Lääketieteellinen tiedekunta

 

Recent Submissions

  • Piirainen, Maiju (Helsingin yliopisto, 2017)
    Tiivistelmä Referat – Abstract Antibioottiresistenssi on merkittävimpiä maailmanlaajuisia terveysuhkia 2000-luvulla. Suomessa tilanne on vielä kohtalainen, mutta enemmän ja laajakirjoisempia antibiootteja käyttävässä Kreikassa resistenttien kantojen osuudet ovat paljon suuremmat. Kreikkaan matkustaa vuosittain yli 200 000 suomalaista. Tässä tutkielmassa 46 Kreikan-matkaajaa antoi ulostenäytteen ennen ja jälkeen matkan. Tutkittavista valtaosa oli lääketieteen opiskelijoita, ja kaikkien matka kesti viikon. ESBL-kantajuus löytyi ennen matkaa kahdelta ja matkan jälkeen kuudelta, eli uusia kantajuuksia viikon matkalla tuli yhteensä neljä (4/46, 8,7%). Ripulibakteereista uusia EPEC-tartuntoja oli yhteensä seitsemän, lisäksi oli yksi ETEC-tartunta. Tulosten valossa matkailu Kreikkaan on sekä antibioottiresistenssin että ripulitaudin suhteen varsin turvallista eikä tutkittavien matkanaikainen sairastaminen poikennut juurikaan kotioloista. Kuitenkin selvä riski uuteen ESBL-kolonisaatioon on olemassa, eli myös Kreikkaan matkaavia kannattaisi muistuttaa käsidesinfektioaineiden käytöstä ja oikeista ruoka- ja juomavalinnoista. Vaikka kolonisoitumisriski yksilötasolla jäi pieneksi, Kreikan-matkailijoiden suuren määrän vuoksi matkailijoiden tuomaa ESBL-kuormaa voitanee kuitenkin Suomen tasolla pitää merkittävänä.
  • Anttonen, Katarina (Helsingin yliopisto, 2016)
    Helsingin kaupungin vakinaistaessa 2013 palvelusetelin yhdeksi palveluntuotannon muodoksi syntyi huoli sen mahdollisista eriarvoistavista vaikutuksista. Tässä tutkimuksessa vertasimme, onko kunnallisen ja palvelusetelillä tuotettujen paksusuolen tähystyksissä eli kolonoskopioissa laatueroja ja siten eriarvoistavia vaikutuksia hoidon suhteen. Tutkimusaineistona on Laakson väestöpohjan potilaat, joille tarjottiin vuonna 2014 palveluseteliä kolonoskopiaan. 146 potilasta valitsi palveluseteli-kolonoskopian ja 116 tähystyksen kunnallisella puolella. Kansainvälisiin suosituksiin perustuen otettiin laatuvertailussa huomioon paksusuolessa eteneminen ja sen tyhjentyminen, adenoomien ja polyyppien löytyminen ja niiden asianmukainen poisto, seurantasuositusten oikeellisuus ja suonensisäisen kipulääkkeiden käyttö. Kategorisia muuttujia analysoimme khiin neliöjuuri –testillä ja jatkuvia Mann Whitney U-testillä. Tilastollisesti merkitsevää eroa ei havaittu ryhmien välillä lukuun ottamatta suonensisäistä kipulääkitystä, jota annettiin palveluseteli-kolonoskopioissa vähemmän. Potilaiden subjektiivista arviota kivun hoidosta ei ole, mutta ryhmien välisen suuren eron vuoksi ei voida poissulkea heikompaa palvelun laatua yksityisellä sektorilla. Tutkimus antaa viitteitä siitä, että palvelusetelillä voi olla eriarvoistavia vaikutuksia palvelun laadun suhteen, joten jatkossa laadun seuranta on tärkeää tasa-arvoisen hoidon takaamiseksi.
  • Saarinen, Tiina (Helsingin yliopisto, 2017)
    Nykypäivänä noin viidennes nuorista sairastaa vuositasolla jotakin mielenterveyshäiriötä ja moni heistä myös useampaa häiriötä samaan aikaan. Mielenterveyden häiriöt altistavat itsetuhoisuudelle ja mielenterveyshäiriöiden samanaikaissairastavuus lisää riskiä entisestään. Mielenterveyshäiriöitä on pyritty luokittelemaan erilaisin tavoin ja yksi tapa jakaa oireita on ollut ryhmitellä oireilu isompiin emotionaalisen ja käyttäytymisen oireilun ryhmiin. Tästä jaosta voidaan käyttää myös termejä sisäänpäin ja ulospäin suuntautuneet oireet tai häiriöt. Tässä tutkimuksessa tutkittiin itsetuhoisuutta em. mukaisesti sisäänpäin ja ulospäin suuntautuneista mielenterveyden häiriöistä sekä näiden yhdistelmistä kärsivillä nuorilla. Tutkimuksessa vertailtiin sekä nuorisopsykiatrisia potilaita ja verrokkeja että potilaita keskenään. Aineisto koostuu ”Nuorisopsykiatrisen osastohoidon kehittämis- ja tutkimushanke Kellokosken sairaalassa” (The Kellokoski Hospital Adoslescent Follow-up study, Kaifus) – hankkeeseen kerätystä materiaalista. Osastohoitopotilailla oli luonnollisesti huomattavan paljon enemmän itsetuhoisuutta kuin verrokeilla (p < 0,001). Selvä itsetuhoisuus, eli itsemurhasuunnitelmat ja -yritykset, ja ylipäätään itsetuhoisuus oli yhteydessä enemmän sisäänpäin suuntautuneisiin häiriöihin kuin puhtaasti ulospäin suuntautuneisiin häiriöihin.
  • Tarvainen, Laura; Suojanen, Juho; Kyyrönen, Pentti; Lindqvist, Christian; Martinsen, Jan Ivar; Kjaerheim, Kristina; Lynge, Elsebeth; Sparen, Pär; Tryggvadottir, Laufey; Weiderpass, Elisabete; Pukkala, Eero (2016)
    Suusyöpä eri ammateissa – hammaslääkäreillä kohonnut riski Eri tutkimusten mukaan useissa ammateissa on kohonnut riski sairastua suusyöpään. Alkoholi ja tupakka ovat suusyövän tärkeimmät riskitekijät. Pohjoismaiseen ammatilliseen syöpätutkimusaineistoon perustuvan tutkimuksen tarkoitus oli selvittää eri ammattien suusyöpäriskiä alkoholinkäytön ja tupakoinnin vakioinnin jälkeen. Aineisto käsittää 14.9 miljoonaa ihmistä ja 28 623 kielen, suuontelon ja nielun syöpätapausta Pohjoismaissa vuosina 1961-2005. Alkoholin kulutusta eri ammateissa on arvioitu maksakirroosikuolleisuuden sekä maksasyöpäilmaantuvuuden perusteella, ja tupakointia keuhkosyöpäilmaantuvuuden perusteella. Useimmissa tapauksissa eri ammattien kohonneet suusyöpäriskit pienenivät alkoholin käytön ja tupakoinnin vakioinnin jälkeen, mutta joihinkin ammatteihin jäi kohonnut riski vielä vakioinnin jälkeenkin. Tälläisiä ammatteja olivat taiteilijat, journalistit, tarjoilijat ja hammaslääkärit. Hammaslääkäreiden kohonnut riski sairastua kielisyöpään on uusi löydös, joka saattaa selittyä ammattiin liittyvällä kemiallisella tai papilloomavirus (HPV) altistuksella. Taiteilijoilla, journalisteilla ja tarjoilijoilla ei löytynyt suusyövälle altistavia tekijöitä, mutta on mahdollista, ettei tutkimuksessa pystytty eliminoimaan kaikkea tupakoinnin ja alkoholinkäytön vaikutusta.
  • Lindell, Rony (2016)
    Next-generation sequencing has evolved during the past 10 years to become the go-to method for genome-wide analysis projects. Based on parallelizable PCR methods adopted from the traditional Sanger sequencing, NGS platforms can produce massive amounts of genetic information in a single run and read an entire DNA molecule within a day. The immense amount of nucleotide sequence data produced by a single sample has brought us to an era of algorithmic optimization for analysis and guring out parallelization schema. For cohort projects generally cloud based systems are used due to vast computing power requirements. Anduril is an integration and parallelization framework well suited for NGS analysis, as is shown in this study. After a brief review of the golden standard methods of NGS analysis, we describe the incorporation of the main tools into the new sequencing bundle for Anduril. Tools for alignment (BWA, Bowtie), recalibration (GATK, Picard-tools) and variant calling (GATK, Samtools, VarScan) are in main focus. The Best Practice of Broad Institute, creators of The Genome Analysis Toolkit (GATK), has been a big inspiration in the creation of our sequencing pipeline. The evolution of sequencing bundle tools into a pipeline is discussed through three separate project examples. First, a small group of 8 chronic myeloid leukemia patient samples were analysed after implementation of the main tools of the pipeline. The results were consistent with previous results, but no novel relevant mutations were found. Second, exome sequencing data from 180 breast cancers with controls available in TCGA (The Cancer Genome Atlas) were processed for use in various projects in our lab. The example showed the power of Anduril in gross cohort analysis projects, enabling automatic parallelization and intelligent work ow management system. Third, we analysed exome data from 330 TCGA ovarian cancers with controls and created a prototypical set of database components for creation of a database of annotated variants for use in analytical queries. Compared to other integration frameworks (e.g. GATK, Crossbow and Hadoop), Anduril is a robust contender for the programming oriented scientist. As cloud computing is becoming at an increasing rate a requirement in large genome-wide analysis projects, Anduril provides an e ective generalizable framework for adding tools, creating pipelines and executing entire work ows on multi-nodal computing servers. As technology advances and available computational resources grow, fast multi-processor analysis can be incorporated into health care more and more for detection of disease causing genes, medication kinetics altering polymorphisms and cancer driving mutations in an everyday setting.
  • Pajunen, Aleksi (Helsingin yliopisto, 2017)
    Näyttöön perustuva lääketiede käsitteenä esiteltiin suurelle yleisölle ensimmäisen kerran vuonna 1992, jonka jälkeen se on saanut laajaa kannatusta ja herättänyt runsasta keskustelua. Tässä kriittisessä kirjallisuuskatsauksessa tarkastelen EBM:n määrittelyä sekä sille esitettyjä argumentteja puolesta ja vastaan. Teen huomion, että käytännön tasolla EBM tarkoittaa usein tutkimusmetodologioiden arvottamista, jossa RCT-tutkimusten tuottama tieto nähdään arvokkaampana kuin muiden tutkimusten. Tarkastelen RCT:in puolesta esitettyjä perusteluja ja esitän, että satunnaistamisen arvoa tutkimuskäytössä on ylikorostettu. Lisäksi RCT:eihin liittyy omat virhelähteensä ja riskinsä, kuten esimerkiksi tekninen harha, joka saattaa suosia lääkkeellisiä interventioita. Evidenssihierarkian sijaan tutkimuksia ja laadullisesti erilaisia lääketieteellisen tiedon muotoja tulisikin tarkastella nykyistä kokonaisvaltaisemmin.
  • Mäkitie, Sara (2016)
    Numerous genome-wide association studies (GWAS), GWAS meta-analyses and mouse studies have demonstrated that Wingless-related integration site 16 (WNT16) is associated with BMD, cortical bone thickness and strength as well as fracture risk. Practically no data exists regarding the significance of WNT16 in childhood-onset osteoporosis and fractures. Mutations and genetic variation in WNT16 were hypothesized to explain the clinical characteristics of some of the patients in question. Therefore, in this study the WNT16 gene was screened by Sanger sequencing in 46 pediatric patients with early-onset osteoporosis and in 60 pediatric patients with multiple fractures. We found altogether 12 variants in WNT16, of which one was a novel change. Inspite of the large amount of genetic variation found in WNT16, no actual mutations were found. None of the changes were statistically significant. It is likely that WNT16 mutations do not play an important role in the development of childhood osteoporosis.
  • Niemi, Katri (2016)
    In this retrospective study 27 patients with PSC and concurrent IBD were depicted from hospital files. 81 controls were also chosen. Information on colonoscopy findings, histology, surgery, medication, overall patient well-being and growth was collected from patients files. The aim of this study was to observe how IBD develops in the presence of PSC, AIH and PSC-AIH. In this study we found that AILD-IBD patients seemed to have a milder disease course regarding IBD. Colonoscopy findings suggested a slightly more aggressive disease course in controls. AILD-IBD patients had less histologic inflammation, no adenocarcinoma was discovered and underwent less bowel surgery than controls. However, AILD-IBD patients received more J-pouches but suffered less from pouchitis and recurring pouchitis. TNF-alfa inhibitor and AZA/MTX use was higher in the control group. Growth delay occurred in both groups, but was more common in CD patients in the control group.
  • Pelkonen, Esteri (2016)
    Tutkielman tavoitteena oli selvittää kirjallisuuden avulla pysyviin hampaisiin kohdistuvien vammojen etiologia, diagnostiikka, hammasvammojen tyypit ja hoito sekä vamman jälkeen esiintyvät komplikaatiot ja tekijöitä, jotka johtavat komplikaatioihin vamman jälkeen. Tutkielma toteutettiin kirjallisuuskatsauksena. Kirjallisuus kerättiin PubMed-tietokannasta ja Dental Trauma Guidesta. Suun alueelle kohdistuvista vammoista jopa 92% on hammasvammoja. Hammasvamma voi aiheutua missä ikävaiheessa tahansa, niiden ollessa kuitenkin yleisempiä lapsilla ja nuorilla. Hammasvammat voidaan jakaa kolmeen päätyyppiin: hampaan kovakudoksen vammoihin, tukikudoksen vammoihin ja alveoliluun murtumiin. Yleisimmin vammat ovat lieviä. Hammasvammaan johtaneet syyt, vamman tyyppi ja vakavuusaste ovat tärkeitä tunnistaa, jotta hoito on mahdollista antaa ja ajoittaa adekvaatisti. Hoidon kiireellisyys luokitellaan hammasvamman vakaavuusasteen perusteella. Hammasvamman hoitoperiaatteet ja komplikaatioiden todennäköisyys riippuvat vamman tyypistä ja vakavuusasteesta. Yleisimpiä komplikaatiot ovat vaikeiden hammasvammojen jälkeen. Komplikaatioiden ilmeneminen hammasvamman jälkeen on yleisempää, kun hoidossa ei ole noudatettu hoitosuosituksia. Hammasvammat ovat varsin yleisiä, etenkin lapsilla ja nuorilla. Hoidon toteutus suositusten mukaisesti vähentää vamman jälkeisiä komplikaatioita.
  • Heiska, Ensi (2016)
    Tutkimuksen tavoitteena on immunohistokemian menetelmien avulla selvittää kloridinkuljetusproteiini KCC2:n ilmentymistä monoamiinisoluissa keskushermostossa. Työ pohjautuu aiemmin julkaistuun havaintoon, jonka mukaan KCC2 puuttuu hiiren mustatumakkeen dopaminergisistä soluista, vaikka KCC2 molekyylin muuten oletetaan ilmentyvän lähes kaikissa keskushermoston neuroneissa. Värjäykset suoritetaan kaksoisvärjäysmenetelmällä ja aineistona käytetään aikuisten villityypin hiirten aivoja. Saamiemme tulosten mukaan erityyppiset monoamiinisolut eivät käyttäydy yhtenevästi KCC2-ekspression suhteen. Tutkimamme serotoniinisolut (dorsal- ja obscurus raphe – tumakkeissa) näyttäisivät ilmentävän KCC2 molekyyliä kuten myös osa ydinjatkoksen noradrenaliini ja adrenaliinisoluista. Sinitumakkeen noradrenaliinisoluissa ja ventraalisen tegmentaalisen alueen ja hajukäämin dopamiinisoluissa emme nähneet selkeää KKCC2:n ilmentymistä, joten tulostemme perusteella KCC2 saattaisi puuttua näistä mnoamiinisoluista. KCC2 vaikuttaa moniin neuronien toimintoihin, erityisesti GABA- välitteiseen inhibitioon ja on siten mahdollinen terapeuttinen kohde lääketieteessä.
  • Somersalo, Erik Sakari Johannes (2016)
    Målet med avhandlingen är att undersöka hur kvinnor som insjuknade i graviditetsdiabetes (GDM) under den första trimestern skiljer sig från andra överviktiga kvinnor med hög risk för GDM. Undersökningen gjordes på ett material som insamlats för The Finnish Gestational Diabetes Study (RADIEL), som är ett randomiserat livsstilsinterventionsprojekt som riktar in sig på kvinnor som befinner sig i riskgruppen för GDM. Informationen insamlades i huvudsak via frågeformulär, blodprov och kostdagböcker. Studien påvisade att tidigare graviditeter och övervikt ökar risken för graviditetsdiabetes i ett tidigt skede. l laboratorieundersökningarna sågs att HDL-kolesterol var lägre, hs-CRP högre och adiponektin lägre i gruppen med GDM under den första trimestern. Förutom två timmars glukosbelastningsprovet (OGTT) kunde dessa laboratorieundersökningar användas vid sållandet av GDM. Förhoppningsvis skulle då flera högriskindividers GDM upptäckas i ett tidigt skede vilket skulle minska komplikationerna hos både mamman och barnet. (137 ord)
  • Hovinen, Topi (2016)
    Folate deficiency (FD) has been found to cause number of medical conditions varying from megaloblastic anemia to fetal neural tube defects but the molecular basis behind these has remained poorly understood. We studied the metabolic consequences of FD in mouse liver and brain, concentrating on transsulfuration pathway and cysteine-dependent pathways. Data was acquired with mass spectrometry based metabolomics and western blotting. We found that FD induces lack of cysteine in liver and brain, causing further imbalances in cysteine-derived metabolites such as glutathione and taurine. Changes in enzyme expression show that hepatic cells prioritize glutathione synthesis over taurine synthesis, while the brain does vice versa. We then supplemented FD mice with N-acetylcysteine (NAC), precursor of cysteine. NAC supplementation restored hepatic bile acid and blood glutathione levels of FD tissues. These results improved our understanding of FD induced metabolic imbalances and proved that NAC significantly rescues some of these changes.
  • Tähtinen, Noora (2016)
    Tarkoituksena oli selvittää, mitä nuuskaaminen on ja miten se vaikuttaa suussa sekä suun limakalvoilla. Lisäksi tarkoituksena oli selvittää nuuskan käytön yleisyyttä Suomessa ja sen mahdollista yleistymistä nuorten keskuudessa. Nuuska on tupakkatuote, joka sisältää paljon elimistölle haitallisia aineita. Suussa se aiheuttaa iensairauksia ja limakalvovaurioita. Nuuska sisältää useita karsinogeenejä ja sen käytöllä on yhteyksiä useisiin syöpiin: kohde-eliminä muun muassa suu, nielu ja haima. Nuuskan käyttö lisää myös riskiä sairastua muihin sairauksiin kuten sydän- ja verenkiertoelimistön sairauksiin. Suomessa nuuskaa päivittäin käyttäviä on hyvin vähän: miehistä vain muutama prosentti nuuskaa ja naisista alle prosentti. Nuuskan kokeilu ja käyttö on kuitenkin lisääntynyt nuorten keskuudessa. Poikien nuuskan käyttö on 30 vuoden aikana jopa seitsenkertaistunut 18-vuotiaiden keskuudessa. Myös tyttöjen nuuskan käyttö ja kokeilut ovat lisääntyneet, mutta käyttö on vähäistä poikiin verrattuna.
  • Hietamäki, Johanna (2016)
    HYKS:n Sydän- ja keuhkokeskuksessa toteutettiin kehittämishanke keuhkosyövän tutkimusten ja hoitoon pääsyn keston selvittämiseksi ja kehittämistarpeiden arvioimiseksi. Tämän tutkielman tarkoitus oli osana kehittämishanketta selvittää HYKS:ssä keuhkosyöpäpotilaan tutkimus- ja hoitoprosessin eri vaiheiden kestoa lähetteen saapumisesta hoitoon. Tutkimusaineistona oli 179 potilasta, joilla tutkimukset keuhkosyöpäepäilyn vuoksi käynnistyivät syys-marraskuussa 2014 tai tammi-maaliskuussa 2015. Potilasasiakirjoista kerättiin tiedot jokaisen potilaan tutkimus- ja hoitoprosessin osavaiheiden kestosta ja prosessin aikana tehtyjen tutkimus- ja hoitotapahtumien lukumääristä. Keuhkosyövän tutkimus- ja hoitoprosessin mediaanikesto (vaihteluväli) lähetteen hyväksymisestä hoidon alkamiseen oli 61 (8-307) vrk. Vain viidesosalla (22 %) potilaista hoitopäätös tehtiin neljän viikon sisällä lähetteen hyväksymisestä. Leikkaushoitoon päätyneillä potilailla aika lähetteen hyväksymisestä hoitopäätökseen ja hoidon alkamiseen oli pidempi (mediaanit lähete-hoitopäätös 70 vrk ja hoitopäätös-hoito 32,5 vrk) kuin muihin hoitoihin (sädehoito 45,5; 15 ja lääkehoito 35; 7 vrk) ohjautuneilla potilailla. Hoitoprosessin kesto vaihteli eri potilaiden välillä. Mitä useampia eri tutkimuksia tarvittiin, sitä pidempi oli prosessin kokonaiskesto. Tämän tutkimuksen havainnot käynnistivät keuhkosyövän tutkimus- ja hoitoprosessin kehittämistoimenpiteet HYKS:ssä. (151 sanaa)
  • Tulokas, Sari (2016)
    This study compared proliferation rate and expression of cardiac stem cell markers in one day seven days old mice hearts (1D and 7D). Primary antibodies Ki-67 and C-kit were used in immunohistochemistry and primers C-kit, GATA-4, Myh6, Sca-1 and Mesp1 were used in quantitative PCR. This study found a considerably higher proliferation rate and a higher number of C-kit+ stem cells in 1D than in 7D samples, but the difference was not statistically significant due to a small sample size. A significant difference in the expression of other studied markers was not found. These findings suggest that a decrease in proliferation rate and the number of C-kit+ stem cells coincide with the loss of regenerative potential. Therefore, it is possible that either, or both, of these changes are responsible for the closure of the regenerative window.