Estimation of inbreeding coefficients of Finnish pig breeds based on genomic information

Visa fullständig post



Permalänk

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202012104940
Titel: Estimation of inbreeding coefficients of Finnish pig breeds based on genomic information
Författare: Hämäläinen, Aurora
Medarbetare: Helsingfors universitet, Agrikultur- och forstvetenskapliga fakulteten, Avdelningen för lantbruksvetenskaper
Utgivare: Helsingin yliopisto
Datum: 2020
Språk: eng
Permanenta länken (URI): http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202012104940
http://hdl.handle.net/10138/322794
Nivå: pro gradu-avhandlingar
Ämne: Kotieläintiede
Animal Science
Husdjursvetenskap
Abstrakt: Sukusiitosaste antaa tietoa populaation monimuotoisuuden tilasta ja voi vaikuttaa eläinten tuotantokykyyn. Perinteisesti sukusiitosasteet on laskettu sukupuutietojen avulla, mutta tämä menetelmä ottaa huomioon vain tunnetut yhteiset esivanhemmat. Viime vuosina on alettu käyttää enenevissä määrin genomiseen aineistoon pohjautuvia sukusiitosasteen arvioita. Tutkielman tavoitteena oli laskea sukusiitosasteet kahdelle eri suomalaiselle sikarodulle käyttäen sukupuu- ja genomista-aineistoa, sekä tarkastella niiden eroavaisuuksia. Sukupuuaineiston rajauksen jälkeen maatiaisrodun eläimiä oli 503 315 ja yorkshirejä 549 296 yksilöä. Genomisessa aineistossa oli käytettävissä karsinnan jälkeen 522 maatiaista ja 934 yorkshireä. Sukusiitosasteet (FPED) arvioitiin sukupuuaineistosta käyttäen RelaX2 ohjelmaa. Genomiset sukusiitosasteet laskettiin samankaltaisuuden jaksoista (runs of homozygosity) käyttäen PLINK ohjelmistoa. Lisäksi genomisesta aineistosta laskettiin yleinen homotsygotia-aste (FPH). Sukupuuaineistoihin perustuva sukusiitosasteiden vuosittainen nousu oli tasaista. Sukusiitosasteiden keskiarvot sukupuuaineistosta laskettuna vuonna 2014 syntyneille eläimille oli 0.10 maatiaiselle ja 0.15 yorkshirelle. ROH pohjaiset sukusiitosasteiden keskiarvot olivat vuonna 2014 syntyneille eläimille 0.21 maatiaiselle ja 0.25 yorkshirelle. Korrelaatio sukupuupohjaisen ja genomiseen ROH menetelmään perustuvan sukusiitosasteen välillä oli kohtalainen molemmilla roduilla: 0.51 maatiaisella ja 0.58 yorkshirellä. Genomisten FROH ja FPH menetelmien välinen korrelaatio oli suuri, 0.86 maatiaisella ja 0.89 yorkshirellä. Sukusiitosaste oli tämän tutkimuksen mukaan korkea molemmissa tutkituissa roduissa. Yleisesti ottaen genomiset menetelmät tuottivat korkeammat sukusiitosasteen arviot. Tutkielman tulosten perusteella suomalaisten sikarotujen sukusiitosastetta tulisi seurata, jotta riittävä geneettinen monimuotoisuus voidaan tulevaisuudessa säilyttää.The traditional method of estimating inbreeding is based on pedigree information, which only considers the known common ancestors of the animals. In recent years, the animal breeding sector has introduced new genomic tools in breeding schemes. The aim of this study was to estimate and compare the level of inbreeding in Finnish Yorkshire and Finnish Landrace pigs using pedigree and genomic methods. Data consisted of pedigree and genotype information from both breeds. In pedigree data there were 503 315 Landrace and 549 296 Yorkshire animals after pruning for pedigree completeness and errors in the data. In the genotype data, there were 522 individuals of Landrace and 934 individuals of Yorkshire animals after pruning. Inbreeding coefficients (FPED) were estimated from pedigree data using RelaX2 program and for genomic data using PLINK by detecting runs of homozygosity (FROH). Percentage of homozygosity (FPH) was also studied from genomic data. Yearly rate of inbreeding based on pedigree raised steadily. Average inbreeding coefficients from year 2014 were 0.10 for Landrace and 0.15 for Yorkshire. The average inbreeding coefficient based on ROHs for animals born in year 2014 were 0.21 for Landrace and 0.25 for Yorkshire animals. Correlation between pedigree-based estimate and genomic-based FROH was found to be quite low for both breeds; 0.51 for Landrace and 0.58 for Yorkshire. The correlation between the two genomic based methods FROH and FPH was high, 0.86 for Landrace and 0.89 for Yorkshire. The level of inbreeding was found to be quite high in both breeds. The genomic-based estimates were higher overall than pedigree-based estimates, which indicates that pedigree data are missing some common ancestors. Based on the results, the level of inbreeding in Finnish pig breeds should be monitored to maintain sufficient genetic diversity in the populations.
Subject: inbreeding
pig
ROH
sukusiitosaste
sika


Filer under denna titel

Filer Storlek Format Granska

There are no files associated with this item.

Detta dokument registreras i samling:

Visa fullständig post