Yliopiston etusivulle Suomeksi På svenska In English Helsingin yliopisto

Comparative and functional genome analysis of fungi for development of the protein production host Trichoderma reesei

Show simple item record

dc.contributor Helsingin yliopisto, biotieteellinen tiedekunta, bio- ja ympäristötieteiden laitos fi
dc.contributor Helsingfors universitet, biovetenskapliga fakulteten, institutionen för bio- och miljövetenskaper sv
dc.contributor University of Helsinki, Faculty of Biosciences, Department of Biological and Environmental Sciences, Genetics en
dc.contributor School of Biological Sciences (University of Manchester, UK) en
dc.contributor Group of Comparative Microbial Genomics (Center for Biological Sequence Analysis, Denmark) en
dc.contributor Department of Plant Systems Biology (University of Ghent, Belgium) en
dc.contributor.author Arvas, Mikko fi
dc.date.accessioned 2010-11-25T13:24:19Z
dc.date.available 2010-11-25T13:24:19Z
dc.date.issued 2007-10-19 fi
dc.identifier.uri URN:ISBN:978-951-38-7044-7 fi
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10138/22343
dc.description.abstract Filamentous fungi of the subphylum Pezizomycotina are well known as protein and secondary metabolite producers. Various industries take advantage of these capabilities. However, the molecular biology of yeasts, i.e. Saccharomycotina and especially that of Saccharomyces cerevisiae, the baker's yeast, is much better known. In an effort to explain fungal phenotypes through their genotypes we have compared protein coding gene contents of Pezizomycotina and Saccharomycotina. Only biomass degradation and secondary metabolism related protein families seem to have expanded recently in Pezizomycotina. Of the protein families clearly diverged between Pezizomycotina and Saccharomycotina, those related to mitochondrial functions emerge as the most prominent. However, the primary metabolism as described in S. cerevisiae is largely conserved in all fungi. Apart from the known secondary metabolism, Pezizomycotina have pathways that could link secondary metabolism to primary metabolism and a wealth of undescribed enzymes. Previous studies of individual Pezizomycotina genomes have shown that regardless of the difference in production efficiency and diversity of secreted proteins, the content of the known secretion machinery genes in Pezizomycotina and Saccharomycotina appears very similar. Genome wide analysis of gene products is therefore needed to better understand the efficient secretion of Pezizomycotina. We have developed methods applicable to transcriptome analysis of non-sequenced organisms. TRAC (Transcriptional profiling with the aid of affinity capture) has been previously developed at VTT for fast, focused transcription analysis. We introduce a version of TRAC that allows more powerful signal amplification and multiplexing. We also present computational optimisations of transcriptome analysis of non-sequenced organism and TRAC analysis in general. Trichoderma reesei is one of the most commonly used Pezizomycotina in the protein production industry. In order to understand its secretion system better and find clues for improvement of its industrial performance, we have analysed its transcriptomic response to protein secretion stress conditions. In comparison to S. cerevisiae, the response of T. reesei appears different, but still impacts on the same cellular functions. We also discovered in T. reesei interesting similarities to mammalian protein secretion stress response. Together these findings highlight targets for more detailed studies. en
dc.description.abstract Monissa elintarvike-, kangas-, puunjalostus- ja energiateollisuuden prosesseissa tarvitaan entsyymejä. Näillä muunnellaan biomassan ominaisuuksia, esimerkiksi juoksutetaan juustoa, valkaistaan farkkuja tai paperia. Entsymaattinen käsittely on usein ympäristöystävällisempää kuin vastaava käsittely kemikaaleilla. Homesieniä käytetään entsyymien ja muiden proteiinien tuottamiseen. Proteiinit voivat olla peräisin myös muista eliöistä, esimerkiksi kasveista tai nisäkkäistä. Trichoderma reesei on trooppinen home, joka on tunnettu proteiinin tuottokyvystään ja sitä käytetään laajasti Suomessa ja muualla maailmassa. Tässä työssä on vertailtu home- ja hiivasienten perimiä laskennallisin metodein. Hiivoilla on puolet pienemmät perimät kuin homeilla ja ne tuottavat vähemmän proteiineja. Tehdyn vertailun perusteella ymmärrämme paremmin sieniperimien suhteita sienten havaittaviin ominaisuuksiin eli ilmiasuun. Onnistunut sienten perimän muuntelu niiden tuotto ominaisuuksien parantamiseksi edellyttää perimän ja ilmiasun suhteiden yksityiskohtaista ymmärtämistä. Perimässä oleva tieto muuttuu eliöiden ominaisuuksiksi monen välivaiheen kautta. Siksi pelkän perimän laskennallisen analyysin pohjalta on vaikea päätellä miten eliön perimää tulisi muunnella sen ominaisuuksien parantamiseksi. Perimä ilmentyy eri elinolosuhteissa eri tavoin ja ilmentymisen havainnoiminen on yksi tärkeimpiä tapoja tutkia eliön perimän ja ilmiasun suhdetta. Tässä työssä on kehitetty niin laskennallisia kuin laboratoriometodeja ilmentymisen tutkimiseen ja testattu niiden soveltuvuutta T. reesei:lle. Lisäksi T. reesei:n perimän ilmentymistä tutkittiin proteiinin tuoton kannalta kiinnostavissa olosuhteissa ja uusia perimän ilmentymisen muutoksia havaittiin. Ne saattavat osittain selittää homeiden erinomaista proteiinin tuottokykyä. fi
dc.language.iso en fi
dc.publisher Helsingin yliopisto fi
dc.publisher Helsingfors universitet sv
dc.publisher University of Helsinki en
dc.relation.isformatof URN:ISBN:978-951-38-7043-0 fi
dc.relation.isformatof Helsinki: VTT, 2007, VTT Publications. 1235-0621 fi
dc.relation.ispartof VTT Publications fi
dc.relation.ispartof URN:ISSN:1455-0849 fi
dc.rights Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty. fi
dc.rights This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited. en
dc.rights Publikationen är skyddad av upphovsrätten. Den får läsas och skrivas ut för personligt bruk. Användning i kommersiellt syfte är förbjuden. sv
dc.subject perinnöllisyystiede fi
dc.title Comparative and functional genome analysis of fungi for development of the protein production host Trichoderma reesei en
dc.title.alternative Sienten perimän ja sen ilmentymisen vertailuja proteiinin tuottaja Trichoderma reesei homeen kehittämiseksi fi
dc.type.ontasot Väitöskirja (artikkeli) fi
dc.type.ontasot Doctoral dissertation (article-based) en
dc.type.ontasot Doktorsavhandling (sammanläggning) sv
dc.ths Saloheimo, Markku fi
dc.opn Machida, Masayuki fi
dc.type.dcmitype Text fi

Files in this item

Files Description Size Format View/Open
comparat.pdf 822.5Kb PDF View/Open
This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search Helda


Advanced Search

Browse

My Account