Browsing by Subject "bakteeri"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-3 of 3
  • Pehkonen, Kati (2013)
    Sienillä on keskeinen merkitys ekosysteemissämme ravinteiden kierrättäjinä ja sienijuurien muodostajina. Hajottaja- ja sienijuurisienistä suuri osa on kantasieniä. Kantasienet tuottavat elinkiertonsa suvullisen lisääntymisen vaiheessa itiöemän, jonka avulla ne tuottavat ja levittävät itiöitä, mahdollistaen sienen leviämisen uusille kasvupaikoille. Sienten itiöemien on osoitettu sisältävän bakteereita. Niiden esiintyminen itiöemissä saattaa liittyä itiöemien erilaistumiseen, säilymiseen, eläimiltä sekä taudeilta suojautumiseen ja vaikuttaa myös itiöemien ravintoarvoon. Toistaiseksi bakteerien määristä itiöemissä on vain vähän tietoa, joka perustuu täysin viljelymenetelmin tehtyihin tutkimuksiin. Eri sienilajien itiöemistä on löydetty hyvinkin erilaisia määriä bakteereita. Itiöemien ei ole aikaisemmin osoitettu sisältävän arkkeja ja niiden toimintaa sienissä on vasta alettu tutkia. Työssä löydettiin merkittäviä määriä bakteerien ja arkkien 16S rRNA -geenin kopioita kolmen pintasienijuuria muodostavan sienilajin ja kolmen hajottajasienilajin itiöemistä. Tämä on ensimmäinen kerta kun itiöemien on osoitettu sisältävän arkkeja. Bakteerien ja arkkien esiintyminen ja niiden 16S rRNA -geenien määrä itiöemissä osoitettiin molekyylibiologisten menetelmien PCR:n ja kvantitatiivisen PCR:n avulla. Nummitatin ja männynherkkutatin itiöemissä esiintyi arkkien geenikopioita merkitsevästi enemmän kuin bakteerien. Keltavahverossa ja känsätuhkelossa bakteerien geenikopioiden määrä näytti olevan arkkien kopiomäärää suurempi. Kahdessa hajottajasienessä, peltoherkkusienessä ja pökkelökäävässä, bakteerien ja arkkien geenikopioita oli keskenään samankaltainen määrä. Kaikista tutkituista itiöemistä nummitatti sisälsi eniten arkkien 16S rRNA -geenin kopioita. Tutkimuksessa saatujen tulosten perusteella bakteerien ja arkkien esiintyminen on yleistä sienten itiöemissä. Tumattomien eliöiden esiintyminen itiöemissä huomattavina määrinä voi merkitä niiden välttämättömyyttä itiöemän kehitykselle ja olemassaololle ja näin ollen koko sienen elinkierrolle.
  • Orasmaa, Saila (2012)
    Tässä tutkimuksessa kartoitettiin menetelmiä, jotka voisivat soveltua kasvien kasvua edistävien kaupallisten mikrobivalmisteiden laadunvalvontaan. Esimerkkituotteena käytettiin TwinN-nimistä kaupallista bakteerivalmistetta, josta tutkittiin mikrobiologista laatua, bakteerikantojen fysiologisia ominaisuuksia sekä kykyä edistää kasvien kasvua. Lisäksi kokeissa käytettiin verrokkikantoina bakteerikantoja, joilta oli aiemmissa tutkimuksissa löydetty kasvien kasvua edistäviä ominaisuuksia. Kylmäkuivattu TwinN-bakteerijauhe sisälsi valmistajan lupauksen mukaisesti Azoarcus-, Azorhizobium- ja Azospirillum-sukuisia bakteereja. Ohjeen mukaisessa käytössä tuotteen sisältämien bakteerilajien määrät kasveissa eivät kuitenkaan välttämättä yltäisi riittävän korkeiksi, sillä kaikkien bakteerilajien pitoisuudet tuotteessa eivät olleet luvatulla tasolla. Tuotteen mukana toimitettava elatusainejauhe puolestaan sisälsi runsaasti erilaisia määrittelemättömäksi jääneitä bakteereita ja homeita, joiden esiintymissyy tuotteessa ei selvinnyt. TwinN-tuotteen bakteerit eristettiin puhdasviljelmiksi, ja tunnistettiin 16S rRNA-geenin alkuosan sekvenssien perusteella. Puhdasviljelmistä kartoitettiin mahdollisia kasvien kasvua edistäviä fysiologisia ominaisuuksia erilaisilla malja- ja liemiviljelyihin perustuvilla menetelmillä. Kyseisissä testeissä TwinN-tuotteen bakteerikannat tuottivat indoli-3-etikkahappoa, ACC-deaminaasia ja sideroforia, ja näiden ominaisuuksien perusteella tuotteella voisi olla kasvien kasvua edistävää vaikutusta. Bakteerien kykyä edistää kasvien kasvua testattiin kasvikokeessa, joka toteutettiin kasvatuspusseissa vesiviljelynä. TwinN-tuotteesta eristetty Azospirillum brasilense -kanta lisäsi kiinankaalin versojen kuivapainoa lähes 41 % verrattuna siirrostamattomiin kontrollikasveihin. A. brasilense -kanta oli käytetyistä viidestä bakteerikäsittelystä ainoa, joka sai aikaan kasvun paranemista, ja vaikutus tuli tutkituista kuudesta kasvilajista esille vain kiinankaalilla. Jostain syystä kasvien kasvua edistävää vaikutusta ei siis havaittu käytettäessä TwinN-tuotetta sellaisenaan. Kasvikokeessa kasvit selvästi kärsivät typenpuutteesta, joten bakteerit eivät olleet sitoneet typpeä kasvien käyttöön. TwinN-tuotteen mikrobikoostumuksen selvittämiseen käytettiin Amplicon-sekvensointia, joka yhdistettynä perinteiseen viljelymenetelmään osoittautui toimivaksi valmisteen mikrobiologisen laadun arvioinnissa. Fysiologisista testeistä kasvien kasvua edistävien mikrobivalmisteiden laadunvalvontaan voisivat sopia sideroforintuottokoe, fosfaatiliukoistuskoe sekä indoli-3-etikkahapon tuottoa mittaava koe.
  • Henttu, Kirsi (1994)
    Tässä työssä vertailtiin kahta kaupallista virtsan pikaviljelymenetelmää (Uricult Trio, Orion Diagnostica ja Diaslide, Diatech Diagnostica) perinteiseen verilevylle viljelyyn.Virtsanäytteistä tehtiin myös ns. vaahtotesti (Uriscreen, Diatech Diagnostica), joka on tarkoitettu käytettäväksi bakteereita sisältävien näytteiden löytämiseksi ilman viljelyä.Eristetyt bakteerit pyrittiin tunnistamaan lajitasolle. P-fimbrian esiintymistä työssä löydetyilläE.coli-kannoilla kartoitettiin erityisellä P-fimbriatestillä (PF-test, Orion Diagnostica). Työssä eristettyjen bakteerikantojen herkkyyttä eri antibiooteille tutkittiin kolmella eri menetelmällä (kiekkomenetelmä, Vetmic ja E-testi). Merkitykselliset virtsatieinfektion aiheuttajat pakastettiin myöhempiä tutkimuksia varten. Virtsanäytteitä kerättin 93 kappaletta EKK:n pieneläinklinikalle kliinisen virtsatieinfektion vuoksi potilaiksi tulleilta koirilta. Bakteerikantoia eristettiin 49 kappaletta yhteensä 48:sta näytteestä. 25:ssä näytteessä todettiin merkittävää bakteerikasvua. Yhdessä näytteessä kasvoi verilevyllä puhtaana Pasteurella multocicla (103 pmy/ml). Työssä eristettyjen bakteerilajien prosentuaalinen jakauma vastaa hyvin kirjallisuudessa esitettyjä jakaumia.Nyt eristettiin 44,9% E.coleja, 18,4% stafylokokkeja, 18,4% streptokokkeja ja 8,2% proteuksia. E.coleja eristettiin 19 kantaa, joista 26% (viisi kantaa) oli P-fimbriallisia. Hemolyyttisistäkannoista 40% ja nonhemolyyttisistä 11,1% oli P-fimbriallisia. Pfimbriallisista kannoista neljä oli peräisin kroonisista tai toistuvista virtsatieinfektioista. Antibioottiherkkyydet määritettiin kolmella eri menetelmällä. Trimetopriimisulfaa on pidetty "drug of choice" E. colin aiheuttamissa virtsatieinfektioissa. Kiekkomenetelmällä määritettynä tässä työssä E.coli-kannoista oli trimetopriimisulfalle resistenttejä 32% ja Vetmicillä määritettynä 42%. Hemolyyttisistä E.coleista trimetopriimisulfalle oli 40% ja nonhemolyyttisistä 22% resistenttejä kiekkomenetelmällä määritettynä. P-fimbrialliset kannat olivat kaikki kiekkomenetelmällä määritettynä trimetopriimisulfalle herkkiä, mutta Vetmicillä määritettynä yksi kanta oli resistentti. P-fimbriallisuus ja sulfaresistenssi eivät siis korreloineet tässä työssä. Muut tutkitut bakteerilajit olivat trimetopriimisulfalle herkkiä. Proteuksille, stafylokokeille ja streptokokeille on suositeltu ampisilliinia ensimmäisenä lääkevalintana. Tässä työssä tutkittu Proteus-kanta ja kaikki stafylokokit olivat herkkiä ampisilliinille, streptokokeista yksi kanta oli resistentti. E-testillä määritettiin 26:n bakteerikannan MIC-arvot ampisilliinille, trimetopriimisulfalle, nitrofluorantoiinille, tetrasykliinille, kefaleksiinille ja mesillinaamille. Pikamenetelmiä voidaan pitää varteenotettavana vaihtoehtona perinteisen verilevyviljelyn rinnalla virtsatieinfektioiden kenttädiagnostiikassa. Virtsanäyte on aina aiheellista viljellä. Pelkkä "ram-värjäyskin kasvustosta antaa arvokasta tietoa(gram+/gram-, kokki vai sauva), jonka perusteella potilaan hoidon suurmunittelu helpottuu. Praktikolle pikamenetelmät tarjoavat mahdollisuuden jopa lajitason diagnostiikkaan ilman useitakin päiviä vieviä biokemiallisia määrityksiä. P-fimbrian esiintyminen etenkin toistuvista VTI:ista kärsivillä potilailla kertoo usein ylempien virtsateiden infektoitumisesta ja bakteerin virulenssin kasvusta. Reinfektioissa ja relapseissa voidaan P-fimbrian esiintymistä käyttää apuna selittämään injektoivan bakteerikannan virulenssia. Antibioottiherkkyysmääritys on aiheellista suorittaa aina, kun primaarikasvu käytetyllä viljelymenetelmällä viittaa E. coliin. Etenkin hemolyyttiset kannat on aina syytä testata oikean lääkevalinnan varmistamiseksi. Tässä työssä saatujen tulosten perusteella rutiininomaista sulfakuuria VTI:sta kärsivälle potilaalle ei voi suositella, olihan 42 % E.coleista trimetopriimisulfalle resistenttejä (Vetmic). Tämä tarkoittaa sitä, että joka viidennellä potilaalla oninfektion aiheuttajana sulfalle resistentti E.coli-kanta. Jos mikä tahansa bakteerikanta on useille antibiooteille resistentti ja/tai herkkä vain aminoglykosiideille, on aiheellista tehdä MIC-arvon määritys, jotta laskennallisesti voidaan selvittää käytettävän antibiootin annostus.