Browsing by Subject "aineenvaihdunta"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-16 of 16
  • Kuparinen, Jorma; Lahti, Kirsti; Mäkelä, Ari; Rekolainen, Seppo; Talsi, Tuija; Tamminen, Timo; Virtanen, Anneli; Uusi-Rauva, Antti (Vesihallitus. National Board of Waters, 1984)
    Vesientutkimuslaitoksen julkaisuja 56, 35-41
    Vesistöjen bakteeriplanktonin aktiivisuuden määritys yhden substraattipitoisuuden menetelmällä: käytännön suoritus
  • Nikinmaa, Eero (The Society of Forestry in Finland - The Finnish Forest Research Institute, 1992)
  • Kuitunen, Essi (Helsingin yliopisto, 2019)
    Glutamine, the conditionally essential amino acid, is a major carbon and nitrogen carrier required for a range of cell functions, such as protein synthesis and maintaining redox balance. While healthy cells adjust their activities in response to glutamine availability, tumor cells display deregulated glutamine uptake and metabolism allowing quick proliferation and survival in cellular stress conditions. Hence, further knowledge of the glutamine sensing network is of interest. Utilizing Drosophila melanogaster, the roles of formerly identified glutamine sensing regulator candidates, Forkhead box O (FoxO), Super sex combs (Sxc), Spalt major (Salm) and Spalt-related (Salr), were explored. Drosophila is an efficient model organism for analyzing gene regulatory mechanisms, with its simple genome but conserved genes and metabolic pathways. Loss-of function and gain-of-function mutants of the candidates were cultured with/without glutamine, and their physiological response and gene expression changes were analyzed. The results show the glutamine intolerant phenotype of FoxO and Sxc deficiency, not dependent on altered food intake levels of larvae. However, glutamine intolerance of Salr and Salm deficiency was not observed. Moreover, we aimed to gain further insight to the roles of FoxO and Sxc in glutamine metabolism. Since amino acid catabolism produces ammonia, and glutamine metabolism plays a vital role in ammonia detoxification, we performed a pH-based measurement of foxo and sxc mutant larvae hemolymph on food with/without glutamine. However, we could not associate FoxO or Sxc with regulation of glutamine-derived ammonia clearance. In addition, we explored FoxO downstream regulator candidates. Putative promoter areas of Paics, Uro, Sesn, salr, Prat2 and Gdh were cloned into reporter vectors and the luciferase activity was analyzed under the expression of foxo. The results indicate that FoxO is a regulator of all of the 6 genes. Next we could utilize the here constructed plasmids to see whether the FoxO-mediated regulation is affected by altered glutamine levels in cell culture.
  • Hartikainen, Anna (Helsingin yliopisto, 2019)
    Nykyinen jälkiteollinen ihmiskunta tuottaa energiansa pääasiassa fossiilisilla polttoaineilla. Pariisin ilmastosopimuksen osapuolet sitoutuivat pitämään ilmaston lämpenemisen alle kahdessa celsiusasteessa verrattuna esiteolliseen aikaan ja muuttamaan energiantuotantotapojaan. Yhtenä ratkaisuna nähdään uusiutuvat energianlähteet, joita kuuluvat muun muassa biopolttoaineet. Bioetanoli on maailmanlaajuisesti käytetyin liikenteen biopolttoaine, jonka tuotanto on huomattavasti kasvanut 1980-luvulta lähtien. Tällä hetkellä bioetanolia tuotetaan etupäässä ruoantuotannon kanssa kilpailevista sokeri- ja tärkkelyspitoisista viljelykasveista, mutta niin kutsuttujen toisen sukupolven biopolttoaineiden tuotanto olisi ihmiskunnan ja maapallon kannalta kestävämmällä pohjalla. Toisen sukupolven bioetanolia valmistetaan kasvi- ja puupohjaisesta jätemateriaalista, kuten maa- ja metsätalouden sekä elintarviketeollisuuden jätteistä. Aikaisemmissa tutkimuksissa hyväksi lignoselluloosan ja puuperäisten jätteiden hajottajaksi ja monipuoliseksi entsyymien tuottajaksi tunnistettu, valkolahottajiin kuuluva kääpämäinen kantasieni rusorypykkä Phlebia radiata kykenee samanaikaiseen kiinteän kasvualustan hajotukseen ja etanolifermentaatioon. Tämän vuoksi rusorypykän etanolin tuottoa ja siihen liittyviä perusaineenvaihduntareittejä haluttiin tutkia tarkemmin. Sienen rihmastoa kasvatettiin jätelignoselluloosamateriaaleilla hapettomiksi muuttuvissa fermentaatio-olosuhteissa. Etanolin tuoton ja kasvualustan pilkkoutumisen lisäksi tutkittiin käänteistranskription kvantitatiivisella PCR-reaktiolla lignoselluloosan hajotukseen ja etanolifermentaatioon liittyviä entsyymejä koodaavia geenejä ja näiden geenien ilmentymistä eri kasvuaikapisteissä. Tulosten perusteella havaittiin rusorypykän tuottavan noin 13,5 massa-% etanolia kasvualustan hiilihydraattien sokeripitoisuuden perusteella lasketusta teoreettisesta maksimiarvosta. Lignoselluloosan hajotukseen ja etanolin fermentointiin oleellisesti liittyvien entsyymien geenit ilmentyivät kasvatusten aikana jätelignoselluloosalla tilastollisesti merkitsevin eroin eri aikapisteissä, mikä osoitti hajotustoiminnan, rihmaston kasvun ja etanolin tuoton olevan muuttuvia ja toisiinsa vaikuttavia prosesseja. Sieni pystyi hyödyntämään kiinteää kasvualustaansa irrottaen siitä käyttöönsä sokereita. Rihmaston kasvusta ja elävästä sienibiomassasta viitteitä antavaa ergosterolia havaittiin koko kuukauden pituisen kasvatuksen ajan. Lisäksi kaasukehässä havaittiin odotettuja fermentaatiomuutoksia, kuten hiilidioksidin kertymistä, ja happikaasu oli neljässä viikossa lähes kulutettu loppuun. Tulosten perusteella rusorypykkä osoittautui tehokkaaksi jätelignoselluloosan pilkkojaksi ja kestäväksi etanolin tuottajaksi. RNA-eristys kiinteältä kasvualustalta sekä aineenvaihduntageenien ilmentymisen analysointi RT-qPCR-menetelmällä mahdollistivat rusorypykän transkriptomin jatkotutkimuksen geenien säätelyn selvittämiseksi fermentoivissa ja lähes hapettomissa olosuhteissa.
  • Schuster, Romina; Strehse, Jennifer S.; Ahvo, Aino; Turja, Raisa; Maser, Edmund; Bickmeyer, Ulf; Lehtonen, Kari K.; Brenner, Matthias (Elsevier, 2021)
    Marine Environmental Research 167 (2021), 105264
    Baltic mussels (Mytilus spp.) were exposed to the explosive trinitrotoluene (TNT) for 96 h (0.31–10.0 mg/L) and 21 d (0.31–2.5 mg/L). Bioaccumulation of TNT and its degradation products (2- and 4-ADNT) as well as biological effects ranging from the gene and cellular levels to behaviour were investigated. Although no mortality occurred in the concentration range tested, uptake and metabolism of TNT and responses in antioxidant enzymes and histochemical biomarkers were observed already at the lowest concentrations. The characteristic shell closure behaviour of bivalves at trigger concentrations led to complex exposure patterns and non-linear responses to the exposure concentrations. Conclusively, exposure to TNT exerts biomarker reponses in mussels already at 0.31 mg/L while effects are recorded also after a prolonged exposure although no mortality occurs. Finally, more attention should be paid on shell closure of bivalves in exposure studies since it plays a marked role in definining toxicity threshold levels.
  • Mannerström, Marika (University of Helsinki, 1994)
  • Nick, Auli (Helsingin yliopisto, 2021)
    Maailmanlaajuisesti noin 30-50% väestöstä kantaa alkoholiin liittymättömälle rasvamaksataudille (NAFLD) altistavaa PNPLA3-geenin I148M varianttia. Geenivariantin omaavilla yksilöillä triglyseridien retentio maksasoluihin voimistuu ja riski sairastua maksakirroosiin ja maksasolusyöpään kasvaa. Toisin kuin metaboliseen oireyhtymään assosioituvassa NAFLD:issa, geenivariantin aiheuttama maksan rasvoittuminen ei johda insuliiniresistenssiin, ja sen onkin osoitettu suojaavan kantajaansa sydän- ja verisuonisairauksilta. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli vertailla leimattujen monityydyttymättömien rasvahappojen (PUFA) ja tyydyttyneiden rasvahappojen (SFA) metaboliaa eri PNPLA3-genotyyppejä edustavissa ihmisissä (in vivo) ja soluissa (in vitro). In vitro-kokeissa käytimme solumalleina ihmisen epidermoidikarsinoomasta eristetyn A431-solulinjan soluja, jotka ekspressoivat luontaisesti PNPLA3-geeniä (PNPLA3-WT). Muokkasimme CRISPR-Cas9-genomieditointimenetelmän avulla villityypin A431-soluista homotsygootin I148M (PNPLA3-KI) ja homotsygootin poistogeenisen (PNPLA3-KO) solulinjan, ja käytimme CLICK-chemistry-menetelmää tutkiaksemme varhaisen aikapisteen rasvahappometaboliaa PNPLA3-KI/KO/WT-soluissa. Havaitsimme homotsygootin I148M-geenivariantin omaavien yksilöiden VLDL-hiukkasten sisältämien triglyseridien PUFA-pitoisuuden laskevan sekä paaston että syömisen jälkeen verrattuna I148I homotsygootteihin. Lisäksi PUFA/SFA-suhde oli VLDL-triglyserideissä matalampi kuin vastaavissa kylomikroni-prekursoreissa I148M homotsygooteilla. In vitro-kokeissa havaitsimme PUFA:n kertyvän triasyyliglyseroleihin SFA:ta tehokkaammin PNPLA3-KI- ja PNPLA3-KO-soluissa ja fosfatidyylikoliinien (PC) vähenevän verrattuna villityypin soluihin. Erityisesti PUFA-rikkaat diasyyliglyserolit akkumuloituivat PNPLA3-KI- ja PNPLA3-KO-soluihin lipolyyttisissä olosuhteissa. Vastaavasti ihmisen maksasoluissa PUFA-rikkaat triglyseridit kertyivät ja PC:t vähenivät homotsygooteilla I148M-kantajilla verrattuna I148I homotsygootteihin. Näiden tulosten perusteella PNPLA3-I148M näyttää olevan geenitoiminnan hävittävä loss-of-function mutaatio, jossa PNPLA3-aktiivisuuden menetys heikentää diasyyliglyserolien hydrolyysiä/transasylaatiota johtaen PUFA:n kertymiseen neutraalilipideihin maksasoluissa. Tässä suhteessa PNPLA3-NAFLD poikkeaa niin sanotusta metabolisesta NAFLD:sta, jossa maksaan kertyy tyypillisesti SFA:ta sisältävää rasvaa. Löydöksemme saattavat osaltaan selittää, miksi rasvamaksasta huolimatta PNPLA3-NAFLD ei altista metaboliselle oireyhtymälle.
  • Luukkanen, Olavi (Suomen metsätieteellinen seura, 1972)
  • Pelkonen, Paavo; Smolander, Heikki (Suomen metsätieteellinen seura, 1976)
  • Lippu, Jukka (The Finnish Society of Forest Science and The Finnish Forest Research Institute, 1994)
    Changes in dry matter partitioning, 14C-incorporation, and sink 14C-activity of 1.5-year-old Scots pine (Pinus sylvestris L.) seedlings grown in growth chamber conditions were studied during a 91-day experiment. On five sampling dates, seedlings were labeled with 14CO2, and whole-plant allocation patterns were determined. Intensively growing shoots modified the dry matter partitioning: during shoot growth the proportion of roots decreased but after that it increased. Based on their large proportion of dry matter, the needles (excluding current needles) were the strongest sink of carbon containing 40% of the incorporated 14C. Despite their small initial sink size, the elongating shoots (current main shoot + current branch) and their needles were the second strongest sink (30–40% of the total 14C) which reflects their high physiological activity. The proportion of 14C in the current year’s main shoot increased during shoot growth but decreased as the growth began to decline after 70 days. 10–20% of the total assimilated 14C was translocated to the roots. Laterals above 2nd order were the strongest sink in the root system, containing twice as much 14C as the other roots together. Alternation between shoot and root growth can be seen clearly: carbon allocation to roots was relatively high before and after the period of intensive shoot growth. Changes in root sink strength resulted primarily from changes in root sink activity rather than sink size.
  • Lähdesmäki, Pekka; Pietiläinen, Pekka (Suomen metsätieteellinen seura, 1988)
  • Richardt, Sampo (Helsingin yliopisto, 2021)
    Recently, mutations in the SGMS2 gene were shown to result in a rare disease known as osteoporosis with calvarial doughnut lesions. Affected patients present with severe, early-onset osteoporosis or skeletal dysplasia depending on the underlying mutation. In addition to the skeletal manifestations, patients also exhibit neurological symptoms, most commonly transient, spontaneously remitting, and recurring cranial nerve palsies. Similar neurological characteristics have previously been described in another rare condition known as Melkersson-Rosenthal syndrome (MRS). The objectives of this thesis were to provide a comprehensive review of literature on the role of sphingomyelin (SM) metabolism in the skeletal and central nervous systems and characterize the nature and prevalence of SGMS2 variants in cohorts of 14 Finnish MRS patients and 47 Finnish primary osteoporosis patients. The literature review explores the currently available data on SM metabolism in basic and clinical research. In bone, SM is suggested to hold a key role as a source of inorganic phosphate needed during mineralization and several studies have shown that aberrant SM metabolism leads to defective bone mineralization. In the central nervous system, SM metabolism has been shown to be altered in various pathologies, though the underlying pathophysiological mechanisms and their significance remain elusive. Genetic analyses of the cohorts were performed by extracting DNA from the patients’ whole blood, amplifying the coding and noncoding regions of the SGMS2 gene with PCR and using capillary sequencing to read the genetic code. Altogether 13 discrete single nucleotide variants were found, of which one was a missense variant present in two patients. The variant is relatively rare, has a high CADD score and is predicted probably damaging by computational software. The medical records of the two patients revealed nothing significantly deviating from the cohort norm. This thesis establishes that SGMS2 variants are not a common cause of primary osteoporosis or MRS in these two cohorts of Finnish patients. The significance of the identified missense variant warrants further studies.