Browsing by Title

Sort by: Order: Results:

Now showing items 21-40 of 124
  • Saarinen, Eeva (2014)
    Mikrolevien käyttöä biodieselin raaka-aineena on viime vuosina tutkittu paljon niiden ollessa hiilineutraali vaihtoehto fossiilista alkuperää oleville uusiutumattomille polttoaineille. Tämän lisäksi ne ovat myös ekologisesti ja eettisesti kannattava uusiutuvan energianlähde ja tukevat pyrkimystä kohti energiaomavaraisuuden saavuttamista. Mikrolevien todellista mikso- ja heterotrofiaa on tutkittu toistaiseksi vähän eikä niiden hyödyntämän hiilen määrästä ole tarjolla tutkimustietoa. Mikroleväkantojen todellisen mikso- ja heterotrofiakyvyn selvittäminen mahdollistaa kantojen kustannustehokkaamman kasvatuksen, koska mikso- ja heterotrofiaan kykenevät kannat voivat hyödyntää kasvussaan heikompia valaistusolosuhteita korvaamalla ne osittain tai täysin orgaanisilla hiilen lähteillä. Miksotrofisten leväkantojen käytöllä voidaan myös saavuttaa kasvatuksissa korkeampi solusaanto sekä solujen korkeampi lipidipitoisuus. Heterotrofisten kantojen käytöllä voidaan taas kiertää monia mikrolevien kasvatukseen liittyviä ongelmia. Toteutin tutkimukseni kolmella mikroleväkannalla: Selenastrum sp., Chlorella pyrenoidosa ja Euglena gracilis. Tein aluksi kasvatuskokeita, joissa kasvatin kaikkia leväkantoja auto-, mikso- ja heterotrofisissa olosuhteissa. Selenastrum sp. – ja Chlorella pyrenoidosa – kannan kasvatuksissa käytin epäorgaanista COMBO – kasvatusliuosta. Euglena gracilis – kannalla käytin epäorgaanista AF6 – kasvatusliuosta. Tutkin leväkantojen potentiaalista kykyä mikso- ja heterotrofiaan glukoosin ja asetaatin lisäyksen avulla. Seurasin leväkantojen kasvua solumäärän kehityksen kautta. Kasvatuskokeiden perusteella tein päätöksen ottaa kaikki käyttämäni leväkannat mukaan varsinaisiin mikso- ja heterotrofiakyvyn mittauksiin sekä käyttää ainoastaan glukoosia orgaanisen hiilen lähteenä, sillä leväkannat menestyivät heikosti asetaattikasvatuksissa. Mikso- ja heterotrofiakyvyn mittaamiseen käytin 14C-menetelmää. Kaikkien leväkantojen kyky hyödyntää asetaattia (pitoisuus 5 g l-1) oli yleisesti heikompi verrattuna niiden kykyyn hyödyntää glukoosia (pitoisuus 5 g l-1). Kasvatuskokeissa Selenastrum sp. – kannalla vaihtelu oli eri käsittelyiden välillä solumäärän kehityksen ja kasvunopeuden suhteen suurinta. Euglena gracilis – kannalla vaihtelu solusaannon kehityksen ja kasvunopeuden välillä oli pienintä kasvatusten välillä. Selenastrum sp. – kannan miksotrofisesti ottama hiilen määrä oli suurin muihin miksotrofisesti kasvatettuihin leväkantoihin verrattuna. Heterotrofisesti otetun hiilen määrä oli suurin Euglena gracilis – kannalla. Tutkimukseni merkittävin tulos on käyttämieni leväkantojen todellisen mikso- ja heterotrofiakyvyn todistaminen. Laajemmat lisätutkimukset leväkantojen todellisesta mikso- ja heterotrofiasta ovat kuitenkin tarpeen muun muassa mikroleväbiomassan käyttösovellusten kehittämisen ja käyttöönoton sekä vesiekosysteemien hiilenkierron tuntemisen kannalta.
  • Lehtonen, Jussi (2006)
    Seychellienharakkarastas Copsychus sechellarum on yksi uhanalaisimmista Seychellien kahdestatoista endeemisestä lintulajista. Ihmisasutuksen mukana tulleet petoeläimet ja elinympäristön tuhoutuminen ovat aiheuttaneet alun perin suhteellisen yleisen lajin taantumisen murto-osaan alkuperäisestä yksilömäärästä. Vähimmillään seychellienharakkarastaita oli kahdeksasta viiteentoista yksilöä vuonna 1965, jolloin lajin levinneisyysalue oli jo kutistunut yhteen saareen. Vuonna 1990 käynnistettiin lajin elvytysprojekti, jonka ansiosta lukumäärä onkin kasvanut yhteensä noin 150 yksilöön neljällä saarella. Seychellienharakkarastaiden siirtoistutukset useammille saarille ovat oleellinen osa projektia, ja tavoitteisiin kuuluu vielä siirrot kolmelle uudelle saarelle. Kohdesaaren elinympäristön sopivuus lajille on varmistettava ennen siirtoa. Torakat muodostavat suuren osan seychellienharakkarastaiden ruokavaliosta. Torakoiden runsaus on todettu toimivaksi elinympäristön kelvollisuuden mittariksi, mutta niiden laskeminen on hyvin työlästä. Tämän tutkimuksen tavoite oli luoda malli jonka avulla torakkarunsautta ja siten myös elinympäristön sopivuutta voitaisiin ennustaa yksinkertaisin ja helpoin menetelmin. Tutkimusaineisto kerättiin Cousin-, Cousine- ja Aride-saarilla vuoden 2004 loka- ja marraskuussa. Yksinkertaisia ja edullisia menetelmiä käyttäen mitattiin monia vaihtoehtoisia torakkarunsautta selittäviä tekijöitä. Mitatut muuttujat olivat torakoita syövän Mabuya sechellensis-liskon runsaus, mittauspaikan korkeus, kaltevuus, kivilaji, latvuston tiheys, aluskasvillisuuden tiheys, karikekerroksen syvyys, multakerroksen syvyys, eri puulajien suhteellinen osuus latvustosta sekä karikkeen, kiven, ruohokasvillisuuden, puumaisen kasvillisuuden, kuolleen puuaineksen ja paljaan maan peittävyysprosentit maastossa. Nämä mitattiin useassa 25 × 25 m ruudussa kaikilla tutkimussaarilla. Torakoiden runsaus oli mitattu samoissa ruuduissa aiemmin. Mitattujen muuttujien avulla muodostettiin useita monen muuttujan lineaarisia regressiomalleja, joissa torakoiden runsaus oli selitettävä muuttuja. Akaiken informaatiokriteerin avulla mallit asetettiin paremmuusjärjestykseen ja selittävät tekijät tärkeysjärjestykseen. Askeltavaa regressioanalyysia käytettiin vaihtoehtoisena menetelmänä. Näin voitiin tarkistaa johtavatko erilaiset menetelmät samaan lopputulokseen. Molempien menetelmien mukaan kaltevuus ja kivilaji ovat tärkeimmät tutkituista selittäjistä. Nämä korreloivat positiivisesti torakkarunsauden kanssa. Keskimääräisen torakkarunsauden vertailu graniitti- ja korallikivimaaston välillä osoitti että keskiarvojen ero on tilastollisesti merkitsevä, ja että torakoita on enemmän graniittipohjaisessa maastossa. Seychellien saaret ovat joko graniitti- tai korallipohjaisia. Suuret kaltevuudet ja graniittipohjainen maasto ovat graniittisaarten ominaisuuksia. Siksi tämän tutkimuksen tulosten valossa graniittisaarten torakkatiheys on todennäköisesti keskimäärin suurempi, ja näin ollen graniittisaaret ovat keskimäärin parempaa elinympäristöä kuin korallisaaret. On suositeltavaa, että graniittisaaret ovat etusijalla tulevia seychellienharakkarastaiden siirtoistutuksia suunniteltaessa.
  • Jeltsch, Markku Michael (Helsingin yliopisto, 1997)
  • Almusa, Henrikki (2013)
    The next-generation sequencing (NGS) platforms create a large amount of sequence in short amount of time, when compared to first generation sequencers. An overview of the NGS platforms is provided with more in-depth look into Illumina Genome Analyzer II as that is used to create the data for the thesis. There were two main aims in this thesis. First, to create a pipeline which can be used to analyse genomic sequencing. Second, to use the pipeline to compare whole human exome capture methods from two manufacturers, Roche Nimblegen and Agilent. The pipeline is describe in detail in material and methods. All the inputs for the pipeline are described and examples shown. In the pipeline the given sequences are first aligned against the reference genome. Then various separate analysis is performed to retrieve variants and coverage of the sequencing. Supplementary results include paired-end anomalies, larger insertion and deletion polymorphisms and assembly of non-aligned sequences. The two capture methods are also described and changes to the manufacturers' recommended protocols are listed. Finally, the section has the options and various inputs used in the pipeline runs of the exome data. The results of the pipeline is a basic level of analysis of the sequencing as well as various graphs showing the quality of the run. All the output files intended for user are described. By using the results of the pipeline, the user can do more in-depth analysis as required by the project. When comparing the two exome capture methods, the Nimblegen capture was shown to be more efficient in capturing the CCDS exome. While the Agilent capture kit provided better one fold coverage over the exome, higher fold coverage (over 10 fold), which is required for reliable variant calling in nextgeneration sequencing, was better reached using the Nimblegen capture kit. Also, significantly fewer false positive paired-end anomalies were observed in the library created by using the Nimblegen capture.
  • Huhtinen, Kaarina (Helsingin yliopisto, 2006)
    The aim of this thesis is to explain how Finland and Denmark have implemented the EC directive of Environmental Impact Assessment (EIA). Requirements of EIA in Denmark are a part of the Planning Act. In Finland EIA requirements are implemented through separate EIA legislation. The Danish EIA process is more openly political: final decisions of projects are made by politicians. Besides, decisions can be appealed to The National Protection Board of Appeal which has members from all political parties. In Finland the environmental permit decisions are made by the competent authority and decisions are appealed to the Administrative Courts. Decision-making procedures differ in these two countries. In Denmark, the final alternative of a project is chosen already in the EIA process, whereas in Finland the project can alter after EIA process before the permit decision. In the Finnish EIA procedure the developer is responsible for preparing the Environmental Impact Statement (EIS), but in Denmark the responsible actor is the regional authority. Yet, in practice, it´s often the developer who prepares the EIS. What the law requires and how things are in practice differ more in Denmark than in Finland. In this study EIA is examined from the perspective of Planning theories. Communicativeness is one of the core elements of EIA. Still, in both countries examined, filling the minimum requirements of EIA legislation doesn´t guarantee communicative planning. However, single cases can be communicative. At first there was no need and also no eagerness either to concentrate on the communicative side of EIA process in Denmark. Denmark has developed further participation and communicativeness in the field of urban planning. EIA has changed the participation practices of planning in Finland. Attempts to avoid EIA are a problem in both countries. It means that the public suffers form inadequate information of projects and the combined effects of projects are not evaluated. Important decisions are made before the EIA-phase. There s much pressure on the strategic environmental impact assessment of plans and programmes. There s a reform coming for animal husbandry projects, because they are the most typical EIA projects in Denmark. EIA in Finland could also be developed through examining different types of projects. The objectives of EIA and strategic environmental assessment in different sectors should be clarified.
  • Kemppi, Saana (2014)
    Helsingin niemen edustalla sijaitseva Harakan saari on pieneen kokoonsa nähden kasvillisuudeltaan rikas alue. Saaren käyttö on muuttunut selkeästi viimeisten parinkymmenen vuoden aikana, sillä se avattiin yleisölle vasta vuonna 1989. Viime aikoina saaren luontoa ovat muuttaneet erityisesti siellä viihtyvät valkoposkihanhet, jotka paikoin kuluttavat maata laiduntaessaan, syövät kasveja ja samalla lisäävät maan ravinnekuormaa ulostaessaan. Helsingin kaupungin rakennusvirastolla on koko saarta koskeva Harakan saaren luonnonhoidon ja virkistyskäytön kehittämissuunnitelma työn alla vuosina 2012-2014. Tämän suunnitelman pohjaksi tarvittiin perusteelliset tiedot koko alueen kasvistosta ja kasvillisuudesta, putkilokasveihin keskittyen. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli vastata tähän tarpeeseen. Tutkimuksen yhtenä tavoitteena oli kartoittaa koko Harakan saaren putkilokasvilajisto, ja vertaamalla sitä edellisiin kartoituksiin tarkastella kasvistossa lähes 100 vuoden aikana tapahtuneita muutoksia. Saaren kasvillisuudessa viimeisen 22 vuoden aikana tapahtuneita muutoksia tutkin vuonna 1990 perustettujen seurantaalojen avulla. Muun muassa saaren kasvaneiden hanhi- ja lokkimäärien yhteyttä kasvillisuudessa tapahtuneisiin muutoksiin pyrin selvittämään saatavilla olevien tietojen pohjalta. Kasvillisuusmuutoksen lisäksi tutkin maaperätekijöiden ja kasvillisuuden välistä yhteyttä valli- ja kallioniityillä ja näiden kahden biotooppityypin välisiä eroja maaperä- ja kasvillisuustekijöissä. Niityt kuuluvat putkilokasvilajistoltaan Pohjois-Euroopan rikkaimpiin elinympäristöihin. Perinteisen maatalouden vähenemisen myötä sekundaariset niityt ovat harvinaistuneet kaikkialla Euroopassa, minkä vuoksi onkin tärkeää saada lisää tietoa niittykasvillisuuteen vaikuttavista tekijöistä. Kartoitin kesällä 2012 koko Harakan saaren putkilokasvilajiston ja vuonna 1990 perustettujen seuranta-alojen kasvillisuuden. Lisäksi tein saaren valli- ja kallioniityille molemmille kuusi tutkimusalaa, jotka inventoin ja joilta kultakin otin maaperänäytteet. Tutkimusalojen inventoinnissa käytin menetelmänä 1 m2 määritysruutuja. Kasvistokartoitukseni mukaan Harakan saarelta löytyi 258 villinä kasvavaa putkilokasvilajia. 73 % Saarelta vuosien 1918-1920 inventoinneissa löytyneistä lajeista kasvaa yhä saarella. Useita 1990-luvulla Harakasta löytyneitä, Helsingissä huomionarvoisiksi luokiteltuja lajeja ei kuitenkaan enää kasvanut saarella. Seuranta-alojen inventointitulosten perusteella piha- ja valliniittyjen lajimäärissä ja diversiteetissä ei ollut eri vuosien välillä tilastollisesti merkitseviä eroja. Seuranta-alojen lajistossa oli kuitenkin tapahtunut muutoksia. Kallioaloilla jäkälien peittävyys oli seurannan aikana vähentynyt selvästi. Saarella pesivien lokkien ja valkoposkihanhien määrä korreloi negatiivisesti niittyalojen diversiteetin ja kallioalojen jäkälien peittävyyden kanssa, eli lintujen runsastuminen saattaa olla syynä näihin kasvillisuudessa tapahtuneisiin negatiivisiin muutoksiin. Valli- ja kallioniityt erosivat toisistaan muutamien maaperätekijöiden suhteen. Kasvillisuusmuuttujissa ei havaittu tilastollisesti merkitseviä eroja, mutta lajisto oli kuitenkin osin erilaista näillä kahdella biotooppityypillä. Osa maaperätekijöistä korreloi tilastollisesti merkitsevästi niittyjen lajimäärän ja diversiteetin kanssa. Esimerkiksi kaliumpitoisuuden nousu näytti vaikuttavan negatiivisesti valliniittyjen monimuotoisuuteen ja niittylajistoon. Maaperän happamuuden vaikutus niittyjen diversiteettiin näytti olevan eri suuntainen valleilla ja kallioilla. Oletusten vastaisesti maaperän typpipitoisuus ei ollut korkea lintujen lannoituksesta huolimatta, eikä maaperän typpipitoisuudella ollut tilastollisesti merkitsevää vaikutusta kasvillisuusmuuttujiin.
  • Paloheimo, Anna (Helsingin yliopisto, 2006)
    Tämän pro gradu -työn tavoitteena oli arvioida hauen (Esox lucius L.) järvikohtaisen elohopeapitoisuuden estimoimiseen käytettyjä menetelmiä, selvittää hauen elohopeapitoisuuteen vaikuttavia tekijöitä sekä arvioida elohopeapitoisuudessa vuosien 1980-1983 ja 2000-2002 välisellä kahdenkymmenen vuoden aikajaksolla mahdollisesti tapahtunutta muutosta sekä muutokseen vaikuttavia tekijöitä. Tässä tutkimuksessa tarkasteltiin kaikkiaan 66 järven haukien elohopeapitoisuuksia vuosina 1980-1983 ja 2000-2002. Tarkastelun kohteena olevia ympäristötekijöitä oli yhteensä 70 tutkimusjärven sijaintia ja morfologiaa, vedenlaatua ja valuma-alueen maankäyttöä ja maanpeitettä kuvaavaa muuttujaa. Hauen elohopeapitoisuuden estimoimiseen käytettyjä menetelmiä vertailtiin lineaarisella, logaritmisella ja toisen asteen polynomiregressiolla. Eri regressiomenetelmien välillä ei havaittu merkitseviä eroja tilastollisesti merkitsevien mallien määrässä tai saadussa elohopeapitoisuuden estimaatissa. Regressiomenetelmänä käytettiin lineaarista kalan massan ja elohopeapitoisuuden regressiota. Hauen elohopeapitoisuuteen vaikuttaa järven sijainti Suomessa siten, että idässä havaitaan korkeampia pitoisuuksia kuin lännessä ja etelässä korkeampia pitoisuuksia kuin pohjoisessa. Suurissa järvissä hauen elohopeapitoisuuden havaittiin olevan alhaisempi kuin pienissä. Toisaalta havaittiin, että mitä suurempi järven pinta-ala on valuma-alueen pinta-alaan verrattuna, sitä alhaisempi on elohopeapitoisuus. Järvien vedenlaadun perusteella happamissa humusjärvissä tavataan korkeimmat hauen elohopeapitoisuudet. Valuma-alueen ominaisuuksista hauen elohopeapitoisuuteen vaikuttavat ennen kaikkea veden humuspitoisuuteen vaikuttavat maanpeitetyypit, kuten havumetsät ja turvemaat. Valuma-alueen ominaisuuksien merkitys hauen elohopeapitoisuuden selittäjänä korostuu etenkin pienillä järvillä. Tässä tutkimuksessa saatiin uutta tietoa hauen elohopeapitoisuudessa tapahtuneesta muutoksesta, jota on aikaisemmin tutkittu varsin vähän. Haukien elohopeapitoisuudet olivat odotetusti laskeneet, mutta Suomessa on myös järviä, joissa hauen elohopeapitoisuus oli noussut. Hauen elohopeapitoisuuden havaittiin vuosien 1980-1983 ja 2000-2002 välisenä aikana nousseen kaikkiaan 11 järvessä. 22 järvessä pitoisuus oli pysynyt samalla tasolla ja 33 järvessä pitoisuus oli laskenut. Tässä tutkimuksessa havaittiin, että pitoisuus on 36 järvessä pysytellyt tai alentunut yleisesti turvallisena pidetylle tasolle (< 0,5 mg kg-1 Hg), mutta neljässä järvessä pitoisuus on yhä tasolla tai on viimeisen 20 vuoden aikana noussut tasolle, jolla haukea ei pitäisi suositusten mukaan käyttää ihmisravinnoksi (> 1,0 mg kg-1). Pitoisuuden nousua havaittiin ainoastaan pienissä ja keskisuurissa järvissä, näissä ryhmissä noin 20 % järvistä elohopeapitoisuuden havaittiin nousseen 20 vuoden tarkastelujakson aikana. Pitoisuuden laskua puolestaan havaittiin kaikissa kokoryhmissä, pienten ja keskisuurten järvien joukossa noin puolella ja suurilla järvillä kahdella kolmanneksella järvistä. Merkittävään pitoisuuden laskuun on vaikuttanut tutkimusajankohtien välillä merkittävästi pienentynyt ilmaperäinen kuormitus. Kuitenkin tämä tutkimus todistaa sen asian puolesta, että etenkin orgaaniseen maahan on kerääntynyt suuret elohopean varastot, jotka voivat vaikuttaa pitoisuuksia nostavasti vaikka ilmakuormitus onkin pienentynyt. Ilmakuormitusta on usein pidetty merkittävimpänä elohopean lähteenä vesistöön ja edelleen kaloihin. Muutokseen vaikuttaviksi tekijöiksi havaittiin tärkeimpänä valuma-alueen ominaisuudet. Orgaanisten maiden järvillä elohopeapitoisuuden havaittiin nousseen. Muutokseen vaikutti myös itä-länsi -suuntainen sijainti. Idässä sijaitsevilla järvillä elohopeapitoisuuden havaittiin nousseen enemmän kuin lännessä.
  • Joki, Laura (2012)
    Liikenne on huomattava ilmastonmuutokseen vaikuttava sektori, jolla ei ole saavutettu merkittäviä päästövähennyksiä. Toisin kuin useilla muilla sektoreilla. Erityisesti henkilöautoliikenne on liikennesektorin päästövähennystavoitteiden suhteen ongelmallinen liikennemuoto, koska siihen on vaikea puuttua ilman voimakkaita lainsäädännöllisiä tai poliittisia toimia. Lisäksi henkilöautoliikenteen määrä on lamavuosien väliaikaista pienenemistä lukuun ottamatta ollut Suomessa jatkuvassa kasvussa. Tässä tutkimuksessa tarkasteltiin Suomen henkilöautoliikenteen tulevaisuutta liikennealan asiantuntijoiden näkemysten pohjalta ja muodostettiin henkilöautoliikenneskenaarioita vuoteen 2030. Tutkimuksen aineisto koostui 26 kyselylomakkeesta ja asiantuntijahaastattelusta. Kyselylomakkeiden vastaukset ryhmiteltiin käyttäen klusterianalyysia. Ryhmistä laskettiin klusterikeskukset, jotka muodostivat skenaarioiden ”ytimen”. Klusterianalyysin tuloksia syvennettiin haastatteluaineistosta poimituilla selittävillä tekijöillä ja sitaateilla. Näin muodostettiin viisi henkilöautoliikenneskenaariota, joita voidaan hyödyntää esimerkiksi tarkasteltaessa henkilöautoliikenteen tulevaisuudennäkymiä ilmastonäkökulmasta ja pyrittäessä kohti ympäristön kannalta kestävää tulevaisuutta liikennesektorilla. Muodostetut skenaariot olivat hyvin monimuotoisia. Osa oli hyvin kasvuorientoituneita niin liikennesuoritteiden kuin päästöjenkin suhteen ja osa taas erittäin kasvukriittisiä. Kasvuorientoituneissa skenaarioissa Materialistisen hyvinvoinnin kasvu ja Politiikkapessimismi liikennesuoritteiden kasvu jatkui. Näissä skenaarioissa myös hiilidioksidipäästöjen kasvu jatkui, mutta paljon loivemmalla kasvu-uralla kuin suoritteet. Skenaariossa Teknologiaoptimismi uskottiin liikennesuoritteiden ja päästöjen absoluuttiseen irtikytkentään eli siihen, että kasvavista suoritteista huolimatta CO2-päästöt kääntyvät laskuun. Skenaariot Tieliikenteestä tietoliikenteeseen ja Henkilöautoliikenteen romahdus olivat huomattavasti kasvuskeptisempiä. Näissä skenaarioissa suoritteiden uskottiin kääntyvän laskuun ja CO2-päästöjen laskevan suoritteitakin nopeammin. Merkittävä ero näiden kahden skenaarion välillä oli kuitenkin se, että Henkilöautoliikenteen romahdus -skenaariossa kokonaishenkilöliikennesuoritteen ei uskottu pienenevän, vaikka henkilöautosuorite romahti. Näin ollen Henkilöautoliikenteen romahdus -skenaariossa liikkuminen ei vähentynyt vaan ainoastaan kulkutapa muuttui. Tieliikenteestä tietoliikenteeseen skenaariossa taas ihmisten liikkuminen kokonaisuudessaan väheni esimerkiksi sähköisen viestinnän ja asioinnin lisääntyessä. Verrattaessa muodostettuja skenaarioita kirjallisuudesta löytyviin liikenneskenaarioihin voitiin todeta, että kasvuorientoituneet skenaariot ennustivat aiempiin skenaarioihinkin verrattuna melko suurta kasvua, kun taas kasvukriittisissä skenaariot uskottiin aiempiin skenaarioihin verrattuna merkittäviin vähennyksiin erityisesti hiilidioksidipäästöjen osalta.
  • Hirvonen, Jonni (2013)
    Tässä pro gradu -tutkielmassa on tarkasteltu aivosähkö-ja aivomagneettikäyrien amplitudien vaihteluiden vastaavuussuhteita koehenkilön suoriutumiseen audiovisuaalisten ärsykkeiden tarkkaavaisuustehtävissä. Aikaisemmista tutkimuksista tiedetään, että koehenkilön osumatarkkuus ei pysy vakiona koko tehtävän ajan, vaan on monesti jaksottunut valppauden ja herpaantumisen jaksoihin. Lisäksi osumatarkkuus koko kokeen ajalta on alhaisempi kuin lyhyen kalibraatiojakson ajalta mitattuna. Tämän intuitiiviseltä tuntuvan keskittymiskyvyn järkkymisen taustalla on esitetty olevan henkilön introspektiiviset ja mielenvaelteluun liittyvät kognitiiviset toiminnot. Ennen tätä tutkimusta on jäänyt kuitenkin osoittamatta osumatarkkuuden ailahtelun yhteys aivokuoren hermostollisen aktiivisuuden pitkällä ajalla autokorreloiviin muutoksiin lähdemallintamisella. Tämän pro gradun tutkimustulokset osoittavat, että näiden kahden lajin välillä on olemassa merkittävä korrelaatioyhteys. Lisäksi lepovaiheen aivotoiminnasta modaliteettispesifeillä tarkkaavaisuus-ja oletustilan verkoston alueilla voidaan ennustaa psykofyysisen suoriutumisen vaihteluja jatkuvan audiovisuaalisen ärsykekynnyksen tarkkaavaisuustehtävän aikana. Keskittymiskyvyn vaihtelun muutoksia hermostollisella tasolla ja näitä mahdollisesti ilmentäviä käyttäytymisen ailahteluja psykofyysisinä parametreinä, kuten osumatarkkuutena ja reaktionopeutena, voidaan luonnehtia skaalauslakianalyysilla. Ilmiön skaalaton käyttäytyminen heijastelee monimutkaisen järjestelmän taipumusta luoda sisäisiä vastaavuussuhteita eli autokorrelaatioita, jotka heikkenevät hitaammin ja ulottuvat kauemmaksi ajassa ja/tai paikassa kuin mitä alla piilevistä mekanismeista voidaan suoraan ennustaa. On havaittu, että osumatarkkuuden jaksottuminen ja spontaani aivotoiminta noudattavat potenssilain skaalauskäyttäytymistä ajan suhteen. Psykofyysisen ja hermostollisen skaalauslain mukaisen käyttäytymisen kvantifioimiseksi tässä opinnäytetyössä on käytetty vaihtelun ikkunallista autokorrelaatioanalyysiä, DFA:ta. DFA paljastaa ilmiön sisällä olevien peräkkäisten tapahtumien autokorrelaatioiden kestävyyden tarkasteluvälin kasvaessa. Skaalausluvut eli DFA-eksponentit on johdettu tässä kokeessa jatkuvan audiovisuaalisen ärsykekynnyksen tarkkaavaisuustehtävän ja levon aikana rekisteröidyistä aivosähkö-ja aivomagneettikäyräsignaalien verhokäyrästä sekä psykofyysisen osuma/huti -binäärisekvenssistä rakennetusta keinotekoisesta satunnaiskulun kaltaisesta käyrästä. Jatkuvat ärsykekynnystehtävät soveltuvat hyvin tarkkaavaisuuden top-down mekanismien tutkimiseen, koska heikoista, vain juuri ja juuri havaintokyvyn säteellä olevista ärsykkeistä seuraa verraten heikko bottom-up hermostovaste. Näin keskittymiskykyyn vaikuttavat top-down säätelymekanismit kuten motivaatio, päämäärät tai mielenvaeltelu eli spontaanilta vaikuttava aivotoiminta edustuu selkeämmin aivosähkö-ja -magneettikäyrissä. Aivokuoren kokonaisvaltaisen skaalautumisen lisäksi ollaan kiinnostuneita psykofyysisten ja hermostollisten vastaavuussuhteiden jakaumamallista tietyille aivoalueille. Mitattujen hermostollisten signaalien paikantaminen tarkalleen tietyille aivokuoren alueille aiheuttaa käänteisen ongelman, joka on ratkaistu tässä MNE -lähdemallintamisella. Lähdemallintamisen algoritmit tuottavat todennäköisimmän mallin aivokuoren alueista, joiden aktiivisuudella voidaan selittää mitatut MEEG signaalit. Mallintaminen on työn kriittinen vaihe, koska sillä yhdistetään neuroanatominen tieto fysiologisen ja psykofyysisen tiedon kanssa. Yksilötason data on käsitelty lopuksi ryhmätasolla tilastollisin menetelmin korrelaatiotulosten merkittävyyksien arvioimiseksi.
  • Jaale, Marko (2007)
    Saaristomeren pinnanalaisen ravintoverkon rakennetta sekä ravinteiden alkuperää ja kulkeutumista tutkittiin hiilen ja typen pysyviä isotooppeja hyväksi käyttäen. Tutkimuksen kohteena olivat suspendoitunut partikkeliaines (SPM), sedimentin pintakerros, pohjaeläimet, kalat ja makrolevät. Näytteitä otettiin toukokuussa, kesäkuussa ja lokakuussa. Ravinnelähteiden arvioinnin ohella tutkittiin voiko sisäsaariston kalankasvatuksen vaikutusta määritellä analysoimalla kalanrehupellettejä. Lisäksi arvioitiin joidenkin lajikohtaisten tai lajien välisten ominaisuuksien erojen vaikutusta (esimerkiksi eläimen koko ja kudosten C:N –suhde rasvapitoisuuden kuvaajana) /-arvojen määräytymiseen. Myös joitain tarkennuksia tehtiin lajien ravinnonkäyttöluokituksiin. Sisäsaaristossa toukokuussa pian lumien sulamisen aiheuttaman kasvaneen jokivirtaaman jälkeen SPM:stä havaittiin korkeita /13C- ja /15N-arvoja (keskimäärin -16 ‰ ja 9 ‰, vastaavasti). Ulkosaariston asemilta saatiin paljon alempia arvoja (-24 ‰ ja 4 ‰, vastaavasti). Sisäsaaristossakin arvot laskivat kesäkuuhun mennessä (-26 ‰ ja 5 ‰, vastaavasti) ollen kuitenkin hieman korkeampia kuin samaan aikaan tutkituilla ulommilla välisaariston asemilla. Kasviplanktonin lajistokoostumusta tutkittiin touko- ja kesäkuussa, mutta suuria eroja ei ajankohtien välillä havaittu. Lokakuussa sateisen loppukesän jälkeen /13C oli tasainen (-23 ‰ - -24 ‰) koko tutkimusalueella, mutta /15N oli taas huomattavasti korkeampi sisäsaaristossa (8 ‰) kuin ulkosaaristossa (4 ‰). Päinvastoin kuin yleensä tutkimuksissa on esitetty, tässä tutkimuksessa korkeat /13Cja/ tai /15N-arvot kuvannevat lisääntynyttä jokien tuomaa terrestristä alkuperää olevaa ravinnekuormaa. Lisäksi kauden aikana suuresti vaihtelevat, mutta silti voimakkaasti korreloivat /13C ja /15N indikoivat hiilen ja typen olevan pääosin samaista alkuperää. Kirjallisuudessa ravinnepulssien yhtäaikaisesti korkeat /13C ja /15N katsotaan alkuperältään ihmis- tai eläinperäisiksi ja yleensä liitetään karjanlannan käyttöön lannoitteena. Tätä ei kuitenkaan voitu Saaristomerellä osoittaa, koska terrestrisiä ravinnelähteitä ei tutkittu. Kuitenkin muista tunnetuista SPM:n /-arvoja voimakkaasti muokkaavista tekijöistä voitiin poissulkea ravinnerajoitteisuudesta johtuva fraktionaation muutos sekä synteettisten lannoitteiden käyttö ja kalankasvatus ravinnelähteinä. Pintasedimentistä saatiin paljon tasaisempia /13C- ja /15N-arvoja kaikilla näytteenotoilla (keskimäärin -24 ‰ ja 4 ‰, vastaavasti), jotka kuvannevat sedimentoituvan aineksen pitkäaikaisia keskiarvoja. Havaittavissa oli hienoinen laskeva suuntaus kohti ulompia asemia ja monista pohjan lähellä tai sedimentissä elävistä eläimistä saatiin samaan tapaan laskevia arvoja. SPM:n vaihtelevat ja eläinten /-arvot korreloivat heikosti lukuunottamatta joitakin suspensionsyöjiä (Balanus improvisus ja Mytilus edulis). /13C ja C:N korreloivat negatiivisesti joillakin lajeilla (Macoma balthica, Monoporeia affinis ja Mytilus edulis), joka johtunee muuttuvasta rasvojen osuudesta kudoksissa. Ainakin näiden lajien käyttöön ravinnelähteiden arvioinnissa kannattaa suhtautua varauksella. Makrolevien /15N oli n. 4 ‰ korkeampi sisäsaaristossa kuin ulommilla asemilla, joka myöskin heijastanee jokien tuoman terrestristä alkuperää olevien ravinteiden vaikutusta. Fucus vesiculosus, tutkimuksen ainut varsinainen monivuotinen levä, sai 6 ‰ korkeampia /13C-arvoja kuin muut levät keskimäärin. Gammarus sp:n Idothea baltican /15N seurasi makrolevien /15N:n vaihtelua, mutta /13C:n perusteella arvioituna ne suosivat rehevöitymisen seurauksena runsastuvia rihmaleviä sisäsaaristossa, kun taas F. vesiculosus näytti kasvattavan tärkeyttä ravintona ulkosaaristossa. Hiilen ja typen pysyvät isotoopit osoittautuivat tehokkaiksi työkaluiksi ravinteiden lähteiden ja kulkeutumisen tarkasteluissa erityisesti sisäsaaristossa, vaikkakin joitakin lajikohtaisia piirteitä on otettava huomioon ja joidenkin biologisten prosessien, kuten denitrifikaation osuus fraktionaation aiheuttajana pitäisi määrittää ennen kuin luotettavia arvioita ravinnelähteistä voidaan tehdä.
  • Lehikoinen, Petteri (2014)
    Kosteikot ovat biodiversiteetiltään yksi maailman rikkaimmista habitaateista. Kosteikkojen ja niillä elävien vesilintujen tuottamien ekosysteemipalvelujen laajuuteen ja tärkeyteen on havahduttu vasta viime aikoina. Kosteikkoja ja niiden linnustoa uhkaavat maailman laajuisesti maankäyttö sekä makeiden vesistöjen pilaantuminen. Viimeisen vuosisadan aikana maailman kosteikkojen määrä on vähentynyt puoleen ja niiden tila on heikentynyt. Kosteikkolinnuston elinolot ovat heikentyneet ja linnusto on taantunut. Kosteikkoja rakentamalla ja kunnostamalla on voitu parantaa linnuston elinolosuhteita. Etenkin keinotekoisten kosteikkojen merkitys on ollut suuri luontaisten kosteikkojen tilan heikkenemisen myötä. Vain vähän tiedetään miten luonnollisten kosteikkojen hoitotoimet vaikuttavat linnustoon paikallisella tasolla. Niukasti tietoa on myös saatavilla päättäjille hoitotoimien kustannustehokkuudesta. Tässä työssä tutkittiin Etelä-Suomen kosteikkojen hoitotoimien vaikutuksia levähtävään ja pesivään linnustoon. Työn tarkoituksena oli selvittää eri hoitotoimien vaikutuksia ravinnonhankinnaltaan erilaisiin lintukiltoihin ja -ryhmiin. Yhtenä tutkimuksen päätavoitteena oli luoda käsitys hoitotoimien kustannustehokkuudesta sekä mihin resurssit kannattaa käyttää. Tutkimusalue käsitti 21 Etelä-Suomen linnustollisesti arvokasta kosteikkoa. Kosteikkoja kunnostettiin vuosina 2004–2012 kahdessa hoitojaksossa. Hoitojaksoja ennen ja niiden jälkeen kosteikkojen pesivä ja levähtävä linnusto selvitettiin. Suomen ympäristökeskus vastasi hoitotoimista ja linnustolaskennoista Uudenmaan ja Kymenlaakson ELY-keskusten kanssa. Kosteikkoja kunnostettiin pääasiassa avoimuutta lisäämällä laidunnuksen, puustonraivauksen, niiton ja äestyksen sekä ruoppauksen avulla. Muutolla levähtävä linnusto selvitettiin läpi muuttokauden noin viiden päivän välein suoritettujen laskentojen avulla ja pesivä linnusto selvitettiin viiden käyntikerran kartoitusmenetelmällä. Kohteiden linnut eriteltiin hoidettuihin osa-alueisiin sekä niiden ulkopuolelle jääviin hoitamattomiin osa-alueisiin. Kontrollialueina toimivat hoitamattomat kohteet ja osa-alueet. Lasketut linnut yhdistettiin ravinnonhankintansa perusteella kymmeneen kiltaan, jotka olivat puolisukeltajasorsat, sukeltajasorsat, kalansyöjävesilinnut, joutsenet, hanhet, kahlaajat, naurulokki, rantakanat ja kaulushaikara, avomaavarpuslinnut sekä pensaston ja ruovikon varpuslinnut. Kolmea viimeksi mainittua kiltaa tarkasteltiin vain pesimäaikana. Erikseen tarkasteltiin kansallisesti uhanalaisia sekä lintudirektiivin liitteen I lajeja. Hoitotoimien sekä niihin käytettyjen kokonaiskustannusten vaikutuksia kiltakohtaisiin lintumääriin tarkasteltiin lineaarisilla sekamalleilla. Syysmuuttoaineistossa kaikkien lintukiltojen määrät kasvoivat niitto-ja äestysalan myötä; laidunnuspinta-ala lisäsi hanhien ja kahlaajien lukumääriä. Kaikkien kiltojen lukumääriä lisäsi laidunala keväällä, lisäksi niitto-ja äestys-sekä ruoppausala lisäsivät kahlaajien lukumääriä. Kalansyöjien lukumäärät vähenivät ruoppausalan kasvun myötä, mutta yhteys oli tilastollisesti vain suuntaa antava. Pesimäaineistossa ruoppausala x kilta-interaktio osoittautui tilastollisesti merkitseväksi, mutta kiltakohtaisesti tarkasteltuna vaikutukset olivat suuntaa antavia; rantakanat ja kaulushaikara runsastuivat ja kalansyöjävesilinnut vähenivät. Sekä uhanalaisten että lintudirektiivin liitteen I lajien lukumääriä kasvatti laidunnus keväällä ja syksyllä. Hoitotoimiin käytettyjen kokonaiskustannusten suhteen runsastuivat syksyllä puolisukeltajasorsat, hanhet ja kahlaajat. Keväällä kokonaiskustannuksilla oli positiivinen yhteys puolisukeltajasorsien, kahlaajien ja naurulokin lukumääriin. Pesimäaineistossa kokonaiskustannukset kasvattivat naurulokin lukumääriä. Suuntaa-antavasti kokonaiskustannukset lisäsivät rantakanojen ja kaulushaikaran määriä sekä vähensivät kalansyöjävesilintujen määriä. Erityisesti huomioitavaa on, että hoitotoimilla havaittiin vain positiivisia merkitseviä tuloksia lintukiltoihin. Laidunnus oli tärkein yksittäinen hoitotoimi, mikä liittynee sen ympäristöä monipuolistavaan vaikutukseen. Hoitotoimista eniten hyötynyt kilta oli kahlaajat, mutta kaikki killat hyötyivät jostain hoitotoimesta. Hoitotoimien positiiviset vaikutukset liittynevät avoimuuden lisääntymiseen sekä karjan läsnäoloon, jotka voivat parantaa lintujen ruokailuolosuhteita sekä lisätä turvallisuutta. Kokonaiskustannukset paljastivat että naurulokki ja puolisukeltajasorsat hyötyivät hoitotoimista kokonaisuutena, sillä ne eivät poikenneet muista killoista yksittäisiä hoitotoimia tarkasteltaessa. Vähiten hyötyivät sukeltajasorsat sekä kalansyöjävesilinnut. Tutkimus osoittaa, että hoitotoimilla voidaan parantaa taantuneiden kosteikkolintujen elinolosuhteita. Koska hoitokohteet ovat Etelä-Suomen parhaimpia lintuvesiä, on hoitotoimien biologinen merkitys suuri. Vaikutukset eivät ole pelkästään kansalliset, vaan kunnostuksesta hyötyvät Suomenlahden muuttoreittiä pitkin pohjoiseen muuttavat kosteikkolinnut –aina Siperiaan asti. Yksi tärkeimmistä huomioista on, että hoidon loputtua kosteikkojen tila heikkenee. Hoitoa tulisi jatkaa, jottei saatuja hyötyjä menetettäisi. Tulevaisuudessa olisi tärkeää suunnitella mittavat hoitotoimet myös tutkimuksen kannalta, jolloin hoitotoimien vaikutuksia voitaisiin tutkia tarkemmin. Tärkeää olisi löytää keinot sukeltajasorsien ja kalansyöjien elinolojen parantamiseksi.
  • Pakarinen, Suvi (Helsingin yliopisto, 2011)
    The relationship between hosts and parasites is one of the most studied interactions between living organisms, and it is both universal and common in nature. Parasitoids are special type of parasites whose offspring develop attached to or within a single host organism that it ultimately consumes and kills. Hosts are arthropods and most parasitoids belong to the insect order Hymenoptera. For almost two decades metapopulation research on the Glanville fritillary butterfly (Melitaea cinxia) has been conducted in the Åland Islands, Finland. The studies have been concerned with the population dynamics, evolution, genetics, behavior, natural history and life history characteristics of M. cinxia, as well as with species interacting with the butterfly. The parasitoids of M. cinxia have been under long term studies and much has been learned about specific host-parasitoid interactions during the past decade. The research for this Master s thesis was done in the Åland Islands during summer 2010. I conducted a reciprocal transplant style experiment in order to compare the performance of host butterflies (M. cinxia) under attack by different parasitoid wasps (C. melitaearum). I used hosts and parasitoids from five origins around the Baltic Sea: Öland, Uppland, Åland, Saaremaa and Pikku-Tytärsaari. The host-parasitoid relationship was studied in terms of host susceptibility and parasitoid virulence, addressing specifically the possible effects of inbreeding and local adaptation of both parasitoids and their hosts. I compared various factors such as host defence ratio, parasitoid development rate, cocoon production rate etc. I also conducted a small scale C. melitaearum egg development experiment and C. melitaearum external morphology comparison between different parasitoid populations. The results show that host resistance and parasitoid virulence differ between both host and parasitoid populations. For example, Öland hosts were most susceptible to parasitoids and especially vulnerable to Pikku-Tytärsaari wasps. Pikku-Tytärsaari wasps were most successful in terms of parasitoids virulence and efficiency except in Saaremaa hosts, where the wasp did not succeed. Saaremaa hosts were resistant except towards Åland parasitoids. I did not find any simple pattern concerning host resistance and parasitoid virulence between inbred and outbred populations. Also, the effect of local adaptation was not detected, perhaps because metapopulation processes disturb local adaptation of the studied populations. Morphological comparisons showed differences between studied wasp populations and sexual dimorphism was obvious with females being bigger that males. There were also interesting differences among populations in male and female wing shapes. The results raise many further questions. Especially interesting were Pikku-Tytärsaari wasps that did well in terms of efficiency and virulence. Pikku-Tytärsaari is a small, isolated island in the Gulf of Finland and both the host and parasitoids are extremely inbred. For the host and parasitoid to persist in the island, the host has to have some mechanisms to escape the parasitoid. Further research will be done on the subject to discover the mechanisms of Pikku-Tytärsaari host s ability to escape parasitism. Also, genetic analyses will be conducted in the near future to determine the relatedness of used C. melitaearum populations.
  • Haapanen, Liisa (2014)
    Tässä maisterintutkielmassa tarkastelen 2000-luvun talouskasvukriittistä kirjallisuutta laadullisen sisäl-lönanalyysin avulla. Tutkielman tavoitteena on selvittää, mitä talouskasvu edustaa talouskasvukriitikoille. Päätutkimuskysymyksenä on, mitkä ovat 2000-luvun talouskasvukritiikin keskeiset teemat. Tutkielman aineiston muodostavat kolme 2000-luvulla julkaistua talouskasvukriittistä kirjaa: Tim Jacksonin Prosperity without growth – economics for a finite planet vuodelta 2009, Peter Victorin Managing without growth – slower by design, not disaster vuodelta 2008 ja Serge Latouchen Jäähyväiset talouskasvulle joka ilmestyi suomeksi 2010 (alkuperäisteos on Petit traité de la décroissance sereine vuodelta 2007). Tutkielman päätulos on kolmen teeman identifioiminen aineistosta. Jokaisen teeman alla talouskasvu saa eri merkityksiä ja siihen myös kohdistetaan erilaista kritiikkiä. Kukin teema myös avaa erilaisen näkökulman talouskasvun puolustajien ja kriitikoiden väliseen vastakkainasetteluun ja valottaa eri tavoin kriitikoiden tarjoamaa vaihtoehtoa eli talouskasvua tavoittelematonta yhteiskuntaa. Ensimmäinen teema on talouskasvu ilmiönä, jossa tarkastellaan talouskasvun konkreettisia ekologisia ja sosiaalisia seurauksia. Kriitikoiden mukaan talouskasvun haitat ovat nykyään länsimaissa sen hyötyjä suuremmat eikä jatkuvaa talouskasvua ole mahdollista yhdistää ympäristövaikutusten vähentämiseen. Toinen teema on talouskasvu instituutiona, jossa talouskasvun esitetään ohjaavan yhteiskunnan jäsenten valintoja. Tämä ilmenee sekä talouskasvuriippuvaisuutena että lukuisina talouskasvua ylläpitävinä tapoina. Kriitikoiden mielestä tämä johtaa noidankehään, jossa ihmiset palvelevat talouskasvua eikä talouskasvu ihmisiä. Kolmas teema on talouskasvu ideologiana. Siinä talouskasvu näyttäytyy yhteiskunnassa vallitsevana uskomus- ja arvojärjestelmänä, joka on saavuttanut hegemonisen, itsestään selvänä pidetyn aseman. Talouskasvuideologiassa kasvu nähdään kaiken hyvän lähteenä, talous ajatellaan muusta yhteiskunnasta ja luonnosta erilliseksi elämänalueeksi ja taloudellisille arvoille annetaan etusija. Tätä ideologiaa pidetään aineistossa totuutta vääristelevänä ja irrationaalisena ajatusrakennelmana, joka estää ihmisiä näkemästä vaihtoehtoisia tulevaisuuksia. Yksi tutkielman keskeinen johtopäätös on, että talouskasvukriitikot eivät kannata talouskasvun vastakoh-taa eli talouden itsetarkoituksellista supistamista. Sen sijaan kritiikki on keskustelunavaus kohti koko-naan uudenlaista yhteiskuntaa, jossa talous ja sen koon muutokset eivät ole keskiössä. Tämä vaihtoehto ei kuitenkaan piirry aineistosta kovin selkeästi esiin – kriitikot tuntuvat tietävän paremmin, mitä he vas-tustavat kuin mitä he kannattavat. Toinen keskeinen johtopäätös on, että talouskasvukritiikissä vallitsee sisäinen ristiriita. Konkreettisia ilmiöitä käsitellessään kriitikot ehdottavat välinpitämättömyyttä talouskas-vun suhteen, mutta talouskasvun instituutioiden ja ideologian purkaminen vaativat tietoista vastustusta. Koska kirjat ammentavat aiemmasta talouskasvukriittisestä kirjallisuudesta, tutkielmassa identifioidut teemat voisivat sopia myös yleisemmin talouskasvukritiikin analysointiin. Tämä tulisi kuitenkin todentaa jatkotutkimuksissa. Jatkotutkimukset erilaisella aineistolla voivat toisaalta paljastaa lisää keskeisiä tee-moja. Koska tutkielmassa keskityttiin lähinnä aineistokirjoja yhdistäviin tekijöihin, voisi jatkossa selvittää, onko nykyisestä kasvukritiikistä löydettävissä jakolinjoja tai koulukuntia. Mielenkiintoinen jatkotutkimuskohde olisi myös talouskasvua tavoittelemattoman yhteiskunnan visioiden analysoiminen tutkielmassa löydettyjen kolme teeman näkökulmasta.
  • Scheinin, Ilari (2011)
    Ewing sarcoma is an aggressive and poorly differentiated malignancy of bone and soft tissue. It primarily affects children, adolescents, and young adults, with a slight male predominance. It is characterized by a translocation between chromosomes 11 and 22 resulting in the EWSR1-FLI1fusion transcription factor. The aim of this study is to identify putative Ewing sarcoma target genes through an integrative analysis of three microarray data sets. Array comparative genomic hybridization is used to measure changes in DNA copy number, and analyzed to detect common chromosomal aberrations. mRNA and miRNA microarrays are used to measure expression of protein-coding and miRNA genes, and these results integrated with the copy number data. Chromosomal aberrations typically contain also bystanders in addition to the driving tumor suppressor and oncogenes, and integration with expression helps to identify the true targets. Correlation between expression of miRNAs and their predicted target mRNAs is also evaluated to assess the results of post-transcriptional miRNA regulation on mRNA levels. The highest frequencies of copy number gains were identified in chromosome 8, 1q, and X. Losses were most frequent in 9p21.3, which also showed an enrichment of copy number breakpoints relative to the rest of the genome. Copy number losses in 9p21.3 were found have a statistically significant effect on the expression of MTAP, but not on CDKN2A, which is a known tumor-suppressor in the same locus. MTAP was also down-regulated in the Ewing sarcoma cell lines compared to mesenchymal stem cells. Genes exhibiting elevated expression in association with copy number gains and up-regulation compared to the reference samples included DCAF7, ENO2, MTCP1, andSTK40. Differentially expressed miRNAs were detected by comparing Ewing sarcoma cell lines against mesenchymal stem cells. 21 up-regulated and 32 down-regulated miRNAs were identified, includingmiR-145, which has been previously linked to Ewing sarcoma. The EWSR1-FLI1 fusion gene represses miR-145, which in turn targets FLI1 forming a mutually repressive feedback loop. In addition higher expression linked to copy number gains and compared to mesenchymal stem cells, STK40 was also found to be a target of four different miRNAs that were all down-regulated in Ewing sarcoma cell lines compared to the reference samples. SLCO5A1 was identified as the only up-regulated gene within a frequently gained region in chromosome 8. This region was gained in over 90 % of the cell lines, and also with a higher frequency than the neighboring regions. In addition, SLCO5A1 was found to be a target of three miRNAs that were down-regulated compared to the mesenchymal stem cells.
  • Koskenmäki, Auri (2012)
    Jokirapu (Astacus astacus) on Suomessa alkuperäislaji. Rapuruttoa hyvin sietävää täplärapua (Pacifastacus leniusculus) on istutettu lähinnä Etelä-Suomeen vuodesta 1967 lähtien. Täplärapu on kookkaampi, aggressiivisempi ja lisääntymiskykyisempi kuin jokirapumme. Yleensä täplärapu dominoi jokirapua, kun rapujen elinympäristöt kohtaavat. Täpläravun dominoivaa otetta voidaan selittää tiettyjen käyttäytymispiirteiden ollessa korreloituneena. Tietyt käyttäytymispiirteet voidaan liittää yleisesti tulokaslajien dominoivaan levittäytymiseen uusille alueille. Tulokaslajin täytyy levittäytyä epäröimättä, lisääntyä hyvin pienestä alkupopulaatiosta huolimatta sekä runsastuessaan aiheuttaa suuria vaikutuksia tunkeutumaansa yhteisöön. Tulokaslajiin käyttäytymisessä voisi siis olla korreloituneena aktiivisuus, rohkeus ja eksploratiivisuus. Käyttäytymissyndroomalla viitataan korreloituneisiin yksilön yhdenmukaisiin käyttäytymispiirteiden eroihin, jotka ilmenevät tietyssä tilanteessa ja/tai läpi tiettyjen kontekstien. Kontekstilla tarkoitetaan toiminnallista käyttäytymiseen liittyvää kategoriaa (esim. levittäytyminen). Populaatio tai laji voi ilmentää käyttäytymissyndroomaa. Jokaisella yksilöllä on oma käyttäytymistyyppinsä käyttäytymissyndrooman sisällä. Saman käyttäytymistyypin omaavien yksilöiden käyttäytyminen korreloi muiden yksilöiden käyttäytymisen kanssa järjestysluvullisen arvoasteikon mukaan. Käyttäytymissyndroomat voivat vähentää käyttäytymiseen liittyvää plastisuutta tai ylläpitää yksilöiden käyttäytymisen välistä vaihtelua. Pro gradu –työni tavoitteeni on tutkia joki- ja täplärapujen käyttäytymiseroja. Olen valinnut tutkimuksen kohteeksi aktiivisen, rohkean ja eksploratiivisen käyttäytymisen, joiden korrelaatioita on jo löydetty muutamilla lajeilla. Tutkin käyttäytymiserojen toistuvuutta sekä sukupuolen vaikutusta. Oletin löytäväni positiivisen korrelaation aktiivisessa, rohkeassa ja eksploratiivisessa käyttäytymisessä ravuilla (käyttäytymissyndrooma), ja oletin näiden käyttäytymispiirteiden välisten erojen olevan täpläravuilla suuremmat. Käyttäytymispiirrekokeet suoritin Viikissä kahteen kertaan käyttäytymisen toistuvuuden testaamiseksi. Käyttäytymisen toistuvuus osoittautui melko hyväksi, vaikka jälkimmäisen kokeen (=samaa käyttäytymistä mittaava koe tehty toiseen kertaan) tulokset olivatkin usein merkitsevästi erilaisia ensimmäisen kokeen tuloksiin verrattuna. Aktiivisuus toistui hyvin käyttäytymispiirrekokeiden kesken. Jokirapujen aktiivisena olo aika on suurempi kuin täpläravuilla aktiivisuuskokeessa ja eksploratiivisuuskokeessa. Täplärapujen aktiivisuus yleensä nousi jälkimmäisessä, kun taas jokirapujen aktiivisuus laski. Sukupuoleen sidottuja käyttäytymiseroja ei juurikaan löytynyt. Rohkeaa ja eksploratiivista käyttäytymistä ilmentävät kokeet osoittautuivat epäonnistuneiksi mittaamaan näitä käyttäytymispiirteitä. En voi saamieni tulosten perusteella todeta joki- tai täpläravuilla olevan käyttäytymissyndroomaa, jossa aktiivisuus, rohkeus ja eksploratiivisuus olisivat korreloituneena.
  • Plit, Inka (Helsingin yliopisto, 2008)
    Parental investment (PI) tarkoittaa erityisesti emon päätöstä panostaa resursseja nykyisiin jälkeläisiinsä tulevien kustannuksella. Kyseessä on optimointiongelma, jossa panostuksen pitäisi olla suurin silloin, kun saavutettavissa oleva kelpoisuushyöty on kustannuksiin nähden paras mahdollinen. Aktiivinen pesänpuolustuskäyttäytyminen on yksi tärkeimpiä PI:n muotoja. Sen on katsottu nostavan poikasten selviytymistodennäköisyyttä, mutta sisältävän toisaalta riskin emon loukkaantumisesta, eli pahimmassa tapauksessa sekä nykyisten että kaikkien tulevien jälkeläisten menettämisestä. Pesänpuolustuksen aktiivisuus kertoo siis emojen riskinottohalukkuudesta. Siihen vaikuttavista tekijöistä on esitetty lukuisia hypoteeseja, mutta yleistykset perustuvat lähinnä varpuslintututkimuksiin. Petolinnut eroavat varpuslinnuista monin tavoin – esimerkiksi sukupuolten välinen kokodimorfia on petolinnuilla suuri – ja petolintututkimusten tulokset eroavat usein muilla lajiryhmillä tehdyistä tutkimuksista. Tämän vuoksi pesänpuolustuskäyttäytymistä on syytä tutkia laajemmin muillakin lajeilla. Tutkin atrappikokeiden avulla kanahaukkanaaraiden (Accipiter gentilis) pesänpuolustuskäyttäytymistä pesäpoikasaikana eteläisellä Pohjanmaalla kesällä 2005. Huomioin pesänpuolustukseen mahdollisesti vaikuttavina tekijöinä poikueen iän, poikueen kunnon, pesinnän ajoittumisen, reviirin laadun, atrapin tyypin sekä koiraan läsnäolon. Brood value -hypoteesin mukaan nykyisiin jälkeläisiin kannattaa panostaa eniten silloin, kun niiden suhteellinen lisääntymisarvo on suuri. Vulnerability-hypoteesi taas ennustaa, että puolustuksen on oltava sitä aktiivisempaa, mitä suuremmassa vaarassa poikaset ovat. Uudempi harm to offspring -hypoteesi puolestaan laskee, että mitä kiireellisemmin emon on päästävä takaisin pesälle huolehtimaan poikasistaan, sitä aktiivisempaa pesänpuolustuksen pitäisi olla. Analysoin aineiston tilastollisesti ordinaaliregressio-menetelmällä, ja parhaaksi valittu malli selitti noin puolet puolustusaktiivisuudessa havaitusta vaihtelusta. Aktiivisuus ei noussut poikasten iän mukana, mikä on vastoin useimpia muita tutkimustuloksia. Havainto voi johtua brood value ja harm to offspring -hypoteesien mukaisten ennusteiden päinvastaisesta ja siten toisensa kumoavasta vaikutuksesta. Heikkokuntoisia poikueita puolustettiin aktiivisemmin kuin hyväkuntoisia, mikä tukee harm to offspring -hypoteesia, mutta myöhäisten poikueiden aikaisia aktiivisempaa puolustamista on vaikea selittää. Reviirin laatu ei vaikuttanut käyttäytymiseen. Vulnerability-hypoteesin mukaisesti sekä emoille että poikasille vaarallinen huuhkaja-atrappi aiheutti voimakkaammat reaktiot kuin kanahaukka-atrappi, eli pedon vaarallisuus poikasille oli tärkeämpää kuin pedon vaarallisuus emolle. Naaras oli päävastuussa pesänpuolustuksesta. Tämä ei luultavasti ole kuitenkaan käänteisen kokodimorfian syy tai seuraus, vaan työnjako johtuu siitä, että naaras viettää paljon enemmän aikaa pesällä. Koiraan läsnäolo ei vaikuttanut naaraan käyttäytymiseen. Pesänpuolustusaktiivisuus oli yleisesti ottaen melko matalaa, mutta emojen käytös vaihteli paljon yksilöllisesti. Eläinten yksilölliset käyttäytymiserot ovat viime vuosina nousseet aktiiviseksi tutkimuskohteeksi, ja on syytä epäillä, että myös tämän tutkimuksen tuloksiin vaikuttivat erot emolintujen persoonallisuudessa. Voi jopa olla, että poikueen ominaisuudet eivät suoraan vaikuta emojen käytökseen, vaan emojen yksilöllinen persoonallisuus vaikuttaa poikueen ominaisuuksiin ja sitä kautta PI:n tasoon. Mikään yksittäinen hypoteesi ei selvästi pysty selittämään kaikkia tuloksia, vaan emojen päätöksenteossa painottuvat eri tekijät eri painoarvoilla tilanteesta riippuen. Mahdollisissa jatkotutkimuksissa olisi pyrittävä selvittämään erityisesti persoonallisuuserojen vaikutusta PI:n optimointiin yleensä.