Identification of virus infections in Finnish genetic resources collection of raspberry (Rubus idaeus)

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201808303053
Title: Identification of virus infections in Finnish genetic resources collection of raspberry (Rubus idaeus)
Author: Roininen, Aino Elina Sylvia
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Agricultural Sciences
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2018
Language: eng
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201808303053
http://hdl.handle.net/10138/275502
Thesis level: master's thesis
Discipline: Kasvintuotantotieteet
Plant Production Science
Växtproduktionsvetenskap
Abstract: Vadelma on altis virustartunnoille, mutta Suomessa esiintyvät vadelman virukset ovat vielä varsin tuntemattomia. Tämän pro gradu -tutkielman tarkoitus on selvittää, mitkä virukset ovat tartuttaneet pellolla ylläpidetyn vadelman geenivarakasvuston lajikkeita. Tutkielma vertaa myös uudempaa pikku-RNA sekvensointi diagnostiikkaa perinteiseen virusten tunnistamiseen polymeraasiketjureaktiolla (PCR) ja geelielektroforeesilla. PCR, kloonaus ja Sanger-sekvensointi menetelmillä selvitettiin tarkemmin tässä tutkimuksessa löydettyjen virusten perimän eroja. Pikku-RNA määrityksessä löytyivät selkeästi Mustavatun kuoliovirus (BRNV), Vadelman kääpiökasvuvirus (RBDV) ja Vadelman keltaverkkovirus (RYNV), mutta VirusDetect-ohjelmalla ei havaittu Vadelman suonikloroosivirusta (RVCV), joka kuitenkin löydettiin Velvet-ohjelmalla, PCR:ää ja Sanger-sekvensoinnissa. Sekvensointi ja fylogeneettinen analyysi paljastivat, että näytteistä löydetty RYNV rotu oli samanlainen kuin kanadalainen isolaatti (KF241951.1). Näytteistä löytyi monia uusia Badnavirusten kaltaisia sekvenssejä, mutta virusten mahdollista integroitumista vadelman genomiin ei poissuljettu. Sekvenssien perusteella löydetyt BRNV isolaatit olivat läheistä sukua aiemmin Suomesta löydetyille virusroduille. Eristetyt RVCV isolaatit muodostivat kolme ryhmää, joista näytteen 21 RVCV sekvenssi muistutti eniten Skotlantilaista isolaattia (FN812699.2). Monen vadelma lajikkeen tapauksessa yksittäisestä näytteestä löydettiin useita eri viruksia, mikä voi kertoa erilaisista virusten välisistä vuorovaikutussuhteista. Tärkeimpänä tuloksena tutkielma osoittaa, että Vadelman keltaverkkovirusta ja Vadelman suonikloroosivirusta löytyy myös Suomesta. Määritetyt vadelman virukset ovat myös geneettisesti monimuotoisia ja usean viruksen yhteisinfektiot ovat tavallisia.Raspberry is prone to virus infections but diversity and occurrence of different raspberry viruses in Finland is still largely unknown. The purpose of this thesis work was to reveal which viruses are troubling raspberry varieties that are part of Finnish raspberry genetic resources and have been maintained in vivo on the field. The study also examines and compares siRNA diagnostics to traditional PCR method in detection of raspberry viruses. PCR, cloning, and traditional Sanger sequencing are used to get more detailed information of the virus strains, and scratch the surface of phylogenetic diversity of raspberry viruses that were detected in this study. siRNA detection of was accurate and effective with Black raspberry necrosis virus (BRNV), Raspberry bushy dwarf virus (RBDV) and Rubus yellow net virus (RYNV), but VirusDetect program couldn’t find Raspberry vein chlorosis virus (RVCV) that was positive in Velvet analysis and molecular diagnostics. Sequencing and phylogenetic analysis revealed RYNV strain that was like Canadian isolate (KF241951.1). Many new Badnavirus-like sequences were detected, but possible integration of Badnaviruses into raspberry genome was not excluded in this study. BRNV isolates were closely related to previously detected Finnish BRNV isolates. RVCV isolates grouped to three clades where RVCV from sample 21 was the most similar to formerly sequenced Scottish isolate (FN812699.2). Multiple viral infections were detected in one sample amongst these raspberry varieties, which may indicate different kinds of virus-virus interactions. The most important finding of this study was that RYNV and RVCV are present in Finland. Secondly all the detected raspberry viruses are genetically diverse and multiple infections of detected virus species are common.
Subject: raspberry
virus
raspberry vein chlorosis virus
rubus yellow net virus
black raspberry necrosis virus
raspberry bushy dwarf virus
siRNA diagnostics
VirusDetect


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record