Browsing by Subject "bakteeri"

Sort by: Order: Results:

Now showing items 1-4 of 4
  • Pehkonen, Kati (Helsingfors universitet, 2013)
    Fungi play a crucial role in the ecosystem by recycling nutrients and forming mycorrhizal roots with plants. Many of the decomposer and mycorrhizal fungi are Bacidiomycetes. In the sexual reproduction stage, Bacidiomycetes produce fruiting bodies which enable them to produce and disseminate spores allowing fungi to spread to new growing sites. Fruiting bodies have been discovered to contain bacteria which may have a role in differentiation and maintenance of the fruiting body. They might also protect fruiting bodies against animals and diseases, and influence the nutritional value of the fruiting body. There is little knowledge about the amount of bacteria in the fruiting bodies. All previous research has been carried out entirely by cultivation-based methods and it shows that different fungal species contain very different amounts of bacteria. Some fruiting bodies have been shown not to contain easily cultivatable bacteria. The occurrence of archaea in fruiting bodies has not been previously studied and investigation into their function in fungi has only recently begun. In the present work significant amounts of bacterial and archaeal 16S rRNA -gene copies were discovered in the fruiting bodies of three ectomycorrhizal and three decomposer fungi species. This is the first time fruiting bodies have been shown to contain archaea. The occurrence of bacteria and archaea and the abundance of their 16S rRNA -genes in the fruiting bodies were determined using PCR ja quantitative PCR methods. Suillus bovinus and Boletus pinophilus fruiting bodies contained significantly more archaeal than bacterial gene copies. Cantharellus cibarius and Lycoperdon perlatum contained more bacterial than archaeal 16S rRNA -gene copies. In two decomposer fungi fruiting bodies, Agaricus arvensis and Piptoporus betulinus, the abundance of bacterial and archaeal gene copy numbers were equal. Suillus bovinus fruiting bodies had the largest copy number of archaeal 16S rRNA -genes from all species investigated. According to the results obtained in this work, the occurrence of bacteria and archaea might be common in fruiting bodies. The presence of bacteria and archaea in significant amounts in fruiting bodies may indicate their necessity for the development and sustainability of the fruiting body and hence to the whole life cycle of fungi.
  • Orasmaa, Saila (Helsingfors universitet, 2012)
    This study was conducted to find suitable methods for the quality control of commercial plant growth-promoting (PGP) microbial products. A commercial bacterial product called TwinN was evaluated for its microbiological quality, physiological features of its bacterial strains, and its ability to promote plant growth. Other bacterial strains which had shown PGP features in earlier studies, were used as reference strains. The microbiological composition of the TwinN bacterial lyophilisate corresponded to the manufacturer's description, as it was composed of bacteria belonging to the genera Azoarcus, Azorhizobium, and Azospirillum. However, the concentrations of some of the bacterial species were lower than reported. If the product was used according to the manufacturer's instructions, the bacterial counts in the plants wouldn't necessarily reach a sufficient level. With the TwinN product, a powdery growth medium was also supplied, which appeared to be highly contaminated with bacteria and moulds. The nature and source of these microbes remained unknown. The bacteria in the TwinN product were isolated as pure cultures, and identified based on the partial sequences of their 16S rRNA genes. Specific plate and broth culturing techniques were used to uncover the potential PGP physiological features of the pure cultures. The bacterial strains were able to produce indole-3-acetic acid, ACC deaminase and siderophore, which suggests that they might also have PGP activity. The ability of the bacteria to promote plant growth was tested in a plant experiment using hydroponic growth pouches. An Azospirillum brasilense strain isolated from the TwinN product was able to increase the dry weight of the shoots of chinese gabbage almost 41 % compared with the uninoculated control plants. Of the five bacterial treatments used, the A. brasilense strain was the only one able to promote plant growth. Chinese cabbage was the only plant species out of six that gave a positive response to the A. brasilense treatment. For some reason, the TwinN product itself didn't show any PGP activity. The plants showed signs of nitrogen deficiency, which indicates that no bacterial nitrogen fixation had taken place. The method used to determine the microbial composition of the TwinN product, was Amplicon sequencing. Combined with the results of traditional culturing techniques, Amplicon sequencing proved to be a useful method for the assessment of the microbiological quality of the product. The physiological tests that could be of use in the quality control of PGP products, are siderophore production test, phosphate solubilization test and the test that measures indole-3-acetic acid production.
  • Henttu, Kirsi (1994)
    Tässä työssä vertailtiin kahta kaupallista virtsan pikaviljelymenetelmää (Uricult Trio, Orion Diagnostica ja Diaslide, Diatech Diagnostica) perinteiseen verilevylle viljelyyn.Virtsanäytteistä tehtiin myös ns. vaahtotesti (Uriscreen, Diatech Diagnostica), joka on tarkoitettu käytettäväksi bakteereita sisältävien näytteiden löytämiseksi ilman viljelyä.Eristetyt bakteerit pyrittiin tunnistamaan lajitasolle. P-fimbrian esiintymistä työssä löydetyilläE.coli-kannoilla kartoitettiin erityisellä P-fimbriatestillä (PF-test, Orion Diagnostica). Työssä eristettyjen bakteerikantojen herkkyyttä eri antibiooteille tutkittiin kolmella eri menetelmällä (kiekkomenetelmä, Vetmic ja E-testi). Merkitykselliset virtsatieinfektion aiheuttajat pakastettiin myöhempiä tutkimuksia varten. Virtsanäytteitä kerättin 93 kappaletta EKK:n pieneläinklinikalle kliinisen virtsatieinfektion vuoksi potilaiksi tulleilta koirilta. Bakteerikantoia eristettiin 49 kappaletta yhteensä 48:sta näytteestä. 25:ssä näytteessä todettiin merkittävää bakteerikasvua. Yhdessä näytteessä kasvoi verilevyllä puhtaana Pasteurella multocicla (103 pmy/ml). Työssä eristettyjen bakteerilajien prosentuaalinen jakauma vastaa hyvin kirjallisuudessa esitettyjä jakaumia.Nyt eristettiin 44,9% E.coleja, 18,4% stafylokokkeja, 18,4% streptokokkeja ja 8,2% proteuksia. E.coleja eristettiin 19 kantaa, joista 26% (viisi kantaa) oli P-fimbriallisia. Hemolyyttisistäkannoista 40% ja nonhemolyyttisistä 11,1% oli P-fimbriallisia. Pfimbriallisista kannoista neljä oli peräisin kroonisista tai toistuvista virtsatieinfektioista. Antibioottiherkkyydet määritettiin kolmella eri menetelmällä. Trimetopriimisulfaa on pidetty "drug of choice" E. colin aiheuttamissa virtsatieinfektioissa. Kiekkomenetelmällä määritettynä tässä työssä E.coli-kannoista oli trimetopriimisulfalle resistenttejä 32% ja Vetmicillä määritettynä 42%. Hemolyyttisistä E.coleista trimetopriimisulfalle oli 40% ja nonhemolyyttisistä 22% resistenttejä kiekkomenetelmällä määritettynä. P-fimbrialliset kannat olivat kaikki kiekkomenetelmällä määritettynä trimetopriimisulfalle herkkiä, mutta Vetmicillä määritettynä yksi kanta oli resistentti. P-fimbriallisuus ja sulfaresistenssi eivät siis korreloineet tässä työssä. Muut tutkitut bakteerilajit olivat trimetopriimisulfalle herkkiä. Proteuksille, stafylokokeille ja streptokokeille on suositeltu ampisilliinia ensimmäisenä lääkevalintana. Tässä työssä tutkittu Proteus-kanta ja kaikki stafylokokit olivat herkkiä ampisilliinille, streptokokeista yksi kanta oli resistentti. E-testillä määritettiin 26:n bakteerikannan MIC-arvot ampisilliinille, trimetopriimisulfalle, nitrofluorantoiinille, tetrasykliinille, kefaleksiinille ja mesillinaamille. Pikamenetelmiä voidaan pitää varteenotettavana vaihtoehtona perinteisen verilevyviljelyn rinnalla virtsatieinfektioiden kenttädiagnostiikassa. Virtsanäyte on aina aiheellista viljellä. Pelkkä "ram-värjäyskin kasvustosta antaa arvokasta tietoa(gram+/gram-, kokki vai sauva), jonka perusteella potilaan hoidon suurmunittelu helpottuu. Praktikolle pikamenetelmät tarjoavat mahdollisuuden jopa lajitason diagnostiikkaan ilman useitakin päiviä vieviä biokemiallisia määrityksiä. P-fimbrian esiintyminen etenkin toistuvista VTI:ista kärsivillä potilailla kertoo usein ylempien virtsateiden infektoitumisesta ja bakteerin virulenssin kasvusta. Reinfektioissa ja relapseissa voidaan P-fimbrian esiintymistä käyttää apuna selittämään injektoivan bakteerikannan virulenssia. Antibioottiherkkyysmääritys on aiheellista suorittaa aina, kun primaarikasvu käytetyllä viljelymenetelmällä viittaa E. coliin. Etenkin hemolyyttiset kannat on aina syytä testata oikean lääkevalinnan varmistamiseksi. Tässä työssä saatujen tulosten perusteella rutiininomaista sulfakuuria VTI:sta kärsivälle potilaalle ei voi suositella, olihan 42 % E.coleista trimetopriimisulfalle resistenttejä (Vetmic). Tämä tarkoittaa sitä, että joka viidennellä potilaalla oninfektion aiheuttajana sulfalle resistentti E.coli-kanta. Jos mikä tahansa bakteerikanta on useille antibiooteille resistentti ja/tai herkkä vain aminoglykosiideille, on aiheellista tehdä MIC-arvon määritys, jotta laskennallisesti voidaan selvittää käytettävän antibiootin annostus.
  • Holopainen, Minna (2015)
    Lisensiaatin tutkielman tavoitteena oli tutkia nautojen abortteja Suomessa. Työ sisältää kirjallisuuskatsauksen ja tutkimusosan. Tutkimusaineistona käytin Eviran Märehtijöiden luomisen syyt -projektin aineistoa. Tutkimuksessa kerättiin abortoituneita sikiöitä Suomessa vuosina 2012 ja 2013. Tutkielmani aineisto kattoi 534 abortoitunutta sikiötä tai vuorokauden sisällä syntymästä kuollutta vasikkaa. Sikiöt tutkittiin patologisin, histologisin ja mikrobiologisin menetelmin Evirassa. Lisensiaatin tutkielmaani varten kokosin aineiston ja kartoitin aineistosta tiineyden keskeytymisten lukumäärät, taudinaiheuttajat ja karjanomistajilta kootut taustatiedot. Tavoitteena oli saada kuva nautojen aborttitilanteesta ja aborttien syistä Suomessa tällä hetkellä. Samalla kartoitettiin uuden Suomeen saapuneen viruksen, schmallenberg-viruksen, aiheuttamia abortteja. Vertasin karjanomistajien lähetteissä antamia taustatietoja aborttitietoihin, ja tutkin, löytyisikö taustatietojen avulla yhdistäviä tai selittäviä tekijöitä aborteille. Noin puolet nautojen aborteista jää ilman diagnoosia. Selvitin tässä tutkielmassa myös ilman diagnoosia jääneiden tapausten taustatiedot mahdollisten niitä yhdistävien tekijöiden varalta. Tutkimuksessa ilmeni, että 33 %:ssa aborteista oli infektiivinen tausta. 17 %:ssa tapauksista abortin syy oli ei-infektiivinen, kuten esimerkiksi sikiön lymfooma, struuma tai lihasrappeuma. 50 %:ssa tapauksista taudinaiheuttajaa tai mitään muutakaan selvää syytä ei löytynyt. Infektiivisistä aborteista bakteerit aiheuttivat 57 %, virukset 14 % sekä sienet ja alkueläimet (Neospora caninum) joitakin abortteja. Bakteereista yleisimpiä olivat Trueperella pyogenes, Ureaplasma diversum sekä Listeria monocytogenes. Schmallenberg-virus oli ainoa aineistossa todettu virus. Schmallenbergin aiheuttamia tyypillisiä muutoksia sikiössä olivat raajojen lihasten ja luuston epämuodostumat, kuten raajojen ankyloosi (nivelen jäykistymä) ja artrogrypoosi (usean nivelen virheasento ja jäykistymä) ja lihasten atrofia (surkastuminen). Jonkin verran eroavaisuuksia aborttiryhmien kesken löytyi karjanomistajien taustatietojen pohjalta. T. pyogenes aiheutti eniten abortteja parsinavetoissa. Schmallenberg ja listeria aiheuttivat puolestaan abortteja useammin pihatoissa kuin parsinavetoissa. Virus- ja sieniabortteja esiintyi eniten kylmäpihatoissa. Neospora-abortteja oli eniten pienillä tiloilla. Kaksostiineydet ja pilaantuminen selittävät osan ilman diagnoosia jääneistä aborteista. Taustatietojen perusteella ilman diagnoosia jääneiden aborttien ryhmä ei erotu muista aborteista. Lypsykarjatilojen abortit jäivät useammin ilman diagnoosia kuin emolehmätilojen abortit. Päätelminä voidaan todeta, että Suomen aborttitilanne on hyvä. Tarttuvia aborttien aiheuttajia tutkimuksessa todettiin vain yksi, schmallenberg-virus. Virusaborttien määrä on kansainvälisesti arvioiden pieni. Schmallenberg-viruksen esiintymistä pihatoissa selittää varmastikin hyönteisvektorien helppo pääsy pihattoon. Yleisimmät aborttien aiheuttajat olivat kuitenkin naudan normaalissa elinympäristössä ja naudan elimistössä eläviä opportunistisia bakteereja, kuten T. pyogenes. Aborttien ehkäisyssä on olennaista huolehtia nautojen hyvästä perusterveydenhuollosta, etteivät opportunistiset bakteeri saisi jalansijaa. Tutkielmassani pohdin vielä aborttien tutkimista ja diagnosointia. Karjanomistajien lähetteissä kirjaamia tietoja käyttämällä ei yksinään voida tutkia taustalla vaikuttavia tekijöitä. Tilakäynti olisi luotettavampi tapa tutkia abortoineen naudan pito-olosuhteita. Tutkimus on aina suhteutettava aborttiongelman laajuuteen. Abortteja esiintyy karjassa aina jonkin verran. Tärkeintä on tutkia asiaa silloin, kun aborttien määrä nousee yli viiteen prosenttiin tiineyksistä.