Browsing by Subject "taksonomia"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-20 of 24
  • Norrlin, J. P. (Suomen metsätieteellinen seura, 1923)
  • Juntunen, Pekka (Helsingfors universitet, 2002)
    Aeromonas-bakteerit ovat gram-negatiivisia, sauvamaisia ja fakultatiivisia anaerobisia bakteereita. Tällä hetkellä tunnetaan jo 16 tai 17 Aeromonas-lajia (genospecies=GS tai hybridization/homology group=HG), mutta aeromonaksille ei ole olemassa yleisesti hyväksyttyä luokittelua. Taksonomia muuttuu jatkuvasti uusien tutkimusten ja tunnistamismenetelmien perusteella. Nykyään luokittelussa yleisesti käytetyt hybridisaatioryhmät ovat toisinaan ristiriidassa perinteisten biokemiallisten ja fysiologisten ominaisuuksien perusteella luokiteltujen lajien kanssa. HSP60 (heat shock protein 60, GroEL tai Cpn60) on yleinen ja konservoitunut lämpösokkiproteiini, jota esiintyy kaikissa mikrobeissa. Tämän vuoksi HSP60-geenifragmentin polymorfiaa on käytetty apuna eri bakteerisukujen ja -lajien taksonomian tutkimisessa. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli kehittää eri Aeromonas-lajien tunnistamiseen sopiva menetelmä, joka perustuu HSP60-geenin polymorfiaan, jota tutkitaan restriktiofragmenttien pituuspolymorfian (RFLP) avulla. Ensin monistettiin polymeraasiketjureaktion (PCR) avulla osa HSP60-geenistä 76 Aeromonas-kannalta (HG 1 - HG 12 ja HG 16). Geenifragmenttien pilkkomista kokeiltiin useilla restriktioentsyymeillä. Parhaiten eri lajit erotteleviksi entsyymeiksi osoittautuivat HhaI ja MboI, joilla pilkottiin kaikki monistuneet HSP60-geenifragmentit. RFLP:llä saadut fragmentit kuvattiin UV-valossa ja analysoitiin Bionumerics-ohjelmalla. Lopuksi analyysituloksia tulkittiin visuaalisesti. Tutkimus osoitti, että nyt kehitetty Aeromonas-lajien tunnistamismenetelmä onnistuu tutkituista 13 genotyypistä erottelemaan toisistaan kahdeksan genotyyppiä: A. hydrophila (HG 1), A. bestiarum (HG 2), A. caviae (HG 4), A. veronii (HG 8/10 ja 10), A. jandaei (HG 9), A. sp. HG 11, A. schubertii (HG 12) ja A. encheleia (HG 16). Aeromonasten tunnistaminen HSP60-geenin polymorfian avulla on nopea ja luotettava menetelmä, jonka kehittämistä kaikkien tunnettujen Aeromonas-lajien tunnistamiseksi kannattaa jatkaa.
  • Camarena‐Gómez, María Teresa; Ruiz‐González, Clara; Piiparinen, Jonna; Lipsewers, Tobias; Sobrino, Cristina; Logares, Ramiro; Spilling, Kristian (American Society of Limnology and Oceanography, 2021)
    Limnology and Oceanography 66: 1, 255-271
    In parts of the Baltic Sea, the phytoplankton spring bloom communities, commonly dominated by diatoms, are shifting toward the co-occurrence of diatoms and dinoflagellates. Although phytoplankton are known to shape the composition and function of associated bacterioplankton communities, the potential bacterial responses to such a decrease of diatoms are unknown. Here we explored the changes in bacterial communities and heterotrophic production during the spring bloom in four consecutive spring blooms across several sub-basins of the Baltic Sea and related them to changes in environmental variables and in phytoplankton community structure. The taxonomic structure of bacterioplankton assemblages was partially explained by salinity and temperature but also linked to the phytoplankton community. Higher carbon biomass of the diatoms Achnanthes taeniata, Skeletonema marinoi, Thalassiosira levanderi, and Chaetoceros spp. was associated with more diverse bacterial communities dominated by copiotrophic bacteria (Flavobacteriia, Gammaproteobacteria, and Betaproteobacteria) and higher bacterial production. During dinoflagellate dominance, bacterial production was low and bacterial communities were dominated by Alphaproteobacteria, mainly SAR11. Our results suggest that increases in dinoflagellate abundance during the spring bloom will largely affect the structuring and functioning of the associated bacterial communities. This could decrease pelagic remineralization of organic matter and possibly affect the bacterial grazers communities.
  • Paukkunen, Juho (Helsingin yliopisto, 2018)
    Cuckoo wasps (Chrysididae) include more than 2500 described species, all of which are parasitoids or kleptoparasites of other insects, predominantly solitary wasps and bees. They favor warm, dry and sunny habitats, and their bodies are typically highly sculptured with bright metallic colours. About 490 species are currently known in Europe, but the actual number of species is estimated at 550-600. The objectives of this study were to: 1) to determine which species of cuckoo wasp occur in Northern Europe, i.e. Fennoscandia, Denmark and the Baltic countries, 2) to assess their valid names according to the International Code of Zoological Nomenclature, 3) to present an identification key for all species, based on morphological characters and 4) to study their distribution, abundance and long-term population trends. The structure, distribution, and abundance of cuckoo wasps were studied on the basis of museum and private collections, and also all published data of Northern European taxa were compiled. The validity and phylogeny of the morphologically similar species of the Chrysis ignita group were investigated by analyzing their mitochondrial DNA. The population trends of Finnish cuckoo wasps were assessed by studying changes in the occupancy of 10 x 10 km grid squares between two periods, 1840–1967 and 1968–2015. Comparative analysis was performed to investigate the correlation between the population trends and shared species traits. A total of 74 cuckoo wasp species were found in the study area, four of which were new to Northern Europe, and one, Chrysis borealis Paukkunen, Ødegaard & Soon, 2015, also new to science. Cleptes striatipleuris Rosa, Forshage, Paukkunen & Soon, 2015 was described from Central Europe. Chrysis terminata Dahlbom, 1854 represented the valid name for C. ignita Form A, and Cleptes semiauratus (Linnaeus, 1761) was re-established as a senior synonym of Cleptes pallipes Lepeletier, 1806. Two new synonyms were also found. Mitochondrial DNA sequences supported the validity of the most previously recognized species of the Chrysis ignita group and additionally suggested the existence of several cryptic species. Decreasing populations were found in 11 Finnish cuckoo wasp species, while significant increases were not observed for any species. Scarce and small-sized species that are dependent on sun-exposed dead wood had declined more than abundant and large-sized species that live in open sandy habitats. This study provides a solid basis for the taxonomy of Northern European cuckoo wasps and facilitates species identification with an illustrated determination key. The declining populations of many species indicate that cuckoo wasps are vulnerable to human-induced environmental changes and conservation measures are needed for their preservation.
  • Spirin, Viacheslav; Volobuev, Sergey; Malysheva, Vera; Miettinen, Otto; Kotiranta, Heikki; Larsson, Karl-Henrik (Nationale Plantentuin van België, 2021)
    Plant Ecology and Evolution 154: 2, 231-244
    Background and aims – To date, Megalocystidium leucoxanthum, a corticioid fungus originally described from the Italian Alps, was considered as a widely distributed species inhabiting numerous angiosperm hosts in the northern hemisphere. Its specimens collected in different geographic areas and from various host species revealed a high morphological variability and thus obfuscated differences from the closely related M. luridum. The objective of this study was to re-establish M. leucoxanthum based on newly collected and sequenced specimens and clarify the identity of morphologically deviating collections previously ascribed to this species. Material and methods – In total, 87 specimens of Megalocystidium spp. (including two historical types) were studied by morphological methods. Their phylogenetic relations were investigated based on DNA sequences (nrITS, nrLSU, and tef1) of 29 specimens. Key results – Based on morphological, ecological and DNA data, we showed M. leucoxanthum sensu typi is a rare species restricted to Alnus alnobetula in subalpine and subarctic zones. Consequently, records from other hosts (mostly representatives of Salicaceae) belong to three other species, M. olens, M. perticatum, and M. salicis, described as new to science. The fourth newly introduced species, M. pellitum, occurs on the same host tree as M. leucoxanthum but it can be separated from the latter due to distinctive morphological traits and DNA sequences. Additionally, Aleurodiscus diffissus is combined in Megalocystidium and the identity of M. luridum is clarified.
  • Forsius, Kaj; Silvo, Kimmo; Jouttijärvi, Timo; Marttunen, Mika; Mustajoki, Jyri; Karppinen, Tiina K. M.; Kostamo, Kirsi; Salo, Pälvi; Romppanen, Seita; Kautto, Petrus; Toivanen, Riina (Finnish Environment Institute, 2022)
    Reports of the Finnish Environment Institute 3en/2022
    This report presents approaches and guidance for the DNSH assessment of projects in the Finnish recovery and resilience plan and other projects possibly requiring a DNSH assessment. Member States must provide a Do No Significant Harm (DNSH) assessment for each of the measures in their recovery and resilience plan. No action included in a recovery and resilience plan should cause significant harm to any of the six environmental objectives: 1. climate change mitigation 2. climate change adaptation 3. sustainable use and protection of water and marine resources 4. transition to a circular economy 5. prevention and control of air, water and soil pollution 6. protection and restoration of biodiversity and ecosystems. The Finnish Environment Institute, Syke, has developed guidance and methodologies for the DNSH assessment of funding applications under the Finnish program for sustainable growth. The developed methods and approaches are designed particularly for investment projects as well as research, development and innovation projects. To a large extent, the developed methodology can also be applied in the DNSH assessment of other types of projects. Users of the developed assessment methods are the bodies responsible for funding programs, especially, Business Finland, Academy of Finland, Ministry of the Environment, Ministry of Employment and the Economy, Centres for Economic Development, Transport and the Environment and those organizations applying for funding.
  • Vuorenvirta, Kia (Helsingin yliopisto, 2022)
    Kestävä kehitys on jo pitkään ollut teema, jonka ympärille on nyky-yhteiskunta muovaantunut. Se on yhtäältä noussut valtioiden tavoitteeksi Yhdistyneiden kansakuntien Agenda 2030 myötä ja toisaalta kansalaisjärjestöjen, ammattiliittojen ja yliopistojen myötä. Vaikka sen ympärille on monia isoja yhteisöjä rakentanut pohjaa, on jo korkea aika myös lainsäädännön ottaa huomioon kestävän kehityksen tavoitteita. Maapallon kantokyvyn ylittämisestä on kasvanut ja ilmasto- sekä ympäristöhaasteita, kuten ilmastonmuutoksen hillitseminen ja biodiversiteettikadon ehkäiseminen ja ne edellyttävät kunnianhimoisempien tavoitteiden asettamista kestävään talousjärjestelmään siirtymiseksi. On selvää, että yksin suositukset ja ihannekuvat riitä viemään maapalloa oikeaan suuntaan. Vastuullisuudesta ja kestävyydestä puhuttaessa käytetään termiä ESG, joka on lyhenne sanoista environmental, social ja governance. Sillä tarkoitetaan yhtiöiden ympäristö- ja yhteiskuntavastuuseen sekä hallintotapaan liittyviä asioita. Tähän liitän kestävän rahoituksen, jolla tarkoitetaan rahoitusta, millä tuetaan talouskasvua samalla kun vähennetään ympäristöön kohdistuvia paineita. Aihe on ajankohtainen, sillä rahoitusmarkkinoille tarvitaan muuttuvia tekijöitä, mitkä palvelisivat paremmin yrityksiä. Tämän lisäksi ehdotus yritysvastuudirektiiviksi, CSRD, on vahvasti esillä ja miten se muuttaa yrityksen velvollisuuksia suhteessa vastuullisuuden raportoimiseen. Kestävä talous ja kestävä yritystoiminta ei ole sellainen asia, mitä yritykset voivat hetkessä päättää alkaa noudattavansa tai tuottavansa. Se liittyy niin osakeyhtiöihin, pk-yrityksiin ja osuuskuntiin. Osuuskunnat yritysmuotona ovat ainutlaatuisessa asemassa kestävään kehitykseen liittyen. ESG-tavoitteet ovat usein osana osuuskuntien sääntöjä, sillä osuuskunnilla on selvä yhteys alueeseen, jossa ne toimivat. Kestävän yritystoiminnan ja ESG:n hyvän hallinnon toteutuminen on riippuvainen yhtiön johdosta ja sen huolellisuusvelvoitteen toteutumisesta. Jos yrityksen hallinto on huonosti hoidettu, ei voida odottaa johdon huolellisuuden olevan huipussaan. Koska yritysten liiketoiminnan tekoympäristö on muuttunut, tulisi kestävyyden sisällöllisen jaottelun ja merkityksen muuttua sen mukana. Lopuksi pohdin yritysvastuuta ja sen oikeudellistumista, mikä ikään kuin käsittää suurimman osan edellä mainituista aiheista, kuitenkin yritysvastuun näkökulmasta. Koska yritysvastuun kenttä on oikeudellistumassa, on noussut tarve tuoda yritysvastuun ja sääntelyn rajapinnassa työskentelevät tahot yhteen ja fasilitoida keskustelua yritysvastuusta ja sen oikeudellisesta luonteesta. Siihen kuuluu yrityksen toimintaympäristössä ja vaikutuspiirissä toimivia sidosryhmiä. Yritysvastuuoikeus on vain yksi esimerkki tulevaisuuden suunnasta, ja pitkäaikaisen sietokyvyn saavuttaakseen rahoitussektorin sekä yritysten tulee sisäistää ympäristöön ja vastuullisuuteen liittyvät riskit niiden strategioihin. On tärkeää, että näitä riskejä osataan jo ajoissa lieventää, ja ottaa huomioon yritysten sisäisissä prosesseissa ja itsesääntelyssä.
  • Hakahuhta, Touko (Helsingin yliopisto, 2021)
    Euroopan unionin piirissä on vireillä useita kestävän rahoituksen hankkeita, joiden tavoitteena on edistää siirtymää kestävään talousjärjestelmään. Tämän tutkielman aiheena ovat vihreät joukkovelkakirjalainat (green bond), jotka sijoittuvat kestävän rahoituksen piiristä ympäristöllisen kestävyyden alaan. Vihreät joukkovelkakirjalainat ovat velkasitoumuksia, joiden varat kohdistuvat vihreiden hankkeiden rahoittamiseen tai uudelleenrahoittamiseen. Vihreiden joukkovelkakirjalainojen merkittävyyttä kestävän rahoituksen segmenttinä korostaa viime vuosina vahvasti kasvanut markkina. Vihreiden joukkovelkakirjalainojen markkinat ovat toistaiseksi kärsineet selvän vihreä-käsitteen puuttumisesta, mikä on altistanut sijoittajat viherpesulle. Vaikka liikkeeseenlaskijat ovat pyrkineet lujittamaan kestävyysväitteitään viittauksilla itsesääntelyperiaatteisiin ja -standardeihin, markkinoiden luotettavuuteen ja läpinäkyvyyteen liittyvät ongelmat eivät kuitenkaan ole poistuneet. Tämän vuoksi EU:ssa on nähty tarpeelliseksi kytkeä vihreiden joukkovelkakirjalainojen vihreä-käsite yhtenäiseen kestävän taloudellisen toiminnan luokitusjärjestelmään, taksonomiaan. Tutkielmassa tarkastellaan vihreiden joukkovelkakirjalainojen sääntelyä erityisesti Euroopan komission valmistelussa olevan EU green bond -standardin valossa. Itsesääntelystä siirtyminen EU-tasoiseen lakiperusteiseen standardiin luo mielenkiintoisen asetelman tarkastella oikeudellisesti itse sääntelyinstrumenttia sekä sen vaikutuksia markkinatoimijoihin. Suuressa kuvassa tutkielman tutkimuskysymyksenä on selvittää, millainen sääntelyinstrumentti EU green bond -standardi on. Tutkielmassa havaitaan, että vaikka sääntelyinstrumentin kohde on EU:n arvopaperimarkkinaoikeudellisessa sääntelyssä uusi, ympäristöllisesti kestävän toiminnan rahoittaminen, noudattaa EU-standardi vakiintunutta arvopaperimarkkinaoikeuden sääntelytekniikkaa. EU green bond -standardi muodostaa ensimmäisen tason säädöksenä pääperiaatteet vihreille joukkovelkakirjalainoille, jotka täsmentyvät toisen tason sääntelyssä ennen kaikkea taksonomian vähimmäisedellytysten mukaisesti. Muutosta itsesääntelystä velvoitesääntelyyn pehmentää kuitenkin EU-standardin soveltamisen vapaaehtoisuus. Sääntelyn velvoittavuuden kasvattaminen on tutkimuksen havaintojen valossa suhteellisen legitiimiä, sillä sääntelyinstrumentti perustuu nykyiseen markkinakäytäntöön, minkä lisäksi etenkin rahoitusmarkkinatoimijat on otettu vahvasti mukaan sääntelyä valmisteleviin asiantuntijaryhmiin. Tutkielmassa edetään tämän jälkeen EU green bond -standardin aineellisoikeudellisen sisällön tarkasteluun ja havaitaan standardin tavoitteiden kytkeytyvän perinteisiin arvopaperimarkkinaoikeudellisiin tavoiteasetteluihin: markkinoiden tehokkuuden vahvistamiseen sekä sijoittajansuojan turvaamiseen ja väärinkäytösten estämiseen. EU green bond -standardi rakentuu neljän perusosion varaan. Ensinnäkin standardi asettaa nykyistä selkeämmän vihreä-käsitteen rahoitettaville hankkeille. Toisekseen standardi pyrkii parantamaan vihreitä joukkovelkakirjalainoja koskevaa tiedonantoa asettamalla velvoitteen julkaista vihreiden joukkovelkakirjalainojen viitekehys ja implementoimalla markkinakäytännössä omaksutut raportointikäytänteet pakottavaksi osaksi standardia. Neljäntenä perusosiona standardilla implementoidaan lakisääteinen vihreisiin joukkovelkakirjalainoihin kohdistuva verifikaatiovaatimus. Lopuksi tutkielmassa tarkastellaan EU-standardin vaikutuksia markkinatoimijoihin. Tutkielman keskeisenä johtopäätöksenä havaitaan, että standardin taloudelliset edut liikkeeseenlaskijoille eivät ole yksiselitteisiä. Sen sijaan standardin selvä taksonomiaan perustuva vihreä-käsite parantaa green bondeja koskevien kestävyysväitteiden oikeusvarmuutta, mikä on omiaan lisäämään vihreiden joukkovelkakirjalainojen kysyntää sijoittajien keskuudessa ja näin edistämään markkinan kasvua. Edelleen havaitaan, että EU-standardin lisäarvo ja vaikuttavuus perustuvat markkinoiden tehokkuuden vahvistamiseen kestävyystiedon laatua ja vertailukelpoisuutta parantamalla. Standardin vahvuutena voidaan pitää sen kytkeytymistä julkisen vallan hyväksymiin ympäristö- ja ilmastotavoitteisiin, jotka edelleen linkittyvät Pariisin sopimukseen ja YK:n kestävän kehityksen tavoitteisiin.
  • Lindholm, Johanna (Helsingin yliopisto, 2018)
    Raakamaidon kylmäsäilytys suosii psykrotrofisten pilaajabakteerien kasvua. Raakamaidosta eristetyillä psykrotrofisilla pilaajabakteereilla on havaittu olevan sekä antibioottiresistenssi- että hemolyysiominaisuuksia. Tutkielman kirjallisuuskatsauksessa käsiteltiin raakamaidon mikrobistoa ja psykrotrofisia bakteereja. Kirjallisuuskatsauksessa tarkasteltiin myös bakteerien antibioottiresistenssiä, antibioottiresistenssin mekanismeja, antibioottiresistenssin leviämistä elintarvikeketjun välityksellä, lehmän raakamaidon bakteerien antibioottiresistenssiä ja bakteerien hemolyyttisiä ominaisuuksia. Kirjallisuuskatsauksessa käsiteltiin lisäksi raakamaidon bakteerien antibioottiresistenssin määrittämistä ja Pseudomonas-suvun bakteerien tunnistamista eri tutkimusmenetelmillä. Kokeellisen osuuden tavoitteena oli tutkia lehmän raakamaidosta eristettyjen psykrotrofisten bakteeri-isolaattien hemolyyttisiä ominaisuuksia kahdella menetelmällä: verimaljaviljelyllä ja WLA-testillä. Tarkoituksena oli tutkia myös isolaattien antibioottiresistenssiä ATB VET-testillä sekä määrittää isolaattien antibioottiherkkyyttä (MIC-arvot) Etest-, HiComb- ja Biolog PM12-testeillä. Tämän lisäksi tavoitteena oli tutkia isolaattien genomien sormenjälkiä rep-PCR-analyysin perusteella ja tunnistaa tutkitut isolaatit rpoB-geenianalyysin perusteella. Lähes puolet tutkituista raakamaidosta eristetyistä psykrotrofisista bakteeri-isolaateista (30) olivat hemolyyttisiä. Viisi isolaattia reagoivat WLA-testissä positiivisesti. Seitsemän isolaattia olivat multiresistenttejä antibiooteille ATB VET-testien perusteella. Kuitenkin suurin osa isolaateista olivat herkkiä levofloksasiinille ja gentamysiinille, mutta kohtalaisen resistenttejä kefotaksiimille ja trimetopriimi-sulfametoksatsolille MIC-määritysten perusteella. MIC-määritysten tulosten luotettavuuden varmistamiseksi tulisi tehdä rinnakkaismäärityksiä samalla menetelmällä. Kaksi tutkittua isolaattia olivat resistenttejä lähes kaikille tutkituille antibiooteille Biolog-testien perusteella. Rep-PCR-analyysin perusteella isolaatit olivat geneettisesti hyvin monimuotoisia ja isolaattien joukossa oli useita bakteerityyppejä. Suurin osa isolaateista tunnistettiin Pseudomonas fluorescens-bakteerilajiksi analysoidun rpoB-geenisekvenssin perusteella. Yksi isolaateista tunnistettiin Pseudomonas fluorescens- tai Pseudomonas trivialis-lajiksi. Yksi isolaatti tunnistettiin patogeeniseksi Stenotrophomonas maltophilia-lajiksi. Tulosten perusteella rpoB-geenin sekvensointi soveltui hyvin Pseudomonas-suvun bakteerien tunnistamiseen lajitasolla.
  • Li, Zhengfei; Jiang, Xiaoming; Wang, Jun; Meng, Xingliang; Heino, Jani; Xie, Zhicai (Wiley & Sons, 2019)
    Ecology and Evolution
    Environmental filtering and spatial structuring are important ecological processes for the generation and maintenance of biodiversity. However, the relative importance of these ecological drivers for multiple facets of diversity is still poorly understood in highland streams. Here, we examined the responses of three facets of stream macroinvertebrate alpha diversity to local environmental, landscape-climate and spatial factors in a near-pristine highland riverine ecosystem. Taxonomic (species richness, Shannon diversity, and evenness), functional (functional richness, evenness, divergence, and Rao's Quadratic entropy), and a proxy of phylogenetic alpha diversity (taxonomic distinctness and variation in taxonomic distinctness) were calculated for macroinvertebrate assemblages in 55 stream sites. Then Pearson correlation coefficient was used to explore congruence of indices within and across the three diversity facets. Finally, multiple linear regression models and variation partitioning were employed to identify the relative importance of different ecological drivers of biodiversity. We found most correlations between the diversity indices within the same facet, and between functional richness and species richness were relatively strong. The two phylogenetic diversity indices were quite independent from taxonomic diversity but correlated with functional diversity indices to some extent. Taxonomic and functional diversity were more strongly determined by environmental variables, while phylogenetic diversity was better explained by spatial factors. In terms of environmental variables, habitat-scale variables describing habitat complexity and water physical features played the primary role in determining the diversity patterns of all three facets, whereas landscape factors appeared less influential. Our findings indicated that both environmental and spatial factors are important ecological drivers for biodiversity patterns of macroinvertebrates in Tibetan streams, although their relative importance was contingent on different facets of diversity. Such findings verified the complementary roles of taxonomic, functional and phylogenetic diversity, and highlighted the importance of comprehensively considering multiple ecological drivers for different facets of diversity in biodiversity assessment.
  • Vilmi, Annika; Tolonen, Kimmo T.; Karjalainen, Satu Maaria; Heino, Jani (Elsevier, 2019)
    Ecological Indicators, 99, 159-166
    We examined how niche position, niche breadth, biological traits and taxonomic relatedness affect interspecific variation in occupancy and abundance of two commonly-used biological indicator groups, i.e. diatoms and macroinvertebrates. We studied 291 diatom and 103 macroinvertebrate species that occupied the littoral zones of a large (305 km2) highly-connected freshwater system. We collated information on the biological traits and taxonomic relatedness of each species. Using principal coordinates analysis, we formed biological trait and taxonomic vectors describing distances between species and used the resulting vectors as predictor variables. As environmental data, we had site-specific physico-chemical variables, which were used in outlying mean index analyses to determine the niche position and niche breadth of each species. We used linear models to study if and how these two niche parameters and biological traits as well as taxonomic relatedness affected occupancy and abundance. We observed positive occupancy-abundance relationships for both diatoms and macroinvertebrates. We further found that, for both groups, occupancy was better explained by the predictor variables compared with abundance. We also observed that niche parameters, especially niche position, were the main determinants of variation in occupancy and abundance for both diatoms and macroinvertebrates. Local abundances of diatom and macroinvertebrate species were also, to a small degree, affected by biological traits or taxonomic relatedness. We further saw that the relationship between niche position and occupancy was negative, indicating that the more marginal the niche position, the rarer a species is. Our findings provide support for the use of diatoms and macroinvertebrates as ecological indicators as their occupancies and abundances were affected by niche parameters, which is not necessarily always clear in challenging study systems with high connectivity (i.e. high movement of material and species) among sites. These findings also suggest that indices using information on species’ occupancy, abundance and niche requirements are useful in environmental assessment.
  • Soleva, Tiina (Helsingin yliopisto, 1990)
    Tutkimuksen pääsijaisena tavoitteena on kartoittaa Suomen luukampalöytöjä, koska sitä ei aiemmin ole tehty. Samalla tarkastellaan, kuinka tämä kampamateriaali suhteutuu lähialueiden löytöihin, joita on tutkittu enemmän. Kammat ryhmitellään ja luokitellaan mahdollisuuksien mukaan alatyyppeihin, jotta saataisiin selville, voidaanko eri ryhmien ja tyyppien jakautumisessa maantieteellisesti tai erilaisten löytöpaikkojen kesken havaita eroja. Lisäksi tarkastellaan hieman kampojen esineellistä löytöyhteyttä ja hautojen sukupuolijakaumaa. Luokittelun, lähialueiden vastineiden ja löytöyhteyksien perusteella luodaan kammoille kronologia. Aineisto, joka käsittää yhteensä 189 kampaa ja niiden palaa, jaetaan aluksi viiteen pääryhmään, jotka ovat yksiosaiset yksipuoliset kammat, yksiosaiset kaksipuoliset kammat, moniosaiset yksipuoliset kammat ja moniosaiset kaksipuoliset kammat sekä kampojen tukilistojen osat. Lisäksi mukana on kampakoteloiden kappaleita ja kuusi ryhmäjaon ulkopuolista kampaa. Ryhmät pyritään jakamaan edelleen tyyppeihin, mutta kaikkien ryhmien osalta tämä ei ole mahdollista. Tyyppeihin jako tapahtuu taksonomisia menetelmiä apuna käyttämällä. Yksiosaiset ja yksipuoliset kammat jaetaan neljään tyyppiin, samoin kuin yksiosaiset ja kaksipuoliset kammat. Moniosaiset ja kaksipuoliset kammat taas jaetaan seitsemään alatyyppiin. Muita ryhmiä tarkastellaan lähinnä lähialueiden vastineiden avulla. Kammat ajoittuvat vanhemmalta roomalaisajalta lähtien (100-luvulta jKr.) 1700-luvulle. Vanhimpien eli yksiosaisten ja yksipuolisten kampojen osalta voidaan havaita kronologista kehitystä tyypistä toiseksi ja niiden levintä vastaa läntisen rautakauden kulttuurien kalmistojen levintää. Lisäksi ne liittyvät muiden pohjoismaiden ja myös pohjoisen Manner-Euroopan kehitykseen. Toisaalta on havaittavissa kotimaista kehitystä. Nuoremman rautakauden kampojen palat liittyvät yhä tiiviimmin skandinaaviseen kulttuuripiiriin ja ovat hyvinkin samanlaisia laajoilla alueilla. Näiden moniosaisten ja yksipuolisten kampojen kehitys on tapahtunut koko skandinaavisen kulttuuripiirin alueella lähtien jo vanhemmalta rautakaudelta. Suomen osalta kuitenkin puuttuu osa tyypeistä. Lähinnä keskiaikaisiksi ajoittuvat yksiosaiset ja kaksipuoliset kammat ovat olleet käytössä melko samanlaisina pitkiä aikoja ja niiden tyypit ovat lähinnä kronologisia. Kaksipuoleiset ja moniosaiset kammat ovat kehittyneet ehkä nuoremman rautakauden moniosaisista ja yksipuolisista kammoista. Niitä esiintyy lähinnä keskiajalla, mutta muutama on myös rautakauden lopulta. Näiden kampojen tyyppejä on valmistettu Skandinavian kaupungeissa samanaikaisesti ja erilaiset tyypit esiintyvät samaan aikaan samoissa paikoissa, eikä niiden osalta pystytä havaitsemaan selvää kronologista kehitystä tyypistä toisesksi.
  • Fallström, Sirpa (Helsingfors universitet, 2014)
    Ricinus communis L., also known as castor, is a worldwide cultivated plant. Castor seeds are a source of castor oil, an important ingredient in industry. Castor seeds also include one of the most toxic natural compounds - ricin toxin. Ricin toxin has medical purposes, but it can be abused. There is fear that it will be used as a biological weapon or with terrorism. Ricin is listed as a forbidden chemical on Chemical Weapons Convention, CWC. Ricinus is regarded as a monotypic genus, but there is strong variability in its characters. This study concentrates on the taxonomical classification of the Ricinus varieties. Here is represented a taxonomical description of following varieties: "AGF-6", "AGF-M", 'Blue Giant', 'Cambodgensis', 'Carmencita Bright Red', 'Gibsonii', 'Green Giant', 'Impala', 'New Zealand Purple', 'Sanguineus', var. zanzibarensis (mixed), and 'Zanzi Palm'. Also an identification key for varieties is shown. This study is made for VERIFIN (Finnish Institute for Verification of the Chemical Weapons Convention). If the chemical composition especially with the amount of ricin toxin correlates with the morphological characters, the taxonomical classification can provide an important identification tool. This way the monitoring of chemical weapons can be facilitated.
  • Pohjonen, Veli (The Society of Forestry in Finland - The Finnish Forest Research Institute, 1991)
    In sections 1-3 of this report, brief reviews are presented of the genus Salix and its use (especially for biomass) in Finland. In section 4, the results from early breeding programmes in Finland (1910-79) are analysed. In section 5, selection of biomass willows in the 1980s is reviewed. Some 63 exotic willow clones (mainly S. burjatica and S. viminalis) from Sweden were screened at the Kopparnas willow research site, S. Finland, from 1983 to 1989. S. viminalis showed consistently high yields. The yield variation of S. burjatica was large because of an outbreak of rust (Melampsora sp.), followed by lowered winter hardiness. Three S. viminalis clones were recommended for S. Finland: 78-0-183 (Sweden), E7888 (Somero, Finland) and 78-0-21 (Sweden). Selection of indigenous species and clones was based mainly on a collection of 375 clones of the Foundation of Forest Tree Breeding and a collection of 566 clones of the Finnish 4H-organization. The clones were grown at Suomusjarvi, Nurmijarvi, Kannus and Haapavesi. S. myrsinifolia was the most productive; 5 clones were recommended: E6631 (Kulaa), K2322 (Heinavesi), E6695 (Hartola), V75 (Mikkeli) and V78 (Loppi). S. phylicifolia was the second most productive species and the most promising clones were E6682 (Juva), V766 (Pieksamaki) and V754 (Kuru). Willow hybridization studies have also been carried out. Further intraspecific crossings of geographically distant S. myrsinifolia clones are recommended. Based on research results from 1910 to 1990, S. viminalis is recommended for biomass forestry in S. Finland and S. myrsinifolia is recommended for research in other areas. A list of Salix species, subspecies, varieties, forms, hybrids and synonyms is given in an appendix (pp. 44-58).
  • Valkjärvi, Laura (Helsingfors universitet, 2005)
    Streptococcus-suku käsittää suuren joukon grampositiivisia, katalaasinegatiivisia, ketjuja muodostavia kokkeja. Ryhmän bakteereja tavataan ympäristössä ja ne ovat osa ihmisten ja eläinten ihon ja limakalvojen mikrobistoa. Kommensaalien lisäksi ryhmään kuuluu useita merkittäviä taudinaiheuttajia, kuten Streptococcus pyogenes ja Streptococcus pneumoniae, sekä hapateorganismina tunnettu Streptococcus thermophilus. Molekyylibiologiset menetelmät, merkittävimpänä 16S rRNA geenin sekvensointi, ovat viime vuosikymmeninä vaikuttaneet huomattavasti Streptococcus-suvun taksonomian kehittymiseen luomalla perusteet sukuun kuuluvien lajien fylogeneettiselle luokittelulle. Sukuun kuuluu nykyään yli 50 lajia, jotka jaetaan 16S rRNA geenien sekvenssien homologian perusteella seitsemään ryhmään: "pyogenic", "anginosus", "mitis", "salivarius", "bovis/equinus" ja "mutans" -ryhmään sekä epätyypillisiin streptokokkeihin. Myös muita ryhmittelyjä on käytössä. Kliinisessä mikrobiologiassa streptokokkien tunnistamiseen käytetään bakteerien fenotyyppisiä ja biokemiallisia ominaisuuksia, kuten hemolyyttisyys ja Lancefeltin seroryhmitys, eikä kantoja välttämättä tunnisteta lajitasolle. Bakteerien virulenssifaktorit ovat patogeenien taudinaiheutusmekanismeja. Ne voidaan mekanisminsa perusteella jaotella karkeasti neljään ryhmään: 1) kiinnittyminen ja kolonisaatio, 2) tunkeutuminen, 3) isännän puolustusmekanismien välttäminen ja 4) raudansitomismekanismit. Streptokokeilta on löydetty paljon erilaisia virulenssifaktoreita. Niiden tutkimus on painottunut vahvasti tärkeimpiin ihmispatogeeneihin. Työni käsittelee kaikista neljästä ryhmästä joitakin esimerkkejä ja pyrkii selvittämään niiden esiintymistä streptokokeissa ja mahdollista yhteyttä taksonomiaan. Uusia streptokokkeja kuvataan jatkuvasti ja myös vanhat lajijaot muuttuvat. Eri tutkimusyhteisöt käyttävät streptokokkien taksonomisessa ryhmittelyssä toisistaan poikkeavia ryhmittelyperusteita, jolloin ryhmien lajikoostumus ei välttämättä ole sama. Streptokokkien taksonomia elää näin koko ajan. Näistä syistä nykyisen kirjallisuuden perusteella on hyvin vaikea tehdä johtopäätöksiä streptokokkien virulenssifaktoreiden esiintyvyyden ja suvun taksonomisen jaon yhteydestä.
  • Lohtander, Katileena (University of Helsinki, 1993)