Browsing by Subject "virus"
Now showing items 1-20 of 27
-
(2018)There are dozens of approved, investigational and experimental antiviral agents. Many of these agents cause serious side effects, which can only be revealed after drug administration. Identification of the side effects prior to drug administration is challenging. Here we describe an ex vivo approach for studying immuno- and neuro-modulatory properties of antiviral agents, which may be associated with potential side effects of these therapeutics. The current approach combines drug toxicity/efficacy tests and transcriptomics, which is followed by mRNA, cytokine and metabolite profiling. We demonstrated the utility of this approach with several examples of antiviral agents. We also showed that the approach can utilize different immune stimuli and cell types. It can also include other omics techniques, such as genomics and epigenomics, to allow identification of individual markers associated with adverse reactions to antivirals with immuno- and neuro-modulatory properties.
-
(2021)Many phylogenetically distant animal viruses, including the new coronavirus severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, have surface proteins with polybasic sites that are cleaved by host furin and furin-like proteases. Other than priming certain viral surface proteins for fusion, cleavage generates a carboxy-terminal RXXR sequence. This C-end Rule (CendR) motif is known to bind to neuropilin (NRP) receptors on the cell surface. NRPs are ubiquitously expressed, pleiotropic cell surface receptors with important roles in growth factor signaling, vascular biology, and neurobiology, as well as immune homeostasis and activation. The CendR-NRP receptor interaction promotes endocytic internalization and tissue spreading of different cargo, including viral particles. We propose that the interaction between viral surface proteins and NRPs plays an underappreciated and prevalent role in the transmission and pathogenesis of diverse viruses and represents a promising broad-spectrum antiviral target.
-
(2021)Viruses are very attractive biomaterials owing to their capability as nanocarriers of genetic material. Efforts have been made to functionalize self-assembling viral protein capsids on their exterior or interior to selectively take up different payloads. PRD1 is a double-stranded DNA bacteriophage comprising an icosahedral protein outer capsid and an inner lipidic vesicle. Here, we report the three-dimensional structure of PRD1 in complex with the antipsychotic drug chlorpromazine (CPZ) by cryo-electron microscopy. We show that the jellyrolls of the viral major capsid protein P3, protruding outwards from the capsid shell, serve as scaffolds for loading heterocyclic CPZ molecules. Additional X-ray studies and molecular dynamics simulations show the binding modes and organization of CPZ molecules when complexed with P3 only and onto the virion surface. Collectively, we provide a proof of concept for the possible use of the lattice-like organisation and the quasi-symmetric morphology of virus capsomers for loading heterocyclic drugs with defined properties.
-
(2022)Formalin fixation, albeit an outstanding method for morphological and molecular preservation, induces DNA damage and cross-linking, which can hinder nucleic acid screening. This is of particular concern in the detection of low-abundance targets, such as persistent DNA viruses. In the present study, we evaluated the analytical sensitivity of viral detection in lung, liver, and kidney specimens from four deceased individuals. The samples were either frozen or incubated in formalin (+/- paraffin embedding) for up to 10 days. We tested two DNA extraction protocols for the control of efficient yields and viral detections. We used short-amplicon qPCRs (63-159 nucleotides) to detect 11 DNA viruses, as well as hybridization capture of these plus 27 additional ones, followed by deep sequencing. We observed marginally higher ratios of amplifiable DNA and scantly higher viral genoprevalences in the samples extracted with the FFPE dedicated protocol. Based on the findings in the frozen samples, most viruses were detected regardless of the extended fixation times. False-negative calls, particularly by qPCR, correlated with low levels of viral DNA (150 base pairs). Our data suggest that low-copy viral DNAs can be satisfactorily investigated from FFPE specimens, and encourages further examination of historical materials.
-
(2021)Background Acute rhinovirus-induced wheezing is common in young children and may respond to systemic corticosteroid. There are no trials on the efficacy of inhaled beta(2)-agonist in this clinical scenario. Objective To study post hoc the short-term (up to 2 months) efficacy of inhaled beta(2)-agonist with and without oral corticosteroid in the first acute rhinovirus-induced severe wheezing episode in young hospitalized children. Methods The study population came from two randomized controlled trials comparing oral prednisolone (2 mg/kg/d for 3 days) to placebo: Vinku (n = 35, NCT00494624) used high-dose regular nebulized salbutamol (0.15 mg/kg 2-4 h intervals) and Vinku2 (n = 60, NCT00731575, EudraCT 2006-007100-42) used inhaled salbutamol on-demand. Both studies used identical detailed follow-up assessments. The primary outcome of the former was the duration of hospitalization and of the latter the occurrence of and the time to a new physician-confirmed wheezing episode within 2 months after discharge. Treatment groups included salbutamol high-dose vs. salbutamol on-demand while adjusting for prednisolone status and acknowledging for interactions with exception of the duration of hospitalization in which prednisolone groups could not be fully used due to protocol differences. Results Median age of subjects was 13 months, 32% were sensitized and 22% had doctor-diagnosed eczema. In the duration of hospitalization, salbutamol high-dose/placebo versus salbutamol on-demand/placebo groups did not differ (p = .12). In the occurrence of and time to relapse within 2 months, a significant group x treatment interaction was observed (both p = .02), such that high-dose group had less and longer time to relapses than on-demand group in prednisolone arm (both p < .05), but no difference was detected in placebo arm (both p > .26). Conclusions In young, hospitalized children with first episode of rhinovirus-induced wheezing, high-dose inhaled salbutamol may interact with oral prednisolone. However, further trials are warranted.
-
(Helsingin yliopisto, 2022)The thesis assesses ethical problems pertaining to a scenario of a mandatory vaccination program against SARS-CoV-2 (“Covid-19”) in Finland, as the epidemic situation stood in the early 2022. The initial research question is whether this kind of a program would be ethically justifiable. The conclusion to this question is reached by describing the epidemic situation, presenting basic ethical norms of public healthcare, and making a synthetizing ethical analysis on their basis. The concluding answer no comes as the result of analyzing the Finnish scenario from the perspectives of eight criteria of ethical justification that would need to be adequately met in order for a mandatory vaccination program to be an ethically sound public health measure. The eight criteria are formed by examining literature of public health ethics and vaccination ethics as well as strong ethical arguments in favor and against mandatory vaccinations, and by combining a ground of shared prerequisites guiding ethical considerations on the topic. The analysis reveals numerous ethical problems present in the Finnish scenario. The mere existence of so many unsolved issues makes the potential mandatory Covid-19 vaccination program an unethical option. The thesis calls for better public discussion on public health ethics, so that the ethical imperatives of protecting public health security and protecting individual bodily autonomy are realized also in emergency situations.
-
(Helsingfors universitet, 2015)Hevosten hengitystievirooseja esiintyy maailmanlaajuisesti. Ne tarttuvat helposti hevosesta toiseen ja aiheuttavat siten nopeasti laajoja epidemioita. Epidemioiden seurauksena saatetaan joutua perumaan erilaisia hevostapahtumia ja muuttamaan toimintatapoja, minkä takia hengitystievirooseilla on myös taloudellinen merkitys hevosalalle. Hevosten runsas tuonti, vienti ja kilpailumatkustaminen maiden välillä lisäävät hengitystieviroosien leviämisen riskiä. Siksi tietoisuutta näistä riskeistä tulisi lisätä. Tämän kirjallisuuskatsauksen tarkoituksena on esitellä Suomessa esiintyvät hengitystievirukset ja arvioida kirjallisuuden avulla hengitystieviroosien esiintyvyyttä Suomessa. Työssä käsitellään myös hengitystieviroosien diagnostiikkaa, rokotuksia ja epidemiologiaa. Tärkeimmät hevosten hengitystievirukset Suomessa ovat influenssavirus, tyyppien 1 ja 4 herpesvirukset ja arteriittivirus, jotka kuuluvat myös kuukausittain ilmoitettaviin eläintauteihin. Todennäköisesti Suomessa esiintyy myös tyyppien 2 ja 5 herpesviruksia, riniitti-, adeno- ja reoviruksia. Tarkkaa tietoa hengitystievirusten esiintyvyydestä Suomessa ei ole, koska aiheesta ei ole tehty kattavaa tutkimusta. Hevosinfluenssan, tyyppien 1 ja 4 herpesvirusten ja arteriittivirusten osalta Evira (Elintarviketurvallisuusvirasto) julkaisee vuosittain todettujen tautien määrät sinne lähetettyjen näytteiden perusteella. Näytteitä lähetetään kuitenkin vuosittain melko vähän, minkä takia näidenkään virusten esiintyvyyttä Suomessa ei voi täysin luotettavasti arvioida julkaistujen lukujen perusteella. Muiden virusten osalta ei ole olemassa lainkaan julkaistua tietoa niiden esiintyvyydestä Suomessa. Muita viruksia esiintyy kuitenkin ulkomaisen tutkimuksen perusteella maailmanlaajuisesti, joten todennäköisesti niitä esiintyy myös Suomessa. Hengitystieviroosit ovat erityisen yleisiä nuorten hevosten keskuudessa, ja nuoret hevoset ovatkin kilpailevien hevosten lisäksi merkittävä ryhmä virusten leviämisen kannalta. Rokotusten avulla voidaan hillitä tyyppien 1 ja 4 herpesvirusten ja influenssavirusten leviämistä, mutta rokotteet eivät anna täyttä suojaa infektioita vastaan. Tämän vuoksi hengitystievirooseja on tärkeä ennaltaehkäistä myös muilla keinoin, kuten hevosten ryhmittelyllä iän ja käyttötarkoituksen mukaan, hoitojärjestyksellä ja hyvällä tallihygienialla. Epäiltäessä tarttuvaa tautia myös nopea diagnostiikka on tärkeää. Tulevaisuudessa Suomessa olisi tarpeen toteuttaa laaja hengitystievirusten esiintyvyystutkimus, jotta eri hengitystievirusten yleisyydestä saataisiin luotettavaa tietoa. Myös tietoisuutta tarttuvien tautien riskeistä tulisi lisätä hevosharrastajien ja elinkeinonharjoittajien keskuudessa, jotta virusten leviämisen ennaltaehkäisyyn osattaisiin jatkossa kiinnittää entistä enemmän huomiota.
-
(2020)Combination therapies have become a standard for the treatment for HIV and hepatitis C virus (HCV) infections. They are advantageous over monotherapies due to better efficacy, reduced toxicity, as well as the ability to prevent the development of resistant viral strains and to treat viral co-infections. Here, we identify new synergistic combinations against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), echovirus 1 (EV1), hepatitis C virus (HCV) and human immunodeficiency virus 1 (HIV-1) in vitro. We observed synergistic activity of nelfinavir with convalescent serum and with purified neutralizing antibody 23G7 against SARS-CoV-2 in human lung epithelial Calu-3 cells. We also demonstrated synergistic activity of nelfinavir with EIDD-2801 or remdesivir in Calu-3 cells. In addition, we showed synergistic activity of vemurafenib with emetine, homoharringtonine, anisomycin, or cycloheximide against EV1 infection in human lung epithelial A549 cells. We also found that combinations of sofosbuvir with brequinar or niclosamide are synergistic against HCV infection in hepatocyte-derived Huh-7.5 cells, and that combinations of monensin with lamivudine or tenofovir are synergistic against HIV-1 infection in human cervical TZM-bl cells. These results indicate that synergy is achieved when a virus-directed antiviral is combined with another virus- or host-directed agent. Finally, we present an online resource that summarizes novel and known antiviral drug combinations and their developmental status.
-
(Helsingin yliopisto, 2018)Raspberry is prone to virus infections but diversity and occurrence of different raspberry viruses in Finland is still largely unknown. The purpose of this thesis work was to reveal which viruses are troubling raspberry varieties that are part of Finnish raspberry genetic resources and have been maintained in vivo on the field. The study also examines and compares siRNA diagnostics to traditional PCR method in detection of raspberry viruses. PCR, cloning, and traditional Sanger sequencing are used to get more detailed information of the virus strains, and scratch the surface of phylogenetic diversity of raspberry viruses that were detected in this study. siRNA detection of was accurate and effective with Black raspberry necrosis virus (BRNV), Raspberry bushy dwarf virus (RBDV) and Rubus yellow net virus (RYNV), but VirusDetect program couldn’t find Raspberry vein chlorosis virus (RVCV) that was positive in Velvet analysis and molecular diagnostics. Sequencing and phylogenetic analysis revealed RYNV strain that was like Canadian isolate (KF241951.1). Many new Badnavirus-like sequences were detected, but possible integration of Badnaviruses into raspberry genome was not excluded in this study. BRNV isolates were closely related to previously detected Finnish BRNV isolates. RVCV isolates grouped to three clades where RVCV from sample 21 was the most similar to formerly sequenced Scottish isolate (FN812699.2). Multiple viral infections were detected in one sample amongst these raspberry varieties, which may indicate different kinds of virus-virus interactions. The most important finding of this study was that RYNV and RVCV are present in Finland. Secondly all the detected raspberry viruses are genetically diverse and multiple infections of detected virus species are common.
-
(University of Helsinki, 1994)
-
(Helsingin yliopisto, 2021)Global warming affects permafrost in the Arctic regions, where melting organic carbon storages will increasingly contribute to the emission of greenhouse gases. Little is known about tundra soil microbial communities, but Acidobacteria and viruses seem to have important roles there. Here, for the first time, we isolated five Acidobacteria infecting viruses from Kilpisjärvi tundra soils using host strains previously isolated from the same area. Three viruses were isolated on Edaphobacter sp. X5P2, one on Edaphobacter sp. M8UP27, and one on Granulicella sp. X4BP1. The viruses had circular double-stranded DNA genomes 63,196–308,711 bp in length and 51–58% GC content. From 108 to 348 putative ORFs were predicted, 54–72% of which were sequences unique to each virus. Annotations indicated that all five phages most likely have tailed virions. The diversity of viruses present in the studied soils was estimated with the metagenome analysis. Only 0.1% (627) of all assembled metagenomic contigs were phage-positive. The gene-sharing network analysis showed approximately genus-level clustering between the virus isolates and a few metagenomic viral contigs, but overall, all (except one) viral contigs clustered only with each other, not with any known viruses from the NCBI database. No taxonomical assignments could be done for the metagenomic viral contigs, highlighting overall undersampling of soil viruses. Further detailed studies on virus-host interactions are needed to understand the impact of viruses on host abundance and metabolism in Arctic soils, as well as the microbial input into biogeochemical cycles.
-
(Helsingin yliopisto, 2020)Ruuansulatuskanavan sairaudet ovat yksi merkittävimmistä turkiseläinten tautiryhmistä. Suolistotulehdukset heikentävät eläinten hyvinvointia ja aiheuttavat taloudellisia tappioita tilalliselle mm. eläinten menetyksinä, lääkekustannuksina, eläinten kasvun hidastuessa, turkin laadun huonontuessa ja hedelmällisyyden heikentyessä. Tässä työssä on tavoitteena määrittää virusten merkitystä ripulin aiheuttajana osana ”Minkkien ja kettujen ruuansulatuskanavan ongelmat, niiden ennaltaehkäisy ja kohdennettu hoito” -projektia. Projektissa kerättiin näytteitä sekä terveiltä että ripuloivilta eläimiltä eri turkistiloilta, ja näistä selvitettiin uuden sukupolven sekvensointimenetelmällä (next generation sequencing, NGS) koko virusten kirjo ulostenäytteistä. Ulostenäytteitä kerättiin yhteensä 30 minkistä ja 42 ketusta 12 eri tilalta Suomessa syyskuussa 2015. Tutkitun datan perusteella selvitetään virusten rooli ruuansulatuskanavan taudinaiheuttajina, pyritään kehittämään diagnostisia menetelmiä virusten tunnistamiseen ja ehkäisemään turha turkiseläimien lääkitseminen antibiooteilla tulevaisuudessa. Kirjallisuuskatsauksessa tutustutaan tarkemmin minkeillä ja ketuilla todettuihin virusryhmiin, jotka ovat tiedettävästi aiheuttaneet ruoansuolatuskanavan sairauksia. Kirjallisuuskatsauksessa käsiteltyjä virusryhmiä olivat parvovirukset, koronavirukset, astrovirukset, kalikivirukset, pikornavirukset, reovirukset ja pikobirnavirukset. Työn tutkimusosuudessa varmistettiin NGS-menetelmällä saadut tulokset minkkien ja kettujen ulostenäytteistä geenimonistuksella parvovirusten osalta. Positiiviset tulokset sekvensoitiin ja niitä vertailtiin NGS menetelmällä saatuihin tuloksiin. Hypoteesina kliinisesti sairailla, eli ripuloivilla eläimillä odotettiin löytyvän useammin parvovirusta ulosteesta kuin terveillä ja parvoviruksen esiintyminen sekatiloilla odotettiin olevan todennäköisempää kuin minkki- tai kettutiloilla. Minkkien ja kettujen 72 näytteestä yhteensä 40 todettiin Sangerin sekvensointimenetelmällä parvoviruspositiiviseksi. Minkeillä esiintyi vähemmän viruksia kuin ketuilla, ja kettutiloilla jopa 100 % ripuloivilta eläimiltä eristettiin parvoviruksia ulosteesta. Kliinisesti terveiltä minkkitiloilta ei eristetty parvovirusta. Minkeillä esiintyi enemmän parvovirusta sekatiloilla ja ketuilla vähemmän. Kaikki positiiviset näytteet sekvensoitiin ja pääosassa positiivisista näytteistä löydöksenä todettiin minkin enteriittivirus (MEV). Kaikki sekvensoinnissa löydetyt virukset kuuluivat Carnivore protoparvovirus 1 -lajiin. NGS-menetelmän tulokset vastasivat PCR-tuloksia vain 43 %. Taudinaiheuttajien selvittäminen on olennainen osa virustautien tunnistamisessa ja mahdollisen ehkäisyn, lääkityksen tai rokotuksen kohdentamisessa. Etenkin ketuilla parvovirukset esiintyvät tämän työn tutkimusosuuden perusteella potentiaalisena taudinaiheuttajana, joten ketuille tulisi kehittää diagnostiikkaa ja mahdollisesti oma MEV-rokote. Ripulin ilmenemiseen vaikuttaa virusten lisäksi useita muita tekijöitä, mutta virusten rooli taudinaiheuttajana saattaa olla alidiagnosoitu. Jatkotutkimuksien kannalta olennaista on turkistuottajien ja ammattiliiton sitoutuminen hyvinvoinnin edistämiseen suunnattuihin tutkimusprojekteihin. Myös turkistalouden tulevaisuus Suomessa on epävarmaa, jonka vuoksi eläinten hyvinvointi on tärkeää taloudellisen kannattavuuden kannalta. Tämän tutkimuksen tulosten liittäminen osaksi projektikokonaisuutta antaa suuntaviivoja turkiseläinten hyvinvointiin liittyviin hankkeisiin, toimenpiteisiin ja tutkimuksiin ja tuottajien tulisi aktiivisesti pyrkiä parantamaan eläinten hyvinvointia.
-
(Helsingfors universitet, 2015)Lisensiaatin tutkielman tavoitteena oli tutkia nautojen abortteja Suomessa. Työ sisältää kirjallisuuskatsauksen ja tutkimusosan. Tutkimusaineistona käytin Eviran Märehtijöiden luomisen syyt -projektin aineistoa. Tutkimuksessa kerättiin abortoituneita sikiöitä Suomessa vuosina 2012 ja 2013. Tutkielmani aineisto kattoi 534 abortoitunutta sikiötä tai vuorokauden sisällä syntymästä kuollutta vasikkaa. Sikiöt tutkittiin patologisin, histologisin ja mikrobiologisin menetelmin Evirassa. Lisensiaatin tutkielmaani varten kokosin aineiston ja kartoitin aineistosta tiineyden keskeytymisten lukumäärät, taudinaiheuttajat ja karjanomistajilta kootut taustatiedot. Tavoitteena oli saada kuva nautojen aborttitilanteesta ja aborttien syistä Suomessa tällä hetkellä. Samalla kartoitettiin uuden Suomeen saapuneen viruksen, schmallenberg-viruksen, aiheuttamia abortteja. Vertasin karjanomistajien lähetteissä antamia taustatietoja aborttitietoihin, ja tutkin, löytyisikö taustatietojen avulla yhdistäviä tai selittäviä tekijöitä aborteille. Noin puolet nautojen aborteista jää ilman diagnoosia. Selvitin tässä tutkielmassa myös ilman diagnoosia jääneiden tapausten taustatiedot mahdollisten niitä yhdistävien tekijöiden varalta. Tutkimuksessa ilmeni, että 33 %:ssa aborteista oli infektiivinen tausta. 17 %:ssa tapauksista abortin syy oli ei-infektiivinen, kuten esimerkiksi sikiön lymfooma, struuma tai lihasrappeuma. 50 %:ssa tapauksista taudinaiheuttajaa tai mitään muutakaan selvää syytä ei löytynyt. Infektiivisistä aborteista bakteerit aiheuttivat 57 %, virukset 14 % sekä sienet ja alkueläimet (Neospora caninum) joitakin abortteja. Bakteereista yleisimpiä olivat Trueperella pyogenes, Ureaplasma diversum sekä Listeria monocytogenes. Schmallenberg-virus oli ainoa aineistossa todettu virus. Schmallenbergin aiheuttamia tyypillisiä muutoksia sikiössä olivat raajojen lihasten ja luuston epämuodostumat, kuten raajojen ankyloosi (nivelen jäykistymä) ja artrogrypoosi (usean nivelen virheasento ja jäykistymä) ja lihasten atrofia (surkastuminen). Jonkin verran eroavaisuuksia aborttiryhmien kesken löytyi karjanomistajien taustatietojen pohjalta. T. pyogenes aiheutti eniten abortteja parsinavetoissa. Schmallenberg ja listeria aiheuttivat puolestaan abortteja useammin pihatoissa kuin parsinavetoissa. Virus- ja sieniabortteja esiintyi eniten kylmäpihatoissa. Neospora-abortteja oli eniten pienillä tiloilla. Kaksostiineydet ja pilaantuminen selittävät osan ilman diagnoosia jääneistä aborteista. Taustatietojen perusteella ilman diagnoosia jääneiden aborttien ryhmä ei erotu muista aborteista. Lypsykarjatilojen abortit jäivät useammin ilman diagnoosia kuin emolehmätilojen abortit. Päätelminä voidaan todeta, että Suomen aborttitilanne on hyvä. Tarttuvia aborttien aiheuttajia tutkimuksessa todettiin vain yksi, schmallenberg-virus. Virusaborttien määrä on kansainvälisesti arvioiden pieni. Schmallenberg-viruksen esiintymistä pihatoissa selittää varmastikin hyönteisvektorien helppo pääsy pihattoon. Yleisimmät aborttien aiheuttajat olivat kuitenkin naudan normaalissa elinympäristössä ja naudan elimistössä eläviä opportunistisia bakteereja, kuten T. pyogenes. Aborttien ehkäisyssä on olennaista huolehtia nautojen hyvästä perusterveydenhuollosta, etteivät opportunistiset bakteeri saisi jalansijaa. Tutkielmassani pohdin vielä aborttien tutkimista ja diagnosointia. Karjanomistajien lähetteissä kirjaamia tietoja käyttämällä ei yksinään voida tutkia taustalla vaikuttavia tekijöitä. Tilakäynti olisi luotettavampi tapa tutkia abortoineen naudan pito-olosuhteita. Tutkimus on aina suhteutettava aborttiongelman laajuuteen. Abortteja esiintyy karjassa aina jonkin verran. Tärkeintä on tutkia asiaa silloin, kun aborttien määrä nousee yli viiteen prosenttiin tiineyksistä.
-
(Springer Science+Business Media B.V., 2004)Recent experimental work has verified the prediction that marine aerosols could have an exterior film of amphiphiles; palmitic, stearic and oleic acids were predominant. Thermodynamic analysis has revealed that such aerosols are energetically capable of asymmetric division. In a prebiotic terrestrial environment, one of the products of such aerosol fission would have been bacterially sized (microns), the other would have been virally sized (tens of nanometers). Plausible avenues for chemical differentiation between the two particles are discussed, and the probabilities for the transition from geochemistry to biochemistry updated in light of recent palaeo fossil studies.
-
(Helsingfors universitet, 2016)The potato virus Y (PVY) is a member of the family Potyvirus, which is the largest plant pathogenic virus family. PVY is one of the most important pathogens of the nightshade family (Solanaceae) plants. PVY is a particular problem in seed potato production, as well as in tomato and pepper production. Some PVY races cause necrotic symptoms (PTNRD) in potato tubers, which will make the tubers unsuitable for use. This thesis studied the ability of several recombinant strains of PVY to infect these three plant species. First objective was to find out which recombinant strains can infect the plants systemically and whether some of them will cause PTNRD symptoms in potato tubers. Secondly, we wanted to find out what parts or even specific amino acids in the HCpro of PVY affect the infection ability of the virus. This was done by comparing the genomes of the recombinant and wild type viruses and based on the experimental data. Finally, we wanted to see if the mutations would persist in the virus genomes for the duration of the infection. The test plants were infected by applying virus contaminated plant juice and grinding powder on the plant leaves. Plants were first grown in growing chambers and then transferred to a greenhouse. The plants were tested for viral infection with DAS-ELISA for three times during different stages of growth. To investigate whether the mutations had persisted in the virus genome, the viral RNA was isolated, multiplied with RT-PCR and then sequenced. Most of the recombinant viruses were not able to systemically infect either of the potato cultivars tested (cv. ‘Nicola’ and cv. ‘Annabelle’). ‘Nicola’ was more susceptible than ‘Annabelle’. The Tyr323Phe-mutation in the HCpro seemed to have a positive effect on the viruses ability to infect ‘Nicola’ in recombinant O5ON-F. PTNRD was caused by recombinants O5NNO45, N605-F and O5ON-F only in ‘Nicola’. Tyr323Phe-mutation had persisted in the N605-F during the infection. Tomato cv. ‘Moneymaker’ was more resistant towards the recombinants than cv. ‘Ildi’, though both cultivars were considerably more susceptible towards the recombinants than either of the potato cultivars or the pepper cultivars. The pepper cultivars tested were resistant towards PVYN605 and PVYOUK.
-
(Helsingin yliopisto, 2020)Zoonoottiset eli eläinten ja ihmisten välillä siirtyvät taudinaiheuttajat ovat työterveysriski eläinten kanssa työskenteleville henkilöille, kuten eläinlääkäreille. Zoonoottisiin viruksiin kuuluu muun muassa jyrsijä- ja hyönteissyöjävälitteisiä rainbo- (rodent-and-insectivore-borne) viruksiksikin kutsuttuja viruksia, joita kantavat nimensä mukaisesti useat jyrsijät (Rodentia) sekä hyönteisiä syövät piennisäkäslajit (ent. Insectivora). Suomessakin esiintyviä rainboviruksia ovat ortopoxviruksiin kuuluva lehmärokkovirus, ortohantaviruksiin kuuluva puumalavirus, nisäkkäiden arenaviruksiin (Mammarenavirus) kuuluva lymfosyyttinen koriomeningiittimammarenavirus (LCMV) sekä nisäkkäiden ortobornavirukset. Tämän alkuperäistutkimuksen sisältävän lisensiaatintutkielman kirjallisuuskatsaukseen on koottu tietoa eläinlääkäreiden zoonoosiriskeistä Suomessa sekä edellä mainittujen piennisäkäsvälitteisten zoonoottisten virusinfektioiden epidemiologiasta ja diagnostiikasta. Tutkielman tutkimusosuudessa selvitettiin tilastollisen analyysin avulla eri tekijöiden yhteyttä ortopox-, puumala-, LCM- ja bornavirusvasta-aineiden esiintymiseen Suomessa laillistetuilla eläinlääkäreillä verrattuna kontrolliryhmään. Aineistona käytettiin aiemmissa yhteyksissä kerättyjä esitietoja ja vasta-ainetuloksia eläinlääkäreiltä sekä kontrolliryhmältä. Pääkohderyhmän eli eläinlääkärien esitiedot ja seeruminäytteet oli kerätty vuonna 2009 Eläinlääkäripäivillä ja kontrolliryhmässä oli eläinlääkäripäivien osallistujia sekä HUSLAB:ille vuosina 2009 ja 2013 seeruminäytteet antaneita henkilöitä. Kaikki seeruminäytteet oli tutkittu käyttäen epäsuoraa immunofluoresenssivärjäystä (IFA). Hypoteesina oli, että riski altistua tarkastelluille patogeeneille olisi suurempi eläinlääkäreillä. Ortopox-, puumala-, LCM- ja bornavirusvasta-aineiden esiintyvyydet koko aineistossa olivat 28,9 %, 7,5 %, 1,8 % ja 0,6 %. Eläinlääkäreillä vastaavat esiintyvyydet olivat 38,6 %, 9,5 %, 1,9 % ja 1,0 %. Ortopoxvirusvasta-aineita löytyi todennäköisemmin Suomessa laillistetuilta eläinlääkäreiltä, miehiltä sekä vuonna 1979 tai aiemmin syntyneiltä. Suomessa laillistettu eläinlääkäri oli muita todennäköisemmin ortopoxseropositiivinen riippumatta iästä tai sukupuolesta. Sen sijaan puumala-, LCM- ja bornavirusten vasta-ainepositiivisuudelle ei löydetty tilastollisesti merkitseviä riskitekijöitä. Hypoteesi, että eläinlääkäreillä on suurempi riski olla ortopoxvirusseropositiivisia toteutui, mutta puumala-, LCM- ja bornavirusten vasta-aineiden löytymisen ja ammatin välillä ei havaittu yhteyttä. LCM- ja bornavirusten tuloksiin vaikutti todennäköisesti niiden alhaiset seroprevalenssit tutkitussa aineistossa. Ortopoxvirusvasta-aineita löytyi selvästi useammalta ennen vuotta 1980 syntyneeltä osallistujalta kuin tätä nuoremmilta. Tämä on todennäköisesti seurausta isorokkorokotusten aikaansaamista ristireagoivista vasta-aineista, mikä oli ennustettavissa. Aineistossa on kuitenkin myös rokotusten lopettamisen jälkeen syntyneitä seropositiivisia henkilöitä (seroprevalenssi 2,0 %). Nämä tartunnat selittyvät altistumisella itse taudinaiheuttajalle. Ortopoxvirukset voivat aiheuttaa kliinistä sairautta myös ihmisillä. Koska tämän tutkimuksen tulosten perusteella Suomessa laillistetut eläinlääkärit altistuivat ortopoxviruksille todennäköisemmin kuin muut osallistujat, vaikuttaa siltä, että ortopoxvirukset ovat työterveysriski Suomessa laillistetuille eläinlääkäreille. Mahdollinen saatu rokotus tulee kuitenkin huomioida ja mahdollisesti suurempi riski koskeekin nimenomaan isorokkoa vastaan rokottamattomia Suomessa laillistettuja eläinlääkäreitä.
-
(Helsingin yliopisto, 2015)Pihlajalla (Sorbus aucuparia L.) on vankat perinteet suomalaisessa maisemassa niin suosituimpana pihapuuna kuin puistoissa ja viherrakentamisessakin. Se on vaatimaton ja kestävä laji, joka kasvaa lähes missä vain ja valtaa nopeasti alaa vesojensa ja siementensä avulla. Metsätaloudellisesti sitä pidetään yleensä roskapuuna. Pihlajasta on jalostettu myös marjantuotantoon sopivia lajikkeita, makeapihlajia. Pihlajan taudeista tiedetään melko vähän, sillä se ei lajina ole taloudellisesti kovin merkittävä. Sen tiedetään sietävän hyvin latvuston ja juuriston tuhoja. Kuitenkin jo 50-luvulta lähtien on ympäri Eurooppaa raportoitu kloroottisista rengaslaikkuoireista pihlajan lehdissä, ja oireiden on todettu siirtyvän oksastuksessa sairaasta kasvista terveeseen. Vasta 2000-luvulla oireiden aiheuttajaksi varmistui aiemmin tuntematon, neljästä yksijuosteisesta RNA-rihmasta koostuva pihlajanrengaslaikkuvirus, EMARAV.Tässä tutkimuksessa haluttiin selvittää löytyykö suomalaisista rengaslaikkuoireisista ja oireettomista pihlajista EMARAV-sekvenssi ja testata RT-PCR:ää sekä dot blot -hybridisaatiota viruksen tunnistamisessa.Eri puolilta Suomea kesäkuussa 2007 kerätyistä 73 lehtinäytteestä jokainen antoi positiivisen tuloksen dot blot -hybridisaatiossa. Näistä 17 näytettä oli peräisin täysin oireettomista puista. RT-PCR:ssä virussekvenssiä saatiin monistetuksi 54 näytteestä. Ongelmia aiheuttivat eristettyjen RNA-näytteiden epäpuhtaudet.Tulosten mukaan EMARAV on Suomessa erittäin yleinen virus pihlajalla ja esiintyy yleisesti myös latenttina infektiona.
