Luminesenssia tuottavan geenikasetin käyttö toksisten geenien seulonnassa

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202006173136
Title: Luminesenssia tuottavan geenikasetin käyttö toksisten geenien seulonnassa
Author: Trivedi, Milla-Maaria
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Food and Nutrition
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2020
Language: fin
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202006173136
http://hdl.handle.net/10138/316348
Thesis level: master's thesis
Discipline: Mikrobiologia
Microbiology
Mikrobiologi
Abstract: Tämä maisterintutkielma on osa tutkimusohjelmaa, jossa on tarkoitus tunnistaa uusia antibioottien vaikutuskohteita bakteereissa. Tavoitteena oli pystyttää Haartman-instituutissa molekyylibiologinen menetelmä, jolla voitaisiin selvittää faagigeenien tuottamien proteiinien toksisuutta. Menetelmän kehityksessä korostui tarve pystyä analysoimaan tehokkaasti mahdollisimman monta tuntematonta faagigeeniä ja niiden toimintaa. Työssä kehitetty menetelmä perustui bioluminesenssin käyttöön toksisuuden havaitsemiseksi. Ensimmäisessä vaiheessa valmistettiin plasmidi, joka sisälsi luxAB-geenit. Työn toisessa vaiheessa muodostettiin itsemurhavektori, joka sisälsi luxCDE-geenit. Itsemurhavektorin sisältämät luxCDE-geenit integroitiin bakteerin genomiseen deoksiribonukleiinihappoon (gDNA), jonka jälkeen luxAB-geenit sisältävä plasmidi voitiin elektroporoida kyseiseen bakteeriin. Yhdessä nämä muodostivat geeniyhdistelmän luxCDABE, joka pystyi tuottamaan valoa bioluminesenssin avulla. Jos luxAB-plasmidiin kloonattavan geenin tuote on toksinen, eivät plasmidin saaneet transformantit elektroporaation jälkeen säily hengissä, minkä seurauksena transformantit eivät tuota valoa, kun taas, jos geenin tuote ei ole toksinen, tapahtuu valon tuottoa. Toisin sanoen, luminesenssin puuttuessa menetelmä toimisi halutulla tavalla eli indikoisi geenien tuottamien proteiinien toksisuutta. Menetelmän toimivuutta testattiin käyttämällä tunnettuja bakteerikantoja, jotka sisälsivät luxCDE-geenikasetin. Tarkoituksena oli varmistaa luxAB-geenien toimivuus komplementoida minkä tahansa bakteerin luxCDE-geenit. Tarkoitus oli saada aikaan menetelmä, jolla voidaan nopeasti ja tehokkaasti selvittää tuntemattomien faagigeenien toimintaa. Bioluminesenssin tuottama valo erottuu selkeästi ja menetelmä on helposti toistettavissa. Työssä kehitettyä luxAB-geenit sisältävää plasmidia voidaan jatkotutkimuksissa testata ensin tunnetuilla kontrolligeeneillä ja lopuksi käyttää toksisia proteiineja tuottavien faagigeenien tunnistamisessa.
Subject: Reportterivektori
itsemurhavektori
bioluminesenssi
faagi
bakteriofagi
luxCDABE


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
Trivedi_Milla_Tiivistelma_2020.pdf 66.98Kb PDF View/Open
Trivedi_Milla_Pro_gradu_2020.pdf 10.74Mb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record