TRITEX: chromosome-scale sequence assembly of Triticeae genomes with open-source tools

Näytä kaikki kuvailutiedot



Pysyväisosoite

http://hdl.handle.net/10138/308716

Lähdeviite

Genome Biology. 2019 Dec 18;20(1):284

Julkaisun nimi: TRITEX: chromosome-scale sequence assembly of Triticeae genomes with open-source tools
Tekijä: Monat, Cécile; Padmarasu, Sudharsan; Lux, Thomas; Wicker, Thomas; Gundlach, Heidrun; Himmelbach, Axel; Ens, Jennifer; Li, Chengdao; Muehlbauer, Gary J; Schulman, Alan H.; Waugh, Robbie; Braumann, Ilka; Pozniak, Curtis; Scholz, Uwe; Mayer, Klaus F X; Spannagl, Manuel; Stein, Nils; Mascher, Martin
Julkaisija: BioMed Central
Päiväys: 2019-12-18
Kieli: en
URI: http://hdl.handle.net/10138/308716
Tiivistelmä: Abstract Chromosome-scale genome sequence assemblies underpin pan-genomic studies. Recent genome assembly efforts in the large-genome Triticeae crops wheat and barley have relied on the commercial closed-source assembly algorithm DeNovoMagic. We present TRITEX, an open-source computational workflow that combines paired-end, mate-pair, 10X Genomics linked-read with chromosome conformation capture sequencing data to construct sequence scaffolds with megabase-scale contiguity ordered into chromosomal pseudomolecules. We evaluate the performance of TRITEX on publicly available sequence data of tetraploid wild emmer and hexaploid bread wheat, and construct an improved annotated reference genome sequence assembly of the barley cultivar Morex as a community resource.


Tiedostot

Latausmäärä yhteensä: Ladataan...

Tiedosto(t) Koko Formaatti Näytä
13059_2019_Article_1899.pdf 2.961MB PDF Avaa tiedosto

Viite kuuluu kokoelmiin:

Näytä kaikki kuvailutiedot