Browsing by Title

Sort by: Order: Results:

Now showing items 654-673 of 24499
  • Teikari, Jonna (2013)
    Syanobakteerit ovat yhteyttäviä organismeja. Niitä tavataan tyypillisesti makeissa ja suolaisissa vesissä mutta esimerkiksi sienten kanssa symbioottisessa suhteessa eläviä lajeja on löydetty myös maalta. Epäorgaaninen fosfori (Pi) mielletään yleensä syanobakteerien kasvua rajoittavaksi tekijäksi vesiympäristöissä, sillä syanobakteerit voivat hyödyntää suoraan ainoastaan Pi:a fosforin lähteenä. Syanobakteereilta on löydetty Escherichia coli –bakteereilla tavattavia fosforin kuljetukseen osallistuvia pho-säätelyalueita ja niiden toimintaa on tutkittu jonkin verran. Syanobakteerit tuottavat yleensä lukuisia bioaktiivisia yhdisteitä, jotka voivat toimia esimerkiksi myrkkyinä tai estää bakteerien ja sienten kasvua. Bioaktiivisten yhdisteiden merkitystä syanobakteereille ei kuitenkaan tunneta. Suuri osa bioaktiivisista yhdisteistä tuotetaan ei-ribosomaalisella peptidisynteesillä (NRPS). Työn tavoitteena oli selvittää Anabaena 90 –syanobakteerikannan proteomissa tapahtuvia muutoksia ja bioaktiivisten yhdisteiden määrän vaihtelua, kun kantaa kasvatettiin matalassa (0,05 mg/l) ja korkeassa (5,5 mg/l) fosforipitoisuudessa. Ennen siirtoa kahdelle eri kasvatusalustalle solujen fosforivarastot tyhjennettiin kasvattamalla niitä fosforittomalla alustalla. Työssä käytettiin proteomien tutkimiseen kahdensuuntaista erottelevaa geelielektroforeesia (2D-DIGE) yhdistettynä LC/MS-analyyseihin. Bioaktiivisten yhdisteiden määrät analysoitiin myös LC/MS-ajoissa. Työssä käytettiin Anabaena 90 –syanobakteerikantaa. Kanta valittiin, koska sen genomi on kokonaan sekvensoitu ja annotoitu. Lisäksi kyseinen kanta tuottaa bioaktiivisia yhdisteitä: mikrokystiinejä, anabaenopeptiinejä ja anabaenopeptilidejä. Geeleiltä tunnistettiin yhteensä 11 proteiinia, joiden määrien todettiin tilastollisesti merkitsevästi kohonneiksi tai laskeneiksi matalassa fosforipitoisuudessa. Proteiineista kymmenen osoitettiin osallistuvan tiukkaan säätelyyn, joka aktivoituu, kun solukasvusto on saavuttamassa stationaarisen kasvun vaiheen. Tiukan säätelyn proteiinit osallistuivat aminohappojen metaboliaan sekä translaatioon. Yhden proteiineista osoitettiin olevan ribosomin pienen alayksikön proteiini. Lisäksi tunnistettujen proteiinien joukossa oli hiilen kiertoon osallistuva ribuloosibisfosfaatti-karboksylaasi/oksygenaasi (RuBisCO), jonka määrä väheni merkitsevästi matalassa fosforipitoisuudessa. Anabaena 90 –syanobakteerikannan bioaktiivisten yhdisteiden tuotannossa ei havaittu tilastollisesti merkitseviä eroja matalassa ja korkeassa fosforipitoisuudessa. Rinnakkaisten näytteiden määrää tulee lisätä, kun analyysi toistetaan
  • Partanen, Asta (2013)
    Syanobakteerit ovat vesistöissä ja maaperässä eläviä yhteyttäviä organismeja. Ne jaetaan morfologiansa perusteella Chroococcales-, Pleurocapsales-, Oscillatoriales-, Nostocales- ja Stigonematales-lahkoihin. Anabaena 90 -syanobakteerikanta on Nostocales-lahkoon kuuluva, rihmamainen syanobakteeri. Se eristettiin Vesijärvestä vuonna 1986. Kanta tuottaa erilaisia bioaktiivisia yhdisteitä, joista tutkituimpia ovat mikrokystiinit, anabaenopeptiinit ja anabaenopeptilidit. Bioaktiivisia yhdisteitä tuotetaan ei-ribosomaalisten peptidisyntetaasien (NRPS) avulla, mutta yhdisteiden merkitys syanobakteereille on epäselvä. Anabaena 90 –villityyppikannasta (WT) on valmistettu anabaenopeptilidimutantti (apd-), joka ei muodosta anabaenopeptilidejä. Työn tavoitteena oli selvittää WT- ja apd--kannan proteomien välisiä eroja kuusipäiväisen kasvatuskokeen aikana. Samanaikaisesti tutkittiin kantojen anabaenopeptilidi (apd) –syntetaasigeenien ilmentymistä. Tavoitteena oli kartoittaa mahdollisia kantojenvälisiä eroja yksittäisten proteiinien tuotossa ja apd-syntetaasigeenien ilmentymisessä. Tämän toivottiin lisäävän Anabaena 90 -syanobakteerin aineenvaihdunnan tuntemusta. Proteomeja tutkittiin kaksisuuntaisen erottelevan geelielektroforeesin (2D-DIGE) avulla. Proteomien välisten erojen tilastolliseen tarkasteluun käytettiin t-testiä. Anabaenopeptilidigeenien ilmentymistä tutkittiin käänteiskopioijapolymeraasiketjureaktiolla (RT-PCR). Tulosten perusteella voitiin todeta, että WT- ja apd--kannan proteomit poikkesivat toisistaan. 18 proteiinin määrässä havaittiin tilastollisesti merkitsevä ero kantojen välillä. Yksittäisten proteiinien määrät olivat useammin koholla apd--kannassa. Molempien kantojen apd-syntetaasigeenit ilmentyivät, joten mutaatio apd--kannassa ei estänyt apd-transkriptien muodostumista. Jatkoa ajatellen tilastollisesti merkitsevien proteiinien tunnistaminen olisi oleellista. Se paljastaisi syitä WT- ja apd--kannan proteomien eroavaisuuksiin ja antaisi lisätietoa Anabaena 90 –syanobakteerin aineenvaihdunnasta.
  • Korpinen, Markus (2014)
    Intermolecular long-range interactions play an important role in several areas of modern research. In this thesis, van der Waals coefficients for different small coinage metal systems such as H2-H2, H2-Cu2, H2-Ag2, and H2-Au2 are determined from the results of accurate ab initio calculations. A four dimensional potential energy surface is computed with the coupled cluster method with a single, double and perturbative triple excitations (CCSD(T)) using a large augmented Dunning basis set. In the case of externally neutral molecules, the dominating long-range interactions are often van der Waals dispersion interactions. Many long-range pair potential models are using a pre-defined experimental or computational van der Waals C6 coefficients. To obtain the coefficients, the potential energy surface is modelled with spherical harmonic approximation together with bipolar spherical harmonics. It was noticed that the anisotropies of the potential energy surface can be described with terms which have similar angular dependencies as the electrostatic multipole-multipole interactions and the van der Waals interactions. These include, for example, quadrupole-quadrupole and quadrupole-hexadecapole interaction. Using the computed potential energy surfaces and least-squares fitting different long-range interaction models, C6 and C8 dispersion coefficients, and quadrupole and hexadecapole moments are obtained for hydrogen, copper, silver and gold dimers.
  • Karkku, Pauliina (1991)
    Tutkimuksessa käytettiin suomenhevosorivarsoja ( 16 kpl ), jotka olivat syntyneet touko-kesäkuussa -86. Varsat jaettiin 12-17 kk:n iässä kolmeen ryhmään: ryhmä 1=kontrollit, ryhmä 2= annos 100 mg jaryhmä 3= annos 500 mg. Lauraboliniaa kolmen viikon välein lihaksensisäisesti, yhteensä 12 hoitokertaa. Steroidikuurin aikana kivesten kokonaisleveys ( TSW ) mitattiin injektiokertojen yhteydessä. Lääkityksen loputtua kivekset mitattiin kolmesti vuodessa. Spermaa kerättiin keväällä -88, syksyllä -88 ja keväällä -89. Näytteistä mitattiin kokonaistilavuus, geelin ja geelivapaan siemennesteen tilavuudet, tiheys ja progressiivinen motiliteetti. Lisäksi määritettiin elävien/kuolleiden siittiöiden suhde ja tehtiin morfologinen tutkimus. Tutkimuksessa todettiin suuren Laurabolin-annoksen hidastavan kivesten kasvua ja vähentävän huomattavasti spermantuotantoa. Muutokset olivat kuitenkin reversiibeleitä, sillä kivesten koko ja spermantuotantokyky palautuivat kontrolliryhmää vastaavalle tasolle 4-12 kk:n kuluessa injektioiden lopettamisesta. Terapeuttisellaanabolisella steroidiannoksella ei ollut haitallista vaikutusta kivesten kehittymiseen ja spermantuotantokykyyn.
  • Heinäsuo, Aila (1992)
    Tutkielmassa tarkastellaan anaerobi-aerobi-mastiitin (kesämastiitin) bakteriologiaa, patogeneesiä ja terapiaa. Työ jakaantuu kirjallisuuskatsaukseen ja tutkimusosaan. Tutkimusosassa vertailtiin penisilliini- ja penisilliini + tinidatsoli-hoitojen tehoa kesämastiittiin kokeellisten infektioiden avulla. Tutkimuksen toisena tarkoituksena oli seurata taudin kehittymistä ja akuuttia tulehdusreaktiota . Koe-eläimenä oli kymmenen hiehoa, joiden oletettiin poikivan 1-2 kk kuluttua. Eläinten takaneljännekset infektoitiin kesämastiitista eristetyillä bakteerikannoilla (Actinomyces pyogenes, Fusobacterium necrophorum ja Peptostreptococcus indolicus). Eläinten tilaa seurattiin kliinisesti sekä veri-ja eritenäyttein. Hoito aloitettiin 24-32 tunnin kuluttua infektoinnista.Joka toinen eläin sai rutiinihoidon (prokaiinipenisilliini), joka toinen koehoidon (tinidatsoli + K- tai prokaiinipenisilliini). Kaikki eläimet sairastuivat melko vakavasti. NAGaasit vaihtelivat akuutissa vaiheessa 211 ja 698 yksikön välillä. Totaalileukosyyttien keskiarvo kohosi lievästi. Bakteremiaa ei esiintynyt yhdelläkään eläimellä. Penisilliini-ryhmä eliminoi paremmin A.pyogenes-bakteerin utareestaan. F.necrophorum ja P. indolicus sen sijaan poistuivat nopeammin koeryhmän, eli sekä penisilliiniä- että tinidatsolia saaneiden utareesta. Täysin parantuneeksi voitiin katsoa neljä hiehoa. Kaksi näistä oli saanut koe- ja kaksi kontrollihoidon. Tärkein paranemiseen vaikuttanut tekijä tässä tutkimuksessa vaikutti olevan koe-eläinten yksilöllinen vaste aiheutettuun tulehdukseen.
  • Seppänen, Vanamo (Helsingin yliopisto, elintarvike- ja ympäristötieteiden laitos, 2010)
    Tässä tutkimuksessa tarkasteltiin viljelykäytössä olevan happaman sulfaattimaan Ap- ja Bg1- horisonttien aggregaattien stabiilisuudessa tapahtuvia muutoksia neljän viikon tulvituksen aikana. Tulvitus estää maan kaasunvaihdon, mikä aiheuttaa hapen puutetta maaperässä. Tästä seuraa muutoksia maan kemiallisissa olosuhteissa, muun muassa maan rakennetta stabiloivan raudan liukoisuus lisääntyy. Tutkimus suoritettiin laboratoriokokeena. Aggregaattien stabiilisuuden mittarina käytettiin märkäseulonnassa irtoavien alle 250 μm:n kokoisten hiukkasten sekä kolloidiaineksen (< 2 μm) määrää. Märkäseulonnassa irtoavan maa-aineksen määrää selvitettiin gravimetrisillä mittauksilla sekä laservaloon perustuvilla menetelmillä. Työssä käytetyt laservaloon perustuvat menetelmät olivat dynaaminen valonsironta sekä partikkelilaskenta. Dynaamista valonsirontaa käytettiin kolloidiaineksen määrän mittaamiseen. Menetelmän ongelmana oli tulosten välinen suuri hajonta. Alle 250 μm:n kokoisten hiukkasten määrää mitattiin partikkelilaskurilla. Tätä mittausta vaikeutti laitteen vaatima pieni partikkelikonsentraatio sekä suurimpien partikkelien jääminen mittauksen ulkopuolelle. Aggregaattien stabiilisuuden tarkastelussa käytettiin gravimetristen mittausten tuloksia. Tulosten perusteella Bg1-horisontin murut olivat huomattavasti Ap-horisontin muruja kestävämpiä. Tähän saattoi olla syynä raudan suurempi määrä Bg1-horisontissa. Ap-horisontin näytteissä sekä makro- että mikroaggregaattien stabiilisuus väheni kokeen aikana. Myös Bg1- horisontin näytteissä mikroaggregaattien kestävyys heikkeni, mutta ei yhtä paljon kuin Aphorisontin näytteissä. Ap-horisontin makroaggregaattien stabiilisuuden heikkenemiseen saattoi olla syynä niitä koossa pitävien juurten mikrobiologinen hajoaminen. Bg1-horisontin mikroaggregaattien hajoaminen oli mahdollisesti seurausta raudan liukenemisesta. Aggregaattien stabiloituminen kokeen loppua kohti aiheutui luultavasti johtokyvyn noususta näytteissä. Syyt stabiilisuusmuutoksiin kaipaavat kuitenkin vielä jatkotutkimuksia.
  • Imperato, Ciro (Helsingin yliopisto, 2011)
    Analisi contrastiva delle modalità di traduzione in finnico dei Tempi verbali e delle perifrasi aspettuali dell italiano (Italian Philology) The topic of this research is a contrastive study of tenses and aspect in Italian and in Finnish. The study aims to develop a research method for analyzing translations and comparable texts (non-translation) written in a target language. Thus, the analysis is based on empirical data consisting of translations of novels from Italian to Finnish and vice versa. In addition to this, for the section devoted to solutions adopted in Finnish for translating the Italian tenses Perfetto Semplice and Perfetto Composto, 39 Finnish native speakers were asked to answer questions concerning the choice of Perfekti and Imperfekti in Finnish. The responses given by the Finnish informants were compared to the choices made by translators in the target language, and in this way it was possible both to benefit from the motivation provided by native speakers to explain the selection of a tense (Imperfekti/Perfekti) in a specific context compared with the Italian formal equivalents (Perfetto Composto/Perfetto Semplice), and to define the specific features of the Finnish verb tenses. The research aims to develop a qualitative method for the analysis of formal equivalents and translational changes ( shifts ). Although, as the choice of Italian and Finnish progressive forms is optional and related to speaker preferences, besides the qualitative analysis, I also considered it necessary to operate a quantitative one in order to find out whether the two items share the same degree of correspondence in frequency of use. In this study I explain translation choices in light of cognitive grammar, suggesting that particular translation relationships derive from so-called construal operations. I use the concepts of cognitive linguistics not only to analyze the convergences and divergences of the two aspectual systems, but also to redefine some general procedures related to the phenomenon of translation. For the practical analysis of the corpus were for the most part employed theoretical categories developed in a framework proposed by Pier Marco Bertinetto. Following this approach, the notions of aspect (the morphologic or morphosyntactic, subjective level) and actionality (the lexical aspect or objective level, traditionally Aktionsart) are carefully distinguished. This also allowed me to test the applicability of these distinctions to two languages typologically different from each other. The data allowed both the analysis of the semantic and pragmatic features that determine tense and aspect choices in these two languages, and to discover the correspondences between the two language systems and the strategies that translators are forced to resort to in particular situations. The research provides not only a detailed and analytically argued inventory about possible solutions for translating Italian tenses and aspectual devices in Finnish that could be of pedagogical relevance, but also new contributions about the specific uses of time-aspectual devices in the two languages in question.
  • Maldovan, Ignacio (Helsingin yliopisto, 2010)
    Title of the Master's thesis: Análisis de la preposición hacia y establecimiento de sus equivalentes en finés (trans. Analysis of the Spanish preposition hacia and the finding of its equivalents in Finnish) Abstracts: The aim of this Master thesis is to provide a detailed analysis of the Spanish preposition hacia from a cognitive perspective and to establish its equivalents in Finnish language. In this sense, my purpose is to demonstrate the suitability of both cognitive perspectives and Contrastive Linguistics for semantic analysis. This thesis is divided into five chapters. The first chapter includes a presentation and a critical review of the monolingual lexical processing and semantic analysis of the Spanish preposition hacia in major reference works. Through this chapter it is possible to see both the inadequacies and omissions that are present in all the given definitions. In this sense, this chapter shows that these problems are not but the upper stage of an ontological (and therefore methodological) problem in the treatment of prepositions. The second chapter covers the presentation of the methodological and theoretical perspective adopted for this thesis for the monolingual analysis and definition of the Spanish preposition hacia, following mainly the guidelines established by G. Lakoff (1987) and R. Langacker (2008) in his Cognitive grammar. Taken together, and within the same paradigm, recent analytical and methodological contributions are discussed critically for the treatment of polysemy in language (cf. Tyler ja Evans 2003). In the third chapter, and in accordance with the requirements regarding the use of empirical data from corpora, is my aim to set out a monolingual original analysis of the Spanish preposition hacia in observance of the principles and the methodology spelled out in the second chapter. The main objective of this chapter is to build a full fledged semantic representation of the polysemy of this preposition in order to understand and articulate its meanings with Finnish language (and other possible languages). The fourth chapter, in accordance with the results of chapter 3, examines and describes and establishes the corresponding equivalents in Finnish for this preposition. The results obtained in this chapter are also contrasted with the current bilingual lexicographical definitions found in the most important dictionaries and grammars. Finally, in the fifth chapter of this thesis, the results of this work are discussed critically. In this way, some observations are given regarding both the ontological and theoretical assumptions as well regarding the methodological perspective adopted. I also present some notes for the construction of a general methodology for the semantic analysis of Spanish prepositions to be carried out in further investigations. El objetivo de este trabajo, que caracterizamos como una tarea de carácter comparativo-analítico, es brindar un análisis detallado de la preposición castellana hacia desde una perspectiva cognitiva en tanto y a través del establecimiento de sus equivalentes en finés. Se procura, de esta forma, demostrar la adecuación de una perspectiva cognitiva tanto para el examen como para el establecimiento y articulación de la serie de equivalentes que una partícula, en nuestro caso una preposición, encuentra en otra lengua. De esta forma, y frente a definiciones canónicas que advierten sobre la imposibilidad de una caracterización acabada del conjunto de usos de una preposición, se observa como posible, a través de la aplicación de una metodología teórica-analítica adecuada, la construcción de una definición viable tanto en un nivel jerárquico como descriptivo. La presente tesis se encuentra dividida en cinco capítulos. El primer capítulo comprende una exposición y revisión critica del tratamiento monolingüe lexicográfico y analítico que la preposición hacia ha recibido en las principales obras de referencia, donde se observa que las inadecuaciones y omisiones presentes en la totalidad de las definiciones analizadas representan tan sólo el estadio superior de una problemática de carácter ontológico y, por tanto, metodológico, en el tratamiento de las preposiciones. El capítulo segundo comprende la presentación de la perspectiva teórica metodológica adoptada en esta tesis para el análisis y definición monolingüe de la preposición hacia, teniendo por líneas directrices las propuestas realizadas por G. Lakoff , así como a los fundamentos establecidos por R. Langacker en su propuesta cognitiva para una nueva gramática. En forma conjunta y complementaria, y dentro del mismo paradigma, empleamos, discutimos críticamente y desarrollamos diferentes aportes analítico-metodológicos para el tratamiento de la polisemia en unidades lingüísticas locativas. En el capítulo tercero, y en acuerdo con las exigencias respecto a la utilización de datos empíricos obtenidos a partir de corpus textuales, se expone un análisis original monolingüe de la preposición hacia en observancia de los principios y la metodología explicitada en el capítulo segundo, teniendo por principal objetivo la construcción de una representación semántica de la polisemia de la preposición que comprenda y articule los sentidos prototípicos para ésta especificados. El capítulo cuarto, y en acuerdo con los resultados de nuestro análisis monolingual de la preposición, se examinan, describen y establecen los equivalentes correspondientes en finés para hacia; asimismo, se contrastan en este capítulo los resultados obtenidos con las definiciones lexicográficas bilingües vigentes. Se recogen en el último y quinto capítulo de esta tesis algunas observaciones tanto respecto a los postulados ontológicos y teórico-metodológicos de la perspectiva adoptada, así como algunas notas para la construcción de una metodología general para el análisis semántico preposicional.
  • Palomäki, Anni-Mari (Helsingin yliopisto, 2008)
    Tämän tutkimuksen tarkoituksena on tutkia Venäjällä ilmestyvän ”Krest’janka”-lehden välittämää naiskuvaa. Tutkimukseen on valittu lehden vuosikerrat 1985, 1995 ja 2005, koska suuret muutokset Venäjällä ajoittuvat tälle aikavälille. Haluamme selvittää, miten naiskuva on muuttunut tänä aikana ja miten se välittyy lehden sivuilta. Tutkimukseemme olemme käyttäneet A.V. Kirilinan työssään käyttämiä metodeja. Keräsimme lehdistä kaikki verbilausekkeet, joiden subjektina on naista tarkoittava sana ja jaoimme ne luokkiin merkityksen mukaan. Jaottelun jälkeen analysoimme kerättyä aineistoa ja pyrimme löytämään kullekin vuosikerralle tyypillisiä verbilausekkeita. Tämän lisäksi keräsimme lehdistä kaikki naista kuvaavat adjektiivit ja vertailimme niiden käyttöä eri vuosina. Tulosten perusteella voidaan sanoa, että vuoden 1985 lehdissä vaikuttaa vielä voimakkaasti sosialismin ihanteet. Nainen kuvataan työnsä kautta aktiivisena ja tavoitteensa ylittävänä kansalaisena. Yksityiselämään ei juuri kiinnitetä huomiota. Vuoden 1995 ja 2005 lehtien naiset ovat keskenään hyvinkin samanlaisia. Naisen elämästä puhutaan nyt jo laajemmin. Työn lisäksi yksityiselämä ja tunteet ovat keskeisiä aiheita. Kun 1985 lehdissä ei puhuttu naisesta negatiiviseen sävyyn, niin 1995 ja 2005 vuosien lehdissä naista kuvataan myös negatiivisessa valossa. Myös yhteiskunnan epäkohtiin kiinnitetään huomiota naisen näkökulmasta.
  • Paasonen, Pauli (Helsingin yliopisto, 2012)
    Aerosol particles have various effects on our life. They affect the visibility and have diverse health effects, but are also applied in various applications, from drug inhalators to pesticides. Additionally, aerosol particles have manifold effects on the Earths radiation budget and thus on the climate. The strength of the aerosol climate effect is one of the factors causing major uncertainties in the global climate models predicting the future climate change. Aerosol particles are emitted to atmosphere from various anthropogenic and biogenic sources, but they are also formed from precursor vapours in many parts of the world in a process called atmospheric new particle formation (NPF). The uncertainties in aerosol climate effect are partly due to the current lack of knowledge of the mechanisms governing the atmospheric NPF. It is known that gas phase sulphuric acid most certainly plays an important role in atmospheric NPF. However, also other vapours are needed in NPF, but the exact roles or even identities of these vapours are currently not exactly known. In this thesis I present some of the recent advancements in understanding of the atmospheric NPF in terms of the roles of the participating vapours and the meteorological conditions. Since direct measurements of new particle formation rate in the initial size scale of the formed particles (below 2 nm) are so far infrequent in both spatial and temporal scales, indirect methods are needed. The work presented on the following pages approaches the NPF from two directions: by analysing the observed formation rates of particles after they have grown to sizes measurable with widely applied instruments (2 nm or larger), and by measuring and modelling the initial sulphuric acid cluster formation. The obtained results can be summarized as follows. i) The observed atmospheric new particle formation rates are typically connected with sulphuric acid concentration to the power close to two. ii) Also other compounds, most probably strong bases such as amines and oxidized organic vapours, influence the NPF. In some locations their impact even dictates the observed particle formation rate. iii) Air temperature has an explicit effect on the formation of stable sulphuric acid clusters, in which also the relative humidity seems to play a role. These impacts of meteorological quantities on the initial cluster formation seem to influence also the observed particle formation rate.
  • Grönfors, Markus (2014)
    In this thesis the main idea is analyse bacterial data obtained with specific technology called phenotype microarrays. The goal is to implement statistical methods and model cell respiration over period of 48 hours. The data are a bacterium called yersinia enterocolitica, which is a pathogen mainly carried by animals. Data was originally published in a scientific journal called Proceedings of the National Acedemy of Sciences of the United States of America and a small part of strain was chosen for thesis. Data consists about 110 000 rows of observations and it is divided to two experimental setups that are tested in two different temperatures. Data analysis consists three steps: cluster analysis, data normalization and comparing experimental setups. Statistical methods used are k-means clustering, Michaelis-Menten kinetics for growth curves, linear mixed effects models, restricted maximum likelihood estimation, random walk Metropolis-Hastings algorithm and highest posterior density intervals. Main results are there is a recognizable cluster for substrates implying grow and there are no differences between experimental setups. In conclusion statistical methods used in thesis are satisfactory for modelling data and while there are noticeable clusters, there lies no differences between experimental setups. In further analyses it should be better to include more experimental setups in one analysis.
  • Salonen, Maria (Helsingin yliopisto, 2014)
    Accessibility plays a key role in shaping the patterns of human activity on all spatial scales. Accessibility questions are particularly topical now that cities around the word strive for more sustainable urban mobility and information on human influence on natural systems is needed in order to better understand processes of global environmental change. Following these lines of development, supporting different spatial planning processes with quantitative accessibility information has become increasingly important, and different accessibility analysis methods are actively being developed for this purpose. Furthermore, availability of new types of data and increasing computational power enable novel approaches and a level of detail in analysis that were unfeasible in the past. This thesis addresses accessibility questions through five case studies in two different contexts. Two case studies take place in the rural Peruvian Amazonia (Loreto region) where the extensive river network forms the backbone of regional transportation and people s daily mobility. The other three case studies are conducted in the capital region in Finland (Greater Helsinki), and the focus of these studies is on urban environments. The contribution of my work is both methodological and contextual; I aim at finding novel data sources for spatial accessibility analyses and further developing methods for quantifying accessibility as distances and travel times. On the other hand, I aim at (visually) describing and understanding the spatial patterns of accessibility in my study areas and at analysing and discussing the implications of accessibility for the spatial organisation of land-use and people s daily mobility. My results show that realistic accessibility analyses require a consideration of different travel modes and regionally specific transport network properties. In fluvial transport networks, travel time analysis is particularly sensitive to river channel types, direction of movement and seasonality. In urban settings the door-to-door approach for multimodal travel time calculations gives more realistic results than in-vehicle travel time only, and it also makes the different travel modes mutually comparable. The value of the more advanced quantification methods becomes particularly visible when the results obtained from the accessibility calculations are further applied in new analyses. The use of simple Euclidean distances may, however, be justified in situations where appropriate data for more advanced analysis is lacking, but knowing the limitations and simplifying assumptions of these measures is important when applying them. The key contextual findings of this thesis are based on quantitative descriptions and visualisations of the spatial patterns of accessibility in the case study areas. Quantitative data on accessibility also serve as an input for analyses of human livelihoods (such as modelling of potential production zones for different agricultural produce in Loreto) and land-use pressure (such as Amazonian deforestation modelling). My results furthermore show how accessibility to services and other daily activities is an important factor influencing urban residents travel behaviour and its environmental sustainability in Greater Helsinki. Finally, this thesis provides examples of how different types of data sources and their innovative combinations can be used in accessibility analyses. In the case studies I utilize and thus also introduce freely available computational tools for detailed multimodal travel time analysis.