Kolistiiniresistenssin esiintyminen ja tunnistaminen tuontikoirien ESBL-positiivisissa Escherichia coli -bakteereissa

Näytä kaikki kuvailutiedot



Pysyväisosoite

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201906243071
Julkaisun nimi: Kolistiiniresistenssin esiintyminen ja tunnistaminen tuontikoirien ESBL-positiivisissa Escherichia coli -bakteereissa
Tekijä: Karonen, Taru
Muu tekijä: Helsingin yliopisto, Eläinlääketieteellinen tiedekunta
University of Helsinki, Faculty of Veterinary Medicine
Helsingfors universitet, Veterinärmedicinska fakulteten
Julkaisija: Helsingin yliopisto
Päiväys: 2019
Kieli: fin
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201906243071
http://hdl.handle.net/10138/303420
Opinnäytteen taso: pro gradu -tutkielmat
Koulutusohjelma: Eläinlääketieteen lisensiaatin koulutusohjelma
Degree programme in veterinary medicine
Utbildningsprogrammet i veterinärmedicin
Tiivistelmä: Kolistiini on polymyksiineihin kuuluva antibiootti, joka kuuluu kriittisen tärkeisiin reserviantibiootteihin. Sen käyttö tulisi rajata erityisesti ihmisille ainoastaan todennettuun tarkoitukseen, esimerkiksi muille antibiooteille vastaamattomien, moniresistenttien bakteeri-infektioiden hoitoon. Syksyllä 2017 Evira löysi ensimmäisen kerran Suomeen Venäjältä tuoduista löytökoirista kolistiinille resistenttejä, ESBL-positiivisia Escherihia coli -bakteereja. Näistä bakteereista kolistiiniresistenssi todettiin referenssimenetelmällä eli liemilaimennosmenetelmällä ja kolistiinireisstenssiyden tuova mcr-1-geeni PCR-menetelmällä. Helsingin yliopiston eläinlääketieteellisen tiedekunnan kliinisen mikrobiologian laboratoriossa on seulottu alati kasvavasta potilasnäytemäärästä kolistiiniresistenssiä polymyksiini B -kiekkoherkyysmenetelmällä, koska sen on oletettu tuovan esille kolistiinille resistentit kannat polymyksiineille ominaisen ristiresistenssin vuoksi. Menetelmässä on myös jouduttu turvautumaan Pseudomonas aeruginosa -bakteerin herkkyysraja-arvoihin, koska enterobakteereille ei ole määritelty erikseen herkkyysraja-arvoja. Ei kuitenkaan tiedetä, kuinka luotettavasti ja herkästi tämä herkkyysmenetelmä soveltuu kolistiiniherkkyyden seulontaan. Työ koostuu kirjallisuuskatsauksesta ja kokeellisesta osasta. Kokeellisen osan tarkoituksena oli vertailla kolmea eri herkkyysmenetelmää kolistiiniresistenssin testaamiseksi ja pohtia P. aeruginosan raja-arvojen soveltumista enterobakteereille. Samalla tutkittiin, oliko potilasaineistossa mahdollisesti jäänyt havaitsematta aiemmassa polymyksiini B -kiekkotestissä kolistiinille resistenttejä, mcr-1- positiivisia kantoja. Työn hypoteesina oli, ettei polymyksiini B -kiekkotesti ole tarpeeksi herkkä ja spesifinen menetelmä kolistiiniherkkyyden testaamiseen. Tutkittavina potilaskantoina oli 31 kpl ESBL-positiivisiksi osoittautunutta E. coli -kantaa. Tutkittavat kannat oli eristetty Suomeen Venäjältä (26 kpl), Romaniasta (4 kpl) tai Latviasta (1 kpl) tuoduista, eri-ikäisistä koirista vuosina 2017-2018. Negatiivisina kontrollikantoina käytettiin kolistiinille herkkää E. coli ATCC 25922 -kantaa sekä P. aeruginosa ATCC 27852 -kantaa. Positiivisina kontrolleina (mcr-1 geeni) käytettiin E. coli NCTC 13846 -kantaa sekä kolmea Evirasta saatua mcr-1 –positiivista kantaa. Testattavina menetelminä olivat kiekkoherkkyysmenetelmä (polymyksiini B- ja kolistiinikiekot 10 ,25 ja 50 μg), E-testi (kolistiini), sekä referenssimenetelmänä liemilaimennosmenetelmä (kolistiini). Herkkyysmenetelmissä kolistiinille resistenteiksi osoittautuneet potilaskannat tutkittiin Evirassa mcr-1-geenin osalta PCR-menetelmällä. Työssä osoittautui, ettei polymyksiini B -kiekkotesti sovellu kolistiiniherkkyyden seulontaan eivätkä P. aeruginosan raja-arvot sovellu enterobakteereille. Kaikki kannat, mukaan lukien resistentit kannat, olivat tämän testin perustella herkkiä kolistiinille. Kolistiinikiekkoherkkyystesti (10 μg kiekko), E-testi ja liemilaimennosmenetelmä erottivat herkät ja resistentit kannat toisistaan. PCR-tutkimuksessa 2/31 potilaskantaa kantoivat mcr-1-geeniä, eli geenin esiintyvyys oli 6,5 %. Tämän työn perusteella polymyksiini B-kiekkotesti tulisi korvata toisella herkkyysmenetelmällä, esimerkiksi 10 μg kolistiinikiekkotestillä tai E-testillä. Liemilaimennosmenetelmän vaativuuden ja kalleuden vuoksi se soveltuisi tulosten varmentamiseen PCR-menetelmän ohella. Lisätutkimuksia kuitenkin vaaditaan mm. herkkyysraja-arvojen määrittämiseen ja menetelmien optimoimiseen. Koska työssä löydettiin jo toisen kerran kolistiinille reisistenttejä bakteereja tuontikoirista, vahvistaa työ tarvetta seuloa erityisesti tuontikoiria kolistiiniresistenssin suhteen.
Avainsanat: Escherichia coli
ESBL
mcr-1
kolistiini
resistenssi
tuontikoira
antibiootti
herkkyys
testi


Tiedostot

Latausmäärä yhteensä: Ladataan...

Tiedosto(t) Koko Formaatti Näytä
Lisensiaatintutkielma Taru Karonen.pdf 1.697MB PDF Avaa tiedosto

Viite kuuluu kokoelmiin:

Näytä kaikki kuvailutiedot