Valinnan ja kytkennän yhteisvaikutus naudan kromosomeissa 1 ja 20

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201507211996
Title: Valinnan ja kytkennän yhteisvaikutus naudan kromosomeissa 1 ja 20
Author: Laurén, Hannele
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Agricultural Sciences
Publisher: Helsingfors universitet
Date: 2013
Language: fin
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201507211996
http://hdl.handle.net/10138/38310
Thesis level: master's thesis
Discipline: Husdjursvetenskap (husdjursförädling)
Animal Science (Animal Breeding)
Kotieläintiede (kotieläinten jalostustiede)
Abstract: Ilmiötä, jossa kahden tai useamman kytkeytyneen lokuksen alleelitaajuuksissa tapahtuu muutoksia valinnan kohdistuessa yhden lokuksen yhteen alleeliin, kutsutaan liftausvaikutukseksi. Liftausvaikutuksen merkitystä arvioitiin kahdessa naudan genomin kohdassa, kromosomissa 1 polled-lokuksen läheisyydessä ja kromosomissa 20 kasvuhormonireseptorigeenin läheisyydessä. Sarvellisuuteen vaikuttavan polled-lokuksen lähellä tapahtunutta liftausvaikutusta arvioitiin suomenkarjassa ja maidontuotanto-ominaisuuksiin vaikuttavan QTL:n lähellä tapahtunutta liftausvaikutusta intensiivisen jalostuksen kohteena olevilla roduilla, ayrshirellä ja holsteinilla. Liftausvaikutuksen arviointiin tarvitaan muita populaatioita tai rotuja, joissa vastaavaa liftausvaikutusta ei oleteta esiintyvän. Tätä tarkoitusta varten tutkimuksessa analysoitiin samat kromosomialueet myös viidellä muulla rodulla. Lisäksi tutkittavien kromosomien muuntelun ja muun genomin muuntelun vertailuun käytettiin muissa kuin tutkittavissa kromosomeissa 1 ja 20 genotyypitettyjä mikrosatelliittimerkkejä. Tutkimuksessa oli mukana kolme erillistä aineistoa (BTA1, BTA20 ja vertailuaineisto) yhteensä 41 eri mikrosatelliittilokusta. Tutkimusaineistot käsittivät 10 eri nautarotua (ayrshire, itäsuomenkarja, istobeninkarja, holstein, jakutiankarja, jersey, khomogor, länsisuomenkarja, pohjoissuomenkarja ja ukrainanharmaakarja), yhteensä 377 eläintä. Kaikista aineistoista laskettiin roduittain ja lokuksittain populaatiogeneettiset tunnusluvut (alleelien lukumäärä, alleelirikkaus, alleelitaajuus, ƒ-arvo, heterotsygotia-asteet). Hardy-Weinbergin tasapainotilaa sekä lokusten parittaista kytkentäepätasapainoa tarkasteltiin roduittain jokaisessa kolmessa aineistossa. Liftausvaikutuksen havaittavuutta analysoitiin kahdella eri menetelmällä. F-arvon regressioon perustuva testaus suoritettiin Wiener ym. (2003) artikkelin mukaisesti. Lokusten neutraalisuutta analysoitiin Beaumontin ja Nicholsin (1996) esittämän menetelmän avulla, käyttäen FDIST2-ohjelmaa. Vertailuaineistosta laskettujen populaatiogeneettisten tunnuslukujen perusteella voidaan sanoa, että populaatiot ja niistä tehdyt otokset ovat liftausvaikutuksen tutkimukseen sopivia. Populaatioissa ei esiinny sukusiitosta satunnaisen pariutumismallin olettamusta enempää. Aineistojen alleelirikkauden ja geenidiversiteetin keskiarvot olivat keskenään hyvin samansuuntaisia. Lokusten parittaisessa kytkentäepätasapainossa aineistot BTA1 ja BTA20 poikkesivat selvästi vertailuaineistosta. Aineistoissa BTA1 ja BTA20 kytkentäepätasapainossa olevia lokuspareja oli merkittävästi enemmän kuin vertailuaineistossa. Kummankaan aineiston, BTA1:n tai BTA20:n, muuntelun määrän muutokset eivät tulleet selkeästi näkyviin F-arvon regressioon tai Beaumontin ja Nicholsin (1996) menetelmään perustuvissa testeissä. Tutkimuksessa löytyi viitteitä liftausvaikutuksesta, mutta havainnot eivät ylittäneet tilastollisen merkitsevyyden rajaa näissä aineistoissa. Ilmiön testaukseen olisi kenties tuonut lisää todistusvoimaa aineiston selkeämpi jakautuminen voimakkaammin erisuuntaan jalostettuihin nautarotuihin, esim. maidontuotanto vs. lihantuotanto.
Subject: nauta
mikrosatelliitti
liftausvaikutus
valinta


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
hlaurengradu.pdf 1.017Mb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record