Haittaeläimet maatilaympäristössä ja haittaeläimissä esiintyvät lämpökestoiset Campylobacter jejuni -bakteerit

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201906122637
Title: Haittaeläimet maatilaympäristössä ja haittaeläimissä esiintyvät lämpökestoiset Campylobacter jejuni -bakteerit
Author: Tikkanen, Jouni
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Food and Environmental Sciences
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2019
Language: fin
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201906122637
http://hdl.handle.net/10138/303020
Thesis level: master's thesis
Discipline: Biotekniikka (EYT)
Biotechnology (EYT)
Bioteknik (EYT)
Abstract: Tämä maisterintutkielma toteutettiin osana Eviran (nykyinen Ruokavirasto) ja Luonnonvarakeskuksen yhteistä HAITTAELÄIN-hanketta, jossa tutkittiin sika- ja nautatiloilta pyydetyissä jyrsijöissä ja päästäisissä esiintyviä zoonoottisia bakteeripatogeenejä. Tutkielman tulokset käsittelevät syksyn 2017 pyyntiä ja siinä eristettyjä lämpökestoisia kampylobakteereja. Lämpökestoiset kampylobakteerit (Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli) aiheuttavat ihmisille kampylobakterioosiksi kutsutun suolistoinfektion. Kampylobakteerit ovat yksi maailman yleisimmistä suolistoinfektion aiheuttajista. Tutkielman kirjallisuuskatsauksessa tarkasteltiin lämpökestoisten kampylobakteerien ominaispiirteitä sekä kampylobakteerien epidemiologiaa, jossa keskityttiin kampylobakterioosin kansanterveydelliseen merkitykseen ja riskitekijöihin sekä kampylobakteerien lähteisiin. Lisäksi kirjallisuuskatsauksessa tehtiin yhteenveto kampylobakteereiden esiintymisestä jyrsijöissä ja päästäisissä. Tutkielman kokeellisessa osuudessa tutkittiin kampylobakteereiden esiintyminen 227 yhteisnäytteessä. Yhteisnäytteet käsittivät yhteensä 442 suolipakettia 12:sta eri eläinlajista. Kolme eniten pyydettyä lajia olivat metsähiiri, kotihiiri ja metsämyyrä, mitkä kattoivat 81,3 % kaikista pyydetyistä eläimistä. Mann-Whitneyn U -testissä haittaeläinten pyyntimäärien jakaumat eivät eronneet toisistaan tilojen välillä tilatyypin (sika- tai nautatila) tai sijainnin (etelä tai pohjoinen) perusteella. Sen sijaan metsähiirien pyyntimäärät etelän tiloilla olivat suuremmat kuin pohjoisen tiloilla. Kampylobakteereita todettiin erityisesti metsähiiristä ja metsämyyristä. Myös vaivaishiiret ja rotat sekä yksittäiset pelto- ja idänkenttämyyrät todettiin kampylobakteeripositiiviseksi. Kaiken kaikkiaan 93 yhteisnäytteestä osoitettiin C. jejuni -bakteeri. Mann-Whitneyn U -testin perusteella maatilojen sijainnilla tai tilatyypillä ei ollut yhteyttä kampylobakteeripositiivisten näytteiden lukumäärien jakaumiin. Positiivisista yhteisnäytteistä eristetyistä kampylobakteeri-isolaateista valittiin 46 kokogenomisekvensointiin. Sekvensoitujen isolaattien lukusekvenssit koottiin ja koontisekvenssit analysoitiin MLST- ja cgMLST-tyypityksillä Ridom SeqSphere+ -ohjelmistolla. MLST-tyypityksessä 41:ltä isolaatilta löytyi 14 uutta sekvenssityyppiä. Viisi isolaattia kuuluivat aiemmin tavattuihin sekvenssityyppeihin: ST-1304, ST-2219 ja ST-4791. MLST-tyypityksen tulosten perusteella myyristä eristetyt isolaatit erosivat hiiristä ja rotista eristetyistä. cgMLST-tyypityksen tulokset tukivat päätelmää. Tutkimuksessa käytetyssä cgMLST-tyypitysskeemassa myyrä-isolaateista löytymättä jääneiden lokusten lukumäärissä oli selkeät erot hiiristä ja rotista eristettyihin nähden. Kaikki myyrä-isolaatit lukuun ottamatta sekvenssityypiltään ST-1304 olleita myyrä-isolaatteja, jäivät alle 90 % hyväksymisrajan. Lisäksi samaiset isolaatit tunnistuivat huonosti MALDI TOF -menetelmällä. Yksi selitys isolaattien eroihin on, että myyristä eristetyt kampylobakteeri-isolaatit kuuluvat uuteen C. jejuni -alalajiinsa.The Master's thesis was completed as part of the joint project (Haittaeläin) by the Finnish Food Authority (Ruokavirasto) and Natural Resources Institute Finland (Luke). In the project, rodents and shrews caught on farm premises were investigated for zoonotic bacterial pathogens. This thesis covers the thermophilic cam-pylobacter findings in the caught pests in autumn 2017.Rodents and shrews caught on farm premises were investigated for zoonotic bacterial pathogens. This thesis deals with the result of thermophilic campylobac-ters isolated from the pests in the autumn 2017. Thermophilic campylobacters (Campylobacter jejuni ja Cam-pylobacter coli) cause gastroenteritis called campylobacteriosis in humans, which is one of the most common cause for human gastroenteritis in the world. The literature review discusses the characteristics of thermo-philic campylobacters and their epidemiology, which focused on aspects of a public health and risk factors for campylobacteriosis and the major sources of campylobacters. Moreover, a current knowledge of campylo-bacters’ occurrence in rodents and shrews were summarized in the literature review. The presence of thermophilic campylobacters was investigated from 227 pooled samples, which comprised of a total of 442 intestinal samples collected from 12 different species. Three species (yellow-necked mouse, house mouse and bank vole) covered 81,3 % of all caught pests. The numbers of caught pests were not signif-icantly different between the farms when compared to a geographical position (south or north) or a type of farm (pig or cattle). The numbers of captured yellow-necked mice were significantly higher in farms in the south. Especially, yellow-necked mice and bank voles were detected to be campylobacter positive. Other campylobacter positive species were harvest mice, rats, field voles and southern voles. A total of 93 samples were detected as campylobacter positive and all of them were identified as C. jejuni. There was not signifi-cant difference on the numbers of campylobacter positive samples between the farms when compared the geographical position or the type of farm. 46 isolates of all 96 campylobacter positive samples were selected for a whole genome sequencing. After the raw read data was assembled, the contigs were analysed with MLST and cgMLST typing schemes by Ridom SeqSphere+. 41 isolates contained 14 new sequence types (STs). Instead, 5 isolates contained previously described STs: ST-1304, ST-2219 and ST-4791. According to MLST typing isolates obtained from voles differed from isolates from mice and rats. Moreover, cgMLST typing supported the conclusion. In the cgMLST typing scheme vole’s isolates were found to have more missing loci than isolates from mice or rats. Therefore, all isolates from voles, apart from two bank vole isolates belonging to ST-1304, contained less than 90 % loci compared to a reference genome. Furthermore, these same isolates were poorly identified in MALDI TOF analysis unlike other isolates. One interpretation to the difference between isolates could be that isolates from voles belong to a new C. jejuni subspecies.
Subject: lämpökestoinen kampylobakteeri
Campylobacter jejuni
zoonoosi
haittaeläin
jyrsijä
päästäinen
maatila
kokogenomisekvensointi
MLST


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record