GenRank : A R/Bioconductor package for prioritization of candidate genes

Näytä kaikki kuvailutiedot



Pysyväisosoite

http://hdl.handle.net/10138/299328

Lähdeviite

Kanduri , C & Järvelä , I 2017 , ' GenRank : A R/Bioconductor package for prioritization of candidate genes ' , F1000Research , vol. 6 , 463 . https://doi.org/10.12688/f1000research.11223.1

Julkaisun nimi: GenRank : A R/Bioconductor package for prioritization of candidate genes
Tekijä: Kanduri, C.; Järvelä, I.
Tekijän organisaatio: Irma Järvelä / Principal Investigator
Department of Medical and Clinical Genetics
Medicum
University of Helsinki
Päiväys: 2017
Kieli: eng
Sivumäärä: 9
Kuuluu julkaisusarjaan: F1000Research
ISSN: 2046-1402
DOI-tunniste: https://doi.org/10.12688/f1000research.11223.1
URI: http://hdl.handle.net/10138/299328
Tiivistelmä: Modern high-throughput studies often yield long lists of genes, a fraction of which are of high relevance to the phenotype of interest. To prioritize the candidate genes of complex genetic traits, our R/Bioconductor package GenRank ranks genes based on convergent evidence obtained from multiple layers of independent evidence. We implemented three methods to rank genes that integrate gene-level data generated from multiple layers of evidence: (a) the convergent evidence (CE) method aggregates evidence based on a weighted vote counting method; (b) the rank product (RP) method performs a meta-analysis of microarray-based gene expression data, and (c) the traditional method combines p-values. The methods are implemented in R and are available as a package in the Bioconductor repository. (http://bioconductor.org/packages/GenRank/). © 2017 Kanduri C and Järvelä I.
Avainsanat: Article
convergent evidence evidence
data analysis software
gene expression
genetic trait
genetic variation
methodology
rank product method
statistical significance
3111 Biomedicine
1184 Genetics, developmental biology, physiology
Vertaisarvioitu: Kyllä
Pääsyrajoitteet: openAccess
Rinnakkaistallennettu versio: publishedVersion


Tiedostot

Latausmäärä yhteensä: Ladataan...

Tiedosto(t) Koko Formaatti Näytä
face0948_be8e_4 ... 3_chakravarthi_kanduri.pdf 828.8KB PDF Avaa tiedosto

Viite kuuluu kokoelmiin:

Näytä kaikki kuvailutiedot