Browsing by Title

Sort by: Order: Results:

Now showing items 2900-2919 of 24327
  • Yang, Ying (Helsingin yliopisto, 2014)
    Cyclin-dependent kinases (Cdks) are an evolutionary conserved group of serine/threonine protein kinases involved in critical cellular processes such as cell cycle and transcription. Cdk7 and CCRK (cell cycle related kinase; also known as Cdk20) form a separate branch together in a phylogenetic alignment of Cdks family. This study here has identified distinct cellular functions of these two kinases and does not support overlapping functions as suggested by orthologs in yeast. Cdk7 together with cyclin H and Mat1 forming the kinase subcomplex of TFIIH basal transcription factor complex is proposed to regulate RNA polymerase II (Pol II) mediated mRNA synthesis by phosphorylating the serine-5 (Ser5) residues of POL II large subunit C-terminal domain (CTD). Investigations in the genetic systems generated here allowing acute depletion of the Cdk7 subcomplex demonstrate that Cdk7 is the mammalian Ser5 phosphorylating kinase and is required for general transcription noted by analysis of newly transcribed RNAs. The analysis also reveals a requirement of Cdk7 for RNA polymerase I mediated rRNA synthesis. The reduced transcription following Cdk7 disruption is associated with changes on chromatin but not reflected in steady-state RNA levels due to increased RNA stability. These results also reveal a coupled regulation of transcription and RNA degradation. A tissue-specific function of the Cdk7 subcomplex is identified as a physiological roadblock to adipogenesis by phosphorylating the master transcription factor of adipogenic program-peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARγ). The observation that the Cdk7 subcomplex is absent from adipose tissues indicates the so-called basal transcription machinery has very diverse composition in differentiated cells. CCRK is involved in regulating formation of primary cilium, a sensory organelle acting as a signaling hub in the cell. CCRK promotes cell cycle progression by inhibiting ciliogenesis. In glioblastoma cells, reducing the deregulated high level of CCRK or two related substrate kinases of CCRK restores cilia, leading to decreased glioblastoma cell proliferation. Here is identified the first kinase cascade used by tumor cells to disrupt cilia for a growth advantage and offered new therapeutic possibilities.
  • Ismail, Khadeeja (2012)
    Obesity is associated with life styles involving overconsumption of high-energy food and having low amount of physical activity but the heritability of obesity has also been shown to be high. Results from genome wide association studies (GWAS), however, could explain only 5% of this heritability. This evidence points towards epigenetics acting as a mediator that allows the environment to affect the phenotype without changing the genotype, and epigenetics as a factor that may explain the missing heritability. DNA methylation, which plays an important role in cell differentiation and which has already been associated with diseases such as cancer and diabetes, is the most studied epigenetic factor. DNA methylation is the addition of a methyl group to a cytosine occurring next to a guanine connected by the phosphate backbone, the positions known as CpG sites. This thesis is based on the study of DNA methylation in obesity, using monozygotic twins discordant for obesity where obesity discordance is defined as having a difference in body mass index (BMI) greater than 3m2/kg. MZ twin pairs share the same genome and are matched for age, sex, cohort effects, intrauterine environment and the environment in which they grow up after birth. This helps to cancel out many confounding factors that may affect the results otherwise. The samples for this analysis was obtained from 22 obesity-discordant pairs and 8 obesity-concordant pairs. DNA from whole-blood was bisulfite-converted and hybridized to the Infinium HumanMethylation450 BeadChip. The data was then preprocessed and analyzed for within-pair differences in twins discordant for BMI, and this showed no CpG sites as differentially methylated within pairs. The analysis was then repeated on twins discordant for both BMI and liver-fat and this showed 180 CpG sites as significantly differentially methylated within pairs. However, it was not possible to use these results for pathway analysis using the methods used in gene expression analysis, as too few of these CpG sites mapped to genes on pathways. Gene-set analysis (GSA) was then applied to the methylation data to identify interesting pathways, using predefined groups of CpG sites (probe-sets), each group representing a pathway in the KEGG database. The significant pathways were further analyzed to identify the CpG sites that were most discordant within twin pairs. The results from GSA and the initial paired analysis provided an interesting list of genes and pathways most of which had previously been associated with obesity. However, the analyses can be improved by using a normalization method that is more specific to the Infinium 450K array and also by increasing the sample size. This is listed as future work, together with the analysis of DNA from adipose tissue. The pipeline developed from this analysis will be used in the future analyses, but with modifications wherever necessary.
  • Porola, Pauliina (2012)
    Hepatotoxicity is an undesired feature of many drugs and is one of the main reasons for attrition during the drug development process. Although an in vitro model can never totally correspond to or replace a whole organism, a reliable in vitro model for liver toxicity screening would help to detect liver toxicity earlier in the development process. Effective and early in vitro screening would reduce the need of animal subjects and clinical trials and thus would be both ethically more acceptable and more cost-effective. Currently mostly used models for liver metabolism and toxicity studies are primary hepatocytes, hepatic cell lines and animal models. However, these models have many drawbacks and are not considered reliable. Human embryonic stem cells (hESCs) are pluripotent cells that can be differentiated into many specialized cell types including hepatocytes. They are also self-renewable and thus represent an unlimited and promising source of hepatocytes to be used as a tool in in vitro liver toxicity testing of drug candidates. The aim of this study was to produce hepatocytes from hESCs via multiple steps following the in vivo pathway of developing hepatocytes: first hESCs were differentiated into definitive endoderm cells, after which they were differentiated into hepatic progenitor cells. Finally, hepatocyte-like cells (HLCs) were induced from the progenitor cells. Our specific interest was the use of hepatic cell derived acellular matrix as a differentiation basis for hepatic progenitors and hepatocytes. We also studied the effect of Matrigel overlay on the hepatic differentiation. Differentiation method without the Matrigel overlay was promising. HLCs showed correct hepatocyte-like morphology and expressed hepatocyte markers such as albumin, α-antitrypsin, CYP3A4 and HNF4α both on mRNA and protein level shown by qPCR and flow cytometry and immunofluorescence staining, respectively. Accordingly, the expression of stem cells marker SSEA-3 showed a tendency to decrease as the differentiation proceeded. HLCs also functionally resembled hepatocytes shown by albumin production. However, we could not detect other hepatocyte functions such as urea production or CYP activity. With Matrigel overlay, the hepatocyte-like morphology of the cells was lost, no albumin production was shown and the expression of several hepatocyte markers was lower than in the experiment done without the Matrigel overlay. Thus, Matrigel overlay was shown to be unbeneficial for hepatocyte differentiation. In conclusion, we showed that differentiation of hESCs on the acellular matrix with specific growth factors and without the Matrigel overlay seems promising as a method to produce HLCs. This preliminary study serves as a basis for future studies, in which the differentiation method should still be further studied and developed to yield functional HLCs of uniform quality.
  • Tervonen, Topi (Helsingin yliopisto, 2008)
    Multipotent stem cells can self-renew and give rise to multiple cell types. One type of mammalian multipotent stem cells are neural stem cells (NSC)s, which can generate neurons, astrocytes and oligodendrocytes. NSCs are likely involved in learning and memory, but their exact role in cognitive function in the developing and adult brain is unclear. We have studied properties of NSCs in fragile X syndrome (FXS), which is the most common form of inherited mental retardation. FXS is caused by the lack of functional fragile X mental retardation protein (FMRP). FMRP is involved in the regulation of postsynaptic protein synthesis in a group I metabotropic glutamate receptor 5 (mGluR5)-dependent manner. In the absence of functional FMRP, the formation of functional synapses is impaired in the forebrain which results in alterations in synaptic plasticity. In our studies, we found that FMRP-deficient NSCs generated more neurons and less glia than control NSCs. The newborn neurons derived from FMRP-deficient NSCs showed an abnormally immature morphology. Furthermore, FMRP-deficient NSCs exhibited aberrant oscillatory Ca2+ responses to glutamate, which were specifically abolished by an antagonist of the mGluR5 receptor. The data suggested alterations in glutamatergic differentiation of FMRP-deficient NSCs and were further supported by an accumulation of cells committed to glutamatergic lineage in the subventricular zone of the embryonic Fmr1-knockout (Fmr1-KO) neocortex. Postnatally, the aberrant cells likely contributed to abnormal formation of the neocortex. The findings suggested a defect in the differentiation of distinct glutamatergic mGluR5 responsive cells in the absence of functional FMRP. Furthermore, we found that in the early postnatal Fmr1-KO mouse brain, the expression of mRNA for regulator of G-protein signalling-4 (RGS4) was decreased which was in line with disturbed G-protein signalling in NSCs lacking FMRP. Brain derived neurotrophic factor (BDNF) promotes neuronal differentiation of NSCs as the absence of FMRP was shown to do. This led us to study the effect of impaired BDNF/TrkB receptor signaling on NSCs by overexpression of TrkB.T1 receptor isoform. We showed that changes in the relative expression levels of the full-length and truncated TrkB isoforms influenced the replication capacity of NSCs. After the differentiation, the overexpression of TrkB.T1 increased neuronal turnover. To summarize, FMRP and TrkB signaling are involved in normal differentiation of NSCs in the developing brain. Since NSCs might have potential for therapeutic interventions in a variety of neurological disorders, our findings may be useful in the design of pharmacological interventions in neurological disorders of learning and memory.
  • Huhtala, Paula (2000)
    The aim of this study is to analyze the development of competence and the work contents of vocational teachers in three vocational education areas: home economics field, social field and care field. The majority of teachers and studets in these fields are women. The theory of this study is based on neoweberian profession theory. This theory includes two dimensions: the monopoly and the autonomy of the vocation. The goal of the vocation is to achieve monopoly, when the practising of the vocation is not possible without competence. The goal of the vocation is also to achieve autonomy, because the competence having have a wide command to their work. The neoweberian theory enphasis also the means to achieve monopoly. This study analyzes, how the profession develpoment goes on and what is the terminal of the development. This study examines also, how the development of vocational education and the development of society have been connected to the profession development of teachers. Furthermore, this study also examinates, how the government has promoted the profession development and how the teachers self have influenced on their profession development. This study is by character history of sociology. The research perioid is 1879-1990. Research material consists of laws and degrees, which have defined the position and the work of teachers and the preparation documents of these statutes. Teachers have not reached the profession position at the end of the research perioid. The monopoly position of teachers has increased but the autonomy position has decreased during the research perioid. There has been many reasons, which have set limits to the profession development of teachers. We can search reasons from the role of teachers' work, from the last birth of vocational education and from the development of society. The government advanced the progress to reach the monopoly postion but not the autonomy position. Also teachers' own activity to advance their profession development has been minimal. The content of the work of vocational teachers makes it impossible to achieve profession position defined at neoweberian way. At the end of the research perioid we have come to the situation, that the profession must define in a new way.
  • Huhtala, Paula (2000)
    Tutkimuksessa analysoidaan opettajan pätevyysvaatimusten ja työn sisällön kehitystä kolmella ammatillisen koulutuksen alueella: kotitalousala, sosiaaliala ja terveydenhuoltoala. Enemmistö sekä opettajista että opiskelijoista näillä koulutusaloilla on naisia. Tutkimuksen teoriana käytetään uusweberiläistä professioteoriaa. Teorian mukaan professio koostuu kahdesta dimensiosta: ammatin monopoli- ja autonomia -asema. Ammatin harjoittajien pyrkimys on saavuttaa monopoliasema, jolloin muilla kuin tutkinnon suorittaneilla ei ole lupaa harjoittaa ammattia. Ammatin harjoittajien pyrkimyksenä on myös saavuttaa autonomia -asema, sillä se takaa laajan päätäntävallan työssä. Uusweberiläinen teoria korostaa myös niitä keinoja, joita käyttämällä ammatti voi saavuttaa professioaseman. Tutkimuksessa analysoidaan professiokehityksen etenemistä ja saavutettua professioasemaa. Tutkimuksessa tarkastellaan myös, miten ammatillisen koulutuksen kehitys ja yhteiskuntakehitys ovat yhteydessä opettajan professiokehitykseen. Tutkimuksessa tarkastellaan myös, miten valtiovalta on edistänyt professiokehitystä ja miten opettajat itse ovat vaikuttaneet professiokehitykseensä. Tutkimus on sosiologista historiantutkimusta. Tutkimuksessa tarkastellaan vuosien 1879 ja 1990 välistä aikaa. Tutkimusmateriaali koostuu niistä laeista ja asetuksista, jotka ovat säätäneet opettajan asemaa ja työtä sekä näiden valmisteluasiakirjoista. Opettajat eivät olleet saavuttaneet professioasemaa tarkastelujakson lopussa. Opettajien monopoliasema on kasvanut tarkastelujakson aikana, mutta autonomia -asema on kaventunut. Useat syyt ovat vaikuttaneet siihen, että opettajat eivät ole saavuttaneet professioasemaa. Syitä voidaan etsiä opettajan työn luonteesta, ammatillisen koulutuksen myöhäsyntyisyydestä ja yhteiskuntakehityksestä. Valtiovalta on tukenut monopoliaseman kehittymistä mutta ei autonomia -aseman kehittymistä. Myös opettajien oma aktiivisuus professioaseman saavuttamiseksi on ollut vähäistä. Ammatillisen koulutuksen opettajan työn luonne on sellainen, että ammatin ei ole mahdollista saavuttaa professioasemaa, joka on määritelty uusweberiläisen teorian mukaan. Tarkastelujakson lopussa on tultu kehitysvaiheeseen, jossa professiokäsite on määriterltävä uudella tavalla.
  • Joffe, Grigori (Helsingin yliopisto, 1999)
  • Keyriläinen, Jani (Helsingin yliopisto, 2004)
  • Koskelo, Otso (Helsingin yliopisto, 2010)
    The main method of modifying properties of semiconductors is to introduce small amount of impurities inside the material. This is used to control magnetic and optical properties of materials and to realize p- and n-type semiconductors out of intrinsic material in order to manufacture fundamental components such as diodes. As diffusion can be described as random mixing of material due to thermal movement of atoms, it is essential to know the diffusion behavior of the impurities in order to manufacture working components. In modified radiotracer technique diffusion is studied using radioactive isotopes of elements as tracers. The technique is called modified as atoms are deployed inside the material by ion beam implantation. With ion implantation, a distinct distribution of impurities can be deployed inside the sample surface with good con- trol over the amount of implanted atoms. As electromagnetic radiation and other nuclear decay products emitted by radioactive materials can be easily detected, only very low amount of impurities can be used. This makes it possible to study diffusion in pure materials without essentially modifying the initial properties by doping. In this thesis a modified radiotracer technique is used to study the diffusion of beryllium in GaN, ZnO, SiGe and glassy carbon. GaN, ZnO and SiGe are of great interest to the semiconductor industry and beryllium as a small and possibly rapid dopant hasn t been studied previously using the technique. Glassy carbon has been added to demonstrate the feasibility of the technique. In addition, the diffusion of magnetic impurities, Mn and Co, has been studied in GaAs and ZnO (respectively) with spintronic applications in mind.
  • Slotte, Jonatan (Helsingin yliopisto, 1999)
  • Pertola, Sari (Helsingin yliopisto, 2006)
    In this thesis the role played by expansive and introduced species in the phytoplankton ecology of the Baltic Sea was investigated. The aims were threefold. First, the studies investigated the resting stages of dinoflagellates, which were transported into the Baltic Sea via shipping and were able to germinate under the ambient, nutrient-rich, brackish water conditions. The studies also estimated which factors favoured the occurrence and spread of P. minimum in the Baltic Sea and discussed the identification of this morphologically variable species. In addition, the classification of phytoplankton species recently observed in the Baltic Sea was discussed. Incubation of sediments from four Finnish ports and 10 ships ballast tanks revealed that the sediments act as sources of living dinoflagellates and other phytoplankton. Dinoflagellates germinated from all ports detected and from 90% of ballast tanks. The concentrations of cells germinating from ballast tank sediments were mostly low compared with the acceptable cell concentrations set by the International Maritime Organization s (IMO s) International Convention for the Control and Management of Ships Ballast Water and Sediments. However, the IMO allows such high concentrations of small cells in the discharged ballast water that the total number of cells in large ballast water tanks can be very high. Prorocentrum minimum occurred in the Baltic Sea annually but with no obvious trend in the 10-year timespan from 1993 to 2002. The species occurred under wide ranges of temperatures and salinities and the abundance of the species was positively related especially to the presence of organic nitrogen and phosphorus. This indicated that the species was favoured by increased organic nutrient loading and runoff from land and rivers. The cell shape of P. minimum varied from triangular to oval-round, but morphological fine details indicated that only one morphospecies was present. P. minimum also is, according to present knowledge, the only potentially harmful phytoplankton species that has recently expanded widely into new areas of the Baltic Sea.
  • Sairanen, Viljami (2013)
    Diffuusiokuvantaminen perustuu magneettikuvauslaitteen avulla mitattuun vesimolekyylien satunnaiseen lämpöliikkeeseen. Pehmytkudoksessa vesimolekyyli diffuntoituu noin 17 mikrometrin matkan 50 millisekunnin aikana ja diffuusiokuvantaminen on ainoa kliininen kuvantamismenetelmä, joka pystyy rekisteröimään näin pientä liikettä ei-invasiivisesti. Tutkimalla, missä suunnissa diffuntoituminen on voimakasta, voidaan paikantaa esimerkiksi valkeasta aivoaineesta hermoratojen reittejä. Tämä edellyttää käytännössä vähintään 20 diffuusiosuunnan kuvaamista, joiden pohjalta lasketaan diffuusion suuntaa ja suuruutta kuvaava diffuusiotensori kuva-alkiokohtaisesti. Menetelmä edellyttää nopeaa kuvausaikaa, jotta fysiologiset virtaukset tai potilaan liike eivät häiritse tasoltaan huomattavasti heikomman lämpöliikkeen rekisteröintiä. Nopea kuvaus puolestaan asettaa laiteteknisiä vaatimuksia gradienttikentille, joita ei anatomisessa T1- tai T2-painotetussa kuvantamisessa esiinny. Gradienttikelojen on pystyttävä toimimaan äärirajoillansa koko kuvauksen ajan, jotta useat peräkkäiset rekisteröinnit eri diffuusiosuunnissa ovat mahdollisia. Optimoinnissa käyttäjä ei voi vaikuttaa laiteteknisiin ratkaisuihin, mutta kuvausparametrien variointi on mahdollista. Edellytyksenä mielekkäälle optimoinnille on kuitenkin valita vertailtavat suureet, joiden perusteella voidaan sanoa, mitkä testatuista vaihtoehdoista paransivat kuvanlaatua. Diffuusiotensorikuvantamiseen (DTI) on ehdotettu laadunvalvontaprotokollaa, joka huomioi kuvausmenetelmän laitetekniset haasteet. Kyseinen julkaisu on ainoa, joka ottaa kantaa useimpiin DTI:n ongelmakohtiin ja on siten luonteva lähtökohta DTI-optimoinnille. Julkaisun menetelmässä tutkittiin DTI-sekvenssin tuottamaa signaalikohinasuhdetta, kuvaussekvenssistä ja indusoituvista pyörrevirroista johtuvia erilaisia geometrisia vääristymiä sekä diffuusiotensorista johdettuja FA- ja MD-arvoja. Työn ensimmäisessä vaiheessa valittiin kliiniseen DTI-sekvenssiin pohjautuva referenssisekvenssi, jota varioitiin yksi kuvausparametri kerrallaan. Muunnellut parametrit olivat kaikuaika, rinnakkaiskuvantamiskerroin, k-avaruuden keräyslaajuus, päämagneettikentän tasoitusalue sekä diffuusiopainotuskerroin eli b-arvo. Varioituja sekvenssejä oli yhteensä 10, joiden pohjalta valittiin kuvanlaatuun myönteisesti vaikuttaneet parametrit työn toiseen vaiheeseen, missä referenssisekvenssiä varioitiin usean parametrin suhteen. Lopputuloksena todettiin, että lyhin mahdollinen kaikuaika 55 ms ja suurin mahdollinen k-avaruuden kartoitusalueparametrin arvo 0,780 kasvattivat signaalikohinasuhdetta 13 %. Rinnakkaiskuvantamiskertoimen kasvattaminen kahdesta kahteen ja puoleen pienensi geometrisia vääristymiä kvalitatiivisessa arviossa, mutta heikensi signaalikohinasuhdetta referenssisekvenssiin verrattuna suurimmillaan vain 5 %. Päämagneettikentän tasoitusalueen valinnalla tai b-arvon pienentämisellä tuhannesta kahdeksaansataan ei havaittu olevan merkittävää vaikutusta kuvanlaadulle fantomitutkimusessa. Tulokset eivät poikenneet teoreettisista ennusteista, mutta toisaalta laiteteknisistä rajoituksista johtuen optimointi ei voi perustua pelkästään teoreettiseen arvioon oikeista parametrien arvoista. Työssä esitettyä menetelmää on mahdollista jatkossa käyttää myös muiden diffuusiopainotettujen sekvenssien optimoinnissa.
  • Sairanen, Viljami (2013)
    Diffuusiokuvantaminen perustuu magneettikuvauslaitteen avulla mitattuun vesimolekyylien satunnaiseen lämpöliikkeeseen. Pehmytkudoksessa vesimolekyyli diffuntoituu noin 17 mikrometrin matkan 50 millisekunnin aikana ja diffuusiokuvantaminen on ainoa kliininen kuvantamismenetelmä, joka pystyy rekisteröimään näin pientä liikettä ei-invasiivisesti. Tutkimalla, missä suunnissa diffuntoituminen on voimakasta, voidaan paikantaa esimerkiksi valkeasta aivoaineesta hermoratojen reittejä. Tämä edellyttää käytännössä vähintään 20 diffuusiosuunnan kuvaamista, joiden pohjalta lasketaan diffuusion suuntaa ja suuruutta kuvaava diffuusiotensori kuva-alkiokohtaisesti. Menetelmä edellyttää nopeaa kuvausaikaa, jotta fysiologiset virtaukset tai potilaan liike eivät häiritse tasoltaan huomattavasti heikomman lämpöliikkeen rekisteröintiä. Nopea kuvaus puolestaan asettaa laiteteknisiä vaatimuksia gradienttikentille, joita ei anatomisessa T1- tai T2-painotetussa kuvantamisessa esiinny. Gradienttikelojen on pystyttävä toimimaan äärirajoillansa koko kuvauksen ajan, jotta useat peräkkäiset rekisteröinnit eri diffuusiosuunnissa ovat mahdollisia. Optimoinnissa käyttäjä ei voi vaikuttaa laiteteknisiin ratkaisuihin, mutta kuvausparametrien variointi on mahdollista. Edellytyksenä mielekkäälle optimoinnille on kuitenkin valita vertailtavat suureet, joiden perusteella voidaan sanoa, mitkä testatuista vaihtoehdoista paransivat kuvanlaatua. Diffuusiotensorikuvantamiseen (DTI) on ehdotettu laadunvalvontaprotokollaa, joka huomioi kuvausmenetelmän laitetekniset haasteet. Kyseinen julkaisu on ainoa, joka ottaa kantaa useimpiin DTI:n ongelmakohtiin ja on siten luonteva lähtökohta DTI-optimoinnille. Julkaisun menetelmässä tutkittiin DTI-sekvenssin tuottamaa signaalikohinasuhdetta, kuvaussekvenssistä ja indusoituvista pyörrevirroista johtuvia erilaisia geometrisia vääristymiä sekä diffuusiotensorista johdettuja FA- ja MD-arvoja. Työn ensimmäisessä vaiheessa valittiin kliiniseen DTI-sekvenssiin pohjautuva referenssisekvenssi, jota varioitiin yksi kuvausparametri kerrallaan. Muunnellut parametrit olivat kaikuaika, rinnakkaiskuvantamiskerroin, k-avaruuden keräyslaajuus, päämagneettikentän tasoitusalue sekä diffuusiopainotuskerroin eli b-arvo. Varioituja sekvenssejä oli yhteensä 10, joiden pohjalta valittiin kuvanlaatuun myönteisesti vaikuttaneet parametrit työn toiseen vaiheeseen, missä referenssisekvenssiä varioitiin usean parametrin suhteen. Lopputuloksena todettiin, että lyhin mahdollinen kaikuaika 55 ms ja suurin mahdollinen k-avaruuden kartoitusalueparametrin arvo 0,780 kasvattivat signaalikohinasuhdetta 13 %. Rinnakkaiskuvantamiskertoimen kasvattaminen kahdesta kahteen ja puoleen pienensi geometrisia vääristymiä kvalitatiivisessa arviossa, mutta heikensi signaalikohinasuhdetta referenssisekvenssiin verrattuna suurimmillaan vain 5 %. Päämagneettikentän tasoitusalueen valinnalla tai b-arvon pienentämisellä tuhannesta kahdeksaansataan ei havaittu olevan merkittävää vaikutusta kuvanlaadulle fantomitutkimusessa. Tulokset eivät poikenneet teoreettisista ennusteista, mutta toisaalta laiteteknisistä rajoituksista johtuen optimointi ei voi perustua pelkästään teoreettiseen arvioon oikeista parametrien arvoista. Työssä esitettyä menetelmää on mahdollista jatkossa käyttää myös muiden diffuusiopainotettujen sekvenssien optimoinnissa.
  • Milano, Sanna (2012)
    Tässä Pro gradu -tutkielmassa tarkastellaan Venezuelan hallinnon roolia Latinalaisen Amerikan poliittisen ilmapiirin muokkaajana. Tutkielman taustaa ohjaa käsitys demokratiakehityksen heikentymisestä ja uusien autoritaaristen valtojen noususta maailmanpolitiikan suuntaa määrittävinä toimijoina. Teoreettinen viitekehys perustuu poliittisten regiimien leviämisestä ja edistämisestä tehtyyn aikaisempaan tutkimukseen, jossa keskeiseksi nousee käsite poliittisesta diffuusiosta. Koska aihetta käsittelevät teoreettiset tulkinnat ovat olleet monimuotoisia, työn ensimmäisenä haasteena on hahmotella mahdollisimman selkeä kokonaiskuva poliittisen diffuusion luonteesta. Erilaisien diffuusioteoreettisten näkökulmien valossa on tarkoitus selvittää, voidaanko Venezuelan bolivariaanisen mallin ja siihen liitettyjen autoritaaristen ulottuvuuksien katsoa edistäneen epädemokraattisten käytäntöjen omaksumista myös Boliviassa ja Ecuadorissa. Tutkimusasetelma edellyttää Venezuelan hallintomallin luonnehdintaa ja siihen liittyväksi nähtyjen epädemokraattisten piirteiden täsmentämistä. Diffuusion havainnollistamiseksi autoritaarisuuteen viittaavia piirteitä peilataan tämän jälkeen Bolivian ja Ecuadorin poliittisiin todellisuuksiin. Systemaattisen analyysin toteuttamiseen hyödynnetään demokratian realistista ja rajattua määritelmää sekä demokraattiseen yhteiskuntaan yhdistettyä oikeusvaltioperiaatteen käsitettä. Aiemman tutkimuskirjallisuuden ohella analyysin pääasiallisena aineistona käytetään perustuslakitekstejä sekä Freedom Housen ja International Crisis Groupin maakohtaisia raportteja ja selontekoja. Venezuelan epädemokraattisiksi piirteiksi täsmennetään käytäntöjä, jotka liittyvät vallanjaon hämärtymiseen, perus- ja ihmisoikeuksien soveltamiseen sekä vaalijärjestelmän toimintaan. Bolivian ja Ecuadorin poliittisen kehityksen väliltä löydetään paljon yhtäläisyyksiä niin yleisen tason suuntauksen kuin autoritaarisuutta ilmentävien käytäntöjen suhteen. Hallintojen keskinäisten suhteiden pohtiminen osoittaa, että vuorovaikutus niiden välillä on moninaista. Tutkimusaineistosta tehtyjen havaintojen ja diffuusioteoreettisten näkökulmien vuoropuhelun kautta osoitetaan, että Venezuelan, Bolivian ja Ecuadorin mallien välillä voidaan todentaa merkkejä yleisen tason poliittisesta diffuusiosta. Analyyttisen pohdinnan kautta päädytään kuitenkin toteamaan, etteivät empiiriset perusteet ole riittäviä osoittamaan Venezuelan suoranaista vaikutusta hahmotettujen autoritaaristen piirteiden kehittymiseen Boliviassa tai Ecuadorissa.
  • Palander, Samu (Helsingin yliopisto, 2006)
    Six experiments have been conducted to examine digestibility and feeding value of domestic Finnish fibre-rich cereals (barley and oats as compared to maize and wheat) and protein sources (rapeseed meal and cake, peas, faba beans, lupin seeds) for growing turkeys and to investigate effects of age of the birds (from 3 to 12 weeks of age) on digestion process and estimated nutrient digestibility and energy values. Besides, an objective of the study was to test applications of digestibility research methodology for turkeys. Total tract digestibility and apparent metabolizable energy (AME) was assayed in experimental cages using excreta collection, and a slaughter method was applied to sample small intestinal digesta for determination of apparent ileal crude protein digestibility (AICPD), jejuno-duodenal digesta viscosity and caecal volatile fatty acid (VFA) concentration. Digesta viscosity decreased and caecal VFA production increased with age of growing turkeys. Digesta retention times in the small intestine were generally longer in the older birds than in the younger ones. Crude fat digestibility and AME increased with age of growing turkeys, especially with viscous diets. AICPD seemed to decrease with age in most cases. Supplementation with β-gucanase-xylanase decreased viscosity, improved crude fat digestibility and metabolizable energy value and increased VFA production especially in barley-fed turkeys and especially in the young birds. Poor protein digestibility and low energy value of rapeseed meal and rapeseed cake decreased their feeding value for turkeys. In addition, a typical goitrogenic effect of rapeseed feeding was detected. Use of legume seeds as feed for growing turkeys is limited mostly by the low energy value in lupin seeds and the low ileal protein and amino acid digestibility in faba beans. Digestibility of fibre-rich protein sources was not improved with age of the turkeys. Euthanizing the turkeys for AICPD determination by carbon dioxide and bleeding led to lower digestibility values than mechanical stunning and cervical dislocation, suggesting inferiority of carbon dioxide stunning in experimental use. Comparison of AICPD and AME results obtained using different markers showed that considerable differences may occur, especially on total tract level, when acid-insoluble ash gave considerably lower AME values than titanium dioxide and chromic oxide.