Browsing by Title

Sort by: Order: Results:

Now showing items 12934-12953 of 27203
  • Nylund-Torp, Susanne (2004)
    I avhandlingen granskas mediesituationen för historiska minoriteter i sju europeiska länder som har ratificerat Europeisk stadga om landsdels- och minoritetsspråk (Finland, Kroatien, Liechtenstein, Nederländerna, Norge, Schweiz och Ungern). Syftet med undersökningen är att beskriva den rådande minoritetsmediesituationen och att undersöka vilken inverkan stadgan har på minoritetsmedierna. I den teoretiska delen av avhandlingen diskuteras även mediernas betydelse för identiteten och vad egna medier betyder för språkliga minoriteter. Mediesituationen bedöms genom en analys av minoritetsmediernas existensmiljöer. Stadgans inverkan undersöks genom en jämförelse av situationen vid två tidpunkter. Materialet för undersökningen utgörs av de rapporter som länderna har lämnat in i enlighet med granskningssystemet för stadgan, och särskilt de avsnitt som behandlar artikel 11, som är den artikel som behandlar massmedier. Granskningssystemet omfattar även en bedömning av en expertkommitté, och i undersökningsmaterialet ingår därför en kommittérapport per land. Enligt undersökningen är minoritetsmedierna välutvecklade i Finland, Norge och Ungern. Även i Kroatien och Nederländerna har de olika minoriteterna tillgång till en del egna medier. Liechtenstein har inga egentliga historiska minoriteter. Situationen i Schweiz är något speciell, bland annat eftersom den territoriella språkindelningen är mycket tydlig, men artikel 11 har betydelse åtminstone för de italienska och de rätoromanska grupperna i två kantoner. En jämförelse av de två landsrapporter som varje land har lämnat in visar att en viss positiv förändring har ägt rum i medieutbudet, vilket till viss del kan tillskrivas stadgan och dess granskningssystem. Särskilt radio- och tv-utvecklingen har förändrats, men även tidningsutbudet i någon mån. Trots att det i många fall är omöjligt att bevisa ett direkt orsakssamband mellan stadgan och en förändring, tyder undersökningen ändå på att stadgan har betydelse för de språkliga minoriteter som berörs av stadgan och artikel 11.
  • Hermansson, Martin (Helsingin yliopisto, 2012)
    This thesis consists of five parts. In the first part, the first automated method for quantitative analysis of lipid compositions of cells and tissues by liquid chromatography-mass spectrometry was developed. In the second part, this method was applied to investigate brain lipid compositions of patients with progressive epilepsy with mental retardation (EPMR), caused by mutations in the CLN8 gene. We were able to show major progressive alterations in brain lipid profiles of EPMR patients which may contribute to disease pathogenesis in those patients. In the third part, a novel approach to investigate the metabolism of single glycerophospholipid molecular species in living cells was developed. This approach was applied to study mechanisms of acyl chain remodeling, i.e. the exchange of fatty acyl residues, of aminophospholipids in BHK and HeLa cells. In the fourth part a novel mass-spectrometric approach was developed to investigate the substrate specificity of phospholipases and was utilized to elucidate the specificities of secretory A-type phospholipases in unprecedented detail. We showed that the specificity of those phospholipases depended mainly on the propensity of the substrates to efflux from the membrane and interactions between the substrate and the enzyme catalytic site are secondary. In the fifth part of this thesis, mechanisms of mammalian glycerophospholipid homeostasis were reviewed and novel theoretical considerations presented.
  • Kangas, Heli (2010)
    This thesis describes current and past n-in-one methods and presents three early experimental studies using mass spectrometry and the triple quadrupole instrument on the application of n-in-one in drug discovery. N-in-one strategy pools and mix samples in drug discovery prior to measurement or analysis. This allows the most promising compounds to be rapidly identified and then analysed. Nowadays properties of drugs are characterised earlier and in parallel with pharmacological efficacy. Studies presented here use in vitro methods as caco-2 cells and immobilized artificial membrane chromatography for drug absorption and lipophilicity measurements. The high sensitivity and selectivity of liquid chromatography mass spectrometry are especially important for new analytical methods using n-in-one. In the first study, the fragmentation patterns of ten nitrophenoxy benzoate compounds, serial homology, were characterised and the presence of the compounds was determined in a combinatorial library. The influence of one or two nitro substituents and the alkyl chain length of methyl to pentyl on collision-induced fragmentation was studied, and interesting structurefragmentation relationships were detected. Two nitro group compounds increased fragmentation compared to one nitro group, whereas less fragmentation was noted in molecules with a longer alkyl chain. The most abundant product ions were nitrophenoxy ions, which were also tested in the precursor ion screening of the combinatorial library. In the second study, the immobilized artificial membrane chromatographic method was transferred from ultraviolet detection to mass spectrometric analysis and a new method was developed. Mass spectra were scanned and the chromatographic retention of compounds was analysed using extract ion chromatograms. When changing detectors and buffers and including n-in-one in the method, the results showed good correlation. Finally, the results demonstrated that mass spectrometric detection with gradient elution can provide a rapid and convenient n-in-one method for ranking the lipophilic properties of several structurally diverse compounds simultaneously. In the final study, a new method was developed for caco-2 samples. Compounds were separated by liquid chromatography and quantified by selected reaction monitoring using mass spectrometry. This method was used for caco-2 samples, where absorption of ten chemically and physiologically different compounds was screened using both single and nin- one approaches. These three studies used mass spectrometry for compound identification, method transfer and quantitation in the area of mixture analysis. Different mass spectrometric scanning modes for the triple quadrupole instrument were used in each method. Early drug discovery with n-in-one is area where mass spectrometric analysis, its possibilities and proper use, is especially important.
  • Parviainen, Ville (Helsingin yliopisto, 2014)
    The field of biological sciences has expanded enormously within the last few decades. Developments in techniques and instrumentation have allowed biologist to explore biological mechanisms in an unprecedented detail. One of the most evolved disciplines is the field of proteomics. In general, proteins function in many different biological roles. They serve as structural molecules, in signaling routes mediating information in the cell, in intra- and extracellular transport and trafficking as well as in numerous other cellular functions. The area of protein research entails the study of all things relating to proteins and their functions. These include cellular protein composition, expression changes, protein structure, post-translational modifications and protein-protein interactions. Mass spectrometry (MS) has become one of the key technologies in proteomic research. The relative ease of sample handling and automated MS machinery has made proteomic analysis relatively straightforward. Mass spectrometers work by measuring the weight of intact proteins or protein-derived peptides. Proteomic MS identification is usually done by fragmenting the proteins or peptides in the mass spectrometer and using the resulting mass spectral information in identification of peptide sequence. There are two main strategies of peptide sequence identification: database dependent and de novo identification. Database dependent algorithms utilize known sequence information stored in databases to decipher the peptide amino acid sequence of the MS-observed spectra and use that information to predict the protein from which the peptide is derived from. On the other hand de novo methods try to construct the peptide sequence solely based on the fragmentation patterns of the peptide. The completeness of sequence databases of many species and the speed and efficiency of the search engines have made the database dependent search as the main method in peptide and protein identification. The modern high resolution mass spectrometers along with ultra-performance liquid chromatography have enabled the detection of thousands of protein in one single MS run. This, together with advances in MS-based protein quantification has extended the use of mass spectrometers in discovery type biomarker search. Mass spectrometers are able to produce a large amount of data on numerous proteins that can be used to detect and quantify differences in patient and control samples. This in turn can be used as starting point for more focused validation studies on the acquired data and ultimately lead to useful clinical biomarkers. The focus of this study was to utilize and learn mass spectrometric methodologies and to analyze different proteomic processes in sample types. We analyzed the protein-protein interactions in Baker´s yeast PSA1 protein in various points of batch cultivation using database dependent and de novo protein identification methods. We showed that the interactome of PSA1 is very dynamic depending on the phase of the cultivation. We also showed the limitations and benefits of de novo identification and the combined use of both search strategies in improving the confidence of the identifications. In another study using affinity purification and mass spectrometry we identified Fibrillin-2 as the binding partner of lung cancer associated Gremlin-1 protein. This finding elucidates functions and mechanisms of Gremlin-1 and Fibrillin-2 in malignant tissues. In two mass spectrometry-based protein quantification studies we characterized the protein concentration changes in human plasma during liver transplantation surgery as well as the effect of excess sialic acid production in HEK293 model cell line. In the liver transplantation plasma project we identified protein concentration changes in liver in response to the trauma caused by the surgery using label-based iTRAQ method. We showed consumption and secretion of several coagulation related proteins within the liver suggesting activation of coagulation cascade in the very early phases of the craft reperfusion. In the study of excess sialic acid production we first verified the amounts of sialic acid using mass spectrometry-based multiple reaction monitoring method. We were able to induce the production of sialic acid to almost 70-fold compared to control cells. We also monitored the protein abundance changes in sialic acid producing cells using label free proteins quantification method identifying 105 changed proteins. We analyzed those proteins with several functional enrichment tools revealing modifications in cellular protein transport, metabolic and signaling pathways and in remodeling of cellular adherens junctions. Such large scale MS-analyses using ontology-based tools can significantly aid in deciphering the effect of perturbations to complex systems but also reveal novel functional targets for biomarker discovery. The results obtained from targeted interaction experiments as well as large scale quantification studies can be used as basis for more rigorous investigations on the various subjects in search for potential biomarkers for clinical use. The techniques and methods used in the studies also demonstrate the many uses of mass spectrometric techniques in several fields of proteomic and biological research.
  • Tentke, Annika (Helsingin yliopisto, 2014)
    This project was about the molecular mechanisms involved in the generation of eicosanoids in human mast cells with particular emphasis on lipid bodies as a source and/or site of lipid mediator biogenesis. The cells to be used are isolated from human peripheral blood provided by Finnish Red Cross Blood Transfusion Service and collected from healthy donors. Human mast cells are found in connective tissue. They contain granules filled with histamine, heparine and proteases. Human mast cells are potent effector cells in host-defense mechanisms of innate immunity, including inflammatory diseases such as atherosclerosis. Activation of mast cells by different stimuli triggers the release of a huge range of mediators, including de-novo synthesized eicosanoids, which are highly biologically active lipid mediators. The major eicosanoid released by activated mast cells is prostanoid prostaglandin D2 (PGD2). The aim of this project was to find out whether mast cell lipid bodies are the cellular compartments of PGD2 synthesis, what are the enzymes involved in AA liberation from TGs, and whether TG-derived AA is a source for PGD2 production. The enzymes of special interest were hormone sensitive lipase (HSL) and adipose triglyceride lipase (ATGL). We were also interested about hematopoietic prostaglandin D synthase (HPGDS), the key enzyme in the production of D and J series of prostanoids. Methods used in this pro gradu work include siRNA transfections, RNA isolation, cDNA synthesis, qPCR, immunoblotting, ELISA and conventional fluorescence microscopy. Immediate increase in the amount of PGD2 released from mast cells sensitized with human IgE (1µg/ml) and activated by polyclonal rabbit anti-human IgE (1µg/ml) was observed. The increase was most prominent after one hour of activation, and slowly decreased to basal levels at 48 h post-activation. siRNA transfection affected the amount of enzyme DNA in mast cells and the amount of PGD2 released. HSL, ATGL and HSL+ATGL double knockdowns all reduced the amount of PGD2 released in acute (5 to 30 minutes) term activation compared to control cells. However, no significant changes were observed in the mRNA expression levels of ATGL, HSL, CGI-58, HPGDS or COX-1 under mast cell activation. The only significant changes in mRNA expression levels were observed with COX-2. However, the relative expression of HPGDS increased in IgE treated mast cells compared to control treated cells and the expression was even greater in mast cells treated with αIgE also. Both ATGL and HPGDS were recognized throughout the cytosolic area in the non-activated Ctrl cells. Although HPGDS located also in the circumference of mast cells, no clear localization of HPGDS was observed in the circumference of mast cell lipid droplets. The experiments carried out at the Wihuri Research Institute, including those presented here, have established that, in addition to phospholipids, the triglycerides present in mast cell lipid droplet core are also an important source of eicosanoids, and that also ATGL and HSL, not just cPLA, can release arachidonic acid for eicosanoid production. The ramifications of this study include the possibility that arachidonic acid release from triglycerides for the formation of eicosanoids could take an indirect or a direct route to supply precursors for cellular eicosanoid biosynthesis. The key is the pathway of AA release. In the direct pathway, AA is released from LD TGs by ATGL or HSL and this free AA is used for the generation of PGs by either COX-1 or COX-2, depending on the status of the cell. In the indirect pathway, AA is liberated from LD TGs by ATGL or HSL and then further re-esterified into phospholipids from where AA is then finally released by cPLA2 for the generation of eicosanoids.
  • Leskinen, Markus (Helsingin yliopisto, 2003)
  • Mäyränpää, Mikko (Helsingin yliopisto, 2007)
    More than 40% of all deaths in Finland are caused by atherosclerosis. The complications of atherosclerosis are due to either detachment of the luminal endothelium (erosion) or rupture of the fibrous cap of an atherosclerotic plaque (rupture). As a result, a thrombus is formed at the site of the intimal lesion. Indeed, erosions cause roughly 40% of sudden atherothrombotic deaths and 25% of all atherothrombotic deaths. Erosions are overrepresented in young subjects, diabetics, smokers and women. This dissertation focuses on endothelial erosion. Endothelial erosions were studied in the context of arterial grafting and vascular inflammation. Special attention was given to the role of intimal mast cells and the methodological viewpoints of reliable identification of endothelial erosions. Mast cells are inflammatory cells mostly known for their ability to cause allergic symptoms. In addition to occurring in skin and mucosal surfaces, mast cells are abundant in arterial intima and adventitia. In this study, mast cells were found to associate with endothelial erosions in non-lesional and atherosclerotic human coronary arteries. Thus, mast cells may participate in atherogenesis at the initial phases of the disease process already. We also showed that the mast cell proteases tryptase, chymase, and cathepsin G are all capable of cleaving molecules essential for endothelial cell-to-cell and cell-to-extracellular matrix interactions, such as VE-cadherin and fibronectin. Symptom-causing carotid plaques were found to contain more inflammatory cells, especially mast cells, than non-symptom-causing plaques. Furthermore, the atherogenic serum lipid profile and the degree of carotid stenosis turned out to correlate with the density of carotid plaque mast cells. Apoptotic and proliferating cells were more abundant in non-symptom causing plaques (active renewal of endothelial cells), but erosions were larger in symptom-causing plaques (capacity of endothelial regeneration exceeded). The process of identifying endothelial erosions with immunostainings has been ambiguous, since both endothelial cells and platelets express largely the same antigens. This may have caused inaccurate interpretations of the presence of endothelial erosion. In the last substudy of this thesis we developed a double immunostaining method for simultaneous identification of endothelial cells and platelets. This method enables more reliable identification of endothelial erosions.
  • Kareinen, Ilona (Helsingin yliopisto, 2015)
    Atherosclerosis is an inflammatory disease characterized by the accumulation of cholesterol in the arterial intima and consequently the formation of atherosclerotic plaques. Formation of these plaques is initiated by the appearance of macrophage foam cell in the arterial intima. Foam cells are formed as excessive cholesterol accumulates in the cytosol of macrophages and finally the net influx exceeds the efflux of cholesterol. Excessive accumulation of chemically modified cholesterol in foam cells finally leads to apoptosis and contributes to the formation of the lipid core in atherosclerotic plaques. The efflux of cholesterol from foam cells is essential for preventing the progression of atherosclerosis. The only unidirectional transporters ABCA1 and ABCG1, expressed on macrophages, transport intracellular cholesterol actively to distinct subpopulations of HDL. ApoA-I, the most important structural and functional component of nascent preβ-migrating HDL particles, receives cholesterol from ABCA1. Lipid-free HDL and apoA-I are sensitive to proteolytic modification leading to loss of function of these molecules. Functional apoA-I is essential for removal of cellular cholesterol and for cholesterol homeostasis. Cholesterol efflux initiates reverse cholesterol transport (RCT) which is the pathway for removal of cholesterol from the periphery for its final excretion into feces. The tiny fraction of total body-RCT that originates from the cholesterol-loaded macrophage foam cells located in the intima, is considered the only RCT component directly involved in atherosclerosis. Mast cells are bone marrow-derived inflammatory cells that are able to activate and secrete various mast cell mediators. Mast cells infiltrate the inflamed arterial intima where they can be activated through several stimuli present in the atherosclerotic intima. Mast cells release several inflammatory compounds of which histamine is probably the best known for its notorious effects in anaphylaxis. In addition to histamine and other vasoactive compounds, such as serotonin and bradykinin, mast cells release upon activation their unique serine proteases, tryptase and chymase. Chymase involvement in the progression of atherosclerosis has been suggested in a number of studies. Chymase is an enzyme capable of degrading LDL and HDL components leading to increased uptake of the modified LDL by macrophage foam cells or resulting in diminished cholesterol efflux, respectively. The purpose of this study was to evaluate whether mast cell-dependent HDL and apoA-I proteolysis would occur in vivo and whether such modification would alter the cholesterol efflux capacities of these cholesterol acceptors and finally affect the macrophage-specific RCT (mRCT). In the present study it was demonstrated for the first time that mast cell activation in vivo resulted in HDL proteolysis. Systemic mast cell activation led to the degradation of lipoprotein particles present in HDL and the entire preβ-HDL and α-HDL subpopulations were reduced in mouse serum following systemic mast cell activation. Systemic activation of mast cells in mice blunted the ability of serum and intraperitoneal fluid to promote cholesterol efflux from macrophage foam cells in vitro. Rat cardiac mast cell activation ex vivo led to the production of truncated apoA-I. ApoA-I was cleaved at the carboxyl-terminal region at Phe229 and Tyr192 or only at Tyr192 depending on the mast cell stimulus. Local peritoneal mast cell activation led to decreased ability of intraperitoneally injected apoA-I to promote macrophage cholesterol efflux in vitro. Furthermore treatment with intact lipid-free apoA-I but not chymase-treated apoA-I increased the overall mRCT from the peritoneal cavity to the intestinal contents within 3 hours. Importantly such an increase was fully blocked by the mast cell-specific degranulating compound 48/80 in mast cell-competent mice but not in mast cell-deficient mice. Interestingly local mast cell activation in the skin was able to promote mRCT from skin to feces. This was due to increased vascular permeability and influx of plasma HDL particles to skin consequently leading to increased mRCT. This stimulatory effect could be reproduced by the sole administration of the mast cell mediators, histamine, serotonin, and bradykinin. Importantly histamine treatment in apoA-I deficient mice was unable to promote mRCT. In conclusion, mast cell chymase is able to proteolyze HDL and lipid-free apoA-I reducing their abilities to promote cellular cholesterol efflux. Proteolysis of lipid-free apoA-I by rat cardiac mast cell chymase can occur within minutes and results in the formation of carboxyl-terminally truncated apoA-I. ApoA-I proteolysis in vivo results in reduced mRCT. Local mast cell activation in the skin results in increased mRCT due to increased availability of cholesterol acceptors in the vicinity of macrophage foam cells. These two seemingly opposite results underline the pleiotropic role of mast cells in the development of atherosclerosis
  • Sandler, Charlotta (Helsingin yliopisto, 2005)
  • Wikström, Mia (1996)
    Tutkimuksessa selviteltiin mastiitista eristettyjen E. coli -kantojen (n= 194) seerumiherkkyyden suhdetta kliiniseen taudinkuvaan. Työhypoteesina oli olettamus, että seerumiherkät kannat saattaisivat aiheuttaa lievemmät oireet kuin seerumiresistentit kannat ja myös parantua nopeammin. Lisäksi kaikista kannoista tehtiin mikrobilääkeherkkyysmääritykset. Kirjallisuuskatsauksessa käsitellään mikrobilääkeresistenssiä. Tutkituista kolikannoista 50 % oli seerumiresistenttejä, 36 % välimuotoisia ja 14 % herkkiä. Mikrobilääkeherkkyydet määritettiin VetMic-mikrolaimennusmenetelmällä. E. coli -kannat olivat in vitro hyvin herkkiä enrofloksasiinille muiden antibioottien (ampisilliini, kefalotiini, oksitetrasykliini, streptomysiini, neomysiini, gentamysiini, nitrofurantoiini) MIC-arvojen ollessa korkeampia. Tapausten kliiniset oireet jakautuivat seuraavasti: ei oireita 2 % (2), lievätoireet 46 % (54), melko vakavat oireet 37 % (43) ja vakavat oireet 15 % (18). Kliinisellä taudinkuvalla ja seerumiherkkyydellä ei ollut korrelaatiota, toisinkuin työhypoteesi oletti. Tulokseen voi myös vaikuttaa se, että havainnot oireista puuttuivat 40 % (77) tapauksista, jonka vuoksi aineisto tältä osin oli pienehkö, varsinkin seerumiherkkien kantojen osalta. Utareen tulehdustilaa kuvaavat NAGaasi-arvot akuutissa vaiheessa korreloivat seerumiherkkyyden kanssa: seerumiherkät kannat eivät nostaneet NAGaasiarvoa yhtä korkealle kuin resistentit kannat. Seerumiresistentit kannat aiheuttivat siis voimakkaamman inflammaation utareessa, mutta tämä ei näkynyt voimakkaampina kliinisinä oireina ainakaan tämän suppeahkon aineiston perusteella. NAGaasi-arvot kontrollinäytteessä (pv 21) eivät korreloineet suoraan see rumiherkkyyden kanssa. Kuitenkin seerumiherkkien kantojen aiheuttamat tulehdukset näyttivät vaimenevan nopeiten. Positiivista korrelaatiota esiintyi lähes kaikkien tutkittujen lääkkeiden MIC-arvojen välillä. Negatiivista korrelaatiota esiintyi seerumiherkkyyden ja joidenkin lääkkeiden MIC-arvojen välillä.
  • Kotonen, Anne (1992)
    Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää, onko Escherichia coli-bakteerin seerumiherkkyydellä yhteyttä akuutin mastiitintaudinkuvaan, tulehdusreaktion voimakkuuteen tai paranemistulokseen. Kirjallisuuskatsauksessa käsitellään mastiittia aiheuttavien koliformien bakteerien virulenssitekijöiden ja utareenpuolustusmekanismien vuorovaikutuksia. Hautjärven klinikan toimialueelta-oli eristetty akuuteista mastiiteista bakteerikantoja (n=75), jotka oli alustavasti tunnistettu E. coli -bakteereiksi lähinnä pesäkemorfologian perusteella. Kannat identifioitiin käyttäen API 20 E -diagnostiikkakittiä. Bakteerien seerumiherkkyys määritettiin Bioscreen- analysaattorilla inkuboimalla Iso-Sensitest-liemeen suspensoituja bakteereita joko aktiivisessa seerumissa, inaktivoidussa (56 ° C:ssa 30 min) seerumissa tai Hanksin balansoidussa suolaliuoksessa 20 h +37° C:ssa . Kliinisten oireiden voimakkuus arvioitiin potilaskortteihin kirjattujen tietojen perusteella. Maidon NAGaasiaktiivisuus mitattiin käyttäen MilkNAGase Testiä. Kannoista 68 identifioitiin E. coli -bakteeriksi. Näistä 36 (53 %)oli seerumiresistenttejä. Kannoista 24 (35 %) oli välimuotoisia ja 8 (12 %) seerumiherkkiä. Yleisoireiden vakavuuden perusteella 19 % tapauksista oli lieviä, 62 % kohtalaisen vakavia ja 19 % vakavia. Utareen turpoaminen oli voimakasta 55 %:ssa tapauksista ja erittäin voimakasta 45 %:ssa tapauksista. Maidon NAGaasiaktiivisuuden keskiarvo - keskihajonta akuutissa vaiheessa oli 226 +- 171 U/ml ja seurantanäytteissä 113 +- 134 U/ml. E.coli -kantojen seerumiherkkyyden ja kliinisten oireiden voimakkuuden välillä eiollut tilastollisesti merkitsevää eroa, ei myöskään seerumiherkkyyden ja akuutin vaiheen NAGaasiaktiivisuuden välillä.Testattavia kantoja oli liian vähän, jotta seerumiherkkyyden ja seurantanäytteiden NAGaasin suhdetta olisi voinut k&aum;sitellätilastollisesti.
  • Tanskanen, Kirsi (1997)
    Tutkimuksen tarkoituksena oli testata mastiitin kenttädiagnostiikkaan kehitettyä testiä (Tammertutkan maljat Oy) käytännössä. Erityinen mielenkiinto kohdistui testin herkkyysagareiden toimivuuteen ja luotettavuuteen.Nopeasti saatava herkkyysmääritystulos mahdollistaisi suunnatun antibioottihoidon jo mastiitin alkuvaiheessa. Tehokas hoito voitaisiin optimoida oikealla lääkkeellä minimoiden varoajat; tai jättää hoitamatta, mikäli hoito ei ole kannattavaa. Herkkyysmääritystuloksen olisi oltava luotettava, sillä väärä tulos johtaa vain virheellisiin antibioottihoitoihin ja lisäkustannuksiin karjanomistajalle. Tutkimuksessa verrattiin Mastix-pikatestimenetelmällä saatuja kliinisen utaretulehduksen maitonäytteiden bakteeriviljely- ja herkkyysmääritystuloksia perinteisellä menetelmällä EELA:n elintarvikehygieniaosaston laboratoriossa saatuihin tuloksiin. Yhteensä maitonäytteitä kerättiin 129 kappaletta, joista 78 näytettä käytettiin herkkyysmääritystulosten vertailussa. Diagnostisella agarilla ongelmallisimpia olivat koagulaasinegatiiviset stafylokokit. Osa näistä kannoista oli mannitolipositiivisia, jolloin bakteeri diagnostisoitiin virheellisesti S. aureukseksi. Herkkyysagarit toimivat hyvin arvioitaessa kaikkien bakteereiden yhteistuloksia. Stafylokokkien, joiden herkkyysmääritystiedolla on praktiikassa eniten merkitystä, herkkyysmääritys ei Mastixilla ollut kuitenkaan kovin luotettavaa. Mastixilla saaduista virheellisistä herkkyystuloksista 81 % oli stafylokokki näytteitä.
  • Kähkönen, Aili (2014)
    Puhtaan veden saanti on elinehto. Vesihuolto olisi suunniteltava pahimman skenaarion varalta, koska sen asema keskinäisriippuvaisessa yhteiskunnassa on hyvin keskeinen. Vesihuoltolaitosten toimintavarmuuden parantamisen, pullotetun veden käytön, siirrettävien vesisäiliöiden käytön ja kotitalouskohtaisen pintaveden puhdistuksen lisäksi valmiutta kohotettaessa voitaisiin hyödyntää Suomen ainutlaatuisia pohjavesivaroja. Matalakairauksen avulla tehtyjä havaintoputkikaivoja voidaan käyttää juomavedenhankinnassa. Kairaaminen ulotetaan maksimissaan kuuden metrin syvyyteen, jotta maan pinnalla pidettävän imupumpun teho riittää pohjaveden ottamiseen. Menetelmää on käytetty pääasiassa pohjavesinäytteiden keräämiseen ja antoisuusmittauksien tekemiseen. Sen lisäksi Puolustusvoimat on ottanut matalakairauksen osaksi vesihuollon järjestelyjään kriisiaikana. Ympäristöalalla kerätään runsaasti tietoa erilaisiin paikkatietokantoihin, arkistoihin ja tutkimushankkeisiin. Näiden hyödyntäminen poikkeusolojen vesihuollon suunnittelussa vaatii tiedon poimimista ja yhdistämistä. Ennakkoon erotelluilla aineistoilla voidaan parantaa valmius-suunnittelua ja vähentää asiantuntijoiden tarvetta yhdyskuntien kriisinajan vedenjakelun turvaamisessa. Soranottoalueiden tilaa ja kunnostustarvetta arvioivassa hankkeessa (SOKKA) on koottu maa-aineksen otossa olleita kohteita, jotka ovat pohjavesialueilla. Näissä voitaisiin olettaa löytyvän lähellä maanpintaa olevaa pohjavettä. SOKKA-hanke on valtakunnallinen ja kaikkiin siinä oleviin kohteisiin pääsee ajoneuvoilla. Tässä työssä yhdistettiin olemassa olevaa tietoa Etelä-Pohjanmaan ELY-keskuksen SOKKA-hankkeen paikkatietoihin ja pyrittiin arvioimaan, kuinka hyvin niiden avulla voitaisiin varmistaa kohteiden soveltuvuus matalakairaukseen. Tavoitteena on saavuttaa yksinkertainen tulos, jonka avulla voidaan todeta että näistä kohteista saadaan luotettavasti vettä mahdollisissa poikkeusoloissa. Kohteista pyritään muodostamaan verkosto, joka on kattava, ja joka voitaisiin laajentaa valtakunnalliseksi. Tulokset osoittavat että matalakairaukseen soveltuvien kohteiden verkosto on mahdollista muo-dostaa olemassa olevan tiedon avulla. Tässä työssä käytettyjen aineistojen avulla kohteet karsiutuvat alkuperäiseen aineistoon verrattuna harvalukuiseksi, mutta verkosto on kuitenkin maantieteellisesti kattava.
  • Pajunen, Ritva (2005)
    Pohjois-Irlannin konflikti on tuttu uutisaihe vuosikymmenten varrelta. Joskus konflikti on näkynyt uutisissa tiuhaan, toisinaan taas on saattanut kulua kuukausiakin ilman ainuttakaan uutista Pohjois-Irlannista. Tämä tutkimus tarkastelee Yleisradion ja Helsingin Sanomien Pohjois-Irlanti-uutisointia kahden puolen vuoden tutkimusajanjakson perusteella. Toinen jaksoista osuu 1980-luvulle angloirlantilaisen sopimuksen ympärille, toinen 1990-luvulle Downing Streetin julistuksen ajankohtaan. Jotta uutisten kertomaa on mahdollista verrata konfliktin taustaan ja Pohjois-Irlannin yhteiskunnalliseen tilanteeseen, esittelen Pohjois-Irlannin historiaa ja konfliktin eri puolia työssäni laajasti. Uutisten analyysi paljastaa, että tiedotusvälineet kertovat uutisjutuissaan konfliktin taustoista tai Pohjois-Irlannin yhteiskunnasta hyvin suppeasti. Retoriikan tutkimuksen menetelmin tutkin uutisten kieltä ja siten niiden merkityksiä. Pelkästään uutiskielen epätarkkuus voi johtaa virheellisiin tulkintoihin ja kyseenalaisiin yleistyksiin. Leimaamisella, toistoilla ja muilla toimituksellisilla valinnoilla tilanteesta saadaan välitettyä haluttu kuva, niin että vähämerkityksisinä pidetyt näkökulmat saadaan tarkoituksellisesti häivytettyä. Suomalaiset viestimet eivät tunnusta olevansa mukana propagandasodassa, jota kiistan osapuolet käyvät verbaalitasolla. Terrorismia tiedotusvälineet eivät Pohjois-Irlanti-uutisoinnissaan käsittele ilmiönä, vaan tekoja kuvaavana ja järjestöjä määrittävänä käsitteenä. Terrorismi ei ole yksiselitteinen käsite. Toimitukset suhtautuvat tapahtumiin tapauskohtaisesti ilman selkeää suunnitelmallisuutta terrorismin määrittelyssä. Joukkoviestimet välittävät Suomessa melko yksipuolisen kuvan Pohjois-Irlannista. Tuo kuva ei ehkä ole oleellisilta osiltaan virheellinen, mutta puutteellinen kylläkin.
  • Raitanen, Kirsi (2011)
    Viime vuosikymmeninä teollistuneissa OECD-maissa yksi suurimmista väestöllisistä muutoksista on tapahtunut syntyvyydessä. Sotien jälkeen syntyneiden suurten ikäluokkien jälkeen useissa teollistuneissa maissa väestönkasvun trendi on ollut laskeva, mikä puolestaan on johtanut kasvavaan huoleen matalan syntyvyyden sosioekonomisista seurauksista. Matala syntyvyyden taso on monissa kehittyneissä maissa luonut varjon valtion ylläpitämän sosiaaliturvajärjestelmän ylle ja sen rahoituspohjan heikentyminen on kasvattanut huolta järjestelmän tulevaisuudesta. Myös muun muassa viime vuosikymmenten taloudelliset taantuma-ajat, väestön ikärakenteessa ja työmarkkinoilla tapahtuneet muutokset, sekä väestön ikääntyminen ja veronmaksajien väheneminen ovat luoneet uudenlaiset paineet julkisen sosiaaliturva- ja eläkejärjestelmän ylläpidolle ja rahoittamiselle. Mietittäessä puolestaan syitä syntyvyyden madaltumiseen viime vuosikymmeninä, ovat tutkimukset osoittaneet, etteivät talous- ja sosiaalijärjestelmien rakenne sekä niissä tapahtuneet muutokset ole olleet tässä muutoksessa merkityksettömiä. Verotuksella ja valtion myöntämillä sosiaalituilla on osoitettu olevan vaikutus yksilön lapsenhankinta- ja myös perheenmuodostamispäätökseen. Tässä tutkielmassa tutkimuksen kohteena ovat matala syntyvyys, sekä sen syyt ja seuraukset taloustieteellisestä näkökulmasta. Tutkielman tarkoituksena on selvittää matalan syntyvyyden ja perheen perustamisen sekä jakojärjestelmäisen eläkejärjestelmän välistä yhteyttä, ja löytää todisteita siitä, millaisia kannustimia julkisella eläkejärjestelmällä syntyvyyden suhteen on. Li-säksi tutkielmassa perehdytään julkisen eläkejärjestelmän tulevaisuuteen väestöllisten haastei-den edessä, ja tarkastellaan järjestelmän uudistamismahdollisuuksia. Matalaa syntyvyyttä tarkastellaan muun muassa väestöllisen transition teorian avulla. Matalan syntyvyyden ja jakojärjestelmäisen eläkejärjestelmän suhdetta tutkitaan Zhangin ja Zhangin (2007) matemaattisella mallinnuksella, jonka avulla saadaan selville, että julkisen eläkejärjes-telmän käyttö sosiaalisen hyvinvoinnin optimoinnissa on pääomainvestointien ulkoisvaikutusten myötä oikeutettua, ja että järjestelmällä ja sitä rahoittavalla tuloverolla on negatiivinen vaikutus syntyvyyteen, mikäli vanhemmat preferoivat lastensa laadullisia, hyvinvointiin liittyviä ominai-suuksia niiden lukumäärään. Perheen perustamisen ja eläkejärjestelmän suhdetta puolestaan tarkastellaan Ehrlichin ja Kimin (2007) tutkimuksen pohjalta. Ehrlichin ja Kimin tutkimuksen tulos on, että julkista eläkejärjestel-mää rahoittavan tuloveron ja sen korottamisen vaikutus syntyvyyteen ja perheen perustamiseen on negatiivinen. Julkisen eläkejärjestelmän viittä eri uudistamisvaihtoehtoa ja niiden hyvinvointi-vaikutuksia käsitellään tutkielmassa pääosin Attanasion, Kitaon ja Violanten (2007) mallin avul-la. Jokaisella reformilla on Attanasion, Kitaon ja Violanten mukaan erilaisia makrotaloudellisia vaikutuksia, joita tarkastellaan tutkielmassa pääosin sanallisesti ja graafisesti, sekä eri tutkimus-ten tuloksia vertailemalla. Tutkielmassa käsite syntyvyys rinnastetaan taloustieteellisessä mielessä lasten kysynnäksi, ja sitä tutkitaan pääosin makrotaloudellisesta näkökulmasta. Kaikki tutkielmassa käytettävät matemaattiset mallit ovat limittäisten sukupolvien malleja ja julkisella eläkejärjestelmällä viitataan jakojärjestelmäiseen, pay-as-you-go -eläkejärjestelmään.
  • Rantanen, Mika (2015)
    Tässä työssä tutkittiin matalapainekehitykseen vaikuttavia eri tekijöitä korkeustendenssien avulla. Korkeustendenssi eli geopotentiaalikorkeuden aikaderivaatta on suure, jonka arvo kertoo miten painepinnan korkeus muuttumassa. Tavoitteena oli selvittää, millaisia ovat eri pakotteiden aiheuttamien korkeustendenssien keskimääräiset pystyjakaumat keskileveysasteiden matalapaineiden keskustassa ja miten jakaumat eroavat voimistuvien ja heikkenevien syklonien välillä. Lisäksi pakotteiden tuottamia korkeustendenssejä tutkittiin laajemmin yksittäisen matalapaineen yhteydessä. Korkeustendenssien laskentaan käytettiin Zwack-Okossi-tendenssiyhtälöä, joka ottaa huomioon kaikki korkeustendensseihin vaikuttavat tekijät. Yhtälön sisältämät pystyliikkeet laskettiin yleisen omegayhtälön avulla. Korkeustendenssikenttä jaettiin eri pakotteiden aiheuttamiksi, jotka olivat pyörteisyyden advektio, lämpötilan advektio, kitka, diabaattinen lämmitys ja ageostrofinen pyörteisyystendenssi. Pyörteisyyden advektio jaettiin vielä divergentin ja ei-divergentin tuulen aiheuttamiin osuuksiin. Tutkimuksessa käytettiin OpenIFS-mallidataa pohjoisen pallonpuoliskon keski- ja korkeilta leveysasteilta talvikauden ajalta. Tältä ajalta otokseen poimittiin kaikki mallin simuloimat matalapaineet. Ne jaettiin pintapaineen tendenssin perusteella voimistuviin ja heikkeneviin tapauksiin, käyttäen raja-arvona näille ± 6 hPa/12h. Suurimman kontribuution syveneviin pintamataliin tuotti diabaattinen lämmitys. Pääosin vesihöyryn tiivistymisestä johtuva lämmitys tuotti negatiivisen korkeustendenssin 90 %:ssa voimistuvista matalapaineista. Lämpötilan advektio oli myös tehokas matalapaineita syventävä pakote. Voimistuvissa sykloneissa sen kontribuutio oli pakotteista toiseksi suurin, kun taas heikkenevissä matalapaineissa sen vaikutus oli lähes olematon. Pyörteisyyden advektion tuottama korkeustendenssi oli voimistuvien pintamatalien keskustassa keskimäärin melko lähellä nollaa. Tämä johtui siitä, että divergentin ja ei-divergentin tuulen aiheuttamat korkeustendenssit kumosivat toinen toisensa vaikutusta. Divergentti osuus osoittautui pintamatalia heikentäväksi mekanismiksi, kun taas divergenssitön osuus syvensi niitä. Kitkan vaikutus odotetusti vaimensi matalapaineita. Ageostrofinen pyörteisyystendenssi puolestaan voimisti syveneviä ja heikensi täyttyviä sykloneita. Aikaisempiin tutkimuksiin verrattuna tässä työssä uutta oli se, että pystytuuli jaettiin osatekijöihinsä omegayhtälön avulla. Näin ollen se ei esiintynyt laskelmissa omana pakotteenaan. Lisäksi tässä tutkimuksessa tutkittiin matalapainekehitykseen vaikuttavia tekijöitä aiempaa täydellisemmin ja systemaattisemmin.
  • Priklopil, Tadeas (Helsingin yliopisto, 2012)
    Speciation theory is undergoing a renaissance period, largely due to the new methods developed in molecular biology as well as advances in the mathematical theory of evolution. In this thesis, I explore mathematical techniques applicable to the evolution of traits relevant to speciation processes. Some of the theory is further developed and is part of a general framework in the research of evolution. In nature, sister species may coexist in close geographical proximity. However, the question as to whether a speciation event has been a local event driven by the interactions (perhaps complex ones) of individuals that affect their survival and reproduction, has not yet been satisfactorily answered. This is the key issue I address in my thesis. The emphasis is given to the role of non-random mating in an environment where individuals experience diversifying ecological selection. Firstly, I investigate the role of assortative mating, and find that assortative mating works against the speciation process in the initial stages of diversification. However, once the population has diversified, ecological and sexual selection drives the population to a state of reproductive isolation. Secondly, I explore a scheme where individuals choose mates according to the level of adaptation of the mate. I find, that when the level of adaptation to the environment depends on the structure of the population in a frequency-dependent manner, the dynamics of the population may be highly complex and even chaotic. Furthermore, this setting does not facilitate reproductive isolation when mating happens across the habitats. However, if mate choice takes into account the survival and reproduction of the progeny, reproductive isolation can be maintained. Finally, some advances are made in the theory of adaptive dynamics, which along with the theory of population genetics, has been a focal tool in this thesis. My contribution to adaptive dynamics is to resolve an open question on the coexistence of similar strategies near so-called singular points. Singular points play a central role in the theory of adaptive dynamics and their existence is essential to a continuous diversification process.
  • Sire, Solja (2013)
    Matematiikan kouluopetuksen ja oppilaiden yksilöllisten tarpeiden kohtaaminen on ajankohtainen ja vahvoja mielipiteitä herättävä aihe mediassa. Tämä sai miettimään voitaisiinko vastuuta lapsen matemaattisesta kehityksestä siirtää aiempaa enemmän myös vanhemmille. Tämän tutkielman lähtökohtana on selvittää miten lapsen matemaattista kiinnostusta ja ajattelua voidaan tukea ja aktivoida kotioloissa. Tutkimuskysymykset asetettiin seuraavasti: Millaisia ongelmakohtia tehtävätuokioissa syntyy, kun matemaattiset taidot eivät ole rajoittava tekijä? Mitä seikkoja vanhemman kannattaa ottaa huomioon sopivia tehtäviä miettiessä? Mitä vaikutuksia matematiikan harrastamisella kotona on? Tutkimuksen koehenkilönä oli peruskoulun toista luokkaa käyvä poika, jonka arkeen pyrittiin yhdistämään matemaattista toimintaa ja erilaisia ongelmanratkaisutehtäviä. Satunnaisesti toimintaan osallistuivat myös hänen sisarensa. Tutkimus oli luonteeltaan kvalitatiivinen tapaustutkimus ja tutkimusmetodina käytettiin osallistuvaa havainnointia. Aineisto perustui matemaattisten tuokioiden kuvailuun sekä pojan tekemiin tehtäviin ja ilmaisemiin mielipiteisiin. Tutkimuksessa havaittiin tehtävien tekoon vaikuttavan vahvasti sekä positiivisessa että negatiivisessa mielessä aiemmat kokemukset vastaavanlaisista tehtävistä. Myös käytännön kokemus siitä, mitä koulussa tämän ikäiseltä vaaditaan, vaikutti tehtävien suoritukseen ja motivaatioon. Itse tehtävissä suurimmat ongelmat muodostuivat kuitenkin tehtävänantojen ja lauseiden tulkinnoissa, jotka ilman kielentämistä olisivat jääneet huomaamatta. Käytännön haasteita olivat vaikeustasoltaan sopivien tehtävien löytäminen, ajan puute, liian läheiset välit ja kilpakavereiden puute. Matematiikan harrastaminen näkyi arjessa lisääntyvänä havainnointina ja kysymyksien asetteluna. Myös sisarukset halusivat osallistua tehtävien tekoon ja koehenkilön eteenpäin vieminä pohdintoihin osallistui lopulta niin koulukavereita kuin sukulaisiakin. Tutkimuksen perusteella matematiikan harrastaminen kotioloissa lisää kiinnostusta matematiikkaa kohtaan ja aktivoi ajattelua ainakin tässä yksittäistapauksessa.