Arkeonien kasvattaminen itiöemistä

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2014111146194
Title: Arkeonien kasvattaminen itiöemistä
Author: Valo, Karoliina
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Food and Environmental Sciences
Publisher: Helsingfors universitet
Date: 2014
Language: fin
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2014111146194
http://hdl.handle.net/10138/144308
Thesis level: master's thesis
Discipline: Mikrobiologi
Microbiology
Mikrobiologia
Abstract: Studies have revealed that members of Archaea exist in various environments such as human gut and the sporocarps of some fungi in addition to the extreme environments in which they were first discovered. It is yet unknown how some archaea end up in these environments and what is their role there. To study the archaea efficiently in different environments, enrichment or pure cultures are required. In this work liquid media were developed for cultivation and enrichment of archaea from the edible sporocarps of Suillus bovinus, Craterellus tubaeformis, Agaricus bisporus and Boletus pinophilus. The source of carbon in each medium was determined to be yeast extract, crushed and sterile filtered sporocarp of either Craterellus tubaeformis or Agaricus bisporus, or casaminoacids. The highest amount of prokaryotes grew on the casaminoacid medium but it was also a very good medium for the bacteria in sporocarps. The media were anaerobic to prevent the fastest aerobic bacteria from growing. Antibiotics kanamycin and ampicillin were added to reduce bacterial growth but with further inoculation resistant bacteria outgrew the archaea. Adding lysozyme with the antibiotics reduced bacterial growth also with later cultivations and the archaea-bacteria ratio turned favourable. The amount of both archaea and bacteria was determined with the quantitative PCR of the 16S rRNA gene. The most archaea was enriched from the sporocarps of Suillus bovinus. On the contrary, prokaryotes that grew from the sporocarp of Craterellus tubaeformis were mostly bacteria. The Sporocarps of both Boletus pinophilus and Agaricus bisporus didn t harbour many archaea or bacteria that could have been detected or enriched in this study. It was also noted that there was great variation between individual sporocarps of the same species in the amount of prokaryotes they originally harboured. Archaea were successfully enriched from the sporocarps of Suillus bovinus for the duration of three consecutive cultivations on the casaminoacid medium with the addition of kanamycin, ampicillin and lysozyme.Arkeonien tutkimuksen edetessä niitä on löydetty ääriolosuhteiden lisäksi muun muassa ihmisten suolistoista sekä sienten itiöemien sisältä. Vielä ei tiedetä miten arkeonit päätyvät näihin ympäristöihin tai mitä ne niissä tekevät. Arkeonien roolin tutkimiseksi erilaisissa ympäristöissä tarvitaan rikastus- tai puhdasviljelmiä niiden perinpohjaiseen tutkimiseen. Tässä työssä kehitettiin nestekasvatusalustaa arkeonien kasvattamiseksi ja rikastamiseksi ruokasienten nummitatti Suillus bovinus, suppilovahvero Craterellus tubaeformis, herkkusieni Agaricus bisporus ja männynherkkutatti Boletus pinophilus itiöemistä. Kasvatuksissa kokeiltiin neljää erilaista hiilenlähdettä: hiivauute, steriilisuodatettu suppilovahveron sekä herkkusienen sienimurska ja kasaminohapot. Tumattomat lisääntyivät tehokkaimmin kasaminohappoalustalla, mutta pelkkä kasaminohappoalusta osoittautui hyväksi kasvualustaksi myös itiöemissä esiintyville bakteereille. Alustat olivat anaerobisia nopeimpien aerobisten bakteerien kasvun ehkäisemiseksi. Kanamysiini- ja ampisilliini-antibiooteilla saatiin vähennettyä bakteerien määrää, mutta jatkokasvatuksissa käytetyille antibiooteille vastustuskykyiset bakteerit kasvoivat huomattavasti enemmän kuin arkeonit. Lysotsyymin lisäyksellä saatiin bakteerien kasvua vähennettyä myös vastustuskykyisten osalta ja arkeonien määrä suhteessa bakteereihin kasvamaan. Arkeonien ja bakteerien määrät laskettiin 16S rRNA-geenin kvantitatiivisella PCR:llä. Työn aikana eniten arkeoneja saatiin rikastettua nummitatista, kun taas suppilovahverosta kasvoi paljon bakteereja. Männynherkkutatista ja herkkusienestä kasvoi vain vähän arkeoneja tai bakteereja. Lisäksi saman lajin itiöemäyksilöiden välillä oli suurta vaihtelua alkuperäisessä tumattomien määrässä. Arkeonien rikastaminen onnistui kolmen kasvatuksen ajan lysotsyymiä ja antibiootteja sisältävällä kasaminohappoalustalla nummitatin itiöemistä.
Rights: This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Publikationen är skyddad av upphovsrätten. Den får läsas och skrivas ut för personligt bruk. Användning i kommersiellt syfte är förbjuden.
Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
arkeonie.pdf 1.514Mb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record