Yliopiston etusivulle Suomeksi På svenska In English Helsingin yliopisto

Tyvifukosyloitujen N-glykopeptidien tandem-massaspektrin tulkinta ja glykoproteiinien identifiointi in silico Glycopeptide ID –ohjelman avulla

Show full item record

Files in this item

Files Description Size Format View/Open
Pro gradu Hilkka Kontro.pdf 1.594Mb PDF View/Open
Use this URL to link or cite this item: http://hdl.handle.net/10138/37657
Vie RefWorksiin
Title: Tyvifukosyloitujen N-glykopeptidien tandem-massaspektrin tulkinta ja glykoproteiinien identifiointi in silico Glycopeptide ID –ohjelman avulla
Author: Kontro, Hilkka
Contributor: Helsingin yliopisto, Bio- ja Ympäristötieteellinen tiedekunta, Biotieteiden laitos
Thesis level:
Abstract: N-glykoproteiinien tyvirakenteen fukosylaatio on yhteydessä erilaisiin syöpiin ja muihin patologisiin tiloihin. Glykoproteiinien identifiointi ja niiden glykaanirakenteen määritys massaspektrometrian (MS) avulla on manuaalisesti aikaavievää ja työlästä.

Tässä Pro gradu –työssä selvitettiin, soveltuuko Glycopeptide ID –massaspektrintulkintaohjelma tyvifukosylaation tunnistamiseen tunnetusta tyvifukosyloidusta malliaineesta, immunoglobuliini G:stä, sekä tuntemattomia glykoproteiineja sisältävästä plasmanäytteestä. MS-analyysiä varten proteiinit digestoitiin trypsiinillä ja glykopeptidit rikastettiin lektiiniaffiniteetti-kromatografialla. Malliaine- ja plasmanäytteistä valmistettiin myös α-L-fukosidaasilla käsitellyt näytteet tyvifukoosin poistamiseksi.

Glykopeptidien esiintyminen selvitettiin korkean erotuskyvyn nestekromatografiamassaspektrometria (HPLC-MS) -analyysissä ja ne fragmentoitiin törmäys-indusoidulla dissosiaatiolla (CID) tandem-MS (MS/MS) -analyysissä. MS/MS-spektrit analysoitiin in silico Glycopeptide ID –ohjelmalla. Ohjelman havaittiin tunnistavan tyvifukosylaation luotettavasti laadukkaista spektreistä, mutta proteiinin identifiointi oli usein puutteellista heikkolaatuisemmista spektreistä. Tuntemattomien proteiinien plasmanäytteestä löydettiin todennäköinen tyvifukosylaatio IgG2:lta, fetuiini A:lta, serotransferriiniltä, hemopeksiiniltä ja seruloplasmiinilta.

Johtopäätöksenä todettiin Glycopeptide ID –ohjelman olevan käyttökelpoinen väline Nglykopeptidien tyvifukosylaation tunnistamiseen.Core-fucosylation of N-glycoproteins is associated with different cancers and other pathologies. Identification of glycoproteins and determination of their glycan structure manually by mass spectrometry (MS) is time-consuming and laborious.

In this Pro gradu thesis, the use of the mass spectrum-analyzing software Glycopeptide ID for identification of core-fucosylation from a known standard, immunoglobulin G, was studied. Also, a plasma sample with unknown glycoproteins was analyzed. For the MS analysis, the proteins were digested with trypsin, and the resulting glycopeptides were enriched using lectin affinity chromatography. From IgG and plasma, also samples treated with α-Lfucosidase were prepared in order to cleave the core fucose.

The presence of glycopeptides was determined by high-performanve liquid chromatographymass spectrometry (HPLC-MS) analysis, and they were fragmented using collision-induced dissociation (CID) in a tandem-MS (MS/MS) analysis. The MS/MS spectra were analyzed with the Glycopeptide ID software. The software was found to identify core-fucosylation reliably from high-quality spectra, but identification of proteins were often incomplete from spectra with poor quality. From the plasma sample with unknown proteins, a probable corefucosylation was found from IgG2, fetuin A, serotransferrin, hemopexin and ceruloplasmin.

As a conclusion, the software Glycopeptide ID can be considered as an appropriate tool for identification of core-fucosylation in N-glycopeptides.
URI: http://hdl.handle.net/10138/37657
Date: 2012-11-28
This item appears in the following Collection(s)

Show full item record

Search Helda


Advanced Search

Browse

My Account