että reaaliaikaisella PCR-menetelmällä, Campylobacter- ja Listeria-bakteerit määritettiin vain viljelymenetelmällä ja STEC vain reaaliaikaisella polymeraasiketjureaktio eli PCR-menetelmällä. Näytteissä todettiin Salmonella spp. -, stx1-positiivisia Escherichia coli (STEC)-, Campylobacter jejuni -, Listeria monocytogenes -, Yersinia enterocolitica - ja Yersinia pseudotuberculosis -bakteereita. Eniten näytteissä esiintyi Campylobacter jejuni - ja Listeria monocytogenes -bakteereita, joiden esiintyvyys oli 10 %. Yersinia-suvun ail-positiivisia eli taudinaiheuttamiskykyisiä bakteereita todettiin 6 % näytteistä. Salmonella spp. -bakteerien prevalenssi oli 4 % ja stx1-positiivisten STEC-bakteerien 3 %. Tässä tutkimuksessa suomalaisten tarhassa kasvatettujen fasaanien ulostenäytteissä todettiin esiintyvän kaikkia tutkittuja zoonoottisia elintarvikevälitteisiä bakteerisukuja tai niiden DNA:ta (PCRmenetelmä). Koska fasaanin lihaa käytetään ihmisravinnoksi omaan käyttöön ja sitä voidaan myydä tarkastamattomana eteenpäin, on patogeenien kulkeutuminen ihmiseen ja zoonoottisen infektion puhkeaminen teoriassa mahdollista. Jatkotutkimuksia voitaisi tehdä fasaanien kanssa työskentelevien altistumisen ja sairastuvuuden selvittämiseksi ympäristön kontaminaation ja muiden eläinlajien tautiriskien kartoittamiseksi.
  • Lääveri, Tinja; Pakkanen, Sari H.; Antikainen, Jenni; Riutta, Jukka; Mero, Sointu; Kirveskari, Juha; Kantele, Anu (2014)
  • Holopainen, Tuija (Helsingfors universitet, 2009)
    Salmonella and Campylobacter are one the most significant enteric bacterial organisms causing foodborne infections world-wide. Domestic Finnish broiler meat is rarely contaminated with Salmonella. Campylobacter contamination rate of domestic broiler meat is 10-30 % in summer months, during the seasonal peak of human campylobacter infections. The human campylobacter infections are usually sporadic and the source of infection remains unknown. Impact of domestic broiler meat on the incidence of these infections is unclear. In several case-control studies performed all over the world, consumption of poultry products and cross-contamination are recorded as risk factors for human Campylobacter infection. If broiler meat is contaminated by Campylobacter or Salmonella, the bacteria most probably contaminate kitchen surfaces in contact with the meat. The previous studies on contamination caused by broiler meat are mainly focused on quantitative transfer rates of the bacteria. In this thesis the kitchen contamination was studied using fluorescent liquid injected in broiler meat packages to document contact of meat or meat juice with the surfaces. The used method provides information on how widely and where the bacteria might spread in the kitchen. The study compared contamination on kitchen surfaces and utensils, caused by whole frozen broilers (25 units) and marinated broiler legs (25 units). The frozen broilers were prepared in a test kitchen, cut into pieces and spiced and cooked in oven pan. Marinated legs were opened from the packages and cooked in oven. After handling of each broiler meat unit, contamination on defined areas of kitchen surface and utensils were documented using ultraviolet light marked surface areas in the kitchen. Handling of marinated broiler legs decrease steps of meat handling in the kitchen. As expected, the cutting board and the spice cupboard remained clean with every marinated broiler leg unit. Correspondingly, those surfaces contaminated in the handling of whole frozen broiler unit. In handling of frozen broilers, meat-contact surfaces (i.e. counter and knife blade) contaminated significantly more often (p<0.001) compared to broiler legs. Dishcloths, commonly indicating the cleanness levels in the kitchen were contaminated also more (p<0,001) after handling of whole broiler units. Through hand-contact of whole broilers, the left trash cupboard with the door handle and the knife handle contaminated more often (p<0,001) than in the handling of marinated broiler legs. The right side trash cupboard contaminated more often (p=0,002) in handling of broiler legs than in the handling of whole broilers. The difference of contamination was not statistically significant between the handle of right-hand side trash cupboard and the water tap (trash bin door handle p=0,347, water tap p=0,101). Our study showed, that handling of whole frozen broiler carcasses cause significantly higher risk of cross-contamination appearing in the kitchen. Marinated broiler legs cause only little contamination on kitchen surfaces and utensils. However, cross-contamination is still possible through hands after handling of these products.
  • Koljonen, Mia (Helsingfors universitet, 2000)
    Suomessa raportoitiin vuonna 1999 noin 3300 kampylobakteeri-infektiota. Ihmisten suolistotulehduksen aiheuttajina merkittävimmät kampylobakteerit ovat Campylobacter jejuni ja C. coli. Kampylobakteereita esiintyy yleisesti eläinten, etenkin lintujen suolistossa ja niitä esiintyy myös ympäristössä ulosteperäisen kontaminaation seurauksena. Lemmikkieläimillä esiintyvien kampylobakteereiden merkitys on lisääntynyt viime aikoina, kun humaanitartunnoissa on tavallisimpien kampylobakteereiden lisäksi eristetty myös harvinaisempia lajeja, kuten C. upsaliensis. Ihmisten lisäksi C. upsaliensista on raportoitu esiintyvän vain koirilla ja kissoilla. Tässä tutkimuksessa tarkasteltiin terveillä koirilla ja kissoilla esiintyviä kampylobakteerilajeja, sekä vertailtiin perinteisten biokemiallisten testien avulla tehtävää lajitunnistusta ja GTPaasi geenin polymorfiaan perustuvaa hybridisaatiota. Lisäksi haluttiin selvittää, ovatko samasta eläimestä eri viljelymenetelmillä eristetyt kampylobakteerit samaa lajia. Näytteet kerättiin satunnaisotannalla. Kampylobakteereita eristettiin kaikkiaan 63 eläimestä. Näytteet viljeltiin neljällä eri menetelmällä, jolloin eri menetelmillä saatuja isolaatteja saatiin yhteensä 97 kappaletta. Fenotyyppisten ominaisuuksien tutkimiseksi isolaateille tehtiin gram-värjäys, katalaasikoe, oksidaasikoe, hippuraatin hydrolyysi sekä ureaasikoe. Lisäksi tutkittiin kasvu kefoperatsonia sekä polymyksiiniä sisältävillä kasvualustoilla. Polymeraasiketjureaktiota varten isolaateista tehtiin DNA-eristys. GTPaasia koodaavan geenin sekvenssi on poikkeava eri lajien välillä lukuunottamatta tiettyjä alueita, joita kutsutaan GTP:ta sitoviksi kohdiksi. Geeni sisältää 3-4 tällaista kohtaa, joissa on jokaisessa yhtenevä sekvenssi. Polymeraasiketjureaktiossa käytettävät alukkeet sitoutuvat näihin kohtiin. Kolmen alukkeen yhdistelmä monistaa C. jejunista, C. colista, C. larista ja C. upsaliensiksesta 156 emäsparin pituisen fragmentin. PCR-tuotteiden osoittaminen tapahtui agaroosigeelielektroforeesin avulla. C. jejunin, C. colin, C. larin ja C. upsaliensiksen tunnistaminen perustuu hybridisaatiossa käytettyihin lajispesifisiin koettimiin. Koettimiin liitettiin häntä ja leima, joiden avulla tapahtui tuotteen tunnistus hybridisaation jälkeen. Biokemiallisissa testeissä suurin osa samasta eläimestä eristetyistä isolaateista antoi samankaltaiset tulokset. Polymeraasiketjureaktiota varten saatiin riittävästi DNA:ta eristettyä 53 isolaatista. Näistä 42 antoi elektroforeesissa 156 emäsparin pituisen fragmentin. 11 näytteen kohdalla monistumista ei tapahtunut. Hybridisaation avulla tunnistettiin kuusi C. jejuni -kantaa. Näytteet tunnistettiin C. jejuniksi myös biokemiallisten testien avulla. C. colin ja C. upsaliensiksen kohdalla hybridisaatio epäonnistui, eikä yhtään kantaa pystytty tunnistamaan.
  • Ellstrom, Patrik; Hansson, Ingrid; Nilsson, Anna; Rautelin, Hilpi; Engvall, Eva Olsson (2016)
    Background: Campylobacter cause morbidity and considerable economic loss due to hospitalization and post infectious sequelae such as reactive arthritis, Guillain Barr-and Miller Fischer syndromes. Such sequelae have been linked to C. jejuni harboring sialic acid structures in their lipooligosaccharide (LOS) layer of the cell wall. Poultry is an important source of human Campylobacter infections but little is known about the prevalence of sialylated C. jejuni isolates and the extent of transmission of such isolates to humans. Results: Genotypes of C. jejuni isolates from enteritis patients were compared with those of broiler chicken with pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), to study the patterns of LOS biosynthesis genes and other virulence associated genes and to what extent these occur among Campylobacter genotypes found both in humans and chickens. Chicken and human isolates generally had similar distributions of the putative virulence genes and LOS locus classes studied. However, there were significant differences regarding LOS locus class of PFGE types that were overlapping between chicken and human isolates and those that were distinct to each source. Conclusions: The study highlights the prevalence of virulence associated genes among Campylobacter isolates from humans and chickens and suggests possible patterns of transmission between the two species.
  • Woivalin, Emma (Helsingin yliopisto, 2020)
    Työn tavoitteena oli selvittää metsästetyn sorsanlihan elintarvikehygieenistä laatua mikrobien kokonaispesäkeluvun ja Escherichia coli -bakteerimäärän avulla, sekä kartoittaa sorsissa esiintyvien elintarvikevälitteisten patogeenien esiintyvyyttä. Kirjallisuuskatsaus tutustuu sinisorsaan lintulajina sekä sorsan metsästykseen yleisellä tasolla. Kokeellisessa osassa tutkittiin metsästettyjen sorsien pintasivelynäytteitä. Ruhonäytteistä todettiin aerobisten bakteerien kokonaismäärän keskiarvo 3,5 log10 pmy/cm2 ja E. colin 1,2 log10 pmy/cm2. Tutkimuksessa eristettiin Listeria monocytogenes bakteeria 13 %:ssa näytteistä ja Yersinia enterocoliticabakteeria 3 %:ssa näytteistä. Näytteistä 9 % oli PCR:llä Campylobakteeri-positiivisia ja kaikki olivat Salmonella negatiivisia. Sorsanlihan hygieeninen laatu osoittautui hyväksi tai kohtalaiseksi. Näytteiden välillä esiintyi vaihtelua. Tutkimus osoittaa, että sorsanliha voi sisältää myös ruokamyrkytyksiä aiheuttavia bakteereja, mistä syystä ruhon käsittelyn ja lihan valmistuksen hyvät hygieniakäytännöt tulisi muistaa sekä ammatti- että kotikeittiöissä.
  • Wysok, Beata; Wojtacka, Joanna; Kivistö, Rauni (2020)
    The aim of this study was to determine the pathogenic markers associated with Campylobacter infection in humans. A total of 104 Campylobacter isolates obtained from poultry and humans were examined for the presence of nine virulence genes and their ability to adhere to, invade and produce cytotoxin were defined using HeLa cells. The diversity of the Campylobacter spp. isolates was studied based on sequencing of the SVR-region of flaA gene. Altogether 45 flaA-SVR alleles were identified among 104 Campylobacter isolates of poultry and human origin. All Campylobacter isolates possessed flaA, cadF and racR genes involved in adherence. Accordingly, all poultry and human isolates exhibited adherence towards HeLa cells at mean levels of 0.95% and 0.82% of starting viable inoculum, respectively. The genes involved in invasion (iam and pldA) and cytotoxin production (cdtA, cdtB and cdtC) were also widely distributed among the human and poultry Campylobacter isolates. Significantly higher invasiveness was observed for poultry isolates (mean level of 0.002% of starting bacterial inoculum) compared to human isolates (0.0005%). Interestingly the iam gene, associated with invasion, was more common in human (100%) than poultry (84%) isolates, and the poultry isolates lacking the iam gene showed a marked reduction in their ability to invade HeLa cells. Moreover, virB11 was present in 22% of the poultry and 70.4% of the human isolates. Strains lacking virB11 showed a slight reduction in invasion, however in the absence of iam even the poultry isolates containing virB11 were unable to invade HeLa cells. The mean cytotoxicity of Campylobacter isolates from poultry and human was 26.7% and 38.7%, respectively. Strains missing both the cdtB and cdtC genes were non-cytotoxic compared to strains containing all three cdtABC genes, which were the most cytotoxic among the C. jejuni and C. coli isolates from both sources. No cytotoxic effect was observed in only 4% of poultry and 5.6% of human isolates.
  • Lääveri, T.; Antikainen, J.; Pakkanen, S. H.; Kirveskari, J.; Kantele, Anu (2016)
    Travellers' diarrhoea (TD) remains the most frequent health problem encountered by visitors to the (sub) tropics. Traditional stool culture identifies the pathogen in only 15% of cases. Exploiting PCR-based methods, we investigated TD pathogens with a focus on asymptomatic travellers and severity of symptoms. Pre- and post-travel stools of 382 travellers with no history of antibiotic use during travel were analysed with a multiplex quantitative PCR for Salmonella, Yersinia, Campylobacter, Shigella, Vibrio cholerae and five diarrhoeagenic Escherichia coli: enteroaggregative (EAEC), enteropathogenic (EPEC), enterotoxigenic (ETEC), enterohaemorrhagic (EHEC) and enteroinvasive (EIEC). The participants were categorized by presence/absence of TD during travel and on return, and by severity of symptoms. A pathogen was indentified in 61% of the asymptomatic travellers, 83% of those with resolved TD, and 83% of those with ongoing TD; 25%, 43% and 53% had multiple pathogens, respectively. EPEC, EAEC, ETEC and Campylobacter associated especially with ongoing TD symptoms. EAEC and EPEC proved more common than ETEC. To conclude, modern methodology challenges our perception of stool pathogens: all pathogens were common both in asymptomatic and symptomatic travellers. TD has a multibacterial nature, but diarrhoeal symptoms mostly associate with EAEC, EPEC, ETEC and Campylobacter. (C) 2016 The Authors. Published by Elsevier Ltd on behalf of European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases.
  • Heikkilä, Tiina (Helsingin yliopisto, 2019)
    Lisensiaatintutkielmani sisältää kirjallisuuskatsauksen kissojen raakaruokintaan liittyen ja alkuperäistutkimuksen. Tutkimuksessa pyrittiin selvittämään ihmisille tavallisimpien mahasuolitulehduksia aiheuttavien bakteerien esiintyvyyttä kissoille soveltuvassa raakaruoassa. Tämän lisäksi tutkittiin kahden raakaruokaa syövän kissan ulosteita tavoitteena selvittää erittyvätkö mahdollisesti ruoassa esiintyvät tautia aiheuttavat bakteerit kissojen ulosteeseen. Aihe valittiin, koska lemmikkien raakaruokintaa ei ole vielä kovin paljon Suomessa tutkittu, varsinkaan kissojen kohdalla. Lemmikkien raakaruoan mikrobiologista laatua on tutkittu ulkomailla, missä suurin huoli on tavallisesti ollut salmonella. Suomalaisessa raa’assa lihassa salmonellan esiintyminen on kuitenkin erittäin vähäistä. Suomessa tavallisimmat ihmisille tautia aiheuttavat elintarvikevälitteiset bakteerit ovat Campylobacter spp., Yersinia enterocolitica, Y. pseudotuberculosis, shiga-toksiinia tuottava Escherichia coli eli STEC ja salmonella. Hypoteeseja oli kolme erillistä. Ensimmäisen mukaan oletettiin, että lemmikkien raakaruoasta löytyisi jonkin verran tautia aiheuttavia bakteereita. Toisen perusteella odotettiin yleisimpien löytöjen olevan Y. enterocolitica ja kampylobakteerit. Kolmas hypoteesi oli, että sisäkissan ulosteesta ei juuri löytyisi tautia aiheuttavia bakteereita. Tutkimuksen aikana kerättiin vuoden aikana 48 raakaruokanäytettä ja 73 ulostenäytettä. Ulostenäytteitä kerättiin kahdelta eri kissalta, joista toiselta koko tutkimuksen ajan ja toiselta vain viimeisen puolen vuoden ajan. Näytteet sekoitettiin puskuroituun peptoniveteen ja viljeltiin selektiivisille agareille. Peptonivesiseokset inkuboitiin yön ylitse +37 °C:ssa. Inkuboiduista seoksista tehtiin säilytys 20 % glyserolin kanssa -70 °C ja PCR-ajoa varten DNA-eristys ZR Fecal DNA MiniPrepTM -menetelmää (Zymo Research, USA) käyttäen. Peptonivesiseokset säilöttiin tutkimuksen ajan 4 °C:ssa. PCR-positiiviset näytteet viljeltiin uudelleen selektiiviselle maljoille esirikastetuista seoksista. Tutkituista ruokanäytteistä 42 % sisälsi jotain tutkittua tautia aiheuttavaa bakteeria. Ulostenäytteistä 84 % sisälsi jotain tutkittua bakteeria PCR-tulosten perusteella. Ulostenäytteistä yhteensä 74% oli kampylobakteeripositiivisia, vaikka ruokanäytteet eivät olleet. Ruokanäytteistä saadut PCR-positiiviset näytteet eivät kasvaneet agarmaljoilla lainkaan. Ulostenäytteistä kaksi PCRpositiivista Y. enterocolitica löydöstä kasvoi myös agarmaljoilla. Nämä olivat biotyyppiä 4 ja kaupallisella vasta-aineella tehdyllä testillä serotyyppiä O:3. Kummankin kissanulosteesta eristettiin Campylobacter helveticus. Tulosten perusteella voidaan vetää johtopäätös, että raakaruokinnassa on riskejä lemmikkien ja ihmisten terveydelle. Riskit ovat suuret erityisesti ihmisille, joiden immuunijärjestelmän toiminta ei ole normaalia. Hypoteesit olivat osittain oikein, mutta esimerkiksi ulosteessa esiintyvien tautia aiheuttavien kampylobakteerien korkea esiintyvyys oli yllätys. Tutkimuksen toinen tavoite, mikä oli selvittää siirtyvätkö ruoan patogeenit kissojen ulosteeseen, ei välttämättä onnistunut näytteenottosuunnitelman takia. Näytteitä olisi pitänyt ottaa pidemmän aikaa raakaruoan syöttämisen jälkeen ja tutkia kissat etukäteen, etteivät ne eritä mitään bakteeria valmiiksi ulosteeseensa.
  • Lääveri, Tinja; Pakkanen, Sari H.; Kirveskari, Juha; Kantele, Anu (2018)
    AbstractBackground Travellers' diarrhoea (TD) is a common health problem among visitors to the (sub)tropics. Much research deals with aetiology, prevention, and post-infection sequalae, yet the data may not allow comparisons due to incompatible definitions of TD and No TD control groups. Method The impact of defining TD and No TD control groups was explored by revisiting our recent data. We set up two TD groups: classical TD i.e. ≥3 loose or liquid stools/day and WHO TD (diarrhoea as defined by the WHO) i.e. any diarrhoea, and four No TD groups by TD definition and timing (no classical/WHO TD during travel, no ongoing classical/WHO TD). Results TD was recorded for 37% versus 65% of subjects when using classical versus WHO definitions, respectively; the proportions of the various pathogens proved similar. The strictest criterion for the No TD control group (no WHO TD during travel) yielded pathogens among 61% and the least strict (no ongoing classical TD) among 73% of the travellers; the differences were greatest for enteroaggregative Escherichia coli and Campylobacter. Conclusions Definition of TD and control group design substantially impact on TD study results. The WHO definition yields more cases, but the pathogen selection is similar by both definitions. Design of the No TD control group was found critical: only those remaining asymptomatic throughout the journey should be included.