Effective population size and its temporal changes in the Teno River Atlantic salmon (Salmo salar) stock

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202012094858
Title: Effective population size and its temporal changes in the Teno River Atlantic salmon (Salmo salar) stock
Author: Partanen, Reeta-Maria
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Biological and Environmental Sciences, Faculty of Biological and Environmental Sciences
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2020
Language: eng
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202012094858
http://hdl.handle.net/10138/322551
Thesis level: master's thesis
Discipline: perinnöllisyystiede
Genetics
genetik
Abstract: Pohjois-Norjassa ja Pohjois-Suomessa sijaitsevassa Tenojoessa lisääntyy luonnollisesti Atlantin lohikanta. Tenojoen lohella on voimakas populaatiorakenne, jossa on tunnistettu 28 alapopulaatiota. Alapopulaatioiden tehollisten populaatiokokojen arvioiminen on tärkeää populaatioiden suojelussa. Tehollinen populaatiokoko kertoo populaation geneettisestä vaihtelusta ja se on yksi suojelugenetiikan tärkeimmistä käsitteistä. Tässä tutkimuksessa arvioitiin 28 alapopulaation tehollinen populaatiokoko nykyisessä ja menneissä sukupolvissa SNP-aineistosta, joka koostui yhteensä 1137 yksilön tiedoista. Arviointi tapahtui kytkentäepätasapainoon perustuvalla menetelmällä. Lisäksi tutkittiin erilaisten oletusten vaikutusta tuloksiin. Alapopulaatioiden nykyiset arvioidut teholliset populaatiokoot olivat yleisesti pieniä ja vaihtelivat yhdeksän ja 272 yksilön välillä. Vain neljässä populaatiossa nykyinen tehollinen populaatiokoko oli suurempi kuin 50 yksilöä. Tehollinen populaatiokoko oli laskenut selvästi kaukaisimmista sukupolvista kaikissa populaatioissa. Tuloksiin vaikutti se, käytettiinkö arvioinnissa fyysistä vai kytkentäkarttaa ja oliko kytkentäkartta naaraan, koiraan vai keskimääräinen. Myös erilaisten otoskoon korjausmenetelmien käyttäminen vaikutti tuloksiin. Tehollinen populaatiokoko arvioitiin lisäksi temporaalisella menetelmällä kolmessa populaatiossa. Tämän menetelmän tulokset erosivat kytkentäepätasapainoon perustuvan menetelmän tuloksista. Tämän tutkimuksen tulokset viittaavat siihen, että Tenojoen lohipopulaatiot ovat taantuneet viime 150 sukupolven aikana ja ovat vaarassa menettää geneettistä vaihtelua pienestä tehollisesta populaatiokoosta johtuen. Tämä tulisi ottaa huomioon niiden suojelun suunnittelussa.There is a naturally reproducing Atlantic salmon population in the River Teno in northern Norway and Finland. The Teno population has a strong population structure and up to 28 subpopulations have been recognized. Estimation of effective population size is important in conservation of the subpopulations. Effective population size tells about genetic variation of a population and is among the most important concepts in conservation genetics. In this study, current and past effective population sizes of 28 subpopulations were estimated from high density SNP-data for 1137 individuals in total. The estimation was done with the linkage disequilibrium method and the effects of using different assumptions were studied. Current estimated effective population sizes in subpopulations were generally low and ranged from around nine to 272 individuals. Only four populations had a current effective population size bigger than 50 individuals. Past effective population sizes showed a clear declining trend from the most distant generations in all populations. The choice between physical and linkage map as well as female, male or average linkage map had an effect to estimates. Also, different sample size corrections resulted in different estimates. Furthermore, effective population size was estimated with temporal method in three populations. It was detected that the estimates from temporal and linkage disequilibrium method were different from each other. The results of this study suggest that Teno Atlantic salmon subpopulations have declined over the past 150 generations and are in risk of losing genetic variation due to current low effective population size. This should be taken into account in conservation plans.
Subject: effective population size
Salmo salar
Atlantic salmon
Teno
linkage disequilibrium


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record