Defining DRamaQueen functionality by complementation and scoring the protoxylem phenotype of DRamaQueen mutant

Visa fullständig post



Permalänk

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201706154891
Titel: Defining DRamaQueen functionality by complementation and scoring the protoxylem phenotype of DRamaQueen mutant
Författare: Nuorti, Ninni
Medarbetare: Helsingfors universitet, Agrikultur- och forstvetenskapliga fakulteten, Institutionen för lantsbruksvetenskaper
Utgivare: Helsingfors universitet
Datum: 2017
Språk: eng
Permanenta länken (URI): http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201706154891
http://hdl.handle.net/10138/193713
Nivå: pro gradu-avhandlingar
Ämne: Bioteknik (MAAT)
Biotechnology (MAAT)
Biotekniikka (MAAT)
Abstrakt: DRama Queen (DRQ) on todennäköisesti lituruohon juuren sytokiniinisignalointiin osallistuva konservoitunut tuntematon geeni. Se löydettiin alun perin mutanttiskriinauksesta, kun sen mutatoituneen version – mDRQ:n – todettiin lisäävän kasvien sytokiniiniherkkyyttä epäherkässä taustassa. Tämän pro gradu –työn tarkoituksena oli määrittää mDRQ-yksittäismutantin protoksyleemifenotyyppi Columbia (Col-0) taustassa sekä tutkia geenin funktionaalisuutta komplementaatioiden avulla. Protoksyleemifenotyypit määritettiin fuksiinivärjätyistä lituruohon juurista pitkittäissuunnassa DIC-mikroskoopilla. Protoksyleemin erilaistuminen lituruohon juuressa on auksiinin ja sytokiniinin yhteissignaloinnin, jossa kumpikin inhiboi toisiaan, seuraus. Protoksyleemi fenotyypitys on hyvä väline yhteissignaloinnin tutkimiselle, koska erilaistumiseen vaikuttavat sekä voimistunut että heikentynyt signalointitaso. Signaloinnin tason nousu aikaansaa protoksyleemin puutosta kun taas sen laskusta aiheutuu ylimääräisten juosteiden syntyä. Aineistoa analysoitiin SPSS-ohjelman versiolla 22 käyttäen kumulatiivista logistista mallinnusta, koska protoksyleemifenotyypit ovat luonteeltaan järjestysasteikollisia. Yksittäismutanttilinjasta määritettiin fenotyyppijakauma, joka oli tilastollisesti Col-0 -kontrollista eroava. Suurin osa komplementaatiolinjoista oli toimivia tilastollisesti merkittävällä tasolla vaikka linjat eivät olleetkaan identtisiä alkuperäisen taustansa kanssa. Ero komplementaatiolinjojen ja kontrollien välillä saattaa selittyä sillä, että mDRQ on mahdollisesti osittain toimiva geeni, mikä saattaa vaikuttaa fenotyyppijakaumiin.DRama Queen (DRQ) is an unknown conserved gene that might be involved with sensing cytokinin signalling in the roots of Arabidopsis thaliana. It was originally found in a mutant screen when a mutated version of it – mDRQ – was found to improve the cytokinin sensitivity of plants in a desensitized genetic background. This thesis was done to define the protoxylem phenotype of mDRQ single mutant in Columbia (Col-0) background and to test the functionality of the gene by analyzing the complementation lines. The protoxylem phenotypes were scored from fuchsin stained samples by DIC microscopy. Protoxylem differentiation in the root of A. thaliana is an outcome of a mutually inhibitory signalling mechanism of auxins and cytokinins. Analysis of protoxylem status is a good tool for studying the cytokinin signalling because the differentiation is affected both by increased and reduced signalling levels. High signalling causes loss of protoxylem phenotypes whereas whereas low cytokinin signalling leads to ectopic protoxylem formation. The data of this thesis was analysed by SPSS version 22 software using cumulative logit modelling for the analysis. It was considered to be the most suitable alternative for analysis since the protoxylem phenotype data is ordinal by its nature. A protoxylem phenotype distribution was defined for mDRQ line and it was statistically different from Col-0. Most of the complementation lines were functional at a statistically significant level though the phenotype distributions of the complementation lines were not identical with original background. The difference could possibly be explained by the fact that the mDRQ gene is partially functional and may influence the phenotype distributions.
Subject: Cytokinin
Arabidopsis thaliana
protoxylem
root development


Filer under denna titel

Filer Storlek Format Granska

There are no files associated with this item.

Detta dokument registreras i samling:

Visa fullständig post