Yliopiston etusivulle Suomeksi På svenska In English Helsingin yliopisto

X-ray and neutron scattering studies on some nanoscale structures in molecular biology

Show simple item record

dc.contributor Helsingin yliopisto, matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta, fysikaalisten tieteiden laitos fi
dc.contributor Helsingfors universitet, matematisk-naturvetenskapliga fakulteten, institutionen för fysikaliska vetenskaper sv
dc.contributor University of Helsinki, Faculty of Science, Department of Physical Sciences, Division of X-ray Physics en
dc.contributor.author Ikonen, Teemu fi
dc.date.accessioned 2010-11-25T14:08:56Z
dc.date.available 2010-11-25T14:08:56Z
dc.date.issued 2007-05-19 fi
dc.identifier.uri URN:ISBN:978-952-10-3246-2 fi
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10138/23164
dc.description.abstract Scattering of X-rays and neutrons has been applied to the study of nanostructures with interesting biological functions. The systems studied were the protein calmodulin and its complexes, bacterial virus bacteriophage phi6, and the photosynthetic antenna complex from green sulfur bacteria, chlorosome. Information gathered using various structure determination methods has been combined to the low resolution information obtained from solution scattering. Conformational changes in calmodulin-ligand complex were studied by combining the directional information obtained from residual dipole couplings in nuclear magnetic resonance to the size information obtained from small-angle X-ray scattering from solution. The locations of non-structural protein components in a model of bacteriophage phi6, based mainly on electron microscopy, were determined by neutron scattering, deuterium labeling and contrast variation. New data are presented on the structure of the photosynthetic antenna complex of green sulfur bacteria and filamentous anoxygenic phototrophs, also known as the chlorosome. The X-ray scattering and electron cryomicroscopy results from this system are interpreted in the context of a new structural model detailed in the third paper of this dissertation. The model is found to be consistent with the results obtained from various chlorosome containing bacteria. The effect of carotenoid synthesis on the chlorosome structure and self-assembly are studied by carotenoid extraction, biosynthesis inhibition and genetic manipulation of the enzymes involved in carotenoid biosynthesis. Carotenoid composition and content are found to have a marked effect on the structural parameters and morphology of chlorosomes. en
dc.description.abstract Työssä on käytetty röntgen- ja neutronisäteilyn sirontaa molekyylibiologian kannalta mielenkiintoisten, nanometrin kokoluokkaan kuuluvien rakenteiden tutkimiseen. Tutkitut systeemit ovat proteiineja, proteiinikomplekseja, viruksia ja vihreiden bakteerien fotosynteesin kannalta tärkeä antennikompleksi, klorosomi. Erilaisten rakennetutkimusmenetelmien antamaa informaatiota on yhdistetty sirontamenetelmillä saatavaan matalan resoluution rakennetietoon. Ensimmäisessä osajulkaisussa proteiinin konformaatiomuutosta tutkittiin yhdistämällä ydinmagneettisen resonanssin antama suuntatieto röntgensironnasta määritettyyn konformaatiomuutoksen suuruuteen. Toisessa osajulkaisussa määritettiin proteiiniosasten paikka elektronimikroskopian avulla luodussa virusmallissa neutronisironnan ja kontrastivariaation avulla. Kolmessa viimeisessä osajulkaisussa esitetään uusi malli vihreiden bakteerien fotosynteettisen kompleksin antenniosan rakenteelle ja sen todetaan olevan sopusoinnussa useista eri bakteerilajeista saatujen röntgensironta- ja elektronimikroskopiatulosten kanssa. Karotenoidien vaikutusta rakenteeseen tutkittiin soveltamalla edellä mainittuja menetelmiä bakteereihin, joiden karotenoidisynteesiin vaikuttavat entsyymit oli poistettu geneettisin menetelmin. fi
dc.language.iso en fi
dc.publisher Helsingin yliopisto fi
dc.publisher Helsingfors universitet sv
dc.publisher University of Helsinki en
dc.relation.isformatof URN:ISBN:978-952-10-3245-5 fi
dc.relation.isformatof Yliopistopaino: 2007, Report series in physics. 0356-0961 fi
dc.rights Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty. fi
dc.rights This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited. en
dc.rights Publikationen är skyddad av upphovsrätten. Den får läsas och skrivas ut för personligt bruk. Användning i kommersiellt syfte är förbjuden. sv
dc.subject biofysiikka fi
dc.title X-ray and neutron scattering studies on some nanoscale structures in molecular biology en
dc.type.ontasot Väitöskirja (artikkeli) fi
dc.type.ontasot Doctoral dissertation (article-based) en
dc.type.ontasot Doktorsavhandling (sammanläggning) sv
dc.ths Serimaa, Ritva fi
dc.opn Balaban, Teodor Silviu fi
dc.type.dcmitype Text fi

Files in this item

Files Description Size Format View/Open
xrayandn.pdf 505.7Kb PDF View/Open
This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search Helda


Advanced Search

Browse

My Account