Browsing by Subject "kasvivirukset"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-2 of 2
  • Nurminen, Maarit (Helsingin yliopisto, 2019)
    Tutkimus on perinteisesti keskittynyt taloudellisesti merkittävien, jalostettujen tuotantokasvien tauteihin. Luonnonkasvien tauteja on tutkittu huomattavasti vähemmän, vaikka niillä on suuri merkitys kasviyhteisön monimuotoisuuden säätelijöinä. Etenkin virusten vaikutuksista on hyvin vähän tietoa, koska tartuntoja on hankala havaita. Virukset ovat ehdottomia solunsisäisiä loisia ja tarvitsevat vektoreita levittäytyäkseen kasvien välillä. Virusten esiintymisten ja vaikutusten on havaittu vaihtelevan runsaasti ajallisesti sekä lajien ja populaatioiden välillä. Tässä työssä selvitettiin Plantago lanceolatan latenttiviruksen (PlLV) ja Plantagon latentin caulimoviruksen (caulimovirus), esiintymistä kolmessa eri puolilla Ahvenanmaata sijaitsevassa heinäratamon (Plantago lanceolata) populaatiossa. Kustakin populaatiosta valittiin 20 satunnaista kasvia tutkimukseen. Lehdistä kerättiin näytteitä kerran viikossa kolmen viikon ajan touko-kesäkuussa 2017. Kasvien kukkien ja lehtien lukumäärä sekä pisimmän lehden pituus kirjattiin ylös. Lisäksi mahdolliset viroottiset oireet ja herbivorien aikaansaamat syömäjäljet kirjattiin ylös. Virusten havaitsemista varten kehitettiin qPCR-menetelmä aiempien virussekventointien pohjalta. Alukkeet suunniteltiin mahdollisimman konservoituneille alueille virusten perimässä. qPCR-menetelmän kynnysarvon asettamisen apuna oli lisäksi 218 kasvihuonekasvinäytettä, jotka oli testattu valmiiksi jo olemassa olevalla PCR-menetelmän alukkeilla. Luonnonkasvinäytteet tutkittiin sekä qPCR- että PCR-menetelmillä, joiden tulokset yhdistettiin. Sekä PlLV:ä että caulimovirusta esiintyi kaikilla populaatioilla, mutta esiintymisessä ei ollut merkitseviä populaatioiden välisiä eroja. PlLV-havainnot vähenivät merkitsevästi tutkimusaikana, mutta caulimoviruksen esiintyminen ei vaihdellut. Caulimovirushavainnot korreloivat positiivisesti lehtien lukumäärän sekä erään syömäjälkiluokan kanssa. Muut kasvin ominaisuudet tai herbivorien jättämät syömäjäljet eivät selittäneet virustartuntoja. Viroottiseksi tulkittuja oireita oli sekä virustartuntaisilla että terveiksi todetuilla kasveilla. Vanhat PCR-menetelmät tunnistavat jossain määrin qPCR-menetelmiä paremmin virustartunnat, mutta menetelmät tunnistavat osittain eri tartunnat. Tulokset vahvistavat aiempia havaintoja siitä, että virusten esiintyminen luonnonkasveilla on vaihtelevaa, eivätkä ne aina välttämättä aiheuta näkyviä oireita, mikä tekee niiden vaikutusten arvioinnista haastavaa. Virukset ovat täysin vektoreista riippuvaisia, ja tulos antaa mahdollisia viitteitä caulimoviruksen vektorilajista. Suurikokoiset kasvit vaikuttavat olevan alttiimpia caulimovirustartunnalle. qPCR-menetelmä täydentää PCR-menetelmää, mutta vaatii lisäoptimointia tehokkuuden parantamiseksi. Jatkotutkimukset suuremmalla otannalla ja pidempiaikaisella seurannalla valottaisivat, millaisia vaikutuksia virustartunnoilla on kasveihin missäkin olosuhteissa.
  • Jukkala, Jaana (Helsingin yliopisto, 2019)
    Multiplex PCR uses several primer pairs, each specific for different DNA sequences in the same reaction, enabling viruses from different families and genera to be recognized by the same test. The new broad-based method of detecting plant viruses, siRNA analysis, is expected to improve the identification of plant viruses as it does not require a prediction of viruses that may be present in the sample. Due to the method, limiting the test to detecting only certain viruses is unnecessary. The aim of this study was to optimize two or more single-phase multiplex RT-PCR tests for the pest laboratory of the Finnish Food Safety Authority (now known as Finnish Food Authority). The tests were for nine published, degenerate primer pairs for the simultaneous identification of Potyvirus, Potexvirus, Tobravirus and Tospovirus genera, Tobamovirus subgroup 1, Nepovirus subgroups a and b, Bromoviridae family and Carmovirus, Dianthovirus, and Tombusvirus, which belong in the Tombusviridae family. Both multiplex RT-PCR tests and siRNA deep sequencing were used to detect plant viruses from infected samples or samples showing viral symptoms. By identifying the viruses in the plant samples, the goal was to estimate the suitability of multiplex RT-PCR tests for identifying multiple RNA viruses from different genera. siRNA analysis was used to ensure the correctness of the multiplex RT-PCR results. In this study, two multiplex RT-PCR tests were created to detect viruses belonging to eight different virus groups. The obtained results serve as a basis for the validation of the multiplex RT-PCR tests. The validation is required to verify the suitability of the method for its intended use and the reliability of the results of the method. The results showed that siRNA deep sequencing was able to detect almost the whole genome from some of the found viruses. Multiplex RT-PCR tests detected Lupine mosaic virus (LuMV) from lupine (Lupinus polyphyllus Lindl.), Arabic mosaic virus (ArMV) from Chinese astilbe (Astilbe chinensis (Maxim.) Franch.) and from quinoa (Chenopodium quinoa Willd.), Tobacco rattle virus (TRV) from moneywort (Lysimachia nummularia L.) and possibly a new Potyvirus species from honey clover (Melilotus albus Medik.). siRNA analysis detected the same viruses, which increases confidence in the optimized multiplex RT-PCR tests.