Lääketieteellinen tiedekunta: Äskettäin tallennettua

Näkyvissä 1-20 / 826
  • Rahnasto, Matti (Helsingin yliopisto, 2018)
    Johdanto: Virvoitusjuomien käyttäjien tutkimus tuottaa arvokasta tietoa, jota voidaan käyttää mm. kohdennettaessa ja kehitettäessä virvoitusjuomien käyttöön vaikuttamaan pyrkiviä kansanterveydellisiä interventioita. Virvoitusjuomien käyttöön yhdistyvistä sosioekonomisista tekijöistä, elämäntapatekijöistä sekä psykologisista tekijöistä on julkaistu runsaasti tutkimuksia. Liikunnallisuuden yhteydestä virvoitusjuomien käyttöön on kuitenkin aikaisemmin julkaistu vain yksi pienehkö tutkimus, jossa liikunnallisuus ei ole ollut yhteydessä virvoitusjuomien käyttöön. Toisaalta runsas virvoitusjuomien käyttö yhdistetään tiettyihin (nuorten) alakulttuureihin, esimerkiksi nörttikulttuuriin, jota leimaa kiinnostus tieteeseen ja teknologiaan. Kuitenkaan tieteellisen kiinnostuneisuuden yhteyttä virvoitusjuomien käyttöön ei ole aikaisemmin tutkittu pitkittäisasetelmassa. Pyrimme siten selvittämään, miten tieteellinen kiinnostuneisuus ja liikunnallisuus 16-vuotiaina yhdistyvät virvoitusjuomien käyttöön 25-vuotiaina ja onko tieteellisellä kiinnostuneisuudella ja liikunnallisuudella yhteisvaikutuksia. Menetelmät: Käytössämme on vuosina 1975–1979 Suomessa syntyneistä kaksosista kyselylomakkeilla koostetun Nuorten kaksosten terveystutkimuksen (FinnTwin16) aineisto. Käytimme logistista regressiota selvittääksemme liikunnallisuuden ja tieteellisen kiinnostuneisuuden yhteyttä virvoitusjuomien päivittäiseen käyttöön. Vakioimme tuloksemme lähtötasolla mitatuilla painoindeksillä ja vanhempien koulutuksella. Analysoimme erikseen sokerilla ja keinotekoisesti makeutetut virvoitusjuomat. Tulokset: Lopulliseen analyysiimme päätyi 1717 miestä ja 2070 naista. Miehet olivat selvästi tieteellisesti kiinnostuneempia ja liikunnallisempia kuin naiset ja he myös käyttivät enemmän sokerilla makeutettuja virvoitusjuomia. Naiset kuluttivat enemmän keinotekoisesti makeutettuja virvoitusjuomia. Sekä yksi- että monimuuttujamallissa tieteellinen kiinnostuneisuus suojasi sokerilla makeutettujen virvoitusjuomien käytöltä (miehillä kerroinsuhde (OR) 0,77, 95 % luottamusväli (CI) 0,69–0,86 ja naisilla OR 0,79 95% CI 0,65–0,94). Keinotekoisesti makeutettujen virvoitusjuomien käyttöön sillä ei puolestaan ollut yhteyttä. Liikunnallisuudella ei ollut yhteyttä kummankaan virvoitusjuomatyypin kulutukseen ja tieteellinen kiinnostuneisuus vaikutti miesten keskuudessa samalla tavalla kaikkien eri tavalla liikunnallisten keskuudessa kun taas naisilla suojaava yhteys heikkeni 2-3 kertaa viikossa liikkuvien keskuudessa verrattuna sitä useammin tai sitä harvemmin liikkuviin. Johtopäätökset: Tuloksiemme mukaan tieteellinen kiinnostuneisuus 16-vuotiaana suojaa sokerilla makeutettujen virvoitusjuomien käytöltä 25-vuotiaana, vaikka malli vakioitaisiin lähtötason painoindeksillä ja vanhempien koulutuksella. Miesten keskuudessa emme havainneet viitteitä tilastollisesta yhteisvaikutuksesta liikunnallisuuden ja tieteellisen kiinnostuksen vaikutuksien välillä, mutta naisten kohdalla sellaisen mahdollisuutta emme voi täysin poissulkea.
  • Aspelund, Aleksanteri (Helsingin yliopisto, 2015)
    Keskushermostoa on pidetty imusuonista vapaana elimenä, jossa immuunivasteet ovat rajoit-tuneita. Imusuonien puutetta on pidetty eräänä immuunivasteita rajoittavana mekanismina. Tästä huolimatta useilla eläinlajeilla merkittävä osa aivo-selkäydinnesteen ulosvirtauksesta tapahtuu kaulan syvien imusolmukkeiden kautta. Ilmiötä on selitetty sillä, että aivo-selkäydinneste virtaa aivohermojen lukinkalvonalaista tilaa pitkin kallonulkoiseen tilaan, josta se imeytyy kudosnesteeseen ja edelleen imusuoniin. Ehdotettu mekanismi on kuitenkin hypo-teettinen, eikä sitä ole vielä pystytty osoittamaan kokeellisesti. Tässä työssä osoitamme, että hiiren uloimmista aivokalvoista löytyy imusuoniverkosto, joka näyttää osallistuvat aivo-selkäydinnesteen kuljetukseen lukinkalvonalaisesta tilasta kaulan alueen syviin imusolmuk-keisiin. Aivokalvojen imusuoniverkosto kulkee kovakalvon suurien laskimoiden ja valtimoiden yhteydessä, sekä aivohermojen ympärillä, jatkuen kallon ulkopuolelle näiden mukana. Ko-keemme viittasivat siihen, että aivokalvon imusuonijärjestelmä on yhteydessä aivojen kudos-nesteeseen asti glymfakierron välityksellä. Lisäksi tutkimme K14-VEGFR3 transgeenistä hii-rimallia, joka ilmentää keratinosyyteissä systeemisesti liukoista VEGF-C/D-signalointia estä-vää proteiinia. Näistä hiiristä aivokalvon imusuonisto puuttuu, mutta kaulan alueen syvät imusolmukkeet ovat tallella. Osoitamme, että aivokalvon imusuonien puuttuessa proteiini-merkkiaineen kertyminen aivokalvojen imusuonien ympärille estyy, poistuminen aivokudok-sesta hidastuu, ja kertyminen kaulan syviin imusolmukkeisiin estyy. Yllättäen aivojen imusuo-nien puute ei vaikuttanut aivojen kudosnestepaineeseen tai vesisisältöön. Kokonaisuudes-saan tulokset viittaavat siihen, että aivokalvojen imusuonisto osallistuu aivojen kudosnesteen ja aivo-selkäydinnesteen ulosvirtaukseen ja antigeenien kulkeutumiseen imusolmukkeihin. Tämä järjestelmä saattaa olla tärkeä ennen kaikkea makromolekyylien poistumisessa, jolla voi olla merkitystä useissa keskushermoston sairauksissa.
  • Holthöfer, Anna (Helsingin yliopisto, 2017)
    Aikaisemmissa tutkimuksissa on saatu viitteitä, että unenaikaisen ylempiä hengitysteitä ahtauttavan (obstruktiivisen) uniapnean ja hampaiden kiinnityskudossairauden (parodontiitin) välillä on mekanismiltaan toistaiseksi tunnistamaton yhteys. Molempiin sairauksiin liittyy kohonnut koko elimistön (systeeminen) tulehdustila, inflammaatio ja niillä näyttää olevan yhteisiä riskitekijöitä. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää mahdollinen tarkempi tautiyhteys obstruktiivisen uniapnean ja parodontiitin välillä ja tunnistaa molemmissa sairauksissa esiintyviä biologisia merkkiaineita, biomarkkereita. Tutkimus painottui neutrofiilien erittämien entsyymien, kuten matriksin metalloproteinaasien -2, -8 ja -9 määrien, esiastemuotojen ja aktivaatioasteiden tutkimiseen terveillä ja obstruktiivista uniapneaa sairastavilla potilailla. Muita tutkittavia biomarkkereita olivat TIMP-1, NE, MPO ja NGAL, joiden tiedetään liittyvän yleiseen tulehdustilaan. Tähän esitutkimukseen valittiin 50 koehenkilöä, 13 tervettä verrokkia, 17 lievää/kohtalaista obstruktiivista uniapneaa sairastavaa ja 20 vaikeaa obstruktiivista uniapneaa sairastavaa potilasta. Koehenkilöiltä kerättiin sylki- sekä seeruminäytteet ja määritettiin kliiniset hampaiden kiinnityskudoksiin liittyvät muuttujat (parodontaaliparametrit). Näytteiden analysointiin käytetyt menetelmät olivat gelatiinizymografia, IFMA ja ELISA. Tutkimustulokset osoittivat, että neutrofiilien erittämät entsyymit eivät näytä olevan toivottu patofysiologinen linkki obstruktiivisen uniapnean vaikeusasteen ja parodontiitin välillä. Näitä kahta sairautta yhdistävien biomarkkereiden löytämiseksi tarvitaan siis edelleen jatkotutkimuksia ja menetelmiä uusien biomarkkereiden tunnistamiseksi. Näiden sairauksien välisen yhteyden selvittäminen toisi mekanistista lisäymmärrystä kyseisiin sairauksiin, niiden diagnostiikkaan ja mahdollisesti myös hoitokäytäntöihin.
  • Pyötsiä, Krista (Helsingin yliopisto, 2018)
    Candida-hiivoja esiintyy suusyöpäpotilaiden suun limakalvoilla muuta väestöä enemmän. Lisäksi kroonisen hyperplastisen kandidiaasin on joissain tutkimuksissa havaittu malignisoituvan herkemmin kuin leukoplakisen muutoksen, jossa kroonista Candida-infektiota ei esiinny. Selvää mekanismia kroonisen hiivainfektion ja suusyövän kehittymisen välillä ei ole toistaiseksi kuitenkaan löydetty. Eksosomit ovat kooltaan 30-100nm olevia ekstrasellulaarivesikkeleitä, joita kaikki solut tuottavat ja jotka tämän jälkeen kulkeutuvat kehon nesteisiin kuten vereen, sylkeen ja virtsaan. Eksosomeilla on useita eri tehtäviä, joista yksi tärkeimmistä ja tutkituimmista on osallistuminen solujen väliseen kommunikointiin. Tutkimuksen tavoitteena oli eristää eksosomeja C. albicans ja C. krusei -hiivoista sekä tutkia, vaikuttavatko nämä eksosomit suun levyepiteelikarsinoomasolujen (OSCC, oral squamous cell carcinoma) tai syövän mikroympäristössä esiintyvien syöpään liittyvien fibroblastien (CAF, cancer associated fibroblast) proliferaatioon in vitro. Hypoteesimme oli, että Candida-hiivoista eristetyt eksosomit lisäävät näiden solujen proliferaatiota. Tutkimukseen valittiin kaksi suuontelossa usein esiintyvää Candida-lajia, C. albicans ja C. krusei. Tutkimusta varten molempia hiivakantoja kasvatettiin aerobisissa olosuhteissa 48 tuntia, jonka jälkeen eksosomit eristettiin ultrasentrifuugauksen avulla ja eristettyjen mikrovesikkelien kokojakaumat analysoitiin NanoSight (NS3000) -laitteiston avulla. Proliferaatiokokeissa tutkittiin kuinka eri pitoisuudet Candida-eksosomeja vaikuttivat HSC-3 (aggressiivinen kielen levyepiteelisyöpäsolulinja) ja CAF -solujen (kielisyöpäkudoksen yhteydessä olevista fibroblasteista eristetty kanta) proliferaatioon in vitro. Molemmista Candida-lajeista eristetyistä vesikkeleistä yli 80 % oli kokoluokaltaan 1-100 nm sopien kokonsa puolesta eksosomeiksi. Eksosomeilla ei ollut vaikutusta HSC-3-kielisyöpäsolujen proliferaatioon 48 tunnin inkubaatioajan jälkeen. Fibroblastien (CAF) proliferaatio hidastui sitä enemmän mitä suuremman eksosomikonstentraation kanssa niitä inkuboitiin, mutta ainoastaan suurimmalla C. albicans-eksosomipitoisuudella (50 μl) proliferaation hidastuminen verrattuna kontrolliin oli merkittävää (p=0.035). Tämän tutkimuksen perusteella hypoteesimme eksosomien merkityksestä oli väärä ja Candida-hiivojen osuus suusyövässä jää edelleen avoimeksi.
  • Borg, Emma (Helsingin yliopisto, 2018)
    Pikkukeskosina syntyneillä lapsilla esiintyy huomattavasti täysiaikaisina syntyneitä enemmän eriasteisia neurologisia ongelmia. Neurologiseen ennusteeseen voidaan kuitenkin usein vaikuttaa kuntoutuksen avulla. Kehitysseurannan tarkoituksena on havaita mahdollisimman varhaisessa vaiheessa lapset, joiden neurologinen kehitys on poikkeavaa. Kehitysseurannan avulla voidaan myös melko luotettavasti arvioida miten lapsi tulee kehittymään leikki-iässä. Yhtenäistä kehitysseurantakäytäntöä pikkukeskosille ei kuitenkaan ole. Tämän tutkielman tavoitteena oli selvittää miten pikkukeskosten neurologinen kehitysseuranta järjestetään Suomen yliopistosairaaloissa ja miten eri yksiköiden toiminta eroaa toisistaan. Hypoteesina oli, että toimintatavoissa on huomattavia eroja eri alueiden välillä. Tietoa toimintatavoista kerättiin kyselylomakkeen avulla. Kyselyn tulokset osoittavat, että käytännöissä on alueellisia eroja. Lisäksi tavoitteena oli koota yleiskatsaus keskosuuden taustoista, pikkukeskosten neurologista ongelmista ja niiden yleisyydestä, sekä eri kehitysseurantamenetelmistä, joita käytetään niiden havainnoinnissa.
  • Laitinen, Iida (Helsingin yliopisto, 2018)
    Aivoverenkiertohäiriöt ovat maailmanlaajuisesti merkittävä kuolinsyy, ja niihin liittyy korkea riski pysyvälle vammautumiselle. Valtaosa suomalaisten aivoverenkiertohäiriöistä on aivoinfarkteja. Aivoinfarktin akuuttivaiheen diagnostiikka nojaa vahvasti varhaiseen aivojen kuvantamiseen, jolla saadaan nopeasti poissuljettua monet muut samankaltaisia oireita aiheuttavat tilat. Suomessa epäiltyjen aivohalvauspotilaiden ensisijaisena kuvantamismenetelmänä käytetään pään tietokonetomografiakuvausta (TT-kuvausta) sen nopeuden ja kustannustehokkuuden vuoksi. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää akuuttien kuvantamislöydösten yleisyyttä aivoinfarktin liuotuskandidaateilla ja missä määrin TT-pohjainen kuvantaminen tukee aivoinfarktin varhaisdiagnostiikkaa. Tutkimuksessa arvioimme myös mekaaniseen tukoksen poistoon eli trombektomiaan soveltuvien potilaiden vuosittaista lukumäärää. Tutkimuskohortti koostui potilaista, jotka kuljetettiin ambulanssilla aivohalvausepäilyn vuoksi neurologian päivystykseen akuutteja rekanalisaatiohoitoja varten. Nämä potilaat ovat niin sanottuja liuotuskandidaatteja. Tarkastelimme tässä tutkimuksessa vain niitä potilaita, jotka kuvattiin tulovaiheessa TT-kuvauksella (n=989). Tutkielman tuloksissa kuvataan liuotuskandidaattien sairaalaantulovaiheen kuvantamislöydösten jakaumaa eri diagnoosiryhmissä, sekä niiden suhdetta potilaiden oireiden vaikeusasteiseen, oirekuvan erityispiirteisiin ja heidän perussairauksiinsa. Pyrimme myös arvioimaan luotettavasti trombektomiakandidaattien yleisyyttä sairaanhoitopiirissämme. Vaikka TT-kuvaus on nopea ja suhteellisen edullinen kuvantamismodaliteetti, on TT-kuvantamisesta saatava tieto rajallista erityisesti lieväoireisilla aivoinfarktin liuotuskandidaateilla. Magneettikuvauksen valikoivan käytön lisääminen olisi siten lupaava tapa täsmentää liuotuskandidaattien tulovaiheen diagnostiikkaa. Natiivin TT-kuvan antaman rajallisen tiedon vuoksi myös TT-angiografiatutkimusten lisääminen on tarpeen välittömästä trombektomiasta hyötyvien potilaiden tunnistamisen kehittämiseksi. Tutkimuksemme perusteella aivoinfarktin aiheuttavan tukoksen mekaaniseen poistoon soveltuvia potilaita olisi vuositasolla enemmän kuin toimenpiteitä on viime aikoina tehty.
  • Pirhonen, Juho; Arola, Johanna; Sädevirta, Sanja; Luukkonen, Panu; Karppinen, Sanna-Mari; Pihlajaniemi, Taina; Isomäki, Antti; Hukkanen, Mika; Yki-Järvinen, Hannele; Ikonen, Elina (Helsingin yliopisto, 2016)
    Maksan rasvoittumisen ajatellaan joskus olevan vain metabolisen oireyhtymän hyvälaatuinen maksamanifestaatio, vaikka se johtaa, erityisesti maksan fibrotisoituessa, kasvaneeseen kardiovaskulaarikuolleisuuteen ja pahimmillaan maksasyöpään. Tästä kansanterveydellisesti merkittävästä roolista huolimatta rasvamaksa on alidiagnosoitu ja sen patogeneettiset mekanismit ovat huonosti ymmärrettyjä, molemmat osin hyvien diagnostisten työkalujen puutteesta johtuen. Päätimme selvittää uusien non-lineaaristen kuvantamismodaliteettien soveltuvuutta rasvamaksan varhaisessa diagnostiikassa. Selvitimme 32 lihavuusleikkauspotilaan maksakudoskoepalojen kudosarkkitehtuurin perinteisin kudosvärjäysmenetelmin ja vertasimme tuloksia samojen potilaiden non-lineaarisesti kuvannettuihin näytteisiin. Kuvansimme minimaalisesti käsitellyistä jääleikkeistä coherent anti-Stokes Raman scattering (CARS) ja second harmonic generation (SHG) signaalit, joita hyödyntäen arvioimme näytteiden rasva- ja kollageenipitoisuuden. Kehitimme myös kuva-analytiikka-algoritmin, joka mahdollistaa kollageenisignaalin automatisoidun ja objektiivisen arvioimisen. Näytteistä mittaamamme SHG- ja CARS-signaalit korreloivat hyvin patologien arvioihin näytteiden fibrotisoitumis- ja rasvoittumisasteista, minkä lisäksi automatisoitu algoritmimme erotteli luotettavasti jopa varhaisen fibroosin normaalista kudoksesta. Myös terveiksi luokiteltujen näytteiden maksakudoksen keskellä esiintyi hienoa fibrillaarista SHG-signaalia. Tunnistamamme SHG-signaali oli spesifiä kolokalisoituen hyvin kollageeni-I- ja III-vasta-ainevärjäyksien kanssa. Tuloksemme osoittavat, että multimodaalisten kuvantamismenetelmien avulla voidaan tunnistaa maksan fibrillaarista kollageenia perinteisiä kudostutkimusmenetelmiä herkemmin. Kehittämämme kuva-analyysi-algoritmi puolestaan arvioi varhaisen fibroosin määrän nopeasti, objektiivisesti ja jatkuvalla skaalalla. Yhdessä nämä löydökset luovat edellytykset tutkia esimerkiksi maksan vähäisen fibroosin kliinistä merkitystä ja paranemistaipumusta isommissa potilasaineistoissa.
  • Nakane, Elina (Helsingin yliopisto, 2018)
    Tavoitteet. Äidin diabetes on yhteydessä raskaudenaikaisiin komplikaatioihin, mutta äidin diabeteksen vaikutusta jälkeläisten kognitioon ei ole tutkittu yhtä laajasti. Aiemmissa tutkimuksissa äidin diabetes on yhdistetty pääsääntöisesti alle kouluikäisten lasten hieman heikentyneeseen yleiseen kognitiiviseen ja kielelliseen tasoon. On kuitenkin vielä epäselvää, että vaikuttaako äidin diabetes itsessään lapsen, ja myöhemmin aikuisen jälkeläisen, kognitiiviseen tasoon. Lapset, joilla on ollut myös muita samanaikaisia kehityksellisiä riskitekijöitä, vaikuttaisivat olevan alttiita äidin diabeteksen negatiivisille vaikutuksille, toisin kuin lapset, joilla riskitekijöitä ei ole ollut. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli tutkia, onko äidin diabetes yhteydessä jälkeläisten yleiseen kognitiiviseen tasoon lapsuudessa ja keski-iän alussa, kun jälkeläisillä joko oli tai ei ollut muita syntymänaikaisia riskitekijöitä. Hypoteesina oli, että vain jälkeläisillä, joilla oli todettu äidin diabeteksen lisäksi myös muita syntymäaikaisia riskitekijöitä, yleinen kognitiivinen taso olisi madaltunut. Tavoitteena oli myös selvittää, että muuttuuko kummankaan riskiryhmän yleinen kognitiivinen taso ajan myötä. Menetelmät. Tämä tutkimus on osa prospektiivista syntymäkohorttitutkimusta, jossa tutkitaan syntymäaikaisten riskitekijöiden pitkittäisvaikutusta. Vuosina 1971–1974 Kätilöopiston perättäisistä synnytyksistä (n=22359), 93:lla vastasyntyneellä todettiin äidin diabetes raskauden aikana tai ennen sitä. Osalla vastasyntyneistä ennalta määriteltynä riskitekijänä oli pelkästään äidin diabetes (n=59), kun osalla vastasyntyneistä ilmeni useita syntymäaikaisia riskejä (n=34). Tutkimukseen osallistuneiden jälkeläisten ja kontrolliryhmän yleinen kognitiivinen taso arvioitiin 9 ja 40 vuoden iässä Wechslerin älykkyystesteillä osana laajempaa neuropsykologista seurantatutkimusta. Ryhmien välisiä eroja tarkasteltiin ryhmä- ja parivertailuilla. Mittausten välistä muutosta tutkittiin ryhmittäin lineaarisilla monitasomalleilla. Tulokset ja johtopäätökset. Tutkimuksen tulokset eivät tukeneet asetettua hypoteesia: Molemmilla riskiryhmillä, riippumatta muiden syntymäaikaisten riskien ilmenemisestä, yleinen kognitiivinen ja kielellinen taso olivat hieman kontrolleja heikompia. Keski-iän alussa ryhmien välillä ei ilmennyt eroja yleisessä kognitiivisessa tasossa. Vaikuttaisi siltä, että ainakin yleisen kognitiivisen tason ja opittujen kielellisten taitojen osalta usean riskitekijän ryhmässä taidot olivat parantuneet. Muuten suoriutuminen pysyi ryhmittäin melko samana.
  • Virkunen, Ekaterina (Helsingin yliopisto, 2018)
    Tiivistelmä Referat – Abstract The majority of cancers, such as breast cancer, originate from epithelial structures. Highly organized epithelial tissues are comprised of cells which manifest apico-basal polarization. Factors regulating apico-basal polarity and epithelial integrity are often observed deregulated in cancer cells and loss of polarity is often observed in tumors. However, the importance and the specific role of epithelial integrity regulators in tumorigenesis are still not fully defined. This study shows that the key regulators of epithelial cell polarity Par6B and Par6G proteins have a role in the restriction of cell proliferation in mammary epithelial cell lines. Using the shRNA silencing approach, downregulation of PARD6B and PARD6G in the cells lead to the impediment of the cell-cycle exit, verified in proliferation suppressive conditions in which cells normally would enter quiescence. Par6 proteins were shown to regulate cell proliferation via the canonical PI3K/Akt pathway, which is one of the most commonly deregulated cell proliferation promoting pathways in cancer cells. The results demonstrate the unknown function of Par6B and Par6G proteins as cell proliferation regulators and a previously unrecognized relation between Par6 proteins and PI3K/Akt pathway. However, the detailed interaction between Par6 proteins and the PI3K/Akt pathway ought to be investigated further. In addition, the results revealed that Par6 proteins have different effects on cell proliferation suggesting biological differences between Par6 proteins and that certainly bears further investigation. In conclusion, the study presents a previously unknown connection between epithelial integrity regulators and cancer-relevant cell proliferation promoting pathways, which may provide new targets for therapeutic intervention in the future.
  • Mikkola, Annamari (Helsingin yliopisto, 2018)
    Tutkimuksen kohteena on suomalainen suku, jossa esiintyy hampaiden kovakudosten perinnöllinen kehityshäiriö. Aikaisemmissa tutkimuksissa kehityshäiriön aiheuttava mutaatio on paikallistettu kromosomiin 15, ja kahden näytteen eksomisekvensoinnilla on löydetty useita mahdollisia mutaatioita. Tähän tutkimukseen on valittu näistä mutaatioista seitsemän tarkempaa tutkimista varten. Tutkittavaksi valitut mutaatiot sijaitsevat geeneissä OTUD7A, SPTBN5 (2 mutaatiota), PLA2G4F, FLJ27352, PRTG ja IGDCC4. Tarkoituksena on selvittää, esiintyvätkö ne kaikilla sairailla suvun jäsenillä ja voivatko ne olla kehityshäiriön taustalla. Aluksi tutkittavaksi valittiin neljä suvun jäsentä, joilla on todettu hampaiden kehityshäiriö. Heidän DNA-näytteilleen tehtiin polymeraasiketjureaktio (PCR), geelielektroforeesi ja sekvensointi. Kaksi etsityistä mutaatioista löytyi kaikilta näiltä henkilöiltä, ja ne sijaitsivat geeneissä IGDCC4 ja PRTG. Seuraavassa vaiheessa PRTG- ja IGDCC-geenien mutaatioita etsittiin laajemmalta joukolta suvun jäseniä. Tutkittavia näytteitä oli yhteensä 15. Näytteistä kahdeksan oli sairailta suvun jäseniltä, yksi oletetusti sairaalta ja kuusi terveiltä. Geenin IGDCC4 mutaatio löytyi kahdeksalta sairaalta heterotsygoottisena, mutta ei mahdollisesti sairaalta suvun jäseneltä. Lisäksi se löytyi yhdeltä terveeltä. Näin ollen tämä mutaatio ei ole kehityshäiriön taustalla. Geenin PRTG mutaatio löytyi kaikilta sairailta heterotsygoottisena eikä sitä löytynyt yhdeltäkään terveeltä, joten periaatteessa tämä voisi olla kehityshäiriön taustalla. Se aiheuttaa missense-mutaation, joka muuttaa valiinin leusiiniksi. Uusimpien tietokantojen mukaan sen yleisyys erityisesti Suomessa on kuitenkin jopa 0,015, joten on epätodennäköistä, että tämäkään mutaatio ainakaan yksin aiheuttaisi tutkimuksen kohteena olevan hampaiden kovakudosten kehityshäiriön. Tutkimuksen kohteena olevan kehityshäiriön aiheuttavan mutaation selvittämiseksi tarvitaan siis jatkotutkimuksia. (217 sanaa)
  • Holma, Juho Mikael (Helsingin yliopisto, 2018)
    Välikorvatulehdus on tavallinen yleensä ylähengitystieinfektion jälkitilana kehittyvä sairaus.Tavallisesti välikorvatulehdus paranee konservatiivisella hoidolla, mutta komplikaatioiden kehittyessä tarvitaan myös korvakirurgisia toimenpiteitä. Komplikaatioita esiintyy edelleen myös länsimaissa,mutta erityisen runsaasti maissa, joissa terveydenhuolto on vähemmän kehittynyt. Tässä tutkimuksessa käytiin läpi vuosina 2007-2016 HYKS Korvaklinikassa korvatulehdusten vuoksi korvakirurgisesti hoidetut potilaat (poislukien pelkkä tärykalvoputkitus). Tavoitteena oli kuvata korvatulehdusten kirurgisen hoidon nykytila HUS-alueella koskien mm. toimenpidediagnooseja, toimenpidemäärää kokonaisuutena, eri toimenpiteiden suhteellisia määriä, potilaiden ikäjakaumaa sekä syntyperää. Toimenpiteet jaoteltiin vuosittain taulukoihin, jolloin eri muuttujien kehitystä pystyttiin arvioimaan ajan funktiona. Tutkimuksessa kävi ilmi, että seuranta-ajalla leikkausten vuosittainen kokonaismäärä (noin 30-40 operaatiota) on pysynyt jotakuinkin vakiona. Akuutti ja krooninen mastoidiitti olivat odotetusti yleisimmät toimenpidediagnoosit. 90 % leikkauksista tehtiin korvantausviillosta mastoidin kautta. Eri toimenpiteiden suhteellisissa osuuksissa tapahtui tiettyjä muutoksia, jotka selittyvät lähinnä kirjaamiskäytäntöjen muuttumisella. Korvakirurgista leikkausta vaatineista potilaista suurin osa oli iältään 31 ja 70 ikävuoden välillä. Seuranta-ajan alkuvuosina leikatuista potilaista noin 15-20 prosenttia oli taustaltaan ei-kantasuomalaisia, kun taas viimeisimpinä seurantajakson vuosina tämä osuus oli noussut korkeimmillaan yli 40 prosenttiin. Vaikka korvatulehdusten hoito on nykyään tehokasta ja komplikaatiot melko harvinaisia, ei korvakirurgisten toimenpiteiden tarve HUS-alueella ole vähenemässä. (180 sanaa)
  • Bergman, Matilda (Helsingin yliopisto, 2018)
    Tavoitteet Lapsuudessa tapahtuva kaltoinkohtelu on merkittävä riskitekijä mielenterveyden häiriöiden kehittymiselle. Aiempi tutkimus on osoittanut kaltoinkohtelun yhteyden yleiseen ahdistuneisuushäiriöön. Tutkimusta erilaisten kaltoinkohtelukokemusten ja vaikutusmekanismien yhteydestä juuri yleiseen ahdistuneisuushäiriöön on kuitenkin vielä vähän. Eräs ahdistuneisuusoireille altistava tekijä on matala kontrollin tunne, joka on myös yhteydessä varhaisiin kokemuksiin tapahtumien kontrolloimattomuudesta. Kontrollin tunnetta ei kuitenkaan ole aiemmin tutkittu kaltoinkohtelun vaikutuksia juuri yleiseen ahdistuneisuushäiriöön välittävänä tai muokkaavana tekijänä. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli tarkastella lapsuudessa koetun fyysisen ja emotionaalisen kaltoinkohtelun, kaltoinkohtelun määrän, toistuvuuden ja harjoittajan sekä kontrollin tunteen roolia aikuisiän yleisen ahdistuneisuushäiriön ennustamisessa. Lisäksi tarkoituksena oli tutkia, voiko kontrollin tunne selittää tai muokata lapsuuden kaltoinkohtelun ja aikuisiän yleisen ahdistuneisuushäiriön yhteyttä. Menetelmät Tutkimuksen aineistona käytettiin Midlife Development in the United States (MIDUS) -projektin aineistoa (n=5856). Lapsuuden fyysistä ja emotionaalista kaltoinkohtelua arvioitiin Conflict Tactics Scales -mittarilla, yleisen ahdistuneisuushäiriön oireita WHO:n diagnostisen haastattelun lyhyellä versiolla (WHO CIDI-SF) ja kontrollin tunnetta kyselyllä, joka kartoittaa hallinnan tunnetta ja havaittuja rajoitteita toiminnalle. Tiedot kerättiin kyselylomakkeilla ja puhelinhaastattelulla. Kaltoinkohtelun, ahdistuneisuusoireiden ja kontrollin tunteen yhteyksiä tutkittiin logistisella ja lineaarisella regressioanalyysilla sekä kovarianssianalyysilla. Mediaatioefektiä tutkittiin bootstrapping-menetelmällä. Tulokset ja johtopäätökset Kaltoinkohtelun määrä, tyyppi ja toistuvuus olivat yhteydessä yleiseen ahdistuneisuushäiriöön. Erilaiset kaltoinkohtelukokemukset muodostivat erisuuruisen riskin yleiselle ahdistuneisuushäiriölle vastaajan sukupuolen ja sen mukaan, kuka häntä oli kohdellut kaltoin. Kontrollin tunne toimi kaltoinkohtelun yhteyksiä ahdistuneisuusoireiluun välittävänä tekijänä. Tulokset nostavat esiin varhaisen puuttumisen ja toisaalta kaltoinkohdeltujen kontrollin tunteen tukemisen merkityksen yleisen ahdistuneisuushäiriön ennaltaehkäisyssä.
  • Seppälä, Metti (Helsingin yliopisto, 2018)
    Tavoitteet. Kaksikielisyydellä voi olla yhtäältä positiivisia, toisaalta negatiivisia vaikutuksia fonologian kehitykseen. Myös kielihäiriö saattaa aiheuttaa erityisiä haasteita fonologian osa-alueella. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli verrata peräkkäisesti kaksikielisten kielihäiriöisten sekä yksikielisten kielihäiriöisten lasten paradigmaattisia ja fonotaktisia taitoja suomen kielessä. Tutkimuksessa selvitettiin myös onko kaksi- ja yksikielisten kielihäiriöisten lasten paradigmaattisten ja fonotaktisten taitojen välillä yhteyttä. Lisäksi tutkittiin selittävätkö kaksikielisten kielihäiriöisten lasten sukupuoli, ikä ja suomen kielen altistuksen kesto ja yksikielisten kielihäiriöisten lasten sukupuoli ja ikä lasten fonotaktisia taitoja. Menetelmät. Tutkittavina oli 3;5–5;10-vuotiaita kaksikielisiä kielihäiriöisiä lapsia (N = 46), joiden taitoja verrattiin 3;5–5;9-vuotiaiden yksikielisten kielihäiriöisten lasten (N = 46) taitoihin. Lapset oli rekrytoitu Helsingin pitkittäiseen SLI-tutkimukseen vuosina 2013–2015. Tutkimusmenetelmänä oli Fonologiatesti. Ryhmien suoriutumista paradigmaattisissa ja fonotaktisissa taidoissa vertailtiin tilastollisin menetelmin. Paradigmaattisten ja fonotaktisten taitojen yhteyttä tutkittiin erikseen kummassakin ryhmässä korrelaatiokertoimella. Kaksikielisten lasten ryhmässä tutkittiin fonotaktisten taitojen riippuvuutta sukupuolesta, iästä ja suomen kielen altistuksen kestosta. Yksikielisten lasten ryhmässä tutkittiin fonotaktisten taitojen riippuvuutta sukupuolesta ja iästä. Tulokset ja johtopäätökset. Kaksikieliset kielihäiriöiset lapset hallitsivat suomen kielen paradigmaattiset ja fonotaktiset taidot paremmin kuin yksikieliset kielihäiriöiset lapset. Paradigmaattiset ja fonotaktiset taidot korreloivat vahvasti kummassakin ryhmässä. Korrelaatiot olivat tilastollisesti merkitsevämpiä yksikielisten kielihäiriöisten lasten aineistossa. Ikä oli tilastollisesti merkitsevä fonotaktisia taitoja selittävä muuttuja. Kaksikielisten kielihäiriöisten lasten suomen kielen altistuksen kesto ei ollut tilastollisesti merkitsevä fonotaktisia taitoja selittävä muuttuja. Kaksikieliset kielihäiriöiset lapset saattavat puhua selkeämmin kuin yksikieliset kielihäiriöiset lapset. Kaksikielisyys saattaa toimia suojaavana tekijänä kielihäiriöön liittyvissä fonologisissa vaikeuksissa.
  • Geier, Anna (Helsingin yliopisto, 2018)
    Tavoitteet. Tähänastisen tutkimustiedon perusteella työmuistilla, sekä monilla muilla kognitiivisilla taidoilla on yhteys matematiikan taitoihin. Työmuistin sekä muiden kognitioiden arvioimisen avulla voisi mahdollisesti ennustaa, keillä lapsilla tulee olemaan vaikeuksia matematiikassa. Etenkin päiväkodeissa tarvitaan arviointimenetelmiä, joilla voitaisiin arvioida lasten työmuistia sekä muita kognitiivisia kykyjä. Tutkimuksen tarkoituksena oli tarkastella, millainen yhteys eri tavoin arvioidulla työmuistilla ja muilla kognitiivisilla kyvyillä on matematiikan taitoihin. Tutkimuksen tarkoituksena oli myös selvittää, voidaanko kyselymenetelmillä tuottaa vastaavaa tietoa, kuin työmuistia arvioivilla tehtävillä. Menetelmät. Tutkimus on osa Turun ja Helsingin yliopistojen yhteistä Työmuistin varhainen harjoittaminen -tutkimushankkeetta. Tutkimuksen aineisto koostui 6-7 -vuotiaista esikouluikäisistä lapsista (n = 50). Lasten työmuistia arvioitiin AWMA -testistöön kuuluvilla työmuistitehtävillä ja matematiikan taitoja arvioitiin lukujonotaidot- ja Banuca-testeillä. Joustavaa älykkyyttä arvioitiin Ravenin matriiseilla. Lasten lastentarhaopettajat täyttivät jokaisesta lapsesta työmuistin ongelmia arvioivan Työmuistikyselyn (WMRS) ja Taitokyselyn. Muuttujien yhteyksiä arvioitiin korrelaatiokertoimilla, lineaarisella regressioanalyysillä ja regressiokommonaliteettianalyysillä. Tulokset ja johtopäätökset. Työmuistikysely, Taitokysely ja suurin osa työmuistia arvioineista tehtävistä olivat yhteydessä esikouluikäisten lasten matematiikan taitoihin. Selitysosuudet olivat suurilta osin päällekkäiset, mutta eniten omaa selitysosuutta oli passiivista visuospatiaalista työmuistia arvioivilla tehtävillä ja Työmuistikyselyllä. Tämän tutkimuksen perusteella etenkin näillä menetelmillä voisi olla mielekästä arvioida lasten työmuistia, työmuistin ongelmia ja välillisesti matematiikan taitoja. Sekä kyselyt että tehtävät toimivat hyvin lasten työmuistin ja matematiikan taitojen arvioinnissa.
  • Järviö, Heini (Helsingin yliopisto, 2018)
    Tavoitteet. Kun tietoturva pettää, jopa yksi kolmesta tapahtumasta voi olla seurausta ihmisen toiminnasta, minkä takia teon ennustajien tunteminen on nykypäivänä eriarvoista. Tässä tutkimuksessa tavoitteena oli tarkastella, millaisia yksilön ja organisaation tekijöitä on sen taustalla, miten toimimme henkilökohtaisen ja organisaation tietojen suhteen. Kiinnostuksen kohteena oli mittausmalli, jossa perustellun toiminnan teoriaa (TRA) ja persoonallisuuden piirteitä tarkasteltiin tietoturvakäyttäytymisen ennustajina. TRA:ssa toiminnan vahvin ennustaja on intentio, jonka taustalla vaikuttavat asenne toimintaa kohtaan sekä subjektiiviset normit. Skenaarioasetelmaa hyödyntäen tavoitteena oli tarkastella, ennustaako TRA toimintaa myös konkreettisissa skenaariotilanteissa. Persoonallisuusteorioista kiinnostuksen kohteena olivat viisi suurta piirrettä sekä Dark Triad -piirteet, joista jälkimmäisen yhteyksistä tietoturvakäyttäytymiseen ei toistaiseksi ole juurikaan tutkimusta. Menetelmät. Tutkimuksen aineisto (n=408) koostui Maanpuolustuskorkeakoulun sekä Helsingin yliopiston opiskelijoista. Osallistujat vastasivat kyselylomakkeeseen, jolla mitattiin persoonallisuutta ja TRA:n elementtejä. Lisäksi osallistujat saivat luettavakseen kolme skenaariota, joiden suhteen he arvioivat miten todennäköisesti toimisivat samalla tavalla (intentio) ja miten suhtautuivat tekoon (asenne). Tutkimuksen skenaariot oli jaettu kolmelle vaarallisuusasteelle, joista kukin vastaaja sai luettavakseen vain saman vaarallisuusasteen skenaarioita. Käytetyt persoonallisuusinventaarit olivat Short Five ja Short Dark Triad. Persoonallisuuden yhteyttä arvioihin skenaariotilanteissa tutkittiin regressioanalyysillä. Tutkimuksen mittausmallia arvioitiin polkuanalyysillä. Tulokset ja johtopäätökset. Mittausmallin mukainen rakenne toteutui aineistoissa tietoturva-asenteen osalta silloin, kun esitettyjen skenaarioiden haitta oli vain vähäinen. TRA oli siis yhteydessä asenteisiin myös konkreettisessa tilanteessa. Eri persoonallisuuden piirteet olivat yhteydessä intentioihin ja asenteisiin. Kahdella Dark Triad -piirteellä oli positiivinen yhteys intentioon. Ekstroversio oli negatiivisesti yhteydessä sekä intentioon että asenteisiin. Lisäksi avoimuus oli positiivisesti yhteydessä asenteisiin, ja nämä yhteydet säilyivät mittausmalliin sisällytettyinä. Tämä tutkimus tarjosi lisätietoa persoonallisuuden yhteyksistä tietoturvakäyttäytymiseen sekä siihen, millaisia tekijöitä organisaatioissa tulisi ottaa huomioon tiedon turvaamiseksi.
  • Ginström, Laura (Helsingin yliopisto, 2018)
    Tavoitteet. Ylipainoon, liikkumattomuuteen ja heikkoon fyysiseen suorituskykyyn yhteydessä olevat elintapasairaudet ovat kansanterveydellinen ongelma. Persoonallisuuden tiedetään vaikuttavan terveyteen: näyttöä on erityisesti neuroottisuuden negatiivisesta ja tunnollisuuden positiivisesta yhteydestä hyvinvointiin ja terveyteen. Musiikin stressiä vähentävä vaikutus ja toisaalta mahdollisuudet liikuntaharjoittelun edistäjänä herättävät kysymyksen siitä, voisiko musiikin runsas arkikäyttö yhdistyä parempaan terveyteen. Tässä tutkimuksessa selvitetään, miten viisi suurta persoonallisuuspiirrettä ja yksilön musiikkisuhde ovat yhteydessä elintapasairauksien riskitekijöihin. Menetelmät. Tutkimuksen aineisto koostui MoMaMo!-elintapainterventiotutkimukseen osallistuneista 19–40-vuotiaista koehenkilöistä (n=37). He arvioivat kyselylomakkeilla liikunta-aktiivisuuttaan, persoonallisuuttaan ja musiikinkäyttöään. Elintapasairauksien riskitekijöitä kartoitettiin kehonkoostumusmittauksella ja verikokeilla sekä maksimaalista hapenottokykyä asteittain nousevalla polkupyöräergometrikuormituksella. Jokaisella viidellä persoonallisuuspiirteellä ja musiikkisuhdepistemäärällä ennustettiin erikseen elintapasairauksien riskitekijöitä logistisella regressioanalyysilla. Lopuksi tarkasteltiin mediaatioanalyysilla, onko avoimuus epäsuorasti yhteydessä kehonkoostumukseen ja maksimaaliseen hapenottokykyyn musiikkisuhteen kautta. Tulokset ja johtopäätökset. Koehenkilöt olivat ylipainoisia ja huonokuntoisia, mutta arvioivat liikunta-aktiivisuutensa korkeaksi. Persoonallisuuspiirteistä ainoastaan avoimuus oli yhteydessä korkeampaan painoindeksiin ja rasvaprosenttiin. Runsas musiikinkäyttö ennusti korkeampaa rasvaprosenttia ja huonompaa maksimaalisen hapenottokyvyn kuntoluokkaa. Lisäksi avoimuus oli yhteydessä musiikkisuhteeseen ja tätä kautta erittäin heikkoon kuntoluokkaan. Avoimet ihmiset saattavat käyttää mieluummin aikaansa musiikki- kuin liikuntaharrastuksiin. On myös mahdollista, että musiikkisuhdekysely mittaa musiikinkäytön lisäksi jotain muuta piirrettä tai taipumusta, joka selittää yhteyden erittäin heikkoon kuntoluokkaan. Jatkotutkimuksissa olisi tärkeää tutkia näitä yhteyksiä muussa kuin elintapaintervention kontekstissa sekä kartoittaa mekanismeja niiden takana.
  • Taskinen, Miisa (Helsingin yliopisto, 2018)
    Arvot ovat elämää ohjaavia tavoitteita, joiden on todettu olevan yhteydessä useisiin erilaisiin muuttujiin, ja niillä on ennustettu mielekkäästi monenlaista käyttäytymistä. Schwartzin arvoteoriasta on tullut arvotutkimuksen valtavirtaa, ja se on saanut mittavaa tukea maailmanlaajuisesti. Ottaen huomioon, kuinka keskeinen asema arvoilla on ihmisten elämässä, on arvotutkimusta kuitenkin tehty suhteellisen vähän. Yksi syy siihen saattaa olla yleisimmin käytettyjen arvomittareiden pituus. Täten on tarvetta lyhyelle mittarille, joka voidaan lisätä laajojenkin tutkimuksien yhteyteen. Short Schwartz’s Value Surveylla (SSVS) on alustavaa näyttöä hyvästä reliabiliteetista ja validiteetista, mutta tämän tutkimuksen tarkoitus on uudelleenvalidoida SSVS edustavalla otoksella, määrittää sille suomalaiset normit ja tarjota uutta tutkimustietoa arvojen ja muiden muuttujien, tässä tapauksessa koetun rikollisuuden määrän, yhteydestä. Tutkimuksen aineisto on kansallisesti edustava otos, ja se koostui 1245:stä 18-87 -vuotiaasta henkilöstä. Tuloksia verrattiin European Social Survey 7 -aineistoon, joka on niin ikään kansallisesti edustava otos, mutta jossa arvoja mitataan pidemmällä arvomittarilla, Portrait Values Questionnairella (PVQ-21). Faktorianalyysilla löydettiin SSVS:n arvorakenteesta teorian mukainen kaksiulotteinen malli, joka koostui itsensä ylittämisen ja säilyttämisen arvoulottuvuuksista. Lisäksi arvotyyppien arvorakenne vastasi pääosin Schwartzin teoriaa. SSVS:llä mitatut arvot olivat myös yhteydessä useisiin validiteettikriteereihin, joita odotettiin aiempien tutkimuksien perusteella, ja yhteydet olivat samanlaisia kuin PVQ-21:llä. Lopuksi esitettiin vielä uutta tietoa arvojen yhteyksistä: molemmat arvoulottuvuudet vaikuttivat koettuun rikollisuuden määrän kasvuun. Arvoulottuvuuksille lasketut painokertoimet ja normit mahdollistavat vastaisuudessa tuloksien vertailun sekä yksilö- että ryhmätasolla. Tutkimuksen perusteella tutkijat voivat jatkossa entistä luottavaisemmin mielin integroida arvot osaksi myös sellaisia tutkimuksia, joissa ei ole mahdollista käyttää normaalimittaisia kyselyitä.
  • Tuohinto, Krista (Helsingin yliopisto, 2018)
    Kaposi’s sarcoma herpesvirus (KSHV), also called human herpesvirus 8 (HHV-8), was discovered following the AIDS-epidemic as the causative agent of Kaposi’s sarcoma (KS), an angiogenic endothelial tumor of the skin, and of two rare lymphoproliferative diseases, primary effusion lymphoma (PEL) and multicentric Castleman disease (MCD). Infection by KSHV displays two life cycle phases; latent and lytic replication. In latency, the virus stays dormant within the host, expressing only a few genes and no viral particles are produced. Latency is the default mode of infection, however, upon appropriate induction the virus reactivates to express all of its genes and replicate viral DNA during the productive lytic replication, culminating with the release of infectious progeny particles and lysis of the host cells. Virus reactivation from latency to the lytic replication is an essential step in the KS pathogenesis. Upon KSHV infection, endothelial cells (EC) undergo reprogramming towards spindle cell, the principal proliferating cell in advanced KS lesions. The transcription factor prospero related homeobox gene Prox1 has an important role in mediating the effects of KSHV on EC reprogramming, contributing to the KS development. Prox1 is the master regulator of lymphatic endothelial cell fate, and its expression is manipulated during the KSHV infection. However, the role of Prox1 in the KSHV life cycle and lytic reactivation has not been studied. To elucidate the role of Prox1 in KSHV reactivation from latency, the effect of ectopic expression of Prox1 on the lytic gene and protein expression in both latent and reactivated KSHV-infected cells was studied. This led to a significant increase in KSHV lytic gene and protein expression, suggesting Prox1 as a positive regulator of KSHV lytic replication. Moreover, Prox1 wild-type, but not its DNA-binding deficient mutant, could significantly increase the release of infectious virions. To investigate the expression levels of Prox1 during KSHV infection, infection kinetics assay was performed, which showed an increase in the Prox1 levels during acute infection. Intriguingly, this was followed by a progressive decrease in the Prox1 levels as latency was established. In conclusion, the focus of this thesis is to investigate the role of Prox1 in KSHV reactivation, and to provide a deeper insight into the virus reactivation mechanisms that can be utilized for future therapeutic strategies against KSHV-mediated tumorigenesis of KS. Keywords: KSHV, Kaposi’s sarcoma, Prox1, virus reactivation, lytic replication
  • Pörsti, Elina (Helsingin yliopisto, 2018)
    The capability to generate human induced pluripotent stem cells (iPSC) from somatic cells provides remarkable possibilities for regenerative medicine. However, prior to clinical applications the process of reprogramming should be optimized and carefully characterized. The purpose of this study was to get insight in reprogramming of human somatic cells to pluripotency using CRISPR-dCas9 activator system (CRISPRa). CRISPRa is a RNA guided bacterial nuclease system that has been modified for gene expression control. The study had two subprojects. The aims of the first subproject were 1) to reprogram hNESCs to pluripotency with CRISPRa in 2D culture, 2) to determine the efficacy of reprogramming and 3) to study whether CRISPRa-mediated pluripotent reprogramming pathway involves a mesendoderm-resembling intermediate state. The aim of the second subproject was to explore the possibility of CRISPRa-mediated endogenous gene activation and reprogramming to pluripotency also in 3D cell cultures. I performed the reprogramming in 2D and 3D cell cultures by using a dCas9 activator to induce different combinations of endogenous pluripotency reprogramming factors OCT4 (octamer-binding transcription factor 4), SOX2 (Sex determining region Y-box 2), NANOG, c-MYC, KLF4 (Krüppel-like factor 4) and LIN28. I analysed the results of the reprogramming at protein level, using alkaline phosphatase staining and immunocytochemistry, and at mRNA level, using qRT-PCR. The 2D reprogramming served as a proof-of-principle for reprogramming with CRISPRa. This study shows, that CRISPRa can be used to reprogram human neural stem cells to iPSC with different combinations of pluripotency reprogramming factors or by inducing a single master-regulator gene, OCT4. In addition, the reprogramming process was very efficient. I did not detect mesendodermal intermediate state in CRISPRa-mediated reprogramming to pluripotency, in contrast to published results from transgene- and small molecules-based reprogramming studies. Thus, this result suggests that the pathway leading to pluripotency differs between CRISPRa-mediated reprogramming and the two other reprogramming methods. CRISPRa can be used to initiate reprogramming also in 3D cell culture. However, in 3D cell culture the cells were not fully reprogrammed. Based on these findings, I postulate that CRISPRa serves as an alternative method for generating human iPSC. In addition, CRISPRa can be further developed into a platform for direct reprogramming of organoids for in vitro disease modelling in 3D.
  • Hinterding, Helena (Helsingin yliopisto, 2018)
    Early-onset cardiomyopathies (CMPs) are disorders that bring a heavy burden for families as they often lead to early death among children. CMP may be defined as a disease affecting the myocardium and its ability to pump blood efficiently. While CMPs can be both of acquired and hereditary origin, heterogeneous genetics often explain the early onset of such diseases with varying phenotypes. This study aimed to offer molecular diagnoses to three patients within the ‘KidCMP cohort’ (n=74, University Hospital Helsinki) and characterize their disease-causing genes in early-onset CMPs. Additionally; it aimed to develop patient-specific tools to study disease mechanisms in more detail. While candidate pathogenic variants were identified through whole-exome sequencing, the validation of these variants was approached through experimental work at RNA and protein level as well as molecular modeling. Using whole-exome sequencing data, we identified novel candidate disease genes in three patients from the ‘KidCMP’ cohort: TMOD1, NRAP and PGM5. While NRAP has been previously reported in a family with autosomal dominant transmission of adult dilated CMP and incomplete penetrance, TMOD1 and PGM5 have not been previously associated with disease. TMOD1 (Tropomodulin-1) presented a homozygous missense mutation in our patient, and the conservation in species and molecular modeling of the identified variant further supported its underlying role in teenage-onset dilated CMP. Cytoskeletal stability and sarcomeric force transmission are likely to be disrupted as a result of the mutation in this actin-binding protein. NRAP (Nebulin-related-anchoring protein) presented a homozygous nonsense mutation in the second patient and RNA analysis from cells and heart tissue revealed mRNA to escape nonsense-mediated decay. This gene occupies an important role in myofibril assembly and anchoring actin filaments to the cell membrane. Based on the induced premature stop codon we judged this variant to lead to a loss of function and to underlie severe early-onset dilated CMP in our patient. PGM5 (Phosphoglucomutase-like protein 5) presented a compound heterozygous missense mutation in the third patient and protein analysis revealed the affected protein to be present in reduced form. PGM5 interacts with actin filaments and occupies an important role in myofibril formation as well as cell-cell contact. Homology modeling showed the variants to cluster in the disease-associated region of the homologous PGM1 gene. Based on this, we judge this variant to underlie early-onset dilated CMP in our patient. Overall, these findings suggest a valuable role of whole-exome sequencing in disclosing the heterogeneous genetic background of this field of diseases. By identifying and characterizing novel disease genes as presented here, we offer important knowledge for targeted treatment options and further research.