Browsing by Subject "faagi"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-2 of 2
  • Trivedi, Milla-Maaria (Helsingin yliopisto, 2020)
    Tämä maisterintutkielma on osa tutkimusohjelmaa, jossa on tarkoitus tunnistaa uusia antibioottien vaikutuskohteita bakteereissa. Tavoitteena oli pystyttää Haartman-instituutissa molekyylibiologinen menetelmä, jolla voitaisiin selvittää faagigeenien tuottamien proteiinien toksisuutta. Menetelmän kehityksessä korostui tarve pystyä analysoimaan tehokkaasti mahdollisimman monta tuntematonta faagigeeniä ja niiden toimintaa. Työssä kehitetty menetelmä perustui bioluminesenssin käyttöön toksisuuden havaitsemiseksi. Ensimmäisessä vaiheessa valmistettiin plasmidi, joka sisälsi luxAB-geenit. Työn toisessa vaiheessa muodostettiin itsemurhavektori, joka sisälsi luxCDE-geenit. Itsemurhavektorin sisältämät luxCDE-geenit integroitiin bakteerin genomiseen deoksiribonukleiinihappoon (gDNA), jonka jälkeen luxAB-geenit sisältävä plasmidi voitiin elektroporoida kyseiseen bakteeriin. Yhdessä nämä muodostivat geeniyhdistelmän luxCDABE, joka pystyi tuottamaan valoa bioluminesenssin avulla. Jos luxAB-plasmidiin kloonattavan geenin tuote on toksinen, eivät plasmidin saaneet transformantit elektroporaation jälkeen säily hengissä, minkä seurauksena transformantit eivät tuota valoa, kun taas, jos geenin tuote ei ole toksinen, tapahtuu valon tuottoa. Toisin sanoen, luminesenssin puuttuessa menetelmä toimisi halutulla tavalla eli indikoisi geenien tuottamien proteiinien toksisuutta. Menetelmän toimivuutta testattiin käyttämällä tunnettuja bakteerikantoja, jotka sisälsivät luxCDE-geenikasetin. Tarkoituksena oli varmistaa luxAB-geenien toimivuus komplementoida minkä tahansa bakteerin luxCDE-geenit. Tarkoitus oli saada aikaan menetelmä, jolla voidaan nopeasti ja tehokkaasti selvittää tuntemattomien faagigeenien toimintaa. Bioluminesenssin tuottama valo erottuu selkeästi ja menetelmä on helposti toistettavissa. Työssä kehitettyä luxAB-geenit sisältävää plasmidia voidaan jatkotutkimuksissa testata ensin tunnetuilla kontrolligeeneillä ja lopuksi käyttää toksisia proteiineja tuottavien faagigeenien tunnistamisessa.