Kirsikankierrelehtivirus Helsingin koivuilla

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201708225231
Title: Kirsikankierrelehtivirus Helsingin koivuilla
Author: Kakkuri, Päivi
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Agricultural Sciences
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2017
Language: fin
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201708225231
http://hdl.handle.net/10138/216694
Thesis level: master's thesis
Discipline: Växtproduktions biologi
Plant Production Biology
Kasvintuotannon biologia
Abstract: Helsingin koivuissa on havaittu viime vuosina virustautiin viittaavia oireita. Lehtien käyristyminen reunoilta, lehtisuonikeskeiset, vaaleat, ennen pitkää nekroottisiksi muuttuvat laikut ovat tyypillisiä koivulla esiintyviä kirsikankierrelehtiviruksen (CLRV, Cherry leaf roll virus) oireita. Vastaavanlaisia oireita on ollut havaittavissa erikokoisista ja -ikäisistä koivuista kaikenlaisilla kasvupaikoilla niin taajama-alueilla kuin metsissä. Helsingin koivuja vaivaavien oireiden aiheuttajaa pyrittiin ensin selvittämään vasta-aineisiin perustuvalla DAS–ELISA–testillä. Menetelmä ei kuitenkaan ollut riittävän herkkä ja luotettava CLRV:n havaitsemiseksi, joten kerätyistä lehtinäytteistä siirryttiin eristämään RNA:ta, josta viruksen RNA–genomi voidaan testata RT–PCR–menetelmällä. Tällä menetelmällä osassa testatuista koivunlehtinäytteistä havaittiin CLRV. Virusta löytyi Myllypurosta, Viikistä, Hietaniemestä, Kannelmäestä, Kaisaniemestä, Roihupellon teollisuusalueelta, Roihuvuoresta, Siilitieltä ja Talista kerätyistä ja testatuista koivunlehtinäytteistä. Koivunlehdistä eristetyt näytteet sekvensoitiin CLRV–positiivisuuden varmistamiseksi ja CLRV–-isolaattien tunnistamiseksi. Sekvenssien analysoinnin ja fylogeneettisen jaottelun perusteella kaikki sekvensoidut näytteet olivat CLRV:n A–ryhmän (koivu–kirsikka) isolaatteja. Sekvenssien yhtäläisyys oli suhteellisen korkea, kun niitä verrattiin keskenään. Näytteiden sekvenssit olivat sekä keskenään että kahden Saksasta saadun positiivisen kontrollin kanssa vähintään 94,7 % yhtenevät. CLRV:n voidaan olettaa aiheuttavan ainakin osan Helsingin koivuilla esiintyvistä oireis-ta. Virusinfektio on voinut joko suoraan vaikuttaa puiden ennenaikaiseen ränsistymiseen tai altistanut puut muille abioottisille tai bioottisille stressitekijöille.Virus–related symptoms have been observed on the birch trees grown around Helsinki in recent years. Leaf roll, vein banding, chlorosis and subsequent necrosis on leaves are typical symptoms associated with Cherry leaf roll virus (CLRV) in birch trees. Similar symptoms have been observed in birch trees of different sizes and ages growing on different kind of habitats either on urban areas or forests. The leaves collected from the birch trees were first tested with DAS–ELISA to investigate the cause of the disease symptoms occurring on birch trees of Helsinki. The test was not reliable and precise enough to detect CLRV from leaf material. Total RNA was extracted from symptomatic leaf material to detect CLRV with RT–PCR. CLRV was detected from some of the tested leaf samples of birch trees from Myllypuro, Viikki, Hietaniemi, Kannelmäki, Kaisaniemi, Roihupelto industrial area, Roihuvuori, Siilitie and Tali. The PCR–products were sequenced to confirm that the virus detected was CLRV and to analyse the CLRV–isolates. According to the analysing and phylogenetic comparison of the sequences, all of the haplotypes identified belonged to group A (birch–cherry) of CLRV. The sequence identity among haplotypes were relatively high. The sequence identities among samples and two positive controls from Germany were equal to or greater than 94,7 %. The disease symptoms found in Birch trees of Helsinki could have been associated with CLRV infection. The infection could either have affected premature decline of the birch trees or could have exposed the trees to other abiotic and biotic stresses.
Subject: CLRV
kirsikankierrelehtivirus
koivu
CLRV–isolaatit


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record