Browsing by Issue Date

Sort by: Order: Results:

Now showing items 21-40 of 67
  • Perko-Mäkelä, Päivikki (Evira, 2011)
    Campylobacter, mainly Campylobacter jejuni and C. coli, are worldwide recognized as a major cause of bacterial food-borne gastroenteritis (World Health Organization 2010). Epidemiological studies have shown handling or eating of poultry to be significant risk factors for human infections. Campylobacter contamination can occur at all stages of a poultry meat production cycle. In summer 1999, every broiler flock from all three major Finnish poultry slaughterhouses was studied during a five month period. Caecal samples were taken in the slaughterhouses from five birds per flock. A total of 1 132 broiler flocks were tested and 33 (2.9%) of those were Campylobacter-positive. Thirty-one isolates were identified as C. jejuni and two isolates were C. coli. The isolates were serotyped for heat-stable antigens (HS) and genotyped by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). The most common serotypes found were HS 6,7, 12 and 4-complex. Using a combination of SmaI and KpnI patterns, 18 different PFGE types were identified. Thirty-five Finnish C. jejuni strains with five SmaI/SacII PFGE types selected among human and chicken isolates from 1997 and 1998 were used for comparison of their PFGE patterns, amplified fragment length polymorphism (AFLP) patterns, HaeIII ribotypes, and HS serotypes. The discriminatory power of PFGE, AFLP and ribotyping with HaeIII were shown to be at the same level for this selected set of strains, and these methods assigned the strains into the same groups. The PFGE and AFLP patterns within a genotype were highly similar, indicating genetic relatedness. An HS serotype was distributed among different genotypes, and different serotypes were identified within one genotype. From one turkey parent flock, the hatchery, six different commercial turkey farms (together 12 flocks) and from 11 stages at the slaughterhouse a total of 456 samples were collected during one and the half year. For the detection of Campylobacter both conventional culture and a PCR method were used. No Campylobacter were detected in either of the samples from the turkey parent flock or from the hatchery samples using the culture method. Instead PCR detected DNA of Campylobacter in five faecal samples from the turkey parent flock and in one fluff and an eggshell sample. Six out of 12 commercial turkey flocks were found negative at the farm level but only two of those were negative at slaughter. Campylobacter-positive samples within the flock at slaughter were detected between 0% and 94%, with evisceration and chilling water being the most critical stages for contamination. All of a total of 121 Campylobacter isolates were shown to be C. jejuni using a multiplex PCR assay. PFGE analysis of all isolates with KpnI restriction enzyme resulted in 11 PFGE types (I-XI) and flaA-SVR typing yielded nine flaA-SVR alleles. Three Campylobacter-positive turkey flocks were colonized by a limited number of Campylobacter genotypes both at the farm and slaughter level.In conclusion, in our first study in 1999 a low prevalence of Campylobacter in Finnish broiler flocks was detected and it has remained at a low level during the study period until the present. In the turkey meat production, we found that flocks which were negative at the farm became contaminated with Campylobacter at the slaughter process. These results suggest that proper and efficient cleaning and disinfection of slaughter and processing premises are needed to avoid cross-contamination. Prevention of colonization at the farm by a high level of biosecurity control and hygiene may be one of the most efficient ways to reduce the amount of Campylobacter-positive poultry meat in Finland. In Finland, with a persistent low level of Campylobacter-positive flocks, it could be speculated that the use of logistic slaughtering, according to Campylobacter status at farm, might have be advantageous in reducing Campylobacter contamination of retail poultry products. However, the significance of the domestic poultry meat for human campylobacteriosis in Finland should be evaluated.
  • Lyytikäinen, Tapani; Niemi, Jarkko; Sahlström, Leena; Virtanen, Terhi; Lehtonen, Heikki (Evira, 2011)
    Foot-and-mouth disease (FMD) is a highly contagious viral epizootic disease of cloven-footed animals, which is controlled both by domestic and EU legislation. FMD has not been found in Finland since 1959. The aim of this risk assessment was, by using Monte Carlo simulations, to assess how FMD would spread, the economic consequences of an outbreak and the feasibility of emergency vaccination in case of an outbreak in Finland. The study was based on data from the Finnish cattle and swine production sectors from 2006. If FMD was introduced to a Finnish pig or cattle farm, it would in most cases spread to four other farms and the disease would be brought under control after 5 weeks. In one-third of the cases, the disease would remain a sporadic case and would not spread at all from the first infected farm. Even a larger outbreak would remain relatively small and short. In the worst case scenario, FMD virus would spread to 29 farms before the disease was eradicated. The mean economic consequences of a sporadic outbreak would be €23 million. In the worst case scenario, the economic losses would be more than €38 million. Emergency vaccination is not a feasible option according to this study, because the current EU measures are able to stop the spread of disease and because vaccination can incur considerable extra costs due to prolonged export distortions.
  • Hallikainen, Anja; Airaksinen, Riikka; Rantakokko, Panu; Koponen, Jani; Mannio, Jaakko; Vuorinen, Pekka J.; Jääskeläinen, Timo; Kiviranta, Hannu (Evira, 2011)
    EU-KALAT II hankkeessa tuotettiin tietoa Itämeren kalojen ja kotimaisten järvikalojen sekä kasvatettujen kalojen PCDD/F- ja PCB- sekä PBDE-pitoisuuksista eri ikäisissä ja kokoisissa kaloissa sekä lajeittain että alueittain. Hankkeessa tutkittiin myös perfluorattuja yhdisteitä (PFC) ja organotina (OT)-yhdisteitä sekä lihaksesta että maksasta. Tutkimuksesta saatiin uutta tietoa kalojen haitallisten aineiden pitoisuuksista riskinhallintaa varten. Vuoden 2009 tuloksia verrattiin aikaisempiin tuloksiin vuosilta 2002-2003. Itämeren ja muun kotimaisen kalan PCDD/F- ja PCB-pitoisuuksista nousevat esiin samat kalalajit, joiden on aiemminkin todettu keräävän näitä ympäristömyrkkyjä. Silakka, lohi ja meritaimen sekä nahkiainen ja tässä hankkeessa lisäksi kampela Kotkan alueelta ylittävät PCDD/F- ja PCB-yhdisteille asetetut enimmäispitoisuusrajat. Itämeren kaloista, kilohailin, muikun, ahvenen, hauen, kuhan, mateen ja turskan dioksiinien mediaanipitoisuudet eivät yllä edes puoleen sallitusta enimmäispitoisuudesta, joka on 4 pg/g tuorepainoa. Kun verrataan vuoden 2002-2003 pitoisuuksia vuoden 2009 PCDD/F- ja PCB- sekä PBDE-yhdisteiden pitoisuuksiin, ovat lohen ja silakan keskimääräiset pitoisuudet pienentyneet. Avomerialueiden OT-pitoisuudet lihaksessa olivat noin kolmanneksen pienemmät kuin vuonna 2005–2007 pyydetyissä näytteissä. Pahimpia Itämeren ympäristömyrkkyjä ovat edelleen dioksiinit ja dioksiininkaltaiset PCB-yhdisteet. PBDE- ja PFOS- ja OTpitoisuudet ovat pieniä muutamaa poikkeusta lukuun ottamatta. Useista kalalajeista suurimmat haitta-aineiden pitoisuudet todettiin seuraavilta alueilta: Selkämereltä Porin edusta ja Turun ja Kotkan pyyntialueet sekä kaikkein pahimpana Helsingin Vanhankaupunginlahti, jossa sekä OT- että PFOS-pitoisuudet antavat aihetta suositella kulutuksen rajoittamista, ainakin isojen ahventen osalta.
  • Ariel, Ellen; Holopainen, Riikka; Olesen, Niels Jörgen; Tapiovaara, Hannele (Springer, 2010)
    Two iridovirus isolates recovered from cod (Gadus morhua) and turbot (Psetta maxima) in Denmark were examined in parallel with a panel of other ranaviruses including frog virus 3 (FV3), the reference strain for the genus Ranavirus. The isolates were assessed according to their reactivity in immunofluoresent antibody tests (IFAT) using both homologous and heterologous antisera and their amplification in PCR using primers targeting five genomic regions. The corresponding PCR fragments were sequenced, and the sequences obtained were used in phylogenetic analysis. In addition, the pathogenicity to rainbow trout under experimental challenge conditions was investigated. The viruses were serologically and genetically closely related to highly pathogenic ranaviruses such as European catfish iridovirus (ECV), European sheatfish iridovirus (ESV) and epizootic haematopoietic necrosis virus (EHNV). The challenge trials indicate that rainbow trout fry cultured at 15 C are not target species for the virus isolates in the present panel. We suggest that the two isolates belong in the genus Ranavirus and propose the name Ranavirus maxima (Rmax) for the turbot isolate.
  • Hallanvuo, Saija; Johansson, Tuula (Evira, 2010)
    Opas sisältää perustietoa Suomen kannalta merkittävistä elintarvikkeisiin liittyvistä taudinaiheuttajista: bakteereista, viruksista, loisista ja prioneista. Oppaassa on kuvattu aiheuttajakohtaisesti terveydellisiä haittavaikutuksia, esiintymistä ihmisissä, eläimissä, elintarvikkeissa ja ympäristössä, raportoituja epidemioita Suomesta ja ulkomailta, ruokamyrkytykseen johtaneita tekijöitä ja valvontaa. Valvontaa tarkastellaan elintarvikkeen koko elinkaaren ajalta ja pyritään osoittamaan ne "pellolta pöytään" -ketjun riskikohdat, joissa saastuminen ja mikrobien lisääntyminen yleensä tapahtuu. Valvontatoimenpiteisiin ryhdyttäessä on kuitenkin aina tarkistettava ajantasainen lainsäädäntö. Opas on päivitetty versio EVI-EELA julkaisusta 1/2003 (Opas elintarvikkeiden ja talousveden mikrobiologista vaaroista).
  • Fediaevsky, Alexandre; Maurella, Cristiana; Nöremark, Maria; Ingravalle, Francesco; Thorgeirsdottir, Stefania; Orge, Leonor; Poizat, Renaud; Hautaniemi, Maria; Liam, Barry; Calavas, Didier; Ru, Giuseppe; Hopp, Petter (BioMedcentral, 2010)
    Background: During the last decade, active surveillance for transmissible spongiform encephalopathies in small ruminants has been intensive in Europe. In many countries this has led to the detection of cases of atypical scrapie which, unlike classical scrapie, might not be contagious. EU legislation requires, that following detection of a scrapie case, control measures including further testing take place in affected flocks, including the culling of genotype susceptible to classical scrapie. This might result in the detection of additional cases. The aim of this study was to investigate the occurrence of additional cases in flocks affected by atypical scrapie using surveillance data collected in Europe in order to ascertain whether atypical scrapie, is contagious. Results: Questionnaires were used to collect, at national level, the results of active surveillance and testing associated with flock outbreaks in 12 European countries. The mean prevalence of atypical scrapie was 5.5 (5.0-6.0) cases per ten thousand in abattoir surveillance and 8.1 (7.3-9.0) cases per ten thousand in fallen stock. By using meta-analysis, on 11 out of the 12 countries, we found that the probability of detecting additional cases of atypical scrapie in positive flocks was similar to the probability observed in animals slaughtered for human consumption (odds ratio, OR = 1.07, CI95%: 0.70-1.63) or among fallen stock (OR = 0.78, CI95%: 0.51-1.2). In contrast, when comparing the two scrapie types, the probability of detecting additional cases in classical scrapie positive flocks was significantly higher than the probability of detecting additional cases in atypical scrapie positive flocks (OR = 32.4, CI95%: 20.7-50.7). Conclusions: These results suggest that atypical scrapie is not contagious or has a very low transmissibility under natural conditions compared with classical scrapie. Furthermore this study stressed the importance of standardised data collection to make good use of the analyses undertaken by European countries in their efforts to control atypical and classical scrapie.
  • Elintrviketurvallisuusvirasto Evira; Maa- ja metsätalousministeriö (Evira, 2010)
    Eläinlääkäreille tarkoitettu suositus MRSA-tartunnan torjunnasta ja ehkäisystä eläimille on tehty Suomen oloja varten. Vastaavia suosituksia on tehty myös muissa maissa, joissa eläimillä esiintyy MRSA:ta selvästi enemmän kuin Suomessa. Meillä eläinten MRSA-tartunnat ovat olleet viime aikoihin saakka harvinaisia. Eläinlääkäreillä on sen vuoksi vain vähän kokemusta tartuntojen toteamisesta, niiden torjunnasta sekä muista toimenpiteistä. Tämän suosituksen tarkoituksena on antaa eläinlääkäreille ja muille asiasta kiinnostuneille lisää tietoa MRSA:sta eläimillä sekä ohjeita eläimen MRSA-tartunnan varalta. Suosituksen on tehnyt Elintarviketurvallisuusvirasto Evira yhdessä maa- ja metsätalousministeriön asettaman pysyvän mikrobilääketyöryhmän kanssa. Suositukset pohjautuvat vuonna 2010 saatavissa olleeseen tietoon. Uutta tutkimustietoa eläimillä esiintyvästä MRSA:sta julkaistaan kuitenkin jatkuvasti, joten tätä suositusta tullaan päivittämään säännöllisesti.
  • Kynkäänniemi, Sanna-Mari; Kortet, Raine; Härkönen, Laura; Kaitala, Arja; Paakkonen, Tommi; Mustonen, Anne-Mari; Nieminen, Petteri; Härkönen, Sauli; Ylönen, Hannu; Laaksonen, Sauli (Finnish Zoological and Botanical Publishing Board, 2010)
    Range expansion of ectoparasites can cause parasites to attack new host species. In these cases it is important for the parasite to be able to adapt to the new environment and to reproduce on the host. For the host, it is crucial to hinder successfully the development of long-lasting parasitic relationship. The deer ked ( Lipoptena cervi) is a novel ectoparasite for northern cervids. We investigated of the deer ked can use the reindeer (Rangifer tarandus) as a host and, if it can, wether antiparsitic treatment against this parasite would be available. Three groups of reindeer were monitored: two groups of 6 reindeerr were infected with 300 flies per each individual; a control group comprised 6 animals. One of the infected groups was treated with subcutaneous ivermectin. At the end of the experiment the infextation rate of the infected animals was low. The reindeer in the non-treated group had both live and dead deer keds and also a single pupa while the ivermectin-treated reindeer had only dead deer keds. As some deer keds survided and reproduced, thedeer ked can potentially use the reindeer as a host but antiparasitic treatment may be effective agains this parasite.
  • Rosengren, Heidi; Sahlström, Leena; Tammiranta, Niina (Evira, 2009)
    Bluetongue (BT) on vektorivälitteinen märehtijöiden virustauti, joka kuuluu Suomessa vastustettavien, helposti leviävien eläintautien ryhmään. Taudin oireet ovat epäspesifisiä, ja niihin kuuluvat muun muassa kuume, haavaumat suun limakalvoilla, nielemisvaikeudet, turvotukset pään alueella ja ontuminen. Bluetongue-tautia ei ole koskaan todettu Suomessa. Viime vuosina BT-tautipurkauksia on todettu aikaisempaa pohjoisempana. Suomen kannalta lähimpiä tautipurkauksia on todettu Ruotsissa ja Norjassa. Tässä riskiprofiilissa tarkastellaan BT:n maahan tuloon ja tartunnan edelleen leviämiseen liittyviä riskitekijöitä sekä tartunnan leviämisen seurauksia. Tarkastelussa on huomioitu Suomen ilmaston ja eläinpopulaation erityispiirteet. Lisäksi on selvitetty taudin mahdollisia seurauksia, sekä millä edellytyksillä tartunta voisi Suomessa jäädä endeemiseksi. Suomessa esiintyy ainakin neljä Culicoides-suvun lajia, jotka on ulkomailla yhdistetty BT-virukseen. Ilmatieteen laitoksen kymmenen viime vuoden tilastojen mukaan lämpötilat ovat olleet riittävän korkeita tarpeeksi pitkään mahdollistaakseen polttiaisen ja BT-viruksen lisääntymisen ja leviämisen koko maassa, mutta ilmastolliset olosuhteet ovat taudin kannalta suotuisimmat Ahvenanmaalla, Etelä- ja Länsi-Suomessa.
  • Hallikainen, Anja; Rautala, Taneli; Karlström, Ulla; Kostamo, Pirkko; Koivisto, Pertti; Pohjanvirta, Raimo; Hietaniemi, Veli; Rajakangas, Liisa; Tuomaala, Vesa; Kankaanpää, Harri; Verta, Matti; Kostiainen, Eila; Kurttio, Päivi; Turtiainen, Tuukka; Kiviranta, Hannu; Komulainen, Hannu; Rantakokko, Panu; Viluksela, Matti; Niemi, Esko; Nuotio, Kirsti; Siivinen, Kalevi (Evira, 2009)
    Elintarvikkeiden ja talousveden kemialliset vaarat kuvataan nyt uusitussa muodossa. Raportissa käsitellään 40 vierasainetta tai –ryhmää, ja saadaan samalla kertaa kuva koko ongelmakentästä. Kaikki raporttiin valitut kemialliset yhdisteet ovat olleet viime vuosina mukana elintarvikkeiden ja/tai talousveden riskinhallintaa käsittelevissä valmisteluissa tai toimenpiteissä sekä kansallisella että EU-tasolla. Kemiallisista vaaroista oli suurimmasta osasta runsaasti tietoa saatavilla: esiintyminen elintarvikkeissa, tutkimukset ja saantilaskelmat, terveydelliset haittavaikutukset ja valvontaan liittyvät tarpeet ja lopuksi kattavat kirjallisuuskatsaukset. Yhteensä 21 suomalaista kutsuttua vierasaineasiantuntijaa on ollut mukana eri sektoritutkimuslaitoksista tämän raportin sisällön kirjoittamis- ja tarkistamistyössä. Lisäksi suuri joukko muita asiantuntijoita on kommentoinut raporttia. Asiantuntijat ovat eri hallinnonaloilta, ja osa aiheistakin ja niihin liittyvistä vierasaineista, kuten talousveden vierasaineet, kuuluvat hallinnollisesti muihin kuin maa- ja metsätalousministeriön alaisiin asiantuntijalaitoksiin. Tämä raportti on tehty mahdollisimman laajalle käyttäjäkunnalle ottaen huomioon viranomaiset sekä kuluttajat ja opetus- ja tutkimuslaitokset. Raportti on tehty helppokäyttöiseksi ja mahdollisimman selkeäksi ja lyhytsanaiseksi monine taulukkoineen ja kuvineen. Tarkoitus on, että siitä löytyy helposti eri vierasaineiden ominaisuuksia, joita voi tarvittaessa vertailla. Siitä voi etsiä uusimmat tutkimustulokset ja kansainväliset riskinarvioinnit sekä löytää vierasaineiden pitoisuustietoja etenkin kotimaisista elintarvikkeista. Arvioituja vierasainesaantimääriä voi verrata vierasaineille asetettuihin siedettäviin enimmäissaantimääriin tai vaikkapa verrata näitä turvallisuutta kuvaavia suureita eri vierasaineiden kesken. Valvontaviranomaiset voivat löytää lisäksi nopeasti tietoa lainsäädännöstä ja suositelluista valvontatoimenpiteistä. Valvontaan ja muuhun riskinhallintaan liittyvät ehdotukset ovat syntyneet yhteistyössä valvonnasta vastaavien Eviran asiantuntijoiden kanssa.
  • Pitkälä, Anna; Virtanen, Terhi; Joutsen, Suvi; Leimi, Anna; Tuominen, Pirkko (Evira, 2009)
    Yersinioosi on Yersinia enterocolitica- tai Y. pseudotuberculosis -bakteereiden aiheuttama suolistoinfektio. Sen pääoireet ovat kuume, vatsakivut, ripuli ja oksentelu, jotka kestävät tavallisesti 1-3 viikkoa. Oireet voivat muistuttaa umpilisäkkeen tulehdusta ja johtaa turhaan umpilisäkkeen poistoon. Tauti voi aiheuttaa vuosia kestäviä jälkitauteja. Suomessa raportoidaan vuosittain 500-700 yersiniatartuntaa. Y. enterocolitica aiheuttaa yleensä yksittäisiä infektioita; viimeisten 10 vuoden aikana on todettu yksi epidemia. Y. pseudotuberculosis on aiheuttanut yhdeksän epidemiaa, mikä on kansainvälisestikin poikkeuksellista. Sianlihaa pidetään Y. enterocolitican tärkeimpänä tartunnanlähteenä ihmiselle. Y. pseudotuberculosis -epidemioissa kasvikset, erityisesti porkkanat on todettu epidemioiden lähteeksi. Suomalainen sika toimii Y. enterocolitican varastona. Tähän asti on arveltu, että valtaosa yersiniatapauksista olisi kotimaisia, mutta luultavasti tartuntojen kotimaisuusaste on oletettua alhaisempi. Enteropatogeenisista yersinioista tarvittaisiin lisää tietoa riskinarviointia varten, jotta riskinhallinta voitaisiin kohdentaa oikein. Ensin tarvitaan kuitenkin toimivia analyysimenetelmiä, jotta riskielintarvikkeita ja tartuntateitä voidaan selvittää.
  • Suominen, Kimmo; Rosengren, Heidi; Sahlström, Leena (Evira, 2009)
    REE-tuotteet ovat vähittäiskaupan raakoja entisiä eläinperäisiä elintarvikkeita, jotka päiväyksen vanhenemisen tai jonkin muun syyn vuoksi poistetaan myynnistä. Tässä selvityksessä tarkastellaan tekijöitä, jotka vaikuttavat mahdollisuuteen, että sikarutto, suu- ja sorkkatauti tai korkeapatogeeninen lintuinfl uenssa leviävät tuotantoeläimiin REE-tuotteiden tai niistä biokaasutai kompostointilaitoksilla valmistettujen lannoitevalmisteiden välityksellä. Suomessa ei tällä hetkellä esiinny suu- ja sorkkatautia, sikaruttoa tai korkeapatogeenistä lintuinfl uenssaa. Suomeen on vuosina 2005–2007 tuotu tuoretta lihaa maista, joissa näitä tauteja on esiintynyt. Jos tartuntaa eläimessä tai virusta lihassa ei havaita ajoissa, saattaa virusta sisältävää lihaa päätyä markkinoille. Tällöin REE-tuotteet voivat sisältää eläintautiviruksia. Suomessa oli 31.12.2008 kolme eläinsivutuoteasetuksen (EU) No 1774/2002 mukaista biokaasulaitosta ja yksi kompostointilaitos sekä kolme jätteenpolttolaitosta. Näissä laitoksissa REE-tuotteiden hävittäminen on mahdollista. Näiden laitosten käsittelyjen katsotaan tuhoavan sikarutto-, suu- ja sorkkatauti- ja korkeapatogeenisen lintuinfl uenssaviruksen käsiteltävistä tuotteista. Suomessa on mahdollista käsitellä REE-tuotteita maa- ja metsätalousministeriön ja sosiaali- ja terveysministeriön esittämän käytännön mukaisesti 31.7.2011 saakka myös ns. kansallisin kriteerein tai pelkän ympäristölainsäädännön hyväksytyissä biokaasu- tai kompostointilaitoksissa sekä viedä REE-tuotteita ympäristölainsäädännön mukaisesti hyväksytyille kaatopaikoille. Tällaisten laitosten käsittelyvaatimukset (partikkelikoko, lämpötila) ovat lievempiä kuin eläinsivutuoteasetuksen mukaisten laitosten vaatimukset, eivätkä kansallisin kriteerein tai pelkän ympäristölainsäädännön perusteella hyväksyttyjen laitosten prosessit välttämättä riitä tuhoamaan kyseisiä eläintautiviruksia. Eläinsivutuoteasetuksen ja kansallisin kriteerein hyväksyttyjen biokaasu- ja kompostointilaitosten lopputuotteita voi käyttää lannoitevalmisteina. Jos jokin riskinhallintaketjun osa ei toimi ja REE-tuotteiden käsittelymenetelmät ovat riittämättömiä, saattaa muodostua reittejä, jotka mahdollistavat tuotantoeläinten altistumisen sikarutto-, suu- ja sorkkatauti- ja korkeapatogeeniselle lintuinfl uenssaviruksille esimerkiksi luonnonvaraisten eläinten tai saastuneen lannoitevalmisteen tai veden välityksellä.
  • Sahlström, Leena; Rehbinder, Verena; Albihn, Ann; Aspan, Anna; Bengtsson, Björn (BioMed Central, 2009)
    Background: Antimicrobial resistance is a serious threat in veterinary medicine and human healthcare. Resistance genes can spread from animals, through the food-chain, and back to humans. Sewage sludge may act as the link back from humans to animals. The main aims of this study were to investigate the occurrence of vancomycin resistant enterococci (VRE) in treated sewage sludge, in a Swedish waste water treatment plant (WWTP), and to compare VRE isolates from sewage sludge with isolates from humans and chickens. Methods: During a four month long study, sewage sludge was collected weekly and cultured for VRE. The VRE isolates from sewage sludge were analysed and compared to each other and to human and chicken VRE isolates by biochemical typing (PhenePlate), PFGE and antibiograms. Results: Biochemical typing (PhenePlate-FS) and pulsed field gel electrophoresis (PFGE) revealed prevalence of specific VRE strains in sewage sludge for up to 16 weeks. No connection was found between the VRE strains isolated from sludge, chickens and humans, indicating that human VRE did not originate from Swedish chicken. Conclusion: This study demonstrated widespread occurrence of VRE in sewage sludge in the studied WWTP. This implies a risk of antimicrobial resistance being spread to new farms and to the society via the environment if the sewage sludge is used on arable land.
  • Perko-Mäkelä, Päivikki; Isohanni, Pauliina; Katzav, Marianne; Lund, Marianne; Hänninen, Marja-Liisa; Lyhs, Ulrike (BioMed Central, 2009)
    Background: Campylobacter is the most common cause of bacterial enteritis worldwide. Handling and eating of contaminated poultry meat has considered as one of the risk factors for human campylobacteriosis.Campylobacter contamination can occur at all stages of a poultry production cycle. The objective of this study was to determine the occurrence of Campylobacter during a complete turkey production cycle which lasts for 1,5 years of time. For detection of Campylobacter, a conventional culture method was compared with a PCR method. Campylobacter isolates from different types of samples have been identified to the species level by a multiplex PCR assay. Methods: Samples (N = 456) were regularly collected from one turkey parent flock, the hatchery, six different commercial turkey farms and from 11 different stages at the slaughterhouse. For the detection of Campylobacter, a conventional culture and a PCR method were used. Campylobacter isolates (n = 143) were identified to species level by a multiplex PCR assay. Results: No Campylobacter were detected in either the samples from the turkey parent flock or from hatchery samples using the culture method. PCR detected Campylobacter DNA in five faecal samples and one fluff and eggshell sample. Six flocks out of 12 commercial turkey flocks where found negative at the farm level but only two were negative at the slaughterhouse. Conclusion: During the brooding period Campylobacter might have contact with the birds without spreading of the contamination within the flock. Contamination of working surfaces and equipment during slaughter of a Campylobacter positive turkey flock can persist and lead to possible contamination of negative flocks even after the end of the day's cleaning and desinfection. Reduction of contamination at farm by a high level of biosecurity control and hygiene may be one of the most efficient ways to reduce the amount of contaminated poultry meat in Finland. Due to the low numbers of Campylobacter in the Finnish turkey production chain, enrichment PCR seems to be the optimal detection method here.
  • Laaksonen, Sauli; Solismaa, Milla; Kortet, Raine; Kuusela, Jussi; Oksanen, Antti (BioMed Central, 2009)
    Background: Recent studies have revealed expansion by an array of Filarioid nematodes' into the northern boreal region of Finland. The vector-borne nematode, Setaria tundra, caused a serious disease outbreak in the Finnish reindeer population in 2003–05. The main aim of this study was to understand the outbreak dynamics and the rapid expansion of S. tundra in the sub arctic. We describe the vectors of S. tundra, and its development in vectors, for the first time. Finally we discuss the results in the context of the host-parasite ecology of S. tundra in Finland Results: Development of S. tundra to the infective stage occurs in mosquitoes, (genera Aedes and Anopheles). We consider Aedes spp. the most important vectors. The prevalence of S. tundra naturally infected mosquitoes from Finland varied from 0.5 to 2.5%. The rate of development in mosquitoes was temperature-dependent. Infective larvae were present approximately 14 days after a blood meal in mosquitoes maintained at room temperature (mean 21 C), but did not develop in mosquitoes maintained outside for 22 days at a mean temperature of 14.1 C. The third-stage (infective) larvae were elongated (mean length 1411 m (SD 207), and width 28 m (SD 2)). The anterior end was blunt, and bore two liplike structures, the posterior end slight tapering with a prominent terminal papilla. Infective larvae were distributed anteriorly in the insect's body, the highest abundance being 70 larvae in one mosquito. A questionnaire survey revealed that the peak activity of Culicidae in the reindeer herding areas of Finland was from the middle of June to the end of July and that warm summer weather was associated with reindeer flocking behaviour on mosquito-rich wetlands. Conclusion: In the present work, S. tundra vectors and larval development were identified and described for the first time. Aedes spp. mosquitoes likely serve as the most important and competent vectors for S. tundra in Finland. Warm summers apparently promote transmission and genesis of disease outbreaks by favouring the development of S. tundra in its mosquito vectors, by improving the development and longevity of mosquitoes, and finally by forcing the reindeer to flock on mosquito rich wetlands. Thus we predict that global climate change has the potential to promote the further emergence of Filarioid nematodes and the disease caused by them in subarctic regions.
  • Tuomisto, Pirkko (Evira, 2009)
    The drive for risk-based food safety management, systems and control has spread world-wide in recent decades. Since the term is still internationally undefined, its use and implementation vary, producing different realizations. In this Ph.D. thesis, microbiological risk assessment (MRA) was investigated as a basis for risk-based food safety management, which was defined as ‘food safety management based on risk assessment in order to achieve an appropriate level of protection (ALOP)’. Governments are responsible for commissioning MRAs and also for setting food safety targets up to a certain point, but the practical management measures that need to be in place in order to achieve the targets are to be addressed by the operators. On the plant level, food safety is usually managed through regulation, quality assurance systems and a hazard analysis and critical control point (HACCP) programme with its prerequisites. In Finland, food safety management on the food plant level is implemented through an HACCP-like regulated system termed an ownchecking (OC) programme. A quantitative microbiological risk assessment (QMRA) was conducted on salmonella in the beef production chain according to the official standards of the Codex Alimentarius Commission (Codex Alimentarius), and utilized in determining the food safety metrics for beef production. The Finnish Salmonella Control Programme (FSCP) and the main official interventions due to it were examined in the light of risk-based food safety management. The targets set for beef processing plants by the government were converted into quantitative limits, and the results of salmonella monitoring included in the FSCP were examined by the QMRA. The goal of the FSCP was declared in 1994 to ‘maintain the present salmonella situation’, which was considered to refer to the salmonella incidence in humans at that time, and also the de facto ALOP. The requirement for a maximum salmonella prevalence of 1% at defined stages of the beef production chain was embodied in the FSCP. This statement was considered to convey performance objectives (PO) for the aforementioned stages. According to the QMRA, the de facto ALOP was achieved in the referred year 1999, and even the true prevalence levels in the FSCP were estimated to be clearly under the set PO limits with 95% credibility. However, the PO limits were set too high for the de facto ALOP to be maintained in practice. If the salmonella prevalence reached the PO limit of 1% or values near it, the public health risk would increase and overrun the de facto ALOP. The QMRA produced in this work has for the first time provided the possibility to quantitatively asses the relationships between targets set in the FSCP and their impact on public health. At present, imports of beef and beef-derived foods may impose on Finnish consumers a significantly greater exposure than domestic products. If their salmonella prevalence or their share of the foods consumed in Finland increase, the number of human cases could rapidly rise. The models for the QMRA were mainly Bayesian hierarchical models using Markov chain Monte Carlo (MCMC) techniques, which was found to be a flexible and appropriate method for this type of complex modelling. The resulting distributions were also regarded as an advantage compared to the results from models developed with the deterministic approach, because the presentation of results included the extent of the uncertainty, and also in this manner better illustrated the actual operational environment. Based on an inquiry, the personnel in food processing plants had a positive attitude towards food safety management systems, but the knowledge, training and involvement of those employees directly operating on the site with these systems were discovered to be deficient. Therefore, a generic semi-quantitative hygiene risk assessment model, Hygram®, was developed for small and medium-sized food enterprises to offer assistance in understanding, training, and, first of all, detecting the critical steps of the processes, and thereby to contribute to the development of their own-checking systems towards risk-based food safety management. Hygram® was not considered a risk-based tool as such, but whenever the critical limits of the process have been defined as equal to a risk assessment, Hygram® can be used as a risk-based management tool. It can also serve as a tool for systematic hazard analysis and CCP detection when establishing a food safety management system. To conclude, the development of risk-based food safety management is a process in which risk assessment is an essential tool. Scientific, technical, psychological and resource-bound barriers need to be overcome in order to put risk-based management systems into practice. This study showed that QMRA can be valuable in national risk management decision making, although few QMRAs are currently available. Appropriate tools for practical risk management decision making on the industrial level, such as Hygram®, need to be further developed.
  • Siekkinen, Kirsi-Maarit; Nuotio, Lasse; Rikula, Ulla; Sihvonen, Liisa (Evira, 2009)
    Naudan virusripuli, BVD, on endeeminen ja prevalentti tauti Pohjois-Amerikan (Yhdysvallat ja Kanada) alueella. Suomessa BVD:n esiintyminen on saatu rajattua kansainvälisesti katsoen erittäin alhaiselle tasolle. Tämä kuvaileva riskinarviointi noudattaa Maailman eläintautijärjestön (OIE) ohjeiden mukaista jaottelua tuontiriskin arvioinnissa. 1. Vaaran tunnistus: Nautaeläinten keinosiemennys on eräs tunnettu BVD -viruksen (BVDV) tartuntareitti. Pohjois-Amerikasta maahan tuotavan sperman mahdollisesti sisältämää BVDV kontaminaatiota on pidettävä vaaratekijänä Suomen hyvän BVD -tilanteen kannalta. 2. Leviämisarvio: Pohjois-Amerikasta tuotavien sperma-annosten joukossa voi vuosittain olla joitakin BVDV:n kontaminoimia annoksia. Näihin annoksiin liittyy vähäinen, mutta ei täysin olematon riski BVDV - tartunnan leviämisestä suomalaiseen nautakarjaan. 3. Altistumisen arviointi: Kontaminoitujen tuontispermaerien oletetaan voivan aiheuttaa tartunnan ainakin puolessa altistuneista emistä. BVDV -tartunnan saaminen tätä kautta on vuositasolla harvinainen, mutta todennäköisyydeltään ei täysin olematon tapahtuma. 4. Seurausten arviointi: Pysyvästi infektoituneen (PI) vasikan syntymisen odotusarvona voidaan laskelman mukaan pitää yhtä PI vasikkaa / 4 – 8 vuotta. Gamma jakauman avulla mallinnetuista tapahtumien välisistä ajanjaksoista 90% on alle 11,2 ja vastaavasti alle 25,0 vuotta. 5. Riskin kokonaisarviointi: PI-vasikan syntyminen Pohjois-Amerikasta peräisin olevan sperman tuonnin seurauksena on varsin harvinainen tapahtuma. Tapahtuman potentiaalisten seurausten kannalta arvioitua taajuutta ei voi pitää täysin merkityksettömänä.
  • Hallikainen, Anja; Airaksinen, Riikka; Rantakokko, Panu; Vuorinen, Pekka J.; Mannio, Jaakko; Lappalainen, Antti; Vihervuori, Aune; Vartiainen, Terttu (Evira, 2008)
    Orgaanisten tinayhdisteiden (OT) pitoisuuksia kotimaisessa meri- ja järvikalassa alettiin tutkia kattavasti, kun Helsingin uuden suursataman rakentamisen yhteydessä vuonna 2005 mitattiin kalasta ja sedimentistä suuria OT-pitoisuuksia. Tutkimuksessa keskityttiin niihin sisävesi- ja merikaloihin, joita suomalaiset pääsääntöisesti käyttävät ravinnokseen. Näytteitä kerättiin sekä kuormitetuilta satama- ja teollisuusalueilta että alueilta, joilla ei ole paikallista kuormitusta. Sisävesillä kalojen OT-pitoisuudet jäivät yleensä alle 10 μg/kg tuorepaino (tp), mutta neljällä paikkakunnalla (Varkaus, Lohja, Jyväskylä ja Tampere) pitoisuudet olivat 19–28 μg/kg. Varkauden Huruslahden sedimentistä mitattiin hankkeen yhteydessä 2–6 cm:n syvyydeltä jopa 35000 μg/kg kuivapaino (kp) pitoisuus. Merialueiden kaloissa OT-pitoisuudet olivat noin 10 kertaa suurempia kuin sisävesillä. Merialueilla, joilla ei ole paikallista kuormitusta, OT-pitoisuudet kaloissa olivat alle 20 μg/kg tp. Kuormitetuilla alueilla pitoisuudet ylittivät 40 μg/kg. Pahasti saastuneilta alueilta löydettiin 150–500 μg/kg pitoisuuksia. Suurimmat OT-pitoisuudet todettiin Helsingin Vanhankaupunginlahden ahvenista (28–528 μg/kg), joilla sekä pituus että paino korreloivat OT-pitoisuuden kanssa. Suuria pitoisuuksia todettiin myös Naantalin satamassa, jossa pitoisuudet kuitenkin pienenivät nopeasti avomerelle siirryttäessä. OT-pitoisuudet vaihtelivat samoilta pyyntialueilta kerättyjen kalalajien välillä. Ahvenesta, lahnasta ja kuhasta, jotka viihtyvät saaristossa ja sisälahdissa, mitattiin keskimäärin suurempia pitoisuuksia kuin silakasta, lohesta ja kilohailista, jotka viihtyvät lähinnä avomerellä.
  • Laine, Taina M.; Lyytikäinen, Tapani; Yliaho, Maija; Anttila, Marjukka (BioMed Central, 2008)
    Background: Post-weaning diarrhoea (PWD) is a significant gastrointestinal disease in pigs. It is considered a multifactorial disease associated with proliferation of enterotoxigenic Escherichia coli in the intestinal tract of affected pigs. The aim of this study was to analyse risk factors related to the occurrence of PWD on Finnish piglet producing farms. Methods: The data of a follow-up study of 73 conventional piglet producing farms was used in the case-control study. The selection of the 41 PWD case and 28 control farms was based on the use of antimicrobials for treating diarrhoea in weaned pigs and the answers related to the occurrence of diarrhoea after weaning in the questionnaire. Four intermediate farms were excluded from the statistical analysis. Altogether 39 factors related to herd characteristics, weaner pig management and pig health were studied. The median number of sows was 59.0 (IQR = 44.0; 74.5) and 52.5 (IQR = 36.8; 61.5) on the case and the control farms, respectively. The significances of the univariable associations between the explanatory variables and the outcome variable were tested, and in the multivariate analysis quasibinomial generalized linear models were applied. Results: An increased risk of PWD was associated with the regimen of twice a day feeding and feed restriction after weaning (P = 0.02; compared to feeding three or more meals a day or the use of ad libitum feeding) and with a higher number of sows on the farm (P = 0.02; risk increasing with increasing number of sows). Automatic temperature control was associated with a decreased risk of PWD (P = 0.03; compared to manual temperature control). Conclusion: Twice a day feeding of newly-weaned pigs should be avoided if the amount of feed given is restricted. Variation in ambient temperature should be minimized in housing of newlyweaned pigs and this can be achieved by using automatic temperature control. With increasing number of sows in the herds the risk of PWD increases and more attention should be paid to prevention of post-weaning diarrhoea.
  • Hendriksen, Rene S.; Mevius, Dik J.; Schroeter, Andreas; Teale, Christopher; Jouy, Eric; Butaye, Patrick; Franco, Alessia; Utinane, Andra; Amado, Alice; Moreno, Miguel; Greko, Christina; Stärk, Katharina D.C.; Berghold, Christian; Myllyniemi, Anna-Liisa; Hoszowski, Andrzej; Sunde, Marianne; Aarestrup, Frank M. (BioMed Central, 2008)
    Background: The project "Antibiotic resistance in bacteria of animal origin – II" (ARBAO-II) was funded by the European Union (FAIR5-QLK2-2002-01146) for the period 2003–05. The aim of this project was to establish a program for the continuous monitoring of antimicrobial susceptibility of pathogenic and indicator bacteria from food animals using validated and harmonised methodologies. In this report the first data on the occurrence of antimicrobial resistance among bacteria causing infections in pigs are reported. Methods: Susceptibility data from 17,642 isolates of pathogens and indicator bacteria including Actinobacillus pleuropneumoniae, Streptococcus suis and Escherichia coli isolated from pigs were collected from fifteen European countries in 2002–2004.Results: Data for A. pleuropneumoniae from infected pigs were submitted from five countries. Most of the isolates from Denmark were susceptible to all drugs tested with the exceptions of a low frequency of resistance to tetracycline and trimethoprim – sulphonamide. Data for S. suis were obtained from six countries. In general, a high level of resistance to tetracycline (48.0 – 92.0%) and erythromycin (29.1 – 75.0%) was observed in all countries whereas the level of resistance to ciprofloxacin and penicillin differed between the reporting countries. Isolates from England (and Wales), France and The Netherlands were all susceptible to penicillin. In contrast the proportion of strains resistant to ciprofloxacin ranged from 12.6 to 79.0% (2004) and to penicillin from 8.1 – 13.0% (2004) in Poland and Portugal. Data for E. coli from infected and healthy pigs were obtained from eleven countries. The data reveal a high level of resistance to tetracyclines, streptomycin and ampicillin among infected pigs whereas in healthy pigs the frequency of resistance was lower. Conclusion: Bacterial resistance to some antimicrobials was frequent with different levels of resistance being observed to several antimicrobial agents in different countries. The occurrence of resistance varied distinctly between isolates from healthy and diseased pigs, with the isolates from healthy pigs generally showing a lower level of resistance than those from diseased pigs. The study suggests that the choice of antimicrobials used for the treatment of diseased animals should preferably be based on knowledge of the local pattern of resistance.