Current macroscopic meat inspection cannot detect the most common pork-borne pathogens (Salmonella spp., Yersinia enterocolitica and Toxoplasma gondii). Furthermore, food chain information (FCI) may not provide sufficient data for visual-only inspection, which is supposed to be the common way of inspection of pigs in the European Union. Our observational study aimed to evaluate the serological monitoring and the clinical evaluation of on-farm health status of pigs and assess the feasibility of these data as part of the FCI in meat inspection. We studied the serological status of Salmonella spp., Yersinia spp. and T. gondii in pigs during the fattening period. Additionally, we evaluated the association between on-farm health status and meat inspection findings. On 57 indoor fattening pig farms in Finland, we collected blood samples (mean of 20 pigs/farm) and assessed the on-farm health (coughing, tail biting, lameness) at the end of the fattening period. We visited 34 of these farms also at the beginning of the fattening for sampling and on-farm health evaluation of the same pigs. Meat inspection results were obtained after slaughter for all 57 farms. Salmonella seroprevalence was low at the end of the fattening period: it was 17.6%, 10.6% or 1.9%, with the cut-off values of OD15% (recommended by the test manufacturer), OD20% (used by Danish monitoring programme) and OD40% (used by German monitoring programme), respectively. The overall seroprevalence of Salmonella spp. and Yersinia spp. increased significantly (P 

Kuivatut siankorvat ovat suosittuja koirien herkkuja. Siankorvien mikrobiologiseen laatuun vaikuttaa moni tekijä, kuten teurastettavien sikojen puhtaus ja siankorvien valmistuksen prosessihygienia. Vaikka kuivattujen siankorvien valmistusketjussa on monia bakteereita tuhoavia tai poistavia vaiheita, ei kaikkia bakteereita saada poistettua. Näin ollen kuluttajalle päätyessään kuivatut siankorvat voivat olla myös patogeenisilla eli tautia aiheuttavilla sekä antibioottiresistenteillä bakteereilla saastuneita. Tämä altistaa sekä koirat että niiden omistajat tartunnoille. Erityisesti pienet lapset, iäkkäät, immuunipuutteiset ja raskaana olevat henkilöt ovat alttiita saastuneiden lemmikinruokien tai infektoituneiden lemmikkien välittämille tartunnoille. Saastuneet siankorvat ovat aiheuttaneet ihmisten salmonellaepidemioita. Epidemioiden seurauksena siankorvien mikrobiologista laatua on tutkittu eri maissa erityisesti Salmonella-bakteerien osalta. Useassa tutkimuksessa on havaittu salmonellan eri serotyyppejä kuivatuissa siankorvissa. Eristettyjen salmonellakantojen joukossa on ollut myös antibioottiresistenttejä kantoja. Ruotsalaisessa tutkimuksessa havaittiin salmonellaa ja ESBL-entsyymiä tuottavia resistenttejä bakteereita kuivatuissa siankorvissa. Suomessa myytävistä siankorvista ei ole julkaistu vastaavia tutkimuksia. Sen vuoksi suomalaiselle siankorvien mikrobiologista laatua selvittävälle tutkimukselle oli tarvetta. Tämän tutkielman tutkimusosiossa oli tavoitteena tutkia salmonellan, resistenttien ESBL/AmpC-entsyymiä tuottavien Escherichia coli -bakteerien ja tuotantolaitoksissa ympäristökontaminanttina esiintyvän patogeenisen Listeria monocytogenes -bakteerin esiintymistä sekä hygieniaindikaattoreina toimivien kokonais- ja enterobakteerien määriä kuivatuissa siankorvissa. Lisäksi tavoitteena oli vertailla kotimaisten ja ulkomaisten siankorvien mikrobiologista laatua keskenään ja selvittää, onko mikrobiologisen laadun kannalta merkitystä, ostetaanko siankorvat pakattuina vai irtotuotteina. Hypoteesina oli, että ulkomaisissa siankorvissa on enemmän bakteereita kuin kotimaisissa, ja että pakatuissa ja irtomyydyissä siankorvissa ei ole eroa bakteereiden osalta. Tutkimusosiossa näytteenä oli yhteensä 50 Suomesta tai ulkomaisista verkkokaupoista ostettua kuivattua siankorvaa. Näytteistä 31 oli alkuperältään kotimaisia ja loput ulkomaisia. Kotimaisista näytteistä 16 oli irtotuotteita ja muut näytteet olivat pakattuja. Näytteiden kokonais- ja enterobakteerien määriä tutkittiin pintaviljelymenetelmällä. ESBL/AmpC-E. colin esiintymistä tutkittiin kefotaksiimi-pitoisella valikoivalla maljalla sekä varmistustesteillä. Salmonellan ja listerian esiintymistä kartoitettiin aluksi PCR-menetelmällä. Positiivisen PCR-tuloksen saaneille näytteille tehtiin näiden bakteerien osalta viljelyt valikoivilla maljoilla sekä varmistustestejä puhdasviljelmistä. Ulkomaisista näytteistä löytyi sekä salmonellaa että ESBL/AmpC-E. colia. Kotimaisista näytteistä löytyi listeriaa, mutta vain PCR-menetelmällä. Kokonais- ja enterobakteerimäärät olivat suurimpia ulkomaisissa pakatuissa näytteissä. Tämä tutkimus osoitti, että koirille tarkoitettujen kuivattujen siankorvien mikrobiologinen laatu vaihtelee huomattavasti, ja että ulkomaisissa siankorvissa voi esiintyä ihmisten terveydelle haitallisia patogeenisia ja/tai resistenttejä bakteereita. Pakatut siankorvat eivät ole pakkaamattomia turvallisempia. Tulosten perusteella kuivattuja siankorvia käsiteltäessä tulee kiinnittää huomiota hyvään hygieniaan.

Mausteet ovat monipuolinen ryhmä raaka-aineita, joita käytetään niiden moninaisten käyttötarkoitusten puolesta laajasti elintarviketuotannossa ja -teollisuudessa. Mausteina käytetään erilaisten kasvien osia, esimerkkinä pippuri on marja ja kanelia saadaan puolestaan puun kaarnasta. Suomessa tehdyn maustetutkimuksen perusteella suosituimmiksi mausteiksi nousivat mustapippuri, paprikajauhe, chilimauste ja curry. Yrteistä käytetyimpiä ovat basilika ja oregano. Mausteet kuivatetaan, jotta niiden säilyvyys parantuu, minkä takia ne säilyvätkin mikrobiologisen laatunsa puolesta pitkään. Mausteisiin liittyvät bakteriologiset riskit johtuvatkin ruokamyrkytysbakteerikontaminaatiosta, joka voi tapahtua niin alkutuotannossa kuin myöhemmin varastoinnin, prosessoinnin, tai jakelun tai sen jälkeisissä vaiheissa. Vaikka mausteet yleisesti mielletään turvallisiksi, tiedetään että mausteissa esiintyvät patogeeniset bakteerit voivat aiheuttaa ruokamyrkytysepidemioita. Kirjallisuuskatsauksen perusteella merkittävimmäksi bakteeriksi nousi salmonella. Salmonellan prevalenssi on vaihdellut eri tutkimuksissa aina 0,5 % jopa 18,2 %. Viime vuonna Eurooppaan tuotujen mausteiden valvontanäytteen oton perusteella salmonellan prevalenssiksi saatiin 0,83 %. Mustapippurin havaittiin olevan bakteriologisesti korkeimmassa riskissä, sillä jopa 80 % vuonna 2021 tehdyistä RASFF-hälytyksistä liittyivät mustapippureihin. Tämän kirjallisuuskatsauksen tavoitteena on kuvata mausteisiin liittyviä bakteriologisia riskejä ja niiden hallintaa sekä kuvata mausteisiin liitettyjen bakteereiden aiheuttamia ruokamyrkytysepidemioita. Työssä keskitytään vain kuivattuihin mausteisiin ja yrtteihin eikä tuoreita mausteita, nestemäisiä tai esimerkiksi suolaa käsitellä. Rajaus johtuu siitä, että kuivatut mausteet eroavat ominaisuuksiltaan huomattavasti muista maustetyypeistä. Kirjallisuuskatsauksessa keskitystään käsittelemään mausteissa esiintyviä bakteereita, vaikka mausteista voidaankin löytää muitakin mikrobeita. Mausteet on yhdistetty useisiin ruokamyrkytysepidemioihin, joiden merkittävimmät aiheuttajat ovat salmonella ja Bacillus cereus. Mausteiden globaalisuus saattaa vaikeuttaa ruokamyrkytysten selvittämistä, sillä mausteet ovat voineet mennä jakelussa useaan maahan ja näin aiheuttaa laajan kansainvälisen epidemian. Maailmalla salmonella aiheuttamat ruokamyrkytysepidemiat ovat yleisempiä, mutta Suomessa B. cereus on todennäköisempi aiheuttaja. Mausteista on myös löydetty muu muassa Escherichia colia, Staphylococcus aureusta ja Clostridium perfringenstä, mutta ne eivät ole merkittävässä roolissa mausteiden taudinaiheuttajina. Mausteiden kuivaaminen madaltaa mausteiden vesiaktiivisuutta, joka puolestaan estää bakteerien lisääntymistä. Kuivattaminen ei kuitenkaan tapa bakteereita vaan osa niistä voi säilyä elinvoimaisena. Säteilytyksen on havaittu olevan erittäin tehokas keino vähentää bakteereiden ja itiöiden määrää mausteissa. Tehokkuudestaan huolimatta säteilytystä ei käytetä, joten sen tilalle on kehitetty muita dekontaminaatiomenetelmiä muun muassa höyrykäsittelyä tai mikroaaltoja. Vaikka mausteita ei pidetä suurena uhkana ruokamyrkytysten aiheuttajana, kasvaneet RASFF-hälytykset antava viitteitä siitä, etteivät mausteet ole täysin riskittömiä. Erityisesti salmonellan lisääntyminen hälytyksissä on huolestuttavaa ihmisten terveyden kannalta.

Työn tavoitteena oli selvittää metsästetyn sorsanlihan elintarvikehygieenistä laatua mikrobien kokonaispesäkeluvun ja Escherichia coli -bakteerimäärän avulla, sekä kartoittaa sorsissa esiintyvien elintarvikevälitteisten patogeenien esiintyvyyttä. Kirjallisuuskatsaus tutustuu sinisorsaan lintulajina sekä sorsan metsästykseen yleisellä tasolla. Kokeellisessa osassa tutkittiin metsästettyjen sorsien pintasivelynäytteitä. Ruhonäytteistä todettiin aerobisten bakteerien kokonaismäärän keskiarvo 3,5 log10 pmy/cm2 ja E. colin 1,2 log10 pmy/cm2. Tutkimuksessa eristettiin Listeria monocytogenes bakteeria 13 %:ssa näytteistä ja Yersinia enterocoliticabakteeria 3 %:ssa näytteistä. Näytteistä 9 % oli PCR:llä Campylobakteeri-positiivisia ja kaikki olivat Salmonella negatiivisia. Sorsanlihan hygieeninen laatu osoittautui hyväksi tai kohtalaiseksi. Näytteiden välillä esiintyi vaihtelua. Tutkimus osoittaa, että sorsanliha voi sisältää myös ruokamyrkytyksiä aiheuttavia bakteereja, mistä syystä ruhon käsittelyn ja lihan valmistuksen hyvät hygieniakäytännöt tulisi muistaa sekä ammatti- että kotikeittiöissä.

Abstract Background Various food-producing animals were recognized in recent years as healthy carriers of bacterial pathogens causing human illness. In northern Fennoscandia, the husbandry of semi-domesticated reindeer (Rangifer tarandus tarandus) is a traditional livelihood and meat is the main product. This study determined the presence of selected foodborne pathogens, methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), and extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Enterobacteriaceae in healthy semi-domesticated reindeer at slaughter in northern Finland and Norway. Results All 470 reindeer fecal samples tested negative for Salmonella spp., whereas L. monocytogenes was detected in 3%, Yersinia spp. in 10%, and Shiga toxins genes (stx1 and/or stx2) in 33% of the samples. Listeria monocytogenes isolates belonged to the serotype 1/2a (14/15) and 4b, Yersinia spp. were identified mainly as Y. kristensenii (30/46) and Y. enterocolitica (8/46), and stx2 predominated among the Shiga toxin genes (stx2 alone or in combination with stx1 was found in 25% of the samples). With regard to the frequency and distribution of stx1/stx2, striking differences were evident among the 10 different areas of origin. Hence, reindeer could constitute a reservoir for Shiga toxin-producing E. coli (STEC), but strain isolation and characterization is required for verification purposes and to assess the potential human pathogenicity of strains. On the other hand, the favorable antibiotic resistance profiles (only 5% of 95 E. coli isolates were resistant to one or more of the tested antibiotics) and the absence of MRSA and ESBL-producing Enterobacteriaceae (when applying selective methods) suggest only a limited risk of transmission to humans. Conclusions Healthy semi-domesticated reindeer in northern Finland and Norway can be carriers of certain bacterial foodborne pathogens. Strict compliance with good hygiene practices during any step of slaughter (in particular during dehiding and evisceration) is therefore of central importance to avoid carcass contamination and to prevent foodborne pathogens from entering the food chain.

Lisensiaatintutkielmani sisältää kirjallisuuskatsauksen kissojen raakaruokintaan liittyen ja alkuperäistutkimuksen. Tutkimuksessa pyrittiin selvittämään ihmisille tavallisimpien mahasuolitulehduksia aiheuttavien bakteerien esiintyvyyttä kissoille soveltuvassa raakaruoassa. Tämän lisäksi tutkittiin kahden raakaruokaa syövän kissan ulosteita tavoitteena selvittää erittyvätkö mahdollisesti ruoassa esiintyvät tautia aiheuttavat bakteerit kissojen ulosteeseen. Aihe valittiin, koska lemmikkien raakaruokintaa ei ole vielä kovin paljon Suomessa tutkittu, varsinkaan kissojen kohdalla. Lemmikkien raakaruoan mikrobiologista laatua on tutkittu ulkomailla, missä suurin huoli on tavallisesti ollut salmonella. Suomalaisessa raa’assa lihassa salmonellan esiintyminen on kuitenkin erittäin vähäistä. Suomessa tavallisimmat ihmisille tautia aiheuttavat elintarvikevälitteiset bakteerit ovat Campylobacter spp., Yersinia enterocolitica, Y. pseudotuberculosis, shiga-toksiinia tuottava Escherichia coli eli STEC ja salmonella. Hypoteeseja oli kolme erillistä. Ensimmäisen mukaan oletettiin, että lemmikkien raakaruoasta löytyisi jonkin verran tautia aiheuttavia bakteereita. Toisen perusteella odotettiin yleisimpien löytöjen olevan Y. enterocolitica ja kampylobakteerit. Kolmas hypoteesi oli, että sisäkissan ulosteesta ei juuri löytyisi tautia aiheuttavia bakteereita. Tutkimuksen aikana kerättiin vuoden aikana 48 raakaruokanäytettä ja 73 ulostenäytettä. Ulostenäytteitä kerättiin kahdelta eri kissalta, joista toiselta koko tutkimuksen ajan ja toiselta vain viimeisen puolen vuoden ajan. Näytteet sekoitettiin puskuroituun peptoniveteen ja viljeltiin selektiivisille agareille. Peptonivesiseokset inkuboitiin yön ylitse +37 °C:ssa. Inkuboiduista seoksista tehtiin säilytys 20 % glyserolin kanssa -70 °C ja PCR-ajoa varten DNA-eristys ZR Fecal DNA MiniPrepTM -menetelmää (Zymo Research, USA) käyttäen. Peptonivesiseokset säilöttiin tutkimuksen ajan 4 °C:ssa. PCR-positiiviset näytteet viljeltiin uudelleen selektiiviselle maljoille esirikastetuista seoksista. Tutkituista ruokanäytteistä 42 % sisälsi jotain tutkittua tautia aiheuttavaa bakteeria. Ulostenäytteistä 84 % sisälsi jotain tutkittua bakteeria PCR-tulosten perusteella. Ulostenäytteistä yhteensä 74% oli kampylobakteeripositiivisia, vaikka ruokanäytteet eivät olleet. Ruokanäytteistä saadut PCR-positiiviset näytteet eivät kasvaneet agarmaljoilla lainkaan. Ulostenäytteistä kaksi PCRpositiivista Y. enterocolitica löydöstä kasvoi myös agarmaljoilla. Nämä olivat biotyyppiä 4 ja kaupallisella vasta-aineella tehdyllä testillä serotyyppiä O:3. Kummankin kissanulosteesta eristettiin Campylobacter helveticus. Tulosten perusteella voidaan vetää johtopäätös, että raakaruokinnassa on riskejä lemmikkien ja ihmisten terveydelle. Riskit ovat suuret erityisesti ihmisille, joiden immuunijärjestelmän toiminta ei ole normaalia. Hypoteesit olivat osittain oikein, mutta esimerkiksi ulosteessa esiintyvien tautia aiheuttavien kampylobakteerien korkea esiintyvyys oli yllätys. Tutkimuksen toinen tavoite, mikä oli selvittää siirtyvätkö ruoan patogeenit kissojen ulosteeseen, ei välttämättä onnistunut näytteenottosuunnitelman takia. Näytteitä olisi pitänyt ottaa pidemmän aikaa raakaruoan syöttämisen jälkeen ja tutkia kissat etukäteen, etteivät ne eritä mitään bakteeria valmiiksi ulosteeseensa.