Yliopiston etusivulle Suomeksi På svenska In English Helsingin yliopisto

Identification and Epidemiological Typing of Campylobacter strains isolated from Patients in Finland

Show simple item record

dc.contributor Helsingin yliopisto, maatalous-metsätieteellinen tiedekunta, elintarvike- ja ympäristötieteiden laitos fi
dc.contributor Helsingfors universitet, agrikultur-forstvetenskapliga fakulteten, institutionen för livsmedels- och miljövetenskaper sv
dc.contributor University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Food and Environmental Sciences en
dc.contributor National Institute for Health and Welfare, Bacteriology Unit en
dc.contributor.author Nakari, Ulla-Maija fi
dc.date.accessioned 2011-05-26T12:39:40Z
dc.date.available 2011-06-07 fi
dc.date.available 2011-05-26T12:39:40Z
dc.date.issued 2011-06-17 fi
dc.identifier.uri URN:ISBN:978-952-245-466-9 fi
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10138/26493
dc.description.abstract C. jejuni constitutes the majority of Campylobacter strains isolated from patients in Finland, and C. coli strains are also reported. To improve the species identification, a combination of phenotype- and genotype-based methods was applied. Standardising the cell suspension turbidity in the hippurate hydrolysis test enabled the reliable identification of hippurate-positive Campylobacter strains as C. jejuni. The detection of species-specific genes by PCR showed that about 30% of the hippurate-negative strains were C. jejuni. Three typing methods, serotyping, PCR-RFLP analysis of LOS biosynthesis genes and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) were evaluated as epidemiological typing tools for C. jejuni. The high number of non-typeable strains lowered the discriminatory ability of serotyping. PCR-RFLP typing offered high discrimination for both serotypeable and non-typeable strains, but the correlation between serotypes and RFLP-types was not high enough to enable its use for molecular serotyping of non-typeable strains. PFGE was a highly discriminative typing method. Although the use of two restriction enzymes generally increases the discriminatory ability, KpnI alone offered almost as high discrimination as the use of SmaI and KpnI. The characteristic seasonal distribution of Campylobacter infections with a peak in summer and low incidence in winter was mainly due to domestically acquired infections. Of the C. jejuni strains, 41% were of domestic origin compared to only 17% of the C. coli strains. Serotypes Pen 12, Pen 6,7 and Pen 27 were significantly associated with domestic C. jejuni infections, Pen 1,44, Pen 3 and Pen 37 with travel-related infections. Pen 2 and Pen 4-complex were common both in domestic and travel-related infections. Serotype Pen 2 was less common among patients 60 years or older than in younger patients, more prevalent in Western Finland than in other parts of the country and more prevalent than other serotypes in winter. The source of Pen 2 infections may be related to cattle, since Pen 2 is the most common serotype in isolates from Finnish cattle. PFGE subtypes among isolates from patients and chickens during the summer 2003 and from cattle during the whole year were compared. The analysis of indistinguishable SmaI/KpnI subtypes suggested that up to 31% of the human infections may have been mediated by chickens and 19% by cattle. Human strains isolated during two one-year sampling periods were studied by PFGE. Of the domestic strains, 69% belonged to SmaI subtypes found during both sampling periods. Four SmaI subtypes accounted for 45% of the domestic strains, further typing of these subtypes by KpnI revealed six temporally persistent SmaI/KpnI subtypes. They were only occasionally identified in travel-related strains, and therefore, can be considered to be national subtypes. Each subtype was associated with a serotype: Pen 2, Pen 12, Pen 27, Pen 4-complex, Pen 41, and Pen 57. Five of these subtypes were identified in cattle (S5/K27, S7/K1, S7/K2, S7/K5 and S64/K19), and two in chickens (S7/K1 and S64/K19) with a temporal association with human infections in 2003. Cattle are more likely potential sources of these persistent subtypes, since long-term excretion of Campylobacter strains by cattle has been reported. en
dc.description.abstract Kampylobakteeri on yleisin suolistoinfektioita aiheuttava bakteeri. Suomessa valtakunnalliseen tartuntatautirekisteriin ilmoitetaan vuosittain 3 000 4 000 tartuntaa. Yleisin potilaista eristetty laji on C. jejuni. Myös C. coli -löydöksiä ilmoitetaan jonkin verran. Lajien tunnistusta parannettiin käyttämällä kampylobakteerin ilmiasuun (fenotyyppi) ja perimään (genotyyppi) kohdistuvien tyypitysmenetelmien yhdistelmää. Hippuraattitestissä käytetyn solususpension solumäärän standardointi mahdollisti hippuraattipositiivisten kantojen luotettavan tunnistuksen C. jejuni -lajiksi. Kun lajispesifisiä geenejä tunnistettiin PCR:n avulla, todettiin noin 30%:n hippuraattinegatiivisista kannoista olevan C. jejuni -lajia. Negatiivisen testituloksen perusteella ne oli kliinisen mikrobiologian laboratorioissa nimetty C. coli -lajiksi. Työssä tutkittiin kolmen tyypitysmenetelmän, serotyypityksen, PCR-RFLP-analyysin ja pulssikenttäelektroforeesin (PFGE), soveltuvuutta C. jejuni kantojen epidemiologiseen seurantaan. Serotyypitysmenetelmän erottelukykyä alensi tyypittymättömien kantojen suuri osuus. PCR-RFLP-tyypitys oli hyvin erotteleva sekä serotyypittyville että -tyypittymättömille kannoille. Serotyyppien ja RFLPtyyppien vastaavuus ei kuitenkaan ollut riittävän suuri, jotta PCR-RFLPmenetelmää voisi käyttää serotyypittymättömien kantojen molekyylitasoiseen serotyypitykseen. PFGE oli hyvin erotteleva menetelmä. KpnI-entsyymillä saavutettu erottelukyky oli lähes yhtä hyvä kuin SmaI ja KpnI -entsyymien yhteensä. Kampylobakteeri-infektioille tyypillinen vuodenaikaisjakauma, jossa tartuntamäärät ovat kesällä korkeita ja talvella matalia, johtui pääasiassa kotimaisten tartuntojen määrän vaihtelusta. C. jejuni -kannoista 41 % oli kotimaista alkuperää, C. coli -kannoista vain 17%. Serotyypit Pen 12, Pen 6,7 ja Pen 27 liittyivät tilastollisesti merkitsevästi kotimaisiin tartuntoihin, Pen 1,44, Pen 3 ja Pen 37 puolestaan ulkomaanmatkalla saatuihin tartuntoihin. Pen 2 ja Pen 4 -kompleksi olivat yleisiä serotyyppejä sekä kotimaisissa että ulkomaanmatkaan liittyvissä tartunnoissa. Serotyyppi Pen 2 oli harvinaisempi 60-vuotiailla ja sitä vanhemmilla potilailla kuin nuoremmilla ja se oli yleisempi Länsi-Suomessa kuin muualla maassa. Lisäksi se oli muita serotyyppejä yleisempi talvella. Pen 2 -tartuntojen lähde voi liittyä nautakarjaan, koska Pen 2 on yleisin serotyyppi suomalaisissa naudoissa. Kesällä 2003 potilaista eristettyjen kantojen PFGE-genotyyppejä verrattiin samaan aikaan kanoista eristettyihin kantoihin ja koko vuonna naudoista eristettyihin kantoihin. Samanlaisten tyyppien esiintymisen perusteella 31 % väestön infektioista voisi liittyä kanoihin ja 19 % nautoihin. Kolmen vuoden aikana potilaista eristetyistä kannoista ensimmäisen ja kolmannen keräysvuoden kantoja tyypitettiin PFGE-menetelmällä. Kotimaisista tartunnoista eristetyistä kannoista 69 % kuului sellaisiin SmaI-PFGE-tyyppeihin, joita esiintyi molempina vuosina. Neljä SmaI-tyyppiä kattoi 45% kotimaisista kannoista. Nämä tyypitettiin myös KpnI-entsyymillä, jolloin löydettiin kuusi molempina keräysvuosina yleistä SmaI/KpnI-tyyppiä. Nämä genotyypit esiintyivät vain satunnaisesti ulkomaisissa kannoissa, joten ne olivat pysyviä kotimaisia genotyyppejä ja liittyivät serotyyppeihin Pen 2, Pen 12, Pen 27, Pen 4 -complex, Pen 41 ja Pen 57. Samoja PFGE-tyyppejä esiintyi myös kanoissa, kahdella genotyypillä (S7/K1 ja S64/K19) oli ajallinen yhteys väestön infektioihin vuonna 2003. Viisi tyypeistä (S5/K27, S7/K1, S7/K2, S7/K5 ja S64/K19) esiintyi naudoissa. Naudat voivat erittää samaa kampylobakteerikantaa pitkäaikaisesti, joten nautakarja on todennäköisempi lähde pysyvien tyyppien aiheuttamille infektioille. fi
dc.format.mimetype application/pdf fi
dc.language.iso en fi
dc.publisher Helsingin yliopisto fi
dc.publisher Helsingfors universitet sv
dc.publisher University of Helsinki en
dc.relation.isformatof URN:ISBN:978-952-245-465-2 fi
dc.relation.isformatof 1798-0054 fi
dc.relation.ispartof URN:ISSN:1798-0062 fi
dc.rights Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty. fi
dc.rights This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited. en
dc.rights Publikationen är skyddad av upphovsrätten. Den får läsas och skrivas ut för personligt bruk. Användning i kommersiellt syfte är förbjuden. sv
dc.subject mikrobiologia fi
dc.title Identification and Epidemiological Typing of Campylobacter strains isolated from Patients in Finland en
dc.title.alternative Potilaista eristettyjen kampylobakteerikantojen tunnistus ja epidemiologinen tyypitys fi
dc.type.ontasot Väitöskirja (artikkeli) fi
dc.type.ontasot Doctoral dissertation (article-based) en
dc.type.ontasot Doktorsavhandling (sammanläggning) sv
dc.ths Siitonen, Anja fi
dc.opn Jacobs-Reitsma, Wilma fi
dc.type.dcmitype Text fi

Files in this item

Files Description Size Format View/Open
identifi.pdf 1.005Mb PDF View/Open
This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search Helda


Advanced Search

Browse

My Account