Phosphorylation analysis of measles matrix, nucleo- and phosphoprotein by phosphate affinity gel electrophoresis

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201509013555
Title: Phosphorylation analysis of measles matrix, nucleo- and phosphoprotein by phosphate affinity gel electrophoresis
Author: Järvi, Riia
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Food and Environmental Sciences
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2015
Language: eng
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201509013555
http://hdl.handle.net/10138/156391
Thesis level: master's thesis
Discipline: Bioteknik (EYT)
Biotechnology (EYT)
Biotekniikka (EYT)
Abstract: Vaikka rokote tuhkarokkoa vastaan kehitettiin jo vuonna 1963, vuonna 2012 oli edelleen 122 000 tuhkarokon aiheuttamaa kuolemantapausta Maailman terveysjärjestö WHO:n mukaan. Yli 95 % kuolemantapauksista tapahtuu kehitysmaissa, mutta tautiaaltoja ilmenee edelleen myös alueilla, joilla on tehokkaat rokotusohjelmat. Taudin puhkeaminen näillä alueilla johtuu tuhkarokon erittäin suuresta tarttuvuudesta sekä laumaimmuniteetin laskemisesta rokotuksista kieltäytymisen tai immunisoinnin epäonnistumisen takia. Tuhkarokko saattaa aiheuttaa vakavia komplikaatioita, eikä sen hoitamiseen ole spesifistä antiviraalista lääkettä. Lisäksi samassa paramyksovirusten ryhmässä on muitakin ihmispatogeeneja, joille ei ole vielä kehitetty spesifistä hoitoa tai edes rokotetta: parainfluenssa (PIV) sekä RS-virus (HRSV). Tuhkarokkoviruksella on −ssRNA genomi, joka on pakattu kierteisen nukleoproteiinikapsidin sisälle. Fosfoproteiini (P) estää nukleoproteiineja (N) polymerisoitumasta ennenaikaisesti pitämällä nämä monomeerisina. P toimii myös kofaktorina viruksen genomin replikoinnissa ja transkriptiossa auttamalla polymeraasia pääsemään käsiksi nukleoproteiinikapsidin sisällä olevaan genomiin. Matriksiproteiini (M) auttaa konsentroimaan ribonukleokapsidit kohtiin, joista uudet viruspartikkelit vapautuvat isäntäsolusta. Tuhkarokkoviruksen proteiinien fosforylaatio vaikuttaa viruksen vuorovaikutukseen infektoimansa isäntäsolun kanssa. Tässä maisterintutkielmassa tuotin ja puhdistin rekombinantti N-, P- ja M-proteiineja sekä villityypin tuhkarokkovirusta. Selvitin, ovatko ko. proteiinit fosforyloituneet yksin ilmentyneinä tai P-N –kompleksissa käyttämällä Kinoshita et al. (2006) kehittämää fosfaattiaffiniteettigeelielektroforeesia. Ko. menetelmässä käytetään apuna proteiinien fosfaattiryhmiä reversiibelisti sitovia merkkimolekyylejä. Tuhkarokon proteiinien post-transkriptionaalisten muokkausten merkityksen selvittäminen valottaisi paramyksoviruksen rakennetta ja signalointia sekä voisi edesauttaa biolääketieteellisten sovellusten syntyä.Although a vaccine for measles was developed already in 1963 by Enders et al., in 2012 there were still 122 000 deaths caused by measles according to the World Health Organization. More than 95% of the incidences happen in developing countries, but there are still outbreaks also in areas with good vaccination programs. In these regions, the onset of decease happens because of the extreme high infectivity of the measles virus (MV) and the decrease of herd immunity of a population because of vaccine refusals or other fails to immunize. Measles can cause serious complications and there is not a specific antiviral treatment for it. In addition, there are also other human pathogens in the same group of paramyxoviruses that have not a specific cure or even a vaccine: parainfluenza (PIV) and Human respiratory syncytial virus (HRSV). MV has −ssRNA genome that is packed inside a helical nucleoprotein capsid. Phosphoprotein (P) keeps the nucleoproteins (N) from self-assembling prematurely by binding to them and keeping them as monomers. P also works as a cofactor in viral RNA replication and transcription by helping the polymerase to access the genome inside the nucleoproteincapsid. Matrix protein (M) helps to concentrate the ribonucleocapsid to the sites where new virus particles are released from the host cell. The phosphorylation of MV proteins affects virus signalling with the host cell. In this Master’s thesis, I produced and purified recombinant measles N, P and M proteins as well as wild type MV. I determined the phosphorylation status of these proteins alone and in the P-N complex by using phosphate affinity electrophoresis method developed by Kinoshita et al. (2006). The phosphate affinity electrophoresis uses tag molecules that bind reversibly to phosphate groups in proteins. Determining the significance of post-transcriptional modifications in measles proteins would shed light to understanding paramyxovirus structure and signalling and possibly help the development of biomedical applications.
Subject: matrix protein
measles virus
Mononegavirales infections
Morbillivirus infections
nucleoprotein
Paramyxoviridae infections
phosphate affinity electrophoresis
phosphatebinding tag
phosphoprotein
pleomorphic virus
RNA virus infections
virus diseases


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
Master's thesis 2015 Riia Järvi.pdf 4.404Mb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record