Browsing by Subject "Salmo salar"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-6 of 6
  • Kjaerner-Semb, Erik; Edvardsen, Rolf B.; Ayllon, Fernando; Vogelsang, Petra; Furmanek, Tomasz; Rubin, Carl Johan; Veselov, Alexey E.; Nilsen, Tom Ole; McCormick, Stephen D.; Primmer, Craig R.; Wargelius, Anna (2021)
    Most Atlantic salmon (Salmo salarL.) populations follow an anadromous life cycle, spending early life in freshwater, migrating to the sea for feeding, and returning to rivers to spawn. At the end of the last ice age similar to 10,000 years ago, several populations of Atlantic salmon became landlocked. Comparing their genomes to their anadromous counterparts can help identify genetic variation related to either freshwater residency or anadromy. The objective of this study was to identify consistently divergent loci between anadromous and landlocked Atlantic salmon strains throughout their geographical distribution, with the long-term aim of identifying traits relevant for salmon aquaculture, including fresh and seawater growth, omega-3 metabolism, smoltification, and disease resistance. We used a Pool-seq approach (n = 10-40 individuals per population) to sequence the genomes of twelve anadromous and six landlocked Atlantic salmon populations covering a large part of the Northern Hemisphere and conducted a genomewide association study to identify genomic regions having been under different selection pressure in landlocked and anadromous strains. A total of 28 genomic regions were identified and includedcadm1on Chr 13 andppargc1aon Chr 18. Seven of the regions additionally displayed consistently reduced heterozygosity in fish obtained from landlocked populations, including the genes gpr132, cdca4, and sertad2 on Chr 15. We also found 16 regions, includingigf1on Chr 17, which consistently display reduced heterozygosity in the anadromous populations compared to the freshwater populations, indicating relaxed selection on traits associated with anadromy in landlocked salmon. In conclusion, we have identified 37 regions which may harbor genetic variation relevant for improving fish welfare and quality in the salmon farming industry and for understanding life-history traits in fish.
  • Partanen, Reeta-Maria (Helsingin yliopisto, 2020)
    There is a naturally reproducing Atlantic salmon population in the River Teno in northern Norway and Finland. The Teno population has a strong population structure and up to 28 subpopulations have been recognized. Estimation of effective population size is important in conservation of the subpopulations. Effective population size tells about genetic variation of a population and is among the most important concepts in conservation genetics. In this study, current and past effective population sizes of 28 subpopulations were estimated from high density SNP-data for 1137 individuals in total. The estimation was done with the linkage disequilibrium method and the effects of using different assumptions were studied. Current estimated effective population sizes in subpopulations were generally low and ranged from around nine to 272 individuals. Only four populations had a current effective population size bigger than 50 individuals. Past effective population sizes showed a clear declining trend from the most distant generations in all populations. The choice between physical and linkage map as well as female, male or average linkage map had an effect to estimates. Also, different sample size corrections resulted in different estimates. Furthermore, effective population size was estimated with temporal method in three populations. It was detected that the estimates from temporal and linkage disequilibrium method were different from each other. The results of this study suggest that Teno Atlantic salmon subpopulations have declined over the past 150 generations and are in risk of losing genetic variation due to current low effective population size. This should be taken into account in conservation plans.
  • Haveri, Markus (Helsingfors universitet, 2011)
    Istutetut kalat selviävät luonnonoloissa usein huomattavasti luonnossa kasvaneita lajikumppaneitaan heikommin. Laitosten kasvatusaltaissa kasvavilla kaloilla ei ole ennen istutusta tarvetta oppia luonnossa välttämättömiä taitoja. Jos istutuskalat ovat sukupolvi sukupolven jälkeen laitoskalojen jälkeläisiä, voi myös kalojen perimä laitostua, kun perimään kertyy luonnossa selviytymisen kannalta haitallisia ja laitosoloissa hyödyllisiä ominaisuuksia. Suomessa hyvä esimerkkilaji istutuskaloista ja niiden ongelmista on lohi (Salmo salar). Yksi istutusten tuloksellisuudelle merkityksellisistä kalojen taidoista on pedonvälttämiskäyttäytyminen eli se, kuinka hyvin kalat välttävät saaliiksi jäämistä. Sekä laitosoloissa kasvamisen että perimän laitostumisen on todettu voivan muuttaa kalojen pedonvälttämiskäyttäytymiseen liittyviä käyttäytymispiirteitä. On myös saatu näyttöä perimältään laitostuneiden kalojen luonnonkantaisia kaloja suuremmasta riskistä jäädä petojen saaliiksi. Luonnonkalojen ja laitoskalojen väliset erot sopeutuvuudessa luonnonoloihin ovat poikineet runsaasti tutkimuksia, joissa on selvitetty, miten laitoskalojen pedonvälttämiskäyttäytyminen saataisiin muistuttamaan enemmän luonnonkalojen käyttäytymistä. Tärkeimpiä samankaltaistamiskeinoja ovat laitosten kasvatusaltaiden muuttaminen virikkeellisiksi eli enemmän luonnonoloja vastaaviksi ja laitoskalojen kouluttaminen ennen istutusta. Tutkin kokeissani perimän laitostumisen, virikkeellisen kasvatusympäristön ja klassisen ehdollistamisen vaikutuksia yksivuotiaiden lohenpoikasten pedonvälttämiskäyttäytymiseen. Käytössäni oli Simojoen populaation lohenpoikasia neljästä eri kanta-kasvatusympäristö-käsittelystä: perinteisissä kasvatusaltaissa kasvatettuja luonnonkannan kaloja, virikkeellisissä kasvatusaltaissa kasvatettuja luonnonkannan kaloja, perinteisissä kasvatusaltaissa kasvatettuja laitostuneen kannan kaloja ja virikkeellisissä kasvatusaltaissa kasvatettuja laitostuneen kannan kaloja. Ensimmäisessä kokeessani vertailin eri käsittelyjen kalojen poistumisnopeutta ns. lähtölaatikosta sekä uintikäyttäytymistä kaukalossa, jossa ne eivät olleet aiemmin olleet. Toisessa kokeessa tarkkailin, miten ns. hälyaine vaikutti rohkeuskokeessa olleiden kalojen käyttäytymiseen, kun niitä uitettiin uudestaan samoissa kaukaloissa. Kolmannessa kokeessa ehdollistin molempien laitoskantaisten käsittelyjen kaloja hauen hajulle hälyaineen avulla. Ehdollistamisen jälkeen tarkkailin, kuinka poikaset käyttäytyvät kaukaloissa, joihin johdettiin hauen hajua. Tein myös selviytymiskokeen, jossa vapautin saman ehdollistamiskäsittelyn läpikäyneitä kaloja altaisiin, joissa hauet saivat saalistaa poikasia ja joihin oli kasattu poikasille suojapaikaksi kiviröykkiö. Odotin luonnonkantaisten, virikkeellisesti kasvatettujen ja ehdollistettujen kalojen olevan muita varovaisempia ja hauilta paremmin selviytyviä. Virikkeellinen kasvatus lisäsi monella käyttäytymismuuttujalla mitattuna kalojen varovaisuutta tai arkuutta. Joillain muuttujilla mitattuna virikkeellisyys vaikutti varovaisuutta tai arkuutta lisäten vain luonnonkantaisiin kaloihin Siten myös kalan kannalla oli merkitystä. Yhdessä käyttäytymismuuttujassa kannalla oli lisäksi kasvatusympäristöstä riippumatonkin vaikutus. Hälyaine vaikutti kaloihin lähinnä niiden liikkumista vähentäen. Ehdollistamisen vaikutus kaukalomuuttujiin riippui kasvatusympäristöstä: ehdollistaminen lisäsi virikkeellisissä oloissa kasvatettujen ja vähensi tavallisissa altaissa kasvatettujen uimista. Ehdollistamisella tai kasvatusympäristöllä ei ollut vaikutusta kalojen selviytymiseen haukien saalistukselta. Tulokset herättivät myös mahdollisia uusia tutkimuskysymyksiä. Tulosten perusteella voin sanoa, että kasvatuksessa käytetyt yksinkertaiset ja edulliset virikkeet ja ehdollistamismenetelmät voivat vaikuttaa kalojen käyttäytymiseen muuttamalla sitä varovaisemmaksi ja sopeutuvammaksi eli mahdollisesti joiltain osin luonnonmukaisemmaksi tai luonnossa selviytymistä auttavaksi. Erot virikkeellisen kasvatuksen vaikutuksissa luonnonkantaisiin ja laitoskantaisiin kaloihin voivat kertoa siitä, kuinka tärkeää oli, että kokeissa oli mukana molempien kantojen kaloja. Tulosten soveltamismahdollisuudet ovat lupaavat, koska tämä oli yksi ensimmäisistä koejärjestelyistä, joissa virikkeellistettyjen kasvatusaltaiden kalatiheydet olivat samaa luokkaa kuin kalankasvatuslaitoksissa tavallisesti käytetyt tiheydet.
  • Sund, Nina (Helsingin yliopisto, 2018)
    Laxpopulationer både globalt och i Finland är hotade som följd av överfiske och förstörda livsmiljöer. För att bevara och återuppliva naturliga laxpopulationer har man länge planterat ut laxar odlade i fiskodlingsanstalter. Dock är det endast en liten andel av de utplanterade laxarna som överlever till fortplantningsålder vilket gör utplanteringen både ekonomiskt och etiskt ohållbar. Orsaken till att så få av de utplanterade fiskarna överlever i naturen anses vara att de är dåligt anpassade till de naturliga förhållandena, eftersom miljöförhållandena i odlingsbassänger och naturen skiljer sig starkt från varandra. Målet med denna studie var att ta reda på ifall berikade odlingsbassänger med mer varierande och naturenliga förhållanden, vore ett alternativ att förbättra de utplanterade fiskarnas duglighet genom bättre anpassade morfologiska egenskaper. Jag undersökte morfologiska skillnader mellan laxar med olika härstamning; fiskar med vilt ursprung och odlat ursprung, vilka härstammade från fiskar som levt i naturen ända fram till fortplantningsålder och fiskar som under flera generationer levt i odlingsförhållanden. Fiskarna växte upp i olika miljöer, vanliga bara odlingsbassänger och berikade bassänger, och släpptes därefter ut i konstgjorda strömmar för att efterlikna en utplantering. Jag förväntade mig att fiskar som växt upp i berikade bassänger skulle ha lättare att anpassa sig till sin miljö, eftersom en varierande uppväxtmiljö anses bidra till fiskens förmåga att anpassa sig till miljöförändringar, och även att fiskarna med vilt ursprung skulle anpassa sig bättre, eftersom odlade fiskar anses mista genetisk diversitet till följd av bl.a. domesticering. Jag undersökte ifall det fanns morfologiska skillnader mellan fiskarna före de släpptes ut i de konstgjorda strömmarna då de växt upp i olika miljöer, och efter att de levt i samma miljöförhållanden i de konstgjorda strömmarna samt hurdana skillnader som uppkommit, genom att analysera fotografier. Fiskar med odlat ursprung uppvisade större morfologisk variation mellan de olika uppväxtförhållandena än fiskarna med vilt ursprung innan utplanteringen, medan fiskar med vilt ursprung uppvisade större morfologiska skillnader efter att de levt i de konstgjorda strömmarna. Både före och efter den efterliknade utplanteringen hade fiskar som växt upp i berikade bassänger en högre kropp. Fiskar med odlat ursprung hade både högre huvud och bakkropp än fiskarna med vilt ursprung efter utplanteringen, vilket indikerar en jämntjock kroppsform. Jag undersökte även fiskarnas specifika vikttillväxthastighet. Fiskarna från berikade uppväxtförhållanden, speciellt de med vilt ursprung, ökade i vikt, medan fiskar med vilt ursprung som växt upp i standard förhållanden minskade i vikt under den tid de levde i de konstgjorda strömmarna. Fiskarnas morfologiska variation påverkades mest av uppväxtförhållandena. Fiskar som växt upp i berikade bassänger hade störst tillväxt vilket tyder på att de kunde anpassa sig bättre till förhållandena i de konstgjorda strömmarna och var bättre på att hitta föda än fiskar från standard bassänger. Fiskar som växt upp i berikade bassänger hade även högre kropp, vilket indikerar att de anpassat sig till strömmande vatten. Även fiskarnas ursprung påverkade deras morfologiska egenskaper. Fiskar med vilt ursprung var mer spolformade och strömlinjeformade, vilket anses vara fördelaktigt vid simning, än fiskar med odlat ursprung som hade en mer jämntjock kroppsform. De morfologiska skillnaderna mellan fiskar med olika ursprung, kunde tyda på skillnader i fiskarnas fenotypiska plasticitet, d.v.s. förmågan hos en genotyp att anpassa sin fenotyp som gensvar på miljön. Resultaten tyder på att berikade uppväxtbassänger påverkar laxarnas morfologiska egenskaper så att de lättare kan anpassa sig till ett liv i naturen, och kunde således vara ett alternativ för att producera mer dugliga fiskar för utplantering i framtiden
  • Gilbey, John; Utne, Kjell Rong; Wennevik, Vidar; Beck, Alexander Christian; Kausrud, Kyrre; Hindar, Kjetil; Garcia de Leaniz, Carlos; Cherbonnel, Corrine; Coughlan, Jamie; Cross, Tom F.; Dillane, Eileen; Ensing, Dennis; Garcia-Vazquez, Eva; Hole, Lars R.; Holm, Marianne; Holst, Jens Christian; Jacobsen, Jan Arge; Jensen, Arne J.; Karlsson, Sten; Maoileidigh, Niall O.; Mork, Kjell Arne; Nielsen, Einar Eg; Nottestad, Leif; Primmer, Craig R.; Prodohl, Paulo; Prusov, Sergey; Stevens, Jamie R.; Thomas, Katie; Whelan, Ken; McGinnity, Philip; Verspoor, Eric (2021)
    The survival of Atlantic salmon (Salmo salar), an increasingly rare anadromous species, has declined dramatically during its marine phase, with disproportionate impacts on the poorly understood early post-smolt period. Logistical constraints on collecting oceanic data to inform this issue pose a formidable obstacle. To advance understanding of post-smolt distributional ecology in the North-east Atlantic, a comprehensive analysis of existing information was undertaken. Data were synthesized from 385 marine cruises, 10,202 individual trawls, and 9,269 captured post-smolts, spanning three decades and similar to 4.75 million km(2) of ocean, with 3,423 individuals genetically assigned to regional phylogeographic origin. The findings confirm major migrational post-smolt aggregations on the continental shelf-edge off Ireland, Scotland and Norway, and an important marine foraging area in the Norwegian Sea. Genetic analysis shows that aggregational stock composition does not simply reflect distance to natal rivers, with northern phylogeographic stock groups significantly under-represented in sampled high-seas aggregations. It identifies a key foraging habitat for southern European post-smolts located in international waters immediately west of the Voring Plateau escarpment, potentially exposing them to a high by-catch mortality from extra-territorial pelagic fisheries. Evidence of the differential distribution of regional stocks points to fundamental differences in their migration behaviours and may lead to inter-stock variation in responses to environmental change and marine survival. The study shows that understanding of post-smolt marine ecology, as regards to stock-specific variations in habitat utilization, biological performance and exposure to mortality factors, can be significantly advanced by data integration across studies and exploiting genetic approaches.