Browsing by Subject "EHEC"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-7 of 7
  • Sabouri, Salehe; Sepehrizadeh, Zargham; Amirpour-Rostami, Sahar; Skurnik, Mikael (2017)
    Phage therapy is an old method of combating bacterial pathogens that has recently been taken into consideration due to the alarming spread of antibiotic resistance. Escherichia coli 0157:H7 is a foodborne pathogen that causes hemorrhagic colitis and life-threatening Hemolytic Uremic Syndrome (HUS). There are several studies on isolation of specific phages against E. coli 0157:H7 and more than 60 specific phase have been published so far. Although in vitro experiments have been successful in elimination or reduction of E. coli 0157:H7numbers, in vivo experiments have not been as promising. This may be due to escape of bacteria to locations where phages have difficulties to enter or due to the adverse conditions in the gastrointestinal tract that affect phage viability and proliferation. To get around the latter obstacle, an alternative phage delivery method such as polymer microen-capsulation should be tried. While the present time results are not very encouraging the work should be continued as more efficient phage treatment regimens might be found in future. (C)2016 Elsevier B.V. All rights reserved.
  • Kaleva, Venla (Helsingfors universitet, 2016)
    Enterohemorraaginen Escherichia coli (EHEC) on kolibakteerien ryhmä, joita naudat kantavat oireettomina suolistossaan. EHEC-bakteereita ulosteisiinsa erittävät naudat aiheuttavat suorassa kontaktissa ja elintarvikkeiden välityksellä tartuntariskin ihmisille. Suurin osa tartunnan saaneista sairastaa verisen ripulin, ja osalle potilaista kehittyy jälkitautina henkeä uhkaava hemolyyttisureeminen syndrooma (HUS). Suomessa toteutetaan teurastamoissa ja nautatiloilla EHEC-riskienhallintaohjelmaa, jonka tarkoituksena on pienentää EHEC:n esiintyvyyttä, rajoittaa sen leviämistä tilalla ja karjasta toiseen, sekä vähentää ihmisten tartuntariskiä. Riskienhallintaohjelman ohjeiden mukaan teurastamoiden seurantanäytteiden perusteella EHECpositiivisiksi epäillyille tiloille tehdään näytteenottokäynti ja EHEC-riskienhallintasuunnitelma, jossa kuvataan tilalla toteutettavat vastustustoimet. Käynti ja suunnitelma tehdään myös tiloille, joita epäillään ihmisen EHEC-tartunnan lähteeksi. Riskienhallintasuunnitelman noudattaminen ja tartuntapaineen alentuminen varmistetaan seurantakäynnillä, jolla otetaan uudet näytteet. Riskienhallintakäynneillä on aiemmin kerätty sekä ulostenäytteitä että ympäristönäytteitä, mutta 1.5.2015 alkaen ulostenäytteenotto jätettiin pois riskienhallintaohjelmasta kaikilta paitsi ihmisten sairastapauksiin liittyviltä tiloilta. Tässä tutkimuksessa arvioidaan vertaillen 15:lle suomalaiselle lypsykarjatilalle vuosina 2010 - 2014 laadittujen EHEC-riskienhallintasuunnitelmien laatua ja näytteenottojen sekä riskienhallinnan onnistumista. Riskienhallintasuunnitelmien ja niiden sisältämien pohjapiirrosten tiedot näytteenotosta ja riskienhallinnasta koottiin yhteen Excel-ohjelman taulukkoon. Riskienhallintasuunnitelmat arvioitiin osa-alueittain ja kokonaisuutena numeroarvosanoin 1 - 3 (1 = Hyvä, 2 = Pieiä puutteita, 3 = Selkeitä puutteita), ja tehdyt havainnot kirjattiin ylös sanallisesti. Samalla tavalla arvioitiin myös näytteenotot, pohjapiirrokset ja riskienhallinnan onnistuminen. Lisäksi näytteenottotietojen perusteella arvioitiin miten uuden näytteenotto-ohjeen mukainen ulostenäytteiden puuttuminen olisi vaikuttanut tilojen riskienhallintaan. Tutkielman tavoitteena on tunnistaa tavallisimpia riskienhallintasuunnitelmien puutteita ja tarjota eväitä suomalaisen EHEC-riskienhallinnan kehittämiseen. Näytteenotoissa tärkein yksittäinen kehityskohde useiden tilojen riskienhallinnassa oli näytteenoton painottaminen entistä huolellisemmin nuoriin eläimiin. Ulostenäytteiden puuttuminen ei olisi vaikuttanut EHEC-positiivisuuden havaitsemiseen tiloilla, joilla EHEC:n esiintyvyys oli ulostenäytteissä vähintään 17 %. Näytteenoton herkkyyden huonontuminen matalan esiintyvyyden tiloilla ei haittaa merkittävästi EHEC-riskienhallintaa, sillä sen tavoitteena ei ole saneerata EHEC:iä karjasta kokonaan. Riskienhallinnassa onnistuttiin useimmilla tutkimusaineiston tiloilla hyvin. 80 % tiloista sai seurantakäynnin perusteella todistuksen riskienhallinnan onnistumisesta, ja vain kahdelle tilalle jouduttiin tekemään seurantanäytteenoton perusteella ylimääräinen tilakäynti. Kaikissa tutkimuksessa arvioiduissa riskienhallintasuunnitelmissa oli pieniä puutteita. Selviä puutteita oli neljässä suunnitelmassa (27 %), mutta vain yhdessä osa-alueessa. Riskienhallintasuunnitelman laatu ei vaikuttanut merkittävästi tutkimuksessa mukana olevien tilojen riskienhallinnan onnistumiseen, koska riskienhallintaan vaikuttavat myös monet
  • Venäläinen, Maarit (Helsingfors universitet, 1999)
    Escherichia coli O157:H7 on yksi enterohemorraagisiin E. coli -kantoihin kuuluvista serotyypeistä. EHEC-kannat voivat aiheuttaa vakavan jopa kuolemaanjohtavan infektion ihmisillä, eritoten lapsilla. EHEC:n pääreservoaari on nauta ja merkittävin EHEC-tartunnan lähde on raaka tai riittämättömästi kypsennetty naudanliha, joka on teurastuksen yhteydessä kontaminoitunut EHEC-bakteereita sisältävällä ulosteella. Kestomakkara valmistetaan ilman kuumennuskäsittelyä fermentoimalla maitohappobakteereilla jauhettua naudan- ja sianlihaa. Muista elintarvikepatogeeneista poiketen EHEC on ainutlaatuisen kestävä happamille olosuhteille, mikä mahdollistaa EHEC:n selviytymisen kestomakkaran valmistusprosessissa. EHEC:n pienestä infektiivisestä annoksesta johtuen muodostavat kestomakkarat riskielintarvikkeen, sillä EHEC voi säilyä niissä kauan tartuntakykyisenä pitkästä kylmäsäilytyksestä huolimatta. Probiootilla tarkoitetaan ravintoon lisättyä elävää mikrobipreparaattia, jolla on suotuisa vaikutus ihmisen terveyteen tiettynä pitoisuutena. Probioottiset maitohappobakteerit voivat tuottaa myös erilaisia antimikrobisia yhdisteitä. Ne voivat tarjota yhden lisäesteen EHEC:n selviämiselle kestomakkaran fermentoinnissa. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli tutkia kolmen probioottisen Lactobacillus rhamnosus -kannan (L. rhamnosus GG, L. rhamnosus LC-705 ja L. rhamnosus E-800) vaikutusta Escherichia coli O157:H7 -bakteerien selviytymiseen kestomakkaran fermentoinnissa ja jälkikypsytyksessä verrattuna kaupalliseen Pediococcus pentosaceus -kantaan. Tutkimus todisti olevan mahdollista käyttää probioottisia kantoja kestomakkaran fermentoinnissa. Escherichia coli O157:H7 -pitoisuus laski kestomakkaran fermentoinnin ja jälkikypsytyksen aikana (28 vrk) pitoisuudesta 4.5 log pmy/g pitoisuuteen 1.5 log pmy/g. Kuitenkaan probioottisten L. rhamnosus -kantojen ja kaupallisen kannan vaikutuksissa Escherichia coli O157:H7-bakteerien selviytymiseen ei havaittu eroa.
  • Asikainen, Henna (Helsingfors universitet, 2009)
    Työn tarkoituksena oli pystyttää reaaliaikainen PCR-menetelmä enterohemorraagisten Escherichia coli (EHEC) seroryhmien O26, O55, O91, O111, O113, O145 ja O157 sekä H7-antigeenin ja virulenssigeenien stx1, stx2 ja hlyA nopeampaa havaitsemista varten. Työssä testattiin menetelmän soveltuvuutta EHEC-bakteerien havaitsemiseen 45 puhdasviljelmäkannan lisäksi myös seitsemästä sekaviljelmästä, joista yksi oli Nokian vesiepidemian vesinäyte. Puhdasviljelmäkannat ja kuusi muuta sekaviljelmää olivat peräisin sairaaloista vuosien 1996-2007 välisenä aikana lähetetyiltä sekaviljelmämaljoilta. EHEC-bakteerit kuuluvat suolistotulehduksia aiheuttaviin E. coli-bakteereihin. Ne ovat suolistotulehduksia aiheuttavista E. coli-ryhmistä tärkein elintarvikevälitteisten ripulien aiheuttaja Suomessa ja muissa länsimaissa. EHEC-bakteerit leviävät pääasiallisesti elintarvikkeiden ja juomaveden kautta, vaikkakin alkuperäinen kontaminaatio on aina saanut alkunsa ihmisen tai eläimen ulosteesta. EHEC-infektion voi saada jo 10–100 bakteerista ja sen onkin todettu tarttuneen ihmisestä toiseen. Bakteerin tärkein reservuaari on nautakarjan ja muiden märehtijöiden suolistossa. EHEC-infektioita tavataan yleensä n. 10–20 tapausta vuosittain Suomessa. Suomessa, kuin myös maailmanlaajuisesti, yleisin epidemioita aiheuttanut EHEC-kanta on tähän mennessä kuulunut O157:H7-serotyyppiin. Muita tärkeitä epidemioita aiheuttaneita O-seroryhmiä Suomessa ja muualla maailmalla ovat olleet seroryhmät O26, O103, O111 ja O145. EHEC-bakteeri aiheuttaa vesiripulia, mutta potilaat voivat kärsiä myös vatsakivuista ja oksentelusta. Osalla ihmisistä vesiripuli voi muuttua myös veriripuliksi (Hemorragic Colitis, HC). Jotkut voivat olla myös oireettomia kantajia. EHEC-bakteerin aiheuttama ripuli voi kehittyä hemolyyttis ureeminen oireyhtymä (haemoltyic uremic syndrome, HUS- jälkitaudiksi, jonka oireina ovat akuutit munuaisvaurioit, mikroangiopaattinen hemolyyttinen anemia ja trombosytopenia. Aikuisilla voi esiintyä myös HUS:n tromboottiseksi trombosytopeeniseksi purppuraksi (trombotic trombocytopenic purpura, TTP) kutsuttua muotoa. HUS:n riskiryhmään kuuluvat alle viisivuotiaat lapset ja vanhukset. EHEC-bakteerin aiheuttama tauti luokitellaan Suomessa yleisvaarallisiin tartuntatauteihin. EHEC-bakteerin virulenssitekijöihin lukeutuu shigatoksiinin tuottogeenien (stx1- ja stx2-geenit) lisäksi myös Enterohemolysiinin tuottogeeni (hly-geeni) ja LEE (Locus of Enterocyte Effacement)-patogeenisuus saareke, joka sisältää mm. tir- ja eae-geenit, jotka määräävät proteiineja, joiden välityksellä EHEC-bakteeri kiinnittyy suolen epiteeliin. Shigatoksiineja pidetään oireiden pääasiallisena aiheuttajana. Tässä työssä testattu reaaliaikainen PCR-menetelmä (Real-Time PCR) on uusimpia EHEC-bakteerin tunnistamiseen käytetyistä menetelmistä. Menetelmä hyödyntää fluoresoivia koettimia, jotka toimivat fluoresenssi resonanssilla eli energian siirtymisellä (Fluorescense Resonance Energy Transfer, FRET) kahden fluoresoivan leiman kesken. Menetelmä mahdollistaa PCR-tuotteen analysoimisen monistamisen yhteydessä ja vähentää analysoimisen aikana syntyvän kontaminaatioriskin lisäksi myös turvallisuusriskiä, kun tulosten visualisoinnissa ei tarvitse käyttää karsinogeenista Etidiumbromidia (EtBr). Tässä työssä menetelmällä saadut tulokset olivat toistettavia ja vastasivat aiemmin monialukkeisella PCRmenetelmällä ja agglutinaatiotekniikalla saatuja tuloksia. Sekaviljelmiä testatessa reaaliaikaisen PCR-menetelmän kanssa samanaikaisesti rinnakkain tehty monialukkeinen PCR-menetelmä antoi myös yhtenevät tulokset. Reaaliaikainen PCR-menetelmä osoittautui monialukkeista PCR-menetelmää ja agglutinaatiotekniikkaa huomattavasti nopeammaksi menetelmäksi, joka mahdollistaa nopeamman diagnoosin, joka on tärkeää HUS-jälkitautia sairastavien potilaiden hoidon kannalta.
  • Aaltonen, Salla (Helsingin yliopisto, 2020)
    Shigatoksiinia tuottavat Escherichia coli (STEC) -bakteerit aiheuttavat ihmisille ruokamyrkytyksiä. Ruokamyrkytysten yleisimpinä oireina esiintyy eriasteista ripulia, vakavimmissa tapauksissa veriripulia ja hemolyyttis-ureemista oireyhtymää (HUS), joka voi edetessään johtaa munuaishäiriöön. STEC-bakteerien merkittävimpänä reservoaarina toimivat naudat, joista bakteerit voivat päätyä elintarvikkeisiin ulostekontaminaation välityksellä. Naudanlihan lisäksi riskeinä toimivat esimerkiksi kuumentamaton raakamaito sekä saastuneet kasvikset. STEC-bakteerien diagnosointi perustuu vielä useimmiten tunnetuimman O157:H7-serotyypin diagnosointiin eivätkä nykyiset menetelmät sellaisenaan riitä kattamaan kaikkien STEC-bakteerien tunnistusta. STEC-bakteerien diagnosoinnissa näytteistä yhtenä suurimmista haasteista ovat PCR-positiiviset ja maljanegatiiviset tulokset, jolloin shigatoksiinia koodavan stx-geenin läsnäolon merkitys näytteessä jää epäselväksi. Tämän tutkielman alkuperäistutkimuksen tarkoituksena on parantaa STEC-bakteerien diagnostiikkaa selvittämällä I) diagnostiselta kannalta STEC-bakteereille otollinen kasvulämpötila II) STEC-bakteerien kasvu kolmella eri agarmaljalla ja lisäksi tutkimuksen tarkoituksena on osoittaa III) suomalaisten ruokakauppojen naudan jauhelihojen stx-positiivisuus. Hypoteesina on, että I) STEC-bakteereille otollinen kasvulämpötila on 37 °C II) vain harva jauhelihanäyte on stx-positiivinen III) vain harva PCR-positiivinen näyte tuottaa maljapositiivisen tuloksen. Lämpötila- ja agarmaljatutkimukseen valittiin 25 bakteerikantaa, joista osa oli kansainvälisiä referenssikantoja. Lämpötilatutkimus suoritettiin bakteerisuspension sameutta mittaavalla Bioscreen C -laitteella. Mittausajo kesti 24 tuntia ja se suoritettiin neljässä lämpötilassa: 30 °C, 37 °C, 42 °C ja 44 °C. Kantojen kasvua tutkittiin kolmella agarmaljalla: CHROMagar™ STEC, kefiksiimi-telluriitti sorbitoli MacConkey (CT-SMAC) ja sorbitoli MacConkey (SMAC). Agarmaljoja inkuboitiin 37 °C:n ja 42 °C:n lämpötiloissa. Tutkimukseen valitut naudan jauhelihat (n=70) olivat peräisin suomalaisista ruokakaupoista. Näytteistä 60 rikastettiin 37 °C:n lämpötilassa ja loput 10 näytettä rikastettiin 42 °C:n lämpötilassa. Lihanäytteiden stx-positiivisuutta tutkittiin reaaliaikaisella PCR:llä. Lämpötilatutkimuksessa havaittiin eroja neljän tutkitun lämpötilan välillä. Hypoteesista poiketen 37 °C:n ja 42 °C:n optisen tiheyden (OD) arvoissa ei esiintynyt merkitsevää eroa, jolloin korkeamman 42 °C:n rikastuslämpötilan käyttö STEC-bakteerien diagnostiikassa on mahdollista. Korkeampi lämpötila voi toimia selektiivisenä tekijänä kilpaileville bakteereille, jolloin STEC-bakteerit saataisiin näytteestä paremmin esiin. Selektiivisempi CHROMagar™ STEC -malja inhiboi joidenkin tutkittujen kantojen kasvua, jolloin diagnostiikkaa voi tukea selektiivisen ja ei-selektiivisen agarin rinnakkaiskäyttö. Korkeamman rikastuslämpötilan käyttö tuotti parempia tuloksia STEC-bakteerien diagnosoinnissa jauhelihanäytteistä verrattuna 37 °C:n rikastuslämpötilaan. Alemmassa 37 °C:een rikastuslämpötilassa ei saatu eristettyä maljalta yhtäkään STEC-bakteeria ja 42 °C:n lämpötilassa maljalta saatiin eristettyä kuusi kahdeksasta (75 %) PCR-positiivisesta näytteestä. Alemmassa 37 °C:n lämpötilassa tutkituista näytteistä 28 % oli stx-positiivisia eli Suomessa myynnissä olevissa naudan jauhelihoissa esiintyy stx-positiivisuutta.
  • Martikainen, Outi (Helsingfors universitet, 2011)
    Diarrheagenic Escherichia coli (DEC) can cause diarrheal disease in humans. Like commensal E. coli, DEC are present in the human and mammalian, especially ruminant, and avian gut. They can also be present in soil and water environments. The food of animal origin can act as a transmission vehicle to infect humans. Infection may also be gained by drinking water contaminated by animal or human feces. DEC can be devided into five pathogroups based on their virulence traits: enteropathogenic E. coli (EPEC), enterotoxigenic E. coli (ETEC), enterohaemorrhagic E. coli (EHEC), enteroinvasive E. coli (EIEC) and enteroaggregative E. coli (EAEC). EPEC typically causes children’s diarrhea in developing countries. ETEC is a typical cause for tourist’s diarrhea and infantil diarrhoea in developing countries. EHEC causes bloody or non-bloody diarrhea that might lead to kidney dysfunction called hemolytic uremic syndrome (HUS) especially in young children. EIEC causes Shigella-like diarrhea which can be bloody. EAEC is mainly associated with prolonged diarrhea. This study was conducted to find out the prevalence of diarrheagenic E. coli in humans and food in Burkina Faso, on which there was no previous knowledge. Fecal samples were collected from children under five years of age suffering from diarrhea in two villages, Boromo and Gourcy, and in the capital Ouagadougou (110 samples). Raw meat samples (chicken, beef, mutton and bovine intestines used for human consumption) were collected from open markets in Ouagadougou (120 samples). Primary mixed bacterial cultures obtained from the samples were studied using multiplex PCR-method, which detects the virulence genes of the five pathogroups. In addition, 20 EHEC strains were isolated from meat samples using colony hybridization based on the detection of Shiga toxin gene stx and PCR-screening, and were characterized to reveal the possible virulence properties. The study demonstrated that DEC-infections in small children are common in Burkina Faso. Of the studied fecal samples, 59 % were positive for DEC. The most prevalent pathogroups were EAEC (32 %), ETEC (31 %) and EPEC (20 %). EIEC (2 %) and EHEC (1 %) were found only in a few samples. Mixed infections with more than one pathogroup were common (24 %). The difference in DEC prevalence between the different sampling locations was statistically significant. There were more DEC-infections in Gourcy than in Ouagadougou and Boromo. The study also showed that DEC occur commonly in raw meats sold at open markets in Ouagadougou. Of the studied meat samples, 43 % were positive for DEC. The most prevalent were EHEC (28 %), EPEC (20 %), ETEC (8 %) and EAEC (5 %). EIEC was not detected. Mixed contaminations with more than one pathogroup were relatively common (17 %) in meat. There was no statistical significance in DEC-prevalence between the different meats. When prevalence was considered by each pathogroup, EHEC was absent in chicken and the difference was statistically significant when compared to the other meats. The 20 EHEC strains isolated from the meat samples were grouped into 14 serotypes, some of which have previously been isolated from humans suffering from diarrheal disease and HUS. All the strains were positive for stx1 and half of them also for stx2, which is considered to be the more virulent form of Shiga toxin. Two EHEC strains were also positive for an ETEC-related gene of heat-stable enterotoxin Ia. Hence, the two strains were a mixture of two pathogroups and an evidence of gene transfer between different pathogroups. The youngest children do not consume meat but meat can be thought to represent a sample from their living environment, because food for children might be prepared in the same environment where raw meat products are handled. Thus contaminated meat can be a source of DEC-infections in little children.
  • Nokireki, Tiina (Helsingfors universitet, 1998)
    Enterohemorraginen Escherichia coli (EHEC) on nimi niille E.coli serotyypeille, jotka aiheuttavat ihmisillä verisen ripulin, hemolyyttisureemisen syndrooman ja tromboottisen trombosytopenisen purppuran. Ensimmäisen kerran EHEC epidemia raportoitiin 1982. Sen jälkeen epidemioita ja sporadisia sairastumisia on raportoitu ympäri maailman. Suomessa tavattiin vain yksittäisiä EHEC infektioita, kunnes vuonna 1997 59 ihmistä sairastui EHEC:iin. Yleisin sairautta aiheuttava serotyyppi on E.coli O157:H7. Tartunnanlähteeksi on useimmiten paljastunut huonosti kypsennetty naudanliha, mutta myös muista elintarvikkeista, juoma- ja uimavedestä, sekä suora zoonoottinen tai ihmisestä toiseen tartunta on mahdollinen. Infektiivinen annos on hyvin pieni. Nautakarjaa pidetään E.coli O157:H7:n reservuaarina. EHEC tuottaa Shiga-like toksiineja (stx1 ja stx2), aiheuttaa attaching-effacing (AE) leesion, tuottaa hemolysiinejä sekä sietää erittäin alhaista pH:ta, mikä edistää sen selviytymistä mahalaukussa. Alhaisen pH:n sietoon vaikuttavat sekä solujen kasvuvaihe että mahdollinen aikaisempi kasvu alhaisessa pH:ssa. Maatiloilla tartunta tapahtuu horisontaalisesti eläimestä toiseen ilmeisesti ainakin juomaveden välityksellä, mutta EHEC:n tarkkaa epidemiologiaa tiloilla ei tunneta. Tässä tutkimuksessa selvitettiin E.coli O157:H7 säilymistä säilörehussa. 20 g säilörehua, pH 4,0 tai 4,6, inokuloitiin E.coli O157, vakuumoitiin Stomacher-pussiin ja inkuboitiin joko 5 °C tai 20 °C. Ensimmäinen näyte otettiin seuraavana päivänä ja viimeinen kolme viikkoa myöhemmin. E.coli O157 säilyminen todettiin käyttäen immunomagnettista separaatiota (Dynabeads anti- E.coli O157, Dynal), viljeltiin CT-SMAC-agarille (Difco) ja sorbitolinegatiiviset pesäkkeet varmistettiin agglutinaatiotestillä (E.coli O157 Test Kit, Oxoid). Varsinkin huonolaatuisessa, korkean pH:n säilörehussa E.coli O157:H7 säilyi koko tutkitun ajan, kolme viikkoa. Eläimille syötettävä säilörehu voi sisältää infektoimiskykyisiä bakteereja eli se voi toimia infektion levittäjänä. Tässä tutkimuksessa tutkittiin myös E.coli O157:n säilymistä käsittelemättömässä järvivedessä ja solujen kasvuvaiheen sekä inkubointilämpötilan vaikutusta säilymiseen. 100 ml järvivettä inokuloitiin E.coli O157, joko logaritmisen tai stationäärikasvuvaiheen aikana. Vettä inkuboitiin joko 5 °C, 15 °C tai 25 °C. Ensimmäinen näyte otettiin seuraavana päivänä ja viimeinen kolme viikkoa myöhemmin. Pesäkkeitä muodostavat yksiköt laskettiin EMB-agarilta (Oxoid). Stationäärikasvuvaiheen solut selviytyivät paremmin kaikissa inkubointilämpötiloissa kuin logaritmisen kasvuvaiheen solut, mutta tässä tutkimuksessa ei havaittu, että solut olisivat säilyneet paremmin alhaisessa lämpötilassa, kuten muissa tutkimuksissa on havaittu.