Browsing by Subject "norovirus"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-7 of 7
  • Polkowska, Aleksandra; Räsänen, Sirpa; Nuorti, Pekka; Maunula, Leena; Jalava, Katri (2021)
    Seven major food- and waterborne norovirus outbreaks in Western Finland during 2014-2018 were re-analysed. The aim was to assess the effectiveness of outbreak investigation tools and evaluate the Kaplan criteria. We summarised epidemiological and microbiological findings from seven outbreaks. To evaluate the Kaplan criteria, a one-stage meta-analysis of data from seven cohort studies was performed. The case was defined as a person attending an implicated function with diarrhoea, vomiting or two other symptoms. Altogether, 22% (386/1794) of persons met the case definition. Overall adjusted, 73% of norovirus patients were vomiting, the mean incubation period was 44 h (4 h to 4 days) and the median duration of illness was 46 h. As vomiting was a more common symptom in children (96%, 143/149) and diarrhoea among the elderly (92%, 24/26), symptom and age presentation should drive hypothesis formulation. The Kaplan criteria were useful in initial outbreak assessments prior to faecal results. Rapid food control inspections enabled evidence-based, public-health-driven risk assessments. This led to probability-based vehicle identification and aided in resolving the outbreak event mechanism rather than implementing potentially ineffective, large-scale public health actions such as the withdrawal of extensive food lots. Asymptomatic food handlers should be ideally withdrawn from high-risk work for five days instead of the current two days. Food and environmental samples often remain negative with norovirus, highlighting the importance of research collaborations. Electronic questionnaire and open-source novel statistical programmes provided time and resource savings. The public health approach proved useful within the environmental health area with shoe leather field epidemiology, combined with statistical analysis and mathematical reasoning.
  • Balleste, Elisenda; Blanch, Anicet R.; Mendez, Javier; Sala-Comorera, Laura; Maunula, Leena; Monteiro, Silvia; Farnleitner, Andreas H.; Tiehm, Andreas; Jofre, Joan; Garcia-Aljaro, Cristina (2021)
    The detection of fecal viral pathogens in water is hampered by their great variety and complex analysis. As traditional bacterial indicators are poor viral indicators, there is a need for alternative methods, such as the use of somatic coliphages, which have been included in water safety regulations in recent years. Some researchers have also recommended the use of reference viral pathogens such as noroviruses or other enteric viruses to improve the prediction of fecal viral pollution of human origin. In this work, phages previously tested in microbial source tracking studies were compared with norovirus and adenovirus for their suitability as indicators of human fecal viruses. The phages, namely those infecting human-associated Bacteroides thetaiotaomicron strain GA17 (GA17PH) and porcine-associated Bacteroides strain PG76 (PGPH), and the human-associated crAssphage marker (crAssPH), were evaluated in sewage samples and fecal mixtures obtained from different animals in five European countries, along with norovirus GI + GII (NoV) and human adenovirus (HAdV). GA17PH had an overall sensitivity of >= 83% and the highest specificity (>88%) for human pollution source detection. crAssPH showed the highest sensitivity (100%) and specificity (100%) in northern European countries but a much lower specificity in Spain and Portugal (10 and 30%, respectively), being detected in animal wastewater samples with a high concentration of fecal indicators. The correlations between GA17PH, crAssPH, or the sum of both (BACPH) and HAdV or NoV were higher than between the two human viruses, indicating that bacteriophages are feasible indicators of human viral pathogens of fecal origin and constitute a promising, easy to use and affordable alternative to human viruses for routine water safety monitoring.
  • Pihlajasaari, Annika; Leinonen, Elina; Markkula, Annukka; Miettinen, Ilkka (THL); Rimhanen-Finne, Ruska (THL); Summa, Maija; Zacheus, Outi (THL) (Ruokavirasto, 2021)
    Ruokaviraston julkaisuja 7/2021
    Vuosina 2017–2019 Ruokaviraston ylläpitämään elintarvike- ja vesivälitteisten epidemioiden rekisteriin luokiteltiin tehtyjen epidemiaselvitysten perusteella yhteensä 169 elintarvike- tai talousvesivälitteistä epidemiaa, joista 96 % oli elintarvikevälitteisiä. Talousvesivälitteisiä epidemioita raportoitiin samana ajanjaksona 7. Elintarvikkeiden välityksellä ilmoitettiin sairastuneen yhteensä 2 900 henkilöä ja talousveden välityksellä 567 henkilöä. Kuten aikaisemminkin 2000-luvulla, norovirus oli vuosina 2017–2019 yleisin raportoitu elintarvikevälitteisten epidemioiden aiheuttaja. Norovirus aiheutti 57 (35 %) elintarvikevälitteistä epidemiaa. Suurimmat elintarvikevälitteiset epidemiat aiheutti norovirus hoitolaitosruokailun välityksellä vuonna 2018 (292 ja 110 sairastunutta). Yleisimmät raportoidut välittäjäelintarvikkeet olivat kala ja kalavalmisteet sisältäen äyriäiset ja simpukat. Ne aiheuttivat 14 (9 %) epidemiaa. Toiseksi yleisin välittäjä oli liha ja lihavalmisteet sekä kasvikset ja niistä valmistetut tuotteet (kumpikin 12 epidemiaa; 7 %). Yli 70 %:ssa epidemioista välittäjäelintarvike jäi tuntemattomaksi tai välittäjäksi epäiltiin useita ruokia. Saastuneen raaka-aineen käytöllä oli selvä yhteys 33 (20 %) epidemian syntyyn. Raportoiduista epidemioista 22 %:n taustalla oli lämpötilaan ja säilytysaikaan liittyviä puutteita ja virheitä. Infektoituneen keittiötyöntekijän osallistuminen ruoanvalmistukseen ja puutteellinen käsihygienia oli syynä 19 %:iin elintarvikevälitteisistä epidemioista ja näissä melkein kaikissa tapauksissa aiheuttajana oli norovirus. Elintarvikevälitteisten epidemioiden tapahtumapaikaksi raportoitiin useimmiten ravintola, kahvila tai hotelli (90 kpl; 56 %) ja toiseksi yleisimmin koti (12 kpl; 7 %). Norovirukset aiheuttivat suurimman osan (3 kpl) tunnistetuista talousvesiepidemioista. Yhdessä epidemiassa epäiltiin sapovirusta aiheuttajaksi. Suurin talousvesivälitteinen epidemia havaittiin Nousiaisissa vuonna 2018. Sairastuneita raportoitiin 463. Taudinaiheuttajiksi epäiltiin mm. sapoviruksia. Vuosien 2017–2019 aikana taudinaiheuttaja jäi tuntemattomaksi 67 (41 %) elintarvikevälitteisessä ja kolmessa talousvesiepidemiassa. Uimavesivälitteisten epidemioiden raportointi alkoi vuonna 2012. Suomessa raportoitiin vuosina 2017– 2019 neljä uimavesivälitteistä epidemiaa, joissa sairastui noin 200 henkilöä. Kolme epidemioista aiheutui noroviruksen ja yksi kampylobakteerin saastuttamasta uimavedestä tai uimarantaympäristöstä. Ulostevahingon saastuttamalla allasvedellä oli mahdollinen yhteys kylpyläympäristön epidemiaan. Jätevedellä saastunut luonnonvesi aiheutti yhden epidemian. Kahdessa uimarantaympäristöön liittyneessä epidemiassa uimaveden saastumisen syytä ei saatu selville.
  • Rantala, Marie (Helsingin yliopisto, 2022)
    TIIVISTELMÄ Tiedekunta: Eläinlääketieteellinen tiedekunta Koulutusohjelma: Eläinlääketieteen lisensiaatin koulutusohjelma Tekijä: Marie Rantala Työn nimi: Kasvisten aiheuttamat ruokamyrkytysepidemiat 2000-luvulla, syyt ja torjunta Työn laji: Eläinlääketieteen lisensiaatintutkielma Kuukausi ja vuosi: 03.2022 Sivumäärä: 38 Avainsanat: ruokamyrkytysepidemia, tuoretuote, kasvikset, hedelmät, norovirus, salmonella, E. coli Ohjaaja tai ohjaajat: Riikka Keto-Timonen, Elina Säde Työn johtaja: Riikka Keto-Timonen Osasto tai osastot: Elintarvikehygienian ja ympäristöterveyden osasto Oppiaine: Elintarvikehygienia Säilytyspaikka: Helsingin yliopiston kirjasto Tiivistelmä: Kasvisten aiheuttamien ruokamyrkytysepidemioiden määrät ovat olleet kasvussa 2000-luvulla ja nousseet mielenkiinnon kohteeksi ympäri maailmaa. Kasviperäisten ruokamyrkytysepidemioiden määrän kasvuun vaikuttavat kuluttajien vaatimukset tuoreista ja terveellisistä vaihtoehdoista sekä kasvissyönnin lisääntyminen. Tuoreita tuotteita kuljetetaan ulkomailta yhä enemmän ja niiden tuotantoa lisätään. Kasvisten aiheuttamissa ruokamyrkytyksissä tärkeimpinä taudinaiheuttajina on tunnistettu norovirus, Salmonella sekä Escherichia coli. Näiden lisäksi Listeria monocytogenes, hepatiitti A, Shigella sekä Yersinia ovat merkittävässä roolissa. Loiset ovat harvinaisia ruokamyrkytyksissä, mutta näistä Cyclospora on näistä eniten linkittyneenä kasviperäisiin tuotteisiin. Norovirus on johtava kasviperäisten ruokamyrkytysepidemioiden aiheuttaja kaikkialla maailmassa. Taudinaiheuttajan kykyyn saastuttaa elintarvike vaikuttaa elintarvikkeen ominaisuudet tukea taudinaiheuttajan kasvua. Tärkeimmät taudinaiheuttajaan vaikuttavat ominaisuudet elintarvikkeessa ovat pH, vesiaktiivisuus, ravintoaineet, kasvin ulkoiset ominaisuudet, kuten pintarakenne, sekä tuotteen valmistustavat. Valmiiksi pilkotut hedelmät ja vihannekset ovat alttiimpia saastumiselle, kuin käsittelemättömät kasvit. Epidemioiden lähteeksi on tunnistettu useimmiten saastunut raaka-aine tai infektoitunut työntekijä. Infektoituneen työntekijän merkitys korostuu erityisesti virusperäisissä ruokamyrkytysepidemioissa. Elintarvike on saastunut yleensä alkutuotantotilalla tai tuotantolaitoksessa. Kasviperäisten elintarvikkeiden merkittävä saastumislähde on vesi, kuten kastelu- tai pesuvesi. Tärkeimpiä torjuntakeinoja kasvisten aiheuttamiin ruokamyrkytysepidemioihin ovat hyvät hygieniakäytännöt, tuotantoprosessin valvonta sekä veden puhtauden varmistaminen sekä kastelun että puhdistuksen aikana. Tuotteita tulisi käsitellä mahdollisimman vähän, jotta saastumisen mahdollisuus saadaan minimoitua. Tuotteen oikea säilytyslämpötila ja pakkaaminen ovat kasvisten kohdallakin tärkeitä ruokamyrkytysepidemioiden torjuntatoimia.
  • Grönroos, Silvia (Helsingfors universitet, 2010)
    Tässä työssä käytettiin pohjana aikaisemmin julkaistua työtä (Nuanualsuwan ja Cliver, 2002), ja tarkoituksena oli tutkia työssä kuvatun menetelmän soveltuvuutta noroviruksen havaitsemiseen sekä sitä, kuinka erilaiset desinfektioaineet tehoavat noroviruksen eliminoinnissa. Menetelmä perustuu esikäsittelyyn, jossa ennen reaaliaikaista RT-PCR geenimonistusta lisätään näytteisiin proteinaasi K:ta ja ribonukleaasia (RNAsi). Esikäsittelyllä on tarkoitus poistaa vaurioituneet ei-infektiiviset viruspartikkelit ja genomit näytteestä, joka helpottaisi ihmiselle vaarallisen noroviruksen tunnistamista. Norovirusta sisältäviä näytteitä analysoitiin reaaliaikaisella RT-PCR:llä nukleiinihapposaostuksen jälkeen. Tulokset vahvistivat mm. etanolin ja kloorin tehon noroviruksen eliminoinnissa. Työssä huomattiin myös, että monet aineet jättivät jälkeensä suuren määrän inaktivoitua virusta, mikä on aikaisemmin saattanut johtaa esimerkiksi etanolin tehon aliarviointiin. Menetelmän käyttökelpoisuus sai myös vahvistuksen, mutta osoitti, että menetelmässä on vielä runsaasti kehittämisen varaa. Esikäsittelymenetelmiä tulisi kehittää spesifisemmiksi jotta niitä voisi hyödyntää käytännössä esimerkiksi epidemioiden yhteydessä ja tutkittaessa uusia desinfektioaineita.
  • Pitkänen, Milla (Helsingin yliopisto, 2020)
    Norovirus on suurin yksittäinen ruokamyrkytysepidemioiden aiheuttaja maailmalla, ja Suomessakin vahvistettiin viime vuonna yli 3000 tartuntaa. Yleisin viruksen leviämismuoto on suoraan ihmisestä toiseen, mutta tartunnan voi saada myös elintarvikkeiden välityksellä. Elintarvikkeista suurimman riskin aiheuttavat ne tuotteet, jotka nautitaan sellaisenaan ilman virusta tuhoavaa kuumennusta. Tällaisia riskituotteita ovat esimerkiksi marjat, joita käytetään usein kuumentamattomina heti nautittavaksi tarkoitettujen smoothieiden valmistuksessa. Smoothiet ovat olleet kasvavassa suosiossa viime vuosikymmenen aikana, ja myös norovirustartuntoja on voitu yhdistää marjasmoothieiden nauttimiseen. Tutkimuksessamme halusimmekin selvittää, kuinka hyvin norovirus säilyy maitopohjaisissa marjasmoothieissa ja onko maidolla vaikutusta säilyvyyteen. Tutkimusaineistona olivat hiiren norovirus, jolla smoothiet kontaminoitiin, sekä soluviljelyssä käytetyt hiiren makrofagit (RAW-solut). Hiiren norovirus toimii ihmisen noroviruksen malliviruksena, koska ihmisen norovirusta ei pystytä vielä rutiininomaisesti viljelemään. Soluviljelyllä saadaan selville olennaista tietoa viruksen infektiivisyydestä. Smoothieita valmistettiin vadelmasta ja mustikasta, maidolla ja ilman, ja niitä säilytettiin joko tunti huoneenlämmössä (21 °C) tai 24 tuntia 37 °C:ssa. Tämän lisäksi tutkimme pidemmän säilytysajan (21 pv) vaikutusta hiiren noroviruksen virusgenomimäärään sekä viruksen infektiivisyyteen. Pidempi säilytys tehtiin jääkaapissa puskuriliuoksessa. Virusmäärät selvitettiin TCID50-menetelmällä 96-kuoppalevyille tehtävien laimennoksien avulla. Soluviljelyssä infektoituneet solut tunnistettiin muuttuneesta ulkomuodosta eli sytopaattisesta efektistä. Epäselvissä tilanteissa virusgenomimäärä tarkistettiin reaaliaikaisella käänteiskopiointi PCR:llä (RT PCR). Lyhyen säilytysajan tulosten tilastollista merkitsevyyttä analysoitiin Kruskal Wallis -testillä. Tuloksista selvisi, että hiiren norovirus säilyy hyvin maitopohjaisissa smoothieissa: jopa paremmin kuin kontrolliliuoksessa (PBS) ja maidottomassa smoothiessa. Vuorokauden aikana 37 °C:n säilytyksessä TCID50-arvot laskivat kaikissa liuoksissa yli 80 % verrattuna tunnin säilytykseen huoneenlämmössä. Lyhyen säilytysajan smoothie- ja kontrollinäytteiden tulosten välillä ei ollut tilastollista merkitsevyyttä. Pidemmässä jääkaappisäilytyksessä viruksen genomikopioiden määrä ja TCID50-arvot laskivat puskuriliuoksessa puoleen. Koska ihmisen norovirus on hiiren norovirusta kestävämpi, voidaan sen olettaa säilyvän kyseisissä säilytysoloissa vielä paremmin. Marjasmoothie voi siis toimia elintarvikeperäisten norovirusepidemioiden aiheuttajana, jos esimerkiksi siihen käytetyt kuumentamattomat marjat ovat saastuneet. Lisätutkimusta tarvitaan, jotta saataisiin selville, mitkä maidollisen marjasmoothien ainesosat vaikuttavat noroviruksen säilyvyyteen ja miten ne vaikuttavat.
  • Mikkonen, Venla (Helsingin yliopisto, 2022)
    Norovirus on merkittävä ruuansulatuskanavan patogeeni, joka aiheuttaa ihmisillä vuosittain infektioita ympäri maailman. Norovirukset voidaan jaotella kymmeneen eri genoryhmään, joissa on pääasiassa lajispesifisiä infektion aiheuttajia. Genoryhmän II norovirukset aiheuttavat infektioita sekä sioille että ihmisille, mutta pääasiassa sian ja ihmisen norovirukset ovat kuitenkin eri genotyyppejä. Mielenkiinnon on herättänyt kyseisten genotyyppien geneettinen samankaltaisuus ja norovirustestien lajispesifisyys, sillä joissakin tutkimuksissa on todettu ihmisen norovirustestin antaneen positiivisia tuloksia sian noroviruksille. Noroviruksen 15216-2-ISO-standardin mukaisen genoryhmän II PCR (eng. polymerase chain reaction)-testin tavoitteena on havaita noroviruksen genomi riskielintarvikkeista, kuten marjoista ja hedelmistä. Pääsääntöisesti testi on suunniteltu havaitsemaan ihmisten noroviruksia. Tässä alkuperäistutkimuksessa keskityttiin selvittämään noroviruksen 15216-2-ISO-standardin noroviruksen genoryhmän II mukaisten alukkeiden lajispesifisyyttä reaaliaikaisella RT-PCR (eng. reverse transcriptase polymerase chain reaction)-testillä, sillä aiempien tutkimuksien tulokset ovat herättäneet jatkotutkimuksen tarpeen. Ennen tutkimuksen tekoa uskoimme ristireaktioiden olevan mahdollisia genoryhmän II sian ja ihmisen koroviruksien samankaltaisen genomin vuoksi. Tutkimuksemme on tietääksemme ensimmäinen, jossa tutkitaan ihmisen genoryhmän II noroviruksille säädetyn 15216-2-ISO-standardin lajispesifisyyttä sian noroviruksen suhteen. Tutkimuksessa käytimme pakastettuja ja tuoreita sian ulostenäytteitä. Tutkimme yhteensä 100 testattavaa ulostenäytettä, yhden sian norovirukselle positiiviseksi todetun ulostenäytteen sekä 11 sian ulostetta sisältävää jätevesinäytettä. Teimme ulosteista ulostesuspensiot ja eristimme suspensioista RNA:ta kaupallisen eristyssarjan avulla. Tämän jälkeen monistimme näytteessä mahdollisesti olevaa noroviruksen RNA:ta DNA:na reaaliaikaisen käänteiskopioinnin ja polymeraasiketjureaktion avulla. Tutkimme näytteitä kahdessa erilaisissa testiolosuhteissa. 15216-2-ISO-standardin alukkeiden lisäksi testasimme positiivisen tuloksen antaneet ulostenäytteet ja kolme voimakkaimman tuloksen antanutta sian ulostenäytettä sisältävää jätevesinäytettä COG2R ja COG2F -alukkeilla. Saimme tutkimuksessamme 15216-2-ISO-standardin mukaisilla alukkeilla positiivisen tuloksen sian norovirukselle jo aiemmin sian norovirukselle positiiviseksi todetusta sian ulostenäytteestä. Lisäksi saimme positiivisia tuloksia seitsemästä muusta sian ulostenäytteestä ja yhdeksästä sian ulostetta sisältävistä jätevesinäytteistä kyseisillä alukkeilla. Kaikki seitsemän positiivisen tuloksen antanutta sian ulostenäytettä antoivat positiivisen tuloksen myös COG2R ja COG2F -alukkeilla. Kolme kyseisillä alukkeilla testaamaamme sian ulostetta sisältävää jätevesinäytettä antoivat positiivisen tuloksen. Tuloksemme tukevat ajatustamme siitä, että 15216-2-ISO-standardin mukainen RT-qPCR-testi havaitsee sian noroviruksia, sillä tutkimuksemme osoitti, että 15216-2-ISO-standardin mukainen RT-qPCR-testi voi antaa positiivisen tuloksen ainakin yhdelle sian noroviruksen genotyypille. Tutkimuksemme perusteella emme vielä osaa sanoa, antaako testi positiivisen tuloksen kaikille sian noroviruksen genoryhmän II genotyypeille, joten jatkotutkimuksissa positiivisen tuloksen antaneet näytteet sekvensoidaan tai muulla tavoin varmistetaan sian noroviruksiksi.