Dissertations and theses


Digital dissertations and theses from the University of Helsinki. Contains both open access theses as well as metadata records.

Collections in this community

Recent Submissions

  • Liu, Ville; Sellgren, Lasse; Koskela, Tuomas; Kaila, Minna (Helsingin yliopisto, 2021)
    Background Municipalities are reforming their health and social care services and creating online services to support patient self-treatment and self-care (The Omaolo-project). These include 15 symptom checkers which provide triage. As a result of the completed individual symptom assessment, the patient receives an assessment of the need for treatment of the corresponding symptom, instructions for a treatment site and, if necessary, self-care instructions. This study examines the usability of symptom checkers from the perspective of the patient and the study assistant. Methodology This is a mixed methods study that used data collected in the Omaolo project’s validation of symptom checkers study. Data were collected from 18 primary health care emergency centers throughout Finland. The user answered the questions posed by the symptom checker, after which a nurse familiar with triage assessed the need for treatment of the symptom of the user. The study assistant monitored the completion of the study user's symptom checker. The findings of 350 patient users, nurses, and study assistants were analyzed based on separate completed research forms. Thematic analysis was used to create research themes from the recorded observations of the individuals followed by the preparation of a thematic summary. Results The usability of symptom checkers was mainly assessed as good. However, there were challenges in usability. Relevant concepts (codes) describing the challenges were formed from the free text observations of the research forms. 59 codes were classified under two main themes; user-related challenges and issues related to the symptom checkers. The user-related challenges were divided into a) difficulties in understanding the symptom checkers and their questions, b) poor competence to use online tools, and c) ability to assess one’s health. The issues related to the symptom checkers were divided into a) a need to clarify the terms and questions used in the symptom checker, and b) a need to improve the visual layout and provide better instructions for the user. Conclusions Symptom checkers are acceptable, easy to use, and understandable to most patients. The study identified themes that may impair the availability of symptom checkers. Improving the availability of symptom checkers is likely to improve the process of triage as well as its success. In addition, usability issues can impair a patient's willingness to use symptom checkers.
  • Valkonen, Konsta Valentin (Helsingin yliopisto, 2021)
    Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is the most common adult-onset motoneuron disease. ALS is characterized by a progressive loss of upper and lower motoneurons, resulting in muscle atrophy, paralysis and ultimately in death. Approximately 30,000 people die of ALS annually. There is no cure for ALS, and only two drugs - riluzole and edavarone - have been approved for the treatment of the disease. The complex pathology of ALS contributes to the lack of effective treatments. Several cellular pathologies have been suggested to contribute to the pathogenesis, including ER stress, disruption of calcium homeostasis, oxidative stress and excitotoxicity. Here we describe the cytoprotective effects of C-terminal fragments of the novel proteins with neurotrophic factor properties MANF (mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor) and CDNF (cerebral dopamine neurotrophic factor) on a toxin model of ALS in vitro. Unlike the classical neurotrophic factors, MANF and CDNF are predominantly localized to the endoplasmic reticulum (ER) and have been shown to alleviate ER stress by keeping the unfolded protein response (UPR) transducers inactive. ER stress is a major component in many neurodegenerative diseases, including ALS, and is a promising therapeutic target for MANF and CDNF. However, the potential of these proteins in ALS treatment remains to be insufficiently described. We used differentiated motoneuron-like NSC-34 cells treated with a range of toxins, modelling different cellular pathologies linked to ALS. After the toxin addition, we treated the cells with MANF and CDNF variants and riluzole and measured the cell viability. The toxin panel consists of tunicamycin, ionomycin and staurosporine. Tunicamycin causes cell death by activating proapoptotic branches of the UPR. Ionomycin is an ionophore and depletes the ER of calcium, thus inducing both UPR-dependent and UPR-independent apoptosis. Less is known about the mechanisms of staurosporine, but it has been shown to induce caspase-3-dependent apoptosis, increase intracellular calcium levels and cause oxidative stress. We hypothesized that both MANF and CDNF variants protect the cells against UPR-dependent apoptosis but not against UPR-independent cell death. We show that MANF and CDNF variants protect the cells against apoptosis induced by tunicamycin, ionomycin and staurosporine. Interestingly, the protein variants mediated the highest protection against ionomycin-induced stress, and they exhibited mild protective effects against staurosporine as well. These findings suggest that MANF and CDNF variants might have a role in maintaining intracellular calcium homeostasis. However, it is possible that staurosporine induces ER stress as well, which would explain the protection conferred by the protein variant. We report that the CDNF variant mediates higher protection at lower concentrations compared to the MANF variant in every toxin assay, whereas the MANF variant mediates higher protection at the highest tested concentration compared to the CDNF variant. We also show that the CDNF variant-mediated protection against staurosporine-induced stress peaked at lower concentrations, and the highest concentration provided distinctively lower, yet significant effect. These data lead us to hypothesize that the protein variants may have a slightly different mode of action, and that they might provide an additive effect when administered simultaneously. We tested a combination of MANF and CDNF variants in cells treated with tunicamycin, ionomycin and staurosporine. However, the combination treatment did not increase the viability more than MANF and CDNF variants independently did. The results answered our questions as well as raised new ones. In the future, the putative calcium-regulating effects of the protein variants should be investigated. The UPR-modifying effects of the drug candidates and toxins need to be assessed by quantifying changes in the UPR marker mRNA and protein expression levels. If it is revealed that the variants have a different mode of action, the possible additive protective effects must be assessed. Finally, a wider toxin panel is needed to fully explore the potential of MANF and CDNF variants in ALS treatment. This study demonstrates the potential of MANF and CDNF variants in protecting motoneurons against several pathological pathways contributing to ALS pathology. However, the mechanisms of action of the variants need further investigation to fully understood their therapeutic potential.
  • Kyllönen, Simo (Helsingin yliopisto, 2021)
    Pään trauman seurauksena syntyvä aivovamma on kliinisesti merkittävä invaliditeetin ja kuolleisuuden aiheuttaja maailmanlaajuisesti. Kallonmurtuman merkitys traumaattisia aivovammoja komplisoivana tekijänä on tunnettu. Samaan aikaan trendinä länsimaissa on väestön ikääntyminen, ja traumaattisen aivovamman saaneiden potilaiden kohdalla iän tiedetään olevan itsenäinen ennustetta heikentävä tekijä. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli tarkastella täysi-ikäisistä kallonmurtumapotilaista koostuvaa aineistoa. Tutkimuksessa verrattiin miten ikääntyneemmät potilaat eroavat nuoremmasta vertailuryhmästä aivovammojen ja muiden liitännäisvammojen osalta. Lisäksi vertailtiin eri vammamekanismien ja muiden taustatekijöiden eroavaisuuksia ryhmien välillä. Tutkimuksen aineisto koottiin retrospektiivisenä potilasasiakirjatutkimuksena Helsingin yliopistollisen keskussairaalan (HYKS) traumakeskuksessa, Töölön tapaturma-asemalla, vuosina 2013-2018 hoidetuista potilaista, joilla oli diagnosoitu kallonmurtuma. Aineisto käsitti 526 potilasta. Potilaiden keski-ikä oli 51,4 vuotta. Miesten osuus oli 78,5 %. 60-vuotiaita ja tätä vanhempia oli 37,3 % potilaista, 41,0 % aivovamman saaneista, ja 66,7 % menehtyneistä. Potilaista 420:lla todettiin myös kallonsisäinen vamma, ja näistä 60 menehtyi. Kallonmurtuma ilman kallonsisäistä vammaa oli 106 henkilöllä, ja tässä ryhmässä kuolleita ei ollut. Vammamekanismien osalta samalla tasolla kaatuminen oli selvästi yliedustettuna iäkkäämpien vertailuryhmässä. Vaikka näihin assosioitui ampumavammoja lukuun ottamatta suurin kallonsisäisen vamman esiintyvyys, oli kuolleisuus portaissa kaatuneiden ja liikenneonnettomuudessa loukkaantuneiden keskuudessa yleisempää. Tämän pääteltiin johtuvan kliinisesti merkittävistä muista liitännäisvammoista, jotka komplisoivat potilaan hoitoa ja heikentävät ennustetta. Tämän tutkimuksen perusteella erityisesti aivovamman esiintymistä kallonmurtuman yhteydessä voidaan pitää kliinisesti merkittävänä kuolleisuuden aiheuttajana pään trauman saaneilla potilailla. Traumapotilaiden huolellinen diagnostiikka pään vammojen osalta, vammamekanismista riippumatta, on tärkeässä roolissa osana moniammatillista työskentelyä.
  • Sokka, Laura (Helsingin yliopisto, 2021)
    Lactase is a digestive enzyme, and its principal function is to break down lactose, a disaccharide found in milk. The main site for lactase expression is the intestines, however, it is also expressed in other tissues, including the brain. Because the primary substrate, lactose, is not present in the central nervous system, it can be assumed that lactase serves another function besides lactose breakdown outside the digestive system. In C57BL/6NCrl mice, lactase expression is higher in the ventral hippocampus after chronic social defeat stress in comparison to controls. This suggests that lactase expression is to some extent affected by stress. Although lactose metabolism is only necessary for mammals, some other animals – including the zebrafish (Danio rerio) – possess a gene that codes for lactase. Research on the zebrafish lactase gene is scarce, and the expression pattern of its two transcripts, the primary lct-201 and the secondary lct-202, is not known. This study focused on measuring lactase expression in adult wild type zebrafish – both on the gene and on the protein level as enzymatic activity. The effect of stress on lactase expression was also examined by applying two different stress models: netting handling stress as a form of physiological stress, and chronic social defeat as a model for psychosocial stress. Real-time polymerase chain reaction (q-RT-PCR) showed lct-201 expression in all five tissues investigated in this study – the forebrain, the mid-hindbrain, higher intestines, lower intestines, and skeletal muscle, whereas lct-202 was only expressed in the higher and lower intestines. The expression level of lct-201 in the muscle was only fifth of that in the lower intestines. Lactase activity assay on the whole brain and whole intestines displayed enzymatic activity in both tissues, with the activity in the intestines being more than seven-fold compared to the brain. q-RT-PCR on both stressed and control fish whole brain and intestines revealed higher lactase expression in the stressed fish intestines, however, the effect was only seen with a primer pair targeting both transcripts simultaneously, and not for either of them separately. Lactase expression was on average approximately 40 % higher in physiologically and 55 % higher in psychosocially stressed fish in comparison to their respective controls. Neither physiological nor psychosocial stress affected lactase expression in the brain. These findings suggest that the two zebrafish lactase transcripts have distinct expression patterns, which might imply different functional roles for lct-201 and lct-202. Furthermore, these results indicate that lactase is expressed in the zebrafish brain, suggesting that it has a specific function in the central nervous system. Based on the findings in this study, lactase gene expression might be connected to experienced stress – both physiological and psychosocial.
  • Olkkola, Aleksi (Helsingin yliopisto, 2019)
    Tutkimuksen tausta: Ibrutinibi on Brutonin tyrosiinikinaasin inhibiittori, jota käytetään kroonisen lymfaattisen leukemian (KLL), Waldenströmin makroglobulinemian, erilaisten lymfoomien ja kroonisen käänteishyljintäsairauden hoidossa. Se on tehokas etenkin KLL:n hoidossa, mutta sen käyttöä rajoittaa lääkityksen korkea hinta. Ibrutinibilla on pieni oraalinen biologinen hyötyosuus lähinnä merkittävän ensikierron metabolian vuoksi. Veritautia sairastavat potilaat ovat alttiita saamaan syviä sieni-infektioita niin itse taudin kuin sen hoitojenkin vuoksi. Sieni-infektioiden ehkäisy ja hoito ibrutinibia käyttävillä potilailla on kuitenkin ongelmallista, koska ibrutinibi on herkkä CYP3A4- välitteisille lääkeyhteisvaikutuksille ja suun kautta otettavat sienilääkkeet estävät kyseistä entsyymiä. Tutkimuksen tarkoitus oli selvittää sieni-infektioiden hoidossa käytetyn itrakonatsolin vaikutus ibrutinibin farmakokinetiikkaan ja voisiko lääkkeiden interaktiota käyttää hyväksi. Menetelmät: Kyseessä oli randomoitu, kaksivaiheinen, plasebokontrolloitu crossover-tutkimus. Tutkimukseen valittiin 11 tervettä ja tupakoimatonta vapaaehtoista miestä. Tutkittaville annettiin joko plaseboa tai 200 mg itrakonatsolia ensimmäisenä päivänä klo 8 ja 20 ja päivinä 2-4 klo 8. Kolmantena päivänä tutkittavat saivat joko 140 mg ibrutinibia plasebovaiheessa tai 15 mg ibrutinibia itrakonatsolivaiheessa noin tunti aamupalan jälkeen klo 9. Tutkittavista otettiin laskimoverinäytteitä säännöllisin väliajoin. Tulokset: Itrakonatsoli kymmenkertaisti altistumisen ibrutinibille verrattuna plaseboon. Lisäksi itrakonatsoli vähensi merkittävästi ibrutinibin pitoisuuksien vaihtelua yksilöiden välillä. Johtopäätökset: Ibrutinibin ja itrakonatsolin yhteiskäyttö voisi olla keino vähentää merkittävästi ibrutinibihoidon kustannuksia ja vaihtelua ibrutinibin pitoisuuksissa yksilöiden välillä. Lisäksi itrakonatsoli voisi tarjota samalla suojaa syviä sieni-infektioita vastaan.
  • Talvio, Karo; Kanninen, Katja; White, Anthony; Koistinaho, Jari; Castrén, Maija (Helsingin yliopisto, 2021)
    Biometalleilla on merkittävä rooli solujen ja kudosten toiminnassa. Ne ovat monen entsyymin toiminnassa elintärkeitä, mutta toisaalta solut pyrkivät pitämään niiden pitoisuudet tarkoissa rajoissa. Metallin yli- tai alimäärä voi joko itsessään vaikeuttaa solujen normaalia toimintaa tai olla merkki epätavallisesta metaboliasta. Fragile X-oireyhtymä on monogeeninen kehitysvammaisuutta aiheuttava perinnällinen sairaus, joka johtuu FMRP-proteiinin puutoksesta. Oireyhtymä on mahdollisesti yleisin periytyvän autismin syy. 23 metallin kudospitoisuudet mitattiin Fragile X-oireyhtymää mallintavan hiirimallin ja kontrollihiirten pikkuaivoista, isoaivokuorelta, maksasta, sydämestä ja pernasta induktiivisesti kytketty plasma -massaspektrometrillä. Seitsemän metallin – Cu, Fe, K, Mg, Mn, Na ja P – pitoisuudet olivat mittausrajan yläpuolella. Hiirimallin sydämen ja pikkuaivojen rautapitoisuudet olivat korkeampia kuin kontrollihiirten vastaavista kudoksista mitatut arvot. Löydösten merkitsevyydet olivat kuitenkin statistisesti raja-arvoisia. PCA-analyysi vahvisti käsitystä muuttuneesta metallihomeostaasista hiirimallin sydämessä, ja toisaalta Fragile X-oireyhtymän aiheuttavan FMRP-proteiinin mutaatiot on aiemmin liitetty ihmisillä pikkuaivojen rautakertymiin. Tutkimus kärsii pienen näytemäärän takia alhaisesta voimasta, mutta rautamuutokset sopivat aiemmin kuvattuun FMRP-proteiiniin liitettyyn inflammaatioon. Tässä tutkimuksessa sekä aiemmissa julkaisuissa kuvattu biometallien epätasapaino edellyttää lisätutkimusta aiheesta, sillä metalleja sisältäviä lisäravinteita kokeillaan usein hoidoksi hermoston kehityshäiriöissä.
  • Tattari, Saara (Helsingin yliopisto, 2021)
    Limakalvopemfigoidi on harvinainen suun limakalvon rakkulatauti, jonka hoito riippuu taudin vaikeusasteesta. Lievä tautimuoto esiintyy suun limakalvoilla ja välillä myös iholla. Tämän kirjallisuuskatsauksen tarkoituksena oli selvittää, mitkä lääkkeet ovat tehokkaimmat lievän tautimuodon hoidossa. Tämä systemaattinen kirjallisuuskatsaus tehtiin PRISMA (Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses) protokollan mukaisesti. Suoritimme kirjallisuushaun käyttäen kolmea elektronista tietokantaa. Rajasimme haun ajalle 1.1.2000–31.12.2020. Valituissa artikkeleissa tutkittuja potilaita täytyi olla vähintään viisi ja heidän diagnoosinsa tuli olla varmistettu sekä kliinisesti että immunofluoresenssitutkimuksella. Tähän systemaattiseen kirjallisuuskatsaukseen hyväksyttiin seitsemän tutkimusta, jotka sisälsivät 110 potilasta. Eniten käytetty hoitomuoto lievässä tautimuodossa oli paikallinen erityisen vahva kortikosteroidi tai takrolimuusi yhdistettynä sienilääkkeeseen ja klooriheksidiinigeeliin tai -suuveteen. Lusikassa annosteltuna lääke saatiin kohdennettua hyvin etenkin ienleesioihin. Jos limakalvopemfigoidi oli etenevä, hoitoon lisättiin systeeminen lääkitys, joka yleisimmin oli glukokortikoidi yhdistettynä muuhun immunosuppressiiviseen lääkitykseen. Pitkään jatkuva immunosuppressiivinen lääkehoito voi kuitenkin aiheuttaa monia vakavia haittavaikutuksia, mikä rajoittaa näiden lääkkeiden käyttöä. Suonensisäinen immunoglobuliinihoito (IVIg) oli tehokas ja hyvin siedetty hoitovaihtoehto nopeasti etenevän tai hoitoon vastaamattoman limakalvopemfigoidin hoidossa. Hyvä suuhygienia yhdistettynä lusikassa annosteltuun paikalliseen immunosuppressiiviseen lääkitykseen oli eniten käytetty hoitomuoto lievän tautimuodon hoidossa. Paikallishoitoon vastaamattoman limakalvopemfigoidin hoidossa tarvitaan lisäksi systeemistä lääkitystä. Uusia satunnaistettuja, kaksoissokkoutettuja ja lumekontrolloituja tutkimuksia tarvitaan, jotta voidaan luotettavasti selvittää tehokkaimmat lääkkeet lieväasteisen suun limakalvopemfigoidin hoitoon.
  • Huuskonen, Antti (Helsingin yliopisto, 2021)
    Non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) is a growing epidemic in the Western world. It covers a spectrum from simple steatosis to non-alcoholic steatohepatitis (NASH) and cirrhosis. Only a small fraction of patients with NAFLD develop advanced liver disease. We wished to determine whether NAFLD is familial based on review of literature and set up a study to examine index patients and their first degree relatives. The participants underwent a detailed survey of family history and clinical examination. We used transient elastography (TE) as well as magnetic resonance elastography (MRE) to non-invasively measure liver fibrosis. So far we have studied three families in which the index patient had liver cirrhosis due to NAFLD or the index had undergone a liver transplantation due to NAFLD cirrhosis. The review of the literature suggests NAFLD is familial and only 10-30% of its genetic causes have been identified. Our goal is to continue study NAFLD families and to identify new genes underlying NAFLD cirrhosis.
  • Kokko, Ilkka (Helsingin yliopisto, 2021)
    Koronaviruksen aiheuttama tauti on vaarallinen erityisesti iäkkäille ja monisairaille. Lapsilla koronavirustartunta on yleensä lieväoireinen ja merkittävä määrä tartunnan saaneista on myös oireettomia. Myös lapset voivat kuitenkin sairastua tautiin vakavasti. Yleisimmät taudin oireet lapsilla ovat kuume ja yskä. Koronavirustartuntaan liittyen lapsilla on myös kuvattu jälkitautina hyperinflammatorista oireyhtymää, joka vaatii sairaalahoitoa ja johtaa jopa puolella potilaista tehohoitoa vaativaan sydämen vajaatoimintaan. Tutkimuksemme tavoitteena oli selvittää HUS-alueen alle 18-vuotiaiden koronavirustartuntojen oirekuvaa, sairaalahoidon tarvetta, taudin komplikaatioita ja tartunnan lähteitä. Tutkimus suoritettiin retrospektiivisenä rekisteritutkimuksena käyttäen HUS-tietokantoja. Tutkimuksen perusteella yleisimmät lasten koronavirustartunnan oireet olivat kuume ja hengitystieoireet. Muita oireita esiintyi selkeästi vähemmän. Komplikaatioita esiintyi vähän ja ne olivat yleensä lieviä. Tutkimuspotilaista yksi sai komplikaationa hyperinflammatorisen oireyhtymän. Kolme lasta oli koronaviruksen aiheuttaman taudin tai sen komplikaation vuoksi sairaalahoidossa. Yksikään tutkimusaineiston potilaista ei menehtynyt tautiin. Tartunnan lähde oli valtaosalla oman perheen aikuinen. Tulokset vastasivat suurelta osin aiempia tutkimustuloksia lasten koronavirustartunnoista. Tartunnan lähteiden selkeä painottuminen aikuisiin viittaa siihen, että koulut ja päiväkodit ovat vähemmän merkittäviä viruksen leviämisen suhteen. Tutkimustulokset perustuvat pandemian alkuvaiheeseen eivätkä siten kuvasta uusien virusmuunnosten käyttäytymistä. Lisää tutkimusta tarvitaan tulosten vahvistamiseen.
  • Hämäläinen, Ella (Helsingin yliopisto, 2021)
    Objectives. Preterm infants spend the beginning of their lives in newborn intensive care units (NICU). The sound environment preterm infants experience in NICU differs from the typical one in uterus. It is known that the sound environment in the early stages of life affects in preterm infants language development which is why the research of the early sound environment is important. Language Environment Analysis system (LENA) is an automated tool for recording and analysing language environments. The objective of this study is to evaluate the validity of LENA system in Finnish speaking and NICU environments. LENA system gives automatically values for following variables: male and female words, total of adult words, vocalizations, conversational turns and silence. Values given by LENA system will be compared with human coder estimates. The validity of LENA system has not been studied inclusively in NICU and there is only few studies in Finnish speaking environment. This master's thesis is part of the LangLENA study and some of the data analyzes performed in this work were used as a reliability analysis in an already published article that evaluates the validity of LENA system (Ståhlberg‐Forsén, ym., 2021). Methods. Research material of this master´s thesis consisted of 30 minute recordings from four children. Recordings had been gathered by LENA system in NICU. 30 minute recordings were picked from a longer material by using parental closeness diaries to ensure parents speak in the recordings. Research material was collected in LangLENA research project. Human coder and LENA estimates agreements were compared by calculating intraclass correlation values ICC (3,1) for every variable. Results and conclusions. According to this research it seemed that LENA system provides valid information from total number of adult and male words in Finnish NICU environment but the information on female words, vocalizations, conversational turns and silence is not valid. Due to the small amount of data, the results of the study cannot be generalized. However according to this and former studies it seems that LENA system is a valid method to examinate the amount of adult speak in Finnish environment but not a valid method to examinate the amount of vocalizations, conversational turns and silence in NICU environment.
  • Laukkanen, Liina (Helsingin yliopisto, 2021)
    This study investigated the in vitro and in vivo effects of direct angiotensin II (ANG) receptor type 2 (AGTR2) agonist Compound 21 (C21). The blockade of ANG receptor type 1 (AGTR1) by AGTR1 antagonists has long been associated with antidepressant and anxiolytic effects. Furthermore, it has been suggested that the therapeutic effects of the AGTR1 antagonists are partially dependent on enhancing the signaling through neuroprotective AGTR2. This suggests that as a specific AGTR2 agonist C21 could be used as a potential therapeutic tool to treat mood disorders that would greatly benefit from new effective treatments. Brain-derived neurotrophic factor (BDNF) is a neurotrophic that binds to tropomyosin receptor kinase B (TRKB). This study aimed to test how C21 affects BDNF:TRKB signaling that has been shown to regulate the therapeutic effects of different antidepressants that act on mood disorders. In vitro effects of C21 on BDNF:TRKB signaling were investigated with ELISA in the cortical cell cultures. Acute AGTR2 stimulation significantly elevated the amount of surface TRKB whereas a prolonged treatment of C21 for three consecutive days induced activation of TRKB. Similarly, combined treatment of C21 and a non-therapeutic treatment of BDNF induced TRKB activation, further linking the AGTR2 stimulation by this compound to the BDNF:TRKB signaling. In vivo effects of C21 on conditioned and unconditioned fear were investigated in mice by using contextual fear conditioning and elevated plus-maze (EPM) respectively. The therapeutic effect of C21 protected mice from conditioned fear but failed to provide similar results for unconditioned fear in the EPM. Interestingly, these stress-protective effects of AGTR2 stimulation were lost in the BDNF-deficient animals. To conclude, AGTR2 stimulation by C21 elevates the amount of surface TRKB that enhances the BDNF:TRKB signaling similar to antidepressants, which further leads to the therapeutic, stress-protective effects. Furthermore, these AGTR2-induced effects were absent without exposure to stress or when BDNF was diminished, indicating that both fear conditioning and BDNF are crucially involved. This study suggests that the AGTR2 is indeed a potential therapeutic target for treating mood disorders, and that in the future C21 could be translated for this use. To achieve this result, the cell types that regulate this effect need to be identified.
  • Koivuholma, Anne; Aro, Katri; Mäkitie, Antti; Salmi, Mika; Mirtti, Tuomas; Hagström, Jaana; Atula, Timo (Helsingin yliopisto, 2021)
    Lääketieteessä kuvantamistutkimuksissa hyödynnetään usein kolmiulotteista (3D) mallintamista, jotta tutkittava kohde pystyttäisiin hahmottamaan yksiselitteisemmin. Sen sijaan histopatologiassa kaksiulotteinen (2D) esittämistapa on edelleen vallitseva tapa ilmoittaa esimerkiksi poistetun kasvaimen leikkausmarginaalit. Tutkimuksemme tarkoitus oli esittää leikkauksessa poistetun pehmytkudosresekaatin sisällä olevan kasvaimen dimensiot ja siitä tehtyjen histologisten leikkeiden sijainnit 3D muodossa luomalla resekaatista ja sen leikkeistä digitaalinen 3D-malli. Kehittelimme menetelmän käyttäen yleisesti saatavilla olevia instrumentteja keskittyen kielen levyepiteelikarsinooman mallintamiseen. Loimme menetelmän tunnistamalla ja ratkomalla ongelmia, jotka liittyivät histologisten leikkeiden leikesuuntien valintaan, joka aiemman kirjallisuuden perusteella on ollut keskeinen haaste pehmytkudosresekaatin 3D-mallin luomisessa. Tavanomaiseen resekaatin käsittelyyn verrattuna lisävaiheita olivat ainoastaan leikkausresekaatin skannaaminen ennen histopatologisten leikkeiden keräämistä sekä itse karsinooman mallintaminen digitaaliseksi. Nämä lisävaiheet vaativat ainoastaan 3D pöytäskannerin ja 3D mallinnusohjelmiston. Työssä esittelemme leikkausresekaatin ja histopatologisten leikkeiden mallintamiseen liittyviä haasteita ja niille kehittämiämme ratkaisuja. Työn tuloksena esittelemme valmiin 3D-mallin kielen levyepiteelikarsinooman leikkausresekaatista ja sen sisällä olevasta varsinaisesta kasvaimesta sekä digitaalisena mallina että puoliläpäisevänä valumallina (3D-tuloste). Kuvaamme työssä myös työvaiheet, jotka vaaditaan 3D-mallin luomiseksi. Julkaisuhetkellä tietääksemme työmme on ensimmäinen yritys esittää kielikasvaimen histopatologiset marginaalit 3D muodossa, kun aiemmin vain 2D muoto on ollut saatavilla. 3D-mallin luominen metodillamme ei vaadi ennalta määrättyjä leikesuuntia. Metodimme tarjoaa yksiselitteisemmän ja selkeämmän tavan havainnollistaa kasvaimen marginaalit, topografia ja orientaatio. Metodiamme voitaisiin tulevaisuudessa käyttää työkaluna postoperatiivisessa arvioinnissa sekä adjuvanttihoitojen suunnitelussa.
  • Kuukasjärvi, Anna (Helsingin yliopisto, 2021)
    Dystoniat ovat ryhmä harvinaisia liikehäiriötä, joihin kuuluu lihasten tahaton pitkäkestoinen tai ajoittainen supistuminen, mikä puolestaan johtaa epänormaaleihin, usein toistuviin, liikkeisiin ja kehon asentoihin. Dystoniat voivat esiintyä isoloituina, mutta voivat myös liittyä muihin häiriöihin, kuten parkinsonismiin tai myoklonukseen. Etiologiset tekijät dystonioiden taustalla ovat monimutkaisia ja osin tuntemattomia. Tunnistetut geneettistä dystoniaa aiheuttavat geenit vaikuttavat moniin eri biologisiin prosesseihin, kuten esimerkiksi välittäjäaine dopamiinin signalointiin. Uuden sukupolven sekvensointimenetelmien myötä dystonioiden taustalla olevien geenimuutosten kartoittaminen on edistynyt merkittävästi ja uusia dystoniageenejä on löydetty runsaasti. Tästä huolimatta useilla geneettistä dystoniaa sairastavilla potilailla ei ole vielä tarkkaa geneettistä diagnoosia. Raportoimme suuren suomalaisen vallitsevasti periytyvää nuoruusiässä alkavaa dystonia-vapina-häiriötä sairastavan perheen geneettisen taustan. Koko eksomin sekvensoinnilla löysimme heterotsygoottisen inosiinimonofosfaattidehydrogenaasi (IMPDH) proteiinia koodaavan IMPDH2-geenin nonsense-mutaation, jonka Sanger sekvensoinnilla vahvistimme segregoituvan perheessä. Tutkimalla potilaiden ihokoepaloista peräisin olevia fibroblasteja, indusoituja pluripotentteja kantasoluja sekä neuronisuuntaan erilaistettuja soluja, totesimme IMPDH2 transkriptin sekä IMPDH proteiinimäärän aleneman. IMPDH on ensimmäinen ja reaktionopeutta rajoittava entsyymi guaniininukleotidien de novo synteesissä. Guaniininukleotideista valmistetaan tetrahydrobiopteriinia (BH4), joka puolestaan toimii tärkeänä kofaktorina dopamiinin biosynteesissä. Kyseinen metaboliareitti on aikaisemminkin liitetty lapsuudessa tai nuoruudessa alkavaan dystoniaan. IMPDH2 on uusi geeni nuoruusiässä alkavien dystonioiden muodostamaan tautikokonaisuuteen. Tulokset alleviivaavat guaniinimetabolian, dopamiinin ja dystonian välistä yhteyttä.
  • Virtamo, Ella (Helsingin yliopisto, 2021)
    Juurihoidon tavoitteena on juurikanavien infektion eliminaatio sekä mikro-organismien ja kudosnesteiden pääsyn esto juurikanaviin. Tämä saavutetaan kemomekaanisella preparoinnilla ja juurikanavien tiiviillä täytöllä. Nykyään käytetään yleisimmin täyttömateriaaleina guttaperkkanastojen ja endodonttisen sealerin yhdistelmää. Sealerin päätehtävänä on täyttää guttaperkkanastojen ja dentiiniseinämän välille jäävät aukot sekä guttaperkkanastojen välille jäävä tila. Koska sealerit voivat joutua periapikaalisten kudosten kanssa kosketuksiin, sealereiden tulisi olla mahdollisimman kudosystävällisiä. Tämän lisäksi olisi toivottavaa, että sealerit olisivat antimikrobiaalisia, mahdollisimman vähän kudosnesteisiin liukenevia, tarpeeksi radio- opaakkeja näkymään röntgenkuvissa ja mahdollisimman helppokäyttöisiä. Tämän tutkielman tavoitteena on vertailla markkinoilla olevien sealereiden sytotoksisuuksia, teknisiä ominaisuuksia ja käyttöön liittyviä tekijöitä. Tarkoituksena on selventää sealereiden vaikutusta lähikudoksiin kemiallisella tasolla sekä käydä läpi eri sealertyyppien koostumuksia. Tutkielma on toteutettu kirjallisuuskatsauksena. Aineistona käytetyt rewiew-artikkelit ovat haettu PubMedistä hakusanoilla ”root canal sealer cytotoxic zinc oxide eugenol”, ”root canal sealer cytotoxic epoxy resin”, ” root canal sealer cytotoxic calcium hydroxide”, ” root canal sealer cytotoxic methacrylate”, ” root canal sealer cytotoxic mta” ja ” root canal sealer cytotoxic silicone”. Käytetyt artikkelit on julkaistu 2000-luvulla. Tutkielmassa on huomioitu vain ihmissoluilla tehdyt tutkimukset ja käsitellään vain markkinoilla jo olevia sealereitä, ei kehitteillä olevia. Tutkielmassa on käytetty lähteenä myös Textbook of Endodontologyä (Bergenholtz, Hørsted-Bindsley, Reit, 2009). (190 sanaa)
  • Wagner, Patrick (Helsingin yliopisto, 2021)
    Abstract will be sent separately
  • Cai, Yuhua (Helsingin yliopisto, 2021)
    This article-based dissertation aims to understand by means of mathematical models how organisms evolutionarily respond to fluctuations in the environment. It uses the approach of adaptive dynamics to study the long-term evolution of phenotypic strategies in an environment that fluctuates in time because of biotic interactions and/or external factors. The dissertation demonstrates how this approach can reveal clear-cut explanations for complex environment-phenotype relationships by one general method-oriented article and two case studies in two additional articles. In the first article, I show that under the standard assumptions of adaptive dynamics, in particular mutation-limited evolution and small mutation steps, the generic dynamics of the resident-invader population in fluctuating environments can be fully characterized in terms of the behaviour near the boundaries of population state space, which in turn can be determined by the invasion criteria. This generalizes previous results for unstructured populations in a constant environment, which is important because it justifies the use and interpretation of various methods in the theory of adaptive dynamics for a significantly larger class of ecological situations that include fluctuating environments and structured populations. The two case studies are applications of the classification of invasion outcomes to explore the long-term evolutionary consequences of many successive invasion events. In the first case study, I investigate the evolution of the irreversible transition from a free-swimming state to an immobile sessile state as seen in many aquatic invertebrates. To this end, I study the adaptive dynamics of the settling rate of a hypothetical microorganism onto the wall of a chemostat with a fluctuating nutrient availability. The results show that different dilution rates and spatial competition mechanisms, as well as different frequencies of the nutrient fluctuations, have qualitatively different effects on the evolution of the settling rate as well as on species diversity. The model generates several hypotheses for further empirical studies. In the second case study, I investigate the evolution of the colonization rate in an extended competition-colonization model with ownership effects and stochastically varying mortality rate. I find that the strength of the trade-off, ownership effect and fluctuation intensity all have a non-monotonic effect on the emergence of species diversity via evolutionary branching. In particular, intermediate disturbance---as measured by the fluctuation intensity of the mortality rate---promotes evolutionary branching and hence the emergence of polymorphisms. This provides new evidence for the intermediate disturbance hypothesis. I also find that there can be multiple evolutionary attractors for polymorphic populations, each with its own basin of attraction. Consequently, random mutation-induced transition of coevolutionary trajectories between neighbouring basins of attraction makes the long-term evolutionary outcome uncertain. By means of these examples, the dissertation demonstrates that the approach of adaptive dynamics is a powerful tool for untangling the connection between environmental changes and adaptive strategies.
  • Ronimus, Dan (Helsingin yliopisto, 2021)
    Liikennehankkeiden suunnittelussa on 1960-luvulta lähtien hyödynnetty kustannus-hyötyanalyysiin perustuvaa vaikutusten arviointia, jonka käytännöt ovat merkittävästi ohjanneet sitä, millaisia väyliä ja millainen liikennejärjestelmä Suomeen on rakennettu. Tutkimuksen tavoitteena on tutkia, miten kustannus-hyötyanalyysi omaksuttiin liikennesuunnittelun lähtökohdaksi sekä miten vaikutusten arvioinnin käytännöt ovat vuosikymmenten aikana muuttuneet. Suomalainen yhteiskunta on 2020-luvulla hyvin erilainen kuin 60 vuotta sitten, mutta tuolloin omaksuttu kannattavuuslaskenta on edelleen väylähankkeiden suunnittelun keskeisin työkalu. Tutkimuksessa selvitetäänkin, miksi kustannus-hyötyanalyysin asema on pysynyt näin vakaana yhteiskunnan kehittyessä. Metodiikaltaan kyseessä on historiallinen tutkimus, jonka aineisto koostuu liikenneviranomaisten tuottamista alkuperäislähteistä, kustannus-hyötyanalyysia käsittelevästä aikalaiskirjallisuudesta ja liikenteen kysymyksiin pureutuvista lehtijulkaisuista. Kirjallisuus muodostuu niin suomalaisen liikennesuunnittelun kuin yhteiskunnankin kehitysvaiheita selvittäneistä teoksista sekä tarkemmin vaikutusten arviointiin pureutuvista tutkimuksista. Historiallista otetta tarkennetaan teoreettisen viitekehyksen avulla. Historiallinen institutionalismi ja siihen kytkeytyvä polkuriippuvuusteoria auttavat ymmärtämään yhteiskunnallisten ilmiöiden pysyvyyden ja muutosten välistä suhdetta. Nykymuotoinen liikennesuunnittelu syntyi sotien jälkeisinä vuosikymmeninä, jolloin Suomen yhteiskuntarakennetta uudistettiin voimakkaasti. Uudenlaisen yhteiskunnan lähtökohdaksi otettiin kaiken toiminnan tehokkuus. Vanhoihin suunnittelukäytäntöihin tyytymättömät tieviranomaiset omaksuivat vaikutusten arvioinnin lähtökohdaksi tehokkuusajattelua puhtaimmillaan edustavan kustannus-hyötyanalyysin, johon sisällytetyt arvotukset ovat siitä lähtien määrittäneet sujuvuuden liikenteen keskeisimmäksi tavoitteeksi. Sittemmin merkittävimmin liikenteeseen kytkeytyviä yhteiskunnallisia teemoja ovat olleet liikenneturvallisuus ja ympäristö. Turvallisuustavoitteet onnistuttiin yhdistämään sujuvuutta painottaneeseen suunnitteluun jo 1970-luvulla, mutta ympäristökysymykset ovat vaikuttaneet suunnittelukäytäntöihin hyvin hitaasti vasta 1990-luvulta alkaen. Liikenneviranomaiset kehittivät sotien jälkeen uudenlaisen suunnittelujärjestelmän, joka saavutti nopeasti vakaan aseman sujuvuuteen tähtäävän liikenteen rakentajana. Vastaava ministeriö on läpi vuosikymmenten priorisoinut liikenteen taloudellisuuteen ja tehokkuuteen liittyvät tavoitteet muiden vaikutusten edelle. Vaikutusten arvioinnista ministeriö on rakentanut vahvan instituution, jota merkittävätkään yhteiskunnalliset ilmiöt eivät ole kyenneet juuri muuttamaan. Etenkin julkisen keskustelun keskiöön 2000-luvulle tultaessa nousseet ympäristötavoitteet on ministeriössä ja sen alaisuudessa toimivissa virastoissa jätetty liikenneväylien ja -järjestelmän käytännön suunnittelussa toistaiseksi sivuosaan.
  • Hakala, Anna (Helsingin yliopisto, 2021)
    The Master´s thesis examines the conceived value patterns the city officials use in the context of land-use regulation of small forest fragments. As a theoretical framework, the study utilises Boltanski and Thévenot´s theory on the common worlds with complementary literature, such as Thévenot’s cognitive formats and engagements. In light of extensive scientific research, urban greenspaces have multiple positive impacts to both urban structure and wellbeing of the residents. Small greenspaces, so-called forest fragments with no appointed recreational activities are, nevertheless, often presented as potential sites for infill construction. This appears especially in cities where strong population growth causes pressure for urban development. This Master´s thesis complements existing research in this regard by revealing the diversity of valuation that form the basis to differing interests, perspectives and decisions that direct urban land-use policy in these forest fragments. The empirical phase has been conducted among city officials in the City of Espoo (FI), who represent different operative units and positions. The analysis was conducted through an exploratory and semiquantitative Q methodology. In the study, the respondents (N=27) validated statements (Q=35) related to planning decisions on small forest fragments. The factor extraction was conducted by principal component analysis. The seven analysed factors form consistent value patterns, which may be used when describing and interpreting the justification of urban planning regulation in forest fragments. In each individual value pattern, either valuation of the local landscape, public good or personal advantage is emphasised. From the common worlds, argumentation based on the industrial or the market worlds highlight personal affinity, whereas, for instance, the civic or the domestic world form a basis for argumentation on social values and the common good. Human-centred biophilia is the most explanatory of the value patterns. Based on the valuation, forest fragments are seen as an integral part of the urban structure especially due to their cultural ecosystem services, such as recreational possibilities, effect on residents´ environmental consciousness and stability of the local landscape.
  • Page, Mathew (Helsingin yliopisto, 2021)
    Tiivistelmä – Referat – Abstract With rising income inequalities and increasing immigration in many European cities, residential segregation remains a key focus for city planners and policy makers. As changes in the socio-spatial configuration of cities result from the residential mobility of its residents, the basis on which this mobility occurs is an important factor in segregation dynamics. There are many macro conditions which can constrain residential choice and facilitate segregation, such as the structure and supply of housing, competition in real estate markets and legal and institutional forms of housing discrimination. However, segregation has also been shown to occur from the bottom-up, through the self-organisation of individual households who make decisions about where to live. Using simple theoretical models, Thomas Schelling demonstrated how individual residential choices can lead to unanticipated and unexpected segregation in a city, even when this is not explicitly desired by any households. Schelling’s models are based upon theories of social homophily, or social distance dynamics, whereby individuals are thought to cluster in social and physical space on the basis of shared social traits. Understanding this process poses challenges for traditional research methods as segregation dynamics exhibit many complex behaviours including interdependency, emergence and nonlinearity. In recent years, simulation has been turned to as one possible method of analysis. Despite this increased interest in simulation as a tool for segregation research, there have been few attempts to operationalise a geospatial model, using empirical data for a real urban area. This thesis contributes to research on the simulation of social phenomena by developing a geospatial agent-based model (ABM) of residential segregation from empirical population data for the Helsinki Metropolitan Area (HMA). The urban structure, population composition, density and socio-spatial distribution of the HMA is represented within the modelling environment. Whilst the operational parameters of the model remain highly simplified in order to make processes more transparent, it permits exploration of possible system behaviour by placing it in a manipulative form. Specifically, this study uses simulation to test whether individual preferences, based on social homophily, are capable of producing segregation in a theoretical system which is absent of discrimination and other factors which may constrain residential choice. Three different scenarios were conducted, corresponding to different preference structures and demands for co-group neighbours. Each scenario was simulated for three different potential sorting variables derived from the literature; socio-economic status (income), cultural capital (education level) and language groups (mother tongue). Segregation increases in all of the simulations, however there are considerable behavioural differences between the different scenarios and grouping variables. The results broadly support the idea that individual residential choices by households are capable of producing and maintaining segregation under the right theoretical conditions. As a relatively novel approach to segregation research, the components, processes, and parameters of the developed model are described in detail for transparency. Limitations of such an approach are addressed at length, and attention is given to methods of measuring and reporting on the evolution and results of the simulations. The potential and limitations of using simulation in segregation research is highlighted through this work.
  • Antila, Arttu (Helsingin yliopisto, 2021)
    Kaupungeissa on tunnistettu uudenlaista kansalaistoimintaa harjoittavia toimijoita, jotka eivät järjestäydy perinteisten yhdistysten tai järjestöjen kautta, vaan vapaamuotoisemmin neljännellä sektorilla. Tämä ilmiö ei ole käynnissä vain Suomessa, vaan samaan muutokseen on havahduttu myös kansainvälisesti. Kansainvälisessä kontekstissa ilmiö liitetään usein oikeus kaupunkiin – keskusteluun Henri Lefebvren innoittamana ja Suomessa ilmiöön liitetään yleensä keskustelut osallisuudesta. Kaupunkitapahtumat ovat yksi tämän ilmiön ilmentymismuodoista, ja tässä tutkielmassa keskitytäänkin niiden tutkimiseen. Tapaustutkimuksen kohteeksi on valittu viisi Helsingissä järjestettävää tapahtumaa: Ravintolapäivä, Siivouspäivä, Kallio Block Party, Arabian Katufestarit ja Mätäjokifestarit. Ravintolapäivä ja Siivouspäivä järjestetään myös muissa kaupungeissa, jopa ulkomailla asti, mutta tässä työssä keskitytään Helsingin tapaukseen. Tutkimuskohteeksi valittiin nämä viisi tapahtumaa, koska osa niistä edustaa kaupunkiaktivismin uutta aaltoa, kun taas osa on perinteisempiä tapahtumia. Tutkielmassa analysoidaan näitä ja vertaillaan niitä keskenään, sekä keskustellaan sen pohjalta neljännen sektorin käsitteestä. Tutkielma perustuu tapahtumien järjestäjien haastatteluihin ja on siis luonteeltaan laadullinen. Anthony Giddensin rakenteistumisteoriaa käytetään linssinä ymmärtää sitä, kuinka tapahtumat muotoutuvat ja kuinka niiden kautta on mahdollista kytkeytyä yhteiskuntaan. Tutkielmassa huomataan analyysin pohjalta, että tutkitut tapahtumat eroavat toisistaan monin tavoin. Niiden toiminta- ja organisoitumistavat sekä niihin liittyvän omistajuuden hajaumassa huomataan suuria eroja. Ravintolapäivä ja Siivouspäivä määritellään eräänlaiseksi osallistumisen alustaksi, jonka puitteissa osallistuvat kykenevät edistämään omia henkilökohtaiseen elämäänsä liittyviä pyrintöjä muilla elämänaloilla, esimerkiksi järjestöissä. Kallio Block Party ja Arabian Katufestarit määritellään fasilitoiduiksi tapahtumiksi, joissa tapahtumaorganisaatio näyttäytyy jykevämpänä, mutta joissa toiminta ei kuitenkaan jäsenny ensisijaisesti organisaation kautta. Mätäjokifestari on tapahtumista organisaatiokeskeisin, sen sijaitessa toimintatapojensa ja organisaatiomallinsa puolesta tukevasti kolmannella sektorilla. Tapahtuma määritettiin työssä keskusohjatuksi. Näiden tyypittelyiden lisäksi sovellettiin Giddensin rakenteistumisteoriaa sen ymmärtämisessä minkälaisissa prosesseissa tapahtumat rakenteistuvat. Tapahtumien luonteen muotoutumiseen näyttäisikin vaikuttavan sääntöjä ja resursseja, joita aineistosta tunnistetaan, jotka vaikuttavat siihen miten tapahtumien kanssa ollaan vuorovaikutuksessa. Giddensin rakenteistumisteoria tarjoaa myös näkökulman osallisuuteen, kun huomataan kuinka eri tapahtumien puitteissa toteutettu toiminta tulee tulkituksi myös laajemmin yhteiskunnassa. Giddensin rakenteistumisteorian avulla valotetaan myös sitä logiikkaa, jolla uudenlainen, laajemmin ymmärretty osallisuus ymmärretään neljännen sektorin kontekstissa. Keskeinen kontribuutio aikaisemmalle tutkimukselle on tarkentava havainto neljännellä sektorilla, instituutioiden välillä liikkuvien kansalaisten sosiaalisiin positioihin nojaavasta instituutioihin paikantuvien resurssien realisoinnista vapaamuotoisessa yhteistoiminnassa.

View more