Tyvifukosyloitujen N-glykopeptidien tandem-massaspektrin tulkinta ja glykoproteiinien identifiointi in silico Glycopeptide ID –ohjelman avulla

Show simple item record

dc.contributor Helsingin yliopisto, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta, Biotieteiden laitos fi
dc.contributor University of Helsinki, Faculty of Biological and Environmental Sciences, Department of Biosciences en
dc.contributor Helsingfors universitet, Bio- och miljövetenskapliga fakulteten, Biovetenskapliga institutionen sv
dc.contributor.author Kontro, Hilkka
dc.date.issued 2012
dc.identifier.uri URN:NBN:fi-fe2017121155663
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10138/37657
dc.description.abstract Core-fucosylation of N-glycoproteins is associated with different cancers and other pathologies. Identification of glycoproteins and determination of their glycan structure manually by mass spectrometry (MS) is time-consuming and laborious. In this Pro gradu thesis, the use of the mass spectrum-analyzing software Glycopeptide ID for identification of core-fucosylation from a known standard, immunoglobulin G, was studied. Also, a plasma sample with unknown glycoproteins was analyzed. For the MS analysis, the proteins were digested with trypsin, and the resulting glycopeptides were enriched using lectin affinity chromatography. From IgG and plasma, also samples treated with α-Lfucosidase were prepared in order to cleave the core fucose. The presence of glycopeptides was determined by high-performanve liquid chromatographymass spectrometry (HPLC-MS) analysis, and they were fragmented using collision-induced dissociation (CID) in a tandem-MS (MS/MS) analysis. The MS/MS spectra were analyzed with the Glycopeptide ID software. The software was found to identify core-fucosylation reliably from high-quality spectra, but identification of proteins were often incomplete from spectra with poor quality. From the plasma sample with unknown proteins, a probable corefucosylation was found from IgG2, fetuin A, serotransferrin, hemopexin and ceruloplasmin. As a conclusion, the software Glycopeptide ID can be considered as an appropriate tool for identification of core-fucosylation in N-glycopeptides. en
dc.description.abstract N-glykoproteiinien tyvirakenteen fukosylaatio on yhteydessä erilaisiin syöpiin ja muihin patologisiin tiloihin. Glykoproteiinien identifiointi ja niiden glykaanirakenteen määritys massaspektrometrian (MS) avulla on manuaalisesti aikaavievää ja työlästä. Tässä Pro gradu –työssä selvitettiin, soveltuuko Glycopeptide ID –massaspektrintulkintaohjelma tyvifukosylaation tunnistamiseen tunnetusta tyvifukosyloidusta malliaineesta, immunoglobuliini G:stä, sekä tuntemattomia glykoproteiineja sisältävästä plasmanäytteestä. MS-analyysiä varten proteiinit digestoitiin trypsiinillä ja glykopeptidit rikastettiin lektiiniaffiniteetti-kromatografialla. Malliaine- ja plasmanäytteistä valmistettiin myös α-L-fukosidaasilla käsitellyt näytteet tyvifukoosin poistamiseksi. Glykopeptidien esiintyminen selvitettiin korkean erotuskyvyn nestekromatografiamassaspektrometria (HPLC-MS) -analyysissä ja ne fragmentoitiin törmäys-indusoidulla dissosiaatiolla (CID) tandem-MS (MS/MS) -analyysissä. MS/MS-spektrit analysoitiin in silico Glycopeptide ID –ohjelmalla. Ohjelman havaittiin tunnistavan tyvifukosylaation luotettavasti laadukkaista spektreistä, mutta proteiinin identifiointi oli usein puutteellista heikkolaatuisemmista spektreistä. Tuntemattomien proteiinien plasmanäytteestä löydettiin todennäköinen tyvifukosylaatio IgG2:lta, fetuiini A:lta, serotransferriiniltä, hemopeksiiniltä ja seruloplasmiinilta. Johtopäätöksenä todettiin Glycopeptide ID –ohjelman olevan käyttökelpoinen väline Nglykopeptidien tyvifukosylaation tunnistamiseen. fi
dc.language.iso fi
dc.publisher Helsingfors universitet sv
dc.publisher University of Helsinki en
dc.publisher Helsingin yliopisto fi
dc.subject glycoprotein en
dc.subject mass spectrometry en
dc.subject fucosylation en
dc.subject in silico analysis en
dc.subject glykoproteiini fi
dc.subject massaspektrometria fi
dc.subject fukosylaatio fi
dc.subject in silico -analyysi fi
dc.title Tyvifukosyloitujen N-glykopeptidien tandem-massaspektrin tulkinta ja glykoproteiinien identifiointi in silico Glycopeptide ID –ohjelman avulla fi
dc.title.alternative silico by using the spectrum-analyzing software Glycopeptide ID en
dc.type.ontasot pro gradu-avhandlingar sv
dc.type.ontasot pro gradu -tutkielmat fi
dc.type.ontasot master's thesis en
dc.subject.discipline Biochemistry en
dc.subject.discipline Biokemia fi
dc.subject.discipline Biokemi sv
dct.identifier.urn URN:NBN:fi-fe2017121155663

Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
Pro gradu Hilkka Kontro.pdf 1.520Mb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record