Browsing by Title

Sort by: Order: Results:

Now showing items 10-29 of 131
  • Mikkola, Reija (2013)
    Carbon capture and storage may become an inevitable means in mitigating climate change. However, it is a new technology involving a great deal of uncertainties. It is of utmost importance to understand on one hand, the risks caused by the technology and on the other, what is holding it back. This way unforeseen setbacks and environmental or other damage could be avoided. This thesis is a part of a wider research project on the risk governance of carbon dioxide capture and storage (RICCS). The present study gives additional insights to CCS risk analysis by diving into the stories that the media tells about the risks. I analyze the media coverage on the risks of CCS in the most wide spread newspapers of Norway and Finland with the aim of identifying what kind of risk framings are portrayed by the media; how strong is the presence of uncertainties and what kind of uncertainties are brought up. The media is seen as a mirror of public perception, but also one of the players influencing it. The possible effects that the analyzed articles could have on public perception of risks are discussed. The theoretical framework consists of theories of systemic risks, narrative policy analysis and framing of environmental risks in the media. I describe the nature of systemic risks. Then I move on to framing, more specifically how environmental risks are framed in the media and how it can effect public perception. After this I explain how narrative analysis can be used as a tool for identifying framings. Then I describe Klinke and Renn’s Prometheus theory that I will use for analyzing the level of uncertainty in the framing of the articles and for discussing the implications of my findings. The results show that the risks caused by CCS are mainly the lock-in in fossil fuels, it’s possible negative effect on developing renewable energy and environmental and health risks in general. The risks towards successful CCS seem to be mainly connected to funding, which connects to emissions’ prices, the climate agreement and viability of investments. The differences between the two countries are quite related to the situation in which each country is in terms of CCS development. Norway is very active and pushing CCS forward. Consequently, the Norwegian articles are generally not very critical of the technology itself, but discuss what is holding it back. Generally, the Finnish articles bring out more aspects on the issue, both positive and negative, leaving quite an ambiguous image to the reader. The implications of my findings for future policy practices are quite extensive and therefore not very useful, since most policy recommendations seem more or less relevant. What is interesting though, is that based on my findings I could identify the turning points in which public perception is most relevant. These are: What kind of energy production is supported? Is CCS an acceptable mitigation means? Is the risk of leakage taken as severe? These issues represent turning points for the future of CCS technology and deliberative processes can be crucial when discussing them.
  • Zhang, Huizhong (Helsingin yliopisto, 2014)
    Lakes play an important role in both global and regional carbon cycling, especially, the role of lakes is pronounced in the boreal zone, where lakes cover up to 20% of the land area. Allochthonous carbon is discharged mainly from terrestrial processes, but also through anthropogenic eutrophication. The role of allochthonous carbon load in lacustrine ecosystems is important, which can have far-reaching effects on lacustrine biogeochemistry in general and especially on carbon cycling. Part of dissolved organic carbon is transformed to carbon dioxide (CO2) and methane (CH4) in biological processes that result in carbon gas concentrations in water that increase above atmospheric equilibrium, thus making boreal lakes serve as sources of the important greenhouse gases. Lake Vesijärvi is renowned for its clear-water, but it has suffered eutrophication for a long history. The severely affected Enonslkä lake basin is the most eutrophic part since it surrounded mainly by urban area (28%) and forests (31%). To improve the water quality, large scale aeration in the autumn 2009 was started with the Mixox-oxygenerators. Aeration is used to weaken thermal stratification and recharge oxygen by increasing vertical flow circulation within the water columns. This leads to most chemical cocnetrations become more homogenous with depth and concentrations of reduced forms decrease in the hypolimnion. The aeration units were operated on campaign basis in summer 2013. One aim here was to investigate carbon gas concentrations and fluxes from the urban boreal lake basin, and examine the impacts of artificial aeration on greenhouse gases during the open water period in 2013. Besides CO2 and CH4 concentrations and fluxes, I measured also the water temperature and dissolved oxygen concentration of the water columns for monitoring the efficiency of artificial aeration. All gas samples were analyzed at the Lammi Biological Station of University of Helsinki with gas chromatography using the head space technique. As background data I used the information on temperature and oxygen profiles collected from the measuring platform on Lake Vesijärvi, and a reference study on CO2 and CH4 concentrations and fluxes dating back to 2005 when there was no aeration going on. In 2013, the studied lake basin was a source of CO2 to the atmosphere during the open water period, although the lake basin showed uptake of CO2 from the atmosphere for short times. The lake acted as a steady source of CH4 to the atmosphere throughout the measuring period. The mean CO2 flux was 34.1 mmol m-2 d-1, which was over 2.5 times higher than in the reference year 2005 when there was no the aeration yet. During the campaigns, the CO2 fluxes were higher from aerated than non-aerated water column and from the longer aerations as well. Therefore, aeration mixed stratified water columns and thus enhanced release of gases such as CO2 from surface water to the atmosphere. The mean CH4 flux was 0.2 mmol m-2 d-1. The CH4 fluxes from the Enonselkä basin were slightly decreased in 2013. These decreased CH4 fluxes in Enonselkä basin can be attributed to the limited CH4 production and high rate of CH4 oxidation in the oxygenated hypolimnion and surface of sediment. The daily CH4 fluxes fluxes during the long time aerated operations decreased. The significance of aeration to carbon cycling processes dpended on the residual CH4 concentrations in the water column.
  • Sirola, Roosa (2013)
    Visual working memory (VWM) maintains information for future usage. Several studies show that the cortical oscillations in the γ-frequency band (from 30 to 120 Hz) are modulated by the VWM performance. However, less is known about the cortical sources underlying the modulation of these oscillations in VWM. To address this question, we recorded human neuronal activity with magneto- and electroencephalography (M/EEG) during a delayed-matching-to-sample VWM task with three different task conditions, within which participants were instructed to focus on different object features in turn. In addition, anatomical data was acquired with magnetic resonance imaging for source modeling purposes. We then estimated the cortical amplitude dynamics across frequencies from three to 90 Hz during the VWM retention period for these three different conditions. We found that the amplitudes of the γ –frequency band oscillations were strengthened in the occipito-temporal cortical areas during the VWM for shapes but not for color or spatial locations. These data suggest that γ –band oscillations are fundamental in VWM, especially for visual stimuli requiring perceptual feature binding. Furthermore, cortical γ –band oscillations were found to be load dependently strengthened in the frontal cortex, where the central executive and attention associated processes are believed to take place. These data support the previous hypotheses stating that γ –band oscillations contribute to the maintenance of object representations in VWM.
  • Kainlauri, Tarja (2012)
    Pro gradu tutkielmani aiheena oli tutkia koirien (Canis familiaris) saalistushalukkuutta ja persoonallisuutta sekä näiden mahdollista yhteyttä dopamiinireseptori D4 –geeniin (myöh. DRD4-geeni). DRD4-geeni ilmenee lähinnä hermosoluissa ja se vaikuttaa erityisesti aivojen limbisen järjestelmän toimintaan. Limbinen järjestelmä säätelee tunnetiloja ja tunteisiin liittyviä autonomisia toimintoja sekä motivaatiota eli samoja asioita, joihin dopamiinin tiedetään vaikuttavan. Dopamiini vaikuttaa elimistöön sitoutumalla esimerkiksi aivojen limbisen alueen dopamiinireseptoreihin. Dopamiinin on havaittu liittyvän assosiatiiviseen oppimiseen ja DRD4-geenin puolestaan mm. aktiivisuuteen ja impulsiivisuuteen sekä uteliaisuuteen mistä syystä se valittiinkin kandidaattigeeniksemme tutkimukseen. Koira puolestaan sopii erityisen hyvin mallilajiksi kandidaattigeenitutkimukseen, koska koirarodut ovat geneettisiä isolaatteja ja eroavat toisistaan niin rakenteensa kuin käyttäytymisensäkin puolesta. Kytkentäepätasapaino eli alleeliassosiaatio on koirissa huomattavasti voimakkaampaa kuin ihmisissä ja siten koiralta on merkittävästi helpompaa löytää mm. tautigeenejä. Koirilla kytkentäepätasapaino yltää noin 2 Mb laajuudelle, kun vastaava luku ihmisellä on vain noin 0,28 Mb. Tutkimuksen 405 suursnautserin ja saksanpaimenkoiran saalistushalukkuus testattiin koiran luonteenkuvauksesta eli MH-testistä tutulla viehetestillä. Viehetestissä koiran edestä yllättäen ”pakenee” saalista muistuttava mutkittelevasti kulkeva kankainen viehe. Koirien suoritukset viehetestissä videoitiin ja suoritukset luokiteltiin neljään luokkaan äärimmäisen saalistushalukkaasta saalistushaluttomaan. Muita persoonallisuuspiirteitä tutkittiin koirien omistajien täyttämien luonnelomakkeiden avulla. Kaikista viehetestillä testatuista koirista otettiin verinäytteet, joista eristettiin DNA. Saalistustestissä äärimmäisen saalistushalukkaat ja täysin saalistushaluttomat saksanpaimenkoirat (N=44) valittiin DRD4-geenin alleeliassosiaatiotutkimukseen. Tutkittavaa geenialuetta monistettiin käyttämällä alleelispesifejä alukkeita PCR-reaktiossa. Tutkimuksen koirista löydettiin DRD4-geenin alleeleja 2 ja 3a. Luonnelomakeaineiston taustalta paljastui faktorianalyysin avulla neljä faktoria: sosiaalisuus ihmisiä kohtaan, leikkisyys ja aktiivisuus, aggressiivisuus koiria kohtaan sekä rohkeus. Näistä ensimmäinen assosioitui merkittävästi alleelin 3a kanssa. Koirat jotka kantoivat tätä alleelia olivat vähemmän aggressiivisia ihmisiä kohtaan kuin koirat, joilla 3a-alleelia ei ollut. Saalistushalukkuuteen kumpikaan alleeleista eikä mikään genotyypeistä assosioitunut. Saalistushalukkuutta kokonaisaineistossa selitti parhaiten leikkisyys ja aktiivisuus. Rodut erosivat toisistaan ihmisiin ja koiriin suuntautuvalta aggressiivisuudeltaan siten, että saksanpaimenkoirat olivat suursnautsereita aggressiivisempia.
  • Kajos, Miina (Helsingin yliopisto, 2005)
    1-Bentsyylipiperatsiini (BZP) on viime vuosina laittomille markkinoille ilmaantunut ns. design-huume, jonka on todettu muistuttavan vaikutuksiltaan amfetamiinia. Sen myynti tapahtuu tyypillisesti tanssiklubeilla ja Internetin välityksellä. Esimerkiksi Yhdysvalloissa BZP on luokiteltu laittomaksi, mutta suurimmassa osassa maailmaa aine on huumausainelainsäädännön ulkopuolella. Suomesta ainetta takavarikoitiin neljästi vuosina 2002-04. Tässä tutkimuksessa selvitetään ehdollistetun paikkahakuisuuskokeen avulla, onko BZP:lla palkitsevia ominaisuuksia. Kokeessa koe-eläimet opetetaan yhdistämään tutkittavan aineen vaikutukset tiettyyn ympäristöön, ja mikäli eläin alkaa tämän jälkeen suosia ympäristöä, eli aine aiheuttaa paikkahakuisuutta, tulkitaan aineella olevan palkitsevia ominaisuuksia. Palkitsevien ominaisuuksien katsotaan heijastavan aineen riippuvuuspotentiaalia, sillä useimpien ihmisten väärinkäyttämien aineiden on todettu aiheuttavan ehdollistettua paikkahakuisuutta. BZP:n todettiin aiheuttavan rotille ehdollistettua paikkahakuisuutta annosriippuvaisesti, minkä jälkeen selvitettiin reseptorisalpaajien avulla dopamiinireseptorien merkitystä paikkahakuisuuden synnylle. Dopamiini-1-, eli D1-reseptorisalpaus esti paikkahakuisuuden, kun taas D2-salpauksella ei ollut siihen vaikutusta. Kokeiden perusteella BZP:lla on palkitsevia vaikutuksia, jotka välittyvät D1-, mutteivät D2-reseptorien kautta. Tulokset viittaavat BZP:lla olevan väärinkäyttö- ja riippuvuuspotentiaalia, minkä vuoksi olisi perusteltua, että se kuuluisi lainsäädännöllisesti samaan kategoriaan mm. amfetamiinin kanssa.
  • Torppa, Kaisa (2014)
    The purpose of this thesis was to examine the diversity and species composition of dung beetle (Scarabaeinae) communities in degraded rainforest landscapes in southeastern Madagascar. Several studies elsewhere in the world have revealed that forest-dwelling dung beetle communities and especially large species suffer from forest degradation and fragmentation by decreased species diversity. The most important factors affecting community structure of forest-dwelling dung beetles are habitat area, connectivity and vegetation quality i.e. microclimate. The hypothesis of this study was that the situation is the same in Madagascar. As dung beetles provide several important ecosystem services, like nutrient cycling and bioturbation, loss of dung beetle diversity imposes a secondary threat to the extraordinary nature of Madagascar by decreasing the regeneration ability of vegetation. Material for the study was collected in forest fragments of different size and quality between two areas of primary tropical rainforest – Ranomafana National Park and Vatovavy mountain – in November and December 2011 and January 2012. The sampling was conducted by transects of 30–60 fish- or carrion-baited pitfall traps which were set up in 55 localities in the study area. In each locality, several variables were measured to describe the vegetation and microclimatic conditions. The variables included temperature, humidity, estimate of vegetation quality by 6 observation-based classes, vegetation density, hights of three clearly visible vegetation layers, altitude and slope steepness. In addition, connectivities were measured for the localities using GIS and a satellite image –based vegetation classification. In order to demonstrate the differences between certain localities the study sites were divided into seven zones in terms of their distance from the Ranomafana National Park, average connectivity of the transects and elevation. Altogether 4,199 individuals belonging to 24 species were collected. Six of the species are currently under identification process in the Paris Museum of Natural History. According to the preliminary results they include two species new to science. Largest numbers of species were collected from good quality fragments between Ranomafana and Vatovavy. Also, a clear transition zone in species composition was detected a few kilometers west from Vatovavy, where altitude changes sharply. The study reveals that the species assemblages in the forest fragments and degraded forest areas are surprisingly species rich. This may, however, be partly because of extinction debt, and many of the still surviving species may soon die out due to restricted dispersal possibilities. Connectivity and vegetation quality were shown to have an effect on Canthonini species richness, with less species in less connected areas and lower vegetation quality. Vegetation quality was also shown to have an impact on the proportions of species with different body length: more small and medium-sized (< 8 mm) species were found in fragments where vegetation was more degraded. In addition to revealing how rainforest fragmentation and degradation affect local communities, the study gives interesting information about the distribution of certain species of Epilissus (Scarabaeinae: Canthonini). It has been known before that four species of Epilissus show elevational differentiation in their occurrence in Ranomafana. In this study, two more species of the same genus, E. prasinus and E. emmae obscurpennis, were shown to continue this pattern in lower elevations near Vatovavy mountain, about 50 kilometers east of Ranomafana.
  • Fabritius, Henna (2010)
    Genetic variation is vital for both contemporary and long-term wellbeing of populations. Whereas heterozygosity (Ho) and allelic richness (A) are commonly used to measure the level of genetic diversity in a population, effective population size (Ne) describes the speed of loss of genetic variation. Various effective population sizes are proposed as standards for safe retention of genetic variation in a Minimum Viable Population (MVP). Since the 1940s, several types of effective population size estimators have been developed. Earlier estimators relied on demographic parameters, whereas genetic estimators are based on the analysis of either one or two genetic samples from a population. All Ne estimators have their unique sensitivities and limiting assumptions, which complicate the choice of estimator, comparison of results of different studies and the assessment of the reliability of the results. Ne estimators have recently been used e.g. in the monitoring of many aquatic populations, but their reliability and comparability has not often been tested with extensive ecological and genetic data, and it is not well established how much added value they bring to the conservation of easily observable species. I tested this with an extensive dataset on the Siberian jays (Perisoreus infaustus) living in Suupohja, Finland (62º22’N, 21º30’E). The Suupohja Siberian jays form one of the few isolates of Siberian jays in Southern Finland. I utilised three demographic and three genetic Ne estimators to estimate the Ne and the Ne/N ratio in the Suupohja Siberian jays, and compared the findings to the Ho and A estimates calculated with the same data, and to various suggested MVP standards. The results showed that the ratio of effective and census population sizes (Ne/N) is close to 0.6 in the Suupohja Siberian jays. Uneven survival of offspring and population size fluctuations are the main factors in the formation of this ratio. The average genetic Ne estimate would, then, suggest a census population size of 44 % higher than the average N in the Suupohja study area. This result is probably connected to the high proportion of breeding immigrants in the data, which would cause the Ne estimates to reflect a larger genetic neighbourhood than the study area. The genetic Ne estimates also suggest that the Suupohja Siberian jays might not be able to maintain their genetic diversity in the long term if gene flow would cease due to further isolation, especially if isolation would also cause a faster demographic decline. Conservation attempts should aim at ensuring gene flow to the remaining Siberian jay isolates in Southern Finland, in order to protect them from increasing genetic uniformity and inbreeding. It is possible that while the average dispersal distances in the Siberian jay are short, occasional long-distance dispersal events have an important role in the pretention of genetic structuring in a Siberian jay population. Ne estimation based on demographic data was laborious in the case of the Suupohja Siberian jays, whereas the genetic Ne estimates showed large variation depending on year and estimation method used. Reliable estimation of Ne with genetic methods would have required information on the large-scale genetic structure of the population. In any case, Ne estimates gave a clearer picture on the genetic viability of the Suupohja Siberian jays than the Ho and A estimates, which did not indicate any decrease of genetic diversity during the study period.
  • Puskarjov, Martin (Helsingin yliopisto, 2010)
    The Cl- and HCO3- electrochemical gradients across the plasma membrane dictate the electrical consequences of GABAA receptor (GABAAR) function and thereby play a significant role in neuronal GABA-mediated signalling. In adult pyramidal neurons, responses to GABA are maintained hyperpolarizing mainly by the action of K-Cl cotransporter isoform 2 (KCC2). KCC2 acts as a Cl- extrusion mechanism responsible for setting the intracellular Cl- concentration below the electrochemical equilibrium, a necessary condition for hyperpolarizing inhibition mediated by GABAARs. Recent evidence suggests that plasmalemmal KCC2 has a very high rate of turnover, pointing to a novel role for changes in KCC2 expression in diverse manifestations of neuronal plasticity. Some studies indicate that rapid down-regulation of KCC2 may be a general early response involved in various kinds of neuronal trauma. In this work, whole-cell patch-clamp was used to examine KCC2 function under a pharmacologically induced arrest of protein synthesis in living hippocampal brain slices from rat. The stability of KCC2 function was quantitatively assessed on the basis of the dendritic Cl- extrusion capacity in the presence of protein synthesis inhibitors cycloheximide and emetine. The parameter used for assessing extrusion capacity was a somato-dendritic Cl- gradient, which was imposed by a somatic Cl- load that resulted in a gradient of EGABA (ΔEGABA). The results of this study show that under general protein synthesis inhibitor-induced arrest of translation, KCC2 function persists unperturbed for at least 4 hours and hence that the cessation of mRNA translation cannot rapidly induce downregulation of KCC2-mediated Cl- extrusion. This finding precludes the use of protein synthesis inhibitors for rapid modulation of KCC2 function. Indirectly, the results presented here imply that the levels of KCC2 under pathophysiological conditions are primarily determined by the degradation rate and not by de novo synthesis.
  • Lanki, Maiju (2013)
    Adaptiivinen radiaatio eli sopeutumislevittäytyminen on tärkeä evoluutiomekanismi, jonka seurauksena voi syntyä sympatrisia lajeja tai ekotyyppejä. Loisinta voi muiden biologisten interaktioiden ohella edesauttaa lajiutumisprosessia isännän kelpoisuuden heikentymisen ja luonnonvalinnan kautta. Loisyhteisöihin ja niiden aiheuttamiin valintapaineisiin vaikuttavat isännän ekologian (esimerkiksi habitaatin ja ravinnonkäytön) lisäksi abioottiset ympäristötekijät, kaloilla esimerkiksi veden laatu ja lämpötila. Näiden tekijöiden välisten vaikutussuhteiden merkitystä loisten aiheuttamassa lajiutumisprosessissa ei tunneta. Myös isännän sukupuolten loisyhteisöerot voivat vaikuttaa lajiutumiseen. Tässä tutkimuksessa tarkastelen sympatristen kolmipiikkiekotyyppien (Gasterosteus aculeatus) sekä kolmipiikin naaras- ja koirasyksilöiden välisiä loisyhteisöeroja Thingvallavatn- ja Mývatn-järvissä Islannissa. Sympatriset muta- ja laavaekotyypit elävät järvissä ekotyypeittäin samanlaisissa habitaateissa, mutta päinvastaisissa veden lämpötiloissa. Tämä mahdollistaa loisyhteisörakenteen vertailun isännän ekologian ja veden lämpötilan suhteen. Thingvallavatn-järvessä elää edellisten lisäksi kylmän veden pelagiaalinen nitellaekotyyppi. Pyydystin molemmista järvistä otoksen kustakin kolmipiikkiekotyypistä ja määritin kalojen loislajiston. Loiset kuuluivat viiteen eri sukuun: imumadot Apatemon ja Diplostomum sekä heisimadot Diphyllobothrium, Proteocephalus ja Schistocephalus. Havaitsemistani loisista suurimmalla osalla on haitallisia vaikutuksia kalan yleiskuntoon ja kelpoisuuteen. Veden lämpötila vaikutti samalla tavoin loisten kokonaismäärään molemmissa tutkimusjärvissä; lämpimämmässä vedessä elävillä kaloilla oli enemmän imu- ja heisimatoja ekotyypistä riippumatta. Havaitsin myös, että Thingvallavatn-järven kylmän veden ekotyypeistä pelagiaalisella nitellaekotyypillä oli enemmän loisia kuin laavaekotyypillä. Kalan sukupuoli vaikutti loisten kokonaismäärään ainoastaan Thingvallavatn-järven laavajanitellaekotyypeillä siten, että koirailla oli naaraita enemmän heisimatoja. Tulokseni osoittivat samankaltaisuuksia yhtenevissä lämpötiloissa elävien kolmipiikkien loisyhteisöissä ekotyypistä riippumatta, mikä osoittaa, että ympäristö vaikuttaa loisintaan enemmän kuin isännän ekologia. Järvissä on siis syntynyt samankaltaisia ekotyyppejä päinvastaisen loisintapaineen alla. Tämä taas tukee ajatusta, että loiset eivät todennäköisesti ole aloittaneet kolmipiikkiekotyyppien erilaistumisprosessia, vaan erot loisinnassa ovat syntyneet prosessin myöhemmässä vaiheessa. Tämä on yksi ensimmäisistä tutkimuksista, joka ottaa kantaa keskeiseen kysymykseen siitä, missä isännän eriytymisen vaiheessa loisyhteisöt erilaistuvat ja siten voivat vaikuttaa lajiutumisprosessiin. Kylmän veden nitella- ja laavaekotyyppien vertailu kuitenkin osoittaa, että myös isännän ekologialla on usein merkittävä rooli loisyhteisöjen muodostumisessa. Sukupuolten väliset erot loisaltistuksessa ovat taas todennäköisesti yhteydessä kunkin kalapopulaation ja järven erityispiirteisiin. Tutkimukseni tulokset viittaavat siihen, ettei loisten merkitystä evoluutiotekijänä voi määritellä pelkästään ekologisten tai ympäristömuuttujien perusteella. Tulevaisuudessa onkin keskeistä selvittää yksityiskohtaisesti, missä lajiutumisprosessin vaiheessa loisyhteisöt alkavat eriytyä. Tämän tiedon avulla voidaan muodostaa ehyempi kokonaiskuva loisten merkityksestä adaptiivisessa radiaatiossa.
  • Merikanto, Ilona (2012)
    Monet taudinaiheuttajat kykenevät selviytymään ja lisääntymään isännän ulkopuolisessa ympäristössä esimerkiksi saprotrofismin avulla. Tällaisia taudinaiheuttajia kutsutaan opportunistiksi erotuksena obligatorisista taudinaiheuttajista, jotka eivät vuorovaikuta tai lisäänny isännän ulkopuolisessa ympäristössä. Opportunistiset taudinaiheuttajat altistuvat isännän ulkopuolisessa ympäristössä voimakkaille valintapaineille, esimerkiksi kilpaillessaan samoista resursseista muiden mikrobien kanssa. Ekologiset vuorovaikutukset isännän ulkopuolella voivat siten vaikuttaa opportunististen taudinaiheuttajien tautidynamiikkaan ja virulenssin evoluutioon. Kattavaa teoreettista mallia, joka huomioisi sekä opportunistisen lisääntymisen että isännän ulkopuoliset ekologiset vuorovaikutukset ei ole aiemmin kehitetty. Kuitenkin tällaisen mallin kehittäminen on oleellista, jotta opportunististen tautien syntyä voidaan ehkäistä ja dynamiikkaa ennakoida. Tässä työssä kehitettiin opportunistinen tautimalli, joka huomioi sekä taudinaiheuttajan isännän ulkopuolisen kasvun että taudinaiheuttajaa voimakkaamman kilpailevan kannan vaikutuksen isännän ulkopuoliseen kasvuun. Mallin differentiaaliyhtälöt kuvaavat alttiiden ja tartunnan saaneiden isäntien, taudinaiheuttajan ja sen kanssa isännän ulkopuolella kilpailevan tautia aiheuttamattoman kannan tiheysmuutoksia ajassa. Uuden opportunistisen taudinaiheuttajan virulenssin evoluutiota eli taudinaiheuttajan kykyä runsastua alhaisesta tiheydestä tautia aiheuttamattoman kilpailijan läsnä ollessa mallinnettiin erilaisissa olosuhteissa. Opportunistista tautidynamiikkaa sen sijaan mallinnettiin olosuhteissa, jossa tautia aiheuttamattoman kannan läsnäoloa manipuloitiin. Mallin vakautta tutkittiin analyyttisesti ratkaisemalla tasapainotilat systeemille, jossa tautia aiheuttamaton kanta ei ollut läsnä, sekä numeerisin analyysein tilanteessa jossa tautia aiheuttamaton kanta oli läsnä. Lisääntyminen isännissä mahdollistaa uuden opportunistisen taudinaiheuttajan runsastumisen olosuhteissa, joissa kilpailu on riittävän heikkoa, siten että isännästä riippumaton kasvu voi kompensoida opportunistisen taudinaiheuttajan heikomman kilpailukyvyn. Isännän ulkopuolinen lisääntyminen ja kilpailu tuottavat perinteisistä obligatorisen taudinaiheuttajan SI-malleista eroavan tautidynamiikan. Isäntien ulkopuolisen kasvun tiheysriippuvaisuus voi vakauttaa isäntä-loissysteemin isännän ulkopuolisen kilpailun puuttuessa. Lajien välisen kilpailun läsnä ollessa tautia aiheuttamattoman kannan kilpailuetu sen sijaan lisää tautidynamiikan epävakautta ja ehkäisee alttiiden isäntien sukupuuttoa. Isäntien ulkopuolinen kasvu mahdollistaa myös opportunistisen taudinaiheuttajan säilymisen ympäristössä alttiiden isäntien puuttuessa ja toimii siten mahdollisena mekanismina tautien puhkeamiselle olosuhteiden muuttuessa. Kilpailun lisääminen isännän ulkopuolella taudinaiheuttajan kustannuksella voi kuitenkin toimia epidemioita potentiaalisesti ehkäisevänä keinona. Mallia voidaan soveltaa mm. biologisessa kontrollissa, jossa opportunistinen taudinaiheuttaja pyritään poistamaan luontaisesti heikentämällä sen selviytymistä isännän ulkopuolisessa ympäristössä kilpailu-olosuhteessa. Tällainen biologinen kontrolli voisi olla mahdollista esimerkiksi kalankasvatuslaitoksissa esiintyvän saprotrofisen Flavobacterium columnare – kalapatogeenin kohdalla.
  • Alander, Sari (Helsingin yliopisto, 2012)
    The Arctic region is experiencing significant environmental, social and geopolitical changes as climate change impacts the region and thaws the Arctic sea-ice. The notable amount of emerging hydrocarbon and other resources as well as new navigation routes have attracted a lot of interest by a variety of Arctic and non-Arctic actors. The European Union (EU) has been one of these actors. The Arctic affairs have gained increasing attention within its institutions since the launching of the EU s Arctic policy in 2008. The purpose of this study is to find out how the Arctic is perceived in the eyes of the EU as well as how and to what extent the environmental dimension emerge in relation to other topics. A secondary purpose is to examine how these perceptions have changed since 2008. A comprehensive material is used, covering all relevant EU documents. The material is analyzed using a three-staged coding method within Grounded theory. The EU documents discuss several important topics relating to the Arctic region. This study identifies six categories of these topics. These relate to the changes that the Arctic region is facing, the emerging resources, the geopolitical situation and the governance of the region, the EU s role in the Arctic as well as the protection of the Arctic environment. The qualitative approach is mixed with quantitative aspect to find out how much attention each of these concepts get in the documents and how significant the environmental dimension is compared to the other concepts. The EU is globally recognized as an ambitious environmental actor. This study shows that the environmental aspects are well represented also in the EU s Arctic policy documents. The focus of the documents has changed over the years from Arctic resources and a range of problems towards the importance of cooperation and environmental protection in the region. Environmental protection has been motivated by the responsibilities that the EU feels towards the region. However, a goal has simultaneously been to be acknowledged as a legitimate Arctic actor, which would highly benefit the EU in a number of ways. There is nonetheless reason to presume that the EU is serious in pursuing protection of the Arctic environment and this cannot be seen merely as a means to achieve other ends.
  • Joensuu, Laura (Helsingin yliopisto, 2010)
    Carbon dioxide (CO2) is the most significant greenhouse gas produced by mankind. The oceans play a significant role in the global carbon cycle. Due to its restricted size the Baltic Sea doesn’t play an important role as a global reservoir. However, due to its large annual fluctuations, alternations in salinity in the different basins, and a wide drainage-basin with varying soil, it is an excellent study system. The aim of this research was to examine both the vertical and the horizontal distributions of the components of the inorganic carbon in the Baltic Sea, their interactions and annual fluctuations. In addition, the long-term alterations of the surface water pH were reviewed. The study was performed at the Finnish Meteorological Institute as a part of an international research programme regarding the Baltic Sea (BONUS: Baltic-C). The total alkalinity in the Baltic Sea was found to be determined mainly by salinity. Surface water alkalinity is controlled by mixing of highly saline waters originating in the North Sea and waters of low salinity from the rivers draining into the Baltic Sea. The amount of total alkalinity entering the Baltic Sea through the rivers is dependent on the soilquality in the catchment area. According to the alkalinity-salinity-relation, the Baltic Sea can be divided into four distinguishable basins. The alkalinity is lowest in the Bothnian Bay and grows towards the Kattegat as a function of salinity. Salinity controls alkalinity, which together with biological activity controls the consentration of total inorganic carbon. The distribution of total inorganic carbon is very similar to that of total alkalinity. The results in this study support earlier findings on total inorganic carbon and total alkalinity in the Baltic Sea. As the atmospheric partial pressure of carbon dioxide (pCO2) rises, the partial pressure in the surface waters rises as well. In addition to the concentration of total inorganic carbon, the biological activity has a great impact on the annual fluctuations of pCO2. The primary production forms the basis of the biological uptake of carbon dioxide in the surface waters. The results indicate that the Baltic Sea fluctuates from being a source to being a sink for atmospheric CO2 according to the annual fluctuations in primary production. However, simultaneous measurements on the atmospheric pCO2 are needed to ascertain the assumptions on the direction of CO2 flux between the sea and the atmosphere. The rise of the pCO2 in water leads to descending pH levels, because of a relative shift in the components of total inorganic carbon. The results indicate a slight decreasing trend in pH levels In the Baltic Sea during the 30-year observation period, however more research on the subject is needed. The reliability of pCO2-values calculated from known parameters was estimated by comparing them to the measured values. The study shows that pCO2 results for the Baltic Sea derived from the program developed for the oceans, should be used with caution.
  • Nieminen, Martta (2014)
    Niin Euroopan unionin kuin kansainvälisenkin energiapolitiikan päämääränä on viime vuosina ollut lisätä uusiutuvien polttoaineiden osuutta kokonaiskulutuksesta. Syinä trendiin ovat hupenevat fossiiliset polttoainevarannot ja kansakuntien pyrkimys energiaomavaraisuuteen. Mikrolevät ovat osoittautuneet potentiaaliseksi biopolttoaineiden raaka-aineeksi. Vaikka mikrolevien viljelyllä on pitkä historia, on tuotanto polttoaineeksi ollut toistaiseksi kannattamatonta. Tuotanto on tehostunut viljelyn siirtyessä avoimista ulkoaltaista säädeltävimpiin fotobioreaktoreihin, mutta tehokkaan tuotannon aikaansaamiseksi tarvitaan vielä paljon ymmärrystä mikrolevien ekofysiologiasta. Tutkielmassani pyrin selvittämään kolmen mikroleväkannan (Chlorella pyrenoidosa, Euglena gracilis ja Selenastrum sp.) fotosynteesin vastetta valointensiteettiin ja lämpötilaan, jotka ovat tärkeimmät fotosynteesin tasoa rajoittavat tekijät fotobioreaktorin kaltaisessa ravinnerikkaassa kasvuympäristössä. Valittuja leväkantoja inkuboitiin kahdeksassa eri valointensiteetissä (0,15–250 μmol m-2 s-2) ja 5–6 eri lämpötilassa (10–35 °C). Fotosynteesi määritettiin radiohiilimenetelmällä, joka perustuu yhteyttämisen stoikiometriaan. Radiohiilimenetelmän tarkoituksena on arvioida, kuinka paljon mikrolevät yhteyttäessään sitovat veteen liuennutta epäorgaanista hiiltä. Menetelmässä leviä inkuboidaan valo- ja pimeäpulloissa, joihin on lisätty tunnettu määrä radioleimattua hiiltä (14C), jota levät käyttävät samassa suhteessa kuin epäorgaanisen hiilen kokonaisvarantoa. Radiohiilimenetelmästä on tullut yleisin tapa mitata mikrolevien fotosynteesiä. Tulokset laskettiin solumäärää kohti. Myös koeviljelmäveden solujen kuivapaino ja klorofylli a -pitoisuus mitattiin solujen fysiologisen tilan arvioimiseksi. Kaikki mikroleväkannat kasvoivat 10–30 °C:ssa, mutta vain C. pyrenoidosa -kannan inkubointi onnistui myös 35 °C:ssa. Tulokset analysoitiin käyttämällä kahta mallia fotosynteesin valovasteelle (Peeters ja Eilers 1978, Platt ym. 1980) ja yhtä fotosynteesimaksimiin sovitettua lämpötilamallia (Lehman ym. 1975). Näiden avulla pyrittiin arviomaan fotosynteesiin liittyvien keskeisten parametrien arvoja, so. fotosynteesille optimaalista valointensiteettiä (Iopt) ja lämpötilaa (Topt). Myös Q10-lämpötilakertoimet määritettiin. Lämpötilamalli arvioi fotosynteesin maksimille optimaalisen lämpötilan. C. pyrenoidosa -kannan fotosynteesille optimaalinen lämpötila oli 15 °C ja optimaalinen valointensiteetti tässä lämpötilassa oli 222 μmol m-2 s-1. Vastaavat arvot E. gracilis -kannalle olivat 24,1 °C ja 152 μmol m-2 s-1 ja Selenastrum-kannalle 16,7 °C ja 154 μmol m-2 s-1. Kaikilla lajeilla fotosynteesin taso nousi valointensiteetin ja lämpötilan kasvaessa, kunnes saavutettiin kyseisten muuttujien optimaaliset arvot. Tutkimusleväkannat sietivät suurempia valointensiteettejä korkeammassa lämpötilassa, mutta optimilämpötilan saavuttamisen jälkeen, yhteyttämisen taso ei enää noussut lämpötilan noustessa. Robustiset leväkannat eli kannat, jotka ovat lämpötilan ja valointensiteetin suhteen joustavia, sopivat parhaiten mikrolevätuotantoon. Tutkimuslajeistani lämpötilan suhteen juostavin laji oli Selenastrum sp. ja valointensiteetin suhteen C. pyrenoidosa. C. pyrenoidosa -kanta oli solukokoon suhteutettuna yhteyttämiskyvyltään ylivoimainen, joten työni perusteella tutkimuskannoista C. pyrenoidosa olisi paras valinta biopolttoaineviljelyyn.
  • Saarinen, Eeva (2014)
    Mikrolevien käyttöä biodieselin raaka-aineena on viime vuosina tutkittu paljon niiden ollessa hiilineutraali vaihtoehto fossiilista alkuperää oleville uusiutumattomille polttoaineille. Tämän lisäksi ne ovat myös ekologisesti ja eettisesti kannattava uusiutuvan energianlähde ja tukevat pyrkimystä kohti energiaomavaraisuuden saavuttamista. Mikrolevien todellista mikso- ja heterotrofiaa on tutkittu toistaiseksi vähän eikä niiden hyödyntämän hiilen määrästä ole tarjolla tutkimustietoa. Mikroleväkantojen todellisen mikso- ja heterotrofiakyvyn selvittäminen mahdollistaa kantojen kustannustehokkaamman kasvatuksen, koska mikso- ja heterotrofiaan kykenevät kannat voivat hyödyntää kasvussaan heikompia valaistusolosuhteita korvaamalla ne osittain tai täysin orgaanisilla hiilen lähteillä. Miksotrofisten leväkantojen käytöllä voidaan myös saavuttaa kasvatuksissa korkeampi solusaanto sekä solujen korkeampi lipidipitoisuus. Heterotrofisten kantojen käytöllä voidaan taas kiertää monia mikrolevien kasvatukseen liittyviä ongelmia. Toteutin tutkimukseni kolmella mikroleväkannalla: Selenastrum sp., Chlorella pyrenoidosa ja Euglena gracilis. Tein aluksi kasvatuskokeita, joissa kasvatin kaikkia leväkantoja auto-, mikso- ja heterotrofisissa olosuhteissa. Selenastrum sp. – ja Chlorella pyrenoidosa – kannan kasvatuksissa käytin epäorgaanista COMBO – kasvatusliuosta. Euglena gracilis – kannalla käytin epäorgaanista AF6 – kasvatusliuosta. Tutkin leväkantojen potentiaalista kykyä mikso- ja heterotrofiaan glukoosin ja asetaatin lisäyksen avulla. Seurasin leväkantojen kasvua solumäärän kehityksen kautta. Kasvatuskokeiden perusteella tein päätöksen ottaa kaikki käyttämäni leväkannat mukaan varsinaisiin mikso- ja heterotrofiakyvyn mittauksiin sekä käyttää ainoastaan glukoosia orgaanisen hiilen lähteenä, sillä leväkannat menestyivät heikosti asetaattikasvatuksissa. Mikso- ja heterotrofiakyvyn mittaamiseen käytin 14C-menetelmää. Kaikkien leväkantojen kyky hyödyntää asetaattia (pitoisuus 5 g l-1) oli yleisesti heikompi verrattuna niiden kykyyn hyödyntää glukoosia (pitoisuus 5 g l-1). Kasvatuskokeissa Selenastrum sp. – kannalla vaihtelu oli eri käsittelyiden välillä solumäärän kehityksen ja kasvunopeuden suhteen suurinta. Euglena gracilis – kannalla vaihtelu solusaannon kehityksen ja kasvunopeuden välillä oli pienintä kasvatusten välillä. Selenastrum sp. – kannan miksotrofisesti ottama hiilen määrä oli suurin muihin miksotrofisesti kasvatettuihin leväkantoihin verrattuna. Heterotrofisesti otetun hiilen määrä oli suurin Euglena gracilis – kannalla. Tutkimukseni merkittävin tulos on käyttämieni leväkantojen todellisen mikso- ja heterotrofiakyvyn todistaminen. Laajemmat lisätutkimukset leväkantojen todellisesta mikso- ja heterotrofiasta ovat kuitenkin tarpeen muun muassa mikroleväbiomassan käyttösovellusten kehittämisen ja käyttöönoton sekä vesiekosysteemien hiilenkierron tuntemisen kannalta.
  • Lehtonen, Jussi (2006)
    Seychellienharakkarastas Copsychus sechellarum on yksi uhanalaisimmista Seychellien kahdestatoista endeemisestä lintulajista. Ihmisasutuksen mukana tulleet petoeläimet ja elinympäristön tuhoutuminen ovat aiheuttaneet alun perin suhteellisen yleisen lajin taantumisen murto-osaan alkuperäisestä yksilömäärästä. Vähimmillään seychellienharakkarastaita oli kahdeksasta viiteentoista yksilöä vuonna 1965, jolloin lajin levinneisyysalue oli jo kutistunut yhteen saareen. Vuonna 1990 käynnistettiin lajin elvytysprojekti, jonka ansiosta lukumäärä onkin kasvanut yhteensä noin 150 yksilöön neljällä saarella. Seychellienharakkarastaiden siirtoistutukset useammille saarille ovat oleellinen osa projektia, ja tavoitteisiin kuuluu vielä siirrot kolmelle uudelle saarelle. Kohdesaaren elinympäristön sopivuus lajille on varmistettava ennen siirtoa. Torakat muodostavat suuren osan seychellienharakkarastaiden ruokavaliosta. Torakoiden runsaus on todettu toimivaksi elinympäristön kelvollisuuden mittariksi, mutta niiden laskeminen on hyvin työlästä. Tämän tutkimuksen tavoite oli luoda malli jonka avulla torakkarunsautta ja siten myös elinympäristön sopivuutta voitaisiin ennustaa yksinkertaisin ja helpoin menetelmin. Tutkimusaineisto kerättiin Cousin-, Cousine- ja Aride-saarilla vuoden 2004 loka- ja marraskuussa. Yksinkertaisia ja edullisia menetelmiä käyttäen mitattiin monia vaihtoehtoisia torakkarunsautta selittäviä tekijöitä. Mitatut muuttujat olivat torakoita syövän Mabuya sechellensis-liskon runsaus, mittauspaikan korkeus, kaltevuus, kivilaji, latvuston tiheys, aluskasvillisuuden tiheys, karikekerroksen syvyys, multakerroksen syvyys, eri puulajien suhteellinen osuus latvustosta sekä karikkeen, kiven, ruohokasvillisuuden, puumaisen kasvillisuuden, kuolleen puuaineksen ja paljaan maan peittävyysprosentit maastossa. Nämä mitattiin useassa 25 × 25 m ruudussa kaikilla tutkimussaarilla. Torakoiden runsaus oli mitattu samoissa ruuduissa aiemmin. Mitattujen muuttujien avulla muodostettiin useita monen muuttujan lineaarisia regressiomalleja, joissa torakoiden runsaus oli selitettävä muuttuja. Akaiken informaatiokriteerin avulla mallit asetettiin paremmuusjärjestykseen ja selittävät tekijät tärkeysjärjestykseen. Askeltavaa regressioanalyysia käytettiin vaihtoehtoisena menetelmänä. Näin voitiin tarkistaa johtavatko erilaiset menetelmät samaan lopputulokseen. Molempien menetelmien mukaan kaltevuus ja kivilaji ovat tärkeimmät tutkituista selittäjistä. Nämä korreloivat positiivisesti torakkarunsauden kanssa. Keskimääräisen torakkarunsauden vertailu graniitti- ja korallikivimaaston välillä osoitti että keskiarvojen ero on tilastollisesti merkitsevä, ja että torakoita on enemmän graniittipohjaisessa maastossa. Seychellien saaret ovat joko graniitti- tai korallipohjaisia. Suuret kaltevuudet ja graniittipohjainen maasto ovat graniittisaarten ominaisuuksia. Siksi tämän tutkimuksen tulosten valossa graniittisaarten torakkatiheys on todennäköisesti keskimäärin suurempi, ja näin ollen graniittisaaret ovat keskimäärin parempaa elinympäristöä kuin korallisaaret. On suositeltavaa, että graniittisaaret ovat etusijalla tulevia seychellienharakkarastaiden siirtoistutuksia suunniteltaessa.
  • Jeltsch, Markku Michael (Helsingin yliopisto, 1997)
  • Almusa, Henrikki (2013)
    The next-generation sequencing (NGS) platforms create a large amount of sequence in short amount of time, when compared to first generation sequencers. An overview of the NGS platforms is provided with more in-depth look into Illumina Genome Analyzer II as that is used to create the data for the thesis. There were two main aims in this thesis. First, to create a pipeline which can be used to analyse genomic sequencing. Second, to use the pipeline to compare whole human exome capture methods from two manufacturers, Roche Nimblegen and Agilent. The pipeline is describe in detail in material and methods. All the inputs for the pipeline are described and examples shown. In the pipeline the given sequences are first aligned against the reference genome. Then various separate analysis is performed to retrieve variants and coverage of the sequencing. Supplementary results include paired-end anomalies, larger insertion and deletion polymorphisms and assembly of non-aligned sequences. The two capture methods are also described and changes to the manufacturers' recommended protocols are listed. Finally, the section has the options and various inputs used in the pipeline runs of the exome data. The results of the pipeline is a basic level of analysis of the sequencing as well as various graphs showing the quality of the run. All the output files intended for user are described. By using the results of the pipeline, the user can do more in-depth analysis as required by the project. When comparing the two exome capture methods, the Nimblegen capture was shown to be more efficient in capturing the CCDS exome. While the Agilent capture kit provided better one fold coverage over the exome, higher fold coverage (over 10 fold), which is required for reliable variant calling in nextgeneration sequencing, was better reached using the Nimblegen capture kit. Also, significantly fewer false positive paired-end anomalies were observed in the library created by using the Nimblegen capture.
  • Huhtinen, Kaarina (Helsingin yliopisto, 2006)
    The aim of this thesis is to explain how Finland and Denmark have implemented the EC directive of Environmental Impact Assessment (EIA). Requirements of EIA in Denmark are a part of the Planning Act. In Finland EIA requirements are implemented through separate EIA legislation. The Danish EIA process is more openly political: final decisions of projects are made by politicians. Besides, decisions can be appealed to The National Protection Board of Appeal which has members from all political parties. In Finland the environmental permit decisions are made by the competent authority and decisions are appealed to the Administrative Courts. Decision-making procedures differ in these two countries. In Denmark, the final alternative of a project is chosen already in the EIA process, whereas in Finland the project can alter after EIA process before the permit decision. In the Finnish EIA procedure the developer is responsible for preparing the Environmental Impact Statement (EIS), but in Denmark the responsible actor is the regional authority. Yet, in practice, it´s often the developer who prepares the EIS. What the law requires and how things are in practice differ more in Denmark than in Finland. In this study EIA is examined from the perspective of Planning theories. Communicativeness is one of the core elements of EIA. Still, in both countries examined, filling the minimum requirements of EIA legislation doesn´t guarantee communicative planning. However, single cases can be communicative. At first there was no need and also no eagerness either to concentrate on the communicative side of EIA process in Denmark. Denmark has developed further participation and communicativeness in the field of urban planning. EIA has changed the participation practices of planning in Finland. Attempts to avoid EIA are a problem in both countries. It means that the public suffers form inadequate information of projects and the combined effects of projects are not evaluated. Important decisions are made before the EIA-phase. There s much pressure on the strategic environmental impact assessment of plans and programmes. There s a reform coming for animal husbandry projects, because they are the most typical EIA projects in Denmark. EIA in Finland could also be developed through examining different types of projects. The objectives of EIA and strategic environmental assessment in different sectors should be clarified.