Browsing by Title

Sort by: Order: Results:

Now showing items 892-911 of 24298
  • Islam, Mohammad Shafiqul (2013)
    RNA-sequencing is a high throughput sequencing technology that sequences cDNA to obtain information from a particular sample of RNA. RNA-seq has already been proven to be an important factor to research numerous incurable diseases like cancers. Like other high throughput technologies, it also produces a huge number of accurate but relatively short reads. So it remains a concerning issue for De Novo assembly tools to assemble this massive amount of short reads. Existing De Novo assembly tools to assemble RNA-seq data are developed mainly based on three different algorithms; Greedy, OLC, and Euler-path. Recent research has revealed that Euler-path approach works best for RNA-seq data. A few De Novo assembly tools are available nowadays that were developed using Euler-path approach. Most of these tools based on Euler-path can be used free of cost for non commercial purposes. However, the performance of these non-commercial usable tools varies under different criteria. Again, their performance has not been measured in all possible conditions. So, it is always a matter of concern, which tool should be used for a particular data. Main objective of this thesis work is to consider four Euler-path De Novo assembly tools available for non commercial use and find out their performance for EST data of eukaryote. Criteria of their performance would be assembly accuracy and integrity. ACM computing Classification system Applied computing Life and medical science-> Computational Biology-> Molecular Sequence Analysis
  • Jääsaari, Jesse Sebastian (2013)
    Vuonna $1837$ Peter Dirichlet todisti suuren alkulukuja koskevan tuloksen, jonka mukaan jokainen aritmeettinen jono $\{an+d\}_{n=1}^{\infty}$, miss\"a $(a,d)=1$, sis\"alt\"a\"a \"a\"arett\"om\"an monta alkulukua. Todistuksessa h\"an m\"a\"aritteli ns. Dirichlet'n karakterit joille l\"oydettiin my\"ohemmin paljon k\"aytt\"o\"a lukuteoriassa. Dirichlet'n karakteri $\chi$ (mod $q$) on jaksollinen (jakson pituutena $q$), t\"aysin multiplikatiivinen aritmeettinen funktio, jolla on seuraava ominaisuus: $\chi(n)=0$ kun $(n,q)>1$ ja $\chi(n)\neq 0$ kun $(n,q)=1$. T\"ass\"a Pro Gradu-tutkielmassa tutkitaan karakterisumman \begin{equation*} \mathcal{S}_\chi(t)=\sum_{n\leq t}\chi(n) \end{equation*} kokoa, miss\"a $t$ on positiivinen reaaliluku ja $\chi$ (mod $q$) on ei-prinsipaali Dirichlet'n karakteri. Triviaalisti jaksollisuudesta seuraa, ett\"a $|\mathcal{S}_\chi(t)|\leq\min(t,q)$. Ensimm\"ainen ep\"atriviaali arvio on vuodelta $1918$, jolloin George P\'olya ja Ivan Vinogradov todistivat, toisistaan riippumatta, ett\"a $|\mathcal{S}_\chi(t)|\ll\sqrt q\log q$ uniformisti $t$:n suhteen. T\"am\"a tunnetaan P\'olya--Vinogradovin ep\"ayht\"al\"on\"a. Olettamalla yleistetyn Riemannin hypoteesin, Hugh Montgomery ja Robert Vaughan todistivat, ett\"a $|\mathcal{S}_\chi(t)|\ll\sqrt q\log\log q$ vuonna $1977$. Vuonna $2005$ Andrew Granville ja Kannan Soundararajan osoittivat, ett\"a jos $\chi$ (mod $q$) on paritonta rajoitettua kertalukua $g$ oleva primitiivinen karakteri, niin \begin{equation}\label{ensimmainenarvio} |\mathcal{S}_\chi(t)|\ll_g\sqrt q(\log Q)^{1-\frac{\delta_g}{2}+o(1)}, \end{equation} miss\"a $\delta_g$ on $g$:st\"a riippuva vakio ja $Q$ on $q$ tai ($\log q)^{12}$ riippuen siit\"a oletetaanko yleistetty Riemannin hypoteesi. Todistus perustui teknisiin aputuloksiin, jotka saatiin muotoiltua teeskentelevyys-k\"asitteen avulla. Granville ja Soundararajan m\"a\"aritteliv\"at kahden multiplikatiivisen funktion, joiden arvot ovat yksikk\"okiekossa, v\"alisen et\"aisyyden kaavalla \begin{equation*} \mathbb{D}(f,g;x)=\sqrt{\sum_{p\leq x}\frac{1-\Re(f(p)\overline g(p))}{p}}, \end{equation*} ja sanoivat, ett\"a $f$ on $g$-teeskentelev\"a jos $\mathbb{D}(f,g;\infty)$ on \"a\"arellinen. T\"all\"a et\"aisyydell\"a on paljon hy\"odyllisi\"a ominaisuuksia, ja niihin perustuvia menetelmi\"a kutsutaan teeskentelevyys-menetelmiksi. Johdannon j\"alkeen luvussa $2$ esitet\"a\"an m\"a\"aritelmi\"a ja perustuloksia. Luvun $3$ tarkoitus on johtaa luvussa $6$ tarvittavia aputuloksia. Luvussa $4$ m\"a\"aritell\"a\"an teeskentelevyys, todistetaan et\"aisyysfunktion $\mathbb{D}(f,g;x)$ ominaisuuksia ja esitet\"a\"an joitakin sovelluksia. Luvussa $5$ johdetaan j\"alleen teknisi\"a aputuloksia, jotka seuraavat Montgomery--Vaughanin arviosta. Luvussa $6$ tarkastellaan karakterisummia. Aloitamme todistamalla P\'olya--Vinogradovin ep\"ayht\"al\"on ja Montgomery--Vaughanin vahvennoksen t\"alle. P\"a\"atuloksena johdamme arvion ($\ref{ensimmainenarvio}$), jossa $\frac{1}{2}\delta_g$ on korvattu vakiolla $\delta_g$. T\"am\"an todisti alunperin Leo Goldmakher. Lopuksi k\"ayt\"amme teeskentelevyys-menetelmi\"a osoittamaan, ett\"a P\'olya--Vinogradovin ep\"ayht\"al\"o\"a voi vahventaa jos karaktereista tehd\"a\"an erilaisia oletuksia.
  • Köster, Urs (Helsingin yliopisto, 2009)
    What can the statistical structure of natural images teach us about the human brain? Even though the visual cortex is one of the most studied parts of the brain, surprisingly little is known about how exactly images are processed to leave us with a coherent percept of the world around us, so we can recognize a friend or drive on a crowded street without any effort. By constructing probabilistic models of natural images, the goal of this thesis is to understand the structure of the stimulus that is the raison d etre for the visual system. Following the hypothesis that the optimal processing has to be matched to the structure of that stimulus, we attempt to derive computational principles, features that the visual system should compute, and properties that cells in the visual system should have. Starting from machine learning techniques such as principal component analysis and independent component analysis we construct a variety of sta- tistical models to discover structure in natural images that can be linked to receptive field properties of neurons in primary visual cortex such as simple and complex cells. We show that by representing images with phase invariant, complex cell-like units, a better statistical description of the vi- sual environment is obtained than with linear simple cell units, and that complex cell pooling can be learned by estimating both layers of a two-layer model of natural images. We investigate how a simplified model of the processing in the retina, where adaptation and contrast normalization take place, is connected to the nat- ural stimulus statistics. Analyzing the effect that retinal gain control has on later cortical processing, we propose a novel method to perform gain control in a data-driven way. Finally we show how models like those pre- sented here can be extended to capture whole visual scenes rather than just small image patches. By using a Markov random field approach we can model images of arbitrary size, while still being able to estimate the model parameters from the data.
  • Basic, Marta (2015)
    Plant viruses are a prominent subject of scientific research due to their ability to annually decimate agricultural crop yields. Amongst all of the groups of plant viruses, the potyvirus group is one of the largest and therefore contributes to a large portion of all plant virus-induced economic and agricultural deficiencies. The potyvirus field has become a relevant area of research, ultimately aiming to provide a more comprehensive understanding of the infection process in the hopes of yielding virus-resistant crops, subsequently increasing food production and reducing the plant virus-related economic burden. Potato Virus A (PVA) is a positive-sense, single-stranded RNA virus of the genus Potyvirus. It has a single open reading frame that is translated into a polyprotein and latterly cleaved into 10 mature proteins: P1, HC-Pro, P3, 6K1, CI, 6K2, VPg, NIa-Pro, NIb, and CP. Helper component-proteinase (HC-Pro) is a multifunctional viral protein and the main subject of this study. It is involved in many stages of the virus life cycle; however, its role as a suppressor of RNA silencing, an anti-viral defense mechanism employed by the host organism, makes it a particularly interesting candidate for protein interaction studies. Because viruses are heavily dependent on the host's cellular machinery for survival, understanding the interactions between viral and host proteins is crucial for elucidating the molecular mechanisms underlying infection. The goal of this thesis was to identify potentially novel interacting partners of potyviral HC-Pro. This study utilized a Twin-Strep-tag affinity purification method for isolating HC-Pro associated binding partners from the total cell lysate of PVA-infected plant leaves. The purified macromolecular complexes were then analyzed using mass spectrometry and numerous individual proteins were identified. Gene Ontology (GO) functional annotations were generated for the obtained proteome using several R scripts and their distributions visualized as graphs. This study identified a total of 190 proteins purified from specific HC-Pro-associated complexes. Two identified host proteins were of particular interest due to their potential involvement in the RNA interference pathway and are currently being studied in more detail. Overall, this study successfully yielded numerous potentially novel protein interactions and presents an effective approach to pinpointing host binding partners of particular interest for future studies.
  • Koskenniemi, Kerttu (Helsingin yliopisto, 2012)
    Lactobacillus rhamnosus GG is a probiotic bacterium that is known worldwide. Since its discovery in 1985, the health effects and biology of this health-promoting strain have been researched at an increasing rate. However, knowledge of the molecular biology responsible for these health effects is limited, even though research in this area has continued to grow since the publication of the whole genome sequence of L. rhamnosus GG in 2009. In this thesis, the molecular biology of L. rhamnosus GG was explored by mapping the changes in protein levels in response to diverse stress factors and environmental conditions. The proteomics data were supplemented with transcriptome level mapping of gene expression. The harsh conditions of the gastro-intestinal tract, which involve acidic conditions and detergent-like bile acids, are a notable challenge to the survival of probiotic bacteria. To simulate these conditions, L. rhamnosus GG was exposed to a sudden bile stress, and several stress response mechanisms were revealed, among others various changes in the cell envelope properties. L. rhamnosus GG also responded in various ways to mild acid stress, which probiotic bacteria may face in dairy fermentations and product formulations. The acid stress response of L. rhamnosus GG included changes in central metabolism and specific responses related to the control of intracellular pH. Altogether, L. rhamnosus GG was shown to possess a large repertoire of mechanisms for responding to stress conditions, which is a beneficial character of a probiotic organism. Adaptation to different growth conditions was studied by comparing the proteome level responses of L. rhamnosus GG to divergent growth media and to different phases of growth. Comparing different growth phases revealed that the metabolism of L. rhamnosus GG is modified markedly during shift from the exponential to the stationary phase of growth. These changes were seen both at proteome and transcriptome levels and in various different cellular functions. When the growth of L. rhamnosus GG in a rich laboratory medium and in an industrial whey-based medium was compared, various differences in metabolism and in factors affecting the cell surface properties could be seen. These results led us to recommend that the industrial-type media should be used in laboratory studies of L. rhamnosus GG and other probiotic bacteria to achieve a similar physiological state for the bacteria as that found in industrial products, which would thus yield more relevant information about the bacteria. In addition, an interesting phenomenon of protein phosphorylation was observed in L. rhamnosus GG. Phosphorylation of several proteins of L. rhamnosus GG was detected, and there were hints that the degree of phosphorylation may be dependent on the growth pH.
  • Korvenoja, Anna (2014)
    Tämän pro gradu –tutkielman tarkoituksena on tutkia, miten yhdysvaltalainen kulttuuri näkyy Yhdysvaltojen julkishallinnon viestinnässä, joka koskee valtion toimia Afganistanissa 2000-luvulla. Pro gradussa tutkitaan Yhdysvaltojen kehitysavusta vastaavan organisaation USAID:n Afganistania koskevaa lehdistöviestintää. Lähtöoletuksena on että pääasiallisesti yhdysvaltalaiselle lehdistölle ja sitä kautta Yhdysvaltojen kansalaisille suunnattujen lehdistötiedotteiden yhtenä päämääränä on vakuuttaa kansalaiset Yhdysvaltojen toimien järkevyydestä Afganistanissa ja jopa kulttuurisia piirteitä hyödyntämällä hakea oikeutusta näille toimille. Tutkimuksessa käytetään teoriataustana ja tutkimusmenetelmänä kulttuurista diskurssianalyysia. Kulttuurisella diskurssianalyysilla viestinnästä pyritään löytämään kulttuurisesti tunnusomaisia tapoja, elementtejä ja merkityksiä. Tämän tutkimuksen tutkimuskysymyksenä onkin, miten USAID:n Afganistania koskeva lehdistöviestintä on rakentunut kulttuurisesti. Tarkentavia tutkimuskysymyksiä on kaksi: 1) Mitkä ovat USAID:n lehdistöviestinnän kulttuuriset elementit ja ominaispiirteet? 2) Millaisia kulttuurisia diskursseja USAID:n lehdistöviestinnästä on löydettävissä? Tutkimuksen aineistona on 25 USAID:n lehdistötiedotetta vuosilta 2007 ja 2008. Näitä aineistotekstejä analysoitiin diskurssianalyysille ominaiseen tapaan yksityiskohtaisesti tarkastellen ja huomioiden niihin vaikuttaneet eritasoiset kontekstit. Tässä työssä aineiston sosiokulttuuriseksi kontekstiksi määritellään Yhdysvaltojen humanitaarinen ulkopolitiikka ja siihen liittyvä arvomaailma sekä luonnollisesti Yhdysvaltojen toimet Afganistanissa 2000-luvulla. Välitason kontekstina, eli diskursiivisina käytäntöinä on yhdysvaltalainen viestintäkulttuuri ja eritoten yhdysvaltalainen julkishallinnon viestintä ja poliittinen suhdetoiminta. Kulttuurisiksi elementeiksi lehdistötiedotteista nousee koulutuksen, terveydenhuollon ja naisten aseman parantamisen tärkeys, viestinnän faktapitoisuus, talouden kehitys, edistys ja menestys, unikon viljelyn vastaisuus, tasa-arvo, yhteistoiminta ja valtauttaminen sekä Yhdysvallat johtajana. Kulttuurisiksi diskursseiksi aineistosta eroteltiin hyvän hallinnon diskurssi, uusliberalistinen diskurssi, edistysdiskurssi, valtauttamisdiskurssi sekä hegemoninen johtaja –diskurssi. Diskursseja voidaan selittää kulttuurisilla premisseillä, eli päätelmillä siitä, mitkä ovat viestinnän osapuolten yhteisiä, jaettuja käsityksiä ympäröivästä maailmasta. Tutkimuksessa löydettyjä kulttuurisia elementtejä ja diskursseja pystytään selittämään pääasiallisesti yhdysvaltalaiseen arvomaailmaan pohjautuvilla premisseillä sekä aineistoteksteihin vaikuttaneilla diskursiivisilla käytännöillä. Aineisto ilmentää tasapainoilua yhdysvaltalaisen julkishallinnon viestinnän ja poliittisen suhdetoiminnan eli PR:n välillä. USAID:n lehdistötiedotteet ovat julkishallinnon viestintää, mutta huomioiden niiden tavat vedota yhdysvaltalaiseen arvomaailmaan, voidaan niiden väittää olevan myös poliittista suhdetoimintaa. Tutkittujen tiedotteiden tarkoituksena on yhdysvaltalaisen kulttuurin mukaisesti palvella demokratiaa, mutta aineistosta ilmenevät useasti siihen vaikuttaneet diskursiiviset käytännöt - esimerkiksi se, että julkishallinnon viestintä tapahtuu aina poliittisilla areenoilla. Afganistanin 2000-luvun sota ja Yhdysvaltojen osallisuus siinä on väistämättä poliittinen kysymys, ja siten humanitaarisiin toimiin keskittyneen USAID:n viestintääkään ei pystytä irrottamaan sen poliittisesta kontekstista. Kulttuurinen diskurssianalyysi tutkimuksen teoriataustana ja analyysimenetelmänä mahdollisti aineistotekstien tarkastelun laajassa kulttuurisessa viitekehyksessä. Täten se toi tutkimukseen voimakkaan kulttuurisen sensitiivisyyden, jota useat muut diskurssintutkimuksen menetelmät eivät huomioi. Samalla se antoi uudenlaisia keinoja ja näkökulmia käsitellä julkishallinnon viestinnän tapoja vakuuttaa, selittää ja hakea oikeutusta poliittisille toimille.
  • Tikka, Katja (Helsingin yliopisto, 2014)
    Ruotsissa perustettiin vuonna 1729 yhdistynyt Sukellus- ja pelastuskomppania, joka jakautui kahteen alaosastoon: Eteläiseen ja Pohjoiseen komppaniaan. Organisaatio toimi Amiraliteettikollegion alaisuudessa ollen sille ilmoitusvelvollinen toiminnastaan. Tutkielmassa pohjustetaan aihetta kartoittamalla ensin meripelastuksen historia ennen vuotta 1729, jonka jälkeen selvitetään komppanian perustamisen syitä ja sitä miten organisaatio rakennettiin ja mihin suuntaan se alkuvuosikymmeninään kehittyi. Tutkimustavoitteena on lisäksi tutkia, keitä tai mitä komppania palveli ja minkälaisia reaktioita se herätti ympäristössään. Ruotsin Sukellus- ja pelastuskomppaniaa on tutkittu vähän, eikä organisaationa käytännössä ollenkaan. Siksi on oleellisen tärkeää selvittää perusteellisesti millaisten säädösten puitteissa komppania toimi, millainen virkamiesorganisaation se tarvitsi toimiakseen ja millaisin työvälinein pelastustöitä tehtiin. Tutkimusaineistona on käytetty pääasiassa alkuperäislähteitä, kuten valtiopäiväkertomuksia ja -päätöksiä, laki- ja säädöskokoelmia, Amiraliteettikollegion alaisuudessa olevia sukellusasiakirjoja sekä merenkulkuun, luotsi- ja tullitoimintaan liittyvää kirjallisuutta. Tutkimuksesta selviää, että yhdistynyt Sukellus- ja pelastuskomppania perustettiin suuren pohjan sodan jälkeen, kun Ruotsi oli menettänyt Itämeren herruuden. Itämeren laivaliikenteen painopiste oli siirtynyt yhä vahvemmin Pietari-Hollanti linjalle, jossa kulki suolan ja puutavaran lisäksi arvolastia vaikkapa Pietarin palatseihin. Komppanioiden toiminta perustui privilegioon eli yksinoikeuteen pelastaa merihätään joutuneita aluksia ja sen lasteja. Eteläinen komppania oli toiminut jo aiemmin hajanaisemmin, kunnes vuonna perustettiin 1729 Pohjoinen komppania ja siihen liitettiin myös Ruotsin eteläiset osat. Tästä alkoi myös aktiivinen valtiopäiväkeskustelu privilegioiden jatkamisesta ja sukelluspalkkioiden määrästä sekä komppanian virkamiesten liian omaehtoisesta palkkioiden lunastustavasta. Lähes jokaisilla valtiopäivillä tarkennettiin voimassaolevia sukellussäädöksiä, mikä vankensi vaiheittain myös komppanian asemaa. Viimeistään 1760-luvulla säädökset olivat tarpeeksi kattavia erilaisia käytännön tilanteita varten. Komppanian toiminnan luonne oli aluksi tiukasti kruunun valvonnan alaista merkantilismin hengen mukaisesti. Käännekohta koko komppanian toiminnassa oli, kun Eteläisen komppanian sukelluskomissaari Petter Pihl anoi valtiopäivillä lupaa huutokaupata ulkomaalaisen aluksen rahdin. Pihl vetosi 1740-luvulla Pohjoisen komppanian alueella tapahtuneeseen samankaltaiseen, mutta ilmeisesti vaatimattomaan huutokauppaan. Huutokauppaluvan turvin koko komppanian toiminta alkoi pohjautua yhä enemmän pelastettujen laivojen lastin takavarikointiin, kunnostamiseen ja huutokauppaamiseen, jonka jälkeen komppania lunasti sukelluspalkkionsa huutokaupan tuloista. Tätä aiemmin komppania oli ottanut oman prosentuaalisen osansa suoraan pelastetusta lastista tavaran muodossa, mikä oli aiheuttanut tyytymättömyyttä pelastetun laivahenkilökunnan kesken. 1760-luvulla Pelastuskomppanian käytännöt olivat vakiintuneet siten, että komissaarit johtivat toimintaa kotikaupungeistaan ja rannikko- ja saaristopitäjissä toimi alempaa virkamiehistöä, kuten rantavouteja. Komissaarit olivat kaupunkien silmäätekeviä henkilöitä, esimerkiksi raatimiehiä ja laivanvarustajia. Kaupunkien raatihuoneilla pidettiin komppanian huutokauppoja ja koko taloudellinen toiminta oli komissaarien hallinnassa. Alkuvuosien nöyrä työskentely amiraliteettikollegion alaisuudessa oli vaihtunut komissaarien itsetietoiseksi toiminnaksi tavoitteena yhä enemmän henkilökohtaisen omaisuuden kasvattaminen. Loppupäätelmänä todetaan, ettei komppania palvellut suoranaisesti merihätään joutunutta laivaliikennettä, vaan sen toimintaa ohjasivat taloudelliset päämäärät. Tämä synnytti eriskummallisen ja ristiriitaisen tilanteen toiminnan motivaatioiden ja moraalisten kysymysten suhteen. Kuitenkaan Ruotsin valtiolla ei ollut tarjota muunlaista mallia meripelastustoiminnan organisoimiseksi, vaikka valtiopäivillä käsiteltiin yhä uudelleen yksinoikeuden peruuttamista ja muita valituksia. Sukellus- ja pelastuskomppaniat toimivat miltei sata vuotta, kunnes laivakannan kehitys 1830-luvulle tultaessa oli muuttanut komppanian toiminnan hyödyttömäksi.
  • Koski, Eero (Helsingin yliopisto, 2012)
    Tutkielma käsittelee Taiteen keskustoimikunnan jakamia säveltaiteen taiteilija-apurahoja. Tarkastelu keskittyy jazzmusiikkiin ja sen saamaan suoraan taiteilijatukeen. Aineisto koostuu Taiteen keskustoimikunnan taiteilija-apurahahakemuksien hakijalistoista vuosilta 2005 - 2010, joista käy ilmi hakijoiden ilmoittamat kaikki aiemmat tuet kolmelta edelliseltä vuodelta. Tutkielman teoreettisen viitekehyksenä toimii Pierre Bourdieun kulttuuriteoria, jonka periaatteita pyritään soveltamaan taiteilija-apurahaa hakeneiden muusikoiden populaatiosta tehtyjen tilastollisten havaintojen tulkitsemiseen. Tutkimuksen myötä syntyi sekä mielenkiintoista tilastodataa jazzmuusikoiden menestyksestä apurahojen hakemisessa, mutta myös alustavia teoreettisia johtopäätöksiä Bourdieun teorian suhteesta voimakkaasti tuettuun kulttuuriin. Tulokset osoittavat jazzmusiikin olevan varsin tasapuolisessa ja vahvassa asemassa Taiteen keskustoimikunnan säveltaiteen taiteilija-apurahojen jakoprosessissa. Toisaalta jazzmuusikoiden kesken havaittiin koulutuksella olevan merkitystä ilman apurahoja jäämisessä. Nämä tulokset mahdollistavat erilaisia sovelluksia Bourdieun teorioista taiteen kenttien toiminnasta; toisaalta voimakas tuki säveltaiteelle lamaannuttaa kentän sisäisten toimijoiden kamppailua musiikinlajien välillä. Toisaalta apurahajazzin kenttä näyttäisi toimivan ainakin joiltakin osin Bourdieun kuvaamalla tavalla, jossa koulutuksesta seuraava symbolinen pääoma toimii osana apurahajazzin kentälle pääsyä säätelevää mekanismia.
  • Eriksson, Minna (Helsingin yliopisto, 2005)
  • Johansson, Mikael (Helsingin yliopisto, 2007)
    Quantum effects are often of key importance for the function of biological systems at molecular level. Cellular respiration, where energy is extracted from the reduction of molecular oxygen to water, is no exception. In this work, the end station of the electron transport chain in mitochondria, cytochrome c oxidase, is investigated using quantum chemical methodology. Cytochrome c oxidase contains two haems, haem a and haem a3. Haem a3, with its copper companion, CuB, is involved in the final reduction of oxygen into water. This binuclear centre receives the necessary electrons from haem a. Haem a, in turn, receives its electrons from a copper ion pair in the vicinity, called CuA. Density functional theory (DFT) has been used to clarify the charge and spin distributions of haem a, as well as changes in these during redox activity. Upon reduction, the added electron is shown to be evenly distributed over the entire haem structure, important for the accommodation of the prosthetic group within the protein. At the same time, the spin distribution of the open-shell oxidised state is more localised to the central iron. The exact spin density distribution has been disputed in the literature, however, different experiments indicating different distributions of the unpaired electron. The apparent contradiction is shown to be due to the false assumption of a unit amount of unpaired electron density; in fact, the oxidised state has about 1.3 unpaired electrons. The validity of the DFT results have been corroborated by wave function based coupled cluster calculations. Point charges, for use in classical force field based simulations, have been parameterised for the four metal centres, using a newly developed methodology. In the procedure, the subsystem for which point charges are to be obtained, is surrounded by an outer region, with the purpose of stabilising the inner region, both electronically and structurally. Finally, the possibility of vibrational promotion of the electron transfer step between haem a and a3 has been investigated. Calculating the full vibrational spectra, at DFT level, of a combined model of the two haems, revealed several normal modes that do shift electron density between the haems. The magnitude of the shift was found to be moderate, at most. The proposed mechanism could have an assisting role in the electron transfer, which still seems to be dominated by electron tunnelling.
  • Li, Ning (Finnish Society of Forest Science, Finnish Forest Research Institute, Faculty of Agriculture and Forestry of the University of Helsinki, School of Forest Sciences of the University of Eastern Finland, 2012)
    Growing interest in corporate sustainability has translated into growing concerns about how corporate responsibility management can be more effectively integrated with economic business goals, challenging organizations to shift their priorities toward more holistic strategies and performance assessment models which encompass measures related to both multiple stakeholders and responsibilities. Although interactions between corporate (social) strategy, sustainability performance, and business competitiveness have received considerable attention in both theory and practice over the past three decades, the phenomenon is under-investigated in forest-based industry, which is undergoing broad structural changes and global shifts in market demand and supply. This dissertation aims to fill this gap by approaching it from the resource-based view of the firm and empirically investigating a variety of aspects in an attempt to provide an overview of state-of-the-art corporate sustainability in global forest-based industry and to capture a structured view of the relationships between sustainability performance, competitiveness and economic performance among forest-based companies. The results indicate that both larger and small forest-based companies seem to have clear stakeholder orientations. Driven by legal requirements aspects, small companies tend to adopt informal corporate responsibility strategies and tools to meet their stakeholder expectations. A majority of large forest industry companies appear to have implemented corporate responsibility mainly with a profit-maximizing assumption and a relatively defensive approach parallel to and beyond their core business. To these large companies, environmental and economic issues are dominant in disclosure and profitability, while regional differences are not decisive in formulating strategies for sustainability reporting. Furthermore, the results bolster previous findings that have reported a positive return on corporate responsibility initiatives in terms of profitability, suggesting that corporate responsibility can enhance value creation for forest-based companies. To that end, a differentiated business-oriented approach is necessary in managing the business case for sustainability.
  • Kalliola, Kia (2012)
    This study examines the relationship between Corporate Social Responsibility (CSR) and a company’s image as an employer. This theme was chosen because CSR has, according to several scholars, become an increasingly important way for companies to both attract and retain employees. The study was conducted in co-operation with Stora Enso and it focuses on the impact of CSR on Stora Enso’s perceived image as an employer among its current and prospective employees. The study also examines which aspects of CSR are most important to the company’s employees, as well as the similarities and differences between Finland and Sweden in this respect. The theoretical framework of the study is based on previous research on the relationship between CSR and organizations’ ability to attract and retain employees. The data consists of six focus group interviews of which three were conducted in Finland and three in Sweden. The participants of the interviews were Stora Enso’s employees with various backgrounds. Thematization was used to analyze the contents of the data. The principal result of the study is that CSR does not have a direct impact on the company’s perceived image as an employer but instead, perceptions of CSR are strongly influenced by a current or prospective employee’s position and history in the company. For blue-collar employees, CSR serves as an important trust-builder, whereas among white-collar employees, CSR can be used as a tool for strengthening commitment. Young, prospective employees are interested in their own personal development, thus the company can benefit from CSR by finding innovative ways to combine CSR and employee development. According to the research results, employees value a company’s responsibility of its employees higher than other forms of responsibility. All in all, Finnish employees were more critical of the company’s CSR endeavors than Swedish employees. It is concluded that communication targeted to specific employee groups may help in minimizing stakeholder skepticism and generating affirmative CSR perceptions instead.
  • Paananen, Salli-Kaisa (2015)
    Tutkielman aiheena on arabikevään syttymisestä esitettyjen teorioiden muokkaaminen esittämällä ne kausaalikompleksin muodossa, ja ottamalla huomioon myös kyseisen kausaalikompleksin kontingenssi eli sattumanvaraisuus. Työssä keskitytään etenkin Tunisian ja myös Egyptin protestien syttymisestä esitettyihin teorioihin, sillä arabikevät käynnistyi näissä kahdessa arabimaassa alkaneesta liikehdinnästä joulukuun 2010 ja tammikuun 2011 välisenä aikana. Arabikevään syttymissyistä esitettyjä teorioita kritisoitiin liian yksikertaistavina, sillä ne keskittyivät vain muutamiin syihin tai vain tiettyjen analyysin tasojen tutkiskeluun. Tästä seurasi, ettei arabikevään syttymisen teorioissa huomioitu ilmiön syttymisen syitä tarpeeksi kokonaisvaltaisella tavalla. Tutkielmassa väitetään, että arabikevään syttymissyistä esitettyjä teorioita voi parantaa kahden käytetyn välineen, kausaalikompleksin ja kontrafaktuaalisen analyysin, avulla. Pyrkimyksen taustamotiivina vaikuttaa käsitys siitä, että tiede etenee debattien ja kritiikin avulla kohti parempaa, kattavampaa ja toimivampaa synteesiä. Kriittisen realismin kausaliteettikäsityksen mukaan tapahtumat aiheuttaa aina joukko keskenään toisiinsa vaikuttavia syitä, jotka muodostavat kausaalikomplekseja. Kausaalikompleksin käsitteen avulla voi rakentaa tapahtumille selitysmalleja identifioimalla ja järjestämällä kausaalikompleksin viisi eri elementtiä, toimijat, säännöt, resurssit, käytännöt ja toiminnan, ikoniseksi malliksi, joka on tulkinnallinen kuvaus tutkittavan tapahtuman tai ilmiön mahdolliseseti aikaansaaneesta kausaalikompleksista. Arabikevään syttymisen kausaalisen kompleksin luomisessa havaittiin, että osa arabikevään syistä oli ikään kuin kontekstia taustoittavia, osa tiettyjä kausaalisessa kompleksissa taphatuneita muutoksia esiin tuovia syitä. Yksittäiset teoriat rekonstruoitiin synteesiin, arabikevään syttymisen kausaaliseksi kompleksiksi, josta muodostui yksi mahdollinen askel kohti pluralistisempaa ja holistisempaa teoriaa arabikevään syttymisen syistä. Tutkielmassa pohjustetaan kontrafaktuaalisen analyysin käyttöä ja kontrafaktuaalisten väitteiden esittämiselle asetettuja vaatimuksia maailmanpolitiikan tutkimuksessa. Arabkikevään syttymisen satunnaisuutta painotetaan havaitsemalla arabikevään syttymisestä esitetyn kausaalisen kompleksin kontrafaktuaalisia potentiaaleja eli mahdollisuuksia aktualisoitua eli toteutua toisin. Sosiaalisessa maailmassa, jossa monet tieteen konventioiden perusteella tosiksi olettamamme teoreettiset konstruktiot eivät voi tuottaa paikkansapitäviä lopputuloksia, voi kontrafaktuaalista ajattelua käyttää laajentamaan käsitystämme kausaliteetin todellisesta luonteesta avoimessa, epälineaarisessa ja hyvin sattumanvaraisessa maailmassa.
  • Sironen, Sophia Carita (2007)
    Tutkimusaiheena ovat arabien representaatiot lännestä. Tavoitteena on muodostaa yleiskuva arabiyksilöiden ja -intellektuellien näkemyksistä, joita heillä on lännestä ja läntisestä sivilisaatiosta. Toisena tavoitteena on esittää vastaväitteitä länsimaisille neo-orientalistisille teeseille, joiden mukaan muslimien representaatiot lännestä ovat torjuvia, agressiivisia ja lännenvastaisia. Tutkimuksessa käytän kriittistä lähestymistapaa vertaamalla arabimaailmassa esiintyviä representaatioita länsimaisen tiedeyhteisön esittämiin neo-orientalistisiin argumenteihin. Analyysivaiheessa sovellan diskurssianalyysia Serge Moscovicin sosiaalisten representaatioiden teorian näkökulmasta. Analyysilla pyrin purkamaan samankaltaisuudet ja erilaisuudet representaatioiden välillä sekä rakentamaan metakerronnan arabialais-muslimidiskurssista suhteessa länteen ja länsimaihin. Analyysin toisessa vaiheessa vertaan arabirepresentaatioita neo-orientalistiin argumentteihin. Tutkimus on metatutkimus, joka koostuu useista aiemmista tutkimuksssta. Tutkimuksen korpus rakentuu kahdentyyppisestä aineistosta: 1) haastatteluista, jotka on suoritettu egyptiläisten, syyrialaisten ja marokkolaisten sosiaalisten ryhmien parissa, sekä 2)merkittävien arabi-intellektuellien diskursseista, pääosin sekundaarilähteinä tutkittuina. Eri aateliikkeiden edustajista, jotka ovat vaikuttaneet arabialaiseen aatehistoriaan 1820-luvulta lähtien, esittelen seuraavat: Rifa al-Tahtawi, Ahmad Faris al-Shidyaq, Jamal al-Din al-Afghani, Muhammad ‘Abduh, Taha Hussein, Sayyid Qutb, Michel ‘Aflaq, Ayatollah Khomeini, Osama bin Laden, Samir Amin, Mohamed A. Jabiri. Tutkimus tuo esille useita malleja kuvata länsimaita. Tutkimus osoittaa, että tutkittujen joukossa ei ole poissulkevasti todistetta länteen suuntautuvasta torjuvasta asenteesta, vaan saman ryhmän sisällä on eriäviä näkemyksiä kuten on eri ryhmien välillä. Tulos poikkeaa johtavien tutkijoiden Bernard Lewisin, Samuel Huntingtonin, Ian Buruman ja Avishai Margalitin näkemyksistä. Tulos myös korostaa sitä tosiasiaa, että lännen representaatiot ovat jatkuvassa muutoksessa toimijoiden, niin uskonnollisten kuin maallisten, arabien parissa.
  • Sironen, Sophia Carita (2007)
    The research subjects of this study are the Arab representations of the West. The aim is to record the competing views of Arab individuals and intellectuals in order to generate some understanding about the Arab attitudes towards the West. Also, a critical approach is brought by comparing the Arab representations with the neo-Orientalist theses, that presented Muslim representations of the West as rejecting, aggressive and anti-Western. The analysis is carried out from the viewpoint of social representations, inspired by Serge Moscovici. The method used is discourse analysis that unravels the similarities and differences between the representations to construct a meta-narrative on the Arab Muslim discourse about the West and Westerners. The second phase of the analysis consist of the comparison of the Arab Muslim representations with the neo-orientalist claims. The study is a meta research gathering former studies. The corpus consists of two kinds of data: 1) interviews carried out among different social groups in Egypt, Syria and Morocco; and 2) discourses from secondary sources of prominent Arab intellectuals. Of those figures, within the intellectual movements, that have influenced the Arab intellectual history since early 1820s, I present Rifa al-Tahtawi, Ahmad Faris al-Shidyaq, Jamal al-Din al-Afghani, Muhammad ‘Abduh, Taha Hussein, Sayyid Qutb, Michel ‘Aflaq, Ayatollah Khomeini, Osama bin Laden, Samir Amin, Mohamed A. Jabiri. From this study focusing on Arabs, different patterns of representing the West can be outlined. The study attests that among the studied, there is no exclusive evidence of rejecting attitude towards the West. This result differs from the assumptions presented by leading scholars Bernard Lewis, Samuel Huntington, and Ian Buruma and Avishai Margalit, and it highlights the fact that representations of the West frequently alter among Arab actors, whether religious or secular.
  • Liukkonen, Tommi (2008)
    Tutkin opinnäytetyössäni saksalaisten 2. syyskuuta 1944 tapahtuneen aselevon julkistamisen jälkeen internoimien suomalaisten merimiesten vaiheita. Aiheesta ei ole olemassa aiempaa akateemista tutkimusta. Tarkoituksenani on ollut selvittää muun muassa internointiin johtanut tapahtumaketju sekä merimiesten vaiheet internointien ja leirivankeuden aikana. Eräs keskeinen tutkimuskysymys oli myös, miksi suomalaiset vielä aselevon jälkeen aikarahtasivat 14 alusta saksalaisten Suomessa olevan sotamateriaalin pois kuljettamista varten. Olen työssäni käyttänyt pääasiassa Kansallis- sekä ulkoministeriön arkistoissa olevaa aineistoa. Tärkeimpiä lähdeaineistojani ovat olleet Kansallisarkistosta löytyvät EK-Valpon pääosaston kuulustelupöytäkirjat sekä Kauppamerenkulun säännöstely- ja ohjaustoimikunnan aineistot (Kamerto), kun taas ulkoministeriön arkistosta olen käynyt läpi muun muassa aineiston 23Y. Merimiesten sodanaikainen internointi. Kuulustelupöytäkirjat valottavat yksilötasolla merimiesten kohtaloita ja pääasiassa ulkoministeriön arkistosta löytyvät aineistot antavat hyvän kuvan viranomaistoiminnasta ja niistä olosuhteista, joissa internointi tapahtui. Aselevon tultua voimaan saksalaiset pidättivät vaikutuspiirissään olleissa satamissa kaikki suomalaiset alukset. Kamerton ryhdyttyä vastatoimiin saksalaiset peruivat laivojen pidätykset, koska he pelkäsivät Birke-suunnitelmansa eli vetäytymisen Lapista vaarantuvan. Suvantovaiheen aikana Kamerto aikarahtasi hallituksen luvalla 14 alusta saksalaisten sotamateriaalin pois kuljettamista varten. Hallituksen kannan mukaan saksalaisten maasta poistumista oli kaikin keinoin autettava, jotta he ehtisivät lähtemään Suomesta 15. syyskuuta mennessä. Saksalaisten epäonnistuneen Suursaaren hyökkäyksen jälkeen välit meririntamalla kuitenkin kiristyivät. Suomi veti aluksensa sotamateriaalin evakuointikuljetuksista pois, mutta kolme alusta ehti Saksaan. Välien kiristyttyä myös Lapissa, saksalaiset internoivat satamissaan olleet suomalaisalukset, jolloin takavarikoiduiksi joutui Norjassa vielä olleet 36 kuunaria sekä Saksan satamissa olleet seitsemän laivaa ja sinne sotamateriaalia tuoneet kolme alusta. Merimiesten kieltäydyttyä astumasta saksalaisten palvelukseen he internoivat Norjassa 118 merimiestä ja Saksassa vastaavasti 229. Saksalaiset takavarikoivat alukset, koska he pelkäsivät niiden joutuvan välirauhansopimuksen mukaisesti Neuvostoliiton haltuun. Saksalaiset sulkivat internoidut lopulta Saksan työ- ja keskitysleireihin. Norjassa internoidut joutuivat Pölitzin rangaistusleiriin, Kielissä internoidut merimiehet Brauner Bergiin ja Danzig-Gotenhafenissa pidätetyt Stutthofin keskitysleirin alaisuudessa olleeseen erikoisleiriin. Kohtelu poikkesi leirikohtaisesti huomattavasti; pahinta oli Pölitzissä ja siedettävimmät olot taas Brauner Bergissä. Koko internoinnin ajan ruotsalaisviranomaiset toimivat Suomen pyynnöstä suojavaltion ominaisuudessa internoitujen asiassa. Ruotsalaisten toiminta olikin ehkä yksi tärkeimmistä tekijöistä, joiden vuoksi internoituja kohdeltiin paremmin kuin muita leireillä olleita vankeja. Suomalaisia ei leireillä surmattu, muuta huonon ravinnon vuoksi heitä sairastui kuolettavasti. Merimiehiä menehtyi myös pommituksissa. Kaikkiaan Saksassa kuoli 26 internoitua suomalaista merenkävijää.