Browsing by Subject "L1"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-6 of 6
  • Rodrigues, Joana M.; Nikkarinen, Anna; Hollander, Peter; Weibull, Caroline E.; Räty, Riikka; Kolstad, Arne; Amini, Rose-Marie; Porwit, Anna; Jerkeman, Mats; Ek, Sara; Glimelius, Ingrid (2021)
    We characterised patients with mantle cell lymphoma (MCL) with poor prognosis based on differences in immune infiltration. Different expressions of the tumour cell markers Cyclin D1 and sex-determining region Y-box transcription factor 11 (SOX11), and the immune markers cluster of differentiation 3 (CD3), CD4, CD8, CD25, forkhead box protein P3 (FoxP3), T-box transcription factor TBX21 (T-bet), programmed cell death protein 1 (PD-1), programmed-death ligand 1 (PD-L1) and CD163 were investigated for all-cause mortality in 282 patients with MCL and time-to-progression (TTP) in 106 clinical trial patients. With increasing age, a significantly lower infiltration of CD3(+) T lymphocytes was seen. T-cell infiltration was independent of cellular tumour antigen p53 (p53) expression, Ki-67, morphology and frequency of tumour cells. The all-cause mortality was higher in patients with PD-L1-expression above cut-off [hazard ratio (HR) 1 center dot 97, 95% confidence interval (CI) 1 center dot 18-3 center dot 25, adjusted for sex and MCL International Prognostic Index (MIPI)] and a higher frequency of CD163(+) cells (continuously, HR 1 center dot 51, 95% CI 1 center dot 03-2 center dot 23, adjusting for age, sex, morphology, Ki-67 and p53). In patients treated within the Nordic Lymphoma Group MCL2/3 trials, TTP was shorter in patients with a higher frequency of FoxP3(+) cells (HR 3 center dot 22, 95% CI 1 center dot 40-7 center dot 43) and CD163(+) cells (HR 6 center dot 09, 95% CI 1 center dot 84-20 center dot 21), independent of sex and MIPI. When combined a higher frequency of CD163(+) macrophages and PD-L1(+) cells or high CD163(+) macrophages and FoxP3(+) regulatory T cells indicated worse outcome independent of established risk factors. The T-cell infiltrate was in turn independent of molecular characteristics of the malignant cells and decreased with age.
  • Soovares, Piret; Pasanen, Annukka; Butzow, Ralf; Lassus, Heini (2017)
    Objective. Our aim was to study the expression of L1CAM in endometrioid and clear cell ovarian carcinomas and to evaluate its correlation with clinical parameters and patient prognosis. Methods. Tissue microarray-based immunohistochemical analysis of L1CAM expression was performed in 249 endometrioid and 140 clear cell ovarian carcinomas. Concurrent endometrial carcinoma was found in 57 of these patients. Results. L1CAM expression was found in 15% of endometrioid and 23% of clear cell ovarian carcinomas. L1CAM expression was strongly associated with poor disease-specific overall survival and poor disease-free survival in endometrioid (p <0.0001, p = 0.0005), but not in clear cell ovarian carcinomas. Significant association of L1CAM expression with poor overall survival was observed in grade 1-2 carcinomas (p <0.0001), but not in grade 3 tumors. In endometrioid ovarian carcinomas, L1CAM expression was associated with aggressive tumor characteristics, such as higher grade and stage, and incomplete response to primary therapy. However, L1CAM expression was not an independent prognostic factor for overall or disease-free survival. Of the 57 patients with concurrent endometrial carcinoma L1CAM positivity was found in 4 cases both in the ovarian and endometrial tumors, and in 3 cases only in the endometrial tumor. All these seven patients with L1CAM positive tumors had poor outcome. Conclusions. L1CAM expression could serve as a biomarker for predicting clinical outcome and response to therapy in patients with endometrioid ovarian carcinoma, but not in clear cell carcinomas. L1CAM positivity also predicts poor outcome in patients with concurrent endometrioid ovarian and endometrial carcinomas. (C) 2017 Elsevier Inc. All rights reserved.
  • Vahosalmi, Henriikka (Helsingfors universitet, 2017)
    Tämä tutkielma käsittelee ranskan kielen kolmea yleisintä prepositiota, à, de ja en, suomea äidinkielenään puhuvien nuorten A-ranskan oppijoiden näkökulmasta. Tutkielman yhtenä tarkoituksena on selvittää, miten oppijan äidinkieli (L1) ja/tai ensimmäinen vieras kieli (L2) mahdollisesti vaikuttavat toisen vieraan kielen (L3) prepositioiden oppimiseen. Oletuksena on, että jokaisen tutkimukseen osallistuneen oppijan L1 on suomi, L2 englanti ja L3 ranska, vaikka heistä suurin osa on opiskellut myös muita kieliä. Teoriaosiossa paneudutaan kielten välisiin eroihin ja yhtäläisyyksiin. Ranskan kielen prepositiorakenteita vertaillaan ensin suomen ja englannin vastaaviin rakenteisiin, jotta saataisiin selville, minkälaisissa rakenteissa muiden kielten vaikutuksia mahdollisesti ilmenee. Tutkimuskyselytilanteessa joka toiselle vastaajalle annetaan suomenkieliset ja joka toiselle englanninkieliset käännökset, joiden perusteella he valitsevat kuhunkin lauseeseen sopivimman preposition tai vaihtoehdon 0 (ei prepositiota). Näiden kahden ryhmän suoritusten välisten erojen avulla voidaan selvittää äidinkielen ja englannin kielen mahdollisia vaikutuksia vastauksiin. Tutkimukseen osallistuneista ranskan oppijoista 30 on lukuvuonna 2016–2017 peruskoulun kahdeksannella luokalla ja 17 lukiossa. Tutkielman toisena tavoitteena onkin tarkastella eroja yläkoululaisten ja lukiolaisten suoritusten välillä. Lisäksi selvitetään, miten hyvin ja mistä syistä nämä eri-ikäiset oppijat hallitsevat valittujen prepositioiden käytön erilaisissa syntaktisissa funktioissa. Syitä saaduille tuloksille haetaan muun muassa ranskan kielen alkeistason oppikirjoista Sur le vif Textes 1 (1994) ja Voilà ! 1 Textes (2004), joista molemmat ovat käytössä tutkittavien ranskan oppijoiden koulussa ja joiden tavoissa kääntää ja selittää prepositioita on paljon yhtäläisyyksiä. Oppikirjojen yksityiskohtainen tarkastelu kuitenkin osoittaa, että vuosikymmenen aikana on tapahtunut muutos siihen suuntaan, että prepositioiden eksplisiittinen selittäminen on vähentynyt. Tämä saattaa olla yhteydessä Eurooppalaisen viitekehyksen ja suomalaisten opetussuunnitelmien asettamiin kommunikatiivisiin tavoitteisiin, jotka eivät korosta yksityiskohtaista kielioppiopetusta. Lisäksi on mahdollista, että ranskaa opiskelemaan hakeutuvien lasten ja nuorten määrän huvetessa oppikirjojen tekijät haluavat keskittyä mahdollisesti mielekkäämpään asiasisältöön kirjoissaan. Tutkimuksen tulokset osoittavat lukiolaisten hallitsevan huomattavasti yläkoulun kahdeksasluokkalaisia paremmin ranskan kielen prepositioiden erilaiset käytöt. Yleisesti voidaan myös todeta, että sekä yläkoululaiset että lukiolaiset osaavat jokseenkin hyvin konkreettiset, suomen genetiiviä tai paikallissijoja vastaavat rakenteet, kun taas abstraktimmat käytöt tuottavat heille hankaluuksia. Oppikirjojen sisällön ja ranskan oppijoiden vastausten välillä näyttäisi odotusten mukaisesti olevan selviäkin yhteyksiä. Sen sijaan englannin kielen vaikutus näyttää jäävän suomen kielen varjoon, vaikka olettamuksena oli, että oppijat tukeutuisivat kyselyyn vastatessaan englannin kieleen ranskan ja englannin yhtäläisyyksien ja suomen ja ranskan eroavaisuuksien vuoksi. Lisäksi suomenkieliset käännökset saaneet oppijat menestyvät tutkimuksessa paremmin kuin englanninkieliset käännökset saaneet. Näin pienen tutkimuksen tuloksista ei voida tehdä yleistäviä päätelmiä, mutta vaikuttaa siltä, että oppijat tukeutuvat ranskan kielen prepositioita opiskellessaan enemmän äidinkieleensä kuin englannin kieleen.
  • Perkiö, Anna (Helsingin yliopisto, 2021)
    Long interspersed nuclear element 1 (LINE-1 or L1) belongs to a class of retrotransposons. In other words, it is a DNA element that can copy and paste itself around the genome. There are approximately 500,000 copies present in humans, but only around 5,000 are expected to remain transcriptionally competent. The activity of L1s is generally strongly repressed in normal human tissues, but in many cancers, these elements are reactivated. Both L1 transposition and transcription can have significant effects on cellular function, making it an interesting topic of research from a pathological point-of-view. By studying and understanding more about this transposon, it could be possible to find novel screening methods or even therapeutics for different cancers. One of these cancer types is high-grade serous ovarian carcinoma (HGSOG), which is known for exhibiting L1 upregulation. However, the quantification of L1 transcription has been proven to be very challenging, mostly due to alignment issues caused by the repetitive nature of the element. In addition, a large proportion of L1s reside within genes, meaning that L1 sequence -containing transcripts frequently do not originate from the L1’s own promoter. This thesis aimed to tackle these challenges; I quantified L1 expression at the single-locus level in 11 pre- and post-chemo HGSOC sample pairs, as well as in 5 samples from healthy women, based on single-cell RNA-sequencing. In addition to comparing L1 activity in different sample and cell types, I researched whether L1 activity was associated with any changes in gene expression. The poly(A) site of an L1 is relatively weak, meaning that L1 transcription frequently extends over it. Based on this fact, the utilized approach was to quantify L1 expression based on reads mapping to the 1 kilobase downstream window of each L1 locus, thus minimizing the alignment issues of repetitive elements. Thereafter, the features of the detected loci were carefully assessed to separate false-positive L1s from those with evidence supporting genuine activity, such as tumor sample enriched expression, lack of correlation to host gene, and detection with bulk RNA-sequencing. The activity of the latter loci was then further analyzed to search for differences in L1 expression between pre- and post-chemo samples. In addition, the association between L1-activity and gene expression was examined based on regression models both at the individual gene and molecular signature gene set-level. It was found that L1 expression data is filled with factitiously active loci, highlighting the importance of careful analysis and wet lab validations when studying transposon activity. However, regardless of the issues arising from a sparse and unreliable dataset, I showed that L1 activity was negatively associated with the expression of MYC target genes. MYC has been previously shown to be a transcriptional repressor of the L1, indicating that the obtained results are legitimate. Even though the results obtained from this study appear to be biologically justifiable, they would require further validation to ensure their authenticity. In addition, for the future it would be essential to enhance the sensitivity of the utilized workflow to minimize the sparsity of the data, so that statistical analyses performed would become more reliable. Nevertheless, it was shown that assessing L1 expression at the single-cell level using RNA-sequencing is executable.
  • Suominen, Elenita (Helsingin yliopisto, 2020)
    Tässä pro gradu -tutkielmassa tutkitaan tapaustutkimuksen avulla yhden lapsen kielenkehitystä sekä kommunikointia lähiympäristönsä kanssa suomen ja ranskan kielellä. Tutkimuksen tavoitteena on selvittää, miten lapsi kehittyy kaksikieliseksi varhaislapsuudessa sekä miten kieliympäristö vaikuttaa toisen kielen samanaikaiseen (simultaaniin) oppimiseen. Kaksikieliseksi kasvamisen edellytyksenä on se, että lapsi saa riittävästi virikkeitä molemmilla kielillä. Koska tapaustutkimuksessa suomi on ympäristön puhuma kieli eli valtakieli, ja ranska perhepiirissä käytettävä vähemmistökieli, hypoteesina on, että suomen kieli tulee olemaan dominoiva tutkimustuloksissa. Tutkimuksessa pohditaan myös niitä tekijöitä, joilla saavutettaisiin mahdollisimman vahva ja tasapainoinen osaaminen molemmissa kielissä. Tutkimuksen onkin tarkoitus jakaa tietoa lapsen äidinkielten kehittymisestä, jotta kasvattaja, joka haluaa turvata lapselle vankan kielitaidon molemmissa kielissä, löytäisi siihen kielelliset työkalut ja valitsisi sopivan strategian vähemmistökielen tukemiseen. Tutkimushetkellä havainnoitava lapsi on 1½–2-vuotias. Aineistona on hänen spontaani kommunikaationsa sekä vuorovaikutus suomen- ja ranskankielisten aikuisten sekä kaksikielisten sisarusten kanssa. Aineistoa on kerätty puolen vuoden ajalta päiväkirjamerkinnöin sekä puhetta äänittäen. Aluksi sanoja on vain muutamia, mutta sanavarasto alkaa kehittyä voimakkaasti kahta ikävuotta lähestyttäessä, ja lopulta sanojen kokonaismäärä on yhteensä 217. Tutkimuksen tulokset kertovat kielenkehityksen olleen paitsi kaksikielistä myös simultaanista; molemmat kielet kehittyvät samanaikaisesti, mutta itsenäisessä järjestyksessä ja oman kielioppinsa mukaisesti. Suomenkieliset sanat (106 kpl) ovat valtaosin substantiiveja (50 %). Niiden lisäksi esiintyy suurin piirtein yhtä paljon interjektiota ja muita tunneilmaisuja, onomatopoeettisia sanoja, verbejä, pronomineja ja adverbeja. Myös muutama erisnimi, myöntö- ja kieltomuodot, tervehtimissanoja sekä adjektiiveja kuuluu sanastoon. Ranskankielisissäkin sanoissa (103 kpl) substantiiveja on eniten (36,9 %), mutta myös verbejä on suhteellisen paljon (21,36 %) – kun taas suomenkielisessä sanastossa verbien osuus on vain 6,6 %. Muita sanoja ranskaksi, kuten adverbeja, pronomineja tai tunneilmaisuja esiintyy vastaavissa määrin kuin suomenkielisessä aineistossakin. Tutkimustulosten perusteella lapsen puhuma ranskan kieli olisi ”kuvailevampi” eli ilmaisuvoimaisempi ja ekspressiivisempi kuin suomen kieli. Kielen oppimisen näkökulmasta tämä tarkoittaa sitä, että ranskankielisessä puheessa esiintyy vaikutusta, liikettä, sijainteja sekä ihmisten välistä vuorovaikutusta suomea enemmän. Suomenkielisessä puheessa verbejä on huomattavasti vähemmän, joten oppimisnäkökulma on enemmänkin ”viittaava” eli asioiden nimeämisestä kiinnostunut sisältäen sanoja lapsen lähiympäristöstä, siinä olevista ihmisistä, esineistä, jne. Lapsi on ollut jatkuvassa vuorovaikutuksessa suomeksi ja ranskaksi vanhempiensa sekä sisarustensa kanssa, mutta myös ympäristön vaikutusta tulee analysoida. Ranskan kieli on kehittynyt selvimmin 1 v 11 kk iässä, jolloin lapsi on viettänyt kuukauden Ranskassa. Tässä ikävaiheessa puheeseen on tullut mm. 11 ranskankielistä verbiä, kun samaan aikaan suomenkielisiä verbejä on tullut puheeseen vain yksi. Sen sijaan paluu Suomeen näkyy 2 vuoden kohdalla, jolloin suomen kieli on vuorostaan kehittynyt voimakkaammin. Tutkimuksen tulokset vahvistavat entisestään käsitystä siitä, miten vallitseva ympäristön kieli vaikuttaa kielitaidon kehittymiseen ja toisaalta siitä, miten vähemmistökielen vahvistamiseksi on valittava aktiivinen strategia, jotta lapsesta kehittyisi mahdollisimman tasapainoisesti kaksikielinen ja jotta hän identifioituisi kumpaankin kieleen syntyperäisenä puhujana ja tuntisi molemman kielen kulttuurit omakseen.
  • Pasanen, Annukka; Loukovaara, Mikko; Tuomi, Taru; Butzow, Ralf (2017)
    Objective Preoperative or intraoperative risk assessment models are used to stratify patients with endometrial carcinoma to lymphadenectomy. Our aim was to determine whether preoperative analysis of L1 cell adhesion molecule (L1CAM) can improve risk assessment. Methods Immunohistochemical L1CAM staining was performed on endometrial biopsies of 241 patients and paired hysterectomy samples of 75 patients. Risk assessment models based on preoperative histologic type and grade, myometrial invasion, and/or tumor diameter and alternative models incorporating preoperative L1CAM were compared with regard to their capability of predicting lymph nodal or distant metastasis. Soluble L1 levels were measured by enzyme-linked immunosorbent assay in serum samples of 40 patients with endometrial carcinoma. Results The concordance rate between L1CAM staining results of preoperative and hysterectomy samples was moderate ( = 0.586, P <0.0001). Preoperative L1CAM expression was associated with nonendometrioid histology, lymph node involvement, advanced stage, and positive peritoneal cytology. Receiver operating characteristic curve analyses showed that L1CAM did not significantly improve risk stratification algorithms based on traditional risk factors. Intraoperative tumor diameter was an effective surrogate for myometrial invasion. There was no statistical difference between L1 serum levels of patients with an L1CAM-positive or L1CAM-negative endometrial carcinoma (P = 0.786). Conclusions L1 cell adhesion molecule expression in endometrial biopsy correlates with high-risk features of endometrial carcinoma but does not significantly improve risk stratification algorithms based on traditional factors. Soluble L1 detected in the serum of patients with endometrial carcinoma does not correlate with tumoral L1CAM expression.