Articles from TUHAT CRIS

 

Kokoelma sisältää TUHAT-tutkimustietojäjestelmän kautta tallennetut Open Access-artikkelit.

Helsingin yliopiston tutkijat voivat rinnakkaistallentaa tutkimusjulkaisujansa HELDAan liittämällä kokotekstin julkaisuun TUHAT-tutkimustietojärjestelmässä. (Toimintaohje tutkijalle)

This collection contains Open Access articles deposited from the University of Helsinki TUHAT CRIS

Recent Submissions

  • Safi, Elnaz; Polvi, Jussi Henrikki; Lasa Esquisabel, Ane; Nordlund, Kai Henrik (Elsevier Ltd., 2016)
  • Protocol 
    Kareem, Abdul; Radhakrishnan, Dhanya; Wang, Xin; Bagavathiappan, Subhikshaa; Trivedi, Zankhana B.; Sugimoto, Kaoru; Xu, Jian; Mähonen, Ari Pekka; Prasad, Kalika (BioMed Central Ltd, 2016)
    Background: Plants have the remarkable property to elaborate entire body plan from any tissue part. The conversion of lateral root primordium (LRP) to shoot is an ideal method for plant propagation and for plant researchers to understand the mechanism underlying trans-differentiation. Until now, however, a robust method that allows the efficient conversion of LRP to shoot is lacking. This has limited our ability to study the dynamic phases of reprogramming at cellular and molecular levels. Results: Here we present an efficient protocol for the direct conversion of LRP to a complete fertile shoot system. This protocol can be readily applied to the various ecotypes of Arabidopsis. We show that, the conversion process is highly responsive to developmental stages of LRP and changes in external environmental stimuli such as temperature. The entire conversion process can be adequately analyzed by histological and imaging techniques. As a demonstration, using a battery of cell fate specific markers, we show that confocal time-lapse imaging can be employed to uncover the early molecular events, intermediate developmental phases and relative abundance of stem cell regulators during the conversion of LRP to shoot. Conclusion: Our method is highly efficient, independent of genotypes tested and suitable to study the reprogramming of LRP to shoot in intact plants as well as in excised roots.
  • University of Helsinki, Faculty of Law; Singh, Sahib; Joyner, Daniel; Roscini, Marco; (Faculty of Law, University of Cambridge, 2016)
    Cambridge Journal of International & Comparative Law
  • Ahola, Sofia; Auranen, Mari; Isohanni, Pirjo; Niemisalo, Satu; Urho, Niina; Buzkova, Jana; Velagapudi, Vidya; Lundbom, Nina; Hakkarainen, Antti; Muurinen, Tiina; Piirilä, Päivi; Pietilainen, Kirsi H.; Suomalainen, Anu (Wiley-Blackwell, 2016)
    Mitochondrial myopathy (MM) with progressive external ophthalmoplegia (PEO) is a common manifestation of mitochondrial disease in adulthood, for which there is no curative therapy. In mice with MM, ketogenic diet significantly delayed progression of the disease. We asked in this pilot study what effects high-fat, low-carbohydrate modified Atkins diet (mAD) had for PEO/MM patients and control subjects and followed up the effects by clinical, morphological, transcriptomic, and metabolomic analyses. All of our five patients, irrespective of genotype, showed a subacute response after 1.5-2weeks of diet, with progressive muscle pain and leakage of muscle enzymes, leading to premature discontinuation of the diet. Analysis of muscle ultrastructure revealed selective fiber damage, especially in the ragged-red-fibers (RRFs), a MM hallmark. Two years of follow-up showed improvement of muscle strength, suggesting activation of muscle regeneration. Our results indicate that (i) nutrition can modify mitochondrial disease progression, (ii) dietary counseling should be part of MM care, (iii) short mAD is a tool to induce targeted RRF lysis, and (iv) mAD, a common weight-loss method, may induce muscle damage in a population subgroup.
  • Bahtina-Jantsikene, Daria; Backus, Ad (Tallinna Ülikooli kirjastus, 2016)
    Previous research on Estonian-Russian interaction suggests that lingua receptiva (LaRa), or Receptive Multilingualism, has the potential to create, boost or restore common ground, or mutual understanding, in situations where common ground is jeopardized. This mode is characterized by the simultaneous use of multiple languages as interlocutors each speak their mother tongue and count on the receptive skills of the other. Alignment in the LaRa mode was tested in a series of experiments. The use of various meta-communicative strategies provided insight into the mechanisms behind LaRa. Their distribution was influenced somewhat by L2 proficiency and exposure to multilingual communicative situations. Interestingly, higher L2 knowledge was not a prerequisite for success. Moreover, it was the composition of the dyad rather than the characteristics of the individuals that had predictive power regarding communicative success.
  • Haaranen, Tarja; Hagelberg, Eija; Heinonen, Sampsa; Helenius, Juha Pekka; Joona, Juuso; Koppelmäki, Kari; Lindström, Kristina; Mattila, Hanna; Mattila, Tuomas Johannes; Nikkilä, Lea-Elina; Tapio-Biström, Marja-Liisa; Veistola, Tapani (Ruokavisio group, 2016)
    Visio tulevaisuuden ruokajärjestelmästä vastaa niin globaaleihin kuin paikallisiinkin haasteisiin, jotka johtuvat ilmastonmuutoksesta, ekosysteemipalvelujen heikkenemisestä, resurssien niukkenemisesta, ruoan ja energian lisääntyvästä tarpeesta, nopeasta sosiaalisesta eriarvoistumisesta, maahanmuutosta ja kansalaisten etääntymisestä ruoan alkuperästä. Visio ottaa kantaa ruoan huoltovarmuuteen kansallisesti ja ruokaan globaalina ihmisoikeutena. Visiossa hahmotellaan tulevaisuuden ruokajärjestelmä ja keinot sen toteuttamiseksi viiden seuraavan kokonaisuuden avulla. 1. Tavoitteena ruokaturva Kotimainen ruokaturva perustuu kannattavaan ja ympäristöystävälliseen, paikalliseen ja verkottuneeseen tuotantojärjestelmään, joka on tärkeimpien tuotannontekijöitten suhteen kansallisesti omavarainen. Järjestelmän perusominaisuuksiin kuuluu kierrätys ja vähäiset hävikit. Ruokajärjestelmä pystyy takaamaan kansalaisille kaikissa olosuhteissa ravitsemuksellisesti riittävän ruoan, samalla kun se tuottaa muita biotuotannon raaka-aineita ja energiaa. Ruokajärjestelmälle on annettu yhteisöjä vahvistava tehtävä, ja sen sosiaalipoliittinen merkitys on huomattu. 2. Kuluttamisesta osallistumiseen Osallistava ruokajärjestelmä kytkee jokaisen ihmisen ruoantuotantoon ja lisää näin tietoisuutta sekä arvostusta ruoan tuottamisesta ja ympäristöstä. Ruokakansalainen on tietoinen ruoan laadun eri ulottuvuuksista. Osallistuminen mm. lähiruokayhteisöihin luo merkityksellisyyttä ja hyvinvointia. 3. Ihmisten yhteisöjä ja luonnon resursseja vaalien Tehokkain ekologisin menetelmin viljelty maa tuottaa ravitsemuksellisesti korkeita ja varmoja satoja. Viljelymaat sitovat hiiltä maaperään ja hidastavat ilmastonmuutosta. Tasapainoinen tuotantorakenne on mahdollistanut kierrätysmaatalouden: rehu- ja ravinnevirrat ovat paikallisia. Maatalousmaan väheneminen on estetty maankäytön kokonaisvaltaisella suunnittelulla, ja maanvuokrausta on kehitetty pitkäjänteiseksi mahdollistamaan investoinnit maan laatuun. Maatalouden ja elintarvikejalostuksen paikalliset, integroidut järjestelmät ovat tuoneet ruoan huoltovarmuuden kannalta merkityksellistä sitkeyttä ja vakautta, ne mahdollistavat tehokkaan uusiutuvan energian tuotannon sekä ravinteiden kierrätyksen. Maaseudun yhteisöt ovat vahvistuneet ja niiden yhteydet kaupunkialueisiin konkretisoituneet. Maaseutu on jälleen paikka työskennellä, harrastaa, asua ja elää. 4. Ruoantuotanto turvaa ja tuottaa ekosysteemipalveluja Uudet tuotantotavat nojaavat ekosysteemipalveluihin. Ruoka ymmärretään ekosysteemipalveluna, ja viljely-ympäristöjen monimuotoinen eliöstö ymmärretään ekosysteemipalvelujen perustaksi. Ekosysteeminen ajattelu huomioidaan läpäisevästi niin perus- ja ammattiopetuksessa kuin maankäytön suunnittelussakin. Ruoan lisäksi viljelijät luonnon- ja maisemanhoitajina ansaitsevat muiden ekosysteemipalvelujen tuottamisesta sekä monimuotoisuuden vaalimisesta. 5. Maatalouspolitiikasta ruokapolitiikkaan Uusi ruokapolitiikka vähentää maataloustuotannon tukiriippuvuutta ja kannustaa ekologisesti tehokkaaseen korkeatuottoiseen, korkea-arvoisen ruoan tuotantoon. Politiikkatoimin on ohjattu ruokajärjestelmä toteuttamaan paitsi ravitsemuksellisia ja terveydellisiä, myös ympäristöllisiä, sosiaalisia ja taloudellisia tavoitteita. Ruokaturva, oikeus hyvään ravitsemukseen on nostettu ruokapolitiikan perustaksi, ja Suomi edistää tätä näkemystä kansainvälisesti.
  • Backman, Heidi; Laajasalo, Taina; Saukkonen, Suvi; Salmi, Venla; Jokela, Markus; Aronen, Eeva T. (OMICS Publishing Group, 2016)
  • Oshukova, Svetlana; Kaltiala-Heino, Riittakerttu; Miettunen, Jouko; Marttila, Riikka; Tani, Pekka; Aronen, Eeva T.; Marttunen, Mauri; Kaivosoja, Matti; Lindberg, Nina (OMICS Publishing Group, 2016)
  • Salkinoja-Salonen, Mirja Sinikka (Helsingin yliopisto, Elintarvike- ja ympäristötieteiden laitos, 2016)
    Mikrobiologian julkaisuja
    The text describes several novel methods and tools for sampling and analysis of specimens from damaged indoor spaces, as well as results obtained with these methods. The report is divided in sections dealing with specific topics, the novel results combined with relevant background literature. Contents: Sisällys: 1. History of indoor epidemics in Finland; 2. Adverse health effects, microbes and toxicity; 3. Adverse health effects connected to indoor microorganisms; 4. Mycotoxins and their producer microbes connected to damaged indoor environment; 5. Bacteria with adverse and beneficial effects on indoor environment; 6. Adverse chemical emissions from building materials; 7. Exposure to deleterious substances from indoor air 8. Sickness connected to exposures in indoor air
  • Pihlajoki, Marjut; Doerner, Julia; Cochran, Rebecca S.; Heikinheimo, Markku; Wilson, David B. (Frontiers Media, 2015)
    The adrenal cortex is divided into concentric zones. In humans the major cortical zones are the zona glomerulosa, zona fasciculata, and zona reticularis. The adrenal cortex is a dynamic organ in which senescent cells are replaced by newly differentiated ones. This constant renewal facilitates organ remodeling in response to physiological demand for steroids. Cortical zones can reversibly expand, contract, or alter their biochemical profiles to accommodate needs. Pools of stem/progenitor cells in the adrenal capsule, subcapsular region, and juxtamedullary region can differentiate to repopulate or expand zones. Some of these pools appear to be activated only during specific developmental windows or in response to extreme physiological demand. Senescent cells can also be replenished through direct lineage conversion; for example, cells in the zona glomerulosa can transform into cells of the zona fasciculata. Adrenocortical cell differentiation, renewal, and function are regulated by a variety of endocrine/paracrine factors including adrenocorticotropin, angiotensin II, insulin-related growth hormones, luteinizing hormone, activin, and inhibin. Additionally, zonation and regeneration of the adrenal cortex are controlled by developmental signaling pathways, such as the sonic hedgehog, delta-like homolog 1, fibroblast growth factor, and WNT/1-catenin pathways. The mechanisms involved in adrenocortical remodeling are complex and redundant so as to fulfill the offsetting goals of organ homeostasis and stress adaptation.
  • Hannus, Sinikka; Kauppila, Timo; Launonen, Kaisa (Hindawi Publishing Corporation, 2016)
  • Katila, Essi; Ratilainen, Saara Maria (Suomen Venäjän ja Itä-Euroopan tutkimuksen seura, 2016)
    This article examines the phenomenon of amateur television and online fan communities in the Russian context. Practices of watching television have changed with the rise of the Internet: the boundaries between media producers and consumers have blurred, media content is shared from one device to another and mobile technology creates an important framework for daily communication. Young media users are particularly active in this new, post=broadcast media environment which is strongly defined by media convergence. As an example of this phenomenon, we analyse an online amateur drama series, Stervochki, produced by young Russian Internet users from the provincial town of Pervoural’sk. The series depicts young female criminals and their striving for a better life. The plotline and the characters rely on post-feminist gender representations and glamour consumption, and it has attained cult status among the young online audience. The series’ fan base is a multiplatform online community using Instagram, Twitter and the Russian social media platform VKontakte to share their opinions and advice on how to develop the series further. Through their participation in the community, the fans simultaneously define their own viewership and redefine the existing quality categories of televisual expression in contemporary Russia. Our example demonstrates how the Internet together with mobile technology makes young Russians into active agents in the post-broadcast media environment. The article aims to shed light on Russian society from the perspective of cultural globalisation and new phenomena of popular culture.
  • Jalkanen, Juho; Wickström, Jan-Erik; Venermo, Maarit; Hakovirta, Harri (Elsevier Scientific Publ. Co, 2016)
  • Chu, Man; Li, Taotao; Shen, Bin; Cao, Xudong; Zhong, Haoyu; Zhang, Luqing; Zhou, Fei; Ma, Wenjuan; Jiang, Haijuan; Xie, Pancheng; Liu, Zhengzheng; Dong, Ningzheng; Xu, Ying; Zhao, Yun; Xu, Guoqiang; Lu, Peirong; Luo, Jincai; Wu, Qingyu; Alitalo, Kari; Koh, Gou Young; Adams, Ralf H; He, Yulong (ELIFE SCIENCES PUBLICATIONS LTD, 2016)