Ayrshiren ja suomenkarjan perinnöllisen vaihtelun tila sukupuutiedoista arvioituna

Show full item record

Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201906122712
Title: Ayrshiren ja suomenkarjan perinnöllisen vaihtelun tila sukupuutiedoista arvioituna
Author: Siipola, Anne
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Agricultural Sciences
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2019
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201906122712
http://hdl.handle.net/10138/303026
Thesis level: master's thesis
Abstract: Perinnöllisen monimuotoisuuden säilyttämistä perustellaan populaation sopeutumiskyvyllä ympäristön ja tuotantovaatimusten muutoksiin sekä sukusiitoksen haittavaikutuksien ehkäisemisellä. Tämän tutkielman tavoitteena oli tutkia suomalaisen ayrshiren, länsisuomenkarjan, itäsuomenkarjan ja pohjoissuomenkarjan perinnöllistä monimuotoisuutta sukupuutietojen avulla. Sukupuutiedot saatiin Faba Osk:lta. Populaatioiden keskimääräistä sukusiitosasteen kehitystä ja sukulaistumista tarkasteltiin eläinten syntymävuodesta 1970 alkaen vuoteen 2017. Kaikille roduille laskettiin teholliset populaatiokoot syntymävuosittain ja tunnistettiin nykypopulaatioon suurimman geneettisen kontribuution antaneita kantaeläimiä. Laskelmat tehtiin RelaX2- ja R-ohjelmilla. Sukusiitosasteen nousu on viime vuosina pysähtynyt tai kääntynyt laskuun muilla kuin LSK:lla, jonka keskimääräinen sukusiitosaste on noussut viimeisten 20 vuoden aikana 2,2 prosenttiyksikköä. Myöskään jalostuseläinten sukulaisuusaste ei ole viime vuosina noussut muilla kuin LSK:lla. Lasketut teholliset populaatiokoot olivat vuosina 2015–2017 syntyneille 163 (AY), 78 (PSK) 74 (LSK) ja 57 (ISK). Merkittävimmät kantaeläimet geneettiseltä kontribuutioltaan olivat vuosina 2015–2017 syntyneiden ikäluokkaan roduittain A Lier (AY), Opari (LSK), Asa (ISK) ja Fager (PSK). Tässä ikäluokassa kymmenen merkittävimmän kantaeläimen kontribuutiot vaihtelivat välillä 3,8 – 14,4 %. Vaikka suomenkarjan eri rotujen teholliset populaatiokoot ylittävät minimisuosituksena pidetyn 50 ja sukulaistuminen on vähentynyt viime vuosina, suomenkarjan monimuotoisuuden ylläpitoon tulee jatkossakin kiinnittää erityistä huomiota. Ayrshiren monimuotoisuus on toistaiseksi kestävällä tasolla. AY-rodun teholliseen populaatiokokoon on vaikuttanut pohjoismainen jalostusyhteistyö Ruotsin ja Tanskan punaisen rodun kanssa. Tulevaisuudessa genomitieto tulee todennäköisesti tarjoamaan yhä tehokkaampia keinoja populaatioiden monimuotoisuuden analysointiin ja hallintaan.Conservation of the genetic diversity enables population adaption to climate and production system changes and prevents harmful consequences of inbreeding. The aim of this study was to investigate the state of genetic diversity in Finnish Ayrshire and Finncattle breeds (Western, Eastern and Northern Finncattle) based on pedigree information. The data were received from FABA co-op. Average inbreeding coefficient and relationships were estimated for animals born between 1970 and 2017. Effective population sizes were estimated separately for each birth-year group. In addition, genetic contribution of the most important ancestors of the population were investigated. The Software packages RelaX2 and R-program were used to estimate the population parameters. Average inbreeding coefficient had either stayed at the same level or decreased for all breeds except Western Finncattle. Average inbreeding coefficient of Western Finncattle has increased 2.2 %-units during the last 20 years. In addition, average relationships between breeding animals has remained stable in other breeds except Western Finncattle. Estimated effective population sizes were 163 (AY), 78 (PSK) 74 (LSK) and 57 (ISK) for animals born between 2015 and 2017. The most important ancestors to animals born between 2015 and 2017 of each breed were A Lier (AY), Opari (LSK), Asa (ISK) and Fager (PSK). Effective population sizes of different Finncattle breeds were larger than the minimum recommendation of 50 and average relationship coefficients between breeding animals have stabilized during the past few years. Despite this, the diversity of all Finncattle breeds needs to be strictly monitored. The genetic diversity of Finnish Ayrshire is at the sustainable level that is partly due to cooperation of the Nordic breeding organizations. In the future, genomic information will hopefully provide more effective tools to estimate and manage population genetic diversity.
Subject: perinnöllinen monimuotoisuus
ayrshire
suomenkarja
sukusiitos
sukulaisuus
tehollinen populaatiokoko
sukupuuanalyysi
geneettinen kontribuutio
Discipline: Kotieläintiede
Animal Science
Husdjursvetenskap


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
Siipola_Anne_Pro_gradu_2019.pdf 1.350Mb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record