Effective population size and its temporal changes in the Teno River Atlantic salmon (Salmo salar) stock

Show simple item record

dc.contributor Helsingin yliopisto, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta fi
dc.contributor University of Helsinki, Faculty of Biological and Environmental Sciences, Faculty of Biological and Environmental Sciences en
dc.contributor Helsingfors universitet, Bio- och miljövetenskapliga fakulteten, Bio- och miljövetenskapliga fakulteten sv
dc.contributor.author Partanen, Reeta-Maria
dc.date.issued 2020
dc.identifier.uri URN:NBN:fi:hulib-202012094858
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10138/322551
dc.description.abstract Pohjois-Norjassa ja Pohjois-Suomessa sijaitsevassa Tenojoessa lisääntyy luonnollisesti Atlantin lohikanta. Tenojoen lohella on voimakas populaatiorakenne, jossa on tunnistettu 28 alapopulaatiota. Alapopulaatioiden tehollisten populaatiokokojen arvioiminen on tärkeää populaatioiden suojelussa. Tehollinen populaatiokoko kertoo populaation geneettisestä vaihtelusta ja se on yksi suojelugenetiikan tärkeimmistä käsitteistä. Tässä tutkimuksessa arvioitiin 28 alapopulaation tehollinen populaatiokoko nykyisessä ja menneissä sukupolvissa SNP-aineistosta, joka koostui yhteensä 1137 yksilön tiedoista. Arviointi tapahtui kytkentäepätasapainoon perustuvalla menetelmällä. Lisäksi tutkittiin erilaisten oletusten vaikutusta tuloksiin. Alapopulaatioiden nykyiset arvioidut teholliset populaatiokoot olivat yleisesti pieniä ja vaihtelivat yhdeksän ja 272 yksilön välillä. Vain neljässä populaatiossa nykyinen tehollinen populaatiokoko oli suurempi kuin 50 yksilöä. Tehollinen populaatiokoko oli laskenut selvästi kaukaisimmista sukupolvista kaikissa populaatioissa. Tuloksiin vaikutti se, käytettiinkö arvioinnissa fyysistä vai kytkentäkarttaa ja oliko kytkentäkartta naaraan, koiraan vai keskimääräinen. Myös erilaisten otoskoon korjausmenetelmien käyttäminen vaikutti tuloksiin. Tehollinen populaatiokoko arvioitiin lisäksi temporaalisella menetelmällä kolmessa populaatiossa. Tämän menetelmän tulokset erosivat kytkentäepätasapainoon perustuvan menetelmän tuloksista. Tämän tutkimuksen tulokset viittaavat siihen, että Tenojoen lohipopulaatiot ovat taantuneet viime 150 sukupolven aikana ja ovat vaarassa menettää geneettistä vaihtelua pienestä tehollisesta populaatiokoosta johtuen. Tämä tulisi ottaa huomioon niiden suojelun suunnittelussa. fi
dc.description.abstract There is a naturally reproducing Atlantic salmon population in the River Teno in northern Norway and Finland. The Teno population has a strong population structure and up to 28 subpopulations have been recognized. Estimation of effective population size is important in conservation of the subpopulations. Effective population size tells about genetic variation of a population and is among the most important concepts in conservation genetics. In this study, current and past effective population sizes of 28 subpopulations were estimated from high density SNP-data for 1137 individuals in total. The estimation was done with the linkage disequilibrium method and the effects of using different assumptions were studied. Current estimated effective population sizes in subpopulations were generally low and ranged from around nine to 272 individuals. Only four populations had a current effective population size bigger than 50 individuals. Past effective population sizes showed a clear declining trend from the most distant generations in all populations. The choice between physical and linkage map as well as female, male or average linkage map had an effect to estimates. Also, different sample size corrections resulted in different estimates. Furthermore, effective population size was estimated with temporal method in three populations. It was detected that the estimates from temporal and linkage disequilibrium method were different from each other. The results of this study suggest that Teno Atlantic salmon subpopulations have declined over the past 150 generations and are in risk of losing genetic variation due to current low effective population size. This should be taken into account in conservation plans. en
dc.language.iso eng
dc.publisher Helsingin yliopisto fi
dc.publisher University of Helsinki en
dc.publisher Helsingfors universitet sv
dc.subject effective population size en
dc.subject Salmo salar en
dc.subject Atlantic salmon en
dc.subject Teno en
dc.subject linkage disequilibrium en
dc.title Effective population size and its temporal changes in the Teno River Atlantic salmon (Salmo salar) stock en
dc.type.ontasot pro gradu -tutkielmat fi
dc.type.ontasot master's thesis en
dc.type.ontasot pro gradu-avhandlingar sv
dc.subject.discipline perinnöllisyystiede fi
dc.subject.discipline Genetics en
dc.subject.discipline genetik sv
dct.identifier.urn URN:NBN:fi:hulib-202012094858

Files in this item

Files Size Format View
Partanen_Reeta-Maria_Pro_gradu_2020.pdf 3.449Mb application/pdf View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record