Browsing by Subject "MPN"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-3 of 3
  • Chen, Yongchen (Helsingfors universitet, 2013)
    Soil contamination with oily products poses great healthy and environmental risks to the polluted sites. The remediation difficulty mainly comes from the complexity of hydrocarbons. Different kinds of remediation technologies have been applied for hydrocarbon removal from soil. New technologies especially in situ bioremediation technologies are emerging constantly. Soil assessment is a key step in the remediation processes since it provides information about the contamination level and potential risks. In the present study, hydrocarbon contaminated soil samples were collected from two sites (one site was contaminated by weathered oily sludge waste with some vegetated plots; the other was contaminated with fuel oil with short-chain hydrocarbons). The samples were analyzed for physicochemical properties and hydrocarbon degraders were enumerated. Four degrading strains were isolated from the samples and their 16S rRNA genes were sequenced. The samples and isolates were investigated to check the existence of three catabolic genes involved in petroleum degradation. The objective was to reveal the intrinsic bioremediation potential of contaminated soils by investigating the key remediation “players” i.e. the degrader microorganisms and catabolic genes. The coexistence of abundant degraders and diverse catabolic genes give the soil a good potential for bioremediation. In addition, the relationships between degrader counts, genes detection and soil contamination levels can reveal how the contaminants affect the indigenous microbial community. The differences between vegetated and nonvegetated plots can also suggest if vegetation with legumes has good potential for hydrocarbon bioremediation. According to the results, both sites were moderately contaminated with different hydrocarbon composition. In the landfarming site, the TPH depletion in vegetated fields was higher than the unvegetated bulk soil areas. However, the degrading microorganism counts had no significant differences between vegetated and nonvegetated plots. The hydrocarbon contamination level had no correlation with the degrader counts. In subsurface soils where aeration was quite limited, degrading microorganisms were much lower than those in surface soils. Catabolic genes were detected from the isolated strains but rarely from the contaminated soil samples. The contaminants co-extracted with soil DNA may inhibit the PCR-based gene detection. With more primer sets or primers targeting broader genetic diversity ranges, more detection results can be expected.
  • Nikko, Riitta (Helsingfors universitet, 2003)
    Clostridium botulinum on gram-positiivinen itiöllinen anaerobinen sauvabakteeri. Epäsuotuisissa kasvuolosuhteissa bakteeri tuottaa lämpökestävän itiön. Bakteerin itiöitä esiintyy yleisesti maaperässä ja vesistöjen sedimenteissä. Clostridium botulinumin vegetatiivisten solujen tuottama toksiini on yksi vahvimmista myrkyistä ja se voi sairastuttaa sekä ihmisiä että eläimiä. Hevonen on erittäin herkkä botulinumtoksiinille. Maailmalla on raportoitu useita tapauksia, joissa pilaantunutta rehua syöneet hevoset ovat sairastuneet ja kuolleet myrkyn aiheuttamiin halvausoireisiin. Myös Suomessa on raportoitu botulismiepäilyjä, jotka ovat liittyneet pilaantuneen säilörehun syöttämiseen. Tässä tutkimuksessa selvitettiin C. botulinum tyyppien A, B, E ja F itiöiden mahdollista esiintymistä hevosen ulosteessa laidunkaudella. Työni liittyy osana tutkimukseen, jossa selvitetään C. botulinumin itiöiden esiintyvyyttä hunajassa. Mehiläisten tiedetään käyttävän vettä pesän lämmönsäätelyyn ja omaksi ravinnokseen. Tarvitsemansa veden mehiläiset hakevat lantaloista ja lantakasoista ja näin ollen on mahdollista, että hevosen uloste voisi toimia mahdollisena kontaminaatiolähteenä. Suomessa ei ole aikaisemmin tutkittu C. botulinumin itiöiden esiintymistä hevosen ulosteessa. Näytteet kerättiin eläinlääkäreiden ja eläinlääketieteen kandidaattien avustuksella sadalta hevoselta eri puolilta Suomea. Näytteenottotiloilla eläinlääkäri täytti hevosen omistajan tai tallinpitäjän avustuksella kyselykaavakkeen, jonka avulla selvitettiin mm. hevosten ruokintaa, vedensaantia ja laidunolosuhteita. C. botulinumin detektio tehtiin rikastuksen jälkeen multiplex-PCR –menetelmällä. Itiöiden määrä määritettiin MPN (Most Probable Number) –menetelmää käyttäen. Näytteistä punnittiin 1 g:n erissä kymmenen putken sarjat, joista positiivisen tuloksen antaneiden putkien lukumäärästä MPN-luku laskettiin. Käytetyllä menetelmällä hevosen ulostenäytteistä havaittiin C. botulinumin suhteen positiivisiksi 16 (16%) näytettä. Kaikki positiiviset näytteet sisälsivät tyypin B itiöitä. Tulos on sopusoinnussa elintarvike- ja ympäristöhygienian laitoksella meneillään olevan tutkimuksen kanssa, jossa C. botulinum tyyppiä B todettiin esiintyvän Suomen maaperässä. Ulostenäytteistä löydettyjen itiöiden määrä vaihteli 11-69 kpl itiöitä/100 g näytettä keskiarvon ollessa 28 itiötä/100 g näytettä. Kyselytutkimuksen aineisto analysoitiin c2 –testin avulla. Kysyttyjen muuttujien suhteen ei havaittu tilastollisesti merkittäviä eroja positiivisten ja negatiivisten hevosten välillä (p>0,05). Tämän tutkimuksen perusteella hevosen uloste voi toimia mahdollisena kontaminaatiolähteenä hunajassa esiintyville C. botulinumin itiöille.
  • Lehto, Maria (Helsingfors universitet, 2002)
    Clostridium botulinum on gram-positiivinen, anaerobinen bakteeri, jota esiintyy maaperässä ja vesistöjen sedimenteissä maailmanlaajuisesti. Epäsuotuisissa olosuhteissa se tuottaa kestävän itiön. Ympäristön itiöt voivat kontaminoida sekä elintarvikkeita että eläinten rehuja. C. botulinumin tuottama botulinumtoksiini on yksi vahvimmista tunnetuista myrkyistä ja se sairastuttaa niin ihmisiä kuin eläimiäkin. Myös nauta on botulinumtoksiinille herkkä. Maailmalla on raportoitu useita tapauksia, joissa karja on sairastunut ja menehtynyt botulismin aiheuttamiin halvausoireisiin. Suomessa on ollut naudan botulismiepäilyjä, mutta tapauksia ei ole raportoitu. Yleisesti tapaukset liittyvät pilaantuneen säilörehun syöttämiseen. Osalta sairastuneista naudoista on pystytty eristämään C. botulinumin itiöitä tai toksiinia ruoansulatuskanavasta tai ulosteesta. Tässä työssä tutkittiin C. botulinum -itiöiden mahdollista esiintymistä naudan ulosteessa laidunkaudella. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää onko naudan uloste mahdollinen kontaminaatiolähde hunajassa esiintyville C. botulinumin itiöille. Mehiläiset käyttävät vettä sekä pesän lämmönsäätelyyn että omaksi ravinnokseen. Lantaloiden vedestä ne saavat tarvitsemiaan kivennäisaineita. Suomessa ei ole aikaisemmin tutkittu C. botulinumin itiöiden esiintymistä naudan ulosteessa. Näytteet kerättiin keinosiementäjien avustuksella sadalta eri naudalta eri puolilta Suomea. Näytteenottotiloilla karjanhoitaja täytti kyselykaavakkeen, jonka avulla selvitettiin mm. nautojen ruokintaa, vedensaantia ja laidunolosuhteita. C. botulinumin detektio tehtiin rikastuksen jälkeen multiplex-PCR-menetelmällä. Itiöiden määrä määritettiin MPN (Most Probable Number) -menetelmää käyttäen. Näytteistä punnittiin 1 g:n erissä kymmenen putken sarjat, joista positiivisen tuloksen antaneiden putkien lukumäärästä MPN-luku laskettiin. Käytetyllä menetelmällä naudan ulostenäytteistä todettiin C. botulinumin suhteen positiiviseksi kaksi (2 %) näytettä. Niiden itiöiden määrä oli vähäinen, ka. 11 kpl itiöitä/ 100 g näytettä. Vähäisen itiöiden esiintyvyyden takia tulosta ei voida käsitellä tilastollisesti ja siten ei voida sanoa onko positiivisten eläinten esiintymisellä alueellista vaihtelua. Tutkimuksen perusteella voidaan olettaa, että uloste ei olisi merkittävä hunajan kontaminaatiolähde.