Browsing by Subject "MDR"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-8 of 8
  • Acharjee, Mrityunjoy; Hoque, Rezaul; Shreya, Shawda Shafiq; Tabassum, Nafisa; Acharjee, Mahima Ranjan; Rezanujjaman, Md; Rahman, Moshfiqur; Al Amin, Shilu; Mahmud, Md Rayhan (2021)
    Background: The ability of many bacteria to adhere on the host surfaces and forming biofilms has major implications in a wide variety of industries including the food industry, where biofilms may create a persistent source of contamination. In the same environmental condition, the multiple bacterial species can closely interact with each other and may easily enhance their drug resistance capability, which finally increases the multidrug resistant (MDR) attribute of the species. Objective: The present study examined whether the mixed-species biofilm possesses any impact on the enhancement of the antibiotic resistance of the planktonic or single-cell bacterial isolates present in the fish samples. Methods: In this regard, Cyprinus rubrofuscus (Koi), Heteropneustes fossilis (Shing) and Mystus vittatus (Tengra) fishes were collected and subjected to form an in vitro biofilm by shaking condition into the wise bath. The drug-resistant pattern was determined by the Kirby Bauer technique. Results: All the samples exhibited a huge array (up to 10(7) cfu/ml or g) of bacteria such as E. coli, Klebsiella spp., Vibrio spp., Salmonella spp., Proteus spp. and Staphylococcus spp. The isolates from both the bulk samples and their corresponding biofilms were subjected to antibiogram assay using antibiotics such as Ampicillin (10 mu g), Erythromycin (15 mu g), Streptomycin (STP 10 mu g), Oxacillin (10 mu g), Nalidixic acid (30 mu g). Before biofilm formation, few of the isolates were found to be sensitive and few were resistant against the antibiotics. But when the species were isolated from the biofilm the sensitive one acquired drug resistance and resistant strain unveiled more resistance towards the same antibiotics. The present study revealed extensive bacterial contamination in fish samples among those some were resistant against the supplied drugs. Conclusion: After the formation of multi-species biofilm, the isolates became more resistant against the same drugs that is alarming for consumers and major obstacles to maintain sustainable health. (C) 2021 The Authors. Published by Elsevier B.V. on behalf of King Saud University.
  • Kuosmanen, Soile (Helsingfors universitet, 2013)
    The lower respiratory infection tuberculosis (TB) has been the leading cause of death for centuries causing millions of deaths worldwide. The development of antibiotic therapy has reduced the morbidity and mortality during the 20th century, at least in the developed countries. However, tuberculosis is still the world's second leading cause of death from infectious diseases. Although TB can be treated and even cured with drug therapy, the treatment is extremely long and requires 6-9 months constant drug therapy. This prolonged treatment causes poor patient compliance, which is usually the reason for the selection of drug resistant and often multidrug (MDR-TB) or even extensively drug-resistant (XDR-TB) TB bacteria. Limitations of available therapies and the emergence of drug-resistant strains have intensified the search for new drugs from natural sources. Marine micro- and macro-organisms have proven to be an excellent source of structurally unique biologically active natural products. EU FP7 -funded MAREX project, launched in 2010, aims at identifying new biologically active compounds from marine sources. This Master's thesis was carried out as a part of the MAREX project. The aim of this study was to optimize and validate a reproducible method to determine antimicrobial activity of natural products against Mycobacterium smegmatis, which is a widely used non-pathogenic surrogate model for TB. In the present study, spectrophotometric microplate assay was optimized and validated using existing antibacterial agents ciprofloxacin and rifampicin as reference compounds. The assay was performed on 96-well plate by using two detection techniques, absorbance measurement and a colorimetric indicator, for the antibacterial MIC end-point determination. The results obtained by the described methods were compared with each other in order to achieve the most optimal assay conditions. The quality control parameters S/B, S/N and Z' factor were used in order to determine the optimal experimental conditions for the assay. Obtaining reliable results with the turbidimetric method required incubation for two days in the case of ciprofloxacin, and for five days with rifampicin. Colorimetric measurement led to similar results as the turbidimetric measurement for both of the reference compounds. The method was further used for the screening of a group of marine extracts. None of the 21 samples tested showed significant activity against M. smegmatis.
  • Lienemann, Taru; Kyyhkynen, Aino; Halkilahti, Jani; Haukka, Kaisa; Siitonen, Anja (2015)
    Background: Salmonella enterica spp. enterica serotype Typhimurium (STM) is the most common agent of domestically acquired salmonellosis in Finland. Subtyping methods which allow the characterization of STM are essential for effective laboratory-based STM surveillance and for recognition of outbreaks. This study describes the diversity of Finnish STM isolates using phage typing, antimicrobial susceptible testing, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA), and compares the discriminatory power and the concordance of these methods. Results: A total of 375 sporadic STM isolates were analysed. The isolates were divided into 31 definite phage (DT) types, dominated by DT1 (47 % of the isolates), U277 (9 % of the isolates) and DT104 (8 % of the isolates). Of all the isolates, 62 % were susceptible to all the 12 antimicrobials tested and 11 % were multidrug resistant. Subtyping resulted in 83 different XbaI-PFGE profiles and 111 MLVA types. The three most common XbaI-PFGE profiles (STYM1, STYM7 and STYM8) and one MLVA profile with three single locus variants accounted for 56 % and 49 % of the STM isolates, respectively. The studied isolates showed a genetic similarity of more than 70 % by XbaI-PFGE. In MLVA, 71 % of the isolates lacked STTR6 and 77 % missed STTR10p loci. Nevertheless, the calculated Simpson's diversity index for XbaI-PFGE was 0.829 (95 % CI 0.792-0.865) and for MLVA 0.867 (95 % CI 0.835-0.898). However, the discriminatory power of the 5-loci MLVA varied among the phage types. The highest concordance of the results was found between XbaI-PFGE and phage typing (adjusted Wallace coefficient was 0.833 and adjusted Rand coefficient was 0.627). Conclusions: In general, the calculated discriminatory power was higher for genotyping methods (MLVA and XbaI-PFGE) than for phenotyping methods (phage typing). Overall, comparable diversity indices were calculated for PFGE and MLVA (both DI > 0.8). However, MLVA was phage type dependent providing better discrimination of the most common phage types. Furthermore, 5-loci MLVA was a less laborious method and easier to interpret than XbaI-PFGE. Thus, the laboratory-based surveillance of the Finnish human STM infections has been conducted with a combination of phage typing, antimicrobial susceptibility testing and 5-loci MLVA since January 2014.
  • Lääveri, Tinja; Vlot, Jessica A.; van Dam, Alje P.; Häkkinen, Hanni K.; Sonder, Gerard J. B.; Visser, Leo G.; Kantele, Anu (2018)
    Background: One third of travellers to low- and middle-income regions of the tropics and subtropics become colonized by extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae (ESBL-PE). The risk varies by destination and, for each traveller, may be substantially further increased by travellers' diarrhoea (TD) and antibiotic use. Despite the risk of TD in Africa, ESBL-PE acquisition rates in all studies are lower there than in Asia. Africa has become increasingly popular as a destination for international travellers, yet minimal data are available from the continent's subregions and countries. Methods: We analysed subregion- and country-specific data on carriage and risk factors for ESBL-PE colonization pooled from three prospective studies conducted between 2009 and 2013 among Finnish and Dutch travellers. The data were subjected to multivariable analysis of risk factors. In addition, we compared our data to two recent large investigations reporting data by subregion and country. Results: Our joint analysis comprised data on 396 travellers. The ESBL-PE colonization rate was highest in Northern Africa, followed by Middle and Eastern Africa, and lowest in Southern and Western Africa. Of individual countries with more than 15 visitors, the highest rates were seen for Egypt (12/17; 70.6%), Ghana (6/23; 26.1%), and Tanzania (14/81; 17.3%); the rates among travellers to Egypt were comparable to those reported in South and Southeast Asia. In a pooled multivariable analysis, travel destination, age, overnight hospitalisation abroad, TD, and use of fluoroquinolones were independently associated with increased ESBL-PE colonization rates. Conlusions: Even in areas with relatively low risk of colonization, antimicrobials clearly predispose to colonization with ESBL-PE. Travellers to Africa should be cautioned against unnecessary use of antibiotics.
  • Lääveri, Tinja; Vlot, Jessica A; van Dam, Alje P; Häkkinen, Hanni K; Sonder, Gerard J B; Visser, Leo G; Kantele, Anu (BioMed Central, 2018)
    Abstract Background One third of travellers to low- and middle-income regions of the tropics and subtropics become colonized by extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae (ESBL-PE). The risk varies by destination and, for each traveller, may be substantially further increased by travellers’ diarrhoea (TD) and antibiotic use. Despite the risk of TD in Africa, ESBL-PE acquisition rates in all studies are lower there than in Asia. Africa has become increasingly popular as a destination for international travellers, yet minimal data are available from the continent’s subregions and countries. Methods We analysed subregion- and country-specific data on carriage and risk factors for ESBL-PE colonization pooled from three prospective studies conducted between 2009 and 2013 among Finnish and Dutch travellers. The data were subjected to multivariable analysis of risk factors. In addition, we compared our data to two recent large investigations reporting data by subregion and country. Results Our joint analysis comprised data on 396 travellers. The ESBL-PE colonization rate was highest in Northern Africa, followed by Middle and Eastern Africa, and lowest in Southern and Western Africa. Of individual countries with more than 15 visitors, the highest rates were seen for Egypt (12/17; 70.6%), Ghana (6/23; 26.1%), and Tanzania (14/81; 17.3%); the rates among travellers to Egypt were comparable to those reported in South and Southeast Asia. In a pooled multivariable analysis, travel destination, age, overnight hospitalisation abroad, TD, and use of fluoroquinolones were independently associated with increased ESBL-PE colonization rates. Conlusions Even in areas with relatively low risk of colonization, antimicrobials clearly predispose to colonization with ESBL-PE. Travellers to Africa should be cautioned against unnecessary use of antibiotics.
  • Päärni, Toni (Helsingin yliopisto, 2020)
    Euroopan unionin lääkinnällisten laitteiden sääntely on siirtymävaiheessa. Tämä siirtymävaihe koostuu kahdesta EU:n lainsäädännön joukosta, lähtevistä direktiiveistä ja tulevista asetuksista. Ensinnäkin lähtevät direktiivit ovat direktiivi 93/42/ETY lääkinnällisistä laitteista (ja sen muutosdirektiivi 2007/47/EY), direktiivi 98/79/EY in vitro -diagnostiikkaan tarkoitetuista lääkinnällisistä laitteista ja direktiivi 90/385/ETY aktiivisista implantoitavista lääkinnällisistä laitteista. Toiseksi tulevien asetusten joukko yhdistää kolme aiempaa direktiiviä kahdeksi asetukseksi: lääkinnällisistä laitteista annettu asetus (EU) 2017/745 ja in vitro -diagnostisista lääkinnällisistä laitteista annettu asetus (EU) 2017/746. Uutta lääkinnällisistä laitteista annettua asetusta (EU) 2017/745 aletaan soveltamaan täysimääräisesti 26. toukokuuta 2021. Siirtymäkauden aikana sovelletaan rinnakkain sekä lääkinnällisistä laitteista annettua asetusta että lääkinnällisiä laitteita koskevia direktiivejä. Asetus 2017/745 syntyi tarpeesta lisätä läpinäkyvyyttä lääkinnällisten laitteiden vaatimustenmukaisuusprosessissa. Sen perustana oli asettaa potilasturvallisuus etusijalle ja siksi asetus perustuu muun muassa riskin käsitteen ympärille ja vaatimuksenmukaisuusarviointi sisältää muun muassa riski-hyöty arvion. 2000-luvun alussa PIP-rintaimplantteihin liittyvän skandaalin myötä, Euroopan unionin jäsenmaat vaativat lisää läpinäkyvyyttä ja kontrollointia ilmoitettujen laitosten vaatimuksenmukaisuusarviointimenettelyihin. Skandaalissa ranskalainen Poly Implant Prothèse käytti teollisuuskäyttöön tarkoitettua silikonia rintaimplanttiensa valmistamiseen. Implantit aiheuttivat lukemattomia terveyshaittoja käyttäjilleen, kuten rintasyöpää ja rikkoutuvia tai vuotavia implantteja. Implantit läpäisivät vaatimuksenmukaisuusarvioinnin ja ne saatettiin laillisesti Euroopan markkinoille. Skandaalista huomattiin, että vaatimuksenmukaisuusarviointiprosessiin tarvittiin muutosta ja tästä syntyi lääkinnällisistä laitteista annettu asetus (EU) 2017/745. Asetuksen mukaan laite määritellään lääkinnälliseksi sen käyttötarkoituksen perusteella. Lainsäätäjä on asettanut määrittelyn vastuun valmistajalle. Mikäli valmistaja on tarkoittanut, että laitetta käytetään missä tahansa asetuksen 2 artiklan 1 kohdassa säädetyssä käyttötarkoituksessa, niin laite on lääkinnällinen ja siten asetusta (EU) 2017/745 sovelletaan siihen. Lääkinnällisten laitteiden sääntely tuo isoja muutoksia vaatimustenmukaisuusmenettelyyn erityisesti lääkinnällisten ohjelmistojen osalta. Kaikki lääkinnälliset ohjelmistot mobiilisovelluksista algoritmeihin ovat asetuksessa ohjelmisto-käsitteen alaisia. Asetus laajentaa lääkinnällisten laitteiden määritelmää ja korottaa suuren osan lääkinnällisistä ohjelmistoista luokasta I vähintään luokkaan IIa. Laitteet jaetaan luokkiin I, IIa, IIb ja III, joissa isompi luokka vastaa korkeampaa riskiä ja laajempaa vaatimustenmukaisuuden arviointimenettelyä. Ohjelmistojen luokituksen korottaminen tarkoittaa sitä, että aiemmin itsesertifioinnin kautta markkinoille tulleet lääkinnälliset laitteet joutuvat nyt ottamaan ilmoitetun laitoksen mukaan vaatimuksenmukaisuuden arviointiprosessiin. Lääkinnällisten laitteiden sääntely on rakennettu fyysisen laitteen käsitteen ympärille. Tämä voidaan nähdä muun muassa siitä, että muutos laitteessa tarkoittaa aina asetuksen mukaan uutta laitetta ja vaatii siten aina uuden vaatimuksenmukaisuusarviointimenettelyn. Moderni ohjelmistokehitys taas on nopeaa, iteratiivista ja se on alisteinen tehokkaille päivitys-, uudistus- ja kehityssykleille. Mikäli jokainen muutos nähdään uutena laitteena ja siten vaatisi uuden vaatimuksenmukaisuusarvioinnin, niin ohjelmistojen kehitysprosessi ei välttämättä pysty tällä hetkellä vastaamaan vaadittuihin vaatimuksiin. Tutkielma pyrkii systematisoimaan lääkinnällisistä laitteista annettua asetusta. Siinä nostetaan esiin ongelmatilanteita ohjelmistokehityksen ja asetuksen yhteensovittamisessa. Kipupisteet kulminoituvat lähinnä siihen, että ohjelmistoa arvioidaan fyysisenä laitteena. Lisäksi ongelmia aiheuttaa se, että ohjelmistoja arvioidaan yleisesti ohjelmistokäsitteen alla, eikä erilaisten ohjelmistojen monimuotoisuuden kautta. Tutkielmassa nostetaan myös esiin muun muassa julkisiin pilvipalvelualustoihin, tekoälyyn ja koneoppimiseen liittyvät vaatimuksenmukaisuushaasteet. Innovaatioprosessi on tärkeä, mutta muut arvot, mukaan lukien turvallisuus, yleinen saatavuus ja kustannusten hallinta, on otettava huomioon.
  • Turunen, Katri A.; Kantele, Anu (2021)
    Background As antimicrobials increase the risk of acquiring multidrug-resistant (MDR) bacteria, unnecessary antibiotics should be avoided for travellers’ diarrhoea (TD). Antibiotics are recommended in TD accompanied by fever or incapacitation (TD justifying use of antibiotics, TDjuAB). Seeking tools for reducing antibiotic use, we explored factors predisposing to TDjuAB and scrutinized antibiotic treatment among those with TDjuAB [TDjuAB(+) subgroup] and those with diarrhoea not justifying antibiotics [TDjuAB(−) subgroup]. Methods We conducted a study among 370 prospectively recruited visitors to the tropics. Stool samples and questionnaires were collected before and after travel. Enteric pathogens were analysed by qPCR for enteropathogenic (EPEC), enteroaggregative (EAEC), enterotoxigenic (ETEC), enterohaemorrhagic (EHEC) and enteroinvasive (EIEC) E. coli/Shigella, Campylobacter, Salmonella, Yersinia and Vibrio cholerae, and for ETEC’s toxins LT (heat-labile), STh (human heat-stable) and STp (porcine heat-stable). TD was defined by the WHO criteria and TDjuAB as diarrhoea accompanied by fever, and/or disrupting or preventing daily activities. Multivariable analysis was applied—separately for travel-related factors and pathogens—to identify risk factors for TDjuAB(+). Results Among the 370 travellers, TD was contracted by 253 (68%), categorized as TDjuAB(+) in 93/253 (37%) and TDjuAB(−) in 160/253 (63%) of the cases. Antibiotics were used for TD by 41% in TDjuAB(+) and by 7% in the TDjuAB(−) group. Relative risk ratios (RRR)s are presented for both the TDjuAB(+) and the TDjuAB(−) groups. TDjuAB(+) was associated with long travel duration and young age. Among the 298 subjects not having taken antibiotics, increased RRRs were found e.g. for findings of Campylobacter coli/jejuni and ETEC’s STh toxin. Conclusions The first to analyse risk factors for TDjuAB, our study presents RRRs for demographic and behavioural factors and for various pathogens. Only less than half of those in the TDjuAB(+) group took antibiotics, which demonstrates that most cases meeting the current criteria recover without antimicrobial treatment.
  • Filppula, Pihla (Helsingin yliopisto, 2019)
    Staphylococcus pseudintermedius kuuluu koiran normaalimikrobistoon, 42–92 % koirista toimii sen kantajanaja. Se on myös yleinen korva- ja ihotulehdusten aiheuttaja. Metisilliiniresistentti S. pseudintermedius (MRSP) on resistentti beetalaktaameille,jolloin infektion hoito vaikeutuu. Mikrobilääkeresistenssin lisääntyminen onkin ajankohtaista eläinlääketieteessä. Tässä lisensiaatintutkielmassa selvitettiin S. pseudintermedius -bakteerin mikrobilääkeresistenssiä Suomessa ja verrattiin sitä muissa maissatehtyihin tutkimuksiin. Tutkielma sisältää kirjallisuuskatsauksen ja tutkimusosion. Kirjallisuuskatsauksessa tutustuttiin S.pseudintermedius -bakteeriin, stafylokokkien resistenssimekanismeihin sekä mikrobilääkeresistenssiin maailmalla. Lisäksikäsiteltiin lyhyesti S. pseudintermedius - ja MRSP -infektion hoitoa. Tutkimusosiossa laskettiin mikrobilääkkeistä resistenttienbakteerien osuus prosentteina, moniresistenttien kantojen osuus sekä selvitettiin taustatekijöiden merkitystä MRSP:n yhteydessä.Analysoitavia mikrobilääkkeitä olivat oksasilliini, klindamysiini, erytromysiini, tetrasykliini, sulfa-trimetopriimi, fusidiinihappo,enrofloksasiini, gentamisiini sekä amikasiini. Tutkielman hypoteesina oli, että mikrobilääkeresistenssi on kasvanut osanmikrobilääkkeen kohdalla vuosien aikana. Tutkielman aineisto koostui eläinlääketieteellisen tiedekunnan kliinisen mikrobiologian laboratorion Provet LIMS -järjestelmästäperäisin olevista S. pseudintermedius -löydösten kiekkoherkkyysmääritysten tuloksista. Löydöksiä oli raakadatan tarkistuksenjälkeen yhteensä 1932 kappaletta, ja ne olivat vuosilta 2011-2015. Näytteiden analysointiin ja taulukointiin käytettiin MicrosoftExcel® 2010 ja 2016 - sekä WHONET 5.6 -ohjelmaa, johon tiedot siirrettiin BacLink 2-ohjelman avulla. Luottamusvälit laskettiinWHONET 5.6 -ohjelmalla tai EpiTools-työkalulla. P-arvot laskettiin khiin neliö -testillä tai tarvittaessa Fisherin eksaktilla testillä. Tetrasykliiniresistenssi oli yleisintä vaihdellen 36,2–40,8 % välillä. Klindamysiini- ja erytromysiiniresistenssi olivat seuraavaksiyleisimpiä vaihdellen 27,8–36,2 % välillä. Testatuista kannoista 10,9–18,1 % oli MRSP-kantoja. Moniresistenttien kantojen osuusaineistossa oli 22–28,6 %. Kissoilla MRSP-tartunta oli yleisempi kuin koirilla (p: 0,026), joskin kissojen pienen määrän takia tulos eiole luotettava. Pintamärkäviljelyn näytetyypillä oli tilastollisesti merkitystä (p: 0,001), mutta näytteenottovuodella (p: 0,086) taimaakunnalla (p: 0,070) ei ollut merkitystä. Mikrobilääkeresistenssin kasvusta tai laskusta ei tehty tilastollista testausta, joten ei voida sanoa, oliko silmämääräisesti havaitutmikrobilääkeresistenssin muutokset tilastollisesti merkitseviä ja siten hypoteesin mukaisia. Suomen mikrobilääkeresistenssi on samassa linjassa Euroopan maiden kanssa niiltä osin, kun samoja mikrobilääkkeitä on testattu. MRSP-kantojen esiintyvyys on ollut hieman korkeampaa kuin muualla Euroopassa, mutta Australiassa oksasilliiniresistenssi on ollut samaa tasoa Suomen kanssa. Suomen MRSP-bakteerien mikrobilääkeresistenssi vastaa pääsääntöisesti hyvin Pohjoismaiden tuloksia, mutta muuhun Eurooppaan verrattuna on eroavaisuuksia. Erilaisten ihoinfektioiden kohdalla olisi aina hyvä ottaa näyte ja määrittää bakteerin resistenssiprofiili turhien mikrobilääkekuurien määräämisen ehkäisemiseksi, resistenssin muodostumisen välttämiseksi sekä tehokkaan hoidon takaamiseksi.