Tehollisen populaatiokoon genominen vaihtelu suomalaisessa maatiais- ja yorkshire-sikapopulaatiossa

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201812123689
Title: Tehollisen populaatiokoon genominen vaihtelu suomalaisessa maatiais- ja yorkshire-sikapopulaatiossa
Author: Partanen, Reeta-Maria
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Agricultural Sciences
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2018
Language: fin
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201812123689
http://hdl.handle.net/10138/275574
Thesis level: master's thesis
Discipline: Kotieläintiede
Animal Science
Husdjursvetenskap
Abstract: Tehollinen populaatiokoko on yksi populaatiogenetiikan tärkeimmistä käsitteistä. Riittävän suuri tehollinen populaatiokoko on tärkeä populaatioiden perinnöllisen monimuotoisuuden säilyttämisessä. Tutkimuksen tavoitteena oli arvioida suomalaisten maatiais- ja yorkshire-sikapopulaatioiden teholliset populaatiokoot ja selvittää, onko tehollisessa populaatiokoossa vaihtelua kromosomien ja kromosomialueiden välillä. Teholliset populaatiokoot arvioitiin sukupolvissa tapahtuneiden alleelifrekvenssien muutosten kautta. Arviointiin käytettiin vuosina 1996-2013 syntyneiden 1020 maatiais- ja 1824 yorkshirekarjun SNP-genotyyppejä. Keskimääräinen tehollinen populaatiokoko oli maatiaisella kromosomikohtaisesti arvioituna noin 40 yksilöä ja kromosomialuekohtaisesti arvioituna noin 47 yksilöä. Yorkshirellä vastaavat arviot olivat noin 37 ja 46 yksilöä. Tutkimuksessa havaittiin, että sekä maatiais- että yorkshire-populaatiossa esiintyy tehollisen populaatiokoon kromosomi- ja kromosomialuekohtaista vaihtelua. Maatiaisella suurimmat kromosomikohtaiset arviot tehollisen populaatiokoon suuruudesta olivat neljä kertaa suurempia kuin pienimmät arviot. Suurimmat kromosomialuekohtaiset arviot olivat jopa 21 kertaa suuremmat kuin pienimmät arviot. Yorkshirellä taas tehollisen populaatiokoon suurimmat kromosomikohtaiset arviot olivat kolme kertaa suuremmat ja kromosomialuekohtaiset arviot jopa 35 kertaa suuremmat kuin pienimmät arviot. Keskimääräisen tehollisen populaatiokoon arviot olivat tässä tutkimuksessa kummassakin rodussa selvästi pienempiä kuin aiemmissa tutkimuksissa raportoidut joko sukupuuaineistoon tai SNP:iden väliseen kytkentäepätasapainoon perustuneet tehollisen populaatiokoon arviot. Kromosomi- tai kromosomialuekohtaista tehollista populaatiokokoa voidaan hyödyntää populaation monimuotoisuuden turvaamisessa sekä jalostusohjelmien optimoinnissa.Effective population size is one of the most important concepts in population genetics. Large enough effective population size is important in maintaining genetic variation in populations. The aim of the study was to estimate effective population size in Landrace and Yorkshire populations and to find out if there is variation in the effective population size between chromosomes and chromosome segments. Effective population sizes were estimated using changes in allele frequencies across generations. Estimation was done from a SNP-genotype data consisting of 1020 Landrace and 1824 Yorkshire boars born in 1996-2013. Average effective population size in Landrace was approximately 40 individuals when estimated at chromosome level and approximately 47 individuals when estimated from chromosome segments. In Yorkshire, the respective estimates were around 37 and 46 individuals. It was noticed that there is variation in the estimated effective population size in both Landrace and Yorkshire populations. In Landrace, the largest chromosome-wise estimates of the effective population size were four times larger than the smallest estimates. The largest chromosome segment based estimates were 21 times larger than the smallest estimates. In Yorkshire, the largest estimates of chromosome-wise effective population size were three times larger and the largest estimates of chromosome segment based effective population size as much as 35 times larger than the smallest ones. The estimates of average effective population size in this study were clearly smaller in both breeds than the estimates of effective population sizes in previous studies that were based on pedigrees or linkage disequilibrium between SNPs. Chromosome-wise or chromosome segment based estimates of effective population size can be utilized in maintaining genetic variation in populations and in optimizing breeding programs.
Subject: tehollinen populaatiokoko
SNP-markkeri
sika
maatiainen
yorkshire


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record