Browsing by Subject "Trioza apicalis"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-2 of 2
  • Wickström, Annika (Helsingin yliopisto, 2020)
    'Candidatus Liberibacter solanacearum' (CLso) is a frequent bacterium in carrot in southern and western Finland but is also occurring in South Savonia. The bacterium is unculturable, lives as a parasite and multiplies in the phloem vessels and is transmitted by the carrot psyllid Trioza apicalis. In Spain, France and Finland the bacterium has also been found in parsnip. The aim of this thesis was to study the occurrence and genetic variation of this bacterium in carrot and parsnip in Satakunda, Southwest Finland and South Savonia from such parsnip and carrot fields where psyllids and discolouration symptoms in foliage have been detected. All the samples were collected based on foliar discolouration symptoms. Four wild plants from the family Polygonaceae were collected from one carrot field and one parsnip field in Satakunda. These plants showed similar foliar discolouration as the carrots. Other criteria for collecting the carrot samples was based on occurrence of psyllids and leaf curling. Samples of parsnips were collected from vegetable farms, where parsnips were grown nearby the carrot fields and where psyllids had been detected. The samples were analysed by real-time PCR with primer combination specific to CLso. Those samples that had high amounts of bacteria were chosen for sequencing and detection of haplotype. CLso was detected in 62,9 % of the carrot samples, in 90,8 % of the parsnip foliage samples and in 76,9 % of the parsnip root samples and in all the samples of symptomatic wild plants. Based on the ftsZ gene sequence, a new haplotype of CLso, named haplotype H, was identified in three of the parsnip samples from Satakunda and in two samples of pale persicaria (Persicaria lapathifolia (L.) Gray). This is the ninth haplotype of CLso identified.
  • Suominen, Pauliina (Helsingin yliopisto, 2015)
    Porkkana on sekä tuotannollisesti että kotitalouksien kulutuksen kannalta merkittävin avomaanvihannes Suomessa. Porkkanan merkittävin tuholainen on porkkanakemppi (Trioza apicalis), jonka havaittiin vuonna 2009 toimivan myös porkkanaa infektoivan Candidatus Liberibacter solanacearum (CLs) -bakteerin levittäjänä. Merkittävimmät porkkananviljelyalueet sijaitsevat Lounais-Suomessa, joka on myös erityisen kemppiongelmaista aluetta. Alueella on havaittu myös runsaasti CLs-bakteerin aiheuttamaa voimakkaan punaista värittymisoiretta porkkanan lehdissä. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli kartoittaa CLs-bakteeritaudin esiintyvyys Lounais-Suomen porkkanaviljelmillä ja määrittää CLs-positiivisten porkkanoiden osuudet eri oireryhmissä: oireettomat, kempinsyömät ja kempinsyömät värittymisoireiset. Tutkimuksen aikana pyrittiin kehittämään edullinen ja toimintavarma PCR-menetelmä CLs-bakteerin laajamittaiseen diagnostiikkaan soveltuvaksi. Lisäksi tutkimuksessa haluttiin tarkastella porkkanakemppien määrien vaihtelua lähekkäisillä porkkanapelloilla Kanta-Hämeessä. Tämän tutkielman CLs-kartoitus oli osa Maa -ja metsätalousministeriön rahoittamaa hanketta kartoittaa taudin levinneisyys Suomessa. Elintarviketurvallisuusviraston näytteeksi keräämät porkkanakasvit käsiteltiin Helsingin yliopiston kasvipatologian laboratoriossa, jossa näytteistä eristettiin DNA:ta ja tehtiin PCR-testit CLs-bakteerin toteamiseksi. Geelissä elektroforeesilla erotellut PCR-tuotteet kuvattiin UV-valossa ja CLs-positiiviset todennettiin vertaamalla PCR-tuotetta molekyylipainostandardiin ja positiiviseen kontrolliin. Toimintavarmimmaksi PCR-menetelmäksi osoittautui kuumassa lämpötilassa toimiva entsyymi ja lyhyt PCR-ohjelma. Kartoitustulokset osoittivat, että tautia esiintyy Lounais-Suomessa runsaasti, sillä suurin osa värittymisoireisista porkkanoista todettiin CLs-positiivisiksi. Sekä taudin että kemppien määrä osoittautui olevan Lounais-Suomessa suurempi kuin vertailualueilla Itä-Suomessa ja Pohjanmaalla. Kemppien määrissä läheisillä pelloilla havaittiin suurta vaihtelevuutta. Tällä hetkellä ainoa keino torjua CLs-bakteeritautia on keskittyä kemppien torjuntaan. Kemppipopulaatiot ovat kuitenkin tulleet viime vuosina kestävämmiksi yleisesti käytetyille torjunta-aineille, mikä luo uusia leviämismahdollisuuksia myös CLs-bakteerille.