Aaltio, Juho
(Helsingin yliopisto, 2019)
Tausta: DNA:n sekvensointitekniikoiden kehitys mahdollistaa yhä useammin harvinaista perinnöllistä sairautta sairastavan potilaan molekyyligeneettisen diagnoosin löytämisen. Uuden sukupolven sekvensointitekniikoista etenkin koko geenistön analyysiä eli eksomisekvensointia on alettu käyttää yleisesti suurien potilaskohorttien taudinaiheuttajamutaatioiden löytämiseen. Suomessa perinnöllisten sairauksien diagnostiikka keskittyy edelleen erilaisten geenitestien ja –paneelien käyttämiseen kliinisen epäilyn perusteella. Eksomisekvensoinnilla voidaan arvioida yhdellä kertaa potilaan kaikkia proteiinia koodaavia geenin alueita mutaation löytämiseksi.
Tavoitteet ja menetelmät: Tutkiaksemme eksomidiagnostiikan merkitystä perinnöllisten sairauksien diagnostiikassa, teimme prospektiivisesti eksomisekvensoinnin 48:lle vaikeaa aivosairautta sairastavalle lapselle, ja vertailimme retrospektiivisesti 48:n kontrollipotilaan sairauskertomustietoja selvittääksemme, onko alkuvaiheen eksomisekvensointi parempi vaihtoehto harvinaisten aivosairauksien diagnostiikassa lapsilla.
Tulokset: Eksomikohortista 18/48 (37,5%) potilaista sai diagnoosin eksomisekvensoinnilla, kontrollikohortissa muulla kuin eksomisekvensoinnilla diagnoosin sai 10/48 (20,8%). Kontrollikohortista 10 potilasta päätyi myöhäisessä vaiheessa eksomisekvensointiin, jolloin 5/48 (10,4%) sai diagnoosin. Ero eksomisekvensoinnilla ja muulla kuin eksomisekvensoinnilla saatujen diagnoosien (37,5%, 20,8%) välillä ei ollut tilastollisesti merkitsevä (p=0,072). Diagnoosiin kuluvassa ajassa eksomikohortissa diagnoosi saatiin keskimäärin 2,8 vuodessa, kontrollikohortissa 4,0 vuodessa (n=18, n=15). Ero ajassa diagnoosiin ei ollut tilastollisesti merkitsevä (p=0,401). Eksomikohortin potilaista 3 geenidiagnoosia mahdollisti hoitokokeilun aloittamisen.
Pohdinta: Tutkimuksellamme saimme eron diagnostiikassa kohorttien välille, vaikka ero ei ollutkaan tilastollisesti merkitsevä. Tuloksessa on pidettävä mielessä, että monet eksomisekvensoinnilla saaduista geenidiagnooseista eivät olisi olleet sairaaladiagnostiikassa käytettävillä geenitesteillä mahdollisia. Tutkimuksemme jatkuu eksomidiagnostiikan kustannustehokkuuden tutkimisella, jolloin selvitämme kohorttien välisiä kustannuksia diagnostisissa selvittelyissä.