Browsing by Title

Sort by: Order: Results:

Now showing items 909-928 of 24725
  • Nygård, Jenni (2012)
    Osakkeiden merkintähinnan maksamista niin, että merkitsijä luovuttaa merkintähinnan maksuksi kokonaan tai osittain muuta omaisuutta kuin rahaa, kutsutaan apportiksi ja apporttina luovutettavaa omaisuutta apporttiomaisuudeksi. Apporttiomaisuuden käyttö on sallittua, mutta sen on katsottu olevan erityisen sääntelyn tarpeessa, sillä vastikkeen maksaminen apporttiomaisuudella voi olla taloudellisesti riskialtista muiden merkitsijöiden, itse yhtiön ja yhtiön velkojien kannalta. Merkintähinnan maksamisesta apporttina osakeyhtiötä perustettaessa säännellään OYL 2:6:ssä. Osakeannin yhteydessä apporttimaksusta säädetään OYL 9:12:ssä. Suoran apporttimaksun lisäksi OYL:ssa on huomioitu apporttisäännösten kiertämiseksi tehdyt järjestelyt, mutta tämä jälkiapporttia koskeva sääntely ei ole keskittynyt omaan pykäläänsä OYL:ssa, vaan se sisältyy apporttia koskeviin säännöksiin omana momenttinaan. OYL 10:6:n mukaan optio- tai muusta erityisestä oikeudesta yhtiölle suoritettavan merkintähinnan tai muun vastikkeen maksuun sovelletaan vastaavasti, mitä osakeantia koskevassa 9 luvussa säädetään mm. apportista. Yhtiön osakepääomaa voidaan korottaa esimerkiksi uusmerkinnällä tai osakepääomasijoituksella ja samoin näihin voi soveltaa vastaavasti, mitä OYL 9 luvun 12:ssä säädetään apportista. Vain ne osakkeet, oikeudet ja osakepääomankorotukset, jotka ovat täysin maksettuja, voidaan ilmoittaa rekisteröitäväksi. Ensisijaisesti merkitsijällä todistustaakka siitä, että apporttina on yhtiölle siirtynyt merkintähinnan suuruinen määrä varallisuutta (OYL 2:6.2 ja OYL 9:12.2), mutta vahingonkorvausvastuuseen suhteessa yhtiöön saattavat joutua myös toimitusjohtaja, hallitusten jäsenet sekä tilintarkastaja, jos he vakuuttavat ja todistavat (OYL 2:8.3 ja OYL 9:14.3), että ilmoitettu määrä varallisuutta on siirtynyt yhtiölle, esim. johdon huolellisuusperiaatteen vastaisesti, huolimattomuuttaan (OYL 22 luku). Uudessa OYL:ssa ei ole VOYL:n mukaista säännöstä siitä, että osakkeista maksettavan määrän tulee olla yhtiön ”omistuksessa ja hallinnassa”, jotta maksu katsotaan suoritetuksi, mutta lain esitöiden mukaan tämä ei tarkoita sitä, ettei maksua arvioitaisi edelleen näiden yleisten varallisuusoikeudellisten sääntöjen mukaisesti. Yhtiötä voidaan pitää apporttiomaisuuden omistajana ja merkintähintaa voidaan pitää maksettuna, vaikka luovutusta rasittaisi sivullisen mahdollisuus saannonmoitteeseen. Jos osakeyhtiön hallitus eikä toimitusjohtaja ole tienneet eikä heidän olisi pitänyt tietää siitä, että apporttina luovutettavaa omaisuutta rasittaa kolmannen oikeus, saa yhtiö myös muiden saantosuojan edellytysten täyttyessä osakseen ekstinktion. Saannon siirtohetken edellytyksesi voidaan asettaa velkojansuojan saamishetken, sillä tällöin voidaan olla varmoja sitovuudesta merkitsijän ulosmittaus- ja konkurssivelkojia kohtaan, joka on esineoikeudellisessa kirjallisuudessa asetettu merkityksellisesti hetkeksi. Sitoumus työn tai palvelun suorittamiseen ei voi olla apporttiomaisuutta (OYL 2:6.1 ja OYL 9:12.1). Apport-tiomaisuutta voivat olla omistusoikeus kiinteään tai irtaimeen omaisuuteen, saamisoikeudet, immateriaalioikeudet ja osuusoikeudet, kunhan ne ovat siirrettävissä ja merkittävissä yhtiön taseeseen varallisuudeksi, sillä omaisuudella on oltava taloudellista arvoa yhtiölle. Pantattua ja kiinnitettyä omaisuutta voidaan luovuttaa yhtiölle apporttina panttirasituksen ylittävältä osalta. Erillisten omaisuuserien luovuttamisen lisäksi on mahdollista, että omaisuuserien muodostaessa yhtenäisen arvokkaan kokonaisuuden, voidaan tämä luovuttaa yhtiölle kokonaisuutena (esim. liike tai liiketoimintakokonaisuus). Luovutettaessa yhtiölle apporttina kiinteistöä, tulee noudattaa MK 4:3:een perustuen MK 2 luvun säännöksiä soveltuvin osin muun muassa kiinteistön luovutusta yhtiöön osaketta tai muuta osuutta vastaan.
  • Sipiläinen, Ulla (1999)
  • Diaconu, Iulia (Helsingin yliopisto, 2010)
    Cancer is a devastating disease with poor prognosis and no curative treatment, when widely metastatic. Conventional therapies, such as chemotherapy and radiotherapy, have efficacy but are not curative and systemic toxicity can be considerable. Almost all cancers are caused due to changes in the genetic material of the transformed cells. Cancer gene therapy has emerged as a new treatment option, and past decades brought new insights in developing new therapeutic drugs for curing cancer. Oncolytic viruses constitute a novel therapeutic approach given their capacity to replicate in and kill specifically tumor cells as well as reaching tumor distant metastasis. Adenoviral gene therapy has been suggested to cause liver toxicity. This study shows that new developed adenoviruses, in particular Ad5/19p-HIT, can be redirected towards kidney while adenovirus uptake by liver is minimal. Moreover, low liver transduction resulted in a favorable tumor to liver ratio of virus load. Further, we established a new immunocompetent animal model Syrian hamsters. Wild type adenovirus 5 was found to replicate in Hap-T1 hamster tumors and normal tissues. There are no antiviral drugs available to inhibit adenovirus replication. In our study, chlorpromazine and cidofovir efficiently abrogated virus replication in vitro and showed significant reduction in vivo in tumors and liver. Once safety concerns were addressed together with the new given antiviral treatment options, we further improved oncolytic adenoviruses for better tumor penetration, local amplification and host system modulation. Further, we created Ad5/3-9HIF-Δ24-VEGFR-1-Ig, oncolytic adenovirus for improved infectivity and antiangiogenic effect for treatment of renal cancer. This virus exhibited increased anti-tumor effect and specific replication in kidney cancer cells. The key player for good efficacy of oncolytic virotherapy is the host immune response. Thus, we engineered a triple targeted adenovirus Ad5/3-hTERT-E1A-hCD40L, which would lead to tumor elimination due to tumor-specific oncolysis and apoptosis together with an anti-tumor immune response prompted by the immunomodulatory molecule. In conclusion, the results presented in this thesis constitute advances in our understanding of oncolytic virotherapy by successful tumor targeting, antiviral treatment options as a safety switch in case of replication associated side-effects, and modulation of the host immune system towards tumor elimination.  
  • Yang, Yingying (2013)
    The literature review presented the effects of the polyglutamate chain on the biological and nutritional properties of folates and the main methods used for folate assays, with a special emphasis on the approaches to studying intact polyglutamates. A brief introduction regarding safety aspects of folate fortification was also given. The aim of this study was to develop a UPLC-FLR/PDA method for simultaneous determination of polyglutamyl folate vitamers. Chromatographic conditions were optimised for the resolution of polyglutamyl 5-methyltetrahydrofolates and major naturally-occurring monoglutamates. Method validation was conducted for both the UPLC method and affinity chromatography. Applicability of the validated method was evaluated on lupin flour, faba bean flour, and dry yeast, which were subjected to preparatory treatments with and without deconjugation. In addition, the effects of the sequential modification of preparatory treatments on the folate content and composition were investigated by using both the UPLC method and Lactobacillus rhamnosus assay. A desirable separation of target polyglutamates and monoglutamates was successfully achieved on the BEH C18 UPLC column within 11 minutes. The optimised UPLC method showed satisfactory selectivity, linearity, and sensitivity for the determination of methylated polyglutamates in the femtomole range and monoglutamates in the picogram range. Affinity chromatography showed satisfactory recoveries for polyglutamyl 5-methyltetrahydrofolates, but not for 5-formyl polyglutamates. In all three selected foods, 5-methyltetrahydrofolate was the dominant folate vitamer. Meanwhile, the analysis of undeconjugated samples showed that in the intact methylated folate pools, pentaglutamate predominated in legume flours and heptaglutamate in dry yeast. In addition, different sequences of enzyme and purification pretreatments were found to significantly affect both the total measurable folates and the folate profiles. Our standard preparatory procedures comprising simultaneous treatments with amylase and conjugase, then protease and affinity purification resulted in the greatest yield of total folates, but UPLC analysis indicated incomplete deconjugation. However, a modification in which deconjugation was conducted as the last step enhanced hydrolysis efficiency.
  • Westergård, Ira (Suomalaisen Kirjallisuuden Seura, 2007)
    The study focuses on the Visitation as a narrative subject of altarpieces in late fifteenth-century Florence. Although the Visitation was a well-known story in both verbal and visual representations since the early medieval period, it became a popular subject of altarpieces only towards the end of the fifteenth century. In this study, the first part provides an overview of the complex religious and historical background to an emerging cult of the Visitation. Devotional practices focusing on the Visitation belong in a context of late medieval Marian devotion and in 1389 a new feast of the Visitation was introduced into the liturgical calendar of the Catholic Church. Because of the ongoing schism within the Catholic Church, the feast was not unanimously accepted across Western Europe until the later part of the fifteenth century. Contrary to a widely disseminated view, the feast of the Visitation cannot be associated with Franciscan spirituality, but was rather a clearly defined Dominican project that primarily emphasised the importance of peace and unity within the Christian Church. Simultaneously with the gradual acceptance of the new feast, visual representations of the Visitation began to appear at the centre of altarpieces. The Visitation exemplifies an increasing preference for narrative subjects within the genre of the altarpiece. The second part of the study presents an analysis of the concept of the narrative altarpiece and highlights the complexities involved in combining a narrative content with the traditional devotional function of the altarpiece. In detailed case studies some prominent art works produced in Florence between 1490 and 1503 are discussed within a framework of contextual analysis, narrative theory and iconography. Altarpieces by Domenico Ghirlandaio, Piero di Cosimo and Mariotto Albertinelli represent visual manifestations of a cult of the Visitation with roots in late medieval devotional practices. At the same time, the altarpieces highlight the multiple functions of altarpieces in a culture where art works responded to a variety of social and religious needs. Building on earlier studies, each case study presents new insights and evidence not considered in previous art historical research.
  • Wichmann, Ira Anna Katariina (2011)
    Modern-day economics is increasingly biased towards believing that institutions matter for growth, an argument that has been further enforced by the recent economic crisis. There is also a wide consensus on what these growth-promoting institutions should look like, and countries are periodically ranked depending on how their institutional structure compares with the best-practice institutions, mostly in place in the developing world. In this paper, it is argued that ”non-desirable” or “second-best” institutions can be beneficial for fostering investment and thus providing a starting point for sustained growth, and that what matters is the appropriateness of institutions to the economy’s distance to the frontier or current phase of development. Anecdotal evidence from Japan and South-Korea is used as a motivation for studying the subject and a model is presented to describe this phenomenon. In the model, the rigidity or non-rigidity of the institutions is described by entrepreneurial selection. It is assumed that entrepreneurs are the ones taking part in the imitation and innovation of technologies, and that decisions on whether or not their projects are refinanced comes from capitalists. The capitalists in turn have no entrepreneurial skills and act merely as financers of projects. The model has two periods, and two kinds of entrepreneurs: those with high skills and those with low skills. The society’s choice of whether an imitation or innovation – based strategy is chosen is modeled as the trade-off between refinancing a low-skill entrepreneur or investing in the selection of the entrepreneurs resulting in a larger fraction of high-skill entrepreneurs with the ability to innovate but less total investment. Finally, a real-world example from India is presented as an initial attempt to test the theory. The data from the example is not included in this paper. It is noted that the model may be lacking explanatory power due to difficulties in testing the predictions, but that this should not be seen as a reason to disregard the theory – the solution might lie in developing better tools, not better just better theories. The conclusion presented is that institutions do matter. There is no one-size-fits-all-solution when it comes to institutional arrangements in different countries, and developing countries should be given space to develop their own institutional structures that cater to their specific needs.
  • Tolvanen, Juha (2010)
    Tämän opinnäytetyön tarkoituksena on perehtyä viime vuosina kehitettyihin tapoihin approksimoida suuria, anonyymeja, normaalimuotoisia pelejä. Peliteoriassa peliä kutsutaan suureksi, jos sen pelaajajoukko on suuri, ja anonyymiksi, jos jokaisen pelaajan hyöty riippuu vain hänen omasta valinnastaan sekä jokaisen sallitun strategian valinneiden vastustajien lukumääristä. Toisin sanoen pelaajan näkökulmasta anonyymin pelin vastustajat eivät poikkea merkittävästi toisistaan ja yksittäisen vastustajan identiteetillä ei ole siis vaikutusta pelaajan pelistä kokemaan hyötyyn. Pelaajamäärän kasvaessa pelin mahdollisten lopputulosten joukko kasvaa eksponentiaalisesti suhteessa pelaajajoukkoon. Yleensä tämä vaikeuttaa huomattavasti pelin Nash-tasapainojen ratkaisemista. Suuriin anonyymeihin peleihin on kuitenkin kehitetty niiden approksimoimiseen tarkoitettuja, helpommin ratkeavia malleja. Tämä tutkielma keskittyy erityisesti tarkastelemaan Nabil Al-Najjarin vuonna 2008 konstruoimia diskreettejä suuria pelejä. Diskreeteissä suurissa peleissä pelaajajoukko oletetaan numeroituvasti äärettömäksi ja pelaajajoukkojen kokoja mitataan äärellisesti additiivisella mitalla. Näin päästään operoimaan matemaattisen mitta- ja integrointiteorian välineillä ja mallien ratkaiseminen helpottuu. Toisaalta äärellisesti additiivinen mitta ratkaisee aiempia malleja, erityisesti David Schmeidlerin vuonna 1973 esittämää kontinuumipeliä vaivanneet tekniset mitallisuusongelmat. Keskeiseen osaan tutkielmassa nousee suurten lukujen lain versio, joka vähentää pelaajien diskreetissä suuressa pelissä kokemaa epävarmuutta pelin tuloksesta. Työssä todistetaan sen avulla mm. tuloksia, jotka takaavat, että tavallisimmissa tilanteissa diskreetit suuret pelit approksimoivat hyvin vastaavia anonyymeja, normaalimuotoisia pelejä, joissa pelaajajoukko on erittäin suuri mutta äärellinen. Työtä kirjoittaessani huomasin valitettavasti Al-Najjarin alkuperäistekstistä joitain virheitä, joiden johdosta eräitä tuloksia oli heikennettävä (ks. lauseet 5 ja 9). Annan lisäksi joillekin alkuperäistekstin virheellisistä todistuksista uuden korjatun todistuksen. Työssä esitettyjen lauseiden todistukset muodostavat keskeisen sisällön kirjoittajan matematiikan pro gradu -tutkielmasta, mutta ne on täydellisyyden vuoksi sisällytetty myös tämän työn liitteisiin.
  • Islam, Mohammad Shafiqul (2013)
    RNA-sequencing is a high throughput sequencing technology that sequences cDNA to obtain information from a particular sample of RNA. RNA-seq has already been proven to be an important factor to research numerous incurable diseases like cancers. Like other high throughput technologies, it also produces a huge number of accurate but relatively short reads. So it remains a concerning issue for De Novo assembly tools to assemble this massive amount of short reads. Existing De Novo assembly tools to assemble RNA-seq data are developed mainly based on three different algorithms; Greedy, OLC, and Euler-path. Recent research has revealed that Euler-path approach works best for RNA-seq data. A few De Novo assembly tools are available nowadays that were developed using Euler-path approach. Most of these tools based on Euler-path can be used free of cost for non commercial purposes. However, the performance of these non-commercial usable tools varies under different criteria. Again, their performance has not been measured in all possible conditions. So, it is always a matter of concern, which tool should be used for a particular data. Main objective of this thesis work is to consider four Euler-path De Novo assembly tools available for non commercial use and find out their performance for EST data of eukaryote. Criteria of their performance would be assembly accuracy and integrity. ACM computing Classification system Applied computing Life and medical science-> Computational Biology-> Molecular Sequence Analysis
  • Jääsaari, Jesse Sebastian (2013)
    Vuonna $1837$ Peter Dirichlet todisti suuren alkulukuja koskevan tuloksen, jonka mukaan jokainen aritmeettinen jono $\{an+d\}_{n=1}^{\infty}$, miss\"a $(a,d)=1$, sis\"alt\"a\"a \"a\"arett\"om\"an monta alkulukua. Todistuksessa h\"an m\"a\"aritteli ns. Dirichlet'n karakterit joille l\"oydettiin my\"ohemmin paljon k\"aytt\"o\"a lukuteoriassa. Dirichlet'n karakteri $\chi$ (mod $q$) on jaksollinen (jakson pituutena $q$), t\"aysin multiplikatiivinen aritmeettinen funktio, jolla on seuraava ominaisuus: $\chi(n)=0$ kun $(n,q)>1$ ja $\chi(n)\neq 0$ kun $(n,q)=1$. T\"ass\"a Pro Gradu-tutkielmassa tutkitaan karakterisumman \begin{equation*} \mathcal{S}_\chi(t)=\sum_{n\leq t}\chi(n) \end{equation*} kokoa, miss\"a $t$ on positiivinen reaaliluku ja $\chi$ (mod $q$) on ei-prinsipaali Dirichlet'n karakteri. Triviaalisti jaksollisuudesta seuraa, ett\"a $|\mathcal{S}_\chi(t)|\leq\min(t,q)$. Ensimm\"ainen ep\"atriviaali arvio on vuodelta $1918$, jolloin George P\'olya ja Ivan Vinogradov todistivat, toisistaan riippumatta, ett\"a $|\mathcal{S}_\chi(t)|\ll\sqrt q\log q$ uniformisti $t$:n suhteen. T\"am\"a tunnetaan P\'olya--Vinogradovin ep\"ayht\"al\"on\"a. Olettamalla yleistetyn Riemannin hypoteesin, Hugh Montgomery ja Robert Vaughan todistivat, ett\"a $|\mathcal{S}_\chi(t)|\ll\sqrt q\log\log q$ vuonna $1977$. Vuonna $2005$ Andrew Granville ja Kannan Soundararajan osoittivat, ett\"a jos $\chi$ (mod $q$) on paritonta rajoitettua kertalukua $g$ oleva primitiivinen karakteri, niin \begin{equation}\label{ensimmainenarvio} |\mathcal{S}_\chi(t)|\ll_g\sqrt q(\log Q)^{1-\frac{\delta_g}{2}+o(1)}, \end{equation} miss\"a $\delta_g$ on $g$:st\"a riippuva vakio ja $Q$ on $q$ tai ($\log q)^{12}$ riippuen siit\"a oletetaanko yleistetty Riemannin hypoteesi. Todistus perustui teknisiin aputuloksiin, jotka saatiin muotoiltua teeskentelevyys-k\"asitteen avulla. Granville ja Soundararajan m\"a\"aritteliv\"at kahden multiplikatiivisen funktion, joiden arvot ovat yksikk\"okiekossa, v\"alisen et\"aisyyden kaavalla \begin{equation*} \mathbb{D}(f,g;x)=\sqrt{\sum_{p\leq x}\frac{1-\Re(f(p)\overline g(p))}{p}}, \end{equation*} ja sanoivat, ett\"a $f$ on $g$-teeskentelev\"a jos $\mathbb{D}(f,g;\infty)$ on \"a\"arellinen. T\"all\"a et\"aisyydell\"a on paljon hy\"odyllisi\"a ominaisuuksia, ja niihin perustuvia menetelmi\"a kutsutaan teeskentelevyys-menetelmiksi. Johdannon j\"alkeen luvussa $2$ esitet\"a\"an m\"a\"aritelmi\"a ja perustuloksia. Luvun $3$ tarkoitus on johtaa luvussa $6$ tarvittavia aputuloksia. Luvussa $4$ m\"a\"aritell\"a\"an teeskentelevyys, todistetaan et\"aisyysfunktion $\mathbb{D}(f,g;x)$ ominaisuuksia ja esitet\"a\"an joitakin sovelluksia. Luvussa $5$ johdetaan j\"alleen teknisi\"a aputuloksia, jotka seuraavat Montgomery--Vaughanin arviosta. Luvussa $6$ tarkastellaan karakterisummia. Aloitamme todistamalla P\'olya--Vinogradovin ep\"ayht\"al\"on ja Montgomery--Vaughanin vahvennoksen t\"alle. P\"a\"atuloksena johdamme arvion ($\ref{ensimmainenarvio}$), jossa $\frac{1}{2}\delta_g$ on korvattu vakiolla $\delta_g$. T\"am\"an todisti alunperin Leo Goldmakher. Lopuksi k\"ayt\"amme teeskentelevyys-menetelmi\"a osoittamaan, ett\"a P\'olya--Vinogradovin ep\"ayht\"al\"o\"a voi vahventaa jos karaktereista tehd\"a\"an erilaisia oletuksia.
  • Köster, Urs (Helsingin yliopisto, 2009)
    What can the statistical structure of natural images teach us about the human brain? Even though the visual cortex is one of the most studied parts of the brain, surprisingly little is known about how exactly images are processed to leave us with a coherent percept of the world around us, so we can recognize a friend or drive on a crowded street without any effort. By constructing probabilistic models of natural images, the goal of this thesis is to understand the structure of the stimulus that is the raison d etre for the visual system. Following the hypothesis that the optimal processing has to be matched to the structure of that stimulus, we attempt to derive computational principles, features that the visual system should compute, and properties that cells in the visual system should have. Starting from machine learning techniques such as principal component analysis and independent component analysis we construct a variety of sta- tistical models to discover structure in natural images that can be linked to receptive field properties of neurons in primary visual cortex such as simple and complex cells. We show that by representing images with phase invariant, complex cell-like units, a better statistical description of the vi- sual environment is obtained than with linear simple cell units, and that complex cell pooling can be learned by estimating both layers of a two-layer model of natural images. We investigate how a simplified model of the processing in the retina, where adaptation and contrast normalization take place, is connected to the nat- ural stimulus statistics. Analyzing the effect that retinal gain control has on later cortical processing, we propose a novel method to perform gain control in a data-driven way. Finally we show how models like those pre- sented here can be extended to capture whole visual scenes rather than just small image patches. By using a Markov random field approach we can model images of arbitrary size, while still being able to estimate the model parameters from the data.
  • Basic, Marta (2015)
    Plant viruses are a prominent subject of scientific research due to their ability to annually decimate agricultural crop yields. Amongst all of the groups of plant viruses, the potyvirus group is one of the largest and therefore contributes to a large portion of all plant virus-induced economic and agricultural deficiencies. The potyvirus field has become a relevant area of research, ultimately aiming to provide a more comprehensive understanding of the infection process in the hopes of yielding virus-resistant crops, subsequently increasing food production and reducing the plant virus-related economic burden. Potato Virus A (PVA) is a positive-sense, single-stranded RNA virus of the genus Potyvirus. It has a single open reading frame that is translated into a polyprotein and latterly cleaved into 10 mature proteins: P1, HC-Pro, P3, 6K1, CI, 6K2, VPg, NIa-Pro, NIb, and CP. Helper component-proteinase (HC-Pro) is a multifunctional viral protein and the main subject of this study. It is involved in many stages of the virus life cycle; however, its role as a suppressor of RNA silencing, an anti-viral defense mechanism employed by the host organism, makes it a particularly interesting candidate for protein interaction studies. Because viruses are heavily dependent on the host's cellular machinery for survival, understanding the interactions between viral and host proteins is crucial for elucidating the molecular mechanisms underlying infection. The goal of this thesis was to identify potentially novel interacting partners of potyviral HC-Pro. This study utilized a Twin-Strep-tag affinity purification method for isolating HC-Pro associated binding partners from the total cell lysate of PVA-infected plant leaves. The purified macromolecular complexes were then analyzed using mass spectrometry and numerous individual proteins were identified. Gene Ontology (GO) functional annotations were generated for the obtained proteome using several R scripts and their distributions visualized as graphs. This study identified a total of 190 proteins purified from specific HC-Pro-associated complexes. Two identified host proteins were of particular interest due to their potential involvement in the RNA interference pathway and are currently being studied in more detail. Overall, this study successfully yielded numerous potentially novel protein interactions and presents an effective approach to pinpointing host binding partners of particular interest for future studies.
  • Koskenniemi, Kerttu (Helsingin yliopisto, 2012)
    Lactobacillus rhamnosus GG is a probiotic bacterium that is known worldwide. Since its discovery in 1985, the health effects and biology of this health-promoting strain have been researched at an increasing rate. However, knowledge of the molecular biology responsible for these health effects is limited, even though research in this area has continued to grow since the publication of the whole genome sequence of L. rhamnosus GG in 2009. In this thesis, the molecular biology of L. rhamnosus GG was explored by mapping the changes in protein levels in response to diverse stress factors and environmental conditions. The proteomics data were supplemented with transcriptome level mapping of gene expression. The harsh conditions of the gastro-intestinal tract, which involve acidic conditions and detergent-like bile acids, are a notable challenge to the survival of probiotic bacteria. To simulate these conditions, L. rhamnosus GG was exposed to a sudden bile stress, and several stress response mechanisms were revealed, among others various changes in the cell envelope properties. L. rhamnosus GG also responded in various ways to mild acid stress, which probiotic bacteria may face in dairy fermentations and product formulations. The acid stress response of L. rhamnosus GG included changes in central metabolism and specific responses related to the control of intracellular pH. Altogether, L. rhamnosus GG was shown to possess a large repertoire of mechanisms for responding to stress conditions, which is a beneficial character of a probiotic organism. Adaptation to different growth conditions was studied by comparing the proteome level responses of L. rhamnosus GG to divergent growth media and to different phases of growth. Comparing different growth phases revealed that the metabolism of L. rhamnosus GG is modified markedly during shift from the exponential to the stationary phase of growth. These changes were seen both at proteome and transcriptome levels and in various different cellular functions. When the growth of L. rhamnosus GG in a rich laboratory medium and in an industrial whey-based medium was compared, various differences in metabolism and in factors affecting the cell surface properties could be seen. These results led us to recommend that the industrial-type media should be used in laboratory studies of L. rhamnosus GG and other probiotic bacteria to achieve a similar physiological state for the bacteria as that found in industrial products, which would thus yield more relevant information about the bacteria. In addition, an interesting phenomenon of protein phosphorylation was observed in L. rhamnosus GG. Phosphorylation of several proteins of L. rhamnosus GG was detected, and there were hints that the degree of phosphorylation may be dependent on the growth pH.
  • Korvenoja, Anna (2014)
    Tämän pro gradu –tutkielman tarkoituksena on tutkia, miten yhdysvaltalainen kulttuuri näkyy Yhdysvaltojen julkishallinnon viestinnässä, joka koskee valtion toimia Afganistanissa 2000-luvulla. Pro gradussa tutkitaan Yhdysvaltojen kehitysavusta vastaavan organisaation USAID:n Afganistania koskevaa lehdistöviestintää. Lähtöoletuksena on että pääasiallisesti yhdysvaltalaiselle lehdistölle ja sitä kautta Yhdysvaltojen kansalaisille suunnattujen lehdistötiedotteiden yhtenä päämääränä on vakuuttaa kansalaiset Yhdysvaltojen toimien järkevyydestä Afganistanissa ja jopa kulttuurisia piirteitä hyödyntämällä hakea oikeutusta näille toimille. Tutkimuksessa käytetään teoriataustana ja tutkimusmenetelmänä kulttuurista diskurssianalyysia. Kulttuurisella diskurssianalyysilla viestinnästä pyritään löytämään kulttuurisesti tunnusomaisia tapoja, elementtejä ja merkityksiä. Tämän tutkimuksen tutkimuskysymyksenä onkin, miten USAID:n Afganistania koskeva lehdistöviestintä on rakentunut kulttuurisesti. Tarkentavia tutkimuskysymyksiä on kaksi: 1) Mitkä ovat USAID:n lehdistöviestinnän kulttuuriset elementit ja ominaispiirteet? 2) Millaisia kulttuurisia diskursseja USAID:n lehdistöviestinnästä on löydettävissä? Tutkimuksen aineistona on 25 USAID:n lehdistötiedotetta vuosilta 2007 ja 2008. Näitä aineistotekstejä analysoitiin diskurssianalyysille ominaiseen tapaan yksityiskohtaisesti tarkastellen ja huomioiden niihin vaikuttaneet eritasoiset kontekstit. Tässä työssä aineiston sosiokulttuuriseksi kontekstiksi määritellään Yhdysvaltojen humanitaarinen ulkopolitiikka ja siihen liittyvä arvomaailma sekä luonnollisesti Yhdysvaltojen toimet Afganistanissa 2000-luvulla. Välitason kontekstina, eli diskursiivisina käytäntöinä on yhdysvaltalainen viestintäkulttuuri ja eritoten yhdysvaltalainen julkishallinnon viestintä ja poliittinen suhdetoiminta. Kulttuurisiksi elementeiksi lehdistötiedotteista nousee koulutuksen, terveydenhuollon ja naisten aseman parantamisen tärkeys, viestinnän faktapitoisuus, talouden kehitys, edistys ja menestys, unikon viljelyn vastaisuus, tasa-arvo, yhteistoiminta ja valtauttaminen sekä Yhdysvallat johtajana. Kulttuurisiksi diskursseiksi aineistosta eroteltiin hyvän hallinnon diskurssi, uusliberalistinen diskurssi, edistysdiskurssi, valtauttamisdiskurssi sekä hegemoninen johtaja –diskurssi. Diskursseja voidaan selittää kulttuurisilla premisseillä, eli päätelmillä siitä, mitkä ovat viestinnän osapuolten yhteisiä, jaettuja käsityksiä ympäröivästä maailmasta. Tutkimuksessa löydettyjä kulttuurisia elementtejä ja diskursseja pystytään selittämään pääasiallisesti yhdysvaltalaiseen arvomaailmaan pohjautuvilla premisseillä sekä aineistoteksteihin vaikuttaneilla diskursiivisilla käytännöillä. Aineisto ilmentää tasapainoilua yhdysvaltalaisen julkishallinnon viestinnän ja poliittisen suhdetoiminnan eli PR:n välillä. USAID:n lehdistötiedotteet ovat julkishallinnon viestintää, mutta huomioiden niiden tavat vedota yhdysvaltalaiseen arvomaailmaan, voidaan niiden väittää olevan myös poliittista suhdetoimintaa. Tutkittujen tiedotteiden tarkoituksena on yhdysvaltalaisen kulttuurin mukaisesti palvella demokratiaa, mutta aineistosta ilmenevät useasti siihen vaikuttaneet diskursiiviset käytännöt - esimerkiksi se, että julkishallinnon viestintä tapahtuu aina poliittisilla areenoilla. Afganistanin 2000-luvun sota ja Yhdysvaltojen osallisuus siinä on väistämättä poliittinen kysymys, ja siten humanitaarisiin toimiin keskittyneen USAID:n viestintääkään ei pystytä irrottamaan sen poliittisesta kontekstista. Kulttuurinen diskurssianalyysi tutkimuksen teoriataustana ja analyysimenetelmänä mahdollisti aineistotekstien tarkastelun laajassa kulttuurisessa viitekehyksessä. Täten se toi tutkimukseen voimakkaan kulttuurisen sensitiivisyyden, jota useat muut diskurssintutkimuksen menetelmät eivät huomioi. Samalla se antoi uudenlaisia keinoja ja näkökulmia käsitellä julkishallinnon viestinnän tapoja vakuuttaa, selittää ja hakea oikeutusta poliittisille toimille.
  • Tikka, Katja (Helsingin yliopisto, 2014)
    Ruotsissa perustettiin vuonna 1729 yhdistynyt Sukellus- ja pelastuskomppania, joka jakautui kahteen alaosastoon: Eteläiseen ja Pohjoiseen komppaniaan. Organisaatio toimi Amiraliteettikollegion alaisuudessa ollen sille ilmoitusvelvollinen toiminnastaan. Tutkielmassa pohjustetaan aihetta kartoittamalla ensin meripelastuksen historia ennen vuotta 1729, jonka jälkeen selvitetään komppanian perustamisen syitä ja sitä miten organisaatio rakennettiin ja mihin suuntaan se alkuvuosikymmeninään kehittyi. Tutkimustavoitteena on lisäksi tutkia, keitä tai mitä komppania palveli ja minkälaisia reaktioita se herätti ympäristössään. Ruotsin Sukellus- ja pelastuskomppaniaa on tutkittu vähän, eikä organisaationa käytännössä ollenkaan. Siksi on oleellisen tärkeää selvittää perusteellisesti millaisten säädösten puitteissa komppania toimi, millainen virkamiesorganisaation se tarvitsi toimiakseen ja millaisin työvälinein pelastustöitä tehtiin. Tutkimusaineistona on käytetty pääasiassa alkuperäislähteitä, kuten valtiopäiväkertomuksia ja -päätöksiä, laki- ja säädöskokoelmia, Amiraliteettikollegion alaisuudessa olevia sukellusasiakirjoja sekä merenkulkuun, luotsi- ja tullitoimintaan liittyvää kirjallisuutta. Tutkimuksesta selviää, että yhdistynyt Sukellus- ja pelastuskomppania perustettiin suuren pohjan sodan jälkeen, kun Ruotsi oli menettänyt Itämeren herruuden. Itämeren laivaliikenteen painopiste oli siirtynyt yhä vahvemmin Pietari-Hollanti linjalle, jossa kulki suolan ja puutavaran lisäksi arvolastia vaikkapa Pietarin palatseihin. Komppanioiden toiminta perustui privilegioon eli yksinoikeuteen pelastaa merihätään joutuneita aluksia ja sen lasteja. Eteläinen komppania oli toiminut jo aiemmin hajanaisemmin, kunnes vuonna perustettiin 1729 Pohjoinen komppania ja siihen liitettiin myös Ruotsin eteläiset osat. Tästä alkoi myös aktiivinen valtiopäiväkeskustelu privilegioiden jatkamisesta ja sukelluspalkkioiden määrästä sekä komppanian virkamiesten liian omaehtoisesta palkkioiden lunastustavasta. Lähes jokaisilla valtiopäivillä tarkennettiin voimassaolevia sukellussäädöksiä, mikä vankensi vaiheittain myös komppanian asemaa. Viimeistään 1760-luvulla säädökset olivat tarpeeksi kattavia erilaisia käytännön tilanteita varten. Komppanian toiminnan luonne oli aluksi tiukasti kruunun valvonnan alaista merkantilismin hengen mukaisesti. Käännekohta koko komppanian toiminnassa oli, kun Eteläisen komppanian sukelluskomissaari Petter Pihl anoi valtiopäivillä lupaa huutokaupata ulkomaalaisen aluksen rahdin. Pihl vetosi 1740-luvulla Pohjoisen komppanian alueella tapahtuneeseen samankaltaiseen, mutta ilmeisesti vaatimattomaan huutokauppaan. Huutokauppaluvan turvin koko komppanian toiminta alkoi pohjautua yhä enemmän pelastettujen laivojen lastin takavarikointiin, kunnostamiseen ja huutokauppaamiseen, jonka jälkeen komppania lunasti sukelluspalkkionsa huutokaupan tuloista. Tätä aiemmin komppania oli ottanut oman prosentuaalisen osansa suoraan pelastetusta lastista tavaran muodossa, mikä oli aiheuttanut tyytymättömyyttä pelastetun laivahenkilökunnan kesken. 1760-luvulla Pelastuskomppanian käytännöt olivat vakiintuneet siten, että komissaarit johtivat toimintaa kotikaupungeistaan ja rannikko- ja saaristopitäjissä toimi alempaa virkamiehistöä, kuten rantavouteja. Komissaarit olivat kaupunkien silmäätekeviä henkilöitä, esimerkiksi raatimiehiä ja laivanvarustajia. Kaupunkien raatihuoneilla pidettiin komppanian huutokauppoja ja koko taloudellinen toiminta oli komissaarien hallinnassa. Alkuvuosien nöyrä työskentely amiraliteettikollegion alaisuudessa oli vaihtunut komissaarien itsetietoiseksi toiminnaksi tavoitteena yhä enemmän henkilökohtaisen omaisuuden kasvattaminen. Loppupäätelmänä todetaan, ettei komppania palvellut suoranaisesti merihätään joutunutta laivaliikennettä, vaan sen toimintaa ohjasivat taloudelliset päämäärät. Tämä synnytti eriskummallisen ja ristiriitaisen tilanteen toiminnan motivaatioiden ja moraalisten kysymysten suhteen. Kuitenkaan Ruotsin valtiolla ei ollut tarjota muunlaista mallia meripelastustoiminnan organisoimiseksi, vaikka valtiopäivillä käsiteltiin yhä uudelleen yksinoikeuden peruuttamista ja muita valituksia. Sukellus- ja pelastuskomppaniat toimivat miltei sata vuotta, kunnes laivakannan kehitys 1830-luvulle tultaessa oli muuttanut komppanian toiminnan hyödyttömäksi.
  • Koski, Eero (Helsingin yliopisto, 2012)
    Tutkielma käsittelee Taiteen keskustoimikunnan jakamia säveltaiteen taiteilija-apurahoja. Tarkastelu keskittyy jazzmusiikkiin ja sen saamaan suoraan taiteilijatukeen. Aineisto koostuu Taiteen keskustoimikunnan taiteilija-apurahahakemuksien hakijalistoista vuosilta 2005 - 2010, joista käy ilmi hakijoiden ilmoittamat kaikki aiemmat tuet kolmelta edelliseltä vuodelta. Tutkielman teoreettisen viitekehyksenä toimii Pierre Bourdieun kulttuuriteoria, jonka periaatteita pyritään soveltamaan taiteilija-apurahaa hakeneiden muusikoiden populaatiosta tehtyjen tilastollisten havaintojen tulkitsemiseen. Tutkimuksen myötä syntyi sekä mielenkiintoista tilastodataa jazzmuusikoiden menestyksestä apurahojen hakemisessa, mutta myös alustavia teoreettisia johtopäätöksiä Bourdieun teorian suhteesta voimakkaasti tuettuun kulttuuriin. Tulokset osoittavat jazzmusiikin olevan varsin tasapuolisessa ja vahvassa asemassa Taiteen keskustoimikunnan säveltaiteen taiteilija-apurahojen jakoprosessissa. Toisaalta jazzmuusikoiden kesken havaittiin koulutuksella olevan merkitystä ilman apurahoja jäämisessä. Nämä tulokset mahdollistavat erilaisia sovelluksia Bourdieun teorioista taiteen kenttien toiminnasta; toisaalta voimakas tuki säveltaiteelle lamaannuttaa kentän sisäisten toimijoiden kamppailua musiikinlajien välillä. Toisaalta apurahajazzin kenttä näyttäisi toimivan ainakin joiltakin osin Bourdieun kuvaamalla tavalla, jossa koulutuksesta seuraava symbolinen pääoma toimii osana apurahajazzin kentälle pääsyä säätelevää mekanismia.
  • Eriksson, Minna (Helsingin yliopisto, 2005)
  • Johansson, Mikael (Helsingin yliopisto, 2007)
    Quantum effects are often of key importance for the function of biological systems at molecular level. Cellular respiration, where energy is extracted from the reduction of molecular oxygen to water, is no exception. In this work, the end station of the electron transport chain in mitochondria, cytochrome c oxidase, is investigated using quantum chemical methodology. Cytochrome c oxidase contains two haems, haem a and haem a3. Haem a3, with its copper companion, CuB, is involved in the final reduction of oxygen into water. This binuclear centre receives the necessary electrons from haem a. Haem a, in turn, receives its electrons from a copper ion pair in the vicinity, called CuA. Density functional theory (DFT) has been used to clarify the charge and spin distributions of haem a, as well as changes in these during redox activity. Upon reduction, the added electron is shown to be evenly distributed over the entire haem structure, important for the accommodation of the prosthetic group within the protein. At the same time, the spin distribution of the open-shell oxidised state is more localised to the central iron. The exact spin density distribution has been disputed in the literature, however, different experiments indicating different distributions of the unpaired electron. The apparent contradiction is shown to be due to the false assumption of a unit amount of unpaired electron density; in fact, the oxidised state has about 1.3 unpaired electrons. The validity of the DFT results have been corroborated by wave function based coupled cluster calculations. Point charges, for use in classical force field based simulations, have been parameterised for the four metal centres, using a newly developed methodology. In the procedure, the subsystem for which point charges are to be obtained, is surrounded by an outer region, with the purpose of stabilising the inner region, both electronically and structurally. Finally, the possibility of vibrational promotion of the electron transfer step between haem a and a3 has been investigated. Calculating the full vibrational spectra, at DFT level, of a combined model of the two haems, revealed several normal modes that do shift electron density between the haems. The magnitude of the shift was found to be moderate, at most. The proposed mechanism could have an assisting role in the electron transfer, which still seems to be dominated by electron tunnelling.