E-thesis

Recent Submissions

  • Kant, Ravi (Helsingin yliopisto, 2018)
    This thesis details an in silico exploration of the genetic potential of the Gram-positive genus Lactobacillus through the establishment and analysis of a pan-genome dataset. Lactobacilli are an intensively researched and studied group of bacteria, which is in part owed to their exploitation for various man-made food and industrial purposes and their advocated beneficial use as gut probiotics. Bacterial pan-genomics is an outgrowth of the comparative genomics field and by comparing the genomes from many strains of the same species the data obtained serves to catalogue the entire genetic repertoire available to a particular species. In effect, the pan-genome represents the complete assortment of putative genes in a species (or genus) of bacteria. The research presented in this thesis is comprised of three distinct studies (I, II, and III), each of which used the pan-genome approach to give a theoretical account of Lactobacillus genetics. In study I, a pan-genome was assembled at the genus level using 20 fully sequenced genomes from 14 different Lactobacillus species. Here, complete genome sequences were selected for creating a broader framework that would allow more comprehensive genomic comparisons. Varying aspects were apparent among the genome sequences used, including sizes that ranged from ~1.8 to ~3.3 Mbps and a G+C content of between ~33% and ~51%. The assembled pan-genome was sized at 14,000 protein-encoding genes, and out of which a small 383-gene Lactobacillus core genome (LCG) was derived. The genetic content of the LCG was used for reconstructing a molecular phylogeny, which then permitted a taxonomic grouping of the 20 genomes into three main clades. Additional classifications of the LCG involved identifying core group and signature group genes, as well as so-called ORFan genes that were further sorted as either LCG-specific or group-specific. In study II, a pan-genome of the Lactobacillus rhamnosus species was constructed from 13 different genomes. L. rhamnosus is a highly adaptable bacterium that thrives in a variety of hosts and environments. Presumably, there is little doubt that numerous genetic peculiarities are the source of the niche-related phenotypes that enable the inherent ecological adaptability of L. rhamnosus strains. For this, the genetic content of the assembled pan-genome was examined for those geno-phenotypic variations occurring at the cell-surface level and whether these correlate to a particular habitat preference of various L. rhamnosus strains. The L. rhamnosus pan-genome itself had an estimated size of 4,893 protein-encoding genes, which was further partitioned into the 2,095-gene core and 2,798-gene accessory genomes. Pan-genomic comparisons were benchmarked against the gut-adapted L. rhamnosus GG strain and focused primarily on seven functionally characterized surface-exposed proteins. Most notably, the operonic genes for the mucoadhesive SpaCBA pilus were part of the accessory genome and can be regarded as a genomic novelty in L. rhamnosus. Nonetheless, for those L. rhamnosus strains with a functional SpaCBA piliation trait, this would improve niche-specific fitness and presumably prolong transient (allochthonous) colonization of mucosal epithelial surfaces in the gut or elsewhere in the body. In study III, a pan-genomic appraisal was performed on the Lactobacillus ruminis species by compiling the genomes of nine different strains obtained from human, bovine, porcine, and equine digestive tracts. L. ruminis is a piliated and flagellated strict anaerobe and one of the few indigenous (autochthonous) lactobacilli in the gut. The pan-genome was utilized to pinpoint the molecular basis for the intractable colonization behavior of L. ruminis, where the focus was on those geno-phenotypes associated with cellular surface morphology and anaerobic fermentation and respiration. The size of the L. ruminis pan-genome was predicted to contain 4,301 protein-related genes, while the number of genes in the core and accessory genomes was 1,234 and 3,067, respectively. As inferred from the pan-genomic data, the presence of certain surface proteins and a substitute anaerobic energy-yielding metabolism might represent the adaptive phenotypes that help make L. ruminis a gut-autochthonic species.
  • Amudhala Hemanthakumar, Karthik (Helsingin yliopisto, 2018)
    The heart acts as a muscular pump in the hub of closed blood vascular circulatory loop to transport oxygenated blood and nutrients to various organs and collecting the deoxygenated blood back to the right ventricle for re-oxygenation in the lungs. Indigenously, the heart consists of two major cell populations; myocytes (cardiomyocytes) and non-myocytes (endothelial cells, vascular smooth muscle cells, pericytes, fibroblasts, leukocytes, pace maker cells and purkinje fibers) contributing to the structure and normal function of the heart. The presence of abundant endothelial cells, bi-directional paracrine communication between endothelial cells (ECs) and cardiomyocytes (CMCs), secretory properties of ECs regulating the heart growth, metabolism, maintaining blood vessel homeostasis and vascular tone further augments the indispensable role of cardiac ECs (Pinto, A.R. et al., 2016, Aird, W.C., 2007 and 2012). The Vascular Endothelial Growth Factors (VEGFs) and VEGF receptors (VEGFRs) play a crucial role in the development and maintenance of cardiovascular system. Previous findings have demonstrated the critical role of VEGFR1 during embryogenesis and its absence is embryonically lethal (Fong, G.H. et al., 1995; Fong, G.H. et al., 1999). Global deletion of VEGFR1 in adult mice, in turn, resulted in increased angiogenesis of various organs like heart, liver, lungs, kidney and brain (Ho, V.C. et al., 2012). However, the cell specific role (physiological and pathological) of VEGFR1 in the adult mouse heart remains unknown. In this study, I first assessed and validated the endothelial specificity of PdgfbCreERT2-Cre line in adult mice by crossing it with Td-Tomato reporter mouse line. Then we crossed PdgfbCreERT2 mice with VEGFR1 floxed mice, and after tamoxifen treatment, the recombination and deletion efficiency were analyzed in the heart. We also treated mice with AAV9-VEGF-B, which is a ligand for VEGFR1. Effects on cardiac vasculature and cardiomyocyte growth were analyzed. The findings of this thesis demonstrate that both deletion of endothelial VEGFR1 and overexpression of VEGF-B induce angiogenesis and modest cardiac hypertrophy in the heart. Mechanistically, this was mediated by activation of VEGFR2 pathway, as the effects were blocked by VEGFR2 antibody treatment. In conclusion, activation of VEGFR2 in cardiac endothelial cells by releasing its endogenous ligand VEGF from its decoy receptor VEGFR1 leads to angiogenesis and physiological cardiac hypertrophy.
  • Pirhonen, Juho; Arola, Johanna; Sädevirta, Sanja; Luukkonen, Panu; Karppinen, Sanna-Mari; Pihlajaniemi, Taina; Isomäki, Antti; Hukkanen, Mika; Yki-Järvinen, Hannele; Ikonen, Elina (Helsingin yliopisto, 2016)
    Maksan rasvoittumisen ajatellaan joskus olevan vain metabolisen oireyhtymän hyvälaatuinen maksamanifestaatio, vaikka se johtaa, erityisesti maksan fibrotisoituessa, kasvaneeseen kardiovaskulaarikuolleisuuteen ja pahimmillaan maksasyöpään. Tästä kansanterveydellisesti merkittävästä roolista huolimatta rasvamaksa on alidiagnosoitu ja sen patogeneettiset mekanismit ovat huonosti ymmärrettyjä, molemmat osin hyvien diagnostisten työkalujen puutteesta johtuen. Päätimme selvittää uusien non-lineaaristen kuvantamismodaliteettien soveltuvuutta rasvamaksan varhaisessa diagnostiikassa. Selvitimme 32 lihavuusleikkauspotilaan maksakudoskoepalojen kudosarkkitehtuurin perinteisin kudosvärjäysmenetelmin ja vertasimme tuloksia samojen potilaiden non-lineaarisesti kuvannettuihin näytteisiin. Kuvansimme minimaalisesti käsitellyistä jääleikkeistä coherent anti-Stokes Raman scattering (CARS) ja second harmonic generation (SHG) signaalit, joita hyödyntäen arvioimme näytteiden rasva- ja kollageenipitoisuuden. Kehitimme myös kuva-analytiikka-algoritmin, joka mahdollistaa kollageenisignaalin automatisoidun ja objektiivisen arvioimisen. Näytteistä mittaamamme SHG- ja CARS-signaalit korreloivat hyvin patologien arvioihin näytteiden fibrotisoitumis- ja rasvoittumisasteista, minkä lisäksi automatisoitu algoritmimme erotteli luotettavasti jopa varhaisen fibroosin normaalista kudoksesta. Myös terveiksi luokiteltujen näytteiden maksakudoksen keskellä esiintyi hienoa fibrillaarista SHG-signaalia. Tunnistamamme SHG-signaali oli spesifiä kolokalisoituen hyvin kollageeni-I- ja III-vasta-ainevärjäyksien kanssa. Tuloksemme osoittavat, että multimodaalisten kuvantamismenetelmien avulla voidaan tunnistaa maksan fibrillaarista kollageenia perinteisiä kudostutkimusmenetelmiä herkemmin. Kehittämämme kuva-analyysi-algoritmi puolestaan arvioi varhaisen fibroosin määrän nopeasti, objektiivisesti ja jatkuvalla skaalalla. Yhdessä nämä löydökset luovat edellytykset tutkia esimerkiksi maksan vähäisen fibroosin kliinistä merkitystä ja paranemistaipumusta isommissa potilasaineistoissa.
  • Hyrkäs, Noora (Helsingin yliopisto, 2018)
    Limasienet (Myxomycota) ovat aitoameeboihin (Amoebozoa) kuuluvia, aitotumaisia eliöitä, joiden elinkierrossa vuorottelevat yksisoluinen, yleensä haploidi ameeba- ja kenosyyttinen, diploidi limakkovaihe. Limasieniä tunnetaan noin 1000 lajia, joista Suomessa on tavattu reilut 200. Lajimonimuotoisuus on suurinta metsissä mm. karikkeessa, lahopuussa ja elävien puiden kaarnalla. Suurimman osan elämästään ne viettävät joko lepovaiheina (esim. itiöinä tai sklerootioina) tai ameeboina. Limakko kehittyy tavallisesti ameebojen pariutuessa, ja se kykenee liikkumaan hitaasti elinalustallaan etsien ravinnokseen mm. bakteereja ja sieni-itiöitä. Sopivissa olosuhteissa limakko muuttuu kokonaisuudessaan itiöpesäkkeiksi, joissa syntyvät meioottiset itiöt. Kaarnalimasienet ovat sopeutuneet viemään koko elinkiertonsa läpi elävien puiden kaarnalla. Niiden lepoasteet kestävät kasvualustalleen tyypillisiä ääreviä ja nopeasti vaihtuvia kosteus- ja lämpöoloja. Elinkierto ja limakkovaihe ovat yleensä nopeita ja limakot sekä itiöpesäkkeet pienikokoisia, tuskin silmin havaittavia. Ehdottomien kaarnalajien lisäksi kaarnalla elää myös joukko laaja-alaisempia ja opportunistisia lajeja. Tässä tutkimuksessa kartoitettiin kaarnalimasienten lajistoa 15 yleisellä, Suomessa luonnonvaraisena esiintyvällä puulajilla ja neljällä eri kasvillisuusvyöhykkeellä (boreaalisen vyöhykkeen alavyöhykkeellä). Tavoitteena oli selvittää lajiston lisäksi, onko eri isäntäpuulajien tai vyöhykkeiden välillä eroja limasienilajistossa. Kaarnanäytteitä kerättiin yhteensä 196 puuyksilöstä (yksi näyte/yksilö) hemi-, etelä- ja pohjoisboreaaliselta sekä orohemiarktiselta vyöhykkeeltä. Näytteistä kasvatettiin limasieniä kosteakammioviljelmissä, ja itiöpesäkkeitä tuottaneet lajit tunnistettiin ja valokuvattiin. Puulajien ja vyöhykkeiden eroja tutkittiin tilastollisin menetelmin. Lisäksi mitattiin ja tutkittiin kaarnan happamuuden ja vedenpidätyskyvyn vaikutusta limasienilajistoon. Kaarnanäytteistä 65 % tuotti limasienten itiöpesäkkeitä. Tutkituilta 15 puulajilta löytyi yhteensä 23 tunnistettua limasienilajia, joista kaksi hapsista (suku Echinostelium) havaittiin nyt Suomessa ensi kertaa. Yhden puulajin limasienilajien lukumäärä vaihteli välillä 1-9 ja vyöhykkeittäin 1-19. Sekä puulajien että vyöhykkeiden välillä havaittiin merkitseviä eroja, eli ainakin osa limasienilajeista vaikuttaa suosivan tiettyjä isäntäpuulajeja tai lajiryhmiä (esim. havu- tai lehtipuita) ja painottuvan levinneisyydeltään maan etelä- tai pohjoisosiin. Toisaalta muutamaa limasienilajia esiintyi hyvin laajalti eri puilla ja alueilla. Kasvualustan happamuuden ja vedenpidätyskyvyn vaikutukset lajistoon eivät olleet yksiselitteisiä. Tutkimustulosten perusteella limasienet ovat sienten ja jäkälien tavoin hyvin yleinen osa kaarnan mikrobistoa, eikä niiden esiintyminen eri puulajeilla tai kasvillisuusvyöhykkeillä ole täysin satunnaista. Tulokset tukivat useiden aiempien tutkimusten tuloksia kaarnalimasienten puulaji- ja aluespesifisyydestä. Edellä kuvattu tutkimus oli puulajien osalta laajin tähän mennessä tehty selvitys Suomen kaarnalimasienistä.
  • Mäntynen, Sanna (Helsingin yliopisto, 2018)
    Highly toxic polychlorinated dibenzo-p-dioxins and polychlorinated dibenzofurans (PCDD/Fs) accumulate in the environment in sediments and soils. PCDD/Fs may pose considerable environmental and health risks because of their persistence in the environment. PCDD/Fs can be degraded slowly by microbial reductive dechlorination under anaerobic conditions which produces less chlorinated PCDD/Fs. Sediments of the Kymijoki River located in South-Eastern Finland are highly contaminated with PCDD/Fs and other chlorinated compounds. PCDD/Fs in sediments of the river mainly originate as unwanted byproducts from the production of the chlorophenol wood preservative Ky-5 between 1939 and 1984. The total volume of the most toxic 2,3,7,8-substituted PCDD/Fs contaminated sediments in the Kymijoki River, from Kuusankoski to the Baltic Sea, are estimated to be five million cubic meters of wet sediment. The Kymijoki River is the largest known source of PCDD/Fs to the Baltic Sea. The objective of this thesis was to gain knowledge on the sediment PCDD/Fs and the dechlorinating bacterial community at the Kymijoki River. We aimed to determine the potential for anaerobic microbial dechlorination of weathered PCDD/Fs in river sediments. Sediment samples were collected from the Kymijoki River located at 0, 20, 30, and 60 km downstream from the main source of contamination, and at a reference site. An anaerobic microcosm study was conducted to determine dechlorination potential and the effect of temperature on the reductive dechlorination process for spiked 1,2,3,4-tetrachlorodibenzofuran (1,2,3,4-TeCDF). Concentrations of weathered PCDD/Fs and activity of the indigenous dechlorinating microbial community were determined in sediment samples. The measured mean total concentrations for 2,3,7,8-PCDD/Fs were high in sediments at all study sites of the river. The predominant PCDD/F congeners were 1,2,3,4,6,7,8-HpCDF, 1,2,3,4,6,8,9-HpCDF, and OCDF at all sites. The sediment PCDD/F congener profiles were similar to that of the Ky-5 wood preservative. Dechlorination of spiked 1,2,3,4-TeCDF to less chlorinated dibenzofurans was detected after 10 and 29 months in sediment microcosms from the all studied sites. The pathway of 1,2,3,4-TeCDF dechlorination was mainly via 1,3,4-TrCDF to 1,3-DiCDF. The low temperature decreased the dechlorination rate of spiked TeCDF which suggests that dechlorination of weathered PCDD/Fs is limited at the in situ temperature of the river sediments. A native dechlorinating Dehalococcoides-like Chloroflexi community was present in sediment samples at all studied sites. The dechlorination pathway of 1,2,3,4-TeCDF suggests that dechlorination of aged PCDD/F congeners could generate non-2,3,7,8-substituted and hence less toxic PCDD/Fs. However, concentrations of 2,3,7,8-substituted PCDD/Fs have remained at approximately the same levels over the last few decades at each sampling location of the Kymijoki River. Furthermore, no substantial changes in the relative abundances of weathered PCDD/Fs were observed over 2.5 years in laboratory microcosm studies, indicating that anaerobic dechlorination of weathered PCDD/Fs was limited over the course of the experiment. Results of this study indicates that no or only minimal biodegradation of PCDD/F congeners has occurred in the river sediments over the last few decades since the contamination events. Therefore, concentrations of weathered PCDD/Fs in the sediments of the Kymijoki River are expected to remain at the same level for decades or centuries with further migration towards the Baltic Sea.
  • Holma, Juho Mikael (Helsingin yliopisto, 2018)
    Välikorvatulehdus on tavallinen yleensä ylähengitystieinfektion jälkitilana kehittyvä sairaus.Tavallisesti välikorvatulehdus paranee konservatiivisella hoidolla, mutta komplikaatioiden kehittyessä tarvitaan myös korvakirurgisia toimenpiteitä. Komplikaatioita esiintyy edelleen myös länsimaissa,mutta erityisen runsaasti maissa, joissa terveydenhuolto on vähemmän kehittynyt. Tässä tutkimuksessa käytiin läpi vuosina 2007-2016 HYKS Korvaklinikassa korvatulehdusten vuoksi korvakirurgisesti hoidetut potilaat (poislukien pelkkä tärykalvoputkitus). Tavoitteena oli kuvata korvatulehdusten kirurgisen hoidon nykytila HUS-alueella koskien mm. toimenpidediagnooseja, toimenpidemäärää kokonaisuutena, eri toimenpiteiden suhteellisia määriä, potilaiden ikäjakaumaa sekä syntyperää. Toimenpiteet jaoteltiin vuosittain taulukoihin, jolloin eri muuttujien kehitystä pystyttiin arvioimaan ajan funktiona. Tutkimuksessa kävi ilmi, että seuranta-ajalla leikkausten vuosittainen kokonaismäärä (noin 30-40 operaatiota) on pysynyt jotakuinkin vakiona. Akuutti ja krooninen mastoidiitti olivat odotetusti yleisimmät toimenpidediagnoosit. 90 % leikkauksista tehtiin korvantausviillosta mastoidin kautta. Eri toimenpiteiden suhteellisissa osuuksissa tapahtui tiettyjä muutoksia, jotka selittyvät lähinnä kirjaamiskäytäntöjen muuttumisella. Korvakirurgista leikkausta vaatineista potilaista suurin osa oli iältään 31 ja 70 ikävuoden välillä. Seuranta-ajan alkuvuosina leikatuista potilaista noin 15-20 prosenttia oli taustaltaan ei-kantasuomalaisia, kun taas viimeisimpinä seurantajakson vuosina tämä osuus oli noussut korkeimmillaan yli 40 prosenttiin. Vaikka korvatulehdusten hoito on nykyään tehokasta ja komplikaatiot melko harvinaisia, ei korvakirurgisten toimenpiteiden tarve HUS-alueella ole vähenemässä. (180 sanaa)
  • Mikkola, Annamari (Helsingin yliopisto, 2018)
    Tutkimuksen kohteena on suomalainen suku, jossa esiintyy hampaiden kovakudosten perinnöllinen kehityshäiriö. Aikaisemmissa tutkimuksissa kehityshäiriön aiheuttava mutaatio on paikallistettu kromosomiin 15, ja kahden näytteen eksomisekvensoinnilla on löydetty useita mahdollisia mutaatioita. Tähän tutkimukseen on valittu näistä mutaatioista seitsemän tarkempaa tutkimista varten. Tutkittavaksi valitut mutaatiot sijaitsevat geeneissä OTUD7A, SPTBN5 (2 mutaatiota), PLA2G4F, FLJ27352, PRTG ja IGDCC4. Tarkoituksena on selvittää, esiintyvätkö ne kaikilla sairailla suvun jäsenillä ja voivatko ne olla kehityshäiriön taustalla. Aluksi tutkittavaksi valittiin neljä suvun jäsentä, joilla on todettu hampaiden kehityshäiriö. Heidän DNA-näytteilleen tehtiin polymeraasiketjureaktio (PCR), geelielektroforeesi ja sekvensointi. Kaksi etsityistä mutaatioista löytyi kaikilta näiltä henkilöiltä, ja ne sijaitsivat geeneissä IGDCC4 ja PRTG. Seuraavassa vaiheessa PRTG- ja IGDCC-geenien mutaatioita etsittiin laajemmalta joukolta suvun jäseniä. Tutkittavia näytteitä oli yhteensä 15. Näytteistä kahdeksan oli sairailta suvun jäseniltä, yksi oletetusti sairaalta ja kuusi terveiltä. Geenin IGDCC4 mutaatio löytyi kahdeksalta sairaalta heterotsygoottisena, mutta ei mahdollisesti sairaalta suvun jäseneltä. Lisäksi se löytyi yhdeltä terveeltä. Näin ollen tämä mutaatio ei ole kehityshäiriön taustalla. Geenin PRTG mutaatio löytyi kaikilta sairailta heterotsygoottisena eikä sitä löytynyt yhdeltäkään terveeltä, joten periaatteessa tämä voisi olla kehityshäiriön taustalla. Se aiheuttaa missense-mutaation, joka muuttaa valiinin leusiiniksi. Uusimpien tietokantojen mukaan sen yleisyys erityisesti Suomessa on kuitenkin jopa 0,015, joten on epätodennäköistä, että tämäkään mutaatio ainakaan yksin aiheuttaisi tutkimuksen kohteena olevan hampaiden kovakudosten kehityshäiriön. Tutkimuksen kohteena olevan kehityshäiriön aiheuttavan mutaation selvittämiseksi tarvitaan siis jatkotutkimuksia. (217 sanaa)
  • Nakane, Elina (Helsingin yliopisto, 2018)
    Tavoitteet. Äidin diabetes on yhteydessä raskaudenaikaisiin komplikaatioihin, mutta äidin diabeteksen vaikutusta jälkeläisten kognitioon ei ole tutkittu yhtä laajasti. Aiemmissa tutkimuksissa äidin diabetes on yhdistetty pääsääntöisesti alle kouluikäisten lasten hieman heikentyneeseen yleiseen kognitiiviseen ja kielelliseen tasoon. On kuitenkin vielä epäselvää, että vaikuttaako äidin diabetes itsessään lapsen, ja myöhemmin aikuisen jälkeläisen, kognitiiviseen tasoon. Lapset, joilla on ollut myös muita samanaikaisia kehityksellisiä riskitekijöitä, vaikuttaisivat olevan alttiita äidin diabeteksen negatiivisille vaikutuksille, toisin kuin lapset, joilla riskitekijöitä ei ole ollut. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli tutkia, onko äidin diabetes yhteydessä jälkeläisten yleiseen kognitiiviseen tasoon lapsuudessa ja keski-iän alussa, kun jälkeläisillä joko oli tai ei ollut muita syntymänaikaisia riskitekijöitä. Hypoteesina oli, että vain jälkeläisillä, joilla oli todettu äidin diabeteksen lisäksi myös muita syntymäaikaisia riskitekijöitä, yleinen kognitiivinen taso olisi madaltunut. Tavoitteena oli myös selvittää, että muuttuuko kummankaan riskiryhmän yleinen kognitiivinen taso ajan myötä. Menetelmät. Tämä tutkimus on osa prospektiivista syntymäkohorttitutkimusta, jossa tutkitaan syntymäaikaisten riskitekijöiden pitkittäisvaikutusta. Vuosina 1971–1974 Kätilöopiston perättäisistä synnytyksistä (n=22359), 93:lla vastasyntyneellä todettiin äidin diabetes raskauden aikana tai ennen sitä. Osalla vastasyntyneistä ennalta määriteltynä riskitekijänä oli pelkästään äidin diabetes (n=59), kun osalla vastasyntyneistä ilmeni useita syntymäaikaisia riskejä (n=34). Tutkimukseen osallistuneiden jälkeläisten ja kontrolliryhmän yleinen kognitiivinen taso arvioitiin 9 ja 40 vuoden iässä Wechslerin älykkyystesteillä osana laajempaa neuropsykologista seurantatutkimusta. Ryhmien välisiä eroja tarkasteltiin ryhmä- ja parivertailuilla. Mittausten välistä muutosta tutkittiin ryhmittäin lineaarisilla monitasomalleilla. Tulokset ja johtopäätökset. Tutkimuksen tulokset eivät tukeneet asetettua hypoteesia: Molemmilla riskiryhmillä, riippumatta muiden syntymäaikaisten riskien ilmenemisestä, yleinen kognitiivinen ja kielellinen taso olivat hieman kontrolleja heikompia. Keski-iän alussa ryhmien välillä ei ilmennyt eroja yleisessä kognitiivisessa tasossa. Vaikuttaisi siltä, että ainakin yleisen kognitiivisen tason ja opittujen kielellisten taitojen osalta usean riskitekijän ryhmässä taidot olivat parantuneet. Muuten suoriutuminen pysyi ryhmittäin melko samana.
  • Virkunen, Ekaterina (Helsingin yliopisto, 2018)
    Tiivistelmä Referat – Abstract The majority of cancers, such as breast cancer, originate from epithelial structures. Highly organized epithelial tissues are comprised of cells which manifest apico-basal polarization. Factors regulating apico-basal polarity and epithelial integrity are often observed deregulated in cancer cells and loss of polarity is often observed in tumors. However, the importance and the specific role of epithelial integrity regulators in tumorigenesis are still not fully defined. This study shows that the key regulators of epithelial cell polarity Par6B and Par6G proteins have a role in the restriction of cell proliferation in mammary epithelial cell lines. Using the shRNA silencing approach, downregulation of PARD6B and PARD6G in the cells lead to the impediment of the cell-cycle exit, verified in proliferation suppressive conditions in which cells normally would enter quiescence. Par6 proteins were shown to regulate cell proliferation via the canonical PI3K/Akt pathway, which is one of the most commonly deregulated cell proliferation promoting pathways in cancer cells. The results demonstrate the unknown function of Par6B and Par6G proteins as cell proliferation regulators and a previously unrecognized relation between Par6 proteins and PI3K/Akt pathway. However, the detailed interaction between Par6 proteins and the PI3K/Akt pathway ought to be investigated further. In addition, the results revealed that Par6 proteins have different effects on cell proliferation suggesting biological differences between Par6 proteins and that certainly bears further investigation. In conclusion, the study presents a previously unknown connection between epithelial integrity regulators and cancer-relevant cell proliferation promoting pathways, which may provide new targets for therapeutic intervention in the future.
  • Bergman, Matilda (Helsingin yliopisto, 2018)
    Purpose Childhood maltreatment is a significant risk factor for the development of mental disorders. Previous studies have shown that maltreatment is associated to generalized anxiety disorder (GAD), which impairs work capacity and social functioning, thus causing costs for the individual and society. However, the research concerning the effects of different kind of maltreatment experiences on and the pathways to GAD is scarce. Among the factors that predispose individual to anxiety disorders is a low sense of control, which also has been associated to childhood maltreatment. To date, sense of control has not been examined as a possible mediator or moderator of the relationship between maltreatment and GAD. This study aimed to examine the relationships of childhood physical and emotional maltreatment, the frequency, amount and perpetrator of maltreatment, and sense of control with GAD in adulthood. Additionally, the aim was to test sense of control as a possible mediator or moderator. Methods The data was derived from a large (n=5856) Midlife Development in the United States (MIDUS) -study. Childhood physical and emotional maltreatment was measured with Conflict Tactics Scales, the symptoms of GAD was measured with the World Health Organization’s (WHO) Composite International Diagnostic Interview Short-Form (CIDI-SF), and sense of control was measured with a questionnaire composing of two scales, personal mastery and perceived constrains. Questionnaires and telephone interviews were used for data collection. Data analyses were conducted by logistic and linear regression analysis and analysis of covariance. Mediation effects were tested by using bootstrapping method. Results and conclusions The amount, type and frequency of child maltreatment were associated with the symptoms of GAD in adulthood. The risk formed by different kind of experiences of child maltreatment was associated with the sex of the respondent and whether the perpetrator was a sibling or a parent. Further, sense of control mediated the effect from child maltreatment to GAD. The results highlight the importance of early detection and intervention of maltreatment and enhancing sense of control in order to prevent GAD.
  • Geier, Anna (Helsingin yliopisto, 2018)
    Objectives. On the basis of previous research, working memory and many other cognitive abilities are associated with mathematical skills. By evaluating working memory and other cognitive skills, it might be possible to predict, which children will have problems in learning mathematics. Especially in kindergarten proper assessment methods are needed, with which the working memory and other cognitive abilities of children could be evaluated. In this research we examined, what kind of relationship do tasks that assess working memory, flexible intelligence, Working Memory Rating Scale and Taitokysely have with early mathematical skills. In addition, the objective of this study was to evaluate whether questionnaires can produce similar knowledge, as tasks that evaluate working memory. Methods. This study is part of joint research project of the universities of Turku and Helsinki, the Early Rehearsal of Working Memory. The children who participated in the study were 6-7 years old (n=50). The working memory was assessed with AWMA tasks, and mathematical skills were assessed with lukujonotaidot- and Banuca tests. Flexible intelligence was assessed with Raven’s matrices. The kindergarten teachers completed a Working Memory Rating Scale (WMRS) and a Taitokysely of each child. The associations between the variables were assessed with correlation coefficients, linear regression analysis and regression commonality analysis. Results and Conclusions. WMRS, Taitokysely and part of the tasks, that were used to evaluate working memory were associated with mathematical skills. Most of the explained variance is common to the predictors, but the WMRS and the tasks that were used to evaluate passive visuospatial working memory were the best individual predictors. On the basis of this research, especially these methods would be good when evaluating children’s working memory, problems of working memory and mathematical skills. Questionnaires and tasks were both able to produce knowledge about working memory and mathematics.
  • Seppälä, Metti (Helsingin yliopisto, 2018)
    Tavoitteet. Kaksikielisyydellä voi olla yhtäältä positiivisia, toisaalta negatiivisia vaikutuksia fonologian kehitykseen. Myös kielihäiriö saattaa aiheuttaa erityisiä haasteita fonologian osa-alueella. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli verrata peräkkäisesti kaksikielisten kielihäiriöisten sekä yksikielisten kielihäiriöisten lasten paradigmaattisia ja fonotaktisia taitoja suomen kielessä. Tutkimuksessa selvitettiin myös onko kaksi- ja yksikielisten kielihäiriöisten lasten paradigmaattisten ja fonotaktisten taitojen välillä yhteyttä. Lisäksi tutkittiin selittävätkö kaksikielisten kielihäiriöisten lasten sukupuoli, ikä ja suomen kielen altistuksen kesto ja yksikielisten kielihäiriöisten lasten sukupuoli ja ikä lasten fonotaktisia taitoja. Menetelmät. Tutkittavina oli 3;5–5;10-vuotiaita kaksikielisiä kielihäiriöisiä lapsia (N = 46), joiden taitoja verrattiin 3;5–5;9-vuotiaiden yksikielisten kielihäiriöisten lasten (N = 46) taitoihin. Lapset oli rekrytoitu Helsingin pitkittäiseen SLI-tutkimukseen vuosina 2013–2015. Tutkimusmenetelmänä oli Fonologiatesti. Ryhmien suoriutumista paradigmaattisissa ja fonotaktisissa taidoissa vertailtiin tilastollisin menetelmin. Paradigmaattisten ja fonotaktisten taitojen yhteyttä tutkittiin erikseen kummassakin ryhmässä korrelaatiokertoimella. Kaksikielisten lasten ryhmässä tutkittiin fonotaktisten taitojen riippuvuutta sukupuolesta, iästä ja suomen kielen altistuksen kestosta. Yksikielisten lasten ryhmässä tutkittiin fonotaktisten taitojen riippuvuutta sukupuolesta ja iästä. Tulokset ja johtopäätökset. Kaksikieliset kielihäiriöiset lapset hallitsivat suomen kielen paradigmaattiset ja fonotaktiset taidot paremmin kuin yksikieliset kielihäiriöiset lapset. Paradigmaattiset ja fonotaktiset taidot korreloivat vahvasti kummassakin ryhmässä. Korrelaatiot olivat tilastollisesti merkitsevämpiä yksikielisten kielihäiriöisten lasten aineistossa. Ikä oli tilastollisesti merkitsevä fonotaktisia taitoja selittävä muuttuja. Kaksikielisten kielihäiriöisten lasten suomen kielen altistuksen kesto ei ollut tilastollisesti merkitsevä fonotaktisia taitoja selittävä muuttuja. Kaksikieliset kielihäiriöiset lapset saattavat puhua selkeämmin kuin yksikieliset kielihäiriöiset lapset. Kaksikielisyys saattaa toimia suojaavana tekijänä kielihäiriöön liittyvissä fonologisissa vaikeuksissa.
  • Järviö, Heini (Helsingin yliopisto, 2018)
    Objectives. Even over one third of information security breaches are caused by human actions, which makes knowing the factors behind information security behaviour especially important in today’s world. The objective of this study was to investigate what kind of individual and organisational factors affect the way we act with personal and organisational data. The research model of this study combined the Theory of Reasoned Action (TRA) and personality traits as predictors of information security behaviour. In TRA, the best predictor of an action is the intention to do it, which in turn is affected by the attitude towards the action and subjective norms. Scenario method was used to investigate if TRA predicts actions also in concrete scenarios The included personality theories were Big Five and Dark Triad theories, of which the latter has not yet been studied in information security research. Methods. The data in this study was a sample of the students in the University of Helsinki and the National Defence University (N=408). The participants completed a survey which measured personality traits and the elements of TRA. Personality was assessed with Short Five and Short Dark Triad inventories. In addition, the participants read three scenarios where information security was at risk. After this they rated their probability to act in a similar way (intention) and their evaluation of the presented act (attitude). The scenarios in this study where divided in three groups according to their level of risk and each participant received scenarios only from a same level. The relationship between personality traits and responses in scenario situations was assessed with regression analysis. The measurement model was assessed with path analysis. Results and conclusions. The measurement model fit the data when it was used to predict security attitudes and the harm presented in the scenarios was mild. The TRA structure was therefore found to predict attitudes in concrete situations as well. The relationship between personality traits and scenario responses was different for intentions and attitudes. Higher scores in two Dark Triad traits were linked to higher intentions. Higher extroversion predicted both lower intentions and attitudes. In addition, higher openness was linked to more positive attitudes, and these two connections remained in the measurement model. This study provided more information about the relationship between personality traits and information security behaviour and gave insight on which factors to improve to secure information in organisations.
  • Tuohinto, Krista (Helsingin yliopisto, 2018)
    Kaposi’s sarcoma herpesvirus (KSHV), also called human herpesvirus 8 (HHV-8), was discovered following the AIDS-epidemic as the causative agent of Kaposi’s sarcoma (KS), an angiogenic endothelial tumor of the skin, and of two rare lymphoproliferative diseases, primary effusion lymphoma (PEL) and multicentric Castleman disease (MCD). Infection by KSHV displays two life cycle phases; latent and lytic replication. In latency, the virus stays dormant within the host, expressing only a few genes and no viral particles are produced. Latency is the default mode of infection, however, upon appropriate induction the virus reactivates to express all of its genes and replicate viral DNA during the productive lytic replication, culminating with the release of infectious progeny particles and lysis of the host cells. Virus reactivation from latency to the lytic replication is an essential step in the KS pathogenesis. Upon KSHV infection, endothelial cells (EC) undergo reprogramming towards spindle cell, the principal proliferating cell in advanced KS lesions. The transcription factor prospero related homeobox gene Prox1 has an important role in mediating the effects of KSHV on EC reprogramming, contributing to the KS development. Prox1 is the master regulator of lymphatic endothelial cell fate, and its expression is manipulated during the KSHV infection. However, the role of Prox1 in the KSHV life cycle and lytic reactivation has not been studied. To elucidate the role of Prox1 in KSHV reactivation from latency, the effect of ectopic expression of Prox1 on the lytic gene and protein expression in both latent and reactivated KSHV-infected cells was studied. This led to a significant increase in KSHV lytic gene and protein expression, suggesting Prox1 as a positive regulator of KSHV lytic replication. Moreover, Prox1 wild-type, but not its DNA-binding deficient mutant, could significantly increase the release of infectious virions. To investigate the expression levels of Prox1 during KSHV infection, infection kinetics assay was performed, which showed an increase in the Prox1 levels during acute infection. Intriguingly, this was followed by a progressive decrease in the Prox1 levels as latency was established. In conclusion, the focus of this thesis is to investigate the role of Prox1 in KSHV reactivation, and to provide a deeper insight into the virus reactivation mechanisms that can be utilized for future therapeutic strategies against KSHV-mediated tumorigenesis of KS. Keywords: KSHV, Kaposi’s sarcoma, Prox1, virus reactivation, lytic replication
  • Taskinen, Miisa (Helsingin yliopisto, 2018)
    Arvot ovat elämää ohjaavia tavoitteita, joiden on todettu olevan yhteydessä useisiin erilaisiin muuttujiin, ja niillä on ennustettu mielekkäästi monenlaista käyttäytymistä. Schwartzin arvoteoriasta on tullut arvotutkimuksen valtavirtaa, ja se on saanut mittavaa tukea maailmanlaajuisesti. Ottaen huomioon, kuinka keskeinen asema arvoilla on ihmisten elämässä, on arvotutkimusta kuitenkin tehty suhteellisen vähän. Yksi syy siihen saattaa olla yleisimmin käytettyjen arvomittareiden pituus. Täten on tarvetta lyhyelle mittarille, joka voidaan lisätä laajojenkin tutkimuksien yhteyteen. Short Schwartz’s Value Surveylla (SSVS) on alustavaa näyttöä hyvästä reliabiliteetista ja validiteetista, mutta tämän tutkimuksen tarkoitus on uudelleenvalidoida SSVS edustavalla otoksella, määrittää sille suomalaiset normit ja tarjota uutta tutkimustietoa arvojen ja muiden muuttujien, tässä tapauksessa koetun rikollisuuden määrän, yhteydestä. Tutkimuksen aineisto on kansallisesti edustava otos, ja se koostui 1245:stä 18-87 -vuotiaasta henkilöstä. Tuloksia verrattiin European Social Survey 7 -aineistoon, joka on niin ikään kansallisesti edustava otos, mutta jossa arvoja mitataan pidemmällä arvomittarilla, Portrait Values Questionnairella (PVQ-21). Faktorianalyysilla löydettiin SSVS:n arvorakenteesta teorian mukainen kaksiulotteinen malli, joka koostui itsensä ylittämisen ja säilyttämisen arvoulottuvuuksista. Lisäksi arvotyyppien arvorakenne vastasi pääosin Schwartzin teoriaa. SSVS:llä mitatut arvot olivat myös yhteydessä useisiin validiteettikriteereihin, joita odotettiin aiempien tutkimuksien perusteella, ja yhteydet olivat samanlaisia kuin PVQ-21:llä. Lopuksi esitettiin vielä uutta tietoa arvojen yhteyksistä: molemmat arvoulottuvuudet vaikuttivat koettuun rikollisuuden määrän kasvuun. Arvoulottuvuuksille lasketut painokertoimet ja normit mahdollistavat vastaisuudessa tuloksien vertailun sekä yksilö- että ryhmätasolla. Tutkimuksen perusteella tutkijat voivat jatkossa entistä luottavaisemmin mielin integroida arvot osaksi myös sellaisia tutkimuksia, joissa ei ole mahdollista käyttää normaalimittaisia kyselyitä.